3NVMA

Structural basis for substrate placement by an archaeal box c/d ribonucleoprotein particle
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
355
structure length
342
Chain Sequence
FISENVRGIYAFDENGNLIEKRYFTDKPEKVLDQLLKGEITKDLEELLNSLKEKGYDEFVFEHPELSRRAKELGFSATTEFPNIAGERLRSNPEEFLGENWFEEYYKVGVALTRMRIQEQSGARDKMVIQAIEALDDINLLVARLREWYSLHFPELDELLPKHPQYVAFVKTVGHRDNINEEVLRELGLSEEKIKKILEAKEKTMGAWMDQTDIEVVRQLAEEIQLRKKLEDYIDRAMDDVAPNLKALVGAKLAARLISLAGGLRELAMMPSSTIQVLGAEPKHGVIYQYPAINRSPWWQRGKIARALAGKLAIAARVDYFSGEYIAEELKKELEARIREIK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords NOP5/NOP56 related protein
publication title Structural basis for substrate placement by an archaeal box C/D ribonucleoprotein particle.
pubmed doi rcsb
source organism Pyrococcus furiosus
total genus 89
structure length 342
sequence length 355
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-07-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 3nvmA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3nvmA01
3NVIA 3NVKA 1NT2B 3GQUA 5GINA 3PLAA 3ID6A 3SIUB 3NMUA 3ICXA 3GQXA 5GIOA 3SIVB 3NVMA 2NNWA 2OZBB 5GIPA 4BY9C 3T7ZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3MAQA 3B6PA 4BGAA 3UKUB 4KH6A 4B3RK 4FIPB 4JI7K 2XVVA 1GLJO 4BRHA 4DTUA 4Z4EA 4MDBA 4BVOA 3AO5A 1RT7A 4W4UB 3AA5X 3HTVA 4BR9A 4BE2A 4MO5A 1ZBIA 4BWJA 3K58A 4OX9K 2P9NB 1X3NA 2GEMA 1IH7A 3VESA 4CJWA 3JS6A 4CHOA 3E9LA 3DRSA 4CIGA 3M99C 2F9TA 4ZC6A 4JKHA 2YNHA 2VWJA 4CEDA 1LW0A 5KRSA 2Q31A 4B9QA 2JGUA 5ID7A 5GHKA 3SQ2A 4C23A 3AARA 3ZT1A 2K0NA 3P39A 1SKWA 4IOXA 2J4RA 1ASWA 2QK9A 3NF9A 1U47A 4DR4K 1BA0A 2E88A 4NCGA 4G9ZA 4AHSA 5GAEP 1WSIA 4FWLA 3H3AA 4YY3K 4IG0A 4NLBA 1BGXT 4FVMA 4BG8A 4H03B 1T8EA 1NGHA 4I2QA 4M45A 3TSPA 1QHTA 3AVKA 1BOTO 5AQKA 1CZ9A 4O8UA 4LH4A 4NYFA 1FJGK 1IBKK 3WXIA 1L3TA 3DLBA 4IFYA 3SV4A 4JK9A 1J78A 2KQ2A 2PAVA 2VCPA 3A2FA 1K9MO 4FWKA 3K5LA 3CCEN 1M90O 3DLEA 4OTTA 2XHBA 1RDBA 1HNXK 1TKTA 1NKBA 