The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
158
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structure length |
158
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Chain Sequence |
HENLYFQGMKIPKIYVEGELNDGDRVAIEKDGNAIIFLEKDEEYSGNGKLLYQVIYDDLAKYMSLDTLKKDVLIQYPDKHTLTYLKAGTKLISVPAEGYKVYPIMDFGFRVLKGYRLATLESKKGDLRYVNSPVSGTVIFMNEIPSERANYVFYMLEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Crystal structure of Domain of Unknown Function from the Pfam-B_34464 Family (NP_987166.1) from Methanococcus maripaludis JJ (DSM 2067) at 2.20 A resolution
rcsb |
source organism |
Methanococcus maripaludis
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molecule tags |
Unknown function
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molecule keywords |
Domain of Unknown Function from the Pfam-B_34464 Family
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total genus |
24
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structure length |
158
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sequence length |
158
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chains with identical sequence |
B, C, D, E, F
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ec nomenclature | |
pdb deposition date | 2008-05-14 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
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A | PF09891 | DUF2118 | Uncharacterized protein conserved in archaea (DUF2118) |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Beta | Beta Barrel | OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) | OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) | ||
Mainly Beta | Beta Barrel | Lipocalin | Lipocalin |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1Y8P B; 3A7L A; 3SE0 A; 3T51 B; 3FPP A; 3PUZ A; 2JXM B; 4DNR B; 3T53 B; 3I4L A; 1YNJ C; 5BN4 A; 5JEA G; 1VF7 A; 1PMR A; 4IQZ A; 1BDO A; 2IT1 A; 4HR7 B; 1K8M A; 1E2V A; 3VR2 A; 1OXV A; 4G7H C; 1K8O A; 2JE6 I; 1GJX A; 1ZYR C; 4JBW A; 2V4D A; 1Q1E A; 2ZT9 C; 4XTC S; 3VA7 A; 4LJZ C; 4TKO B; 2A6E D; 3PUX A; 1TKW B; 1VCI A; 1OXS C; 1Q12 A; 2BE5 D; 3OPO A; 2E74 C; 3OW7 A; 1GUG A; 3VR4 A; 2AUK A; 2A69 C; 