3NVMA

Structural basis for substrate placement by an archaeal box c/d ribonucleoprotein particle
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
355
structure length
342
Chain Sequence
FISENVRGIYAFDENGNLIEKRYFTDKPEKVLDQLLKGEITKDLEELLNSLKEKGYDEFVFEHPELSRRAKELGFSATTEFPNIAGERLRSNPEEFLGENWFEEYYKVGVALTRMRIQEQSGARDKMVIQAIEALDDINLLVARLREWYSLHFPELDELLPKHPQYVAFVKTVGHRDNINEEVLRELGLSEEKIKKILEAKEKTMGAWMDQTDIEVVRQLAEEIQLRKKLEDYIDRAMDDVAPNLKALVGAKLAARLISLAGGLRELAMMPSSTIQVLGAEPKHGVIYQYPAINRSPWWQRGKIARALAGKLAIAARVDYFSGEYIAEELKKELEARIREIK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords NOP5/NOP56 related protein
publication title Structural basis for substrate placement by an archaeal box C/D ribonucleoprotein particle.
pubmed doi rcsb
source organism Pyrococcus furiosus
molecule tags Transferase
total genus 89
structure length 342
sequence length 355
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-07-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 3nvmA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3nvmA01
5GIPA 3NVIA 3NVMA 2OZBB 3T7ZA 3NVKA 2NNWA 4BY9C 5GINA 3GQXA 3PLAA 3ICXA 5GIOA 1NT2B 3GQUA 3ID6A 3NMUA 3SIUB 3SIVB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5I3UA 3L6QA 4WE1A 3P1GA 1KC8O 4CJPA 1BO5O 3NF7A 1MU2A 4IKFA 3F9KA 3AVCA 4KV8A 3MX2A 3QB0A 2A42A 4CGFA 1RTJA 4I2PA 1NJIO 4JAXA 2PZSA 5EXWA 4DQSA 1E7CA 2XVUA 1T44A 2NQOA 5I9EB 1ZBLA 1DGKN 4FWRA 2ZQBA 3CCMN 4YDUC 4LF5K 1S1XA 2Q36A 1KFDA 1CZAN 1H9ZA 4CBWA 5BREA 1JLQA 3KKRA 3PV8A 1HNXK 2BGGA 4FWKA 2BXEA 3ZT4A 3IAYA 4NCAA 1K73O 4JK4A 4B3MK 4XEIA 4TQ0A 3RMDA 5M1PA 4ILGB 1N34K 1MA9B 4FOIA 1BKEA 4K2CA 4N56A 3FFIA 4W4UB 2ASPA 1JLBA 2NUBA 2BXFA 1IKVA 1SKSA 3OS2A 3OS0A 5M1OA 1NJYA 1S1UA 3VF2A 3SNNA 4BE2A 2LSNA 3KKSA 3HM8A 4U67L 2BE2A 4H5NA 5CY4A 5M1FA 2V51B 3CJCA 2ZJQL 1EP4A 5AQMA 2EWSA 3WXKA 2NLXA 4FLVA 2QWPA 3SBGA 2VG7A 2HVHA 3A73A 2FBTA 3G4SN 3OYMA 4MQ3A 4IBNA 2HHQA 3LWMA 5JS2A 4B9SA 1GOCA 2VUFA 