3NVMA

Structural basis for substrate placement by an archaeal box c/d ribonucleoprotein particle
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
355
structure length
342
Chain Sequence
FISENVRGIYAFDENGNLIEKRYFTDKPEKVLDQLLKGEITKDLEELLNSLKEKGYDEFVFEHPELSRRAKELGFSATTEFPNIAGERLRSNPEEFLGENWFEEYYKVGVALTRMRIQEQSGARDKMVIQAIEALDDINLLVARLREWYSLHFPELDELLPKHPQYVAFVKTVGHRDNINEEVLRELGLSEEKIKKILEAKEKTMGAWMDQTDIEVVRQLAEEIQLRKKLEDYIDRAMDDVAPNLKALVGAKLAARLISLAGGLRELAMMPSSTIQVLGAEPKHGVIYQYPAINRSPWWQRGKIARALAGKLAIAARVDYFSGEYIAEELKKELEARIREIK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for substrate placement by an archaeal box C/D ribonucleoprotein particle.
pubmed doi rcsb
molecule keywords NOP5/NOP56 related protein
molecule tags Transferase
source organism Pyrococcus furiosus
total genus 89
structure length 342
sequence length 355
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-07-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 3nvmA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3nvmA01
1NT2B 3NVKA 3ICXA 5GINA 2NNWA 3NMUA 5GIPA 3SIUB 3GQUA 2OZBB 5GIOA 3T7ZA 3GQXA 3SIVB 3NVIA 3NVMA 3PLAA 4BY9C 3ID6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1T6CA 1KFSA 4OX9K 2XRIA 1KW2A 3R8EA 4QS9A 3V9SA 4FWQA 5FRNA 3LDSA 1IO2A 3OYIA 1SL2A 3QLHA 4RW4A 4DLGA 1GLEG 2P9SB 3D2EB 4YFUA 5DK5A 4CVNE 4ZBQA 1CLQA 2VWKA 4KTQA 2BXBA 3SCXA 4BROA 5BPKA 2RPIA 5JS2A 1F21A 3OS0A 1KDXA 2P1JA 4DM0A 1SZ2A 1QVFM 2D0OA 1KXPA 1G99A 3AA4A 2P9KB 4DS5A 1GNJA 1HQEA 4GMJB 4W5OA 1RT7A 1TKTA 4RG8A 5KRTA 3TTDA 3HOSA 3PX4A 1OKJA 5KRSA 1CZAN 3ZEUB 4ZTFA 3AO2A 4N56A 2G8KA 5GAHP 1C0GA 2QEXN 1YITN 1ASVA 4HTUA 3ZSOA 1E78A 3I33A 5IIUA 4BRQA 2FBXA 2XW0A 2I7PA 3B9MA 4FJXA 3UKRA 2NRRA 1HJRA 4OVLA 5ADXA 1BL3A 4H0OA 3CETA 3SAGA 3U8XA 1M90O 2Q2RA 4CBXA 1XMQK 2NQOA 4K71A 1IKVA 4CFCA 3CMAN 2NLXA 5T7BA 1RT6A 3ECPA 1BQNA 3VQ6A 2PBDA 4KAZA 1DT9A 1BCOA 4QS8A 3NVMA 2R7YA 5IJEA 2F4VK 4AHRA 4JRPA 2IS3A 3AO3A 