4BY9C

The structure of the box cd enzyme reveals regulation of rrna methylation
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
366
structure length
366
Chain Sequence
FISENVRGIYAFDENGNLIEKRYFTDKPEKVLDQLLKGEITKDLEELLNSLKEKGYDEFVFEHPELSRRAKELGFSATTEFPNIAGERLRSNPEEFLGENWFEEYYKVGVALTRMRIQEQSGARDKMVIQAIEALDDVDKVINLLVARLREWYSLHFPELDELLPKHPQYVAFVKTVGHRDNINEEVLRELGLSEEKIKKILEAKEKTMGAWMDQTDIEVVRQLAEEIDRLYQLRKKLEDYIDRAMDDVAPNLKALVGAKLAARLISLAGGLRELAMMPSSTIQVLGAEKALFRHLRTGAKPPKHGVIYQYPAINRSPWWQRGKIARALAGKLAIAARVDYFSGEYIAEELKKELEARIREIKEKY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title The Structure of the Box C/D Enzyme Reveals Regulation of RNA Methylation.
pubmed doi rcsb
source organism Pyrococcus furiosus
molecule tags Transferase/rna
molecule keywords SSR26
total genus 133
structure length 366
sequence length 366
chains with identical sequence F, I, L
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-07-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 4by9C03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4by9C01
3ID6A 3NVIA 3PLAA 5GINA 2OZBB 2NNWA 4BY9C 3SIVB 5GIOA 3NVKA 3GQXA 3T7ZA 3ICXA 3NMUA 1NT2B 5GIPA 3GQUA 3NVMA 3SIUB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2W41A 1NOZA 2ZF5O 3VESA 4A59A 4FVUA 1LW0A 2LXTA 2ASPA 2V52B 4HUEA 3P38A 3WNFA 1RBSA 3KVGA 1XNRK 2V7ZA 5AQNA 2VGNA 1YJ9N 5CY4A 4K2CA 3M5RA 2HHUA 1EXQA 2IOCA 4N0UD 3QBWA 1GNJA 4JLHA 1Z25A 3AVGA 4LF4K 2BXHA 4B9TA 1TK5A 4AHRA 4U67L 4PY5A 1A5WA 1JLCA 3V6DA 3LDNA 4K25A 2X6NA 3O4NA 3PIPL 3FGUA 3FZKA 3A5NC 4GNIA 3IFRA 3OYEA 1ASVA 3R3LA 2O8EB 2P9PB 4JKBA 1RBTA 2E6MA 4JAXA 3CCVN 5D7GA 4J2EA 3DMJA 3HZ6A 2FBTA 4PKGA 3K59A 2BUPA 1NKBA 2FBXA 3T69A 1BUPA 1U2VB 2E20A 3ENOA 3G6EN 1NK7A 1UORA 5FDLA 5K14A 3LU8A 3AO2A 2LQHA 4CF9A 3ZX3A 3KHYA 1LNSA 