1KVAA 3E9LA 1L5UA 3C6UA 3WEEA 4DSIA 2B5JA 5J2PA 3THXB 3VF6A 3JQZA 3VQ8A 3J81O 2Q0RA 1HJOA 4Z4IA 1TL3A 4F9OA 4DHXB 4JI6K 2G8FA 4KI4A 4IFYA 3LDSA 4GDKB 1VAZA 3MN5A 4CFCA 1VQNN 3OBWA 2WTUA 3SQ0A 4AHSA 3LP2A 4HTUA 3OYIA 4RW9A 1KD1O 2W6KA 3NF8A 4DTXA 4C23A 3I0SA 2RE2A 3KVGA 2BXLA 3C6TA 2O8EB 2HHSA 1JXBA 2E1YA 3SMSA 4K42A 3T1YK 2EX3A 1BIZA 4ISEA 5EY4A 3P31A 2NRZA 1DLOA 2P51A 3VTIA 3KTQA 4LFCK 4F2RA 1NK9A 4FL9A 2XW1A 1RT4A 3VQCA 1EETA 1S1WA 2KZMA 3KJVA 3KIKA 4M3RA 4AILC 3AVNA 1XI1A 4CBXA 3GQXA 5BPKA 2PBDA 1S9GA 4FM0A 4OKEA 4DSJA 1MA9A 1S22A 5CZ2A 4L3QA 2O8DB 1RFQA 3GA9L 1TUUA 2E2PA 5CHIA 3TARA 1S9EA 2VDBA 5A2QO 3V9XA 3RTVA 2FF3B 3Q7BA 4C31B 3V1RA 2EFEA 4PUOA 3L4IA 4FPBA 1VQON 1KSPA 4LB9A 4WQ4C 5HRNA 2HHHK 1NGGA 5JVGL 4BY9C 2ZGYA 4CJRA 3LPUA 3FWCC 3H08A 2PY5A 1NOYA 4M3TA 1Q9YA 3OYDA 3TTFA 1KLNA 4RW4A 3O80A 4KHQA 3MXIA 4LSNA 3J80O 5AJ3K 1VSMA 4AHCA 4DTRA 3V9SA 2Z1IA 3G71N 4KB0A 1HPZA 5BRFA 1TUYA 3THXA 2HHVA 1TGOA 3N4PA 5SWMA 4M3WA 2D0CA 4FW1A 4BR5A 1Q18A 2OPPA 5BRHA 5E41A 4IG0A 4BRDA 5T7BA 2B6AA 2PAVA 3U9DA 3HI0A 5JMVA 4E89A 1L3VA 1ASVA 4BREA 4GV9A 2YJFA 5AQWA 2RPIA 3CC2N 5BR9A 4YORA 3VA3A 1JL1A 4DTJA 3VEWA 2D0AA 3WXIA 4JI3K 3LM9A 1Y64A 2O8EA 4I6MB 4CJKA 3O3GA 4FO0A 2KQ2A 1WUAA 2I30A 3U8XA 3KLEA 3TR8A 3A5OC 4CEBA 1IG8A 1IKYA 2QWMA 5DK5A 1HK3A 1BHLA 3RMBA 2I7NA 4JKAA 3V6DA 4OT2A 1MM8A 4F5SA 3VESA 1ESVA 2BH1A 4NCGA 1RT2A 3ZX3A 4A2BA 3TSUA 3M1FA 3K2PA 4CZJA 4JKBA 1QS4A 3O4NA 4EZ6A 1QQNA 4DWIA 2UUAK 1X1PA 2BXOA 4FZZA 1NOZA 4E7LA 2QMCA 1TAQA 3IFRA 4CHYA 4B3OA 3ULEB 4DV0K 3D45A 4JKHA 1RDUA 2BXKA 1U45A 3E01A 4CEAA 1SL1A 4KHSA 3TI0A 5IJFA 3JSMA 1T7PA 2O8DA 3ATUA 2WUSA 4ZBQA 4XH4A 1J5OA 3DLLL 3EYZA 3RR7A 1VFIA 2HNYA 3ECPA 3HTVA 4O4GA 3QEXA 3H1QA 4FLUA 4X62K 3K9KA 1WAJA 1NK6A 3QERA 4FJLA 4IDHA 3QBWA 4CJ5A 1L3SA 1E3MA 2KBZA 3UIVA 3TSPA 3CPWM 2KFZA 1C1CA 4DU3A 1CXUA 3ENBA 1SL0A 2CH6A 3HRGA 5IJEA 4N76A 1VQLN 3O08A 4S1YA 2A3ZA 2HB5A 2EFHA 4OJRA 4RW8A 1SAZA 3FWBC 4WFBL 4OPKA 3KLHA 4BROA 2ASMA 