3NVMA

Structural basis for substrate placement by an archaeal box c/d ribonucleoprotein particle
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
355
structure length
342
Chain Sequence
b'FISENVRGIYAFDENGNLIEKRYFTDKPEKVLDQLLKGEITKDLEELLNSLKEKGYDEFVFEHPELSRRAKELGFSATTEFPNIAGERLRSNPEEFLGENWFEEYYKVGVALTRMRIQEQSGARDKMVIQAIEALDDINLLVARLREWYSLHFPELDELLPKHPQYVAFVKTVGHRDNINEEVLRELGLSEEKIKKILEAKEKTMGAWMDQTDIEVVRQLAEEIQLRKKLEDYIDRAMDDVAPNLKALVGAKLAARLISLAGGLRELAMMPSSTIQVLGAEPKHGVIYQYPAINRSPWWQRGKIARALAGKLAIAARVDYFSGEYIAEELKKELEARIREIK'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords NOP5/NOP56 related protein
publication title Structural basis for substrate placement by an archaeal box C/D ribonucleoprotein particle.
pubmed doi rcsb
source organism Pyrococcus furiosus
molecule tags Transferase
total genus 89
structure length 342
sequence length 355
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-07-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 3nvmA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3nvmA01
3NVKA 3GQXA 3ID6A 3ICXA 1NT2B 3PLAA 3NVIA 3NVMA 3SIVB 3SIUB 5GIPA 5GIOA 4BY9C 3GQUA 3NMUA 2OZBB 5GINA 3T7ZA 2NNWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5CYMA 3B6OA 2QKBA 4JHDB 4CGDA 2BXKA 2P9KB 3CIPA 1YJWN 4PHTX 1BL3A 2HBLA 3K9JA 3SQ4A 4JEPA 2QM1A 4HHTA 4FJHA 3FWBC 1R0AA 5CHIA 3ZT1A 2YHBA 1P8ZA 3VQCA 3UIVA 2KZMA 3HPHA 2Y1IA 2G8FA 4Y1CA 1EP4A 3DI6A 2OTJN 1LW2A 1ILYA 1RTJA 3HT3A 4DUZK 3JS6A 3LU6A 3G4SN 1BI4A 4CJWA 5BR8K 4IOAL 3KLHA 5JVGL 1NU0A 4U7BA 2XVVA 4AHRA 3TTDA 2YNIA 1XMOK 5FDLA 3SQ1A 1C1AA 3KHYA 3P38A 4WQ4C 3VMFB 3LL3A 3OYAA 5LL6Z 2QWOA 2R7YA 4JI0K 1FJGK 2NRHA 1JCGA 5BREA 1WLJA 1BI4B 3L2UA 5FROA 4F5SA 3VEWA 2YHWA 4YHHK 1T7PA 5CZ2A 4CF8A 3NH2A 4OR0A 1QS4A 2ZGYA 1UAXA 2NRXA 3KLIA 1SZ2A 4BDPA 3PLAA 4B9NA 3TARA 5AFUA 1SAZA 4C1NK 3U9ZA 5GIPA 4ID5A 4FCYA 3KJVA 3ID8A 2X78A 2KTQA 2BXBA 4FLWA 3V4IA 3A2FA 1X9JA 2P5OA 1TYQA 2P51A 1YIJN 1Q7YO 