4BY9C

The structure of the box cd enzyme reveals regulation of rrna methylation
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
366
structure length
366
Chain Sequence
FISENVRGIYAFDENGNLIEKRYFTDKPEKVLDQLLKGEITKDLEELLNSLKEKGYDEFVFEHPELSRRAKELGFSATTEFPNIAGERLRSNPEEFLGENWFEEYYKVGVALTRMRIQEQSGARDKMVIQAIEALDDVDKVINLLVARLREWYSLHFPELDELLPKHPQYVAFVKTVGHRDNINEEVLRELGLSEEKIKKILEAKEKTMGAWMDQTDIEVVRQLAEEIDRLYQLRKKLEDYIDRAMDDVAPNLKALVGAKLAARLISLAGGLRELAMMPSSTIQVLGAEKALFRHLRTGAKPPKHGVIYQYPAINRSPWWQRGKIARALAGKLAIAARVDYFSGEYIAEELKKELEARIREIKEKY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords SSR26
publication title The Structure of the Box C/D Enzyme Reveals Regulation of RNA Methylation.
pubmed doi rcsb
source organism Pyrococcus furiosus
molecule tags Transferase/rna
total genus 133
structure length 366
sequence length 366
chains with identical sequence F, I, L
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-07-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 4by9C03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4by9C01
3SIUB 2NNWA 5GIPA 5GINA 3NMUA 3NVMA 3T7ZA 4BY9C 3NVKA 3SIVB 3ID6A 3NVIA 3ICXA 3PLAA 3GQXA 3GQUA 2OZBB 5GIOA 1NT2B
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1C1BA 1CZAN 1YVNA 3PX0A 3RSEA 4ZUXV 3OS2A 3TAQA 1HNIA 1SV5A 4IZ9A 2X74A 3TTCA 2G8HA 1WBBA 2P51A 5HOOA 4M41A 5AQLA 1WB9A 2RN2A 5GADP 4UQGA 4GMJB 4AH9A 1VQNN 1S3XA 2OZSA 4KTQA 2FF6A 5IIXA 4MQ3A 3F2KA 4FJXA 4KB0A 3K59A 4KKOA 4CGDA 2FBVA 1NK5A 4I9QA 2P9NA 4YOUA 1XHZA 1JCFA 5AQMA 5CYQA 2LQIA 1OVYA 3E9OA 1XMQK 1S9GA 1LAVA 1TUYA 4O5BA 4F8RA 5CY4A 3HZ6A 1WSIA 2WOMA 5JS1A 3WUHA 4CBXA 1BJ5A 3C0BA 1TXUA 4S1YA 4GDLB 4G1QA 3S9HA 5BR9A 3HM8A 3PIOL 1NJYA 1K9MO 5D3GA 2OANA 4EHTA 2QM1A 1W97L 3ID8A 3VQPA 4FW2A 4OR0A 3LALA 4B8CA 4WQ5C 5F2RA 5F0XA 2KFZA 3SV4A 2P1JA 1NM1A 1IV0A 4YDUA 4JKGB 4H4OA 4K43A 4Z0UA 4OPHA 4HGKA 2AJQA 3EN9A 4NCAA 3VQBA 1BDGA 1L3TA 2E1ZA 3CYMA 4FOIA 4AHTA 1W2BM 1HLUA 4M3ZA 