The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
38
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sequence length |
146
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structure length |
146
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Chain Sequence |
b'TVELPGIYQTQEFLYMKSSFVEFFEHNGKFYAYGISDVDGSKAKKDKLNPNPKLRNRSDKGVVFLSDLIKVGKRSYKGGKAYNFYDGKTYYVRVAQNSNGDLEFTSSYDKWGYMGKTFTWKRLSDEEIKNLKLKRFNLDEVLKTIK'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
HP1028
|
| publication title |
Protein HP1028 from the human pathogen Helicobacter pylori belongs to the lipocalin family.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Helicobacter pylori
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| molecule tags |
Transport protein
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| total genus |
38
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| structure length |
146
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| sequence length |
146
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-01-05 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF09917 | DUF2147 | Uncharacterized protein conserved in bacteria (DUF2147) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Lipocalin | Lipocalin |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4INN A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2KW1 A; 3TGC A; 4IMO A; 2RTJ A; 1S44 A; 4CDE A; 4EQA C; 1Y53 X; 2CZU A; 2RTO B; 2R74 A; 1N7Y A; 1N9M A; 4R0B A; 2A13 A; 4YDB A; 2F73 A; 4A60 A; 1KT4 A; 1VWE B; 3BX8 A; 3FW5 A; 2MO5 A; 3NQ3 A; 5EEE A; 4YGH A; 1KL5 A; 3D95 A; 1EPA A; 1Y9L A; 2EU7 X; 1MVG A; 1QY2 A; 1Y55 X; 4O4X A; 5HWZ A; 1LPJ A; 2X8T A; 4GDA A; 4Z2P A; 1RBP A; 1JJX A; 1MDC A; 1SRG A; 1VWI B; 1GT4 A; 1PMP A; 3BSZ E; 4I9R A; 2POA A; 4Z2V A; 4ES7 A; 5EDB A; 1EIO A; 2AT6 X; 4GD9 A; 3EW1 A; 2KD2 A; 1HQQ A; 3VGW A; 3IA8 A; 2Y3F A; 1EUO A; 4AZM A; 2NNQ A; 2P8G A; 1OSP O; 1B8E A; 4TQ2 A; 3BDR A; 3NPO A; 4GZV A; 3B2H A; 3WJE A; 5BVT A; 2BS5 A; 3TGB A; 2RA6 A; 4NNS A; 3TGA A; 4Z2O A; 3NBX X; 5FFH A; 2IZI A; 1K24 A; 4BX7 B; 1RXJ A; 3CBS A; 