4BY9C

The structure of the box cd enzyme reveals regulation of rrna methylation
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
366
structure length
366
Chain Sequence
FISENVRGIYAFDENGNLIEKRYFTDKPEKVLDQLLKGEITKDLEELLNSLKEKGYDEFVFEHPELSRRAKELGFSATTEFPNIAGERLRSNPEEFLGENWFEEYYKVGVALTRMRIQEQSGARDKMVIQAIEALDDVDKVINLLVARLREWYSLHFPELDELLPKHPQYVAFVKTVGHRDNINEEVLRELGLSEEKIKKILEAKEKTMGAWMDQTDIEVVRQLAEEIDRLYQLRKKLEDYIDRAMDDVAPNLKALVGAKLAARLISLAGGLRELAMMPSSTIQVLGAEKALFRHLRTGAKPPKHGVIYQYPAINRSPWWQRGKIARALAGKLAIAARVDYFSGEYIAEELKKELEARIREIKEKY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transferase/rna
molecule keywords SSR26
publication title The Structure of the Box C/D Enzyme Reveals Regulation of RNA Methylation.
pubmed doi rcsb
source organism Pyrococcus furiosus
total genus 133
structure length 366
sequence length 366
chains with identical sequence F, I, L
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-07-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 4by9C03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4by9C01
3PLAA 3ID6A 3SIUB 2OZBB 4BY9C 3NVIA 3GQUA 1NT2B 3ICXA 2NNWA 5GIOA 3NVMA 3SIVB 5GIPA 3NMUA 3T7ZA 3GQXA 3NVKA 5GINA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2IVPA 3AVNA 5EVZA 4HTUA 5AQFA 3CFOA 4PL8A 3AY9A 3TAPA 1GLBG 3GQUA 1JLEA 2Q36A 3ZT4A 4BRPA 3RR7A 2DY4A 3H37A 2VYPA 1YAGA 1XMQK 1KTQA 2B4JA 3KKSA 2Z1IA 3KD1E 3T7ZA 1DKGD 4BC4A 3A5OC 3SBTA 4CEBA 3NF8A 1EWRA 4XH5A 1Z6RA 4F2RA 5M1NA 4Q0BA 2E4LA 1HJOA 1RT7A 1YITN 4R5PA 3ECPA 1RCHA 1WBBA 1QQMA 4ISGA 5FPEA 4K8ZA 1S1TA 3H46O 5AQJA 3TAGA 3HXMA 4CHOA 3D0PA 3QFUA 1TKDA 4FVUA 4GDXA 1VQPN 2E6MA 1NK0A 4KHNA 3C6HA 2JLEA 4N3ZA 5BPMA 4J2VA 2W40A 3V9UA 1DTTA 3A5NC 1IBLK 4PWDA 3J8AA 3VERA 4JI7K 1QQCA 4DSJA 3I33A 3OS2A 4JNEA 1RDAA 3EZWA 5KGWA 1U04A 2HNZA 4EP5A 2Y1JA 4DV2K 1VSHA 3TAQA 3IAYA 3ITHA 4G9ZA 4BR4A 2QTDA 3OYBA 4E1MA 5IJFA 5E41A 3UKRA 1S3XA 2FLOA 1LWEA 4LF7K 3FZLA 1WN7A 3FR0A 3ZT2A 5IIUA 1U49A 4JI6K 