3ZSOA 3KLGA 4JI8K 2HB5A 1VSFA 3IRXA 4ISGA 3U9DA 1YUWA 3MEGA 3HSCA 4J2VA 2E2NA 2IVNA 5K14A 5HRPA 5DM6L 2OZMA 4O44A 2QK9A 3CC4N 3K57A 5B5TA 1C1CA 4OO1J 1WB9A 3K5OA 4WA6B 2NRRA 4FZZA 4HUEA 5IWAK 4JKHA 1XHXA 4BR7A 1X9SA 1ASWA 1MU2A 3HI0A 5ELZA 5I3UA 3H3AA 1IBMK 4QCLA 1I3AA 2YI1A 1T8EA 4DCHA 1NGEA 1TKTA 3CCLN 2V51B 4LF7K 4N3ZA 4CF9A 4OPJA 2CH5A 4RG8A 3GE1A 3C6HA 4KAZA 1GLEG 3HVTA 4JN4A 3HK2A 4FK5B 1KXPD 3TAGA 4B3MK 4JK7A 4B8AB 2NNWA 5BR9A 2QWQA 4O5BA 5M1QA 5HL7L 3KWIA 5E84A 3QO9A 1S9GA 3MN6A 3M6GA 1ZXOA 3CCQN 4CEZA 4A5AA 2YJEA 5AQPA 1NNEA 2Q3SA 3VQ6A 1HRHA 4BRKA 3O1BA 3UE5A 3SUOA 3SBTA 4J2DA 4CBXA 3KD1E 4DV6K 1BIUA 4F4KA 3FWCC 3FFIA 4DTPA 3ZX2A 2HBKA 3SQ0A 3V6DA 3S3NA 2UUAK 4BRCA 3ENHA 4N0UD 4WE1A 2D0OA 1XWLA 2F7TA 4CEDA 5IFOA 3OA9A 1RTDA 3WNEA 4YOTA 4G04A 3OYJA 3KK1A 3MEDA 2PZSA 3DWLA 2QWPA 5FLXO 4GY2B 5CY4A 4FJNA 1C0GA 4K41A 2FBXA 4OPHA 3CYMA 4EHTA 4CJTA 1E4FT 5AZJA 3LDQA 3VERA 2DY4A 4Z69A 4OPAA 4B9SA 3ULDA 3HPOA 2JWLA 1HNVA 4KHQA 4CIFA 1WSGA 2LOQA 4O55A 4MO5A 3WEEA 3MDQA 1JNBA 1S6PA 4B1YB 2RE2A 2Z1IA 4BDYA 5AZJB 5DK5A 1Q81O 4LH4A 1HPZA 4CJFA 4JKAA 1N6QA 5FPNA 4WQ5A 4J8FA 2O8DA 3MHSB 1LAWA 2DFEA 5E41A 1GLDG 4DFPA 1HK3A 5GAEP 5HLFA 4CHQA 2HMPA 1Q8IA 3V9SA 3WEEB 2B5JA 3TR8A 3UKUA 3FZHA 4JS5A 4ZHRA 1T6DA 1JL2A 5KRSA 4DSFA 3PSIA 1VFIA 3FLCO 1FXXA 1YHQN 2ASMA 5AQMA 1XI1A 5IIUA 4E7LA 2O8DB 4H0TB 4IEIA 3U6FA 1GLLO 3CETA 3F5TA 2BXAA 1WSHA 5MLCQ 4JRPA 2XY7A 4LFCK 2YDFA 3TTCA 4JV5K 2IGIA 3HP9A 1IG9A 3CF5L 2KW4A 3J8AA 3W3DA 2Q1NA 2E5LK 2BXIA 2QKKA 3JSMA 3K5MA 3ZX0A 2ZQBA 3UKUB 4NAWB 3HP6A 1IKWA 5AR0A 2DYMA 3H1QA 3LDOA 4K25A 3SUNA 1N33K 1ATNA 1KLMA 4QS8A 3NH1A 1BA0A 4RW9A 1O9XA 4H5WA 1W7AA 1C0MA 2D0PA 3EYZA 3E9LA 4DTUA 5CZ1A 3CMAN 1SKSA 1TAQA 3VOVA 3IKMA 1Q18A 4JYAK 5AZIA 3DXMA 1E78A 3QIOA 4J2BA 3QETA 3B9MA 3MXIA 3VQ4A 4L9QA 2KWFA 1L3UA 1X9MA 4EFHA 3CFOA 3VQ9A 3T1AA 5AQSA 3NF8A 3LZJA 3BP8A 1J53A 1O1WA 4WFBL 4DR3K 1QHTA 3HBTA 5AZIB 4E1JA 3RMAA 1BO5O 4CGIA 3L4QA 1U45A 5F1XA 4TQ0A 3GG4A 