The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
27
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sequence length |
120
|
structure length |
120
|
Chain Sequence |
KCSLTGKWTNNLGSIMTIRAVNSRGEFTGTYLTAVADNPGNITLSPLLGIQHKRASQPTFGFTVHWNFSESTTVFTGQCFIDRNGKEVLKTMWLLRSSVNDISYDWKATRVGYNNFTRLS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
High-resolution crystal structure of an avidin-related protein: insight into high-affinity biotin binding and protein stability.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Sugar binding protein
|
| source organism |
Gallus gallus
|
| molecule keywords |
Avidin-related protein 4/5
|
| total genus |
27
|
| structure length |
120
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| sequence length |
120
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| chains with identical sequence |
Y
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-12-02 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| X | PF01382 | Avidin | Avidin family |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Lipocalin | Avidin-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4GD9 A; 1MM9 A; 2WPU A; 1KFF A; 3VGW A; 2RTO B; 1VWF B; 1WBI A; 4YVB A; 1SRG A; 1KL4 A; 4OKA A; 2GH7 A; 1IJ8 A; 1AVD A; 1STP A; 2RTJ A; 2OF9 A; 1VWO B; 2RTH B; 1N9Y A; 3RDQ A; 4BX6 B; 1SWC A; 2IZH B; 3MM0 A; 2UZ2 A; 1VWN B; 3MG5 A; 1VWJ B; 1SWG A; 2CAM A; 2IZD B; 2RTE B; 2RTD B; 5CSE A; 1VWM B; 1SRI A; 1N7Y A; 1LDQ A; 1LUQ A; 2MF6 A; 1HQQ A; 4Z2O A; 1MEP A; 1NBX A; 2ZSC A; 1RST B; 1SRF A; 2RTK A; 5IRU A; 1VWD B; 1SWA A; 1SWE A; 4JHQ A; 4BX7 B; 3T6L A; 1SLG B; 5L3Y A; 1SWT A; 1PTS A; 2IZL B; 4Z28 A; 1LCW A; 2C1S A; 1VWA B; 3VHI A; 1SWN A; 3WYP A; 4GGT A; 4BBO A; 2RTI B; 3T6F A; 4BCS A; 2IZK A; 4GDA A; 1Y55 X; 1VWG B; 1LEL A; 1MK5 A; 1VYO A; 3RE5 A; 2AVI A; 1RAV A; 4EKV A; 1HXZ A; 3EW2 A; 1LDO A; 2OF8 A; 3T2W A; 1SRH A; 4CPF A; 1VWQ B; 4BX5 A; 2C4I A; 2RTA A; 3WZO A; 2RTL A; 2Y3E A; 5IRA A; 3T2X A; 4GJV A; 2OFA A; 4GGR A; 1SLF B; 2JGS A; 2RTQ B; 1SWU A; 5K67 A; 4JNJ A; 3RDU A; 1VWB B; 4Z6J A; 1NDJ A; 1SWF A; 5IRW A; 1VWC B; 2RTF B; 3RDM A; 4I60 A; 2UYW A; 5JD2 A; 3RY1 A; 1SRE A; 4CPE A; 1NQN A; 3RDX A; 1SWQ A; 4BJ8 A; 2A5C A; 3VHM A; 1RXJ A; 1RXH A; 1VWE B; 1NQM A; 4Y59 A; 2FHN X; 2IZC B; 2Y3F A; 5B5G A; 1N4J A; 4GJS A; 1LCZ A; 1KL5 A; 