The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
62
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Knots found |
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sequence length |
224
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structure length |
208
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Chain Sequence |
DIWTPLESNPDSLYLYSCKLGQSKLKFVDIYGFNNDLLDMIPQPVQAVIFLYPVKENFDNVWFIKQYIPNSCGTIALLHLYGNLRNKFELDKDSVLDDFFNKVNEMSAEKRGQELKNNKSIENLHHEFCGQVENRDDILDVDTHFIVFVQIEGKIIELDGRKDHPTVHCFTNGDNFLYDTGKIIQDKFIEKCKDDLRFSALAVIPNDN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Characterization and Structural Studies of the Plasmodium Falciparum Ubiquitin and Nedd8 Hydrolase Uchl3.
pubmed doi rcsb |
molecule tags |
Hydrolase
|
source organism |
Plasmodium falciparum
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molecule keywords |
UBIQUITIN CARBOXYL-TERMINAL HYDROLASE L3
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total genus |
62
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structure length |
208
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sequence length |
224
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chains with identical sequence |
B
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other databases |
KnotProt 2.0: K -52 -31 -31
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ec nomenclature |
ec
3.4.19.12: Ubiquitinyl hydrolase 1. |
pdb deposition date | 2009-03-27 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
A | PF01088 | Peptidase_C12 | Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase, family 1 |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Actin-binding Protein, T-fimbrin; domain 1 | Actin-binding Protein, T-fimbrin; domain 1 | ||
Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Dna Ligase; domain 1 | Dna Ligase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2WE6 A; 2WDT A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3Q1K A; 4ED6 A; 5IT9 W; 2EYN A; 3L2P A; 4MA0 A; 4YJ2 F; 4Q57 B; 3MR3 A; 2OH2 A; 1VAJ A; 1Z2N X; 2AU0 A; 2B63 G; 3N41 B; 1GLV A; 3GIJ A; 1A9X A; 2BR0 A; 2SCU B; 4RB1 A; 4ECT A; 2VZD A; 2V59 A; 3AYH B; 2UU9 H; 5KFL A; 2W7P A; 3KAL A; 4F4X A; 1VS0 A; 4UCR A; 5L1L A; 1UJO A; 3PZP A; 1N33 H; 3I6X A; 4DLK A; 2BQR A; 4Q0Y A; 2W9B B; 3FKI G; 5IP9 G; 4QWE A; 4FM9 A; 2WA7 A; 1XDN A; 3MFH A; 1L2Z A; 5KFH A; 3F7P A; 2YZG A; 1UEG A; 5IYB G; 4RZR A; 3Q8R B; 4MV7 A; 4R8U A; 4I7H A; 3RAX A; 4IRK A; 2VUM G; 2WA5 A; 5KG5 A; 3M4I A; 2RDJ A; 1HNZ H; 2VQE H; 5EWE A; 2K2R A; 1I94 H; 2R84 A; 3GIM A; 2QJZ A; 4B3T H; 4ECY A; 4QW8 A; 2EE7 A; 1A0I A; 3G6V A; 1P8L A; 4LH7 A; 4ME6 A; 2GPS A; 4O2A F; 2C28 A; 4X66 H; 4FBT A; 4MV6 A; 3UFX B; 3RBE A; 4UCO A; 1BNC A; 3CQZ A; 2RR8 A; 2JA7 A; 3GTM A; 4A3E G; 2R7M A; 4F4Y A; 2KSW A; 1JLL B; 3GIK A; 4JUZ A; 3RTX A; 2IA6 A; 5A2Q W; 4QWC A; 2RGR A; 2YRN A; 1UC8 A; 2GPW A; 3I12 A; 4A3K G; 4A3B G; 5LYJ F; 1BHD A; 1Y1V G; 5DQI A; 2XCA A; 1XMO H; 1JDE A; 4IAJ A; 1UNN C; 1WIX A; 4O4I F; 4IHJ F; 4LVR A; 4EBC A; 4EDM A; 1WYQ A; 5DGB A; 1Y1W G; 2W7O A; 2R8H A; 2J6T A; 3HBL A; 1S10 A; 4DR4 H; 1E4E A; 3MWD A; 2JA7 G; 4DL2 A; 4UCS A; 3HKZ A; 5FJ8 G; 4DL5 A; 2DK9 A; 1C3O A; 3ETJ A; 2QJX A; 2IBK A; 4G3I A; 4A3L G; 2E2H A; 4B3S H; 2QK4 A; 4C5A A; 3I4M G; 5C1O A; 5BPF A; 5D1O A; 4UCT A; 1WCM G; 4UCU A; 3BQ1 A; 2D89 A; 4EGQ A; 2DIK A; 3JSL A; 1EUV A; 3R5F A; 4EBE A; 5KFR A; 1N56 A; 4PDB A; 4A2B A; 5DG9 A; 5LMN H; 5A4B A; 2JA5 A; 3GIQ A; 5C1P A; 2NVX A; 2FB9 A; 2NU7 B; 1SEI A; 1T36 A; 4CC6 A; 5KFN A; 1HR0 H; 2W9C A; 1IBM H; 2YCH A; 4O3O A; 1PXY A; 1B04 A; 5KFQ A; 1JX4 A; 4JI0 H; 2I80 A; 2VOB A; 2NUA B; 2P0A A; 3DF7 A; 3HKZ E; 4C5C A; 2YZM A; 2R8G A; 2K3S A; 4O2B F; 3RGZ A; 5L1K A; 4ECS A; 1WYP A; 1XMQ H; 2R7L A; 1V5K A; 4YP3 A; 3OUZ A; 5T14 A; 4J9K A; 2HVS A; 1FVI A; 2V4R A; 4YY3 H; 5J2T F; 1JXL A; 3GTO A; 3EPI A; 4JV5 H; 3HOV G; 2XCL A; 3GLK A; 4HR7 A; 1S0O A; 2JEI A; 3HOC A; 2FK2 A; 3OSP A; 2AQ4 A; 1TA8 A; 2IP4 A; 4IWY A; 1WYM A; 2D85 A; 4ECX A; 4DL3 A; 2ASJ A; 2XD4 A; 2HHH H; 3KMU B; 5DLG A; 3PW4 A; 2Y0S A; 2WB1 A; 5IYD G; 3TQT A; 3JRW A; 1JDB B; 4B3R H; 4DL4 A; 2JA6 A; 1S0N A; 5KFU A; 2AGP A; 5DLF A; 4F4W A; 1I50 A; 4OX9 H; 2VPQ A; 2R7Z A; 2PBZ A; 5KFO A; 2DPJ A; 4LF5 H; 4BWS C; 3T5J A; 4JI8 H; 1GO3 E; 3H3V H; 4AYB A; 5DGA A; 1TWG A; 3FDS A; 4QWB A; 3OUU A; 5KT3 A; 4DV0 H; 2QYZ A; 1DIK A; 2Y0S E; 2WB1 E; 4HYK A; 2UXD H; 1B6S A; 4JV2 A; 1WKU A; 1AN7 A; 4Q44 A; 3LP8 A; 2JEF A; 4I4T F; 4ECV A; 3WNZ A; 4JI5 H; 4HQ6 A; 5KFG A; 5KG0 A; 5KFI A; 