3M85 A; 2K7V A; 1CTM A; 3M4Y A; 1HTP A; 1H9R A; 1Y8O B; 2PCF B; 2BDO A; 4BA1 I; 3NE5 B; 3VR5 A; 1H9K A; 1OXU A; 3EQL C; 1G29 1; 4G7Z C; 1GUS A; 1LAB A; 1Z7T A; 1GUN A; 3M7N A; 3MFY A; 1DD2 A; 3VR3 A; 1H9S B; 2B8G A; 3IKJ A; 3U9S A; 1IW7 D; 4H0L C; 4KN4 C; 3FMC A; 1EWH A; 2EJM A; 3AB9 A; 2L5T A; 2LMC B; 2PNR C; 5K36 H; 2DNE A; 3PUV A; 1QJO A; 2AUJ D; 2KCC A; 4GZY C; 5BN5 A; 3ND8 A; 2A68 C; 1FYC A; 2BA0 A; 3LNN A; 3T56 B; 4DK1 A; 4H13 C; 1Y8N B; 2D5D A; 1DCZ A; 4BA2 I; 5K36 G; 3N6R A; 1I6V C; 2E76 C; 4IFD G; 3KLR A; 3ND9 A; 3CRK C; 1B9N A; 4KKU A; 3BG3 A; 1GUO A; 2R6G A; 2A6H D; 2QF7 A; 3LWU A; 1SMY C; 1H9J A; 3A8K E; 1OXX K; 1ONL A; 1TU2 B; 2F1M A; 4KN7 C; 4RCN A; 2DNC A; 3OOC A; 4KKS A; 4KHZ A; 2PPB C; 1GHJ A; 1DXM A; 4KKT A; 2Q8I B; 1OXT A; 1IYV A; 4TQU S; 4G7O C; 2A69 D; 5BN3 A; 2BE5 C; 1O78 A; 2AWO A; 2D2C C; 1HPC A; 2KA7 A; 3BDO A; 5KNC A; 1B9M A; 1E2W A; 2EJG C; 2A6E C; 5A35 A; 3I73 A; 4DK0 A; 2O5I C; 3L7Z C; 1GUT A; 2D62 A; 2JEB I; 1VDZ A; 3MXU A; 4L8J A; 1IYU A; 2YYZ A; 3QG1 A; 1T5E A; 2CW0 C; 1Y69 U; 2NN6 I; 3GQB A; 3PUY A; 2B8F A; 4JK1 C; 4H44 C; 3HGB A; 3P20 A; 2A68 D; 3A7A B; 4DNT B; 3PV0 A; 3QIA A; 1V8Q A; 1CFM A; 2DN8 A; 1E2Z A; 1Q90 A; 1GHK A; 1CI3 M; 1Q1B A; 2JEA I; 3CRL C; 4OO1 H; 2K32 A; 4XIG S; 1A6X A; 3D4R A; 3QJY A; 1H9S A; 3A8J E; 3GD7 A; 2EJF C; 5KND A; 4KMU C; 4KI0 A; 2O5J C; 1HQM C; 1ZKO A; 1LAC A; 1YNN C; 1IW7 C; 3DXJ C; 4OGQ C; 3RLF A; 2K33 A; 2A6H C; 3SDZ A; 3H94 A; 4IFD H; 2E75 C; 3I72 A; 5C0X H; 1Z6H A; 3W3A A; 1VF5 C; 4OO1 G; 3VR6 A; 1HCZ A; 4I7Z C; 3WDN A; 2EVB A; 3PUW A; 1V43 A; 1O7L A; 1FR3 A; 2BA1 A; 5KNB A; 3A8I E; 5JEA H; 3TZU A; 5C0X G; 4PV1 C; 2NN6 H; 3D31 A; 1H9M A; 4LK1 C; 3IFT A; 2NN6 G; 2EDG A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2ZTE A; 2YV5 A; 1TXY A; 2MUY A; 2OEO A; 2K50 A; 1HR0 W; 4R4C A; 2G9H D; 4X64 Q; 3IRB A; 3I17 A; 3PED A; 1VQ7 A; 1B50 A; 2UXD Q; 1JWM D; 1OXV A; 2XGT A; 5IO6 A; 1LTA D; 3NXW A; 2R61 A; 2OCE A; 1GM5 A; 5COR A; 4JI7 Q; 3NEL A; 1J6Q A; 3KJO A; 1EUJ A; 2V1C C; 1ICM A; 4Z2V A; 3U50 C; 2IHF A; 3UE0 A; 1QFT A; 3P75 A; 1SXT A; 1WUB A; 1VQF A; 4C1N K; 4OWW B; 1B56 A; 4MIR A; 4GU8 A; 1LTS D; 1F2L A; 1VWF B; 2CWA A; 4CGY B; 2WEX A; 2RTE B; 1MUP A; 1SMY D; 2FGS A; 5JD2 A; 2IW3 A; 3H3V C; 3PO3 G; 1VQD A; 1SA8 A; 3NPP A; 4NXN Q; 3S14 B; 1K3B A; 1EIF A; 4KY6 A; 4BY1 G; 1IW7 D; 2Y0S E; 4KN4 C; 1SLJ A; 3WOE A; 1CZW A; 1TS5 A; 3KLS A; 2R92 G; 1VWD B; 4R4I A; 3BS2 A; 2K52 A; 3M3Y H; 1OEK A; 1R9T H; 3Q0A A; 3LHN A; 1X32 A; 2N93 A; 1HY2 A; 1SBB B; 1WOC A; 3TP8 A; 2A68 C; 2RTK A; 4CJ1 B; 3MM0 A; 3CBS A; 1G6Z A; 4V19 0; 3E0J A; 3H15 A; 3T2X A; 3KF6 B; 1X55 A; 3PMF A; 3N6R A; 3ND9 A; 1SLG B; 3I0A A; 1JJJ A; 1TOU A; 2LY7 A; 4Z9C B; 4DV5 L; 3MG5 A; 2VB2 X; 3PGZ A; 3CU7 A; 5FLX E; 1FGB D; 5H8T A; 2GN5 A; 4DR1 L; 4GLX A; 5E4W C; 1DFV A; 5K68 A; 2Y0S G; 3KFU A; 3I90 A; 1W2B A; 1KQX A; 3RDO A; 1JJX A; 4IJL A; 3HWE A; 3K5L A; 5NUC A; 2NP1 A; 2NUC A; 1MKH A; 5CV8 A; 4HSV A; 3SR1 A; 2ZJQ A; 1D5X C; 1TWH B; 1K0R A; 1BVS A; 1FTP A; 4DQ3 A; 5IYC G; 2QCP X; 2FKJ A; 2Y3E A; 3FYF A; 3GTO H; 2B2Y C; 2KED A; 3APV A; 3SK8 A; 2AHO B; 1Z9F A; 2IZA A; 4HCE A; 4B3T Q; 3CR6 A; 2F01 A; 3J80 L; 2H5X A; 4KLK A; 3EJI A; 4FXG C; 4CKE A; 3FHW A; 1TOW A; 1LT5 D; 5LMN Q; 1QNU A; 1G5W A; 2K32 A; 1YHA A; 1SNP A; 4YKM A; 2RQX A; 3OJY C; 1VQH A; 2QGQ A; 2YG2 A; 4OEM A; 4JO6 A; 1ZKO A; 3NAD A; 4YBP A; 5A2Q L; 3S17 B; 1LLR D; 1GX9 A; 2FIN B; 1KL5 A; 4ZH9 A; 1PH1 A; 2RVL A; 4J8Q A; 5IP7 H; 4QGV A; 5TSS A; 5EKL A; 1E3P A; 3VR6 A; 2ZM6 Q; 5IGC A; 3ZW1 A; 3KF8 A; 1E06 A; 4A60 A; 2EU7 X; 3WJE A; 3U03 A; 4OL7 A; 3OIP A; 5LJG A; 4O3Z A; 3STN A; 3HOV G; 4HPA A; 2O2L D; 4PV1 C; 5J3B A; 1SJE D; 4OWT B; 1X8P A; 2G78 A; 2PI2 A; 1XNR L; 2Q2M A; 1MSG A; 5EPK A; 4WBK A; 1HUM A; 3T53 B; 4GJS A; 4ARH A; 4ES7 A; 1K0S A; 3FA9 A; 1PMR A; 2BH2 A; 5H9A A; 3WJB A; 1LID A; 2R93 B; 4A75 A; 2IX1 A; 1PTO H; 1AQB A; 1IZ6 A; 1LTG D; 1GX8 A; 5BVT A; 1GJX A; 3VG3 A; 1GUW A; 1VWC B; 3S2D H; 4JI3 L; 1GKA B; 4DV6 L; 3MEF A; 1BQQ T; 1Q12 A; 2WEW A; 2CH4 W; 4B3T L; 3VR4 A; 4Z27 A; 3PP6 A; 4YDA A; 1HTP A; 4DV7 Q; 2X46 A; 1V1O A; 1TWA B; 5JVG 3; 4JI8 L; 1SAP A; 4IRW A; 4LNQ A; 1ICF B; 2SDF A; 4K8I A; 2ZAI A; 1AEL A; 2TSS A; 1JWS D; 2IL8 A; 2HMB A; 1GUN A; 1C0A A; 3SZI A; 1YP7 A; 1RF2 D; 3I56 A; 5FKA C; 3HOY H; 4LF4 L; 4KD4 A; 1C48 A; 1W6J A; 2X32 A; 4N8F A; 2WQA E; 2B2U C; 3J81 j; 4QL5 A; 4AZQ A; 1EWH A; 1LCV A; 1R0U A; 1N4J A; 3CPW A; 