1JL2A 4H0OA 2NZTA 4GV6A 3MN7A 1VQON 1DTQA 1RDBA 3DAWA 2QXFA 5ELZA 1HYZA 4CJSA 1BCOA 1T05A 4KBOA 1O13A 3EL2A 3HRGA 4KV8A 4FYDA 3THWA 1VQ8N 1IV0A 4FWOA 5B5TA 4YOUA 2P9SB 4JKCA 1E78A 5AZJB 5FROA 4H4MA 4O5FA 3AA2A 4CZHA 4KH6A 1SAZA 1FK9A 1HRHA 2AJQA 4BROA 2YHWA 4CIEA 1NT2B 4JI2K 1SS6A 3W1SA 3IKMA 2AA4A 1Q86O 4BR4A 1HJRA 4OKEA 1JCFA 2QK9A 4KHNA 2KHOA 1TYQB 1U2VA 4JKDA 2DYOA 1YI2N 5KTQA 4YOYA 1OH6A 2XHBA 1RFQA 4DTRA 1RILA 2FF6A 4E19A 1U48A 3GOIA 3OS1A 3LPTA 3VQ8A 1YAGA 4ID1A 5C10A 4GG2A 4CHZA 2E6LA 1EO1A 2QW9A 3EKUA 1QZ6A 1ASUA 1S1VA 4CK3A 1BKEA 2BX8A 3N4QA 2BXCA 4RW9A 1TVRA 1T6CA 4YOVA 5GHKA 1MIVA 4ELUA 5I9EB 4DTNA 1BJ5A 3RR8A 4BQLA 4KHYA 3B8AX 4IOAL 3TDLA 3VQIA 2A40A 1K8KA 2RF2A 3OW2M 3MEDA 3RMAA 2PAVA 1KFDA 2V36A 1K8KB 3F73A 2VUEA 4DFJA 4FJ9A 3FFKB 3WXIA 5CHIA 3CC7N 2DFEA 3O8MA 4JKFA 4M3YA 3O08A 1C1BA 4ZTJA 2GTDA 4FM1A 4GKKK 2FXUA 3JYTA 1I94K 4F2SA 5AR0A 3C6AA 3EYZA 3TWHA 3P5JA 4M3ZA 4KHQA 4EZ9A 1RNHA 3D6RA 3EEQA 1OH8A 1C0TA 2QXLA 4E1NA 1NBWA 1KD1O 3J8AA 4CESA 4OTUA 4JKGA 4G9ZA 1RT5A 5DBYA 2W40A 3WXJA 3C6TA 3VTHA 5I42A 1D4XA 4H4OA 4H0VB 2WBNA 2I2ZA 4MDBA 2BGGA 4C23A 2OPRA 5M1OA 5IFOA 1DEJA 1GLLO 5FRNA 3MN9A 2QM6A 3VPZA 4F3OA 4CEQA 2E88A 1TKXA 4F9OA 3FWCC 2Z8JA 3VN5A 3T19A 1Z26A 4OVLA 4NCGA 4CEEA 1WSHA 4H0YB 2VWJA 1YVNA 4DV3K 4KPYA 1WB9A 1WSIA 4IZ9A 2PYLA 5AQLA 4LF6K 4O55A 4CBUA 4X66K 1VRUA 3AY9A 3KWGA 4FJLA 5BPNA 4FOIA 3VQ9A 3G10A 1D9FA 4B1ZA 1TXUA 4BR2A 3M8RA 1VQ4N 1NGJA 4K71A 1NK4A 4IFEA 1RT1A 2YI1A 1VQ7N 4N41A 2KLAA 3VQ5A 2A5XA 3V9ZA 4CGDA 4DUZK 1DKGD 4JI0K 4BE2A 3E9OA 5C2FA 3PX4A 5M1NA 3VQQA 3HSTB 4DF8A 1BDGA 2NLXA 4DS5A 2OTJN 5BR8K 3S3MA 3DM2A 4EP4A 4KTQA 1HLUA 3VQ7A 4MDAA 2BXFA 4NXNK 1J6ZA 4CJWA 2K0NA 1JLGA 3KD1E 2DY4A 1C0GA 4BRGA 3LALA 4NO7A 4CI6A 1HNXK 3L2WA 4CZKA 3ICXA 1RDDA 3CHWA 1CLQA 1VK0A 1VFIA 1MIYA 4XH4A 3ZSVA 