4ELTA 4CZFA 1LW0A 1S22A 4DQPA 4BRKA 3LP3A 3ZT3A 2VGMA 2OZMA 4ZC6A 4DF8A 1X9SA 4FLTA 4CD1A 4CIGA 3RRHA 1VQ8N 3OTOK 3OS1A 3K58A 4BE0A 3ZSOA 1HRHA 1QZ6A 2BH1A 4CK1A 5I42A 4IG0A 5BREA 1VFIA 4BVOA 3U9ZA 2HHUA 1C1AA 2NRXA 3AO5A 3MDQA 5M1PA 4R79A 4IOCL 3VA0A 2BDPA 4BGAA 4E0DA 4F3OA 4DV6K 4CGJA 4CK3A 3THWB 3V03A 1X9JA 1ZYQA 2ITMA 3OYLA 2QI2A 2G8FA 2HSTA 4LY7A 2ZQBA 3LAKA 4IJNA 4MBEC 3ENOA 3IG1A 3CMAN 3H3AA 2DBXA 2UXCK 3ZX2A 1J54A 5C25A 3MHSB 1TL1A 2DFEA 5AQRA 1JCFA 4EHUA 4MFBA 3FWCC 1U45A 4EHTA 3K59A 2CGJA 1GLDG 3V08A 1HLUA 4BC2A 2Y1IA 3SUNA 1JL2A 3A8YA 1VQ7N 2AA4A 4XH4A 4JKGA 2NRHA 4EIAA 2Q0UA 3SMSA 2NRRA 4IO9L 4KO0A 1NK4A 2P9PA 1U48A 3LP2A 2LQHA 5HLFA 3CMEN 4GV9A 3AVBA 1NK7A 1O13A 3CC7N 5C2DA 4DS5A 3HT3A 3RVCA 1VK0A 3MN6A 4DQQA 1ZBIA 2D5RA 4QOZB 4DR3K 2UXBK 4B08A 4JAXA 5GHKA 3WXMB 4NXMK 4JI8K 4PUOA 2HVHA 4WF9L 4BR0A 4FW2A 1YI2N 4AHCA 1WBDA 2ITGA 4KH5A 4O44A 4NCBA 3BDPA 4W4UB 2EFEA 1QS4A 4ELUA 4BR2A 1Q81O 1ILYA 4M70B 4IO8A 3O9UA 4KTQA 4OPAA 2YI1A 1RBUA 3LDQA 1HKBA 3PIOL 3QINA 3SAGA 4GMJB 4D7XA 1JLAA 2FSKA 1GLJO 4K43A 3WT0A 3KK2A 3ZSZA 3AA4A 3OYCA 4CVNE 4LFAK 4B9LA 2YV0X 5HOZA 2VG6A 2E20A 1BJ5A 2IS3A 3QBXA 4BWJA 4MQ3A 4F4KA 2D0AA 2KKZA 5EXWA 3HPGA 4OKKA 4FJHA 4BKEA 1GOCA 4OO1J 2E88A 4IW1A 1TK0A 3HTVA 2ASOA 1VSJA 2XVWA 3HSCA 1WSFA 4BR5A 3VQEA 5DM7L 3SIUB 1RT6A 3ENBA 2YKMA 2GUTA 3MMVA 3OYJA 4GG2A 4BRHA 1LOTA 2QWLA 1NGHA 5CZ1A 5KPZA 2E0YA 1JJ2M 2QXLA 3LP0A 3IKMA 2VWJA 1NJIO 4B9QA 1TKZA 5BR9A 3MCAB 2E6LA 4Z0UA 3G4SN 4JEPA 2ZJPL 3VN5A 1U47A 5KI6A 5A2QO 5K14A 4AHTA 2Q31A 5DMRA 4FZYA 3KLIA 4J2DA 3WQUA 4WQ4C 3CCLN 3CJ1A 1OH8A 1RGIA 1SS6A 3VF2A 1BM0A 2AGHB 3AVCA 1NNEA 2KTQA 3G71N 3G0ZA 1RT4A 4KTZA 4BRIA 1HK3A 1VSEA 1EQYA 1QZ5A 4CJ5A 1KXPA 3OYMA 2HBJA 2KFZA 3TTCA 3O9SA 3QETA 1U6ZA 1NGAA 3NDKA 3OYNA 2XW1A 3K5LA 3M8SA 4CFAA 5C2FA 4MLHA 1YTUA 1QHAA 2VGNA 3O3HA 3TAFA 3Q7CA 3SQ4A 1DEJA 3ULEA 1V4SA 4CF8A 2OYQA 3SBGA 4HHTA 3PX6A 4H0OA 3NH2A 3LPTA 4DTUA 5M1OA 3KLFA 4FLVA 4FM1A 3CYMA 1N33K 4C31B 5AQVA 3HVTA 