3ZETB 2V36A 5FUOA 4YOYA 1QZ6A 1IV0A 2W6KA 4F2RA 4Q0BA 4LF8K 3IMXA 4FM1A 3FWCC 3TSQA 2KQ2A 2OA8A 4DQIA 3C6UA 4O5BA 4KFBA 2E2PA 4OTUA 3VEWA 4AM7A 2E0XA 4PA1A 4KRFA 4JKBA 4Z4FA 3KK1A 1R0AA 2O8DB 3MN5A 4EAHD 1Q18A 1HK5A 4WQ4C 3LWMA 1BUPA 2BANA 4D7XA 3O4WA 1KRPA 2ASPA 3V9XA 4ZCGA 2GBZA 3HXMA 2P9LB 5F1XA 3DOKA 4EP5A 4B9NA 1ZBLA 4MQ3A 2XVUA 2PYJA 3DM2A 2Z8KA 4CBUA 2DFFA 2KLAA 2BXIA 5HOZA 4DR6K 3LDOA 4XIUA 2JWKA 3F73A 3QEWA 2HSTA 5DM7L 4A57A 5JICA 4XH1A 5AQRA 4FIPB 3S9HA 3NF8A 3EL2A 5AQQA 5ELZA 3CC7N 2OT3A 1ZBHA 2BXOA 4FLYA 2IGIA 4N0FD 4BR5A 3FGUA 1QHTA 5AQYA 4DTUA 2DG5A 2E4LA 1NOYA 2A5XA 4B9TA 1RILA 4XH5A 3KK2A 4JI5K 3H3AA 1GOCA 4WE1A 3T69A 2WC9A 3O3GA 4BG8A 3QEXA 3OYBA 3GQXA 1VHXA 4E1JA 3EEQA 1GOBA 4ZTJA 4KREA 4JK7A 2E0YA 3DLBA 4FWPA 4PO0A 4O8UA 1FW6A 1N33K 4OPHA 3ZT3A 2OTLN 1LV5A 3ZSYA 2XY7A 3AO1A 4KTZA 4H5NA 4AHCA 2D5RA 5AQFA 4JI8K 3JSMA 3LPTA 3OYMA 1JXEA 1RDCA 4BRHA 1NMNA 2FSNA 1BI4A 4JRQA 1NJWA 3AAQA 4BQLA 1UOCA 3OBWA 5KGXA 4LB2A 4BRPA 3VA0A 4DQQA 1I94K 4DHYA 4CW7B 2QKBA 1NKEA 1TVRA 5JVHL 2YKNA 4FWOA 4CJ3A 5C10A 5LY3A 3WXIA 2BXKA 1VQON 4FK5B 3VA3A 2B6AA 1YJ9N 4V19S 1WUAA 3VEYA 1HYVA 5AQJA 3L2UA 1S9GA 3JYTA 3CPEA 3TTCA 1SS6A 1VSMA 3OYAA 4A2AA 5AQOA 4N47A 2HHQA 1LAVA 4IDKA 2HBLA 1S3XA 2P9SA 4IDHA 5AQXA 4OT2A 1REVA 3I55N 2HBJA 1NJIO 3D2EA 1N32K 4O0JA 1Q9XA 2FSKA 3KLHA 3U3YA 5KTQA 1QQCA 2D0BA 3K58A 3VQQA 3FZKA 3P5JA 4CEOA 4R79A 3NVIA 1VK0A 1NG9A 3PIOL 1YHQN 2OTJN 1Z26A 2QWOA 2WONA 1TYQB 3D7EO 5CR4A 3KIKA 2P9KA 3CQYA 4RCHA 3N4PA 4AH9A 1QZ5A 2Z1IA 3O1BA 2QHBA 1HKCA 2BXMA 4GKKK 4BC2A 3QERA 3BUZB 2DPNA 3OHRA 2YNHA 3HP6A 3ZEUA 4BRIA 1HNZK 3HK2A 1TK0A 5IJ5A 4LUFA 3AGKA 2EWSA 4OKKA 4Z4EA 3ZX2A 4CGFA 4DF8A 4B1UB 4G01A 4CI6A 4PQUA 3QEIA 5ID7A 1VQKN 4CD1A 1Q86O 4CERA 4DR7K 2GTDA 3L8BA 1TGOA 4ID5A 5LJVA 1NK6A 4H5WA 2BH1A 4HCBA 3L2VA 3M3ZA 3SV4A 3IUCA 3WT0A 2DFHA 5AR0A 3OYGA 3CFOA 4CEZA 4LH5A 3ZYYX 3WXKA 4KH5A 1RTDA 1QS4A 1X9WA 3O8MA 3ZT2A 4DSIA 3SV3A 4NO7A 3SLCA 3SUQA 5F0XA 3AVNA 