The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
48
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sequence length |
175
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structure length |
175
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Chain Sequence |
TKTFKTLDDFLGTHFIYTYDNGWEYEWYAKNDHTVDYRIHGGMVAGQWVTDQKADIVMLTEGIYKISWTEPTGTDVALDFMPNEKKLHGTIFFPKWVEEHPEITVTYQNEHIDLMEQSREKYATYPKLVVPEFANITYMGDAGQNNEDVISEAPYKEMPNDIRNGKYFDQNYHRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
P-Coumaric Acid Decarboxylase from Lactobacillus Plantarum: Structural Insights Into the Active Site and Decarboxylation Catalytic Mechanism.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
P-COUMARIC ACID DECARBOXYLASE
|
| molecule tags |
Lyase
|
| source organism |
Lactobacillus plantarum
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| total genus |
48
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| structure length |
175
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| sequence length |
175
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-10-29 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF05870 | PA_decarbox | Phenolic acid decarboxylase (PAD) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Lipocalin | Lipocalin |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4UU2 A; 4HPB A; 1EIO A; 4YGZ A; 3PPT A; 3FW5 A; 4XMH A; 1QAB E; 2FT9 A; 4RUU A; 2AL0 X; 3BX8 A; 4IAX A; 4GE1 A; 1D2U A; 2N93 A; 3NX1 A; 1B0O A; 3FMZ A; 2QM9 A; 4QZU A; 1I04 A; 2W2A A; 2WWP A; 4GNW A; 4QGX A; 3WJG A; 1JJX A; 3NQ9 A; 3U9P C; 4XME A; 3WJD A; 3ZQ3 A; 1BLR A; 1X89 A; 4M6S A; 4QZT A; 2Q39 A; 1T8V A; 1ZNL A; 2FTB A; 2LBA A; 3U03 A; 1X71 A; 3FR5 A; 1N0S A; 1ZNG A; 1OEK A; 3D96 A; 3JSQ A; 1KT7 A; 3APX A; 3UEX A; 1IFB A; 1DV9 A; 5LKE A; 4IAW A; 3O2Y A; 5BVT A; 2CM4 A; 3U0D A; 3B2I A; 1ERX A; 1HMS A; 1KGL A; 1RBP A; 3CQR A; 1JJJ A; 5DPQ A; 1U17 A; 5EED A; 1JZU A; 3FEP A; 4Y0S A; 1FEM A; 3RZY A; 1NP4 A; 2L67 A; 4YKO A; 4XMG A; 4TNN A; 3HWG A; 5D48 A; 3AKN A; 4Y0Q A; 5HA0 A; 4BVM A; 2LBV A; 1I06 A; 5HBS A; 3EMM A; 5FEN A; 3SAO A; 3K3L A; 2O62 A; 3C78 X; 3NAD A; 2X46 A; 1HMR A; 3DTQ A; 3IFB A; 1B4M A; 4D6A A; 1FEL A; 1QWD A; 1EII A; 2P8G A; 1AVG I; 1LIC A; 4TLJ A; 3S26 A; 2FRS A; 4NLI A; 1X8U A; 3NX2 A; 3STK A; 2JU3 A; 4AZO A; 2HMB A; 2AT3 X; 3FA8 A; 3IA8 A; 5F1E A; 1EAL A; 4AW8 A; 