1XMQK 3NVMA 2O8CA 4JKGA 3ZLJA 5AQVA 2Z8KA 4EP4A 4BR2A 5KQ8A 1E7EA 3VESA 3V81A 1TF0A 2PFUA 1MIVA 1XUPO 1HUXA 3EL2A 5BPNA 4DV1K 2E1ZA 2DPNA 3W0LA 1S1VA 3L0QA 3T7ZA 4B1XB 3JYTA 4H0OA 4CEEA 4JKDA 4DQ8A 1WBBA 2RKIA 4A2AA 3SUQA 2J4RA 1LOTA 1IKYA 2P1JA 4UY8O 2O8CB 3SAFA 5FRNA 5B8HA 1EXQA 4LFAK 3OYEA 3J7AP 1BQMA 3J7ZO 4E7HA 1NKCA 1FKPA 4GV6A 1QZ6A 4H4MA 4QS7A 1BU6O 2WBNA 4BROA 5C24A 3QEPA 4CJLA 4KHPK 2EX3A 1W2BM 2GUPA 5CE3A 1LOTB 4KRFA 4ELVA 5M1NA 2DYOA 5JMVA 3O9RA 3OYLA 4KFBA 4KTZA 3AARA 4RW8A 4YY3K 2KZZA 1TKZA 2WONA 2GTDA 3LANA 5I42A 5BN9A 4CVNE 3ZT0A 3DMJA 1TK5A 3KLFA 1KVCA 5KGXA 4CJ5A 3RR7A 2P9PB 4B9QA 3VGKA 3ZCMA 1JL1A 3SNNA 4BC2A 4IOCL 1XNQK 2IDOA 3K9KA 4MDBA 3ICXA 3ZT4A 2BXPA 4B3TK 4KHNA 3VF4A 4DLGA 1VQ9N 2ATQA 2ZJPL 1HQEA 2EHGA 2IC3A 4DF8A 2OPRA 1V4TA 3EE8A 1WN7A 1XNRK 1BCOA 3H6EA 3TAQA 3ECPA 4LUFA 1CLQA 2D1KA 1HQUA 5AQXA 4CEFA 5JVHL 3QERA 2EFEA 3HTVA 1E7HA 4E7JA 4FSVA 5FUOA 3H1VX 5HP1A 2A40A 1OH7A 3AAQA 3VA3A 4RW6A 4IDHA 3EE9A 2XVUA 4CGGA 2QWMA 2ASOA 3S41A 1VRUA 3B9LA 4Z4HA 2YHXA 4BY9C 3M3ZA 4F2RA 2E20A 4DR6K 3VEXA 2BUPA 4N0FD 4XH5A 2D0BA 1KVBA 1CZBA 2XW0A 4DU1A 1ZC6A 3PUFA 3NF7A 3WHRA 3RSEB 4W5QA 2F9WA 1C6VA 1TUYA 3O6WA 3PIPL 4HUFA 1HYVA 1S9EA 4DG1A 4BWJA 1QE1A 3THWB 1ASVA 1D5AA 1HNIA 2QTDA 4N76A 4BRGA 3KK3A 3NFAA 1VSKA 1OH8A 4DR2K 2VG5A 3WHSA 4CEBA 4FOIA 3OYDA 5AFUH 4H5NA 1WSIA 4AH9A 4KHWA 2E6MA 4FK0A 4BE1A 2WUSA 2E6LA 4JK4A 1ZBFA 4DF4A 1P90A 2W40A 4K8ZA 2NZTA 3GOIA 2RN2A 3CJAA 4EZ6A 4ZTJA 2QXLA 1NG9A 4PO0A 3P4IA 2YNGA 4XH4A 1QQOA 1GLCG 3P1GA 3IG1A 3OTOK 3SQ2A 3MEEA 4PL7A 4CZGA 4CD3A 2DBUA 3LM2A 2YNFA 1TL3A 2D5RA 2HHQA 4R5PA 4F2SA 3PY8A 4K42A 3V1RA 3MXJA 4YOVA 3I56N 5KPRA 5GIOA 1E4GT 1H1VA 4FWNA 5AQHA 3H45C 4NYNA 4O4GA 3T1HK 4DM0A 1QQMA 3PX6A 4KHUA 2HF4A 4MFBA 4HTUA 3WUHA 4ISEA 4JI4K 4CF1A 1S3XA 1S1TA 2HW3A 1E7BA 2YKMA 4M45A 2VCPA 4CJSA 5C12A 2VQFK 3MAQA 1GOAA 5M1FA 1BM0A 4IW2A 1IJGA 2GWJA 1W9HA 1JLCA 1HLUA 3I33A 3ENOA 1KFSA 3C6TA 4PUOA 2F9TA 4Z4IA 4FLTA 1RBRA 1ATSA 