2ZQBA 3ZETA 3CCJN 1W97L 3WQTA 4K2CA 4AHTA 1S72N 4FJNA 3DAWA 1WSHA 5BR9A 2JWLA 1ASWA 5BREA 4B1VA 4RW9A 4FZXC 3K9KA 2I5JA 1B9DA 1N8RO 1TF0A 4PKIA 1TUYA 4HHTA 3V9ZA 2H3GX 3THXB 3SJHA 4FLZA 1XWLA 3DRSA 3CM6A 4IO8A 4H03B 4JEPA 5C42A 4Z0UA 4FK0A 1EXQA 1H1VA 3V9UA 1YJWN 2P9LA 3D2FB 3S41A 1R59O 4GW6A 5AQZA 2VGMA 3QICA 3HOTA 5B8HA 4DR2K 2ZD1A 1NK9A 4JKCA 4B3OA 2ETJA 1SL1A 4FZZA 4H5VA 1VSJA 1Y64A 1S1UA 4GDKB 5F2RA 2VQFK 4IFYA 3PO4A 3I0SA 1UWBA 4CZFA 1NJZA 3FFKB 2QTDA 4W5RA 4C31B 1H5WA 3KWIA 4E7IA 4C8LA 3QIOA 3RMCA 4KHWA 3CFPA 2W6LA 3D0PA 4M63C 3E66A 1JCEA 1K8KB 4TQ1A 4LFCK 4J2VA 4JAXA 4WQ5A 4CECA 4HUFA 1AO6A 2Z1JA 4DV0K 2Q97A 4IBNA 4IJAA 3JQZA 3AVKA 1YTUA 4Z69A 2RHKA 1KVCA 2FBVA 2KW4A 1HK3A 2FSJA 2BXLA 2WTUA 3C65A 1VQ5N 4IOXA 3MK6A 3HI0A 3LU8A 4IW2A 4CHOA 3AVLA 1RBVA 3A2FA 1ITGA 3HZ6A 2NRHA 3OYFA 4IZ9A 4JK4A 4DU4A 2CH6A 2BXGA 1YTAA 3O9TA 1WSGA 4DTRA 1XNQK 2F8SA 2Q0RA 5HRNA 5SWMA 3DLLL 3OYEA 2IVPA 3PUFA 2X78A 3QDKA 5AZJB 4J2DA 4CEFA 3AY9A 3CG7A 1J78A 3EKSA 5GHKA 1BGXT 3HSTB 1RTHA 2BXAA 1QQOA 2P9UB 3P83D 4CEDA 4DUZK 4FLWA 1J5EK 2NZTA 3LP1A 2XHBA 1RTIA 3OBYA 2LXTA 2QM1A 4CF1A 2YNIA 3JAMO 4ILJA 4DQPA 1ILYA 1T8EA 4CF9A 1IG9A 4HTLA 1ZC6A 3HRGA 1EWRA 4NCGA 4B3TK 2ZJPL 2P5OA 1NGBA 4JK8A 5DQFA 5BN8A 1TYQA 4BR4A 4DR3K 2BXQA 4DTOA 4CFAA 3FE1A 3HL8A 4LA0A 4MFBA 3KD5E 2ZF5O 3KTQA 5AZIB 4M41A 5JMVA 2AJQA 1NWKA 4CK2A 3VMFB 2QWPA 3V9WA 3W3DA 3L4IA 2HHUA 1BHLA 2DYOA 4M7YA 3SBGA 1ATNA 1VQ4N 1VSDA 3WNGA 4CZLA 2O4GA 3A75A 3ID8A 4DF4A 1JCGA 4QOZB 1RDUA 4KPYA 5BPMA 3K5NA 5DMRA 3VQIA 4OJRA 2ZJRL 3TARA 1S1XA 5KQ8A 2OPSA 3SJJA 2GUPA 3KWGA 2IOCA 4K25A 3CERA 4OGEA 3RRGA 3DLHA 3VETA 2ZGZA 1YUWA 1KC8O 4CZIA 3T7ZA 1KTQA 1MU2A 2O4IA 4RW7A 3HYFA 2A1RA 5EY4A 1J7EA 2I2ZA 4OLBA 2IIRA 4CHNA 1YAGA 3AAPA 2A42A 4GDLB 4WFAL 3OS2A 3NMUA 3LAKA 4CZHA 1RTJA 1GLJO 3V1OA 3SBTA 1Q9YA 4CJVA 1VSFA 4Q5VA 4BGBA 3NH0A 3FFIA 2P9PA 5BR8K 3J81O 1K8AO 3D2FA 3JS6A 3M5RA 3T3FA 1T6DA 4DG1A 1U48A 3SQ2A 4HUEA 3EZ5A 1E3MA 3WHQA 4YDUC 