The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
14
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sequence length |
87
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structure length |
87
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Chain Sequence |
b'MQTAAISWGTTPSIRVYTANGNKITERCYDGSNWYTGAFNQAGDNVSATCWLSGSAVHIRVYATSGGSTTEWCWDGDGWTRGAYTGL'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
BAMBL LECTIN
|
| publication title |
Fucose-Binding Lectin from Opportunistic Pathogen Burkholderia Ambifaria Binds to Both Plant and Human Oligosaccharidic Epitopes.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Burkholderia ambifaria
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| molecule tags |
Sugar binding protein
|
| total genus |
14
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| structure length |
87
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| sequence length |
87
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| chains with identical sequence |
C
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-07-28 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF07938 | Fungal_lectin | Fungal fucose-specific lectin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Lipocalin | Lipocalin |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2BS5 A; 3ZW0 B; 2BS6 A; 4I6S A; 2BT9 A; 5AJB A; 3ZW0 A; 3ZI8 A; 3ZW2 A; 3ZWE A; 3ZZV A; 3ZW1 B; 3ZW1 A; 5AJC A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3PDF A; 2AF5 A; 2FGS A; 1HBP A; 4AZP A; 4IAB A; 5LJB A; 4HPD A; 1ERX A; 1MDC A; 1X8O A; 3VG3 A; 1HBQ A; 4BGF A; 3FR5 A; 2OVE A; 5HWZ A; 1BRP A; 1LDO A; 1A2D A; 1KXO A; 1VWR B; 1ZNL A; 1JJU A; 2BS6 A; 2ZAI A; 4XMD A; 4L3R A; 5CHK A; 1VWP B; 2OY7 A; 5LKE A; 2KTD A; 3HPE A; 4ALB A; 5HCD C; 1KL5 A; 1OBQ A; 3UEW A; 3RDX A; 4O4O A; 3BDR A; 1SXU A; 1FEL A; 4BVM A; 5LJE A; 1SWR A; 1YUP A; 2IZA A; 2Q4N A; 1JQP A; 2X55 A; 3KQ0 A; 3P6D A; 4GD9 A; 1KGL A; 1LKE A; 4EFG A; 3ELZ A; 1LCW A; 1PBO A; 3HWF A; 1LF7 A; 5D47 A; 1NBX A; 1OSP O; 1BSY A; 2BC3 A; 2RCT A; 3F6Z B; 1B4M A; 3H3I A; 2RTG B; 3WJF A; 