1LUQ A; 4LKP A; 1FEN A; 2E4J A; 3ZWE A; 3KFG A; 3NP1 A; 5FEN A; 3P6F A; 1AVE A; 4GE1 A; 1LNM A; 5HZ5 A; 2IZL B; 3F6Z B; 4NV8 A; 1BRQ A; 1DZM A; 3ZI8 A; 1BRP A; 2X46 A; 3GAQ A; 2IZG B; 3PDF A; 1VWQ B; 1RXH A; 4OMW A; 1VWC B; 3RDS A; 1LIE A; 1RXK A; 1VYO A; 4OS8 A; 4ALB A; 1X8O A; 3RE6 A; 1NDJ A; 1G74 A; 4WHI A; 2GTL O; 2UZ2 A; 3RY2 A; 4ML7 B; 4YGZ A; 1SLF B; 4ORS A; 3WZQ A; 3CKG A; 4MVL A; 4ORY A; 2PY1 A; 4OMX A; 4PSQ A; 1T0V A; 2RTI B; 1EW3 A; 2RTG B; 2UYW A; 3FDC A; 1AVD A; 3MVF A; 1BSQ A; 2QO6 A; 5IO5 A; 1X8U A; 5F7G A; 5B27 A; 3ZW0 A; 1ACD A; 2YG2 A; 4OKA A; 4COT A; 5HZ9 A; 1LDQ A; 1VWD B; 1Y9T A; 3BS2 A; 1GX9 A; 2JW1 A; 4QGV A; 4L3R A; 2Z4I A; 3WZN A; 3T6L A; 4UU2 A; 1SA8 A; 2IFB A; 3RE5 A; 1JIW I; 1B56 A; 3CKF A; 1N9Y A; 2OFM X; 5FQ7 E; 4GDZ A; 2CAM A; 4FBR A; 5K67 A; 1O8V A; 2MHD A; 5D48 A; 1CBI A; 2KTD A; 1IJ8 A; 3KQ0 A; 3AKM A; 1HMS A; 4KCA A; 5LJC A; 4QNI A; 1SWO A; 1K3B A; 1A18 A; 1SXY A; 5HZ6 A; 1ALB A; 5HA1 A; 1MOY A; 2OF8 A; 2RTL A; 2IZD B; 2PI3 O; 3NR3 A; 4GRJ A; 4MVI A; 5H9N A; 2LBV A; 3WBG A; 2OL8 O; 1OBP A; 2X55 A; 1L6M A; 1I06 A; 1YWC A; 4ZFX A; 5AJB A; 2MJI A; 1S2P A; 1FE3 A; 1QFV A; 2GH7 A; 1N43 A; 1VYF A; 4O4S A; 5B10 O; 5HAE A; 4D6B A; 1OBU A; 3EBW A; 1ZNG A; 1U18 A; 1OEE A; 1S7D A; 2AL0 X; 2LFO A; 3EBK A; 3NX2 A; 5F6B A; 1KT6 A; 3I17 A; 5HA0 A; 1AEL A; 5LJG A; 1EAL A; 4Y5D A; 5CHK A; 1X8P A; 3APX A; 5AJC A; 4CPH B; 3D96 A; 3OJY C; 3AUM O; 4LZU A; 3WZO A; 2CZT A; 4IBA A; 3OE3 A; 3KFI A; 1VWK B; 1CBS A; 3WJC A; 1PBY A; 4GNY A; 3VG7 A; 2A8G A; 4NLI A; 1JJU A; 4QGX A; 5JD2 A; 2ALL X; 5L3Y A; 3FLL A; 1OPB A; 3FIQ A; 1SY2 A; 1YP7 A; 4U8U O; 1VWH B; 1DZP A; 3P6D A; 1XCA A; 2JOZ A; 3MBT A; 3WYP A; 1I9H A; 2HNX A; 2AT5 X; 2IZE B; 3FYF A; 4EDE A; 4NP1 A; 4ZHD A; 1GM6 A; 2OY7 A; 1N0S A; 1SY1 A; 5K06 A; 1HMR A; 3VHH A; 3DTQ A; 3IFB A; 1D3S A; 4GGR A; 2MF6 A; 1NQN A; 4RUN A; 3WJB A; 1XKI A; 4IAX A; 2L9C A; 1MUP A; 5BVS A; 4RUU A; 5HCE C; 1BJ7 A; 1SWJ A; 4BOE A; 3CMP A; 5DG4 A; 2RTC B; 3PH5 A; 2WEW A; 3EMM A; 1VWR B; 2I5Z O; 2KT4 B; 2W2A A; 3VG3 A; 2RTK A; 4NW4 A; 2ZAI A; 2RTE B; 4WFU A; 4BJ8 A; 1ICN A; 1IW2 A; 1CBR A; 4ZCB A; 