1YWD A; 4ZH6 A; 4QGV A; 5HTE A; 1KQX A; 5F6Z A; 5LKF A; 4ZHH A; 1ICN A; 1MDC A; 5F58 A; 3WJB A; 2YG2 A; 5HZ8 A; 4YFR A; 4TKB A; 1YWB A; 4R0B A; 4LKP A; 4IB7 A; 1GM6 A; 4IMO A; 3O22 A; 3L4R A; 5LJC A; 2MM3 A; 1GT3 A; 2NNQ A; 4AZR A; 3Q6L A; 2MO5 A; 4LZV A; 2G79 A; 4ARH A; 1QFV A; 3MBT A; 5L8N A; 2MJI A; 2WR6 A; 1YWC A; 3KFF A; 1SY0 A; 1ML7 A; 1TOW A; 4OMX A; 2JU8 A; 2FS7 A; 4GET A; 1ERB A; 3ZUO A; 1CJ5 A; 4YFP A; 3VG5 A; 2QO6 A; 1BRP A; 5KHP A; 1KXO A; 4I9R A; 2L68 A; 1ADL A; 2RCQ A; 4ORX A; 1AEL A; 5HWZ A; 1XKI A; 4HPD A; 5EZ2 A; 2QO4 A; 2KTD A; 1LKE A; 4YFQ A; 4YCE A; 4YBU A; 1B56 A; 1IFC A; 2EU7 X; 2AT0 X; 2X45 A; 3D97 A; 3B2L A; 5IO5 A; 3APW A; 1BBP A; 1MVG A; 2HLV A; 3HWE A; 3I0A A; 2CZT A; 3O19 A; 4NNS A; 3KFI A; 5HZ6 A; 1KT6 A; 3P6E A; 4TKJ A; 2RD7 C; 1DZJ A; 4QYN A; 1BEB A; 4ALB A; 2CM9 A; 3BLG A; 1R0U A; 1XCA A; 4N7D A; 3VG6 A; 4XMC A; 4TQ2 A; 4QAE A; 1G74 A; 2Q4N A; 1I4U A; 4YBP A; 2POA A; 1IIU A; 3PED A; 4MVL A; 1ACD A; 1AQB A; 2JN3 A; 1OEJ A; 1GT5 A; 3JS1 A; 1FEN A; 4K19 A; 4AZN A; 3STM X; 4DQ3 A; 1GT4 A; 4ZH9 A; 3GAQ A; 4OS8 A; 3B2H A; 4EEJ A; 2ANS A; 2OVD A; 2R73 A; 1OPA A; 1U18 A; 1OBP A; 1GKA A; 2XKL A; 1GKA B; 4AZP A; 1O1U A; 4YKM A; 3FEK A; 5CE4 A; 5LJG A; 5HAE A; 3BDR A; 3BS2 A; 3T1D A; 1JBH A; 5B29 A; 3EBK A; 1A57 A; 1ZNE A; 1QFT A; 1JYJ A; 1KT3 A; 1X8Q A; 2A13 A; 4A1Y A; 5HA1 A; 4UU3 A; 2JOZ A; 3CQN A; 5JR8 A; 2NP1 A; 2HZR A; 3PH6 A; 4ZCB A; 4BQU A; 1X8P A; 3BU9 A; 1MUP A; 3RSW A; 2JU7 A; 1MX8 A; 1HN2 A; 5H9A A; 1G5W A; 2AH7 X; 3B2J A; 4ORW A; 5LJK A; 3F8A A; 1JV4 A; 3HK1 A; 3TGA A; 4ZJ0 A; 5KIC A; 2WQA E; 3STN A; 4HFO A; 3CMP A; 4PSQ A; 1DZP A; 1BSO A; 1QY1 A; 5BVQ A; 4CK4 A; 3VG3 A; 4AZM A; 4WFV A; 3BU1 A; 1ZRY A; 3C76 X; 1KQW A; 5FAZ A; 4ZFX A; 5D8J A; 2G7B A; 5HCE C; 4EFG A; 5EDC A; 4GRJ A; 2QOS C; 1BSQ A; 4YMY A; 1SY3 A; 3BY0 A; 4NLJ A; 4XMF A; 3FW4 A; 2A2G A; 4IB9 A; 1E02 A; 3ELZ A; 4ALO A; 1QQS A; 2IFB A; 1E00 A; 3FA9 A; 1T0V A; 2AT8 X; 3B2K A; 1LFO A; 1CRB A; 3KZA A; 3UEV A; 5LJH A; 4GH7 A; 3TF6 A; 5B27 A; 1O1V A; 1BM5 A; 1EXS A; 1PMP A; 4QYP A; 3TGB A; 1QY0 A; 2A0A A; 2A3F X; 4MVI A; 3UEW A; 1CBQ A; 2AT6 X; 4I3D A; 3G7X A; 4I3C A; 1E06 A; 3APU A; 2WUT A; 5K06 A; 1EPA A; 2AMM X; 2FLJ A; 4TKH A; 1YP6 A; 2OFM X; 2R74 A; 5D45 A; 1ZND A; 1DZM A; 3WJE A; 2QO5 A; 1LNM A; 2RCT A; 1GX9 A; 1FDQ A; 2CBS A; 3TZS A; 3FIQ A; 5HZ5 A; 2Q2P A; 3EYC A; 1VYG A; 1VPR A; 1IKE A; 1DFV