4MBEC 4B3SK 4C1NK 4FWMA 2Q97A 3ZT2A 3L2RA 4J2EA 4YORA 4G01A 3FFIA 3DRRA 1TK0A 4CHYA 1WSGA 2LOQA 4BRAA 2WOMA 2PYJA 5I9EB 4XH4A 4BY9C 4GDLB 3VMFB 3DLHA 5H1SQ 1KAYA 3GQUA 1VSJA 3CQXA 2KLAA 1NNEA 4PA1A 4JK4A 1VSDA 5AQHA 4FPAA 4CEQA 3K57A 1FKOA 2YNGA 2V7YA 3DJCA 1D9FA 3HJFA 5AZJA 2ROHA 5IIUA 3CD6N 1KC8O 3WHQA 3CCJN 3AY9A 2P9SB 4DWIA 1RBUA 3ZX0A 2E8AA 1VSFA 1WSHA 4A59A 3THWB 2WFBA 4N0UD 5M1OA 4WYBA 2NRHA 5GIPA 3LDLA 2QA4N 2E2OA 5KTQA 4IEEA 2DTUA 3GOIA 4DKWA 4GDKB 3VQDA 1Q9YA 3LU7A 4DR7K 1V4TA 1D9DA 4BC2A 2BXGA 3VQAA 1Q82O 1QHAA 4WFAL 5I3UA 3V03A 2DBWA 2IIRA 4RCHA 1QTMA 3SIVB 4YOVA 4WCEL 3B9LA 1HJOA 1NM1A 1MA9A 3SBTA 3VQQA 4L8UA 3V08A 3DLLL 4H5TA 2PFUA 3HT3A 3J8AA 3QB0A 2A6AA 4DSFA 3QICA 2YKNA 3EKUA 4Z69A 4OGCA 1S72N 1HMVA 1HKBA 3HZ6A 4E99A 5EVZA 3ENBA 1Y64A 2HNYA 3SJHA 3THVA 3BDPA 3EY1A 2GV9A 4Y1CA 4LF8K 4CF0A 5CY4A 4BQLA 4BVPA 3AVFA 4KH5A 4DSLA 2LXSA 3AAQA 5B5TA 3DM2A 4YOYA 2O8EB 3NE6A 4CJ5A 2B4JA 2HBMA 3A5MC 2ATQA 4WQ4C 4M3XA 1BO5O 1GOAA 2E2QA 4WE1A 4FM2A 1KLMA 5HRPA 4ICLA 4AF1A 4CHZA 3ZCMA 1BKEA 5AZIA 4CZLA 2P9IB 1I3AA 2NUBA 1HRHA 1EWQA 1YJWN 3CJCA 4O5BA 2ITMA 5FPNA 2BTFA 4BRDA 3PX6A 4KV8A 3KLIA 1IG8A 2P9LA 3QO9A 1YHQN 4FXDA 3M8QA 4YOTA 4CD3A 3SJJA 2DYOA 4BE1A 4M63C 4YHHK 4JS4A 2BXNA 2A3ZA 4DR3K 4DR6K 3C0BA 4IFEA 1X9MA 1R0AA 3E01A 1SKRA 1GOCA 4J2VA 5HP1A 4IG3A 4HCBA 1WSEA 2BH1A 5JVGL 1XUPO 1S5JA 1L3VA 2E0YA 3H1QA 3HI0A 4FLZA 2BXCA 1KSPA 1GNIA 2XSIA 4ILGB 4GY2B 1W0HA 3MDQA 2AJQA 4EP4A 1GLDG 1ASVA 2A1RA 3ENHA 1XNQK 2QXLA 2UYTA 2QHBA 1N33K 3JQZA 3VA3A 3I0SA 4RW7A 3PIPL 1QQCA 3KLEA 3FZMA 4DV2K 4OGEA 3DLGA 3SUNA 4J2DA 2R7YA 3RRHA 4KHWA 2UXCK 3K0SA 4K25A 5KPZA 2YJEA 4FJMA 2E1YA 4HUFA 4UQGA 4FO0A 3LDQA 5FUOA 5AQNA 2VDBA 3ZSXA 2IS3A 1E78A 4Z4CA 2WBNA 1BG3A 4UY8O 4XH1A 2HB5A 4X62K 4B8CA 5TKYA 5GIOA 1VQKN 4PL7A 5BN9A 1LCUA 1I39A 3WUHA 4FWQA 2V52B 3S3OA 2JUHA 4K0KK 4PKHA 3HSTB 1JJ2M 1MIVA 4OPJA 3RSEB 4BRIA 4BRFA 1C1BA 4IOCL 3KKSA 3CQYA 3AVJA 3ENOA 4FJ5A 3EZWA 4CJ4A 4KB0A 5AQFA 