1A5XA 2XW1A 1LV5A 3DYAA 2YX6A 1DGKN 1RDUA 3AVLA 3O9UA 4DS5A 1WAJA 2HNZA 5TKWA 1SKRA 3DJCA 3IMXA 4K2CA 2BDPA 2BH1A 3WT0A 4H4OA 4DTSA 3CG7A 4WFAL 3NHGA 4I9QA 2HHHK 2UYTA 1VQKN 1RT3A 4IW1A 1GNJA 1KQSM 4DWIA 4I6MB 3VQDA 1NK8A 3QMLA 4DB3A 2BXDA 4CI6A 1K73O 4IG3A 3TAMA 1JKHA 1UA0A 4GG2A 4XEIA 1NJWA 1JLQA 2DG5A 4YDUA 4DTRA 4FO0A 3VTHA 3DXKA 3E01A 1NJZA 2XHBA 4CHZA 3E66A 3K5NA 1F21A 2GX9A 5SZTA 4QAGA 3EZWA 1BISA 3KVGA 3QDKA 1K6YA 2OANA 3A75A 4CK3A 2P9NA 3KKSA 2W6LA 1TXUA 3GA9L 4DFKA 1NK5A 4IFEA 3BUZB 4H8KA 4OKJA 3G9KD 3DLHA 4KI4A 3F9MA 3ZETA 3EEQA 4CHOA 4AM7A 1J7EA 3BF3A 2O8BA 5FPMA 3V9ZA 4M3YA 1X9WA 1D4XA 2KQ2A 4DQRA 2XY5A 2P9NB 2E2OA 3DLKA 1B9FA 4GDLB 1BWFO 3PSFA 3D2EA 2HVHA 3ZETB 3TABA 3TWHA 1Z26A 4BACA 2O8BB 4IKFA 5DQFA 4OX9K 4Y0WA 4Q0BA 3C65A 1NK4A 1E7CA 2XMOA 3SUPA 4DR5K 4MO4A 4DR1K 1BOTO 1VAZA 4FL9A 4BQZA 2XY8A 1BG3A 1M90O 4GKJK 2JWKA 4FJMA 4FZXC 3HO1A 3D2EB 3M8SA 1N5YA 1NGAA 4Z4EA 4GV9A 3GDQA 3CJ7A 5BRHA 2VGNA 1X3NA 3IAYA 3LZIA 5GINA 1KDXA 5AJ3K 1WSJA 3GL1A 3HYFA 3AA4A 5AQIA 1BA1A 3T1YK 4OT2A 2I7NA 1HNXK 2I7PA 3ITHA 2ZD1A 3NGIA 1L3SA 3C6AA 4DSJA 1SS6A 5TKYA 4LF5K 4FJ5A 4CD1A 3SIVB 4FJKA 3VPZA 3RTVA 1KW2A 4FJCB 1QQNA 3TSPA 2FBTA 3V08A 3AVJA 1QSYA 4C31B 2UUCK 4CCHA 1TYQB 4LF4K 3SPYA 4FXDA 1IBKK 3O4NA 4YOUA 4FLZA 3OBYA 4HGKA 1JLBA 2QW9A 3WQUA 3DAWA 1E7AA 1KRPA 4LUHA 3THVA 4FJIA 4D7XA 2FSKA 5J2NA 4OLAA 5ADXH 3AO1A 3JRYA 4RCHA 4B3RK 1IG8A 4M7XA 3VQBA 1IO2A 3CD6N 1QVFM 3AVIA 3AV9A 4CFCA 4JI3K 1E7GA 1HX1A 5HROA 4C8OA 4YORA 3B8AX 1MWMA 4CZMA 3M5RA 2YKNA 1U4BA 4FJ7A 5JICA 2A1RA 4K8XA 1NT2B 3AVKA 2IOCA 3IS9A 5BRFA 5EVZA 3BPJA 3BZKA 4LD0A 5EU7A 3T19A 1U49A 3WXIA 3CPWM 3CQ8A 4B1VA 2YCHA 3L3UA 2FSJA 3VQ7A 4CZJA 2E8AA 2QMCA 3CMEN 1RT5A 4QOZB 1WNSA 1RCHA 2HHWA 1UWBA 4CEAA 5AQRA 5KRTA 4YOWA 4NXNK 1O13A 5HRRA 1K8AO 4EZ9A 4CF0A 2HBMA 2V7YA 4ELUA 3D2FA 1TUUA 3QESA 3RMDA 4KH6A 2HHVA 2XO7A 3RMBA 2A42A 3VGMA 4PKIA 4GNIA 5C25A 2H3GX 4JLHA 3THXA 2VYPA 4ZCGA 1J78A 4RTFD 4W5OA 5GHKA 3QNOA 1TKXA 