1VRUA 2HBJA 2RKIA 3A8YA 4G03A 2BXEA 1NK4A 4W5NA 4O4GA 2DBXA 2QWNA 4YOVA 3AARA 1F21A 3CD6N 5AQNA 1HYZA 1VQ5N 1UWBA 4N3ZA 3C7NB 2V7ZA 1AO6A 1NGEA 3HJFA 4AHVA 1D4XA 2H3GX 4KRFA 1S22A 3OYAA 4B3TK 4E19A 4PKGA 3D2FA 4KHSA 1ATNA 3VGKA 4CZIA 3JAMO 4FO0A 2BXAA 3RMAA 1HK3A 5IJEA 1ZBFA 3C6TA 1ZYQA 1VSJA 1RBTA 3LDOA 4FJIA 2X6NA 2ITMA 3VQQA 4BRAA 2YHXA 3SIVB 3KK7A 3WNGA 3O9TA 4CHNA 4YORA 4E89A 4JKCA 3PSFA 3IDHA 3DLKA 2UXBK 2FBYA 1VQKN 4DTMA 3CCRN 2E20A 4X66K 2VG6A 4KHPK 2D0BA 3VEXA 4DF4A 4CI6A 4OGCA 3CQXA 2AA4A 2WTUA 3QEWA 4CW7B 3KVGA 4BACA 2VGMA 5HOZA 3MXIA 4CEOA 3T7ZA 1J5EK 3T69A 2OTJN 1C0MA 3W3DA 4B9MA 3NVIA 1MDUB 2GWKA 3AVNA 3CFPA 4KV8A 4BQLA 1WSEA 3MAQA 3SUNA 1KC8O 4NLBA 3AA4A 3AA2A 4O44A 1XNRK 3E66A 4K8ZA 3C94A 4FWRA 3TSPA 4DV3K 5J2MA 4XH1A 2LOQA 3QNOA 4W5QA 2UU9K 4DR1K 3AO4A 4FLWA 4U67L 3G10A 2W42A 3B6OA 4ISGA 5KPZA 1ZBLA 1BUPA 1MWMA 1TL3A 3IFRA 3HK2A 3M8SA 3OYLA 3FGUA 3LP1A 4CGIA 3ULDA 1VSHA 1NGIA 2P9KA 3MX2A 3SK3A 5HRSA 4E7IA 1HQUA 2AP1A 4OKJA 1EX4A 2IDOA 3R1XA 1SKSA 1XMOK 4FWPA 4JS5A 1HKCA 4KH6A 2O8EA 5E41A 5AQZA 4ZTJA 1NJWA 4OGEA 4LA0A 1RFQA 5GAGP 2VCPA 1UA1A 1GLJO 3U6FA 1C1AA 4NCBA 1R0AA 4N0FD 1IG8A 4KBOA 3SAGA 1ZXOA 3LDNA 5EVZA 3J81O 3K5MA 4JRPA 1Q18A 4DLGA 3VA0A 3HP9A 4H0YB 1ZBSA 1Z26A 4GDXA 1U6ZA 1EWQA 4FPBA 3RVCA 1KCFA 2W6KA 2XW0A 4BC3A 4Q5VA 3KKSA 1BCMA 4I9LA 3NF9A 4CF8A 3MN9A 5AQPA 3K5OA 4CJFA 2BXCA 2OTLN 2CKXA 2XVWA 5AFUH 4O0JA 3HOSA 5JLFA 4WF9L 4DTUA 3S41A 5LY3A 5AZJB 1YIJN 1HNXK 5JS2A 4GV3A 2GELA 3AA5X 3LDSA 3M1FA 3KD1E 5C2FA 1C0TA 3E9LA 4BRIA 1W9HA 4L8UA 1T44A 4CFDA 3TAEA 1RNHA 3HP6A 1X3NA 2Z1HA 1S1UA 4O0IA 4NYNA 4YY3K 3F9MA 3ZX2A 5M1NA 5IJ5A 2ZGYA 3FR0A 3JXUA 1HJOA 4FWKA 3U9ZA 1NGDA 2DTUA 3SQJA 4WA6B 2YCHA 1K8AO 4PUOA 3O4QA 5T7BA 1VQ4N 3ULEA 2QWMA 2ROHA 4OVLA 4CEFA 1YF5L 4E0DA 3WXLA 3K0SA 3DM2A 1KTQA 1RBVA 1VAZA 3HO1A 1ZBUA 4Z4IA 3O08A 3MXJA 3IG1A 5AQVA 1S72N 3OA9A 4OKKA 5EXWA 4LF7K 4K2CA 3NDKA 4N5SA 4Z4FA 2KZMA 3R9PA 3THVA 3S3NA 1C0GA 3L2QA 1KAYA 4CEBA 2QI2A 1L5UA 