4FS1 A; 2XGQ A; 4YAJ B; 2R8U A; 4O3R A; 4LF6 H; 4J9P A; 3T1H H; 2E2I A; 2CW8 A; 4XX0 B; 3VMM A; 4NXN H; 2HKP A; 2ZJT A; 3M9M B; 3REP B; 4AYB E; 4LSX A; 5IWA H; 2CW7 A; 4FS2 A; 1FJG H; 1AUX A; 2FPG B; 2UVU A; 5FLX W; 4RUA A; 2YYA A; 5JVL A; 3KMW B; 2VA2 A; 4J9R A; 1KJJ A; 3PO2 G; 4HNV A; 5DG8 A; 5CAE B; 3JSN A; 4TV9 F; 3JAL M; 4R7R A; 5F9L A; 4J9M A; 4GC7 A; 1ZQ7 A; 1CS0 A; 2YZN A; 5D1P A; 5H80 A; 4ETS A; 4ZI7 F; 4DR7 H; 4RNM A; 4ED1 A; 5BVR A; 2GLT A; 4DV1 H; 5LXT F; 5A36 A; 3SE7 A; 1ZHS A; 1M0W A; 2X0S A; 3L4J A; 3PW0 A; 1K83 A; 4NXM H; 5KX5 F; 1AA2 A; 3HOU G; 1KEE A; 1WR2 A; 2R86 A; 2PN1 A; 2FK3 A; 1N34 H; 1RK6 A; 1RJQ A; 2ZDG A; 2W6Z A; 2W57 A; 2WE6 A; 2VZI B; 5IYZ F; 3BQ0 A; 1TWA A; 5KG1 A; 3JAM W; 4XYL B; 2DZD A; 4DL6 A; 3SI8 A; 1B6R A; 4MV8 A; 1EHI A; 2NU6 B; 4YR0 A; 4GKJ H; 3G6X A; 1ZHQ A; 5L0O A; 2FPP B; 3ORQ A; 4MV4 A; 5EZY F; 5KFX A; 2D88 A; 3J80 W; 4TQR A; 4F4Z A; 4BY7 G; 4GKK H; 5L1I A; 3GV5 B; 2ZM6 H; 5BMV F; 2UXB H; 1GSA A; 3BAA A; 2CQY A; 3RGX A; 4U7C A; 5CA0 F; 3GID A; 2HJW A; 1H67 A; 2RGV A; 3GII A; 4DV4 H; 4YR3 A; 3TQ1 A; 4JI2 H; 2AGQ A; 1WYN A; 2JEJ A; 3RJ0 A; 1SCU B; 2JA8 G; 2VPS A; 5A37 A; 1M6V A; 3MWM A; 4BBS G; 1I6U A; 2R8K A; 2W6M A; 3MJF A; 4WD3 A; 3RUP A; 4TUY F; 5C5J A; 4X65 H; 2WDT A; 4JI3 H; 2R85 A; 3MFI A; 2W6N A; 1KJI A; 3H4D A; 4FBU A; 4NLG A; 4LMY A; 2BQU A; 1RYR A; 1MZB A; 3LWB A; 4RB2 C; 2ASL A; 3G8C A; 4BY1 G; 4A3D G; 4K0K H; 1V51 A; 4IR1 A; 2FPI B; 1WYL A; 4EDL A; 1VBH A; 2E5L H; 3JAK M; 4MV3 A; 5KFK A; 4TQS A; 1C30 A; 2WTF A; 2YRX A; 4MAM A; 5KG6 A; 1S03 G; 3T5H A; 3KXY T; 3EAY A; 2UXC H; 3TIN A; 2VZC A; 1CE8 A; 3Q8S B; 4DL7 A; 2XIG A; 4MV1 A; 4R8U B; 4A3J G; 2FP4 B; 4A3M G; 2YRW A; 3R23 A; 5LP6 F; 5IYC G; 4RU9 A; 3PR4 A; 3T1Y H; 4LFC H; 1V9P A; 1O75 A; 1TWH A; 5FPO A; 4O3P A; 3BQ2 A; 1VKA A; 4LVP A; 4QIW A; 1K1S A; 5FD6 A; 3J81 W; 3GTJ A; 5GON F; 5KG7 A; 3HOR A; 4EEY A; 1Y14 B; 5FMT A; 3KHH A; 5FLM G; 2D87 A; 1SFO A; 3KTM A; 5KFC A; 3FER A; 3N8D A; 1WYR A; 2DLN A; 1RJR A; 3OHB A; 5KG3 A; 1IOV A; 3PW7 A; 4DUY H; 3BA9 A; 4HNU A; 1I7L A; 4WBN F; 1I7N A; 4O3S A; 2J6S A; 4ED0 A; 4EBD A; 3KHR A; 4A3F G; 3V6J A; 1M0T A; 5KFZ A; 2D86 A; 3CO1 A; 2VE7 A; 2WFN A; 1JIH A; 4QIW E; 3ORR A; 4YAK B; 3Q8Q B; 3BJY A; 2JA5 G; 2I87 A; 1XNQ H; 2W8K A; 4LSA A; 3G6Y A; 1W96 