3NVMA

Structural basis for substrate placement by an archaeal box c/d ribonucleoprotein particle
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
355
structure length
342
Chain Sequence
FISENVRGIYAFDENGNLIEKRYFTDKPEKVLDQLLKGEITKDLEELLNSLKEKGYDEFVFEHPELSRRAKELGFSATTEFPNIAGERLRSNPEEFLGENWFEEYYKVGVALTRMRIQEQSGARDKMVIQAIEALDDINLLVARLREWYSLHFPELDELLPKHPQYVAFVKTVGHRDNINEEVLRELGLSEEKIKKILEAKEKTMGAWMDQTDIEVVRQLAEEIQLRKKLEDYIDRAMDDVAPNLKALVGAKLAARLISLAGGLRELAMMPSSTIQVLGAEPKHGVIYQYPAINRSPWWQRGKIARALAGKLAIAARVDYFSGEYIAEELKKELEARIREIK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords NOP5/NOP56 related protein
publication title Structural basis for substrate placement by an archaeal box C/D ribonucleoprotein particle.
pubmed doi rcsb
source organism Pyrococcus furiosus
molecule tags Transferase
total genus 89
structure length 342
sequence length 355
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-07-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 3nvmA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3nvmA01
3PLAA 5GIPA 5GIOA 2OZBB 3ID6A 3GQUA 3GQXA 1NT2B 2NNWA 3T7ZA 3NVKA 3NVMA 3NMUA 4BY9C 5GINA 3ICXA 3SIUB 3SIVB 3NVIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1JXEA 1NG9A 1DLOA 3ZT4A 3NGYA 3CD6N 1VQ5N 5LJWA 4FZZA 1HMVA 3M99C 4FW2A 4F2SA 3ID6A 3VGKA 1VQ7N 2XVUA 4G01A 3DRPA 4BRAA 2HHTA 1G15A 5IJFA 4M3UA 4CJ3A 3ZLJA 2W6KA 1NGAA 3DLHA 2Q31A 4DS5A 5AQHA 4BVPA 3AGKA 5KQDA 2EFCA 4CEFA 4FZYA 3SIVB 1LW2A 1HK1A 1GNJA 1JCEA 1BIUA 1ATSA 3MWTA 4CK2A 4YOXA 5JICA 3OYEA 4BGBA 3MK6A 4DU3A 1SUQA 5BN8A 4JHDB 1N6QA 1VQNN 1KAZA 2HVHA 4C31B 4JKAA 4YY3K 3A2FA 4HVJA 2HF4A 4JI6K 2D0BA 3VEZA 1J7EA 3NH0A 4BDPA 1YVNA 1T6DA 1MIVA 1S22A 3CG7A 3H3NO 3R1XA 4JKEA 4PHTX 1BI4B 4CJQA 1RDDA 4OKEA 3MAQA 2IDOA 3OS2A 4EZ9A 4D7XA 4YDUC 