5SZTA 4AHVA 4DV2K 5FPMA 5AQLA 1W97L 3SJJA 2JLEA 1C0UA 5FRMA 2H3GX 5D3GA 4BC2A 4YDUA 4J2DA 4I6MA 1RBUA 5GAHP 2E2OA 1IJJA 3RSEB 1U48A 1VK0A 4A62A 4QOZB 4U7BA 4OVLA 5C12A 2HHTA 2D4WA 4KAZA 4CEEA 1UAXA 2G8IA 1RDWX 4BQZA 4H8KA 1A5XA 1J9AA 3NMUA 3FZKA 4BC3A 4OGCA 3UB5A 1YJNN 2QWOA 4IOAL 3F2KA 1IV0A 2V52B 3MHHB 1NGJA 3T19A 1QSSA 2BTFA 2BXGA 3ULEA 1BCOA 4EAHD 4DR3K 1VQKN 4BR9A 1NK8A 1M1KO 2E88A 4YOXA 4GNIA 1ASWA 1IJGA 3CCJN 3VMFB 3O9TA 2XVWA 4JI5K 4FJJA 1D8YA 4HWIA 4OPAA 4OGEA 1NJXA 1KQSM 3NH1A 4DQPA 4M3UA 3BDPA 2AGHB 3ID8A 1JNBA 4EHUA 1VSEA 4F5VA 1C1BA 3VTHA 3GE1A 3DLKA 1J54A 1SKWA 3HJFA 3M8QA 1VSHA 5AQXA 1T6DA 3KWGA 4DB3A 3OYEA 4N47A 5HP1A 4CJVA 3K0SA 2ZWHA 2E8AA 1JLFA 4WCEL 4V19S 3Q7CA 2Q31A 3LDQA 1E7EA 3I8DA 3BF1A 4KBOA 3O3HA 1YTUA 4KH4A 3AA5X 4DR7K 3THWB 4CF1A 3JS6A 3QIOA 1WSJA 4GKKK 1OKJA 1XC3A 2YNFA 4B3SK 2P1JA 2Z8KA 1VSKA 4IFEA 3SUOA 3OTOK 3A75A 1RILA 3CYMA 3IS9A 2F96A 2OPQA 1GLLO 1CXQA 4I9LA 1SZ2A 3CXCM 1LOTB 4E7IA 3RSEA 4GKJK 4DR2K 2E5LK 2D0BA 2VGMA 4FJ5A 2XVVA 5KGXA 4DUZK 4OPJA 1IH7A 1X9JA 3KLFA 3ZSXA 3K5NA 1AO6A 4B1XB 3WQTA 3CJ9A 1RBVA 4KO0A 3F9MA 1BQNA 4CJEA 3VQBA 3AVKA 3HPGA 3AA4A 4FOEA 2FSNA 3EO3A 2YKNA 4O5BA 2F9TA 3AA2A 3LL3A 1KCFA 2NZTA 4J8FA 3QMLA 4FXDA 3WNHA 3OJUA 2ETJA 2B4JA 4A61A 4B1YB 3OY9A 1TF0A 3RVCA 5HROA 4CIGA 4CF8A 1YTAA 5C2DA 3L3VA 4C8LA 3OS1A 2EFCA 5AFUH 4C1NK 1VQPN 3L2VA 5AQHA 3PIPL 5DBYA 3CCEN 2CKXA 4FYDA 3FGUA 2EHGA 2YI1A 4BC4A 1NK5A 4H0TB 4DSKA 3DRPA 1S5JA 1HNIA 3WXLA 5E26A 5AQRA 1UA1A 4BC5A 4X65K 3A5MC 4AH9A 4BRAA 4AHTA 5KPZA 4E0DA 4ELUA 2Z1HA 2IS3A 3JRYA 4LH4A 3LWLA 1QE1A 1ZBFA 4CEQA 4M63C 3A5NC 4DQRA 3M8RA 3H3OB 4IJAA 1QSYA 3SPZA 4ISFA 3THWA 3HSTB 1R59O 1WSGA 3P83D 4DFKA 2OA8A 3G9KD 3DXKB 5TKYA 3D6RA 3VETA 3HT3A 3TDLA 1Q8IA 3EZ5A 4FWQA 3LAMA 3L0QA 4DTUA 5AZIB 4PA1A 3CFRA 2R7YA 4GV3A 3LP0A 3R1XA 5ADXH 3VF4A 4HCCA 1KXPA 4KHWA 3H45C 4IFVA 1LOTA 2OTJN 3QEVA 1RBTA 5J2NA 3AO2A 1RCHA 1WLJA 5KPTA 3ISNC 3R9PA 1L3TA 4HUEA 3IUCA 3P38A 4QS7A 3DRRA 3MXMA 