1T3VA 3F9MA 3HOSA 5AQWA 1H9ZA 4BG9A 1XMOK 5IWAK 4IW1A 4NCBA 1TL1A 2Y1JA 4ILHA 2I7NA 1Q18A 2O8DB 4CEEA 1QQMA 2YNIA 2ZGZA 4CZJA 3O08A 5BRDA 4W5OA 4CJQA 3MEDA 3QINA 5A2QO 3QERA 5IT9O 3NH0A 2F4VK 1MIWA 4K42A 4F5UA 3OYFA 4EZ9A 4M70B 1IKVA 3NAEA 3FZFA 1LAWA 3LPUA 3L6QA 4XIUA 4V19S 4Q5VA 4KAZA 4PWDA 3TAEA 1J53A 3HSCA 4FWRA 2O8CA 2EFHA 3TAMA 4AM6A 3CJ1A 2DFEA 2HW3A 2BXBA 1NWKA 5KRTA 2FC0A 5CZ1A 5EXWA 3SK3A 1MM8A 4QS8A 5GADP 3VQIA 1S22A 2YNFA 3VF2A 3I8DA 3LL3A 5AFUH 4CZKA 1RTHA 2P9UA 5FRMA 4JI5K 2E1ZA 4E1NA 3U9DA 4KPYA 2D0CA 1NK0A 4GG2A 1QZ5A 2HF3A 1N32K 5AQTA 4ZCGA 3QEXA 1HPMA 5AQMA 3MXJA 3V9ZA 3LANA 3KLHA 4FZYA 4M3TA 2P9UB 4FJ7A 4B9LA 3MHSB 1Y97A 2G8KA 3H46O 1ATNA 4BDPA 3H37A 2E6LA 3KIKA 1VQ6N 3SV3A 3ATUA 3OS2A 3VEWA 4LB2A 1VRUA 1X1PA 4CGHA 2HMIA 3UIQA 1QQOA 3C94A 3PLAA 5HL7L 4O0IA 1J7EA 4DSEA 3BPJA 1E7FA 2O8BA 3ZYYX 4FLVA 1EO1A 3ALYA 4CFBA 1QVGM 4Y0WA 1MUSA 3OTOK 4G04A 2A41A 3OYAA 2D0PA 2P9KA 5F1XA 2YJFA 4M3YA 1UOCA 4GKKK 4IEIA 4BRGA 3RTVA 3IDHA 1S1UA 3NH1A 5M1NA 3OYJA 4ZBQA 4H0PA 1KRPA 4M42A 1UA1A 2LQHA 1HA2A 1JKHA 3O5BA 1IBLK 3SQ0A 1ZBSA 4CIEA 4X66K 2CH5A 3GA9L 3MN9A 4DV4K 1EETA 1T03A 2ASMA 1WN7A 1TKZA 1U48A 1S9EA 4MLHA 3ULEA 4JKGA 3I33A 2Z8IA 4B1WB 3A0IX 4ZBKA 1B92A 5SZTA 1NGAA 4A2BA 4FJXA 4B3MK 4FK0A 4PQUA 1NGFA 3G4SN 1RT6A 3O9RA 3KTQA 2HHUA 4DF8A 4DV1K 1VQ9N 1BIZA 5AQOA 4B1UB 5F0XA 4X65K 4DHXB 1VK0A 4BR4A 4DTMA 4OLAA 1VZSA 2BXLA 2JLEA 4N0FD 1KW2A 4RW4A 3G6EN 4IKFA 3DXKB 3WNGA 2BXDA 5JVHL 3K5OA 4ISEA 3LWLA 2AGHB 2HHVA 2E0XA 2A40A 4K43A 4E1MA 4F4KA 4DG1A 4Z0UA 5BREA 4CE9A 4KHSA 1JLGA 1WAFA 3MWPA 3CG7A 3DOKA 1TGOA 4DB3A 1JCGA 3ID6A 4H4OA 4FVUA 1SB0A 2HF4A 2O4IA 1KVAA 3I55N 3C6HA 3OJUA 2NZTA 3L2VA 3L4IA 4ISGA 3OYLA 4ZBRA 2KKZA 5BRHA 4I7FA 2QEXN 1YVUA 2KHOA 3V09A 3OYDA 4ID5A 4CK3A 2BXAA 4C31B 3V4IA 3LAMA 3J7ZO 3ZLJA 4Z4IA 4B3OA 5GINA 3A5LC 3HP6A 2GUIA 3QESA 4ZTJA 4IO9L 1DTQA 1V4SA 2YHAA 5CR4A 2GX9A 1RT1A 3BUZB 3HO1A 4IW2A 5HRRA 3THYB 3AO2A 3KK3A 3AVCA 1JLCA 4LA0A 3QEPA 