4YOYA 3HSCA 2ATQA 3QICA 1V4SA 5DMRA 1J9AA 1YUWA 3QIOA 3NHGA 4J2VA 3J7AP 3O9SA 4CEZA 3WT0A 3LDOA 4IEEA 4J2BA 3P1GA 4RW4A 1ZBIA 5E41A 4CK3A 4F5UA 3FZHA 2P9IA 5AZJA 2PY5A 3QMLA 4JS4A 2AGHB 4FWMA 4GKKK 3W1SA 2G8IA 3W3DA 2QWOA 4B1XB 5GAEP 4KPYA 2VWBA 4CHPA 3TPQA 3B9MA 5BRDA 4JKGA 4DHYA 1T6CA 3V81A 3UIVA 2LQIA 1HPZA 2ASOA 5CZ2A 3KLGA 5AZIB 1NJWA 4TSXA 3BDPA 5AQZA 4KRFA 3CCQN 3CM6A 4HUEA 3BPJA 2Z8JA 1GOBA 2VQEK 4DTRA 1HK5A 3DLLL 4LC9B 4NO7A 4KHYA 1EO1A 4X62K 2JWLA 4PL8A 1KRPA 1X1PA 3GL1A 3JYTA 5HOOA 1ZBUA 5IJ5A 2QWQA 1IBKK 1ASUA 4OJRA 1N34K 4NXMK 2CGLA 1UA0A 5HOZA 4BR5A 2FXUA 4H0YB 4DR2K 4H0TB 3SMSA 5IWAK 1NLVA 2E20A 4JKDA 2BE2A 2CKXA 3TANA 5DM6L 1DTQA 1NGHA 3HK2A 1KLNA 4KHUA 5IT9O 4ZCGA 5F2RA 2PYJA 3F73A 3VGLA 3L2WA 5JLFA 3DXKA 3L2VA 2VG7A 3OYHA 2GBZA 4BR9A 2ZJRL 1RBTA 4JS5A 3TAEA 4N47A 3BF1A 1EP4A 3SNNA 4E7LA 2PZSA 3KK7A 3NDKA 3QETA 4FW1A 1LWEA 2X78A 2G8HA 4CBWA 5M1QA 1Q18A 1V4TA 2O8FB 3KKSA 2OA8A 3HO1A 4DMNA 3CCVN 3T3FA 4A59A 1NNEA 4L9KA 4FK0A 2P9LB 2HNYA 4GV9A 2WUSA 4H5TA 4H4MA 2Q36A 4M7XA 4H0PA 1TAQA 3LWLA 4EHTA 3C6AA 2OZMA 1VSLA 5HP1A 4GDLB 1NJXA 3KJLA 3DRSA 1NK9A 3DOKA 3CFPA 2HBMA 3TTDA 2VWKA 4BREA 3LWMA 1VSJA 3RRHA 4LFCK 5BPNA 2QWNA 4FWOA 4DFKA 1VQKN 1MM8A 2F8SA 4CFDA 4FWPA 2Y1JA 4WQ5C 4QS7A 1ZBFA 3I55N 4BKEA 1DKGD 4FZXC 4NCGA 3NAEA 2W41A 2ZD1A 4BQZA 3O9RA 4CZJA 2QXFA 4DTPA 5BN9A 5C10A 4MDAA 4FLVA 3OYAA 4YOVA 1NGJA 3SV4A 5ID9A 1S3XA 4MDBA 3RMAA 2YNHA 4Q0BA 1LOTB 1QZ5A 1KXPA 4CJ5A 2IIRA 4BR2A 1YI2N 3V4IA 4KTQA 4KHQA 2QM1A 3O1BA 4A57A 4FM2A 3MEGA 4E99A 3EZ5A 2X6SA 4B3MK 2BXIA 4DFPA 1I3AA 3VA0A 1EXQA 3HZ6A 4Y0WA 2O8CB 2A1RA 2QWRA 3V9XA 4FLYA 3SJHA 1BUPA 5KRSA 3AGRA 3IRXA 1CXQA 3A0IX 1REVA 3LDLA 3R3LA 3IS9A 5AQIA 3RMDA 3WEEB 5HROA 3WXLA 1LV5A 4IJAA 4GNIA 2I30A 1JJ2M 1SL2A 3MCAB 1SKSA 1KLMA 5I42A 4BRFA 1A5VA 4CJSA 4AHVA 4DUZK 