A; 4A1H A; 1AB0 A; 3P6C A; 1OBU A; 2FR2 A; 1RLB E; 2FR3 A; 4NYQ A; 2F73 A; 1BSY A; 2FWV A; 3D95 A; 3FLL A; 5FFH A; 4XMD A; 4WBK A; 2DM5 A; 1JYD A; 4IMN A; 5H9N A; 3APV A; 3EM0 A; 3NR3 A; 2A2U A; 1L6M A; 3ELX A; 4ORS A; 4OS0 A; 4YH0 A; 1G85 A; 2PY1 A; 4GNY A; 1SXY A; 3FEL A; 4NP1 A; 1HQP A; 4QGW A; 1OBQ A; 2WEW A; 1U0X A; 5DG4 A; 1TVQ A; 1BWY A; 1T68 X; 3PP6 A; 4KII A; 4NYR A; 1YP7 A; 2RA6 A; 2NNE A; 2RQ0 A; 4OS3 A; 5LJB A; 2WSJ A; 4IB6 A; 3AKM A; 1X8O A; 4N7C A; 1CBS A; 3CBS A; 3CWK A; 1TOU A; 1KOI A; 1GGL A; 5C0N A; 1IKJ A; 3CR6 A; 2LB6 A; 1VYF A; 2HYS A; 4ORU A; 2HNX A; 1D3S A; 5BVS A; 1PBO A; 4ORR A; 2Q2M A; 2ACP X; 1LIE A; 5HCC C; 1LID A; 3I17 A; 3FA7 A; 3P6D A; 1X8N A; 3NPO A; 3NQ3 A; 3FR4 A; 5EPQ A; 1ZNH A; 2W2F A; 4EXZ A; 2ACO A; 1SY1 A; 2OVE A; 3HWD A; 1G7N A; 3OJY C; 2OVA A; 4YGH A; 4IB8 A; 1LF7 A; 4AZQ A; 1P6P A; 1CBR A; 4ZR2 A; 3VG4 A; 2OZQ A; 1DC9 A; 4ZGU A; 4A60 A; 1A2D A; 1Z24 A; 3KFH A; 1EW3 A; 1GXA A; 1EQD A; 3FA6 A; 2ALL X; 1LPJ A; 1KT5 A; 3WVM A; 3BSZ E; 4ZHD A; 3TGC A; 1QY2 A; 4OMW A; 1S7D A; 1URE A; 4YCH A; 3WJF A; 1IW2 A; 2GC9 A; 3ZUI A; 4EDE A; 1A3Y A; 1OEE A; 2NND A; 5H8T A; 2WEX A; 3CBC A; 3NP1 A; 5L8O A; 2BLG A; 5KID A; 4IBA A; 4YGG A; 2R56 A; 3HWF A; 2WQ9 A; 4ZHF A; 5L8I A; 3WXQ A; 1S2P A; 1S44 A; 1EUO A; 2LKK A; 5AQ6 A; 3EBW A; 2XST A; 1MX7 A; 4Y0P A; 5H9K A; 1LIB A; 1ICM A; 4WFU A; 5D47 A; 1GT1 A; 1SY2 A; 5IO6 A; 2K62 A; 5H9L A; 4GKC A; 5HZ9 A; 5HTD A; 1OPB A; 1YUP A; 1PM1 X; 5F6B A; 3FEN A; 3PEC A; 5LJD A; 4YDB A; 1BJ7 A; 1SXW A; 1A18 A; 1SXU A; 2GJ5 A; 4BOE A; 1BRQ A; 2LFO A; 4ORY A; 1NGL A; 4YDA A; 5EEE A; 1KZW A; 1O8V A; 3WBG A; 1HMT A; 1PEE A; 4AYH A; 2KT4 B; 3VG2 A; 2L5P A; 4D6B A; 1H91 A; 3KFG A; 4HPC A; 2CBR A; 4Y0R A; 3P6H A; 4LKT A; 1GX8 A; 1DF3 A; 1QG5 A; 4O9S A; 1EPB A; 1FE3 A; 3MVF A; 4DQ4 A; 1DZK A; 1ZNK A; 3UEU A; 2GTF X; 2CZU A; 1SXX A; 4LZU A; 1B8E A; 1YWA A; 4ZHC A; 3F9D A; 5LJE A; 4ES7 A; 2OFR X; 3VG7 A; 5HZQ A; 2HZQ A; 5EDB A; 3DSZ A; 2E4J A; 1TXL A; 2G78 A; 5D4A A; 1SA8 A; 2AT5 X; 1LIF A; 4ZHG A; 2K23 A; 1I05 A; 4M7M A; 1E5P A; 1UZ2 X; 1HBP A; 3C77 X; 5F7G A; 3QKG A; 3WJC A; 2ASN X; 3BX7 A; 5IO7 A; 1ALB A; 2AKQ A; 2Q9S A; 3BRN A; 2L9C A; 3P6G A; 1FTP A; 2FS6 A; 1NP1 A; 4RUN A; 3PH5 A; 4A8Z A; 4ODD A; 3P6F A; 4NNT A; 4HPA A; 3KQ0 A; 1KZX A; 5HCD C; 1YIV A; 3FR2 A; 2W2B A; 1TW4 A; 1CBI A; 4I3B A; 4MVK A; 4TJZ A; 1HBQ A; 4I9S A; 1KT4 