3IDHA 1NKEA 3J7YP 3CJAA 1DT9A 3JS6A 4W5QA 4FK2A 3J7ZO 2HF3A 1DLOA 2HB5A 2V51B 1EX4A 3NF9A 4PKGA 1RT3A 1VAZA 1WAFA 4LD0A 2E5LK 1HQUA 4LSNA 2P9SB 1HJRA 4EAHD 3NAEA 1D4XA 4DTNA 1RDDA 1E7BA 4XH1A 1TXUA 5GINA 1GLFO 3OA9A 3VGKA 4B1WB 4FJKA 1VSFA 4HCCA 2HOEA 3TABA 2QXFA 2Q3SA 4CJVA 3M8RA 3O6WA 5ADXA 4M3RA 1BHLA 3SAHA 4DR2K 5AQGA 4YORA 2V36A 1Z05A 2LQIA 5BN8A 4H0PA 4BRAA 4DFJA 3IMXA 3O4NA 1KSPA 3K5NA 3CCJN 2QWRA 3TSQA 1MA9A 1R59O 3QEPA 4IOAL 3O3GA 1TUUA 4FJXA 3MXJA 1Q8IA 4JK7A 4KTWA 5H1SQ 4WFNL 3CCSN 3UE5A 2ASPA 5C42A 2VG5A 4OPHA 3E9PA 4FPAA 1NGBA 3CERA 1FJGK 3LDOA 2JWKA 1C0FA 2WONA 5JVHL 4CIEA 1FK9A 1VZSA 1IG8A 3KD5E 2YNHA 5LL6Z 3EY1A 1ZXOA 4AHRA 5KQDA 3BPJA 4A2BA 3CCQN 2GWKA 4N0FD 2O8CB 3K5OA 3DLRA 3OYDA 3VEOA 2B6AA 1XHXA 2KFNA 2GEMA 4FLXA 3QNOA 5ID7A 4FWPA 2OPRA 4AHSA 4CGDA 3U3GA 3L2VA 4CEQA 1M90O 1X1PA 3S9HA 1GLEG 2ETJA 5EY4A 1T05A 1D9DA 4FSVA 2B5JA 1L3SA 5J2PA 3VQ5A 3S3MA 4DB3A 4DTSA 5ELZA 3HP6A 4CJLA 4N56A 4TQ1A 2Q1NA 2NZTA 1HR0K 3CCUN 3T19A 4KHWA 1KVAA 1IKYA 4XEIA 4C8NA 4M3TA 4A61A 1IJGA 3BF1A 2Z1GA 4M7YA 1HNIA 4H0XB 4Z9OA 4O5FA 4X65K 5BPLA 2O8DB 5IJEA 1YTAA 3AVAA 4YOTA 5F1XA 4IOXA 1J53A 3OHRA 3JAMO 4E7IA 1EO1A 3FZFA 2O8CA 3CPEA 4EZ9A 3LAMA 1VQON 1RTJA 3SUOA 5FPMA 4LA0A 3EL2A 3CX9A 1KVBA 3VOVA 1BIZA 1E7EA 5GAGP 3ZSVA 4CCHA 1ZC6A 4DTRA 4MO5A 1EETA 3DYAA 4CHYA 3HO1A 2XY5A 3V1OA 2IDOA 4IEEA 2X6SA 3AARA 4Z94A 5ID9A 2O8BB 2OA8A 2HNYA 1ESVA 4N5SA 1BQNA 5TKYA 3WUHA 4FM2A 2XRIA 4L9KA 3MAQA 4A2AA 4BACA 1YHQN 3VF6A 4FLUA 5AQQA 4QAGA 2FXUA 4B8CA 3VPZA 2DPNA 4H5TA 5AQKA 1MIVA 5J2MA 1BCOA 4DQ8A 2XMOA 3ZEUB 2Q97A 3BUZB 2O8DA 3VEVA 3NGIA 4CZLA 4DV7K 3L3VA 5CZ2A 3F5TA 4JRPA 4JS5A 3R1XA 3CCRN 4DV5K 1L3VA 5D7GA 2VCPA 5LJWA 3MXIA 3SQ2A 3KJVA 1CZBA 1X9WA 3PSIA 3LL3A 3NGYA 4B9UA 4JS4A 2PAVA 2KZZA 4LSLA 1JCGA 4CFCA 4QS7A 4KHYA 2WOMA 1LWFA 3NCIA 4JLHA 4K41A 4AHUA 1NGEA 4Z4HA 1HPZA 2P9UB 1QTMA 1J6ZA 1RTIA 4IWVA 3VQ9A 4KHSA 4KHUA 1BWFO 4BE2A 5J2NA 2JUHA 2F9TA 3CCMN 1W0HA 3QMLA 4H5NA 3FFIA 2RKIA 4K71A 3ZEUA 