1C1AA 2HBJA 3H37A 5HRSA 2W40A 3CMAN 5E84A 4CEAA 4B08A 1KAYA 3RTVA 3CC2N 2ZQBA 1JLQA 4FK4A 1WSJA 3SBTA 3RSEA 1NK5A 4IFYA 3ZT2A 1A5WA 4BR4A 4PY5A 3MHSB 2AJEA 4M3TA 2BXLA 4YDUA 3QFPA 3LZIA 1QHTA 3ULEA 4W4UB 3N4QA 4KAZA 2E5LK 2W6LA 4ILJA 1NKCA 4EIAA 2UUCK 1MA9A 3A8YA 1YVUA 5CY4A 2VQFK 3I8BA 3M8QA 3ID8A 1B92A 2V7YA 3VQIA 4WA6B 4FVMA 4CHQA 3FGUA 3VMFB 3FE1A 1NK8A 4B1UB 2YV0X 2G8UA 1QQOA 2A5XA 5GINA 2ASPA 2HHUA 1Y97A 2RE2A 1K9MO 2V7ZA 2ZF5O 3NVIA 3M8PA 4W5NA 1U48A 1X9SA 1S5JA 4CZKA 3H1QA 4I9LA 1VSMA 4KREA 3KLHA 1C6VA 3K9KA 4KI6A 4FM0A 3FWBC 2LXTA 1SV5A 3VESA 5KI6A 3A5NC 4DSIA 4B8CA 3I33A 1RBRA 5D7GA 2E0XA 3ZCMA 1VQ6N 4W5RA 4CJEA 4DQQA 1KFSA 4PKIA 3THXA 3WQUA 1NGCA 4C8MA 3HM9A 3OBYA 2A6AA 5SWMA 4LFAK 3FFKB 3DM2A 3KLFA 1U45A 1RT7A 1QQNA 3VQ5A 5GIOA 1I94K 4IOAL 2FC0A 2VCPA 2H3GX 2FLOA 1J53A 2IC3A 4DM0A 5AQWA 1UA1A 2HHXA 1VSIA 3T7ZA 3OYNA 4IG0A 4F5TA 4FJGA 5C2DA 4RCHA 5FRMA 4XEIA 3VF2A 4BDYA 2G8FA 4GV6A 1K73O 3EKUA 3KWGA 2Z1HA 3EN9A 5AQVA 4A2BA 5GAGP 1VQLN 2UUBK 1HK3A 1XHZA 3KTQA 1RGIA 5M1OA 4HCCA 4GDKB 3C6UA 3A73A 4DR7K 3AO5A 4K25A 4N76A 3C0BA 3QEVA 4C8NA 4JI0K 1K8KB 3FLCO 1OH7A 5LMNK 3AVHA 1IKXA 1NOYA 4E0DA 3SK3A 1SKRA 3NF6A 4PWDA 2XRIA 3ZSOA 5LJVA 2ZGZA 3H45C 4FJ5A 4JAXA 4JHDA 4W5OA 4BDZA 1H5WA 1WAFA 4JI7K 3QLHA 1BL3A 3SMPA 3AA4A 1K6YA 2W42A 1BISA 4M3ZA 3KWIA 1JNBA 3L3VA 5HRRA 4DG1A 4WQ5A 1BM0A 1BI4A 1RDWX 4FJKA 5BRFA 4CBXA 4KHNA 4FOEA 4RWTA 3ZSRA 1T03A 3V9SA 2XW0A 5KGXA 1JL2A 2A42A 4CF9A 5LMUK 4JNEA 5B8HA 3LP2A 2P5OA 3O80A 5JLHA 4Y1DA 3MN5A 3PSFA 4DSKA 4R5PA 1ATRA 1ASVA 1XMQK 1XQSC 1TF0A 5K14A 3CJAA 3AA2A 3ZETB 2RHKA 1LWCA 5AZIA 1S9GA 4XH1A 5J2MA 2AJQA 3FR0A 1YT3A 1ZC6A 2GELA 3HL8A 4OO1J 2F9WA 1C0TA 4ZTFA 1D5AA 3AVAA 2RN2A 3VF4A 3AVNA 4XH4A 2GWJA 1IKYA 3ULDA 1BO5O 3LAKA 4IOXA 2GUIA 5J2QA 4DV4K 1MIWA 3S3MA 3DOLA 1BCOA 3E01A 2UYTA 5EVZA 