5HZQ A; 2F4I A; 5FQ7 E; 2OVE A; 1SXX A; 4I65 A; 4LF9 L; 1IL2 A; 1W3S A; 3ND8 A; 1YNX A; 2CM9 A; 4TSS A; 1GT5 A; 5B5F A; 2RSN A; 4AH6 A; 5D4A A; 1L1O B; 1DCZ A; 2Z6K A; 1MX7 A; 2VQE Q; 2KUM A; 1PZJ D; 4DNE A; 1FNW A; 3DM3 A; 3KUP A; 1NY4 A; 3M9B A; 4KKU A; 3ZW0 B; 4P2C B; 4QZU A; 3BX7 A; 4IMO A; 3G6J B; 4ZUJ A; 1SFO B; 4KHZ A; 2PPB C; 2F0I A; 5LMN L; 1MEP A; 2DJG A; 3R2I A; 2F0Q A; 2OFA A; 1EY8 A; 4ME3 A; 3SZH A; 1N32 L; 3UEW A; 1X89 A; 4CPH A; 4FBV A; 1B1Z A; 1UEA B; 4NP5 A; 4X3S A; 1EPA A; 4GNX B; 2OTJ A; 1IKL A; 5FO7 B; 1B9M A; 3B6Y A; 4DUY Q; 1KD1 C; 3VHM A; 2AQ1 B; 4CDF C; 2B63 H; 3EMM A; 4C5P A; 5KHP A; 4I3B A; 2ENB A; 1TXL A; 1BSY A; 5HA1 A; 1JE5 A; 2LBV A; 2KQ3 A; 1TWF B; 1VWI B; 1WTW A; 2X69 A; 1ASY A; 4GUZ A; 4L5S A; 5C0X J; 4RH6 A; 3WJG A; 2D0P A; 1PTO F; 4JI0 Q; 3ZZV A; 1XMO L; 3CC7 A; 4NW4 A; 2XNA C; 4XIG S; 4LFC L; 1Y0G A; 3K5N A; 2XRQ D; 3QJY A; 3NBX X; 2O5J C; 2A5B A; 2K5W A; 1TQO A; 3TRE A; 4C56 C; 1HBP A; 2FT9 A; 3DEP A; 2FTB A; 1GXA A; 2K33 A; 2L1B A; 3WYP A; 3GTQ B; 4KH8 A; 5M9O A; 5C0X H; 3PIO A; 3J7Y W; 2AT0 X; 5J1Z A; 5C3E H; 3WDN A; 1EL0 A; 2K62 A; 5EPQ A; 2CH4 A; 1WFQ A; 3T1D A; 4JNJ A; 5EGT A; 4CPI A; 2H4O A; 4NV7 A; 2HCC A; 1DZJ A; 2NN6 G; 3MAQ A; 1CQV A; 1KAA A; 1RL2 A; 3QOL A; 4YGZ A; 4AIM A; 3RN2 A; 3SOT A; 1YNJ C; 1S7D A; 4R1J A; 1PRT D; 4UHV A; 5FLX c; 1U0X A; 2NND A; 4L5Q A; 4LF6 Q; 5B11 O; 4JV5 Q; 1X3Q A; 1JYJ A; 4CDF A; 4XTC S; 3RE5 A; 3VA7 A; 1BCP C; 4A3M B; 4LF8 Q; 3K5O A; 3O19 A; 3T2W A; 3V2T A; 4JI6 Q; 4XDX A; 3D4D A; 5C6A A; 3A0J A; 1EWI A; 5C4X G; 1JB3 A; 4Z6J A; 2QDL A; 2EYJ A; 1PH4 A; 2AUK A; 5HBS A; 3TF6 A; 3E3C A; 2CFM A; 3QWN A; 1LTR D; 2F3I A; 1UUP A; 2HDL A; 1B70 B; 4U67 3; 1YVC A; 2F0V A; 2JU8 A; 3LV4 A; 3DUZ A; 5ISR A; 4GKK L; 2KT4 B; 1Y1W B; 1IFC A; 3SLO A; 5M5W H; 2NVQ B; 2ZJP A; 2KTD A; 2RHQ B; 4LZV A; 1U4L A; 2EE1 A; 4RMF A; 4X62 L; 5LJB A; 4YY3 L; 2N88 A; 5ELF A; 4NXM Q; 3FKI G; 4GLV B; 2NVT H; 2VZA A; 3NTK A; 4KHP L; 5C4H A; 2ZXO A; 5C44 B; 1F9R A; 1I6H B; 4NKL A; 4P74 A; 2EYF A; 1DZ1 A; 4ZHF A; 3V05 A; 4HIM A; 2B2V C; 2BA0 A; 5C44 H; 5D45 A; 3P24 A; 3BLG A; 2Q4N A; 3L2P A; 2X55 A; 2M2L A; 1UZ2 X; 3KLR A; 2JA5 H; 1TVX A; 3HOZ G; 2IHE A; 4UPA A; 4ZR2 A; 3HOX H; 