3HOTA 4DV1K 3U4LA 1UA1A 1XQSC 1NGDA 4DQSA 1VQ9N 3AGKA 1XMOK 4FIPB 2Z1JA 3I0SA 3PUFA 4ZHRA 1VSIA 1OH6A 3BF3A 2QWOA 5EOYA 2HHVA 4B8AB 5GIOA 5FUOA 3RMBA 3VQ6A 1SQKA 3O9RA 1R0AA 4M63C 1NBWA 3VQ8A 3UKRB 2OTLN 5IWAK 1MIYA 3J7AP 1E7IA 3QEWA 3LP1A 1KW2A 4CF2A 3CHWA 1C0MA 3FZKA 3O08A 3ZETB 2CGKA 4DLGA 5BR8K 2P9UA 4BRCA 1H1VA 1IBMK 1YUWA 3KZBA 4GW6A 3P38A 1IJJA 3HJFA 4H5RA 1W97L 5IIXA 3F2KA 4DSKA 3HRGA 3EKUA 4H0YB 4IJAA 1NGCA 1ATRA 1ZBUA 3HL8A 1GLCG 4JKAA 3WHSA 4Y1DA 3LZJA 2WC9A 1VQ4N 2BXGA 2O8FB 4YOWA 1VQ6N 3M99C 3L4IA 3VQIA 4NO7A 4J2BA 3P31A 4BRFA 2NRZA 1KAZA 1S6PA 1HA2A 1E4FT 3F73A 2OCEA 4BRQA 4HUEA 1T6CA 1S9GA 4JRQA 2DBUA 1E78A 2I7PA 1JKHA 4F9OA 3HI0A 1NT2B 4FJIA 4OLAA 3ZETA 4ILHA 1NLVA 4Z4EA 3MEEA 1OH7A 4F5SA 2ATQA 3DWLA 2YHYA 1JL1A 1XWLA 5AQUA 5HRSA 2YHAA 2HW3A 4CGGA 1A5XA 3GA9L 4F8RA 3DI6A 4OX9K 4FK5B 4JKGB 4GDLB 4PY5A 3NVIA 1NMNA 4WQ5A 4UY8O 2BXOA 3I55N 2P9PB 2I30A 3GBTA 1KRPA 2OTJN 3LU8A 1MUSA 3SIVB 4KKOA 2ZJRL 4DQIA 1WSHA 2A5XA 2G8KA 3CD6N 2O8FA 4DHYA 3QERA 4YY3K 3SZ2A 2DG5A 2QWMA 3JSMA 3OYKA 3V9SA 1KC8O 2QMCA 4B3TK 3TTDA 4CJWA 3PO5A 5AQIA 5FLXO 4UQGA 2BANA 3ZSQA 2I2ZA 4B3MK 1J5EK 3WEEB 1G15A 4CEOA 3CF5L 4W5NA 3CC2N 1IO2A 4C1NK 4IEIA 4KHQA 3M5RA 3SYZA 2QM1A 3JQZA 1KD1O 1E7GA 2KBZA 1QE1A 4YOYA 5JMVA 5HL7L 1YF5L 1NMDA 4A5AA 5JS1A 2QK9A 5ADXH 5B8HA 1RTDA 4Z4IA 3MX2A 4LF4K 1HYVA 2UUBK 3VEZA 4DR1K 5B5TA 2GV9A 1TK5A 2ZWHA 4JHDA 1UORA 4K8XA 1NWKA 1CZAN 3C6AA 2RPIA 4OLBA 1SZ2A 3R3LA 3A75A 4E1JA 1MIWA 3NH1A 2EFHA 3UIVA 3BZKA 3KKRA 3D2EA 4FJ7A 2LOQA 2CH5A 3DLHA 2RF2A 3ZYYX 3SI6A 2XW0A 1N36K 1P8ZA 1UWBA 4IDHA 4FK0A 1LOTB 3EE8A 1TF0A 3ICXA 3L8BA 3V81A 3ZSWA 3O1BA 3OJUA 4BC5A 4E7HA 4N0UD 3WEEA 1GNIA 1EWQA 5CYQA 1FXXA 1H5WA 1TYQA 4JKDA 4ILJA 4OVLA 3QIPA 1BQMA 1WOQA 2E2OA 2P9NB 4O55A 5FPDA 3VGMA 4CBUA 3I0RA 1NJYA 4CJSA 3ISNC 4DUYK 5AJ3K 4DTPA 3HSTB 4HUFA 1NK9A 4V19S 4WE1A 3NBPA 5BPNA 1ZBLA 1NGIA 1RBVA 3FZMA 1HK4A 3FE1A 1D9FA 1S1VA 4I6MB 2EFDA 2HVIA 3A73A 5M1KA 4OR0A 2VQEK 4F5TA 4CZJA 3A0IX 4OJRA 