2D1KA 5M1KA 1U49A 3VQCA 3WQUA 1N36K 3EYZA 5DM6L 1FOUA 5FPMA 4CCHA 3PX0A 4CJ3A 2JWKA 4CIFA 2Q1NA 3AVHA 3V9SA 5CYMA 1X9SA 3LAKA 4WQ5A 4B3TK 4KBOA 3CPWM 1JNBA 1CZAN 1LNSA 4H5WA 1HUXA 5HROA 2YHWA 3TU5A 4KI4A 1L5UA 4FZXC 3V6DA 3ICXA 4CF9A 4I9QA 3TDLA 4BWMA 1WBBA 3GG4A 4LFAK 3E9OA 4OPAA 1K6YA 3CCQN 4NB4A 3OA9A 4YDUA 3UKUA 4CZGA 4LFCK 5DMRA 3D2EB 1CLQA 3R6MA 4FJLA 3JXUA 1QSYA 4LF7K 1XWLA 1N5YA 1AO6A 5EY4A 3VETA 3IKMA 3HVTA 3BZKA 2Y1IA 4TQ1A 3SYZA 3Q7CA 4IO8A 5JLHA 4DTSA 5CZ2A 1XC9A 1JLEA 2P9NA 2EFEA 4KI6A 2KW4A 3WXJA 1HLUA 3VEYA 1Q81O 1M1KO 3WHSA 3QIOA 4B9SA 1SKSA 1YT3A 4H0OA 1YJNN 4E0DA 3DOLA 4U7BA 5FROA 3MN6A 1E4FT 1HPZA 3IG1A 3LP3A 3FWBC 2YX6A 1WB9A 1U2VB 4HWIA 4JD2B 3TAQA 1TF0A 4CHQA 2NRZA 4PL8A 2YI1A 5AQPA 5C42A 4L3QA 3HYFA 5LY3A 3CHWA 3V81A 4IBNA 4LD0A 4KHQA 1LWEA 3SAHA 3E66A 3VQ9A 4MQ3A 1N8RO 4JKEA 2XY5A 1N5UA 5EU7A 1H1VA 3OHRA 1GLCG 3O4QA 3JYTA 2DY4A 1C1CA 3LU8A 2D5RA 3MXIA 3AVAA 3ZT0A 4FJ9A 1XHXA 4FOEA 3M8RA 1XQSC 3THXB 4JI6K 4M41A 4F5VA 4OJRA 3HPOA 4H0XB 4JI2K 4DR5K 4FOIA 4GV3A 3F2KA 2D0OA 3ECPA 1LWCA 4RTFD 3MEGA 1LW2A 2OANA 2Z1HA 3AVIA 3D2FA 1GOBA 4BR2A 3VQ6A 3C7NB 1NK4A 1E7BA 3L2UA 1NJIO 2CKXA 1SS6A 5HOZA 3EO3A 4DQPA 3D2FB 2LSNA 3SPZA 4JKBA 2XY7A 5T7BA 5D7GA 2LXTA 1KXPA 5AFUA 1TXUA 1OH5A 3RRGA 4NYNA 1VRTA 1JCEA 2ASPA 3QFUA 4HGKA 1HX1A 3OY9A 2BXKA 3DMJA 1L3UA 2P5OA 4AH9A 4BGBA 5C10A 4NXNK 1JLFA 1MU2A 2BXIA 1MDUB 3SLCA 5TKWA 1YVNA 1KQSM 4O0JA 3R8EA 2UXDK 3P1GA 5AQUA 2P9SA 2XO7A 4HVJA 3NMUA 4A62A 5FPEA 3THWA 1TKDA 1L3SA 3QEWA 5HRSA 5AQVA 3LDSA 3QLHA 1JCFA 3OYKA 3BF3A 3VEOA 3QEVA 4NO7A 1C0FA 1GLEG 4DTJA 2IAJA 5LL6Z 4CJ7A 4F2SA 4B9MA 1VQMN 1VQ7N 5D3GA 1J6ZA 5DBYA 1DGKN 2V7ZA 4FM0A 3HL8A 4A61A 2JWLA 4PY5A 1HYZA 4DV7K 3ZEUB 3J81O 4W5RA 3HP9A 1HNVA 5C2DA 1NGGA 3J7AP 1RBVA 3KJVA 3VEVA 2IGIA 4IZ9A 5AR0A 4JAXA 4EHTA 3U4LA 4LUFA 4CEBA 1VQPN 4HUGA 3DXMB 4AHRA 3AO4A 3QMLA 1S3XA 4HCCA 4IOAL 4OKKA 3TTDA 4CGIA 4B9NA 3VQ7A 4FW2A 4FWSA 2CGJA 2O8EA 2QWLA 4R79A 1YI2N 3ID8A 4JI0K 