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4UU2 A; 4HPB A; 1AEL A; 4BX7 B; 4CDF A; 4YGZ A; 1EIO A; 1STR B; 2OF9 A; 2IZE B; 3PPT A; 4LQZ A; 3FW5 A; 4XMH A; 1QAB E; 2FT9 A; 4RUU A; 3SZJ A; 4HWM A; 2AL0 X; 4NV8 A; 3BX8 A; 3T6L A; 1NDJ A; 1PBY A; 4IAX A; 4GE1 A; 1D2U A; 2N93 A; 4GJV A; 3NX1 A; 3VHM A; 4CPE A; 1B0O A; 4KC7 A; 5B2A O; 3FMZ A; 2QM9 A; 2Y3E A; 3OE3 A; 3ZWE A; 5K67 A; 1SWE A; 4QZU A; 1I04 A; 2W2A A; 2WWP A; 3P02 A; 4GNW A; 4QGX A; 3WJG A; 1JJX A; 2JW1 A; 3NQ9 A; 4XME A; 3U9P C; 3WJD A; 3ZQ3 A; 1BLR A; 4CPF A; 4BBO A; 1X89 A; 2IZC B; 4M6S A; 2Q39 A; 1T8V A; 4QZT A; 2ZAI A; 3VGW A; 1GX3 A; 1ZNL A; 4GU8 A; 2FTB A; 2LBA A; 3U03 A; 3VHI A; 1X71 A; 3FR5 A; 5F2B A; 1N0S A; 3SOT A; 1ZNG A; 1OEK A; 2GH7 A; 3D96 A; 3JSQ A; 1KT7 A; 3APX A; 3UEX A; 1IFB A; 3RY2 A; 4GZV A; 1DV9 A; 1SWQ A; 5LKE A; 4IAW A; 3MM0 A; 3O2Y A; 5BVT A; 2CM4 A; 4Z2V A; 3U0D A; 3B2I A; 1ERX A; 1HMS A; 1KGL A; 1RBP A; 3CQR A; 1JJJ A; 1SMP I; 1U17 A; 5DPQ A; 2KTS A; 1LCZ A; 5EED A; 1JZU A; 1RXH A; 1JQP A; 3FEP A; 4Y0S A; 1FEM A; 5IRA A; 2RTO B; 1NP4 A; 2Z4I A; 3RZY A; 2L67 A; 1Y55 X; 4XMG A; 4TNN A; 3HWG A; 4YKO A; 2WPU A; 4GDA A; 5D48 A; 2GTL M; 3AKN A; 4Y0Q A; 5HA0 A; 4BVM A; 1E2T A; 2LBV A; 4BX6 B; 1I06 A; 2LA7 A; 4O4S A; 4U8U N; 3EMM A; 5HBS A; 3LHN A; 1VWK B; 3SAO A; 4C5P A; 3K3L A; 2I5V O; 2O62 A; 2GTL O; 3C78 X; 3CKG A; 3NAD A; 2QCB A; 2X46 A; 1HMR A; 3DTQ A; 3RDM A; 3IFB A; 1B4M A; 4BX5 A; 4GJS A; 4D6A A; 1HXL A; 3Q34 A; 1FEL A; 1QWD A; 1Y0G A; 4Y5D A; 2P8G A; 1EII A; 1AVG I; 1LIC A; 4FBV A; 4TLJ A; 3S26 A; 2FRS A; 3OBL A; 1Y9L A; 4NLI A; 4BGF A; 2YMS A; 1X8U A; 3NX2 A; 3STK A; 2OY5 O; 1W6F A; 2X8T A; 1NC9 A; 1NQN A; 2JU3 A; 1VWO B; 1SRE A; 4GGT A; 4AZO A; 4QNI A; 2HMB A; 2AT3 X; 1Y9T A; 3FA8 A; 2C1Q A; 1KFF A; 2FGS A; 3IA8 A; 2A5C A; 5F1E A; 1EAL A; 3RDO A; 4ID2 A; 3ZW2 A; 1YWD A; 4AW8 A; 2OYB O; 2RTN B; 4ZH6 A; 4QGV A; 5HTE A; 1KQX A; 5F6Z A; 1SWJ A; 3S60 A; 5LKF A; 1SWR A; 4ZHH A; 3EC5 A; 1ICN A; 1MDC A; 4B55 A; 5F58 A; 3WJB A; 1STP A; 2YG2 A; 5HZ8 A; 2KW1 A; 4YFR A; 1UYO X; 4MEE A; 4TKB A; 3FDC A; 4IAB A; 3RBY A; 1YWB A; 4R0B A; 4LKP A; 4IB7 A; 1GM6 A; 1NBX A; 4IMO A; 2OL7 A; 1VWH B; 3L4R A; 2MM3 A; 3O22 A; 5LJC A; 1GT3 A; 1SWB A; 1VWP B; 2NNQ A; 5CHK A; 5AJB A; 4AZR A; 3Q6L A; 2MO5 A; 4PJ2 A; 2Z4H A; 4LZV A; 2G79 A; 4ARH A; 1QFV A; 2RTF B; 3MBT A; 5L8N A; 2MJI A; 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