1NJWA 4DTMA 4RW7A 5AQFA 4GVEA 3WT0A 2FBVA 1UORA 4DUYK 2BXQA 1BUPA 4C1NI 1P8ZA 1E7IA 3SAFA 3RMAA 1SKRA 4DMNA 3HVRA 4IEIA 2QEXN 2XSIA 2P9UB 3BZCA 5J1EA 4R5PA 5AQYA 2P5GA 2I5JA 4CBUA 2XO7A 1IBLK 3KZBA 3LP3A 5DM7L 3ICXA 4IOCL 3LM2A 4DHYA 3B9LA 2BXPA 4CHNA 2DYMA 4A2AA 4F2SA 2F7TA 3UE5A 2D0OA 4IOXA 5F1XA 3WXMB 2D5RA 3ZSZA 4JKDA 4JK9A 1RDCA 2VGNA 4YOVA 1UOCA 4GMJB 2HNDA 3PY8A 4ICLA 5KTQA 3ALYA 3ASMA 3WXJA 1WNSA 1P90A 3ZSWA 4XH1A 4BRNA 2W42A 4B1UB 1K6YA 3GQUA 3G25A 1HK4A 2P9IB 2CGJA 1NGBA 3B9MA 4Z69A 3AV9A 4N5SA 3KWIA 3C6HA 2FLOA 3SZ2A 4IJNA 4EMXA 3M5RA 4LF6K 4WYBA 4HGKA 1VQ5N 1D9FA 3I56N 2J4RA 1JKHA 5KQDA 1C0MA 4AHUA 1HYZA 4CGDA 3J7ZO 4NO7A 1DEJA 1N6QA 4B1ZA 4YNQA 1TXUA 1C0TA 4M45A 3FZMA 3DXKA 3AAQA 3TABA 1OH7A 3QEIA 1IBMK 4B8CA 2G8KA 1HK2A 2EFDA 3TU5A 3MCAB 3QFPA 4H4OA 3DWLA 5AZIA 4JD2B 5AFUA 3GDQA 2FBXA 2ITMA 3VA0A 1BL3A 5ELZA 3WNGA 3VQ9A 2BXMA 1TAUA 2VWBA 1HMVA 3K58A 1SB0A 4IW1A 2HW3A 1BU6O 1TV6A 1X9WA 4FW2A 5BPLA 2ZF5O 3OYNA 3OVNA 2JWKA 4IWVA 2HSTA 1EKEA 3MK6A 2Y1JA 1IG9A 2YNHA 4NCBA 2Z1GA 4DLEA 3R8EA 3OJSA 5IIXA 1TKTA 4H0YB 4L9KA 2VG6A 2P9UA 2YCHA 5BR8K 2GX9A 1HKGA 3NGIA 4JYAK 3NFAA 3FR0A 3OYBA 4L8RB 4MBEC 1XQSC 1QQCA 2AP1A 3L2WA 4E1JA 2UUBK 1I3AA 1VSDA 1Z6RA 3M8PA 1NT2B 4DTSA 1NNEA 1EQYA 4QAGA 1QZ5A 3TAMA 5ADXA 4IG3A 1HK5A 3QICA 4CF0A 1ZYQA 3V03A 3ZCMA 3O9RA 3AVGA 3CM6A 3FZFA 2CGKA 3NH2A 2BXNA 1N32K 2Q1NA 2K0NA 1BISA 1UWBA 3TANA 4Z4FA 3NVKA 3O1BA 3FLCO 4O44A 1YAGA 3MN7A 2QM1A 3DLBA 2CH5A 3BUZB 2P9SB 4X66K 1BA0A 2VYPA 2P9IA 4F5UA 3PX6A 2XY8A 4IO9L 4FM1A 2OCEA 1B92A 3I55N 1ASUA 3QNOA 2VG5A 4OLBA 1LWEA 4I9OA 4WQ5C 4FK4A 2YHBA 4CJ4A 2NRWA 2P9KB 5DQFA 1FW6A 4DU1A 4L9QA 5M1KA 4F4KA 3J8AA 2Q3SA 1MIYA 4A59A 4E7JA 3PLAA 1NWKA 1X3NA 3GG4A 4JRPA 3C0BA 3KJLA 1E7GA 1FKOA 1NGCA 4ZBRA 4JD2A 5MLCQ 4FJNA 5HRRA 2HBJA 3U3GA 3OA9A 3QFUA 4A5AA 1FK9A 1Q7YO 1RTHA 2KKZA 4E1NA 3QIPA 4BR7A 4LF9K 4O55A 5C10A 1U47A 3AVLA 3FZHA 4FJKA 2VCPA 2YNIA 2VWJA 3VENA 2IVOA 3JYTA 3CCQN 4JKCA 4O8UA 3L2RA 3LALA 