4JV5K 3F2KA 4BR7A 1BOTO 4Z4IA 1W7AA 3AVFA 4X66K 4M42A 1C1AA 1VSKA 4BC4A 4FVUA 2YHWA 2E1ZA 3DMJA 2G8UA 3A73A 1TV6A 2YKMA 4YOWA 5IJFA 4FJ8A 2VGNA 4YORA 1RDWX 3O9SA 4B9UA 4M3UA 1OH8A 1OH7A 4FM0A 4S1YA 4IFVA 1UA1A 1WOQA 4BRDA 2D0AA 2O8BA 1YXQA 1NGDA 1HYSA 1K8KA 3SUPA 4U7BA 2XMOA 3DOLA 3ZSZA 3AVCA 3JXUA 5ID9A 2OZMA 4C8OA 2XVVA 4M3RA 3M8QA 4AM6A 4DTSA 4CGDA 5BRFA 4BC5A 3AVHA 3VPZA 4CFDA 1GLFO 5I42A 1SV5A 4FW2A 3BZKA 4WQ4A 2ZJQL 4CZJA 3NF7A 4E99A 3EO3A 1T7PA 4NCAA 4E1MA 4C8NA 3GL1A 4LF6K 3NGIA 2KWFA 3TDLA 3PX6A 3LP0A 3SAFA 3OYDA 1WLJA 1BDGA 4ZC6A 3UIQA 1TKDA 1HJOA 2QI2A 4KHNA 3FWBC 2JUHA 5AQGA 3NF6A 5BPLA 1OVQA 3H45C 4BC3A 4CEAA 1E7CA 4FWKA 4DV3K 5LMNK 3HT3A 4DSFA 1KAXA 5D3GA 5FRMA 4JKEA 3CMEN 4O0IA 3T1AA 5C2FA 3K59A 4M3ZA 1HNWK 3E1YA 3G10A 1OH5A 2Q36A 4PWDA 4ZHRA 3L3UA 4KHPK 4OKJA 3WXLA 4F3TA 2UU9K 2UYTA 3ZT0A 4FXDA 5MLCQ 1RBUA 3OS1A 3MAQA 3RTVA 1XC9A 2Z1HA 2DTUA 2EX3A 4ISEA 5AQIA 4CBWA 1NGGA 2HBKA 3CM5A 1SUQA 1E7GA 1TK5A 3MMVA 3OYNA 2GUTA 3T1YK 2PFUA 3SPZA 5M1KA 4FW1A 3O9UA 3H3OB 4BGAA 3QBXA 4ISGA 1NGHA 3ENHA 4F5SA 2ASMA 2F9TA 3PSIA 2HF4A 4O44A 4EFHA 4JKAA 4JD2A 3LM9A 2V51B 1NK7A 4GDXA 1SKSA 2EFDA 3H37A 4AHVA 4LD0A 4GV3A 4BRLA 4DQ8A 2ATQA 4CGHA 3U3GA 5AZIA 1ZXOA 3ISNC 1D4XA 1KVAA 2ZGYA 4OGCA 4BVOA 2YV0X 4CZMA 3OYHA 1BISA 4OPKA 4DV4K 4DSEA 4E0DA 2VCPA 1VQLN 3AARA 1N5YA 4G9ZA 1TUUA 1WAFA 3G71N 2VG5A 3OA9A 4JHDB 1RFQA 1FOUA 2B5JA 1M1KO 1RDDA 3P38A 4DFMA 4I2QA 3A5MC 4N3ZA 3NF9A 5K14A 4ILHA 1UA0A 5AQKA 3SK3A 2G8HA 5FPDA 2PZSA 3VF2A 4J2BA 2IC3A 2FF3B 3B9LA 4BR2A 4X65K 3G25A 2X6NA 2E8AA 4FJGA 1RBTA 4LF7K 4OO1J 1HNXK 1JKHA 1NGEA 2F8TA 1MA9A 2Z1GA 2NRVA 3KK7A 2Z8JA 1B9FA 3DYAA 3RSEB 4F8RA 4WA6B 2ITGA 4C1NI 1P8ZA 3IDHA 4CJQA 3CCUN 1OH6A 1O1WA 1TL1A 1V4TA 3B8AX 3K57A 2GV9A 3OJSA 1LOTB 2O8FB 2KZMA 3ZCMA 3V03A 3DJCA 4KHSA 4Y1CA 4FVMA 4KBOA 1Z25A 3L6QA 3LANA 1KVBA 2BTFA 3W0LA 4BRCA 2K0NA 2LSNA 2OANA 1VAZA 5C15A 4OPJA 5J2QA 2HMPA 4C8KA 3CIPA 4IFEA 3QFUA 3VTIA 4YHHK 4I2PA 3TAQA 2A40A 3I8DA 