3DYAA 1QSSA 4GV6A 1ITGA 3ZSYA 2JWKA 5ID9A 3O9SA 3C6UA 5LMUK 3HXMA 2QK9A 4O55A 1LAWA 1XC3A 2FLOA 4DR5K 4IFYA 1KAXA 3MXMA 4F4KA 4ISEA 4NCGA 5HL7L 2HHVA 3B9MA 2X78A 2FSKA 2Q0RA 4IKFA 2HW3A 1BIZA 3SBTA 4AHUA 3M8QA 5HBMA 3RMBA 3ENBA 1Q8IA 3B9LA 1UA0A 3OHRA 2BGGA 1TKXA 3L3UA 3L0QA 1BO5O 1T6DA 2X6SA 3MN5A 2OPRA 1E7HA 3HRGA 4KTWA 5AFUA 3IS9A 3NF6A 4ISFA 3WHSA 3KLHA 3QNNA 2F8SA 1FKOA 1NT2B 4CCHA 4BVPA 1T05A 3MMVA 3QICA 3A5LC 2PZSA 3WXJA 4DV5K 4KPYA 1VSFA 2IOCA 5LMNK 3C65A 4LF4K 4N76A 1TV6A 3SJJA 4CJKA 4MFBA 1WNSA 4BRNA 1IH7A 5HRRA 5C15A 1Q7YO 2E2QA 2FC0A 4J2BA 3NGZA 2FBTA 3KKRA 2BXGA 5JICA 4DU3A 4L9KA 2QHBA 4DTSA 1U48A 3C6HA 3PO4A 1HNVA 1SUQA 3WQUA 4DKWA 1OVQA 1HK1A 4DM0A 3UKUB 1M90O 2XMOA 2A42A 5DM7L 4AQYK 4GW6A 5M1OA 3PO5A 3BPJA 2IGIA 1YAGA 2YKMA 2CH6A 4IFVA 3HSTB 2UXCK 4CJQA 3NF8A 4CZEA 4JK9A 3NBPA 1TK8A 2ZD1A 4DTRA 2WUSA 3V9WA 2E8AA 4JI3K 4JK4A 1VQMN 4NXMK 3RTVA 1J54A 4BWMA 5AR0A 4F5TA 4DQQA 1YI2N 5CHIA 2IC3A 3CFRA 4NYFA 2PY5A 3KK1A 1QQMA 1VHXA 2ETJA 4DFJA 3QBWA 1DKGD 4IDHA 3CJAA 4Z4HA 3UKUA 2P5GA 4FJLA 2E2PA 2AJEA 3EKUA 2DY4A 2XY7A 2VGNA 2Z8JA 4HUGA 1EWRA 1U2VB 3F5TA 1MWKA 5BPMA 3V1QA 5CE3A 4DFKA 2GBZA 1BQMA 3K57A 4A59A 5AQYA 2OT3A 2YHAA 4DV4K 2E0YA 1NOZA 4JEPA 2ZM6K 4FLXA 2P9UA 1IJJA 2FXUA 3SYZA 5IT9O 2ZF5O 5KQ8A 5FUOA 1YJNN 1MIYA 2VYPA 3VMFB 5IJFA 4PHTX 3GA9L 2NNWA 4DU4A 1KVBA 1QQOA 4DMNA 4C31B 2O4GA 1MUSA 4CK2A 3A5NC 4BE1A 3U3YA 1V4TA 2GUIA 3DLGA 1H9ZA 3EZWA 4W5RA 2OCEA 4HCCA 2E5LK 2P9IB 3VGLA 3ZT1A 1FK9A 3A75A 3ENHA 4DSKA 3ZSZA 1WN7A 1BIUA 4DTXA 4JK8A 2PYJA 4GKKK 2BANA 2E2NA 4Z4CA 5KGWA 2QWOA 2YI1A 3OYIA 1KXPD 5A2QO 2Y1IA 3RR8A 2Q36A 2ZGZA 1BOTO 4CJ4A 3C6AA 1SL1A 4DHYA 1RDUA 4BREA 4F3OA 3HPOA 4FJ5A 3TU5A 3VEVA 3K5NA 5AQFA 4A2BA 1VSEA 4XEIA 1J9AA 1L3SA 4LF5K 3GDQA 1BQNA 4CD3A 3CCLN 4B1XB 4N0UD 1MU2A 2G8IA 4AM6A 3OYNA 5E84A 2P9IA 4DHXB 1G15A 3V08A 1X9SA 2VDBA 4ELUA 4GY2B 1GLBG 1BKEA 4CD1A 2P9SB 2QWLA 4K25A 4B9TA 2PYLA 5FRMA 3M6GA 4B1ZA 1VRTA 5KTQA 3LPUA 1Y64A 3H3OB 2EFHA 