4I3D A; 1FTP A; 1VWM B; 3G7X A; 2A8G A; 1T8V A; 2BSZ A; 1HMR A; 5EZ2 A; 2OVD A; 4GDA A; 5HZ6 A; 5H9K A; 2KD2 A; 4ZFX A; 1STS B; 2RTL A; 1W4T A; 4GDZ A; 2OVA A; 2QCB A; 2HMB A; 2QOS C; 2X34 A; 4I60 A; 5B2A O; 1SWP A; 1LPJ A; 2GTL O; 4EKV A; 2HZR A; 2FKG A; 4UU3 A; 1OPB A; 4XMF A; 3VE2 A; 1JJX A; 4ALO A; 2AVI A; 4ON1 A; 1SRG A; 1IW2 A; 4QZT A; 4TKH A; 5LJH A; 1KOI A; 2ZAG A; 1LID A; 4KC7 A; 1CBQ A; 3BS2 A; 1A18 A; 2G8C O; 2IZG B; 1MX7 A; 4ORY A; 4CDD A; 2F01 A; 5IRA A; 4ZHF A; 1HXL A; 1HQP A; 2IZI A; 1KQW A; 5F58 A; 1SRI A; 1KFF A; 4WFU A; 1VYF A; 1Z24 A; 1Y9T A; 1IJ8 A; 1KZX A; 3CQN A; 2M4L A; 4IB6 A; 5FQ7 E; 3UEX A; 3F9D A; 4YFQ A; 1YWA A; 1SRJ A; 1HMS A; 1KL4 A; 2W2A A; 3EBK A; 4GZV A; 3P02 A; 4QAE A; 3RDO A; 4AZQ A; 1KZW A; 1GT4 A; 3HWD A; 2OF8 A; 1QFT A; 1TVQ A; 3LTW A; 1SWC A; 3WZP A; 4MVE A; 1SWF A; 1BJ7 A; 1VWK B; 1SWH A; 1E2T A; 3QQ2 A; 5FAZ A; 3SLO A; 5HA0 A; 2NP1 A; 4CK4 A; 5CE4 A; 4GKC A; 2YG2 A; 3VG7 A; 1LFO A; 3APU A; 1OBU A; 5F7G A; 3D96 A; 4DNE A; 1LCZ A; 4TQ2 A; 1SWS A; 3WZO A; 2FS7 A; 1MOY A; 1RST B; 1LEL A; 1VWN B; 2WUT A; 3FA8 A; 3K3L A; 1I78 A; 4ML7 B; 4QZU A; 4B55 A; 4YGZ A; 2Q39 A; 4AZR A; 1ML7 A; 3WOV A; 2IFB A; 4AYH A; 2L67 A; 2MJI A; 4JNJ A; 4EXZ A; 5BVT A; 5JD2 A; 1VYG A; 3AKN A; 1HN2 A; 1VWC B; 3OBL A; 1YP7 A; 3PPT A; 3S5V A; 2JMB A; 1U18 A; 1CBR A; 3T1D A; 3FID A; 1STP A; 3WYQ A; 2IZH B; 1QG5 A; 2RA6 A; 2RTN B; 5DG4 A; 1JYJ A; 2MHD A; 1DV9 A; 1GT1 A; 3NBX X; 4GK9 A; 3RY1 A; 4BX6 A; 4O3W A; 1I4U A; 1STR B; 5DPQ A; 3IA8 A; 3CKF A; 3S5X A; 2W2F A; 5AJB A; 1KT4 A; 2AKQ A; 4N7D A; 4OS8 A; 1U0X A; 3RDU A; 5F6B A; 2OYB O; 3ZW1 A; 2G5L A; 1SWL A; 1CJ5 A; 2R74 A; 4ORS A; 3U03 A; 1N43 A; 2AT6 X; 3CKG A; 2WEW A; 5LKF A; 1SLE B; 3F8A A; 3TZS A; 1ZRY A; 5FEN A; 4CDC A; 5EEE A; 4QGX A; 2HYS A; 2FR2 A; 4U46 A; 2CZU A; 5CSE A; 4ORX A; 1VYO A; 4YH0 A; 3PQU A; 3GE2 A; 3KZA A; 4YCH A; 2A2G A; 5LJK A; 1N0S A; 1JBH A; 1AVE A; 4A1Y A; 1N4J A; 3SZH A; 4IRW A; 2X56 A; 3AKM A; 5FQ6 E; 2FR3 A; 2JN3 A; 3P24 A; 1GKA A; 1X8P A; 4ORW A; 4YKM A; 3WXQ A; 2OF9 A; 2L68 A; 1D2U A; 3D95 A; 3WZN A; 2ACO A; 3WJE A; 3B2K A; 2R56 A; 2C1S A; 2ASN X; 4YFR