4NXNK 3L2WA 3ZX3A 1VRTA 4M42A 4CE9A 2NRWA 2GELA 3L4QA 3CI5A 3SPYA 3EYZA 3AV9A 4CJ3A 3DMJA 2OZBB 3LM2A 5EX5A 3SAFA 3MECA 3VMFB 1T8EA 1WSEA 1IKXA 4DTOA 5DM6L 3L3UA 1S1UA 1MU2A 3ULEB 3LDPA 5HRNA 2OZSA 2GTDA 1RTHA 1IKVA 1NG9A 1QSYA 4A62A 3OYGA 4G04A 3AVJA 4BE1A 4BQLA 3LZIA 1GOAA 2P9NA 1S72N 4IFYA 3R9PA 3O4WA 4YHHK 4CJUA 2BXAA 4M7XA 1HNZK 2VWKA 4FVMA 5AQOA 1N6QA 4KI4A 1ASUA 4I6MA 3NVMA 4KB0A 1SB0A 4PHTX 3I56N 1VSKA 1S9EA 4DR4K 1RILA 1N5UA 3TTFA 4B1UB 1N8RO 1QHTA 4WFAL 4Y1CA 5IJ5A 3SCXA 1IKWA 4YOXA 2CGLA 2QKKA 1BIUA 3QO9A 3W1SA 4DQRA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3PLA A;  3ID6 A;  3SIU B;  2OZB B;  4BY9 C;  3NVI A;  3GQU A;  1NT2 B;  3ICX A;  2NNW A;  5GIO A;  3NVM A;  3SIV B;  5GIP A;  3NMU A;  3T7Z A;  3GQX A;  3NVK A;  5GIN A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2IVP A;  3AVN A;  5EVZ A;  4HTU A;  5AQF A;  3CFO A;  4PL8 A;  3AY9 A;  3TAP A;  1GLB G;  3GQU A;  1JLE A;  2Q36 A;  3ZT4 A;  4BRP A;  3RR7 A;  2DY4 A;  3H37 A;  2VYP A;  1YAG A;  1XMQ K;  1KTQ A;  2B4J A;  3KKS A;  2Z1I A;  3KD1 E;  3T7Z A;  1DKG D;  4BC4 A;  3A5O C;  3SBT A;  4CEB A;  3NF8 A;  1EWR A;  4XH5 A;  1Z6R A;  4F2R A;  5M1N A;  4Q0B A;  2E4L A;  1HJO A;  1RT7 A;  1YIT N;  4R5P A;  3ECP A;  1RCH A;  1WBB A;  1QQM A;  4ISG A;  5FPE A;  4K8Z A;  1S1T A;  3H46 O;  5AQJ A;  3TAG A;  3HXM A;  4CHO A;  3D0P A;  3QFU A;  1TKD A;  4FVU A;  4GDX A;  1VQP N;  2E6M A;  1NK0 A;  4KHN A;  3C6H A;  2JLE A;  4N3Z A;  5BPM A;  4J2V A;  2W40 A;  3V9U A;  1DTT A;  3A5N C;  1IBL K;  4PWD A;  3J8A A;  3VER A;  4JI7 K;  1QQC A;  4DSJ A;  3I33 A;  3OS2 A;  4JNE A;  1RDA A;  3EZW A;  5KGW A;  1U04 A;  2HNZ A;  4EP5 A;  2Y1J A;  4DV2 K;  1VSH A;  3TAQ A;  3IAY A;  3ITH A;  4G9Z A;  4BR4 A;  2QTD A;  3OYB A;  4E1M A;  5IJF A;  5E41 A;  3UKR A;  1S3X A;  2FLO A;  1LWE A;  4LF7 K;  3FZL A;  1WN7 A;  3FR0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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