2FSNA 3CJAA 1TKZA 4IDHA 3NE6A 5GADP 1NLVA 1HPMA 3BP8A 4JEPA 2KFZA 2AP1A 1P90A 4JK8A 2BXNA 3KK1A 1QS4A 4OGEA 3LDQA 3NAEA 3ZT0A 3CMEN 2XVVA 2O8BA 3BPJA 3TAQA 3PSIA 3FZFA 3MXJA 5GAGP 4Q5VA 3I55N 4CK1A 4F5VA 4K8ZA 1RBRA 3QIOA 2CGKA 2DTUA 4LB2A 3BZKA 1C0FA 1S72N 4Y0WA 1TKTA 3NMUA 5BPKA 3TTFA 1EP4A 3DRSA 1QHAA 3K58A 4DQQA 2JWKA 1CZBA 2ZJRL 4E7JA 3VQ6A 4J2DA 4MLHA 4B1XB 2HF3A 4M41A 5KQDA 2XY6A 4CBWA 4KO0A 5IJ5A 1H5WA 2O8BB 3K9JA 3DOKA 1S9GA 3AAPA 3RR7A 1BI4A 1YHQN 2HHSA 3F9KA 2IAJA 4G04A 3CF5L 4BR0A 1LV5A 1JLAA 4F3TA 4DSLA 3LL3A 2YCHA 1EETA 2R7YA 1RTHA 1N6QA 1TUUA 4DTJA 4CD1A 1HQUA 4B3OA 3VF2A 4GDLB 2D0CA 4DR3K 4FJXA 1NGEA 1IH7A 2RE2A 3HPHA 3LWMA 4DTSA 3SUNA 2BXMA 2QWNA 1XC9A 3JAMO 3THXB 3V9XA 5IT9O 1VSKA 4H03B 3THVA 3SNNA 4FJHA 5M1KA 2DG5A 3JSMA 3CETA 4DV5K 1S1XA 3K9KA 2NUBA 3HP6A 3OYBA 4IFVA 4CEFA 5HL7L 3S3OA 2A41A 4M7YA 3MEEA 3KLEA 4OPAA 3RSEA 4FJCB 4E7IA 3S9HA 3SBTA 4FPBA 2P9SA 1X9SA 1RT3A 2VCPA 2EFCA 2ETJA 3TAMA 3VEZA 3AVIA 1G15A 4IJNA 4AILC 3T1YK 2NRRA 3FLCO 2ZD1A 3M8SA 3AAQA 1MA9A 4IKFA 2HVIA 3LZJA 1E4GT 1NGHA 3O3GA 3BY5A 2XY8A 1BIUA 3PLAA 4AHSA 3SK3A 5CR4A 3L3VA 3K0SA 3CQYA 4MBEC 3J7YP 4OLBA 3P83D 4M3XA 3MHHB 3D2FB 2Y1IA 4RWTA 4WQ5A 2G8VA 2XMOA 1HX1A 1SQKA 3SJHA 3DLHA 4LFBK 4K43A 4OPKA 1M90O 4J2AA 2YNIA 3BUZB 4IOXA 4FJJA 1BA1A 5HOZA 3WHQA 1VSIA 3E9LA 3NF8A 2QM1A 2BXLA 1H1VA 3WQTA 1KTQA 2I7NA 3B6PA 3V1OA 3WQUA 1HPZA 2E2NA 3QDKA 4O4GA 3QFPA 1J54A 2Q36A 5C12A 3QIPA 4RW6A 4FWKA 4I9QA 4F5TA 3C95A 1QSYA 3A5LC 3EE8A 4C31B 2A1RA 1HUXA 5BRDA 4DR4K 3G71N 3C65A 1LWEA 4M7XA 2HMPA 3G4SN 2D0OA 4B9UA 2E0YA 3VEYA 1IBLK 3PO5A 2OZMA 2YV0X 1W2BM 3MK6A 3ZSZA 4UY8O 4GKJK 1BGXT 2XY5A 5GIOA 4KH5A 3O80A 3TSPA 3TAEA 4E1MA 3AA3A 2DPNA 1HK1A 5F1XA 1JLQA 1YITN 2EFHA 2UUCK 4Z69A 4HVJA 1BHLA 1JCGA 1LWCA 3MHSB 1QTMA 3HOTA 3UIQA 3IS9A 5JLHA 4DU1A 4WCEL 