A; 2ACP X; 1SWD A; 3APV A; 2ANS A; 1NQM A; 2FKJ A; 1EAL A; 2W2B A; 2Z4I A; 2FT9 A; 1SWG A; 2CM9 A; 2OL8 O; 2OZQ A; 2LBA A; 3EC5 A; 1VWQ B; 4GGZ A; 1SLD B; 2UYW A; 5K06 A; 3WJC A; 4D6B A; 1XKI A; 5D48 A; 1IIU A; 1GX8 A; 1N7Y A; 2G79 A; 1URE A; 3AEH A; 3HOE A; 4DQ3 A; 4BJ8 A; 2IZK A; 3WJB A; 2RQ0 A; 1JIW I; 4OEM A; 5F2B A; 3SZJ A; 2RD7 C; 4HPC A; 1PMP A; 2CBS A; 1PTS A; 4Y0P A; 1RLB E; 1SLF B; 4UU2 A; 1A3Y A; 2QO5 A; 4IAX A; 1OEJ A; 3D97 A; 4EQA C; 4CPF A; 1EQD A; 3VHM A; 1CBI A; 1X8N A; 2A2U A; 1G7N A; 2WPU A; 4QRL A; 1S7D A; 2BT9 A; 3UEU A; 1I04 A; 2K23 A; 3DTQ A; 4LKP A; 3FW4 A; 1PEE A; 4TKB A; 5D45 A; 2Y32 A; 3VHI A; 5HCC C; 5HZ8 A; 1DF8 A; 1RXH A; 1H91 A; 1VPR A; 4GJS A; 5IO5 A; 3TGC A; 2G7B A; 2POA A; 3B2I A; 3C77 X; 2FLJ A; 3NR3 A; 3D4R A; 1YWB A; 2IZD B; 3B2J A; 4IMN A; 1SWU A; 4MVL A; 1Y9L A; 1YWC A; 3N91 A; 4GU8 A; 3RBY A; 3LHN A; 2KT4 B; 4ZHD A; 1W6F A; 1S44 A; 3FIQ A; 3RE6 A; 2WQA E; 1ZNG A; 3ZW2 A; 3EM0 A; 4A60 A; 3BU9 A; 5B11 O; 3T6L A; 5CYB A; 5KID A; 4Z2P A; 2IZJ A; 3TGB A; 2OFR X; 3WBG A; 1ZNE A; 4U8U M; 3SZI A; 2Z4H A; 3SLT A; 1MEP A; 4OKA A; 3SOT A; 1YWD A; 5HAE A; 3EW2 A; 3STK A; 3T2X A; 2C4I A; 4LZV A; 2EU7 X; 4MVI A; 3D9W A; 3RKG A; 4O49 A; 1XCA A; 4I6S A; 4A8Z A; 2FTB A; 3ZUO A; 3JS1 A; 3P6H A; 4Y0S A; 1TW4 A; 5EPQ A; 4HWM A; 3PK2 A; 1UYO X; 2HNX A; 2RTQ B; 3RWX A; 2VDF A; 1X8U A; 3IFB A; 2FWV A; 1SXY A; 1B8E A; 3B2L A; 2CM4 A; 2QMI A; 2X4M A; 4BOE A; 4CPH B; 1I05 A; 1OBP A; 4FQB B; 2JGS A; 2LA7 A; 4K19 A; 1B56 A; 4ZH6 A; 3T2W A; 1ICN A; 1K24 A; 1KT5 A; 2KW1 A; 1IFC A; 2GTF X; 1EW3 A; 1NGL A; 1ADL A; 2OY1 O; 1RAV A; 1E00 A; 1W5R A; 3FYF A; 4Z2V A; 1SRE A; 4CPI A; 2JU3 A; 1LIF A; 4L1N A; 2QO6 A; 3HOL A; 2P8G A; 2YMS A; 2R73 A; 3EW1 A; 4OS3 A; 1N9M A; 4U8U O; 3U0D A; 2RTJ A; 4BX7 B; 5IXG A; 3PP6 A; 1EXS A; 2RTM A; 1SY1 A; 3BSZ E; 1SA8 A; 2WR6 A; 2NNE A; 3U9P C; 4PJ2 A; 4O4X A; 3ZWE A; 2OY5 O; 1VWE B; 1VWL B; 4M7M A; 1EI5 A; 2RTA A; 3FDC A; 3O2Y A; 4LZU A; 3DSZ A; 4R0B A; 5B10 O; 3QKG A; 5LJC A; 2CZT A; 3VG6 A; 2HLV A; 4QYP A; 2A5C A; 3WYP A; 1DC9 A; 5BVQ A; 4BX6 B; 3FR4 A; 4Y0R A; 4FBR A; 4DQ4 A; 4MIR A; 1NQN A; 1K3B A; 