The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
120
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structure length |
120
|
Chain Sequence |
GITGTWYNQLGSTFIVTAGADGALTGTYVTARGNAESRYVLTGRYDSAPATDGSGTALGWTVAWKNNYRNAHSATTWSGQYVGGAEARINTQWLLTSGTTEANAWKSTLVGHDTFTKVKP
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Improved affinity of engineered streptavidin for the Strep-tag II peptide is due to a fixed open conformation of the lid-like loop at the binding site.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
streptavidin
|
| molecule tags |
Peptide binding protein
|
| source organism |
Streptomyces avidinii
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| total genus |
24
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| structure length |
120
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| sequence length |
120
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2001-11-20 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01382 | Avidin | Avidin family |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Lipocalin | Avidin-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3T2X A; 1STR B; 2RTM A; 1SWD A; 3VHM A; 2IZA A; 4BX5 B; 2OFA A; 4CPI A; 1DF8 A; 1SRG A; 1SWS A; 2GH7 A; 2ZSC A; 4I60 A; 2RTQ B; 2UYW A; 2OF9 A; 1RAV A; 2RTH B; 2RTJ A; 1VWB B; 4GGR A; 1SRE A; 3RDS A; 3RDO A; 2Y3E A; 4JHQ A; 4CPH B; 1VWJ B; 1SWN A; 2BC3 A; 2UZ2 A; 4JNJ A; 4Z2P A; 4Z2O A; 1Y55 X; 4BX6 A; 1VWQ B; 3RE5 A; 2RTP B; 1SWE A; 3RDX A; 4BX6 B; 4BJ8 A; 2FHL A; 5K68 A; 2C1S A; 3FDC A; 4BX5 A; 3SZI A; 2A5B A; 1LDO A; 1KFF A; 3RY1 A; 1KL4 A; 2RTC B; 1SWR A; 1SLE B; 1SWH A; 1SLF B; 4U46 A; 1SRJ A; 1VWO B; 3MM0 A; 1NQM A; 1VWM B; 3X00 A; 1SWL A; 2IZE B; 2RTD B; 3WZP A; 2Y32 A; 2IZF B; 1SWO A; 4BX7 B; 2QCB A; 4Y5D A; 3VHH A; 4CPH A; 3EW2 A; 3EW1 A; 5B5F A; 1STS B; 1N9M A; 4OKA A; 4Y59 A; 3RDQ A; 3WZO A; 3WZQ A; 1VWH B; 1HY2 A; 4EKV A; 1LUQ A; 1RXH A; 2RTL A; 1VWR B; 2IZD B; 4GJV A; 4JO6 A; 1NC9 A; 2RTR B; 2C4I A; 3WYP A; 1SWP A; 3T6L A; 1RST B; 2FHN X; 2RTF B; 3RE6 A; 1SLG B; 3SZH A; 2IZJ A; 2RTA A; 5CSE A; 1LDQ A; 4GGZ A; 3RDM A; 3VGW A; 4Z28 A; 1WBI A; 1MK5 A; 1NBX A; 1LCV A; 2RTG B; 1SWF A; 1SWG A; 1SWQ A; 1MM9 A; 5JD2 A; 1NQN A; 2F01 A; 2A8G A; 2RTO B; 3PK2 A; 1VWG B; 1IJ8 A; 5IRU A; 2IZB A; 1SRI A; 1SWB A; 4BX7 A; 1SRF A; 5L3Y A; 