3B2L A; 3VE1 A; 1MK5 A; 1HQP A; 4GGZ A; 2IZF B; 5L8I A; 2LKK A; 2KTS A; 1RST B; 2GTL N; 4GK9 A; 3PK2 A; 3QKG A; 4LQZ A; 4ZHG A; 4ORR A; 5FAZ A; 1LIF A; 5H9A A; 2FTB A; 2A3F X; 2W2F A; 4OEL A; 1EQD A; 1LFO A; 4ODD A; 5DPQ A; 1KL4 A; 1IFC A; 1KQX A; 5D4A A; 5IRA A; 1HY2 A; 5HCC C; 1SWH A; 4Y0Q A; 1G5W A; 3SOT A; 4YBP A; 4HFO A; 4KC8 A; 2HKD A; 2IZC B; 3APV A; 3S5V A; 4ARH A; 3S5X A; 1CRB A; 2Y32 A; 3EC5 A; 4ZGF A; 3P6E A; 2FWV A; 1PM1 X; 3TF6 A; 1SY3 A; 4FBV A; 3K3L A; 4BX7 A; 1ZNH A; 2OZQ A; 2Y3E A; 4WBK A; 3SLT A; 2AT3 X; 4BX6 A; 1LCZ A; 3WJD A; 3X00 A; 4I6S A; 1X89 A; 3P24 A; 3OD9 A; 4I3D A; 4KT5 A; 5F6Z A; 4B55 A; 1YIV A; 1SWD A; 1ZNE A; 1NC9 A; 4XME A; 5LKE A; 2AMM X; 4CPF A; 4DQ3 A; 1NP1 A; 3APW A; 1FJ1 E; 3B2J A; 3P6G A; 4TKB A; 1EII A; 1BSY A; 4CDC A; 1VWF B; 1NP4 A; 1VWO B; 2FT9 A; 2WR6 A; 2WUT A; 4WFV A; 5FQ8 E; 4BX6 B; 1N4J A; 3MX7 A; 1LKE A; 5B5G A; 2IZB A; 4Y0S A; 3FEP A; 1GKA B; 1IIU A; 1JYD A; 2JU8 A; 5H9K A; 4YVB A; 2FS7 A; 1TOW A; 3HWD A; 3HK1 A; 1DFV A; 1IFB A; 3RSW A; 2L68 A; 4XMH A; 1HXL A; 3VG6 A; 2XST A; 1GXA A; 1SRE A; 1STP A; 4UU3 A; 1SWC A; 3LHN A; 1SWQ A; 2A0A A; 4OS3 A; 2WQ9 A; 1SWU A; 4CDD A; 4K19 A; 1QFT A; 4DNE A; 1URE A; 2OFB A; 4MVE A; 3S26 A; 1LF7 A; 4HPB A; 2LBA A; 2N93 A; 2OL7 A; 2FKJ A; 1T68 X; 2NP1 A; 3HTY A; 2FRS A; 3QQ2 A; 2IZH B; 2K23 A; 2AT0 X; 3PED A; 1I05 A; 3FEN A; 1SXU A; 5HZQ A; 3RDO A; 4ZHC A; 2BC3 A; 1SLD B; 3VG5 A; 4IB8 A; 2X8F A; 3UEU A; 3CR6 A; 5IO7 A; 2Q2M A; 2BHV A; 2RCT A; 2HLV A; 3O2Y A; 4U8U N; 1QAB E; 1LCV A; 2HZR A; 4I3C A; 4MVK A; 3UEV A; 4BCS A; 2C1Q A; 1HBP A; 1DZJ A; 1STR B; 4I9S A; 4MIR A; 4AZP A; 1X71 A; 4GET A; 4O3W A; 4BQU A; 4ZHH A; 5CSE A; 1HBQ A; 4A1H A; 1ML7 A; 1VWG B; 3SAO A; 1GX8 A; 3FID A; 4TJZ A; 3NQ9 A; 2AF5 A; 4GU8 A; 1VWN B; 1SY0 A; 1P6P A; 1SWT A; 2JN3 A; 2RD7 C; 4GGT A; 3G7X A; 1RAV A; 4IB6 A; 4N7C A; 3KVN A; 4YBU A; 4YMY A; 2DJG A; 1OEJ A; 1TXL A; 2RQ0 A; 2RTM A; 2AT8 X; 4XMD A; 1LID A; 5L8N A; 1STS B; 1PBO A; 2W2B A; 4JO6 A; 4CPH A; 5IRW A; 3C78 X; 2G8C O; 5IO6 A; 3U0D A; 5EED A; 1JZU A; 1QG5 A; 4M6S A; 4O3Z A; 4CV7 A; 1SMP I; 1BBP A; 4OS0 A; 1IKE A; 2OVD A; 3EYC