3EZWA 3QETA 4JKFA 4FJKA 4N76A 4J2EA 3DLRA 1WN7A 4RW8A 2OZSA 4CJWA 4FM2A 3QBWA 4F3OA 2P51A 3H1QA 1DTQA 3TPQA 1EO1A 3E9LA 4YOXA 3J7AP 1C1CA 1ZBFA 3MEDA 3OYKA 3IKMA 4M3TA 1YF5L 3DI6A 3PSFA 1LWCA 3WNFA 4CJSA 4EZ9A 4DR5K 5EU7A 3ZX3A 3ENBA 4ID1A 4KTWA 4DFJA 5AQSA 3CYMA 1VQ9N 4FOIA 4A2BA 1VQ8N 4FWNA 1KLMA 1Q8IA 2NRZA 5HOOA 3AVAA 1L3VA 4CJRA 2LQHA 2IVOA 1NT2B 1L5UA 3CQ8A 4DV1K 4L8RB 4DMNA 4GKJK 4LF9K 3G6EN 2FXUA 4BRFA 3BZCA 3DXMB 1HRHA 4X62K 2BXNA 3NGZA 4AF1A 5CYQA 4EHTA 2O8EB 1IJJA 4XEIA 2OPPA 1BU6O 4CJPA 1VSIA 3LP2A 3NH1A 1NK8A 3D45A 5FDLA 1NU0A 4H4OA 1DGKN 3R3LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1NT2 B;  3NVK A;  3ICX A;  5GIN A;  2NNW A;  3NMU A;  5GIP A;  3SIU B;  3GQU A;  2OZB B;  5GIO A;  3T7Z A;  3GQX A;  3SIV B;  3NVI A;  3NVM A;  3PLA A;  4BY9 C;  3ID6 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1T6C A;  1KFS A;  4OX9 K;  2XRI A;  1KW2 A;  3R8E A;  4QS9 A;  3V9S A;  4FWQ A;  5FRN A;  3LDS A;  1IO2 A;  3OYI A;  1SL2 A;  3QLH A;  4RW4 A;  4DLG A;  1GLE G;  2P9S B;  3D2E B;  4YFU A;  5DK5 A;  4CVN E;  4ZBQ A;  1CLQ A;  2VWK A;  4KTQ A;  2BXB A;  3SCX A;  4BRO A;  5BPK A;  2RPI A;  5JS2 A;  1F21 A;  3OS0 A;  1KDX A;  2P1J A;  4DM0 A;  1SZ2 A;  1QVF M;  2D0O A;  1KXP A;  1G99 A;  3AA4 A;  2P9K B;  4DS5 A;  1GNJ A;  1HQE A;  4GMJ B;  4W5O A;  1RT7 A;  1TKT A;  4RG8 A;  5KRT A;  3TTD A;  3HOS A;  3PX4 A;  1OKJ A;  5KRS A;  1CZA N;  3ZEU B;  4ZTF A;  3AO2 A;  4N56 A;  2G8K A;  5GAH P;  1C0G A;  2QEX N;  1YIT N;  1ASV A;  4HTU A;  3ZSO A;  1E78 A;  3I33 A;  5IIU A;  4BRQ A;  2FBX A;  2XW0 A;  2I7P A;  3B9M A;  4FJX A;  3UKR A;  2NRR A;  1HJR A;  4OVL A;  5ADX A;  1BL3 A;  4H0O A;  3CET A;  3SAG A;  3U8X A;  1M90 O;  2Q2R A;  4CBX A;  1XMQ K;  2NQO A;  4K71 A;  1IKV A;  4CFC A;  3CMA N;  2NLX A;  5T7B A;  1RT6 A;  3ECP A;  1BQN A;  3VQ6 A;  2PBD A;  4KAZ A;  1DT9 A;  1BCO A;  4QS8 A;  3NVM A; 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