The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
23
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sequence length |
180
|
structure length |
180
|
Chain Sequence |
CAVSSFRVKENFDKARFSGTWYAMAKKDPEGLFLQDNIVAEFSVDETGQMSATAKGRVRLLNNWDVCADMVGTFTDTEDPAKFKMKYWGVASFLQKGNDDHWIVDTDYDTYAVQYSCRLLNLDGTCADSYSFVFSRDPNGLPPEAQKIVAQRQEELCLAAQYRLIVHNGYCDGRSERNLL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The structure of human retinol-binding protein (RBP) with its carrier protein transthyretin reveals an interaction with the carboxy terminus of RBP.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transport protein
|
| molecule keywords |
PROTEIN (transthyretin)
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| total genus |
23
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| structure length |
180
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| sequence length |
180
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| chains with identical sequence |
F
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1999-02-03 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| E | PF00061 | Lipocalin | Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Lipocalin | Lipocalin |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1BSO A; 1HBP A; 1GT3 A; 2AT3 X; 3CWK A; 3EYC A; 1D2U A; 1LFO A; 3D96 A; 5D8J A; 4OMX A; 1X8O A; 1DZK A; 1GXA A; 2A3F X; 2ACP X; 2WWP A; 1A2D A; 4YFP A; 3PH6 A; 1A18 A; 1OPB A; 3HWG A; 5HCD C; 1FEM A; 4ZHD A; 1CBS A; 2XST A; 4YKO A; 5CE4 A; 5HCC C; 5LJE A; 5LJG A; 1I04 A; 3KFI A; 1LPJ A; 2WEX A; 5IO7 A; 4YGZ A; 2WEW A; 1QWD A; 2AT6 X; 3F9D A; 4ORW A; 2RA6 A; 2AKQ A; 1AEL A; 2OZQ A; 1YWC A; 4GET A; 5C0N A; 4XMC A; 2RCQ A; 4QGW A; 3FIQ A; 2LFO A; 1ZNL A; 1HQP A; 3WXQ A; 5H8T A; 1GT5 A; 1MVG A; 4RUU A; 3U9P C; 4HPC A; 4N7C A; 4ARH A; 1UZ2 X; 4EXZ A; 1LIB A; 1DV9 A; 3VG3 A; 4LZU A; 2FR2 A; 4I9S A; 4OS3 A; 3KZA A; 4UU2 A; 4ALO A; 1OEE A; 1S2P A; 1ZND A; 3NQ9 A; 4M7M A; 2FWV A; 1BWY A; 1MX8 A; 4LKP A; 2L9C A; 3VG7 A; 1ALB A; 4HFO A; 3KQ0 A; 3EMM A; 4TQ2 A; 2L68 A; 2HLV A; 1R0U A; 5FAZ A; 4ALB A; 5HZQ A; 3BX7 A; 1SXY A; 4D6A A; 3U03 A; 1ZNK A; 3BDR A; 1A3Y A; 4M6S A; 3KFG A; 4ZHG A; 4RUN A; 1LIF A; 1NGL A; 3BU1 A; 4YBU A; 5K06 A; 1D3S A; 4QZT A; 1JYJ A; 1KT3 A; 4D6B A; 2ASN X; 3FR4 A; 2CZT A; 4A8Z A; 3BRN A; 5HTE A; 5LJB A; 5LKE A; 3CMP A; 