1VWC B; 1SWK A; 2MF6 A; 4GD9 A; 1VWF B; 1SWU A; 1Y52 X; 1N9Y A; 1N4J A; 4IRW A; 2G5L A; 2WPU A; 3MG5 A; 2CAM A; 2IZK A; 5IRW A; 2A5C A; 4GDA A; 1SWA A; 1HXZ A; 1N7Y A; 1STP A; 1SWC A; 2AVI A; 5B5G A; 4YVB A; 2IZH B; 4Z27 A; 1RSU B; 3T2W A; 3WYQ A; 1I9H A; 3WZN A; 5IRA A; 1VWE B; 1AVD A; 2C1Q A; 2IZC B; 4BBO A; 4Z2V A; 1VWA B; 1NDJ A; 4GJS A; 2RTK A; 3RDU A; 2OFB A; 2RTE B; 1LCZ A; 2Y3F A; 1VWN B; 4DNE A; 1SWT A; 1VWP B; 1MOY A; 1VYO A; 1Y53 X; 2OF8 A; 1N43 A; 2JGS A; 3T6F A; 1VWD B; 1SRH A; 5F2B A; 1SLD B; 2IZG B; 2RTN B; 1MEP A; 1KL3 A; 1LCW A; 4Z6J A; 1VWL B; 3VHI A; 1AVE A; 2IZI A; 2RTI B; 5CHK A; 1LEL A; 1KL5 A; 4GGT A; 3SZJ A; 4CPF A; 1HQQ A; 5K67 A; 1RXJ A; 1HXL A; 1RXK A; 1PTS A; 3RY2 A; 2RTB B; 4CPE A; 2IZL B; 1VWI B; 1VWK B; 4BCS A; 1SWJ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2JW1 A; 3T2X A; 2JU8 A; 1K3B A; 3AEH A; 1JJJ A; 2EU7 X; 1SRG A; 1SWS A; 2ZSC A; 1KT3 A; 4FQB B; 4ZHG A; 1I05 A; 1SY0 A; 4LZU A; 4YKM A; 4ARH A; 1RAV A; 3HOE A; 4XMC A; 2N93 A; 1BM5 A; 2RTJ A; 1VWB B; 3P6D A; 4GGR A; 3ZW0 B; 3ZWE A; 2RQ0 A; 2ACP X; 4Y0Q A; 4CPH B; 5HZ5 A; 1PEE A; 3IA8 A; 2BC3 A; 4Z2O A; 3TF6 A; 2Q2M A; 1Y55 X; 4ZHD A; 1HBQ A; 1SXU A; 1IFB A; 2RCQ A; 2WQ9 A; 5FQ7 E; 2RTP B; 3ELX A; 4ZHF A; 4BX6 B; 2G8C O; 4ORW A; 5H9L A; 2XST A; 3TZS A; 4L3R A; 3F6Z B; 5K68 A; 2C1S A; 1JZU A; 2AMM X; 1BRQ A; 4BX5 A; 1ALB A; 2KT4 B; 2LKK A; 2Q4N A; 1W5R A; 4GNW A; 4D6A A; 2ASN X; 4XMD A; 1QY2 A; 3SLO A; 2RTC B; 1SWH A; 1SWR A; 3PEC A; 4U46 A; 1LIB A; 1BLR A; 1S7D A; 2OZQ A; 4WFV A; 4A60 A; 1SWL A; 2DJF A; 2Y32 A; 4ID2 A; 4Y5D A; 4I3D A; 3VHH A; 3EW2 A; 5HCE C; 2RN4 A; 4TKJ A; 4U3Q A; 1LF7 A; 2OY5 O; 4NP1 A; 3FYF A; 3HK1 A; 4DQ4 A; 3JS1 A; 2W2F A; 2CM4 A; 1B4M A; 3AUM O; 1Y9L A; 3P02 A; 1RXH A; 1HMS A; 1QFT A; 3CQR A; 3NQ3 A; 4JO6 A; 1GM6 A; 1KQX A; 2RTR B; 2QO4 A; 3T6L A; 4EQA C; 1JJX A; 4HFO A; 5HA0 A; 3SZH A; 3TGA A; 4COT A; 4EFG A; 4NYR A; 1KZX A; 4GGZ A; 1RBP A; 1HQP A; 4YBP A; 1ICN A; 1WBI A; 1MK5 A; 2G78 A; 2RA6 A; 4QYP A; 1SWF A; 3B2I A; 1SWG A; 1SWQ A; 4CSB A; 2BHV A; 3SAO A; 3GE2 A; 2NP1 A; 3PK2 A; 5LJG A; 5L3Y A; 4QYN A; 3S26 A; 1X8N A; 2MF6 A; 3NQ9 A; 2Q9S A; 4GD9 A; 5D45 A; 1DV9 A; 1SXX A; 1E06 A; 1D2U A; 1LKE A; 3DTQ A; 1N4J A; 1GT1 A; 2FS7 A; 2RCT A; 5EPQ A; 2RD7 C; 1FDQ A; 1YWD A; 1TW4 A; 2A5C A; 1SWA A; 5CYB A; 4XME A; 3S5X A; 1HMR A; 1STP A; 