4FLYA 1J5OA 3M6GA 1HNWK 2PYLA 3MCAB 3A8YA 2F96A 5K14A 5JMVA 2FSJA 1HR0K 3NVIA 2CH6A 5IJEA 3NF8A 2QWOA 4KHNA 4BRMA 4DLEA 3WXLA 4KTWA 3SAGA 4G03A 2OCEA 3MX2A 4DLGA 4B9UA 1VSHA 3LM9A 1ZBUA 2NRTA 3FNMA 2HBJA 2P9IA 2XVUA 4K2CA 3CF5L 1LOTB 1QSSA 3JSMA 1QVFM 1E7IA 3L3VA 2VQEK 1IBMK 2FSKA 2ZM6K 3V1QA 3K5MA 4FLWA 2V51B 1BCMA 3K2PA 5LJVA 4O55A 2D0AA 5AQLA 4N3ZA 3P4IA 3O6WA 4KH4A 1YJ9N 4ELTA 3OVNA 4I6MB 3AA4A 3DWLA 3MN5A 1SL1A 3MK6A 1HQEA 4M3ZA 1TAQA 4MDAA 3AVGA 3ZSYA 1K73O 4LFBK 2NLXA 1ZBHA 3FFKB 4A5AA 3IAYA 4CJLA 4CZEA 5J2NA 3FGUA 3HPHA 2X78A 3VPZA 3QNOA 4OO1J 4CBWA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3NVI A;  3NVK A;  1NT2 B;  3GQU A;  5GIN A;  3PLA A;  3ID6 A;  3SIU B;  3NMU A;  3ICX A;  3GQX A;  5GIO A;  3SIV B;  3NVM A;  2NNW A;  2OZB B;  5GIP A;  4BY9 C;  3T7Z A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3MAQ A;  3B6P A;  4BGA A;  3UKU B;  4KH6 A;  4B3R K;  4FIP B;  4JI7 K;  2XVV A;  1GLJ O;  4BRH A;  4DTU A;  4Z4E A;  4MDB A;  4BVO A;  3AO5 A;  1RT7 A;  4W4U B;  3AA5 X;  3HTV A;  4BR9 A;  4BE2 A;  4MO5 A;  1ZBI A;  4BWJ A;  3K58 A;  4OX9 K;  2P9N B;  1X3N A;  2GEM A;  1IH7 A;  3VES A;  4CJW A;  3JS6 A;  4CHO A;  3E9L A;  3DRS A;  4CIG A;  3M99 C;  2F9T A;  4ZC6 A;  4JKH A;  2YNH A;  2VWJ A;  4CED A;  1LW0 A;  5KRS A;  2Q31 A;  4B9Q A;  2JGU A;  5ID7 A;  5GHK A;  3SQ2 A;  4C23 A;  3AAR A;  3ZT1 A;  2K0N A;  3P39 A;  1SKW A;  4IOX A;  2J4R A;  1ASW A;  2QK9 A;  3NF9 A;  1U47 A;  4DR4 K;  1BA0 A;  2E88 A;  4NCG A;  4G9Z A;  4AHS A;  5GAE P;  1WSI A;  4FWL A;  3H3A A;  4YY3 K;  4IG0 A;  4NLB A;  1BGX T;  4FVM A;  4BG8 A;  4H03 B;  1T8E A;  1NGH A;  4I2Q A;  4M45 A;  3TSP A;  1QHT A;  3AVK A;  1BOT O;  5AQK A;  1CZ9 A;  4O8U A;  4LH4 A;  4NYF A;  1FJG K;  1IBK K;  3WXI A;  1L3T A;  3DLB A;  4IFY A;  3SV4 A;  4JK9 A;  1J78 A;  2KQ2 A;  2PAV A;  2VCP A;  3A2F A;  1K9M O;  4FWK A;  3K5L A;  3CCE N; 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