A; 3PP6 A; 1I4U A; 4O4O A; 4XMG A; 2F01 A; 1YUP A; 4U9C A; 4NV7 A; 3CBC A; 4PJ2 A; 2Q39 A; 1SXW A; 3JSQ A; 3PEC A; 3CQN A; 4AZN A; 4BVM A; 4HPC A; 3UEW A; 2RTN B; 1HN2 A; 3D97 A; 1SWE A; 3FR4 A; 4QYP A; 1TVQ A; 1YWD A; 4LKT A; 4MEE A; 3SZH A; 4YFR A; 4QAE A; 3SLJ A; 1FTP A; 1UZ2 X; 3AEH A; 3SZI A; 1Y0G A; 2ZAG A; 4INN A; 2WQA E; 5AEO A; 1BM5 A; 1EXS A; 4ORW A; 1W6F A; 4ZR2 A; 3VG2 A; 4U3Q A; 2FS6 A; 3PQU A; 4Y0R A; 2A2G A; 4QGW A; 5IXG A; 2FLJ A; 4Y59 A; 2I5V O; 5KHP A; 4ZGU A; 2Q9S A; 4AYH A; 4D6A A; 3LTW A; 1D2U A; 3SLO A; 4BBO A; 1I04 A; 2VFB A; 2CBS A; 3D4R A; 4TKJ A; 3T1D A; 1SWP A; 1T8V A; 2WWP A; 1KXO A; 1HMT A; 1O1U A; 1RLB E; 2OF9 A; 1MX7 A; 3WJF A; 2FHN X; 3RDQ A; 1CBQ A; 2C1S A; 3PH6 A; 3ZW1 A; 1PTS A; 3FW4 A; 3PQS A; 2AH7 X; 4CPI A; 3I0A A; 5EPQ A; 1BEB A; 1GT1 A; 1JMZ A; 4HWM A; 2WPU A; 1SRJ A; 3RY1 A; 3RZY A; 1DV9 A; 3HWG A; 5KID A; 1JV4 A; 3WZP A; 1JYJ A; 2RTD B; 4YFP A; 2QMI A; 3NQK A; 2K62 A; 3Q34 A; 1X8N A; 3JS1 A; 3EW2 A; 2RCQ A; 4HPA A; 4I3B A; 4N7D A; 4CPE A; 5LKF A; 1AB0 A; 1SWG A; 1KZX A; 1SRF A; 2VFC A; 4HPD A; 2ACO A; 5B11 O; 2GJ5 A; 4ORX A; 2XKL A; 4QZU A; 1G7N A; 4O3Y A; 4GJS A; 3ZW1 B; 3ZZV A; 3DSZ A; 3KFH A; 1KGL A; 1A2D A; 4IRW A; 4IMN A; 1SWA A; 2RTB B; 2X45 A; 2JU3 A; 4EFG A; 3V8U A; 1X8Q A; 3RDX A; 1E5P A; 4QRL A; 1VWA B; 1GT5 A; 4NNT A; 1NQM A; 1ZRY A; 3F8A A; 1AVG I; 4GNW A; 4Z28 A; 2RTF B; 5EZ2 A; 3UEX A; 1EPB A; 4ZH6 A; 2X34 A; 2OY5 O; 3RBY A; 2ASN X; 2GTL M; 1UYO X; 3RKG A; 1ERX A; 2HMB A; 4ZHF A; 3L4R A; 5LJH A; 4AW8 A; 1KOI A; 1E00 A; 1QY1 A; 2X4M A; 3FA6 A; 3LV4 A; 3NAD A; 5D8J A; 2MM3 A; 2QO4 A; 3FR5 A; 2QM9 A; 2X32 A; 3HOL A; 5L8O A; 3FMZ A; 3BU1 A; 1GKA A; 2IZJ A; 1KZW A; 2CM9 A; 4OEM A; 1MM9 A; 2DM5 A; 3MG5 A; 4QYN A; 3APU A; 3SZJ A; 1KT3 A; 2CBR A; 2ACP X; 2QOM A; 4BX5 B; 4C5P A; 5LJE A; 1LDO A; 5K68 A; 1WBI A; 4LZV A; 3BRN A; 1KQW A; 3VHI A; 4EKV A; 1KFF A; 4TNN A; 2HYS A; 3BLG A; 4IB7 A; 1H91 A; 4GUZ A; 5H8T A; 3TZS A; 4U46 A; 3EM0 A; 2F09 A; 5B2A O; 5FQ6 E; 2ZSC A; 4O9S A; 3ZUI A; 2QO5 A; 1SWL A; 2NNE A; 2Q4N A; 3ELX A; 3WYQ A; 1W4T A; 1SLE B; 4FQB B; 4JHQ A; 4CK4 A; 4DQ4 A; 4ZH9 A; 1DZK