2POA A; 1VYF A; 2NNE A; 1AVG I; 5HAE A; 1YIV A; 1OPA A; 3B2J A; 3EBW A; 1SXW A; 2L5P A; 3C78 X; 4YCE A; 1DFV A; 1BBP A; 5L8I A; 1DZP A; 4HPD A; 1LF7 A; 3OJY C; 3C77 X; 3FLL A; 3P6D A; 3EM0 A; 1ML7 A; 3STN A; 1O8V A; 3MBT A; 3UEU A; 1RLB E; 4YKM A; 4YBP A; 2FTB A; 3RZY A; 5KIC A; 1DC9 A; 5KHP A; 1CBR A; 5DG4 A; 3TF6 A; 1MDC A; 2N93 A; 3ZQ3 A; 4YGG A; 2OVE A; 5LJK A; 1I4U A; 1LIE A; 3NX2 A; 3FMZ A; 4ORR A; 1GKA B; 2FR3 A; 4XMF A; 3ELZ A; 1OEK A; 4YDB A; 4AZM A; 4AW8 A; 3PH5 A; 4ORX A; 5EDB A; 5HCE C; 3FEN A; 1EQD A; 1S7D A; 2R73 A; 3B2H A; 3G7X A; 1FDQ A; 2G7B A; 4IAW A; 2EU7 X; 1TOW A; 5HZ9 A; 3O19 A; 3FW5 A; 2WR6 A; 1EW3 A; 1EII A; 1QFV A; 5D47 A; 5D4A A; 1VYG A; 1XKI A; 2OVD A; 5D48 A; 2X46 A; 1QFT A; 4ZGU A; 3CQN A; 3MVF A; 5IO5 A; 2W2B A; 4TKJ A; 4IB8 A; 5JR8 A; 4DQ3 A; 1E06 A; 1B4M A; 3APU A; 1HMS A; 2NNQ A; 5H9K A; 2MJI A; 3WJE A; 5EPQ A; 4QGX A; 2AH7 X; 3FEP A; 3P6F A; 1QY2 A; 1B0O A; 1IFC A; 1T68 X; 4NYR A; 1O1U A; 3TGA A; 1EPB A; 4EFG A; 3S26 A; 1B56 A; 4EDE A; 4ZR2 A; 2P8G A; 1X8Q A; 1PMP A; 3Q6L A; 4ZFX A; 2Q39 A; 4AZP A; 2AT5 X; 4BQU A; 5LJD A; 3FA7 A; 1QY1 A; 4YFR A; 1TOU A; 1IKE A; 1O1V A; 2W2F A; 2NP1 A; 3WVM A; 1E00 A; 1GX9 A; 4ZH6 A; 2CBR A; 1JYD A; 4ES7 A; 5AQ6 A; 2JOZ A; 1SY2 A; 4NLI A; 1KT7 A; 1FEN A; 2FRS A; 2DM5 A; 2JU7 A; 1X8N A; 1TVQ A; 1OEJ A; 2PY1 A; 2RCT A; 1BLR A; 2GC9 A; 2X45 A; 4WBK A; 5EDC A; 1QG5 A; 1U0X A; 2W2A A; 1G85 A; 1BSY A; 3TGC A; 1GT4 A; 3ELX A; 4XMG A; 2OVA A; 5F6Z A; 1ERX A; 3I17 A; 3T1D A; 4HPA A; 2LB6 A; 3FW4 A; 3GAQ A; 3VG6 A; 3KFH A; 4ZHH A; 1PM1 X; 3F8A A; 5EED A; 1P6P A; 5FEN A; 1G5W A; 1PEE A; 1JBH A; 1BRP A; 2QM9 A; 1N0S A; 1JZU A; 1YWD A; 5DPQ A; 4XME A; 1IKJ A; 5L8O A; 1FTP A; 3UEV A; 1U18 A; 1QAB E; 2XKL A; 2KT4 B; 3AKN A; 4I9R A; 3UEX A; 1ICN A; 4AZO A; 1BM5 A; 3O2Y A; 1T8V A; 1LIC A; 1U17 A; 3NP1 A; 3NAD A; 2K23 A; 5H9N A; 4MVK A; 3IFB A; 1IFB A; 1X8U A; 5BVT A; 1BEB A; 3FA6 A; 1EUO A; 3CQR A; 1CBI A; 1EIO A; 4QYN A; 1DF3 A; 2Q2P A; 2JU3 A; 4TJZ A; 2Q4N A; 4IMO A; 3PEC A; 4AZQ A; 2LBA A; 2R56 A; 3NQ3 A; 1GX8 A; 4WFU A; 5F6B A; 2Q9S A; 1ADL A; 3APW A; 1DZJ A; 1KXO A; 3FEK A; 4IB9 A; 1YWA A; 1JV4 A; 3PP6 A; 4IB7 A; 1SY3 A; 1SXX A; 1OBQ A; 5HZ8 A; 1TXL A; 2QO6 A; 4QGV A; 1YP6 A; 1KT4 A; 1JJJ A; 1X8P A; 1NP4 A; 3B2I A; 3L4R A; 4BVM A; 1ICM A; 1LKE A; 5BVQ A; 2RD7 C; 4XMD A; 4ZHC A; 1Z24 A; 3P6C A; 4I3B A; 3HWF A; 4YFQ A; 3UEW