2AVI A; 4ORR A; 4BQU A; 1FTP A; 4ML7 B; 4ORU A; 1KQW A; 5H9N A; 3V8U A; 1G74 A; 1SY3 A; 1DF3 A; 1I9H A; 2QO6 A; 1VWE B; 3O22 A; 1DZP A; 5HBS A; 1AVD A; 2C1Q A; 4AYH A; 1KZW A; 1JJU A; 3B2K A; 2BLG A; 5H9A A; 1TOW A; 4ZCB A; 3KZA A; 1HBP A; 4I3C A; 5IXG A; 3WJG A; 1QY1 A; 5LJB A; 3FR5 A; 1SWT A; 2A2U A; 1MOY A; 3NX1 A; 1N43 A; 3WVM A; 1IIU A; 3C77 X; 1QY0 A; 4ORY A; 2IZG B; 3CKG A; 1KL3 A; 4O3X B; 4RUN A; 4QZU A; 5HCD C; 3BDR A; 2HMB A; 2IZI A; 5CHK A; 4TLJ A; 3Q6L A; 4KII A; 4ORS A; 1RXJ A; 2POA A; 1HXL A; 3RY2 A; 4I95 A; 3P6G A; 3SOT A; 4C5P A; 4CPE A; 1UYN X; 1OEE A; 4INN A; 1EAL A; 2NNQ A; 1KT4 A; 3L4R A; 3Q34 A; 4YH0 A; 2RTM A; 1HMT A; 1SWD A; 4BX5 B; 5LKF A; 5B10 O; 1DZK A; 2FR3 A; 1DF8 A; 2GH7 A; 3FLL A; 4I60 A; 4MIR A; 1BJ7 A; 2RTQ B; 4AW8 A; 5HZ8 A; 1G5W A; 2WQA E; 2JU3 A; 1JIW I; 3NQK A; 1XCA A; 1I06 A; 1W6F A; 1SRE A; 3I17 A; 4HWM A; 2WEW A; 1EXS A; 2Y3E A; 4JGL A; 1QWD A; 4O49 A; 3VG6 A; 4CDE A; 1SWN A; 3CWK A; 2JN3 A; 5F7G A; 4JNJ A; 1SY2 A; 4XMH A; 1IKJ A; 4Z2P A; 4ZHH A; 1E00 A; 1KOI A; 2HNX A; 2OY1 O; 3ZW2 A; 1ERB A; 3HWF A; 4K19 A; 3KQ0 A; 3RDX A; 4BJ8 A; 2OYB O; 3B2J A; 5HTE A; 5BYP A; 3K3L A; 3FDC A; 2HZR A; 5H8T A; 2G7B A; 1GXA A; 2A5B A; 1CBS A; 1JMX A; 2CBR A; 2GJ5 A; 3MBT A; 2BS5 A; 4XMG A; 2VFC A; 1KL4 A; 1B56 A; 3PDF A; 4M6S A; 3NR3 A; 4ORX A; 1JQP A; 1SRJ A; 1VWO B; 3MM0 A; 1VWM B; 2OVD A; 4R0B A; 5L8O A; 3PH6 A; 1G85 A; 1VYF A; 4N7D A; 1XKI A; 2RTD B; 4NV8 A; 1ZNL A; 5C0N A; 3NBX X; 2QCB A; 4YFQ A; 5EDB A; 4ZJ0 A; 4MVK A; 4AZM A; 3WJB A; 1PBO A; 1B0O A; 1N9M A; 2AT6 X; 4OKA A; 2X8F A; 4QRL A; 3E3C A; 5H9K A; 3RDQ A; 4YKO A; 1BRP A; 4IB9 A; 3BU1 A; 1D3S A; 2FT9 A; 2KD2 A; 2QO5 A; 3PQU A; 4CDD A; 4CDF A; 4GDZ A; 4EKV A; 3VPJ E; 1NGL A; 2MM3 A; 4GRJ A; 5HZ9 A; 4GJV A; 4M7M A; 3RBY A; 4YFP A; 3ZW1 A; 3WYP A; 3FR2 A; 1EPA A; 5F6Z A; 3VG5 A; 3FA9 A; 4NYQ A; 4ZFX A; 1LIF A; 2RTF B; 3VGW A; 5CSE A; 1ACD A; 1LDQ A; 2X55 A; 4MVE A; 3RDM A; 3APV A; 4Z28 A; 4IBA A; 3UEU A; 1GX3 A; 2Z4I A; 2OL6 O; 5D8J A; 3STK A; 4HPB A; 3EC5 A; 3F8A A; 4AZR A; 1MM9 A; 1ZRY A; 2A8G A; 1VWG B; 4BX7 A; 1SWB A; 1P6P A; 4KH8 A; 2FWV A; 2HZQ A; 5HCC C; 1T0V A; 2XKL A; 1AEL A; 1BSQ A; 5K06 A; 1KT5 A; 3C78 X; 3RKG A; 4AZO A; 1VWF B; 1YWC A; 3CMP A; 1SWU A; 1Y52 X; 1N9Y A; 3APU A; 3FW5 A; 3P6E A; 2A3F X; 4HPA A; 1YWA A; 2I5V O; 2NND A; 5IRW A; 4AZP A; 1GX9 A; 3U9P