The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
16
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sequence length |
135
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structure length |
135
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Chain Sequence |
MIMVSGCQQQKEETPFYYGTWDEGRAPGPTDGVKSATVTFTEDEVVETEVMEGRGEVQLPFMAYKVISQSTDGSIEIQYLGPYYPLKSTLKRGENGTLIWEQNGQRKTMTRIESKTGREEKDEKSKSLEHHHHHH
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution NMR structure of protein yxeF , Northeast Structural Genomics Consortium target Sr500a
rcsb |
| molecule keywords |
Hypothetical protein yxeF
|
| molecule tags |
Lipid binding protein
|
| source organism |
Bacillus subtilis
|
| total genus |
16
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| structure length |
135
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| sequence length |
135
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-04-10 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF11631 | DUF3255 | Protein of unknown function (DUF3255) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Lipocalin | Lipocalin |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5IO7 A; 1ICM A; 3VG5 A; 1B0O A; 1URE A; 4GNW A; 3U0D A; 3C78 X; 4IMO A; 1A57 A; 4MVK A; 5EED A; 4AYH A; 1T8V A; 2L9C A; 5LKF A; 4Y0S A; 2AT8 X; 3U9P C; 1QY2 A; 2ACP X; 3NQ3 A; 3ZUO A; 1HBP A; 1SXX A; 4IBA A; 4D6A A; 4ALB A; 2NP1 A; 3APW A; 5H9N A; 2A2U A; 1LFO A; 1GT1 A; 1X8N A; 3EMM A; 1G85 A; 1JYD A; 1IKE A; 3HK1 A; 2OFR X; 1AVG I; 1QFT A; 4LZU A; 3CQN A; 4TKB A; 4ALO A; 4EFG A; 3L4R A; 1BRP A; 3PH5 A; 2JU7 A; 1ALB A; 1GT5 A; 1JJX A; 2ANS A; 3KFH A; 3FR4 A; 3WBG A; 3BS2 A; 4RUU A; 2WEW A; 5F1E A; 5HZ6 A; 3UEU A; 3B2H A; 3P6H A; 4I9R A; 3WJC A; 3P6F A; 1EII A; 2X46 A; 4GET A; 2FR3 A; 4XMG A; 5AQ6 A; 4YKM A; 4ZHF A; 1QFV A; 1NP1 A; 1S44 A; 2FRS A; 3CQR A; 3D97 A; 5F6B A; 1SY3 A; 1BRQ A; 5EEE A; 1QY1 A; 1YWC A; 4YBU A; 3VG7 A; 1G5W A; 1KQW A; 1OBQ A; 4NNT A; 4ORU A; 2WSJ A; 5H8T A; 3TZS A; 2A3F X; 5EDC A; 3PP6 A; 4ZH9 A; 4YFR A; 1IFC A; 1OBP A; 3KZA A; 1KGL A; 3ZUI A; 3NR3 A; 5HTE A; 2W2F A; 2L67 A; 1KT7 A; 4IB9 A; 1OPB A; 2YG2 A; 1OPA A; 2LBA A; 1ACD A; 1BBP A; 1VYG A; 5HZQ A; 1KZW A; 2OVE A; 5BVT A; 4N7D A; 2KTD A; 2HNX A; 4IB6 A; 2AT6 X; 3FR5 A; 2AT0 X; 2P8G A; 3EM0 A; 3BU1 A; 1KOI A; 1GM6 A; 2HLV A; 