2A6AA 4DQIA 1SKWA 5EX5A 3D0PA 3VQBA 1RT7A 2Q1NA 1N36K 3VTIA 3HI0A 1ZYQA 4F2RA 4B1YB 4EHUA 5ADXA 4DSKA 1KCFA 2BXOA 3M8QA 3ZCMA 5E26A 2DFFA 1L5UA 1ATSA 2UXBK 3SCXA 3OY9A 2WFBA 2BANA 5IWAK 2F9WA 3M99C 4YHHK 4CZEA 4HCBA 1WUAA 3MDQA 3NF9A 3V9UA 1RGIA 3SQ0A 1R59O 3CJ9A 3HL8A 1VQKN 4JKGB 1WAJA 5GAEP 4FLUA 4ISGA 3B9MA 4HWIA 3TARA 3OVNA 3D2EA 4BR5A 2Q31A 3RRGA 4CIGA 2QMCA 4DV2K 1RTDA 3DRPA 4AM7A 2IC3A 5BPLA 4NLCA 2QEXN 4DQRA 5AQWA 1DGKN 4A2AA 4AQYK 3O9QA 1RTIA 3CIPA 2YHYA 2NNWA 1NK5A 1S5JA 3DRRA 1S1TA 1B9DA 4CJ4A 4FJ7A 4YY3K 3HT3A 1OH7A 3MWTA 2HBKA 3A2FA 3NH1A 4ELTA 5LMNK 4CEZA 4CJFA 2F8TA 3R6MA 3WNEA 4B3TK 3QMLA 3KK2A 4BWJA 3CCMN 2D0AA 4YDUA 4BDZA 3AGKA 4BWMA 4W5QA 3OYHA 1N32K 2QWPA 1BU6O 2UXDK 5FPMA 4H5TA 4FZXC 1D8YA 2YHAA 3KWIA 1OVYA 5FPNA 4EHTA 2KW4A 4FWPA 3ZSWA 5BRHA 4A5AA 3IDHA 3CD6N 4C8MA 4ISFA 4BR9A 5AQTA 1NGIA 3D45A 1TYQA 3AGRA 3ZSXA 4FZYA 3H46O 3KZBA 1IKYA 1NJIO 2IVPA 3SJJA 5C42A 1VQ6N 2FSJA 4LUFA 4WYBA 3RSEB 1NGGA 3QICA 1KXPD 1G99A 2Q0RA 1HKGA 5LY3A 3IG1A 3SAFA 4B8CA 4CF0A 4OR0A 1VHXA 5AQOA 3CPEA 3DLEA 3LAKA 1BQNA 3O9SA 2YX6A 3ID6A 4EAHD 1J7EA 3UE5A 3IAYA 1QQCA 3UKUB 3LDPA 3FR0A 2BXGA 4H0PA 1EQYA 4CGIA 3OJSA 1KQSM 1SL2A 3WXLA 3ZT4A 4CGJA 4LH4A 1GLJO 4JNEA 4B9VA 3OA9A 5AQVA 3HXMA 2CKXA 5I3UA 1LWFA 4BDPA 2QWMA 4EZ6A 2IS3A 3MXIA 5KGXA 5AQXA 1ILYA 4LY7A 4AM6A 1N33K 2X78A 4CFDA 4CJPA 2B4JA 2NRTA 4CF1A 1VZSA 1HA2A 3SMPA 2XY7A 3CCUN 1NWKA 1Y64A 3QB0A 4I6MB 4KHWA 2P9LB 2DBWA 1KAZA 4I6MA 2BXPA 2YNFA 4DLGA 3M8PA 4KB0A 3SUQA 1E7BA 3GA9L 3DI6A 5TKYA 4JN4A 1QHTA 1K9MO 2VWBA 4MO5A 3UKUA 1MDUB 3KIOA 3P1GA 3C7NB 4U7BA 1TL1A 3LP2A 4BRDA 3AO5A 3CC2N 4G03A 4JI4K 3TTDA 3HPGA 4EIAA 1EKEA 1HKCA 1MWMA 1IJGA 4OKJA 2OCEA 1V4SA 1ZBIA 3HJFA 2BH1A 4PL8A 1BO5O 4BRPA 5J1EA 1QQOA 1OKJA 4DV7K 4BRHA 4FJNA 1HMVA 1VQMN 1Q7YO 4M3TA 5IJEA 1IJJA 1KXPA 3C6UA 3C94A 