2A5B A; 4Z27 A; 1SWS A; 1VWI B; 2Y32 A; 1VWR B; 1KL3 A; 1N9M A; 1SWP A; 1SWH A; 2C1Q A; 2RTB B; 3FDC A; 4BX7 A; 1SWJ A; 3PK2 A; 1NC9 A; 4CPI A; 4JO6 A; 3EW1 A; 1Y52 X; 2BC3 A; 3SZI A; 1VWL B; 2RTM A; 1STS B; 2F01 A; 2IZI A; 5K68 A; 4BX5 B; 2A8G A; 2RTR B; 2IZF B; 3WYQ A; 4CPH A; 4BX6 A; 4Z2P A; 2RTG B; 2OFB A; 3VHH A; 1SWB A; 1SWL A; 2RTP B; 1LCV A; 1MOY A; 2IZE B; 1N43 A; 1RXK A; 5CHK A; 4Y5D A; 3WZP A; 4CPH B; 3RDS A; 1SWR A; 2IZB A; 3RDO A; 1RSU B; 4Z2V A; 1HXL A; 3SZH A; 3WZN A; 1SWK A; 1I9H A; 1STR B; 2IZJ A; 2RTN B; 4IRW A; 4U46 A; 3RE6 A; 1SWO A; 3SZJ A; 1VWK B; 1SLE B; 2FHL A; 1SLD B; 1VWH B; 1DF8 A; 4GGZ A; 2G5L A; 1SWD A; 3X00 A; 4DNE A; 2RTC B; 1AVE A; 1SRJ A; 1VWP B; 2IZA A; 5F2B A; 3RY2 A; 1Y53 X; 2IZG B; 1HY2 A; 2QCB A; 3WZQ A; 5B5F A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1MM9 A; 1X8U A; 3BSZ E; 1KFF A; 3V8U A; 1KT3 A; 1LIC A; 2MJI A; 4I9S A; 2RTO B; 1VWF B; 2JN3 A; 4YVB A; 2RQ0 A; 1KL4 A; 2HZQ A; 4HPD A; 1IJ8 A; 1AVD A; 1GT3 A; 2QO5 A; 3KFF A; 5EPQ A; 1IW2 A; 2RA6 A; 2HZR A; 4ES7 A; 2JU3 A; 4DQ3 A; 1VWO B; 4MIR A; 4LKP A; 2CBS A; 3HTY A; 5HA1 A; 2OL6 O; 3MM0 A; 4WFV A; 1VWJ B; 4PSQ A; 2OYB O; 2IZD B; 2RTE B; 4KH8 A; 5CSE A; 4AZP A; 1KT7 A; 4ZH9 A; 2BLG A; 1HQQ A; 5KID A; 3WOV A; 4BQU A; 1E02 A; 3HWE A; 1JIW I; 1VWD B; 1SWA A; 4YFR A; 4NV8 A; 3IA8 A; 4RUN A; 3WJF A; 3LTW A; 4OS3 A; 3B2K A; 2QMI A; 3APX A; 4ZGF A; 2JU8 A; 2L5P A; 3RZY A; 4GGT A; 2R73 A; 4NNS A; 3T6F A; 4GDA A; 1VWG B; 1MK5 A; 1ZNK A; 1DZM A; 1KOI A; 1CBQ A; 1OBP A; 1SA8 A; 1LDO A; 4NW4 A; 3U9P C; 4BOE A; 4CPF A; 5KHP A; 1FE3 A; 1VWQ B; 1JYJ A; 1DC9 A; 4I3C A; 1A57 A; 1IKJ A; 3PQS A; 1SXX A; 4Y0P A; 3OJY C; 3T2X A; 1GKA A; 3CKF A; 1ZNE A; 2FWV A; 4GGR A; 4A60 A; 5HWZ A; 3T1D A; 5L8O A; 1JJJ A; 1TXL A; 3NQ9 A; 5K67 A; 2ACO A; 4QNI A; 2RTF B; 4ORU A; 3CQR A; 4M6S A; 2RCQ A; 3FYF A; 5F7G A; 1G7N A; 1QAB E; 2WR6 A; 1NQN A; 1GKA B; 3NX1 A; 4MVE A; 4CPE A; 2A5C A; 4M7M A; 4QYP A; 1OEJ A; 4KCA A; 2NND A; 1RXJ A; 5LJG A; 2RCT A; 1G74 A; 2IZC B; 3CBC A; 4YCH A; 1ERX A; 1BRP A; 4Z27 A; 3WVM A; 1SWS A; 4GJS A; 1TOU A; 4ZCB A; 1CBS A; 1EQD A; 1D2U A; 4I95 A; 4O3X B; 1TVQ A; 5AJB A; 2RTB B; 2Q2M A; 4GUZ A; 5H9N A; 5H9L A; 2GTF X; 4CPI A; 2VDF A; 2FRS A; 4JO6 A; 3EW1 A; 1U17 A; 3BDR A; 2HYS A; 4HPB A; 3SZI A; 1LIE A; 4U8U N; 4ZHH A; 4ARH A; 2IZI A; 3BX8 A; 2W2B A; 2WEX A; 