3VQ6A 1LWFA 3AO3A 3LANA 3SQ0A 3A5OC 1L3UA 3ZSZA 4DSLA 3L2RA 4FWQA 4H0VB 5AQFA 4I9QA 3NFAA 4DR3K 3M6GA 3F9MA 3G9KD 4N56A 4FO0A 2D5RA 1NGDA 4LF4K 5AQLA 4DV1K 3LDSA 1TXUA 4J8FA 5B5TA 3EO3A 2E1ZA 3H3OB 4DTNA 3LALA 3QEPA 5BR9A 4CJLA 3CX9A 2P9NB 3ZSQA 2EHGA 3VQ8A 3SUOA 4KI4A 1O9XA 1W7AA 4AM6A 3T1AA 3DWLA 3DLKA 2OZBB 4A61A 2O8FA 4FJNA 3AVCA 2BXPA 3TTFA 2P9LA 1GOAA 4BRHA 4FPAA 1NJYA 4B9SA 4DF8A 2YKMA 1VQPN 3E9OA 4JKCA 2NZTA 4A5BA 5AQGA 4OPKA 1NGBA 2ZJQL 1FKPA 1MDUB 2B4JA 4DTUA 2IVNA 3HM8A 1VQMN 1Z26A 4HGKA 1KAXA 3VEWA 1Z05A 3G6EN 4CZHA 2NNWA 2KKZA 4BQLA 5EX5A 3UE5A 2BXFA 2YNFA 1J78A 4CGHA 4BY9C 2ETJA 3U3GA 4KKOA 3HVRA 3QEWA 4E1MA 3SJJA 4GKJK 2FSNA 4DV3K 3KLIA 3K58A 3M3ZA 4KTZA 3HI0A 3NF7A 3CI5A 4LD0A 2DBXA 3HP9A 3OBWA 4FJHA 2O4IA 2J4RA 2XHBA 5J2PA 3VQAA 4H8KA 3VQ4A 4CJUA 2JWKA 2WC9A 1TKTA 4KO0A 4CVNE 1LOTA 3B6PA 3THVA 1JL1A 3SZ2A 4WYBA 4CEDA 4UQGA 3D2FB 1VRUA 3UKRB 4BRMA 3H46O 4ISEA 4O55A 3B8AX 4LH5A 3OYLA 2O8CA 4M63C 4BRGA 4YOTA 3TSPA 5DBYA 4KH5A 1W9HA 4E3SA 3VQDA 4AHSA 1OVYA 1HK2A 3G0ZA 1BG3A 2F7TA 5AQJA 5C25A 4DR6K 3WEEA 4C1NK 4DQRA 2FSJA 3D2EB 5CZ1A 2A3ZA 5BPKA 3ITHA 1YJNN 2NQOA 3BZKA 1OH6A 3AAPA 1U04A 1U6ZA 3EY1A 3KD5E 4PQUA 1N32K 3DLGA 2QA4N 4CEQA 4Z94A 1HNXK 3WNFA 2Q2RA 4BG8A 2WOMA 5AQOA 4KBOA 4RW6A 1JLCA 3L4IA 3NGZA 3VGMA 5C24A 1JCFA 2QKKA 4YOUA 4YFUA 4F9OA 4ZBKA 3NF8A 3I8DA 1CZBA 2QWPA 4E1JA 1RDAA 4O0JA 3LU8A 1HRHA 1VSDA 4K0KK 1TYQB 3CQYA 4ISFA 4OGCA 4M7YA 4OPHA 4CF2A 4ELUA 3OY9A 1KVCA 2XVQA 4LFBK 1SB0A 3JRYA 1Q81O 4OKJA 4J2DA 4I9OA 2GV9A 2IS3A 5FLXO 3TAPA 4CIEA 1BA0A 4F5VA 4A5AA 2QM6A 5DK5A 4KTWA 3V1OA 1E7GA 2R7YA 3O4NA 4QAGA 2DG5A 5AQSA 3O1WA 3U3YA 1NK4A 4LB2A 1QVGM 4H4OA 4B3OA 1QS4A 1SS6A 5C2FA 3CF5L 3VEOA 2JGUA 3O8MA 3SYZA 2Z1JA 3AO2A 4IFEA 4O4GA 2CGKA 1BU6O 3RVCA 2BGGA 4LUFA 3HJFA 1IG8A 2WTUA 1JXBA 2E2NA 1O1WA 4PL7A 