4YFQ A; 3AKM A; 3ELZ A; 5L8O A; 2GC9 A; 5HCE C; 4A60 A; 4NYR A; 1ZNG A; 5KID A; 4NYQ A; 4MVL A; 1X8U A; 3BY0 A; 1E02 A; 1YWD A; 3EBK A; 1T0V A; 2RCQ A; 1IFB A; 2AT3 X; 5HZ5 A; 1ICN A; 1BWY A; 3HWF A; 1CBQ A; 4YGZ A; 4TKJ A; 4OMW A; 4ES7 A; 1EXS A; 3O19 A; 5L8I A; 1N0S A; 4RUN A; 2GJ5 A; 2F73 A; 4QGV A; 4OS3 A; 2AKQ A; 3NX2 A; 3IA8 A; 4TNN A; 1YP6 A; 2X45 A; 4ORY A; 5EPQ A; 5HWZ A; 1Z24 A; 4GNY A; 4IAX A; 4EXZ A; 4WBK A; 3MVF A; 4AW8 A; 2HZQ A; 3BRN A; 4MVI A; 4YGG A; 4YCE A; 4ZHG A; 5KIC A; 1SXU A; 1ADL A; 2A13 A; 1AB0 A; 2NND A; 1XKI A; 1SXY A; 4D6B A; 3ZQ3 A; 2FTB A; 4ORS A; 1GT3 A; 4A8Z A; 4AZP A; 1CBR A; 4XMC A; 4KII A; 3HWD A; 3WJE A; 4OMX A; 1I06 A; 1KT3 A; 2R56 A; 2BLG A; 1MVG A; 3NQ9 A; 1O1U A; 1VYF A; 1DZJ A; 3PPT A; 3FEN A; 1I04 A; 3P6D A; 1T68 X; 4OS0 A; 1SY0 A; 5EDB A; 3UEX A; 4AZM A; 2N93 A; 2CZT A; 5HZ8 A; 5LKE A; 4IB7 A; 4IMN A; 4ORR A; 5F7G A; 1FE3 A; 4AZO A; 1HMS A; 1SY1 A; 1QY0 A; 5LJC A; 5H9L A; 3K3L A; 2FS7 A; 5FAZ A; 2W2B A; 3BLG A; 4HPC A; 1A3Y A; 3FLL A; 2RD7 C; 3VG3 A; 2OVA A; 2RCT A; 4I3B A; 2XKL A; 4BVM A; 2L5P A; 4YDA A; 3ELX A; 2O62 A; 1L6M A; 3P6C A; 3FEL A; 4TLJ A; 5HCD C; 3B2I A; 3FIQ A; 2JU3 A; 3I0A A; 1X89 A; 5C0N A; 4UU3 A; 4TQ2 A; 1KQX A; 1DV9 A; 4ZH6 A; 1FEN A; 2HZR A; 3NAD A; 2LFO A; 4O9S A; 1AQB A; 2AL0 X; 2WQA E; 1EIO A; 1BSQ A; 1RBP A; 2HMB A; 5F58 A; 1KXO A; 3CBC A; 4ZHC A; 1U18 A; 3STM X; 3OJY C; 5K06 A; 3C76 X; 3TGA A; 1BSY A; 4AZN A; 1GT4 A; 4QGW A; 1X8P A; 1XCA A; 4IAW A; 4XMD A; 4HFO A; 5LJG A; 3B2K A; 2L68 A; 4WFV A; 1YWB A; 5HCC C; 1DF3 A; 3CWK A; 3F9D A; 3FA9 A; 2QM9 A; 4Y0P A; 1D2U A; 1P6P A; 3APX A; 3FW5 A; 1GX9 A; 1LF7 A; 1S7D A; 2G7B A; 4LKT A; 2WR6 A; 5HA1 A; 3O22 A; 1OEK A; 5DPQ A; 5FEN A; 1GXA A; 4WFU A; 1ML7 A; 3KFF A; 1LIF A; 4QZT A; 3I17 A; 1MX7 A; 4ZFX A; 3AKN A; 2EU7 X; 4OS8 A; 2Q4N A; 3WXQ A; 1PMP A; 3TGB A; 1A2D A; 1RLB E; 2ALL X; 3MBT A; 4YH0 A; 4YKO A; 3JS1 A; 3C77 X; 1KT4 A; 2QO4 A; 4GKC A; 3STK A; 3IFB A; 4M7M A; 2G78 A; 2CZU A; 1CBS A; 1QG5 A; 3DTQ A; 1ZNE A; 1OBU A; 4HPB A; 2FS6 A; 1KZX A; 5D47 A; 3F8A A; 1ZRY A; 4XMF A; 5HBS A; 3P6G A; 3BSZ E; 4ZR2 A; 1YUP A; 1HMT A; 5DG4 A; 5LJB A; 1YIV A; 1PEE A; 2FLJ A; 1I4U A; 5D48 A; 1DFV A; 3CR6 A; 4ZGU A; 2OZQ A; 2Q9S A; 1FDQ A; 2G79 A; 2IFB A; 4I3C A; 5HA0 A; 1H91 A; 4LKP A; 1G7N A; 1U17 A; 2QO5 A; 4BQU A; 4I9S A; 4ODD A; 3BDR A; 4R0B A; 1JJJ A; 1QWD A; 3P6E A; 2K23 A; 1PBO A; 2CBS A; 1BEB A; 1X8Q A; 2CM9 A; 1MX8 A; 5CE4 A; 1KT6 A; 1SA8 A; 3FA8 A; 1JZU A; 2GTF X; 1U0X A; 5BVS A; 3NX1 A; 1NP4 A; 3BX8 A; 5EZ2 A; 2OVD A; 2HYS A; 4XMH A; 1FTP A; 4XME A; 3S26 A; 4AZQ A; 3FR2 A; 2CM4 A; 3CBS A; 1MDC A; 1E5P A; 2LB6 A; 5LJH A; 2QOS C; 2A0A A; 2LKK A; 2RA6 A; 1UZ2 X; 2MO5 A; 1VPR A; 4YMY A; 1X71 A; 1DC9 A; 2ACO A; 4AZR A; 3HWG A; 1LIE A; 3B2J A; 4CK4 A; 1B56 A; 2JOZ A; 3PED A; 4Y0Q A; 1SXW A; 2NNE A; 1ERX A; 1JYJ A; 1QAB E; 2E4J A; 3VG6 A; 4Y0R A; 4QYP A; 5H9A A; 4TKH A; 1BSO A; 1HQP A; 3WJG A; 2LBV A; 1EUO A; 1IIU A; 1KT5 A; 3D95 A; 4YDB A; 4ZJ0 A; 3APU A; 4A1H A; 5F6Z A; 5KHP A; 1IW2 A; 1EQD A; 4HPA A; 1O8V A; 2DM5 A; 1IKJ A; 2KT4 B; 3D96 A; 4DQ3 A; 1LNM A; 2RQ0 A; 1ZNH A; 1MUP A; 1TOU A; 5LJD A; 4TJZ A; 4NNS A; 2NNQ A; 3UEW A; 4ORW A; 4UU2 A; 4EEJ A; 4ZHD A; 1GKA A; 4N7C A; 1ERB A; 1TW4 A; 1CJ5 A; 2K62 A; 5HTD A; 3KQ0 A; 3EYC A; 2JN3 A; 3U03 A; 1QQS A; 1OEJ A; 4LZV A; 5H9K A; 2AMM X; 1FEL A; 1YP7 A; 5IO6 A; 5HAE A; 1X8O A; 4YGH A; 3DSZ A; 3BX7 A; 4IB8 A; 3VG2 A; 1B8E A; 5B29 A; 5D8J A; 1EPA A; 4PSQ A; 3FA6 A; 4GE1 A; 2XST A; 4YFP A; 1LID A; 4NP1 A; 1ZNL A; 3HWE A; 1HN2 A; 1TXL A; 1BLR A; 4I3D A; 3WJF A; 4YCH A; 5JR8 A; 1E00 A; 2A2G A; 3TF6 A; 1EW3 A; 5FFH A; 2CBR A; 3PH6 A; 1ZNK A; 3FEK A; 4YBP A; 3B2L A; 1ZND A; 4NLJ A; 3VG4 A; 3RZY A; 4DQ4 A; 1D3S A; 5D4A A; 4A1Y A; 1O1V A; 1E06 A; 2QO6 A; 1CRB A; 2W2A A; 3UEV A; 1NGL A; 2OFM X; 1LKE A; 3KFI A; 2R74 A; 2MM3 A; 1DZK A; 2Q39 A; 2JU8 A; 4QYN A; 1I05 A; 3Q6L A; 3SAO A; 5LJE A; 3TGC A; 3GAQ A; 3NP1 A; 5LJK A; 1LIB A; 3CMP A; 4GH7 A; 4M6S A; 4GRJ A; 4NLI A; 2AT5 X; 3WVM A; 1B4M A; 3FEP A; 1BM5 A; 4ORX A; 3PEC A; 1JBH A; 4HPD A; 1DZP A; 1S2P A; 1GX8 A; 3STN A; 3G7X A; 1JV4 A; 1LPJ A; 2AH7 X; 1YWA A; 2WWP A; 4ARH A; 5IO5 A; 2WEX A; 1A18 A; 1TOW A; 5HZ9 A; 1SY2 A; 1LIC A; 2FWV A; 3RSW A; 1EAL A; 1HMR A; 5D45 A; 1GKA B; 2FT9 A; 2R73 A; 3T1D A; 4BOE A; 3KFG A; 1HBQ A; 3FW4 A; 4QZU A; 2PY1 A; 1DZM A; 4EDE A; 1G74 A; 5BVQ A; 5B27 A; 2ASN X; 2WQ9 A; 2MJI A; 3FA7 A; 2FR2 A; 5L8N A; 1CBI A; 3WJD A; 1OEE A; 3NPO A; 3EBW A; 3APV A; 2Q2M A; 3WJB A; 4ZHH A; 4QGX A; 3BU9 A; 4ZCB A; 1PM1 X; 3JSQ A; 1AEL A; 2Q2P A; 3O2Y A; 1R0U A; 2POA A; 1GGL A; 4K19 A; 1FEM A; 3QKG A; 1EPB A; 1BJ7 A; 2WUT A; 3FMZ A; 1TVQ A; 4QAE A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3FID