A; 4DR3 H; 4GC6 A; 3J7A K; 3GTL A; 4X62 H; 3HXL A; 1EUD B; 4EDN A; 2CKZ B; 2C00 A; 4ZOL F; 4RUC A; 3GTG A; 2FK1 A; 4BBR G; 5BR8 H; 2OLS A; 4CC5 A; 2OWO A; 1N32 H; 1E4E B; 5KFT A; 5JVD F; 4YQW A; 4EYH B; 4O3N A; 4ECQ A; 2M05 A; 3VPB A; 4EG0 A; 2J9G A; 3V4S A; 5KFJ A; 4F50 A; 2DWC A; 1T3N A; 1HNX H; 5JUM A; 5D1O B; 5L1J A; 2W9A A; 3K5H A; 4RB0 A; 4IWX A; 5LOV F; 2J6U A; 4B7L A; 2NU8 B; 4J9Q A; 3BG5 A; 5FMU A; 1IBL H; 3GTQ A; 2VA3 A; 3N40 P; 2R82 A; 2W9C B; 2C22 A; 4TXK A; 4M7E A; 1N48 A; 1BGW A; 1E4F T; 2CZG A; 2XCP A; 4LF9 H; 1S0M A; 1GSO A; 4ED8 A; 3JAR M; 4RNO A; 4IR9 A; 4O4L F; 5KFS A; 1P2X A; 4DUZ H; 3H0G A; 5CA1 F; 2JA6 G; 5FPR A; 4RNN A; 2FKL A; 5HV6 A; 3QZ8 A; 2UVR A; 4EYI B; 1Z2O X; 2W8L A; 1S68 A; 3N42 B; 5KFF A; 3NGD A; 3VPC A; 3I4N G; 1PA7 A; 1KJ9 A; 2R7Z G; 5KT5 A; 3JZI A; 3M9O B; 5KG2 A; 2HGS A; 3KHL A; 2W6O A; 5KFB A; 5I47 A; 2R7K A; 2W9B A; 4JV0 A; 1BXR A; 4Q8F A; 1UC9 A; 2V5A A; 5K2M A; 3EPG A; 2W71 A; 2FLL A; 3GTP A; 2VUG A; 2WYO A; 4O3Q A; 3U9S A; 3CVZ A; 1VKZ A; 2FLN A; 4LF4 H; 4PWQ A; 4KHP H; 1JKJ B; 3MR6 A; 4ECR A; 1R9T A; 1WYO A; 3WO0 A; 2BQ3 A; 3BAB A; 4DV5 H; 1KJ8 A; 4Q43 A; 3GV8 B; 4EFB A; 1V4Y A; 4J9S A; 5C3E G; 4QW9 A; 5KT2 A; 4LFB H; 2R93 A; 4MTE A; 2YW2 A; 1X9N A; 1CQI B; 1DV1 A; 1ULZ A; 2VQF H; 1QAG A; 5IP7 G; 2UUB H; 3RF2 A; 4YJ3 F; 1Z2P X; 3QFF A; 5JQW A; 3TII A; 3FKI A; 2ASD A; 1XNR H; 4QJF A; 4MA5 A; 3KY9 A; 2HVQ A; 4ZHQ F; 2VUM A; 4X64 H; 3MR2 A; 3HOY G; 5C8Y F; 4C5B A; 4DV7 H; 2ATL A; 1FKA H; 5KT4 A; 2NU9 B; 4YR2 A; 4JI1 H; 3K3V A; 1HNW H; 2WA6 A; 4Y8V B; 3GIL A; 5LA6 F; 2IGP A; 2UVV A; 3K5I A; 3HOZ G; 2R93 G; 3H4B A; 5KFY A; 4RB3 C; 3V4Z A; 1N36 H; 2YL2 A; 2EQO A; 3RIZ A; 5LMU H; 4YB8 B; 2E9K A; 4DV3 H; 3PO3 G; 2FE3 A; 4U6P A; 3KHG A; 2ALZ A; 4JYA H; 3KAK A; 1VBG A; 2R8I A; 4HNT A; 5F9N A; 4DR6 H; 4C2M A; 2L3G A; 5EOY A; 5BPH A; 5J2U F; 2FJZ A; 4IRD A; 3RV4 A; 3U9T A; 4IZO A; 1SH6 A; 4XYM B; 4YBZ B; 4A3I G; 3RB4 A; 4UFZ A; 1Y1V A; 5EWF A; 2W6P A; 4I50 F; 2RDI A; 2HL9 A; 1RK5 A; 3H20 A; 4M9U A; 2AGO A; 4A93 G; 4DV2 H; 1Y1W A; 5FD5 A; 1EZ1 A; 1KBL A; 5A38 A; 3PR5 B; 3T5K A; 2VR1 A; 4GLX A; 4J9N A; 4Q45 A; 4B3M H; 4LF8 H; 5J8E A; 3OHA A; 2ZDQ A; 4J9O A; 2O03 A; 4I55 F; 3E5N A; 3N6X A; 4BXX G; 4AQY H; 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