1BG3A 5CZ1A 4AH9A 2PBDA 1GLCG 2YHBA 3O6WA 4BE1A 3A0IX 4JD2A 4NCAA 5FPEA 5AQMA 5FLXO 4X64K 1BOTO 4B3MK 3ALYA 4IJAA 4CHPA 1CZ9A 4DR6K 4TQ0A 1E4FT 2P9NB 4DCHA 2DBUA 1NJXA 3WUHA 4DU3A 5MLCQ 3CM6A 3QINA 5AQYA 4YORA 1VSFA 3FFIA 4BC3A 3TANA 3HVTA 4BE0A 2GV9A 1KW2A 3NF7A 3U6FA 4FK0A 3OBWA 4BC4A 3PX6A 2P9KB 4C8NA 1ZBHA 1LAWA 2E8AA 3AA5X 1GOBA 3DXKA 1X9WA 1MA9B 1JXEA 2UYTA 1TUYA 1BWFO 4V19S 4CGHA 4ZC6A 4XH1A 3D2FA 1SKRA 2HBMA 1YTUA 3U3YA 5JICA 3V1RA 2WTUA 2GUTA 2CH5A 2HHTA 3OYJA 1P8ZA 4JHDB 3EN9A 3SV4A 4JI8K 1TGOA 3K5MA 3G25A 3MX5A 5SZTA 3L8BA 1J5OA 2HNYA 1T8EA 1N8RO 4WFAL 3QEWA 1BIZA 1T44A 3SI6A 2OZSA 2O8FA 4WA6B 5KPRA 1IKXA 4C8LA 1W9HA 4K0KK 4R5PA 2GEMA 5KGWA 3O3FA 1GLEG 1TAQA 4E7LA 3WNGA 3CERA 2LQIA 4DSEA 2BXAA 1CXQA 1X3NA 4ZTFA 2GUIA 3AVFA 3ZSOA 4BQZA 4CK2A 3THXA 2CGJA 1VQPN 1S9EA 3JS6A 3VERA 4CFAA 1D5AA 3G0ZA 1ASWA 2P51A 2KKZA 4ZBKA 3CMAN 2BXEA 1MUHA 4FVMA 1RDWX 2DBXA 4WF9L 3GQUA 5J2PA 4F5UA 3K5OA 2ASOA 5KRTA 3LU6A 3G9KD 4G01A 4NCBA 4IEEA 1Q8IA 3HPOA 2VG7A 1IG9A 1S6PA 2QTDA 4DUYK 3K2PA 3MCPA 4FW2A 2F8SA 5AQIA 1ITGA 3H45C 4IEIA 2P9UB 4Z4FA 3V9SA 1ZXOA 4CJRA 3N4PA 5HP1A 3ZYYX 4YDUC 3AVCA 4BRKA 4LD0A 2HMIA 1S22A 2EWSA 1Z05A 4KRFA 5J2NA 3QERA 3WEEB 4A61A 2F7TA 3FZLA 3ZEUB 3ID8A 4Z0UA 3CXCM 2EHGA 2QI2A 2O8DA 3ZEUA 4L9QA 3PIOL 2BXKA 1TK8A 4CERA 3KLFA 3ULDA 3PO4A 4FM0A 2IDOA 5HROA 1HR0K 1NMNA 2KBZA 1BL3A 3A5OC 2VUFA 2WUSA 4ELVA 3NVIA 1RBVA 2Q3SA 5EU7A 4YFUA 3C6HA 4W5RA 1YVUA 2VWKA 2FF3B 4I9OA 4EP5A 2ATQA 5H1SQ 5AQPA 4B3RK 4M70B 3T3FA 4FLWA 1RT6A 1YF5L 1UAXA 2A3ZA 4KFBA 4CVNE 4OLAA 5JVGL 1QVFM 5C25A 4N5SA 3NCIA 4DR5K 4CJUA 2B6AA 3IMXA 2P5GA 4CHYA 4FWQA 4IG0A 1WLJA 2CH6A 3NVMA 2Z1JA 1IKWA 1BCMA 3CX9A 3D7EO 5AZJA 5AQZA 1XWLA 3SAHA 4YOXA 3RVCA 1Q82O 4H0TB 1VSMA 5HRNA 5BREA 5LJWA 5BN8A 1M1KO 3CJCA 4FLTA 5DM6L 3LP3A 2UUBK 2OT3A 1IKVA 4F5SA 