1DTTA 3AVHA 1F21A 4AQYK 3QBXA 1OH6A 1BM0A 1SV5A 2P9PB 2W41A 2ZJRL 4LFAK 1E7AA 3MEDA 4M3XA 3VEOA 1S6QA 1HJRA 3CETA 1SQKA 3JXUA 1D5AA 4BRLA 1QHTA 3AVFA 4KKOA 4IEEA 3CMEN 1RT6A 1J5EK 4BWMA 3AY9A 3O8MA 2QA4N 3CJ1A 2OANA 2Q0UA 5C24A 3HSCA 4RWTA 4DF4A 3WUHA 2IIRA 2UYTA 3H3AA 3E9OA 3ZSYA 3VEVA 3A8YA 5FPDA 4BKEA 2O4GA 4FM2A 1EX4A 3VQ4A 3HP6A 5FUOA 4EIAA 3VQIA 1ZBSA 3SAGA 1MIVA 1XNQK 2P9SA 4L8UA 1TYQB 4LF7K 4IDKA 1HNVA 3EEQA 3HOSA 4G04A 4CZEA 4M41A 3DOKA 4BR2A 3AARA 3SIUB 3MDQA 4CGIA 4NLBA 4CZGA 1IKXA 4G01A 4BRPA 2P9KA 4B9MA 4G03A 1LCUA 4BE1A 4JS5A 3LDPA 1ATSA 3EZWA 3C94A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5GIP A;  3NVI A;  3NVM A;  2OZB B;  3T7Z A;  3NVK A;  2NNW A;  4BY9 C;  5GIN A;  3GQX A;  3PLA A;  3ICX A;  5GIO A;  1NT2 B;  3GQU A;  3ID6 A;  3NMU A;  3SIU B;  3SIV B; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 5I3U A;  3L6Q A;  4WE1 A;  3P1G A;  1KC8 O;  4CJP A;  1BO5 O;  3NF7 A;  1MU2 A;  4IKF A;  3F9K A;  3AVC A;  4KV8 A;  3MX2 A;  3QB0 A;  2A42 A;  4CGF A;  1RTJ A;  4I2P A;  1NJI O;  4JAX A;  2PZS A;  5EXW A;  4DQS A;  1E7C A;  2XVU A;  1T44 A;  2NQO A;  5I9E B;  1ZBL A;  1DGK N;  4FWR A;  2ZQB A;  3CCM N;  4YDU C;  4LF5 K;  1S1X A;  2Q36 A;  1KFD A;  1CZA N;  1H9Z A;  4CBW A;  5BRE A;  1JLQ A;  3KKR A;  3PV8 A;  1HNX K;  2BGG A;  4FWK A;  2BXE A;  3ZT4 A;  3IAY A;  4NCA A;  1K73 O;  4JK4 A;  4B3M K;  4XEI A;  4TQ0 A;  3RMD A;  5M1P A;  4ILG B;  1N34 K;  1MA9 B;  4FOI A;  1BKE A;  4K2C A;  4N56 A;  3FFI A;  4W4U B;  2ASP A;  1JLB A;  2NUB A;  2BXF A;  1IKV A;  1SKS A;  3OS2 A;  3OS0 A;  5M1O A;  1NJY A;  1S1U A;  3VF2 A;  3SNN A;  4BE2 A;  2LSN A;  3KKS A;  3HM8 A;  4U67 L;  2BE2 A;  4H5N A;  5CY4 A;  5M1F A;  2V51 B;  3CJC A;  2ZJQ L;  1EP4 A;  5AQM A;  2EWS A;  3WXK A;  2NLX A;  4FLV A;  2QWP A;  3SBG A;  2VG7 A;  2HVH A;  3A73 A;  2FBT A;  3G4S N;  3OYM A;  4MQ3 A;  4IBN A;  2HHQ A;  3LWM A; 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