A; 4O49 A; 1UYN X; 1LIB A; 2AKQ A; 4DCB A; 5F58 A; 1YWB A; 3Q6L A; 3JQO A; 3GE2 A; 4QZT A; 3STK A; 2G7B A; 3C76 X; 3KZA A; 2OY1 O; 4IAW A; 2M4L A; 4TKH A; 3T2W A; 3HOE A; 3WOV A; 2OVE A; 1SWR A; 3WXQ A; 2CM4 A; 1W5R A; 3ZW2 A; 4NYR A; 2O62 A; 3BY0 A; 3P6H A; 4TLJ A; 2BSZ A; 5KIC A; 3RWX A; 1Z24 A; 4YKM A; 4MIS A; 4YH0 A; 3T2X A; 5LJB A; 5LJD A; 3WJG A; 4GH7 A; 5B3M O; 3E3C A; 5BVQ A; 1NGL A; 4O3X B; 2X8S A; 4AZQ A; 1E2T A; 4IB9 A; 2RTA A; 1NBX A; 1TW4 A; 2R73 A; 1AQB A; 1OEK A; 4O4U A; 3H3I A; 5BYP A; 3D9W A; 1FEM A; 1VWP B; 2MWH A; 4NLJ A; 4KH8 A; 4ALO A; 2FR2 A; 1VWM B; 4ORU A; 3NX1 A; 2QOS C; 3O22 A; 3C77 X; 4I60 A; 3U03 A; 1Y52 X; 4ZJ0 A; 4QQ1 A; 1QY0 A; 1KL3 A; 4XMC A; 1OPA A; 2OVA A; 1BLR A; 4I95 A; 1JMX A; 2A5B A; 1U17 A; 2HZQ A; 1SRI A; 3PPT A; 3VHM A; 1ICM A; 1QQS A; 3P02 A; 1ZND A; 4IAB A; 1MX8 A; 5B5F A; 3P6C A; 1MEP A; 5C0N A; 5HTD A; 5JR8 A; 5HTE A; 1PEE A; 2OY8 A; 5B29 A; 4FGI B; 4U8U M; 1VPR A; 3FA7 A; 3CQR A; 1FDQ A; 1FEL A; 2ANS A; 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2VDF A; 1QWD A; 4YFQ A; 3U9P C; 2JU7 A; 4A8Z A; 2L67 A; 2C4I A; 3N91 A; 4XMF A; 4YDA A; 4YKO A; 3ZUO A; 1B4M A; 2DJF A; 1YP6 A; 2BLG A; 3FEK A; 4YCH A; 2G5L A; 1G85 A; 2OVS A; 3O19 A; 5HZ8 A; 2R56 A; 1GGL A; 3BX7 A; 3VPJ E; 1WUB A; 1O1V A; 2OFA A; 2OFR X; 5F2B A; 3VU1 A; 5LJK A; 2IZA A; 4YGG A; 1E02 A; 2FHL A; 4Y0P A; 1CJ5 A; 1A57 A; 1KT7 A; 3STN A; 1LIC A; 4BX5 A; 3FEL A; 1ZNL A; 2BS6 A; 3VG4 A; 1DC9 A; 1ADL A; 1SWK A; 2Q2P A; 4JGL A; 1VYG A; 1GX3 A; 1KT5 A; #chains in the Genus database with same CATH homology 2KW1 A; 3TGC A; 4IMO A; 1S44 A; 4EQA C; 2CZU A; 4R0B A; 2R74 A; 4YDB A; 4A60 A; 2A13 A; 2F73 A; 1KT4 A; 3BX8 A; 3NQ3 A; 3FW5 A; 2MO5 A; 5EEE A; 4YGH A; 3D95 A; 1EPA A; 1Y9L A; 2EU7 X; 1MVG A; 1QY2 A; 4O4X A; 5HWZ A; 1LPJ A; 2X8T A; 1RBP A; 1JJX A; 1MDC A; 1GT4 A; 1PMP A; 3BSZ E; 4I9R A; 2POA A; 4ES7 A; 5EDB A; 1EIO A; 2AT6 X; 2KD2 A; 3IA8 A; 1EUO A; 4AZM A; 2NNQ A; 2P8G A; 1B8E A; 4TQ2 A; 3BDR A; 3NPO A; 4GZV A; 3B2H A; 3WJE A; 5BVT A; 2BS5 A; 3TGB A; 2RA6 A; 4NNS A; 3TGA A; 3NBX X; 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