C; 1QQS A; 4CK4 A; 1CBR A; 3RZY A; 2OL7 A; 5B5G A; 1KXO A; 5LJE A; 1RSU B; 4YGZ A; 3CBC A; 3KVN A; 1MX8 A; 3PQS A; 4UU2 A; 1BSO A; 3WZN A; 3MX7 A; 2QM9 A; 4I3B A; 5IRA A; 4BBO A; 2MO5 A; 2CM9 A; 1E5P A; 1SA8 A; 1MUP A; 4NNT A; 4YGG A; 4O3Y A; 1ZNK A; 2RTK A; 4D6B A; 2X46 A; 1X71 A; 4O4U A; 3RDU A; 3IFB A; 2RTE B; 4N7C A; 5B2A O; 1LCZ A; 2AT3 X; 2Y3F A; 3VE1 A; 4DQ3 A; 3NAD A; 1VYG A; 3PPT A; 4NV7 A; 2ACO A; 2AL0 X; 3T6F A; 3EMM A; 2L68 A; 4I6S A; 4WBK A; 3GAQ A; 3VG3 A; 5D4A A; 1LCW A; 4ON1 A; 5F58 A; 4EDE A; 1DZJ A; 3OE3 A; 4LKT A; 3VG4 A; 4KC8 A; 4Z6J A; 1GT4 A; 1QFV A; 3BU9 A; 3D95 A; 3FID A; 1E02 A; 1KL5 A; 4LZV A; 3N91 A; 3SZJ A; 2CZT A; 2LBA A; 4BVM A; 3AKN A; 1PTS A; 3RWX A; 4ZHC A; 4DCB A; 1SWJ A; 5HA1 A; 1URE A; 4I9R A; 1JBH A; 3BY0 A; 1STR B; 2HYS A; 4IB8 A; 3VHM A; 2PI3 O; 3ELZ A; 2IZA A; 4O3W A; 1QG5 A; 4CPI A; 1EW3 A; 1T8V A; 5L8I A; 5FEN A; 1FE3 A; 2JMB A; 4YCH A; 4YFR A; 3QQ2 A; 3ZI8 A; 2AT8 X; 3EBK A; 3PH5 A; 3OD9 A; 1GKA A; 4Y0R A; 3STM X; 5EDC A; 4BGF A; 1O1U A; 3RDS A; 3VU1 A; 3RDO A; 3S5V A; 4JHQ A; 4LKP A; 4EEJ A; 3D97 A; 1VWJ B; 3APW A; 2UZ2 A; 2W2A A; 1Z24 A; 3P6H A; 5DPQ A; 1OSP O; 5EZ2 A; 3STN A; 2YMS A; 1VWQ B; 4BX6 A; 5KHP A; 1UZ2 X; 5LJH A; 2FLJ A; 2JU7 A; 3VG2 A; 5D48 A; 1SWE A; 1LFO A; 3KFF A; 1X89 A; 3P24 A; 1AQB A; 5IO7 A; 1WUB A; 3ZW1 B; 1A2D A; 3FEP A; 4A8Z A; 3QKG A; 1JV4 A; 4WFU A; 2AH7 X; 4ODD A; 4PJ2 A; 3SZI A; 5HTD A; 3WJE A; 2GTL O; 5EEE A; 1LDO A; 3UEV A; 5IO6 A; 1GGL A; 1GT5 A; 2E4J A; 2ZAI A; 1SLE B; 1SLF B; 3P6C A; 2M4L A; 1S2P A; 2QOS C; 4XMF A; 3BX7 A; 5EED A; 1PMP A; 4YDA A; 3X00 A; 2IZE B; 3PED A; 3JSQ A; 2BSZ A; 2X32 A; 2IZF B; 1SWO A; 3H3I A; 1EPB A; 4BX7 B; 4TKB A; 4ZGF A; 2L5P A; 4FBO A; 1OBU A; 1YP6 A; 1STS B; 3EW1 A; 5B5F A; 4Y59 A; 4QNI A; 2MWH A; 3UAQ A; 3UEW A; 4GU8 A; 1BEB A; 2X56 A; 3SLJ A; 1X8O A; 5D47 A; 1NP1 A; 2KTS A; 1ZND A; 3WJC A; 2FTB A; 3WZO A; 1GX8 A; 2R56 A; 2JOZ A; 3HOL A; 4OS0 A; 4QAE A; 1Y0G A; 5FQ8 E; 2L9C A; 4OMX A; 5IO5 A; 2GC9 A; 2IZD B; 4KT5 A; 5AJB A; 1KT6 A; 2A2G A; 2LFO A; 2Q2P A; 2C4I A; 2R73 A; 1SWP A; 4MEE A; 5FFH A; 1SMP I; 2QOM A; 3FEL A; 3RE6 A; 1S44 A; 1ERX A; 2X4M A; 3I0A A; 4YBU A; 3RSW A; 4A1H A; 4ZGU A; 2GTL N; 2X8T A; 1LCV A; 1O8V A; 3FA6 A; 3LTW A; 4CDC A; 2AT0 X; 2DJG A; 1LID A; 2LBV A; 4NW4 A; 4ALO A; 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