1UA1A 3D2FB 3BGRA 2I2ZA 4JNEA 3JQZA 2LQIA 4DR7K 3LAKA 1UORA 3L2QA 3A73A 5J2QA 2XY6A 1VSMA 2CKXA 3VENA 4NCGA 4H0XB 4GDKB 2YJFA 1JJ2M 3VETA 2OA8A 3OY9A 5C0YA 4CK2A 5IJEA 3IFRA 4GVMA 1VQ7N 2G8KA 1RDAA 4LSNA 4B9TA 5KTQA 2HNYA 3MCPA 2QHBA 2KKZA 3WXLA 4E1NA 2I30A 4DHXB 1JLAA 3VQPA 2Z1HA 3P39A 1IJJA 4Z4FA 5GAGP 4ZTFA 3LWMA 1S22A 3OBWA 3S3MA 4TSXA 1B9DA 1DKGD 3ULEA 4UQGA 4L3QA 4G03A 1RT6A 2G8UA 5KPTA 1ATRA 3WNGA 3NE6A 1VSJA 2HBJA 4CK1A 4JI7K 3MHHB 1KVAA 2E4LA 3OJUA 2P5GA 1YTAA 3VQ8A 4EP5A 1EKEA 4Z9OA 3QIPA 4FWOA 5C15A 1SL2A 3HJFA 1RGIA 4LB9A 4JI5K 1LCUA 3K0SA 3FZMA 4LF9K 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3NVK A;  3GQX A;  3ID6 A;  3ICX A;  1NT2 B;  3PLA A;  3NVI A;  3NVM A;  3SIV B;  3SIU B;  5GIP A;  5GIO A;  4BY9 C;  3GQU A;  3NMU A;  2OZB B;  5GIN A;  3T7Z A;  2NNW A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 5CYM A;  3B6O A;  2QKB A;  4JHD B;  4CGD A;  2BXK A;  2P9K B;  3CIP A;  1YJW N;  4PHT X;  1BL3 A;  2HBL A;  3K9J A;  3SQ4 A;  4JEP A;  2QM1 A;  4HHT A;  4FJH A;  3FWB C;  1R0A A;  5CHI A;  3ZT1 A;  2YHB A;  1P8Z A;  3VQC A;  3UIV A;  2KZM A;  3HPH A;  2Y1I A;  2G8F A;  4Y1C A;  1EP4 A;  3DI6 A;  2OTJ N;  1LW2 A;  1ILY A;  1RTJ A;  3HT3 A;  4DUZ K;  3JS6 A;  3LU6 A;  3G4S N;  1BI4 A;  4CJW A;  5BR8 K;  4IOA L;  3KLH A;  5JVG L;  1NU0 A;  4U7B A;  2XVV A;  4AHR A;  3TTD A;  2YNI A;  1XMO K;  5FDL A;  3SQ1 A;  1C1A A;  3KHY A;  3P38 A;  4WQ4 C;  3VMF B;  3LL3 A;  3OYA A;  5LL6 Z;  2QWO A;  2R7Y A;  4JI0 K;  1FJG K;  2NRH A;  1JCG A;  5BRE A;  1WLJ A;  1BI4 B;  3L2U A;  5FRO A;  4F5S A;  3VEW A;  2YHW A;  4YHH K;  1T7P A;  5CZ2 A;  4CF8 A;  3NH2 A;  4OR0 A;  1QS4 A;  2ZGY A;  1UAX A;  2NRX A;  3KLI A;  1SZ2 A;  4BDP A;  3PLA A;  4B9N A;  3TAR A;  5AFU A;  1SAZ A;  4C1N K;  3U9Z A;  5GIP A;  4ID5 A;  4FCY A;  3KJV A;  3ID8 A;  2X78 A;  2KTQ A;  2BXB A;  4FLW A;  3V4I A;  3A2F A;  1X9J A;  2P5O A; 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