4IJH A; 3MC0 B; 1URE A; 1W5R A; 4KN7 C; 4OKA A; 1KZX A; 1I50 H; 1XMO Q; 3CP0 A; 5D48 A; 2HIV A; 1ACD A; 4LFC Q; 5EAY A; 4GH7 A; 1PFM A; 1SWJ A; 3ULL A; 2X34 A; 3EW1 A; 2EYL A; 2KA7 A; 4IZ8 A; 2O5I C; 2VQE L; 3B2H A; 5JPN C; 4L8J A; 2JMB A; 3ELX A; 2WAQ G; 4BCS A; 3QG1 A; 1NNX A; 4Y59 A; 4ZHH A; 3NBH B; 2GTL M; 1ICW A; 1G74 A; 4POG A; 1QY2 A; 3A7A B; 4GDZ A; 2R93 G; 5H1S E; 4MVI A; 5F6Z A; 1YHQ A; 1HQR D; 1N32 Q; 5AFW A; 1QUQ A; 1SWA A; 3STM X; 3SZJ A; 4IAB A; 3G6E A; 4CK4 A; 2EJF C; 5KND A; 4BS9 A; 1SLD B; 1PH8 A; 3EBK A; 3HOV B; 2PMZ B; 3V8U A; 3EIV A; 4JBJ A; 4M6S A; 2IZK A; 1P16 A; 5JAV A; 3VDY A; 4J1M A; 2RTF B; 1II3 A; 3A8I E; 3BVZ A; 2UU9 Q; 4L63 B; 3S17 H; 1W6F A; 1H9M A; 3J80 i; 2X8F A; 3BU9 A; 1U0L A; 3CQZ B; 2QOM A; 4X64 L; 4YFQ A; 4YFR A; 2I5M X; 3HOW G; 1NQM A; 3JS1 A; 5D3I B; 2FXQ A; 4S3S A; 5ELB A; 3BZC A; 3C1F A; 1SRH A; 1KLG D; 1B2T A; 5AJC A; 2C35 B; 4GOP C; 3NUC A; 3BU1 A; 2KEC A; 1BXT A; 2KD2 A; 1KC8 C; 3SLT A; 5C3E G; 3I4N G; 1XJV A; 4TKH A; 1G51 A; 4AQY L; 1SYG A; 2ZT9 C; 2QO6 A; 4TJZ A; 5F2D A; 4HAE A; 3U4V A; 1SWL A; 1WCM G; 3RMH A; 3D0F A; 2JJQ A; 4K2K A; 1A3T A; 4O42 A; 1J5E Q; 5IT9 E; 3S16 B; 2L0C A; 4C2M B; 4O2D A; 5M5Y B; 1DF8 A; 1LFO A; 2PCF B; 3NE5 B; 1CKM A; 2WP8 J; 1EYA A; 4GOP B; 2M4L A; 4HPB A; 1FEL A; 2RTP B; 5JPM C; 3MA2 B; 4PQX A; 2HQE A; 3PIP A; 2Q2U A; 1TY0 A; 3MFY A; 5IO5 A; 4O4S A; 2WB1 B; 2DY8 A; 2B8G A; 4YWL A; 2JA6 H; 1B0O A; 1PH9 A; 4P72 A; 2EYP A; 4JI3 Q; 4B3R L; 1X8U A; 1ESF A; 2A73 B; 4XQJ A; 2E8G A; 4UP7 A; 2BT9 A; 3W1G A; 3LTW A; 4B3M L; 3S24 A; 2EYM A; 3NSW A; 2XKL A; 1E7Z A; 2J7Z A; 1JJ2 A; 1V9P A; 4H13 C; 4WJ4 A; 5H9N A; 2K03 A; 1LCW A; 2B2T C; 4IB6 A; 2I07 B; 3UAQ A; 1IKJ A; 4GDA A; 1RDP D; 2PZW A; 4BBO A; 1JZU A; 4WFN 3; 2VFC A; 2H1E A; 1X9N A; 3S1Q B; 1JMX A; 5CE4 A; 1C8C A; 2E2H B; 1N34 L; 1XX8 A; 2L12 A; 1FJG L; 1HUN A; 2P5Z X; 2F0E A; 2MJI A; 3FW4 A; 1IYV A; 1SWE A; 2HLV A; 1SYC A; 3NR3 A; 1EXS A; 1JJC B; 1N34 Q; 1FJG Q; 1KOI A; 4GKC A; 4TRD A; 3MHB A; 4F87 A; 4NMZ A; 5KIX A; 4OON A; 5C4Z A; 5D8J A; 3G7L A; 4OMX A; 3VGW A; 4AZM A; 1IBK L; 1S2P A; 1SWH A; 1YWC A; 2RTL A; 4ORR A; 1NE3 A; 3JAM i; 1EWC A; 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