A; 3VG2 A; 4YMY A; 3EBK A; 3JS1 A; 4A60 A; 2QOS C; 1FE3 A; 3P6H A; 3O22 A; 3RSW A; 5HZ6 A; 4AZR A; 1SY0 A; 2A2G A; 3FR5 A; 1SY1 A; 2NND A; 4I3C A; 1ZNE A; 3BU9 A; 1VPR A; 1A57 A; 2RQ0 A; 5KID A; 4NP1 A; 1QQS A; 4GNW A; 3WJG A; 5HA1 A; 2LKK A; 2AL0 X; 3STM X; 4ZHF A; 3CBS A; 2HZR A; 5FFH A; 3PED A; 3P6E A; 4Y0S A; 4YGH A; 3WBG A; 2MO5 A; 3APV A; 1RBP A; 4HPB A; 1JJX A; 5LKF A; 5HBS A; 4DQ4 A; 2AMM X; 5H9L A; 1SXU A; 1HBQ A; 1I06 A; 3TGB A; 4BOE A; 4IAX A; 3WJD A; 5IO6 A; 4Y0R A; 1ACD A; 4A1Y A; 2A13 A; 2QO4 A; 4CK4 A; 3BLG A; 4GE1 A; 1EXS A; 3DTQ A; 4XMH A; 1FEL A; 2WQ9 A; 3APX A; 1T0V A; 2CZU A; 2KTD A; 4I3D A; 5EEE A; 1BSQ A; 3HWE A; 1EPA A; 4QZU A; 2LBV A; 4EEJ A; 3D97 A; 4TKB A; 1KZX A; 4IMN A; 4ZJ0 A; 1IIU A; 3HK1 A; 4MVL A; 5BVS A; 1KQX A; 4ZH9 A; 2K62 A; 4LKT A; 1I05 A; 3JSQ A; 4TKH A; 5LJH A; 2BLG A; 4AZN A; 1KGL A; 5F7G A; 1YUP A; 3ZUI A; 3D95 A; 2MM3 A; 1EAL A; 4ORS A; 2HZQ A; 1BJ7 A; 2OFM X; 5HTD A; 5HWZ A; 3STK A; 1AB0 A; 1NP1 A; 1PBO A; 3BX8 A; 3ZUO A; 3VG5 A; 4QYP A; 4YDA A; 3WJB A; 2R74 A; 4OS0 A; 2HYS A; 5LJC A; 2JU8 A; 3WJC A; 3I0A A; 1KT6 A; 2CBS A; 2E4J A; 2FLJ A; 1ZNH A; 2A0A A; 1KOI A; 4OMW A; 2ALL X; 4GNY A; 1HMT A; 1CJ5 A; 2Q2M A; 1OBP A; 3U0D A; 3NX1 A; 4K19 A; 2QO5 A; 3BY0 A; 3NPO A; 2WQA E; 4LZV A; 5HA0 A; 1G7N A; 2JN3 A; 2HNX A; 4NNT A; 2AT0 X; 3FA9 A; 2ACO A; 2FS7 A; 1S44 A; 1XCA A; 1X71 A; 2HMB A; 2IFB A; 3FA8 A; 2GTF X; 1AQB A; 3BS2 A; 4NLJ A; 4O9S A; 4N7D A; 4ODD A; 3AKM A; 4AYH A; 1ZRY A; 3CR6 A; 3PPT A; 1DZM A; 1TW4 A; 4WFV A; 5F58 A; 1HN2 A; 4MVI A; 1L6M A; 1KZW A; 1LID A; 4TLJ A; 5B29 A; 3WJF A; 1E5P A; 3SAO A; 3FEL A; 5B27 A; 2GJ5 A; 1G74 A; 2A2U A; 2G79 A; 1GM6 A; 1YWB A; 2AT8 X; 1URE A; 1ERB A; 2WUT A; 1OBU A; 5EZ2 A; 4NNS A; 4PSQ A; 4Y0P A; 3P6G A; 1MX7 A; 4UU3 A; 2F73 A; 5F1E A; 4IBA A; 4A1H A; 3DSZ A; 1YP7 A; 2WSJ A; 1LNM A; 4QAE A; 4ORU A; 4TNN A; 3VG4 A; 2L67 A; 2CM9 A; 1KQW A; 1BRQ A; 3C76 X; 3NR3 A; 2OFR X; 1GKA A; 3BSZ E; 1E02 A; 4ORY A; 1X89 A; 2CM4 A; 1KT5 A; 2G78 A; 1MUP A; 4YH0 A; 3IA8 A; 1HMR A; 2FS6 A; 3CBC A; 3KFF A; 4YCH A; 4ZCB A; 3FR2 A; 4Y0Q A; 1H91 A; 3K3L A; 1B8E A; 1ZNG A; 4OS8 A; 2YG2 A; 1GT1 A; 3B2L A; 3HWD A; 5H9A A; 3QKG A; 2FT9 A; 3TZS A; 4GRJ A; 1CBQ A; 4IB6 A; 1IW2 A; 5D45 A; 2ANS A; 4GH7 A; 1CRB A; 1GGL A; 3B2K A; 5HZ5 A; 2O62 A; 4GKC A; 4NYQ A; 1SA8 A; 1QY0 A; 5L8N A; 4R0B A; 4KII A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1HXZ A; 1BSO A; 2IZD B; 3RY1 A; 1HBP A; 1GT3 A; 2AT3 X; 3CWK A; 3EYC A; 3RDS A; 1D2U A; 1LFO A; 3D96 A; 2Y3F A; 5D8J A; 1IJ8 A; 4OMX A; 4JO6 A; 2JW1 A; 5B5G A; 1X8O A; 1DZK A; 1GXA A; 2A3F X; 2ACP X; 2WWP A; 1A2D A; 2GTL N; 2OY1 O; 3PH6 A; 4YFP A; 1A18 A; 1OPB A; 2OFA A; 3HWG A; 1FEM A; 4ZHD A; 1CBS A; 2XST A; 4YKO A; 5CE4 A; 4O4X A; 5HCC C; 4ON1 A; 1LCW A; 5LJG A; 4BGF A; 1I04 A; 3KFI A; 1VWK B; 5AJB A; 1LPJ A; 2WEX A; 3SZI A; 5IO7 A; 1I9H A; 4YGZ A; 2WEW A; 2I5V O; 1QWD A; 3RDQ A; 4CPH A; 2AT6 X; 3SLT A; 1JIW I; 3F9D A; 5JD2 A; 1Y9T A; 4ORW A; 2RA6 A; 2AKQ A; 1AEL A; 2OZQ A; 1YWC A; 4GET A; 4U9C A; 4CPH B; 5C0N A; 4XMC A; 2RCQ A; 4O49 A; 4QGW A; 3FIQ A; 2LFO A; 1ZNL A; 1HQP A; 3WXQ A; 5H8T A; 1SRE A; 1GT5 A; 1MVG A; 3F6Z B; 2BS5 A; 4RUU A; 5K67 A; 3U9P C; 4HPC A; 4N7C A; 4ARH A; 1UZ2 X; 5HCD C; 4EXZ A; 4Z2V A; 1LIB A; 1RXH A; 4OEM A; 4CDF A; 1DV9 A; 3VG3 A; 4LZU A; 2FR2 A; 5AJC A; 4I9S A; 4OS3 A; 3ZW1 A; 3KZA A; 4UU2 A; 4ALO A; 1OEE A; 1S2P A; 1ZND A; 3NQ9 A; 4JNJ A; 3PQU A; 2RTJ A; 2FWV A; 4M7M A; 1MX8 A; 1BWY A; 4LKP A; 2L9C A; 3VG7 A; 3ZW0 A; 3ZW1 B; 1ALB A; 2BHV A; 4HFO A; 1SWQ A; 3KQ0 A; 4ML7 B; 3EMM A; 4TQ2 A; 3FYF A; 4FBO A; 2L68 A; 3ZW0 B; 2HLV A; 1R0U A; 1PTS A; 5FAZ A; 4ALB A; 5HZQ A; 1MEP A; 3BX7 A; 1SXY A; 4D6A A; 3U03 A; 1ZNK A; 1VWM B; 3BDR A; 1A3Y A; 2BC3 A; 4BX7 A; 4M6S A; 3KFG A; 4ZHG A; 3HOE A; 4RUN A; 2RTH B; 1LIF A; 4GJV A; 1NGL A; 3V8U A; 3BU1 A; 4YBU A; 5K06 A; 1D3S A; 4KH8 A; 4QZT A; 1JYJ A; 1KT3 A; 4BX7 B; 4D6B A; 2ASN X; 2Y32 A; 3FR4 A; 2CZT A; 4A8Z A; 3BRN A; 1UYO X; 5HTE A; 1SWS A; 1KL4 A; 2G5L A; 2IZI A; 5LJB A; 5LKE A; 2IZE B; 3CMP A; 2POA A; 1VYF A; 2NNE A; 1AVG I; 1MOY A; 1JMZ A; 5HAE A; 1YIV A; 1OPA A; 3WYQ A; 1SLF B; 3B2J A; 1JJU A; 1K24 A; 1SXW A; 3EBW A; 2L5P A; 3C78 X; 4YCE A; 1DFV A; 3PQS A; 3S5X A; 4CPE A; 1BBP A; 5L8I A; 1DZP A; 4HPD A; 1LF7 A; 3OJY C; 3VGW A; 3SZJ A; 3C77 X; 3FLL A; 3P6D A; 3EM0 A; 4MIR A; 1ML7 A; 2HKD A; 3VU1 A; 2RTL A; 3STN A; 1O8V A; 3MBT A; 3UEU A; 1RLB E; 4YKM A; 2RTP B; 1VWL B; 3ZW2 A; 4Z2O A; 2OY7 A; 4YBP A; 2FTB A; 3RZY A; 5KIC A; 1DC9 A; 5KHP A; 1CBR A; 5DG4 A; 3TF6 A; 1MDC A; 2N93 A; 3QQ2 A; 3ZQ3 A; 1I78 A; 4YGG A; 2OVE A; 5BYP A; 1I4U A; 5LJK A; 1LIE A; 3NX2 A; 1VWG B; 2F01 A; 3FMZ A; 1GKA B; 2FR3 A; 3Q34 A; 3ELZ A; 1OEK A; 4NLI A; 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