3SBGA 3O1BA 1KW2A 4L8RB 2EFEA 3VQAA 4JYAK 3QBXA 2QWRA 2JUHA 1NGBA 2OPSA 2E0XA 5AQIA 4CEZA 3V9XA 3OY9A 1SQKA 3K2PA 2CGLA 1GOAA 3NH2A 1J78A 2KFNA 4J2VA 4OTUA 4JI4K 5CZ1A 1H5WA 1RDAA 1X9JA 4CEQA 1KQSM 4H0TB 3EEQA 1OH5A 2UUCK 2P9NB 2BXDA 2QKBA 3NF7A 3V4IA 4LSLA 3UIVA 2ZWHA 4K42A 2I5JA 1RTJA 1RT6A 2P9SA 4BE2A 3ZEUB 1TGOA 3CCSN 2HHHK 3AO5A 3SAHA 1E7IA 4OX9K 4J2AA 2O8DB 3O3HA 3N4PA 2Q3SA 3EE8A 1RTIA 3ZSXA 3WHQA 4CESA 4R5PA 1L3UA 2W40A 3F9KA 4BDPA 5HLFA 3T1HK 3CQ8A 2BXPA 3DAWA 4MDBA 4ZTFA 3ZSRA 2BTFA 2VQFK 4BWJA 2XVVA 4BRGA 2DBUA 3AGRA 4B1WB 1NGHA 2Q0UA 3VQ7A 1N5YA 4IO8A 1QHTA 4KAZA 1HQEA 5GAHP 5M1PA 3VA3A 1RBUA 3J7AP 3DLEA 3H1VX 1GOBA 4H8KA 5ID7A 4X62K 3ZEUA 1JCEA 3EE9A 4BR9A 2ZE2A 3LPTA 4V19S 2YDFA 3CJ7A 3CI5A 4ELVA 1HNZK 5KRSA 3LZIA 1NJXA 2IAJA 2O8DA 3AVBA 4RW9A 3T1AA 3PX4A 3DLHA 3F73A 4CJ3A 1R59O 1ATSA 2Z1GA 5M1QA 3D2FB 1RDDA 4KREA 2KW4A 4CJ7A 4B9QA 4PL7A 3O8MA 4O8KA 4H0XB 3RR7A 5AQWA 4ZHRA 3KIOA 4DQPA 4JI0K 4JK7A 1OKJA 1HPMA 4H5WA 3M5RA 3AV9A 4FM2A 1JLEA 3LU8A 2QXFA 2WC9A 3O9UA 1QTMA 2E4LA 1SB0A 2UXDK 2OYQA 4JI7K 2FF3B 4IOXA 3ASMA 4LD0A 3CQYA 1XHXA 3S3OA 4M3UA 4B1VA 4ZCGA 2YJEA 2D0AA 3H3NO 3SCXA 1RDCA 1VQ6N 3KLIA 5FPMA 3HVRA 1IO2A 2HMPA 1QS4A 3AVJA 4B1UB 1BA0A 1BHLA 4B9VA 3ZYYX 5JMVA 1IBKK 1HR0K 3V9UA 3FNMA 2NZTA 1KFSA 5GAEP 3G25A 2HHSA 1JKHA 4FVUA 4FK0A 4C23A 4CJSA 5FLXO 1JCGA 4DU1A 2ZJRL 3W1SA 2D4WA 4B9LA 5D7GA 1SAZA 3IAYA 3EKSA 4CFAA 2OPQA 4CZFA 1GNIA 4FJ9A 1TL1A 4CZLA 5AQSA 3ZT2A 1U49A 4OPJA 5I3UA 4E7HA 2Y1JA 2P9KB 3ZX0A 4M3TA 5J2QA 3LZJA 3ISNC 3AO1A 4CF0A 4JI8K 3UIQA 1G99A 2A3ZA 3CIPA 2XY8A 2RE2A 4CEEA 4E7JA 3SZ2A 3QEPA 2O8EB 3QETA 4BG9A 2G8FA 5C42A 3H46O 1LWEA 4IEIA 3KD5E 4RW7A 3HI0A 1NK8A 2KWFA 3NFAA 5MLCQ 3OBYA 1S5JA 1YTUA 2K0NA 4A61A 4LUHA 4CIFA 3GL1A 1U45A 4QS8A 4B9SA 5C25A 4RTFD 2LXTA 1FW6A 1WOQA 4H0OA 2A6AA 1JLBA 2B4JA 1ASUA 4FZZA 3TDLA 1TUUA 3ZSOA 4KFBA 2QEXN 5HROA 1NMNA 4MO5A 4YOTA 5FPEA 4BGAA 4ELTA 4G04A 2YHBA 4DR3K 3MEDA 3TAGA 1KSPA 5GHKA 2D1KA 4FSVA 5HRNA 4GG2A 