A; 1ICM A; 5IO7 A; 3RDO A; 3VG5 A; 1RXJ A; 1B0O A; 4BBO A; 4ON1 A; 1URE A; 2OY8 A; 4GNW A; 3C78 X; 4IRW A; 4IMO A; 3U0D A; 4MVK A; 5EED A; 1A57 A; 1MM9 A; 5IRW A; 4AYH A; 4BX7 A; 1T8V A; 2L9C A; 4BX5 B; 2YMS A; 5LKF A; 2BT9 A; 4OKA A; 4Y0S A; 2OY7 A; 2AT8 X; 2OVS A; 3U9P C; 2QCB A; 1OSP O; 3QQ2 A; 1QY2 A; 1RSU B; 2JW1 A; 2X32 A; 2ACP X; 3NQ3 A; 3ZUO A; 1HBP A; 1SXX A; 2BS6 A; 4IBA A; 4CDE A; 2UZ2 A; 1NC9 A; 4I60 A; 1JQP A; 4QNI A; 4D6A A; 4ALB A; 2NP1 A; 3APW A; 5H9N A; 2A2U A; 1LFO A; 1GT1 A; 4GUZ A; 4KT5 A; 1SWJ A; 1X8N A; 2X8F A; 3H3I A; 3EMM A; 1G85 A; 1JYD A; 4MEE A; 1IKE A; 2BSZ A; 3HK1 A; 2OFR X; 1AVG I; 1QFT A; 4LZU A; 3CQN A; 5JD2 A; 3T2X A; 4ALO A; 3ZW0 B; 4EFG A; 4TKB A; 3L4R A; 1BRP A; 3PH5 A; 1FJ1 E; 1ALB A; 2JU7 A; 2X8S A; 4KC7 A; 1GT5 A; 2IZI A; 4ZJ0 A; 1JJX A; 4CPH A; 2ANS A; 3KFH A; 4O49 A; 2X8T A; 3FR4 A; 3WBG A; 3BS2 A; 3RE5 A; 4RUU A; 1VWC B; 2WEW A; 5F1E A; 5HZ6 A; 2VDF A; 3UEU A; 4COT A; 3B2H A; 1MOY A; 3P6H A; 4I9R A; 3WJC A; 3P6F A; 1EII A; 2X34 A; 2X46 A; 4GET A; 2FR3 A; 4XMG A; 5AQ6 A; 4O4S A; 2UYW A; 4OEL A; 4YKM A; 4ZHF A; 1QFV A; 1NP1 A; 1S44 A; 1VWQ B; 2FRS A; 3CQR A; 3D97 A; 5F6B A; 1HY2 A; 1SY3 A; 1BRQ A; 5EEE A; 2IZH B; 3VHI A; 2IZE B; 1QY1 A; 1YWC A; 4U9C A; 1VYO A; 4YBU A; 3VG7 A; 3VU1 A; 1G5W A; 4O3X B; 2RTG B; 4BX5 A; 1KQW A; 1OBQ A; 4NNT A; 4NV7 A; 4ORU A; 3S60 A; 2WSJ A; 3RBY A; 5H8T A; 3TZS A; 2A3F X; 5EDC A; 3PP6 A; 4CDC A; 4ZH9 A; 4YFR A; 1W6F A; 1IFC A; 1OBP A; 2Y3F A; 3KZA A; 3ZUI A; 1KGL A; 3SLJ A; 3GE2 A; 3NR3 A; 2QMI A; 5HTE A; 2W2F A; 2L67 A; 1KT7 A; 4IB9 A; 1OPB A; 2YG2 A; 1OPA A; 4GZV A; 2RTM A; 4NW4 A; 2LBA A; 1ACD A; 3HOL A; 1BBP A; 4ID2 A; 1K24 A; 1VYG A; 5HZQ A; 1KZW A; 2OVE A; 5BVT A; 4N7D A; 2KTD A; 4U3Q A; 2HNX A; 1STR B; 4IB6 A; 2AT6 X; 3FR5 A; 2AT0 X; 2P8G A; 3EM0 A; 3WZN A; 3BU1 A; 1KOI A; 5B5F A; 1GX3 A; 1GM6 A; 1LCV A; 3RDQ A; 1JIW I; 2HLV A; 4YFQ A; 4BX7 B; 5IXG A; 3AKM A; 3ELZ A; 4DCB A; 1SLG B; 2GC9 A; 5HCE C; 4PJ2 A; 4NYR A; 1ZNG A; 4A60 A; 5KID A; 4NYQ A; 4MVL A; 3PQU A; 1X8U A; 3BY0 A; 5B27 A; 3VPJ E; 5K67 A; 1E02 A; 1YWD A; 3EBK A; 2PI3 O; 1T0V A; 4U8U N; 2RCQ A; 1IFB A; 2AT3 X; 5HZ5 A; 1SWO A; 4INN A; 5CYB A; 3UAQ A; 1ICN A; 1BWY A; 3HWF A; 1CBQ A; 1RAV A; 2WPU A; 4YGZ A; 5BYP A; 4TKJ A; 4O4O A; 4OMW A; 4ES7 A; 1EXS A; 3O19 A; 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