3ZX0A 2QHBA 1T44A 4YORA 1J54A 1W97L 3A75A 4FXDA 5AQQA 3OYBA 2KQ2A 1TL1A 3HBTA 4CD1A 3PLAA 5J1EA 4JI5K 2D0OA 2V52B 5MLCQ 2UXBK 3SAHA 5BPMA 2BXHA 2PFUA 1NT2B 1P90A 4ELVA 3CC7N 3C6HA 2B5JA 3JQZA 3AY9A 5AFUA 1YHQN 3LM2A 3MMVA 3R6MA 3NMUA 1IG9A 3EE9A 3U9DA 2VYPA 3LP0A 1HQUA 4DU4A 3QFUA 3SQ4A 2NRHA 2ZGYA 4OGEA 4AH9A 1QSYA 1EWRA 4A62A 3HP6A 4K71A 5DM7L 3OYGA 3F9KA 4BC3A 3MN7A 2ROHA 4AHCA 2JLEA 4FJ9A 4M3WA 2FBXA 1K8KA 4LSLA 4CEOA 2YX6A 4FPBA 4FLZA 4PKHA 1YTAA 4IEIA 4DLEA 2AA4A 2QMCA 4NCAA 1RT5A 2GUTA 4C8OA 1X9WA 1C0MA 4CGDA 5HRNA 5C15A 3MXIA 1E7HA 3EEQA 3CIPA 5M1NA 4CFAA 4FJLA 1YTUA 1U2VB 1LAVA 1N8RO 3SUPA 2KHOA 2E88A 3HPGA 1UORA 4NCBA 4IOCL 4K8XA 4DV7K 2QK9A 3MEDA 4MLHA 1YXQA 4CHNA 4L8UA 1L5UA 1CLQA 4C8KA 5GHKA 1XHXA 3O3HA 3PX0A 1BJ5A 2ZJPL 2E0YA 2GWKA 4IG3A 4Z4CA 3ZT0A 3GA9L 1IBLK 4UY8O 4DF4A 2NRXA 3DLEA 4RG8A 4C23A 4O8UA 1R0AA 1BQNA 4I7FA 3ZETA 2Q0RA 4EAHD 3SUQA 3K5OA 1VRTA 3MXMA 1N33K 1IV0A 2A40A 4ICLA 3M8SA 4IWVA 1TK5A 2UU9K 4AILC 1QSSA 1YJWN 1QQCA 2P1JA 4IW2A 3O9UA 3TR8A 2G8WA 5KGWA 2FSKA 2WFBA 3HRGA 1C0UA 4JI4K 3T69A 3M5RA 4ZC6A 4CJPA 4CF1A 1K8AO 2FBVA 3K5NA 2VGMA 3IUCA 3WHSA 3NGIA 3UIQA 3VETA 2FBTA 1XNRK 3IG1A 3VN5A 4HGMB 4DSJA 2KWFA 3HPOA 4JK8A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3PLA A;  5GIP A;  5GIO A;  2OZB B;  3ID6 A;  3GQU A;  3GQX A;  1NT2 B;  2NNW A;  3T7Z A;  3NVK A;  3NVM A;  3NMU A;  4BY9 C;  5GIN A;  3ICX A;  3SIU B;  3SIV B;  3NVI A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1JXE A;  1NG9 A;  1DLO A;  3ZT4 A;  3NGY A;  3CD6 N;  1VQ5 N;  5LJW A;  4FZZ A;  1HMV A;  3M99 C;  4FW2 A;  4F2S A;  3ID6 A;  3VGK A;  1VQ7 N;  2XVU A;  4G01 A;  3DRP A;  4BRA A;  2HHT A;  1G15 A;  5IJF A;  4M3U A;  4CJ3 A;  3ZLJ A;  2W6K A;  1NGA A;  3DLH A;  2Q31 A;  4DS5 A;  5AQH A;  4BVP A;  3AGK A;  5KQD A;  