1B0O A; 2DJF A; 2OL6 O; 3RDS A; 3FA6 A; 3S26 A; 4NV8 A; 3UAQ A; 1AVD A; 2GJ5 A; 1E5P A; 3RDQ A; 3KFH A; 4GH7 A; 5IO6 A; 2VFB A; 1JYD A; 4QQ1 A; 4YDB A; 2IZF B; 2RTO B; 2VFC A; 4AW8 A; 5FQ8 E; 4KH8 A; 4ZHG A; 1MM9 A; 1SRH A; 4N7C A; 1SWT A; 3BLG A; 4MIS A; 2N93 A; 4ZHH A; 5HZ9 A; 2Q2M A; 4I9R A; 4PSQ A; 1VWH B; 2GH7 A; 2OL7 A; 4HPB A; 4D6A A; 3SAO A; 2F09 A; 3RDM A; 3WZQ A; 3ELX A; 2E4J A; 5K67 A; 3FA9 A; 5D4A A; 1GXA A; 4YDA A; 5BYP A; 1VWF B; 2AT8 X; 1JV4 A; 2RTR B; 2QOM A; 1SXX A; 3KFG A; 4FBV A; 4Z28 A; 2OVS A; 4Y0Q A; 5AQ6 A; 1DF3 A; 1U17 A; 4YVB A; 2A3F X; 1SWB A; 3ZW0 B; 3FEN A; 3T6F A; 4CDF A; 2XST A; 4TJZ A; 3RE5 A; 2AT3 X; 4BX5 B; 1EII A; 4IB7 A; 4O3Z A; 1EUO A; 5EED A; 1OEK A; 1Y0G A; 1QY0 A; 1SWN A; 1FDQ A; 4I3B A; 3O22 A; 4O3Y A; 2KTS A; 4C5P A; 1RXJ A; 2AH7 X; 4NNT A; 1HY2 A; 4GRJ A; 1O1V A; 4LKT A; 4OMX A; 4RUU A; 4O9S A; 5H9N A; 5B29 A; 4A1H A; 3FA7 A; 5HA1 A; 1RSU B; 1DZP A; 2A13 A; 2GTL N; 2PY1 A; 3P6C A; 4NLI A; 2I5V O; 3VE1 A; 2Q9S A; 2IZE B; 1ACD A; 2BS5 A; 3I0A A; 5H9A A; 4RUN A; 3RZY A; 1ICM A; 1JMX A; 3BY0 A; 3MG5 A; 4GJV A; 4OEL A; 1X8Q A; 2QM9 A; 3C76 X; 4WBK A; 2OFA A; 5B5G A; 1ZND A; 5D8J A; 1LIB A; 2JU7 A; 2FHN X; 2HZQ A; 3JQO A; 5FFH A; 5HTE A; 4AZN A; 5HZQ A; 3VPJ E; 1KT6 A; 1ZNK A; 1MUP A; 1QY1 A; 4MVK A; 1NP4 A; 1WUB A; 1MVG A; 4I95 A; 4CV7 A; 3VU1 A; 3NP1 A; 2C1Q A; 1L6M A; 3FR2 A; 4YBP A; 1PM1 X; 2G78 A; 3OD9 A; 3EBW A; 2RTB B; 3FEL A; 4NYR A; 4KCA A; 1VWI B; 2O62 A; 4WFV A; 3CQR A; 3Q6L A; 1VWO B; 2RTF B; 1AEL A; 2NND A; 5IRW A; 2FHL A; 1VWA B; 4YCE A; 4GET A; 3X00 A; 1QAB E; 1LNM A; 1WBI A; 5H8T A; 1E06 A; 1SWQ A; 5B27 A; 1LIC A; 3MVF A; 2WQ9 A; 2XKL A; 1IFB A; 1HMT A; 5K68 A; 1SY3 A; 2X32 A; 2X8F A; 5C0N A; 4ZCB A; 3PEC A; 4ORU A; 2GTL M; 1G5W A; 2WSJ A; 2X45 A; 4NNS A; 1ZNH A; 3BU1 A; 4GE1 A; 3TGA A; 1SXW A; 3FW5 A; 4NYQ A; 2IZL B; 5LJG A; 1RBP A; 2DM5 A; 2ALL X; 1SMP I; 3AUM O; 2JW1 A; 3Q34 A; 4ZH9 A; 5L8I A; 2CAM A; 1FEN A; 2JU8 A; 1EPA A; 1Y53 X; 4O4U A; 4COT A; 4IB8 A; 3NX2 A; 2X8S A; 1JJJ A; 4XMC A; 3TF6 A; 3GAQ A; 2AT5 X; 5B5F A; 2RTI B; 3VG2 A; 4YKO A; 1P6P A; 4AZM A; 2A5B A; 4GGT A; 3CWK A; 2MM3 