4FQB B; 1K3B A; 4O4U A; 5K68 A; 4O4O A; 2AH7 X; 4CSB A; 1JMX A; 1QG5 A; 1LIB A; 3TF6 A; 3FA6 A; 4ZGU A; 4IB8 A; 4WHI A; 1GGL A; 2LA7 A; 2RTG B; 4ZFX A; 5BYP A; 3VHH A; 3H3I A; 1QY2 A; 4DQ4 A; 1QY0 A; 1EI5 A; 1LCV A; 3WJD A; 5CHK A; 3D4R A; 3OD9 A; 1NGL A; 4Y5D A; 5LKF A; 3WZP A; 4D6A A; 3RDS A; 4EXZ A; 4U8U M; 1SWR A; 1Y9T A; 2IZB A; 2XKL A; 2KT4 B; 1DZP A; 1U18 A; 3FW4 A; 3KFI A; 4IB9 A; 2L68 A; 4YDB A; 3APU A; 2AF5 A; 4IRW A; 4BX7 A; 2IZJ A; 2AT3 X; 3L4R A; 4MVK A; 3RE6 A; 1E5P A; 2CM9 A; 3O2Y A; 3B2I A; 5HZ8 A; 4QGV A; 5B29 A; 1MDC A; 1ALB A; 1SY0 A; 1OBQ A; 2CBR A; 2FR2 A; 2I5Z O; 2W2F A; 4A8Z A; 4DNE A; 2KD2 A; 4ZH6 A; 2LBA A; 1SRJ A; 3PH6 A; 5F2B A; 5HA0 A; 3HWG A; 3KFH A; 3RY2 A; 5L8N A; 3FA7 A; 1I4U A; 2OL7 A; 1AB0 A; 1HY2 A; 1ERB A; 3NPO A; 5B2A O; 2OY8 A; 4ON1 A; 3WZQ A; 2WPU A; 2ZAG A; 3P6E A; 2AT6 X; 2KW1 A; 3NQ3 A; 1WBI A; 4GRJ A; 3HPE A; 3PP6 A; 3UEX A; 1B56 A; 2OVE A; 3LV4 A; 4YKM A; 3FIQ A; 1QFV A; 2Z4I A; 4BX6 B; 4XMD A; 1SWC A; 2IZH B; 2GTL N; 3P6G A; 2X55 A; 5LJH A; 3ZQ3 A; 1CJ5 A; 3CMP A; 4D6B A; 1S2P A; 1A2D A; 1VWM B; 2Q39 A; 5EDB A; 3RWX A; 1KT6 A; 2YG2 A; 1QQS A; 1N7Y A; 1X8P A; 1YWD A; 3TGB A; 5AQ6 A; 2I5V O; 4AYH A; 1SMP I; 5HTD A; 2JMB A; 1W5R A; 1SRF A; 4I9R A; 1OPA A; 5IRU A; 4BGF A; 1SWE A; 3JQO A; 4CV7 A; 4OS0 A; 1ICN A; 1SLG B; 1Y9L A; 3EM0 A; 4AZQ A; 1PTS A; 2BS6 A; 2GTL M; 1X8N A; 2W2A A; 3MBT A; 4IB6 A; 4XMC A; 1BSO A; 2DM5 A; 2NNE A; 4ODD A; 2RTI B; 1EII A; 4BCS A; 2IZK A; 4ZR2 A; 2OVA A; 1Y55 X; 3G7X A; 4RUU A; 5DPQ A; 3RE5 A; 2Q4N A; 2AVI A; 1B8E A; 3CKG A; 1T8V A; 2RD7 C; 1HXZ A; 4ALB A; 2XST A; 1PM1 X; 4UU3 A; 2OF8 A; 3D9W A; 5CYB A; 4BX5 A; 2GC9 A; 5BVT A; 2CZT A; 2IFB A; 4OMW A; 2Q9S A; 2RTA A; 1TOW A; 2QOM A; 2RTL A; 2X32 A; 4YKO A; 5IRA A; 1GXA A; 3FR4 A; 1SLF B; 2EU7 X; 1HMS A; 1IIU A; 1PEE A; 2RTQ B; 2OY1 O; 3PEC A; 3S26 A; 4JNJ A; 3MX7 A; 1GT1 A; 3RDU A; 3NBX X; 2OY5 O; 4Z6J A; 1CBI A; 3RDM A; 3AKM A; 1JV4 A; 1IKE A; 4LQZ A; 4LZV A; 5B5F A; 1I05 A; 4BJ8 A; 1S7D A; 3HOE A; 3D97 A; 2BHV A; 4U9C A; 2RN4 A; 1FEN A; 5B5G A; 2Y3F A; 4AZM A; 1ML7 A; 5FEN A; 1N4J A; 1BM5 A; 3VG6 A; 4O3Y A; 1KXO A; 3VG2 A; 1VWR B; 1DFV A; 3NX2 A; 1FEM A; 3EC5 A; 1HMR A; 1YWB A; 2X46 A; 1SWP A; 5AEO A; 1CRB A; 2C1Q A; 2HNX A; 3BLG A; 4YFQ A; 1PBY A; 3PK2 A; 4ORW A; 5KIC A; 1IFC A; 1E2T A; 2AT5 X; 4QGW A; 1YWA A; 3TGC A; 1GX3 A; 3PH5 