2EFC A;  4CEF A;  4FZY A;  3SIV B;  1LW2 A;  1HK1 A;  1GNJ A;  1JCE A;  1BIU A;  1ATS A;  3MWT A;  4CK2 A;  4YOX A;  5JIC A;  3OYE A;  4BGB A;  3MK6 A;  4DU3 A;  1SUQ A;  5BN8 A;  4JHD B;  1N6Q A;  1VQN N;  1KAZ A;  2HVH A;  4C31 B;  4JKA A;  4YY3 K;  3A2F A;  4HVJ A;  2HF4 A;  4JI6 K;  2D0B A;  3VEZ A;  1J7E A;  3NH0 A;  4BDP A;  1YVN A;  1T6D A;  1MIV A;  1S22 A;  3CG7 A;  3H3N O;  3R1X A;  4JKE A;  4PHT X;  1BI4 B;  4CJQ A;  1RDD A;  4OKE A;  3MAQ A;  2IDO A;  3OS2 A;  4EZ9 A;  4D7X A;  4YDU C;  4YOY A;  3HSC A;  2ATQ A;  3QIC A;  1V4S A;  5DMR A;  1J9A A;  1YUW A;  3QIO A;  3NHG A;  4J2V A;  3J7A P;  3O9S A;  4CEZ A;  3WT0 A;  3LDO A;  4IEE A;  4J2B A;  3P1G A;  4RW4 A;  1ZBI A;  5E41 A;  4CK3 A;  4F5U A;  3FZH A;  2P9I A;  5AZJ A;  2PY5 A;  3QML A;  4JS4 A;  2AGH B;  4FWM A;  4GKK K;  3W1S A;  2G8I A;  3W3D A;  2QWO A;  4B1X B;  5GAE P;  4KPY A;  2VWB A;  4CHP A;  3TPQ A;  3B9M A;  5BRD A;  4JKG A;  4DHY A;  1T6C A;  3V81 A;  3UIV A;  2LQI A;  1HPZ A;  2ASO A;  5CZ2 A;  3KLG A;  5AZI B;  1NJW A;  4TSX A;  3BDP A;  5AQZ A;  4KRF A;  3CCQ N;  3CM6 A;  4HUE A;  3BPJ A;  2Z8J A;  1GOB A;  2VQE K;  4DTR A;  1HK5 A;  3DLL L;  4LC9 B;  4NO7 A;  4KHY A;  1EO1 A;  4X62 K;  2JWL A;  4PL8 A;  1KRP A;  1X1P A;  3GL1 A;  3JYT A;  5HOO A;  1ZBU A;  5IJ5 A;  2QWQ A;  1IBK K;  1ASU A;  4OJR A;  1N34 K;  4NXM K;  2CGL A;  1UA0 A;  5HOZ A;  4BR5 A;  2FXU A;  4H0Y B;  4DR2 K;  4H0T B;  3SMS A;  5IWA K;  1NLV A;  2E20 A;  4JKD A;  2BE2 A;  2CKX A;  3TAN A;  5DM6 L;  1DTQ A;  1NGH A;  3HK2 A;  1KLN A;  4KHU A;  5IT9 O;  4ZCG A;  5F2R A;  2PYJ A;  3F73 A;  3VGL A;  3L2W A;  5JLF A;  3DXK A;  3L2V A;  2VG7 A;  3OYH A;  2GBZ A;  4BR9 A;  2ZJR L;  1RBT A;  4JS5 A;  3TAE A;  4N47 A;  3BF1 A; 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