3AVFA 3AVCA 1B9DA 4Y1DA 5GINA 3SI6A 1X9MA 2P5OA 3TAPA 4H5RA 3I0RA 4JNEA 1JL1A 3BY5A 4PY5A 1EETA 3OYKA 4DTNA 3AGKA 5FPDA 3QEXA 4KH5A 2I7NA 2HBKA 2NLXA 5EY4A 4OPKA 1J5OA 4Q0BA 1CXQA 3SPZA 3LL3A 4FVMA 4DSIA 3MECA 3LU6A 3WQTA 4DQ8A 3VQDA 3KLEA 4C1NK 1MUHA 3RRGA 1D5AA 4EP4A 3AAQA 3VEOA 3NMUA 1C0UA 4GVMA 5M1FA 4DFMA 4HWIA 4F3TA 4CFBA 1BU6O 1RILA 4CBUA 1ZBIA 4DCHA 4B08A 1E7EA 4O8UA 4R79A 2XY5A 1GOCA 4PKIA 4CK1A 1HK4A 2KTQA 3D2EB 1L3VA 1C1CA 3FWCC 1ASVA 4JKDA 1I39A 3A73A 3SUQA 3ULEB 3SLCA 2E2OA 5J2PA 3Q7BA 4DQSA 1OH8A 4IG0A 4W5OA 1CZ9A 1BI4A 3U8XA 2QKKA 4EAHD 4CVNE 4PL8A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3SIU B;  2NNW A;  5GIP A;  5GIN A;  3NMU A;  3NVM A;  3T7Z A;  4BY9 C;  3NVK A;  3SIV B;  3ID6 A;  3NVI A;  3ICX A;  3PLA A;  3GQX A;  3GQU A;  2OZB B;  5GIO A;  1NT2 B; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1C1B A;  1CZA N;  1YVN A;  3PX0 A;  3RSE A;  4ZUX V;  3OS2 A;  3TAQ A;  1HNI A;  1SV5 A;  4IZ9 A;  2X74 A;  3TTC A;  2G8H A;  1WBB A;  2P51 A;  5HOO A;  4M41 A;  5AQL A;  1WB9 A;  2RN2 A;  5GAD P;  4UQG A;  4GMJ B;  4AH9 A;  1VQN N;  1S3X A;  2OZS A;  4KTQ A;  2FF6 A;  5IIX A;  4MQ3 A;  3F2K A;  4FJX A;  4KB0 A;  3K59 A;  4KKO A;  4CGD A;  2FBV A;  1NK5 A;  4I9Q A;  2P9N A;  4YOU A;  1XHZ A;  1JCF A;  5AQM A;  5CYQ A;  2LQI A;  1OVY A;  3E9O A;  1XMQ K;  1S9G A;  1LAV A;  1TUY A;  4O5B A;  4F8R A;  5CY4 A;  3HZ6 A;  1WSI A;  2WOM A;  5JS1 A;  3WUH A;  4CBX A;  1BJ5 A;  3C0B A;  1TXU A;  4S1Y A;  4GDL B;  4G1Q A;  3S9H A;  5BR9 A;  3HM8 A;  3PIO L;  1NJY A;  1K9M O;  5D3G A;  2OAN A;  4EHT A;  2QM1 A;  1W97 L;  3ID8 A;  3VQP A;  4FW2 A;  4OR0 A;  3LAL A;  4B8C A;  4WQ5 C;  5F2R A;  5F0X A;  2KFZ A;  3SV4 A;  2P1J A;  1NM1 A;  1IV0 A;  4YDU A;  4JKG B;  4H4O A;  4K43 A;  4Z0U A;  4OPH A;  4HGK A;  2AJQ A;  3EN9 A;  4NCA A;  3VQB A;  1BDG A;  1L3T A;  2E1Z A;  3CYM A;  4FOI A;  4AHT A;  1W2B M; 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