4JKAA 4M63C 4JI1K 2DFHA 4I7FA 3LAMA 2OA8A 4FL9A 4BREA 4ZBQA 3T7ZA 4W5NA 2HBJA 2KZZA 1YXQA 4N47A 2NRXA 5C24A 4D7XA 4CHNA 4JI5K 3JRYA 5AQKA 4JK4A 1QQMA 2GBZA 1TV6A 3V81A 4A57A 3ASMA 3BEXA 2XVUA 4IFYA 4CJEA 1RTJA 3KJLA 3QFUA 4DR2K 4B9LA 4KB1A 3EO3A 4IWVA 1VSJA 3U3GA 3LP0A 3CQ8A 4B9NA 1IG8A 2ZJQL 2EFDA 5IIHA 4QCLA 1TK0A 4DR1K 4LSLA 1Q9XA 3AVBA 1XNQK 2O8EA 3SUOA 3A73A 2IVOA 4K41A 4M3WA 3L2UA 4DFMA 1C6VA 3KKRA 5E84A 3PY8A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3ID6 A;  3NVI A;  3PLA A;  5GIN A;  2OZB B;  2NNW A;  4BY9 C;  3SIV B;  5GIO A;  3NVK A;  3GQX A;  3T7Z A;  3ICX A;  3NMU A;  1NT2 B;  5GIP A;  3GQU A;  3NVM A;  3SIU B; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2W41 A;  1NOZ A;  2ZF5 O;  3VES A;  4A59 A;  4FVU A;  1LW0 A;  2LXT A;  2ASP A;  2V52 B;  4HUE A;  3P38 A;  3WNF A;  1RBS A;  3KVG A;  1XNR K;  2V7Z A;  5AQN A;  2VGN A;  1YJ9 N;  5CY4 A;  4K2C A;  3M5R A;  2HHU A;  1EXQ A;  2IOC A;  4N0U D;  3QBW A;  1GNJ A;  4JLH A;  1Z25 A;  3AVG A;  4LF4 K;  2BXH A;  4B9T A;  1TK5 A;  4AHR A;  4U67 L;  4PY5 A;  1A5W A;  1JLC A;  3V6D A;  3LDN A;  4K25 A;  2X6N A;  3O4N A;  3PIP L;  3FGU A;  3FZK A;  3A5N C;  4GNI A;  3IFR A;  3OYE A;  1ASV A;  3R3L A;  2O8E B;  2P9P B;  4JKB A;  1RBT A;  2E6M A;  4JAX A;  3CCV N;  5D7G A;  4J2E A;  3DMJ A;  3HZ6 A;  2FBT A;  4PKG A;  3K59 A;  2BUP A;  1NKB A;  2FBX A;  3T69 A;  1BUP A;  1U2V B;  2E20 A;  3ENO A;  3G6E N;  1NK7 A;  1UOR A;  5FDL A;  5K14 A;  3LU8 A;  3AO2 A;  2LQH A;  4CF9 A;  3ZX3 A;  3KHY A;  1LNS A;  1JL2 A;  4H0O A;  2NZT A;  4GV6 A;  3MN7 A;  1VQO N;  1DTQ A;  1RDB A;  3DAW A;  2QXF A;  5ELZ A;  1HYZ A;  4CJS A;  1BCO A;  1T05 A;  4KBO A;  1O13 A;  3EL2 A;  3HRG A;  4KV8 A;  4FYD A;  3THW A;  1VQ8 N; 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