A; 1YP6 A; 5IO7 A; 1VWL B; 1O1U A; 5LJE A; 5LJC A; 4IBA A; 3STN A; 3VG3 A; 4UU2 A; 1T68 X; 2OVS A; 2QO6 A; 2RTR B; 2WWP A; 3CBS A; 5FQ6 E; 4GKC A; 1EXS A; 3GE2 A; 2MM3 A; 2GTL O; 5DG4 A; 1E06 A; 3EBW A; 1D3S A; 3AUM O; 1QY1 A; 3PDF A; 5F58 A; 1KT5 A; 3IFB A; 2G79 A; 1RBP A; 1SWL A; 1KQW A; 2RTP B; 5FQ7 E; 3WXQ A; 1MOY A; 2IZE B; 3ZW2 A; 3U03 A; 3Q6L A; 4R0B A; 4YGG A; 5HZQ A; 3SOT A; 1SXY A; 4JGL A; 2R56 A; 5F6Z A; 3BRN A; 4Z2V A; 3ELX A; 1ACD A; 4IMN A; 3FA8 A; 1I9H A; 1STR B; 1VYG A; 1VPR A; 4AZN A; 3SAO A; 1AQB A; 1KZX A; 3CWK A; 1LID A; 4O4S A; 5IO6 A; 1VWH B; 3P6D A; 4Y0Q A; 4IB7 A; 1SWD A; 3X00 A; 3KFG A; 3C78 X; 4QQ1 A; 1YWC A; 1AVE A; 2GJ5 A; 2A2G A; 3DSZ A; 1T0V A; 2FGS A; 3ZUI A; 2IZG B; 2QCB A; 4QZU A; 5K06 A; 3UEU A; 2ACP X; 4AZR A; 5HZ6 A; 1B4M A; 4TJZ A; 2HLV A; 2X45 A; 3KZA A; 4QZT A; 3VGW A; 1SY1 A; 2BS5 A; 4WFU A; 2GH7 A; 3QKG A; 4GET A; 2N93 A; 4BVM A; 1JBH A; 3EMM A; 1SXU A; 2OY7 A; 3ZUO A; 5HCC C; 1DV9 A; 1HBQ A; 3TGA A; 2OVD A; 2E4J A; 2O62 A; 2UZ2 A; 4TNN A; 2AT8 X; 4AZO A; 3HWF A; 1SWG A; 2CAM A; 2M4L A; 4OS8 A; 5B11 O; 2QOS C; 4ID2 A; 4ZHC A; 5EZ2 A; 3P6C A; 1P6P A; 4YDA A; 3BX7 A; 1MEP A; 1K24 A; 4ORS A; 2ZSC A; 2FT9 A; 2YMS A; 4JHQ A; 4O4X A; 3JS1 A; 1X8O A; 5B27 A; 3FEK A; 5HTE A; 3S5V A; 4BX7 B; 5L3Y A; 2IZL B; 5HAE A; 3WYP A; 3VHI A; 1VWA B; 4FBV A; 1SWN A; 4ZHF A; 3ZW1 A; 1IFB A; 2NNQ A; 4WBK A; 1UZ2 X; 2JW1 A; 3FMZ A; 1W4T A; 1VYO A; 2AL0 X; 2OFR X; 3BU9 A; 3K3L A; 3OE3 A; 1RAV A; 2BT9 A; 3SLO A; 1JJX A; 1YUP A; 1ZNL A; 1FEL A; 5LJD A; 4I6S A; 5FFH A; 2JU7 A; 3CQN A; 1BLR A; 4HWM A; 1JYD A; 1SRH A; 3T2W A; 2WQA E; 4YBU A; 2A2U A; 3ZW1 B; 2C4I A; 1EAL A; 4LKT A; 3WZO A; 1I04 A; 4A1Y A; 1EUO A; 2Y3E A; 1RLB E; 1XKI A; 2WSJ A; 3I0A A; 4GJV A; 5AJC A; 3E3C A; 2OFA A; 4ML7 B; 3F9D A; 1Z24 A; 4NYR A; 4O3W A; 1G85 A; 1SWU A; 1OSP O; 4TKB A; 3B2J A; 1OPB A; 1SWF A; 1O8V A; 1B0O A; 1VWC B; 2AT0 X; 3APW A; 4L3R A; 3P6H A; 3ZW0 A; 4Y0S A; 5JD2 A; 2ASN X; 1JQP A; 4QAE A; 2Z4H A; 3EBK A; 1SWQ A; 1GT4 A; 3D96 A; 1RXH A; 4HPA A; 1MX7 A; 5JR8 A; 2FHN X; 5H9A A; 3VE1 A; 4DCB A; 1ZRY A; 1LIF A; 1I78 A; 3AKN A; 3NQK A; 1OBU A; 1H91 A; 1ZNG A; 1KL5 A; 3JSQ A; 2A5B A; 2KTS A; 4GE1 A; 3VU1 A; 1VWI B; 4U8U O; 2Y32 A; 2X34 A; 3FR5 A; 4EFG A; 4TKH A; 5F6B A; 4MEE A; 1NP1 A; 1EIO A; 5HCD C; 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