A; 5HZ5 A; 2RN4 A; 3FMZ A; 4ZHC A; 3CR6 A; 3STN A; 4BBO A; 3KVN A; 1BSO A; 1HXZ A; 2MWH A; 2Y3E A; 1FE3 A; 1KT7 A; 1FEM A; 1QY2 A; 4YGH A; 1BRQ A; 1RXK A; 5JR8 A; 2LKK A; 2HKD A; 3FEK A; 4GUZ A; 4I3C A; 2AT0 X; 3CBS A; 4YMY A; 2FS6 A; 3KFF A; 1SY0 A; 3NQ9 A; 1JMZ A; 1TOW A; 1EIO A; 1SLG B; 4M6S A; 4EEJ A; 1SWO A; 1DFV A; 5KIC A; 1GT3 A; 3HWG A; 4HPA A; 4IB9 A; 1ALB A; 4KII A; 1UYN X; 1EPB A; 1CRB A; 1Y55 X; 1G85 A; 2OY8 A; 3MX7 A; 1UZ2 X; 2A0A A; 1E02 A; 3NAD A; 1NP1 A; 4ZGF A; 3RSW A; 4IAW A; 3RY2 A; 3HWE A; 3ZI8 A; 1MK5 A; 5IRU A; 2CBR A; 1VWB B; 1QWD A; 3NX1 A; 4Y5D A; 3OE3 A; 4IBA A; 4TNN A; 4BCS A; 4NP1 A; 4YGG A; 1NC9 A; 2LFO A; 3MBT A; 4AZO A; 1SWE A; 2RTC B; 3CBC A; 3CMP A; 3P6F A; 1AB0 A; 4Z27 A; 4Z6J A; 2Y3F A; 1SRF A; 4ZGU A; 1R0U A; 1YP6 A; 4QGW A; 3WJG A; 3VG5 A; 4ARH A; 1SY2 A; 4LQZ A; 3ZUI A; 2RTE B; 2AL0 X; 4CPH A; 5AEO A; 4JHQ A; 1NDJ A; 1GX3 A; 5L8N A; 1QFV A; 3APX A; 2BHV A; 2F73 A; 3APW A; 2RCQ A; 1LCV A; 1OEE A; 5HBS A; 5EDC A; 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3BRN A; 1BWY A; 3E3C A; 4GNW A; 2MO5 A; 4TKJ A; 3I17 A; 1SWJ A; 1I06 A; 4O4S A; 1IKJ A; 4OS0 A; 4JO6 A; 1DZK A; 3V8U A; 1GGL A; 1KT3 A; 1O8V A; 1KQX A; 3ZW0 A; 3FEP A; 4XMG A; 2ZSC A; 4BX5 A; 5B3M O; 4YFP A; 3L4R A; 4NW4 A; 4DCB A; 3HTY A; 1IKE A; 4YBU A; 4FGI B; 1PBY A; 1ERB A; 1DZJ A; 2AMM X; 1X89 A; 1TOU A; 1YIV A; 3NQK A; 1LUQ A; 2NNQ A; 4GNY A; 4ODD A; 2QO4 A; 3O19 A; 4U8U N; 5HCE C; 2LBV A; 3VG4 A; 1QQS A; 1SWK A; 4QNI A; 3VHH A; 3P6G A; 1CBS A; 2RTP B; 4U9C A; 4XMH A; 3ZQ3 A; 4BQU A; 3FLL A; 3KFI A; 2FRS A; 4GGR A; 5EDB A; 4ZR2 A; 2PI3 O; 1SWA A; 4HFO A; #chains in the Genus database with same CATH homology 1HBP A; 4AZP A; 4IAB A; 5LJB A; 4HPD A; 1ERX A; 1MDC A; 1X8O A; 3VG3 A; 1HBQ A; 3FR5 A; 2OVE A; 5HWZ A; 1BRP A; 1A2D A; 1KXO A; 2ZAI A; 1ZNL A; 4ALO A; 2BS6 A; 4XMD A; 4L3R A; 5LKE A; 2KTD A; 4ALB A; 5HCD C; 1OBQ A; 3UEW A; 4O4O A; 3BDR A; 1SXU A; 1FEL A; 4BVM A; 5LJE A; 1YUP A; 2Q4N A; 3KQ0 A; 3P6D A; 1KGL A; 1LKE A; 4EFG A; 3ELZ A; 1PBO A; 3HWF A; 1LF7 A; 5D47 A; 1BSY A; 2RCT A; 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