The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
29
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sequence length |
120
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structure length |
120
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Chain Sequence |
GITGTWYNQLGSTFIVTAGADGALTGTYESAVGNAESRFVLTGRYDSAPATDGSGTALGWTVAWKNNYRNAHSATTWSGQYVGGAEARINTQWLLTSGTTEANAWKSTLVGHDTFTKVKP
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Second-Contact Shell Mutation Diminishes Streptavidin-Biotin Binding Affinity through Transmitted Effects on Equilibrium Dynamics.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Biotin binding protein
|
| source organism |
Streptomyces avidinii
|
| molecule keywords |
Streptavidin
|
| total genus |
29
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| structure length |
120
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| sequence length |
120
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-07-28 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01382 | Avidin | Avidin family |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Lipocalin | Avidin-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2QCB A; 3T6L A; 1DF8 A; 1SWC A; 1SWU A; 1SWH A; 2RTG B; 1SWG A; 1NDJ A; 1VWP B; 3RDS A; 4GGT A; 5JD2 A; 3WYP A; 4CPF A; 1VWR B; 1KL3 A; 2RTN B; 1VWG B; 4BBO A; 1VWE B; 2ZSC A; 3FDC A; 2RTD B; 4BX7 B; 4BX5 B; 4GGR A; 1VWK B; 2RTE B; 3SZJ A; 5L3Y A; 3SZI A; 2C1Q A; 1VWN B; 1Y53 X; 3WYQ A; 5K67 A; 1Y52 X; 2JGS A; 4Y5D A; 2UZ2 A; 2RTQ B; 1SWA A; 2RTH B; 1SWL A; 1SRG A; 3WZP A; 1N43 A; 1VWQ B; 4DNE A; 4GD9 A; 2IZA A; 2Y3E A; 2OF9 A; 3MM0 A; 1LCV A; 2G5L A; 1LEL A; 2CAM A; 2BC3 A; 3VHM A; 1VWL B; 4CPE A; 4JO6 A; 1SRJ A; 3WZQ A; 4BX6 B; 4JHQ A; 3T6F A; 2RTF B; 1KFF A; 1HY2 A; 1MOY A; 1VWJ B; 2IZL B; 1RXK A; 4Y59 A; 5IRA A; 5B5F A; 2WPU A; 2UYW A; 1SWJ A; 1MK5 A; 3RDU A; 4EKV A; 1SLG B; 1SRI A; 4BX5 A; 1AVE A; 1KL5 A; 1STS B; 2GH7 A; 3RDM A; 4IRW A; 1SLE B; 3X00 A; 2OF8 A; 1STR B; 4Z2V A; 4U46 A; 3RDX A; 3VHI A; 1PTS A; 4Z27 A; 4CPH B; 2RTR B; 5IRW A; 3RDO A; 2IZF B; 1SRF A; 4Z28 A; 2IZD B; 1IJ8 A; 1LDQ A; 1VWC B; 2C4I A; 2RTJ A; 1SRH A; 1VWA B; 1SLF B; 2IZH B; 4CPI A; 4GJS A; 5CSE A; 2RTK A; 4YVB A; 1MEP A; 2RTC B; 2RTB B; 4BX6 A; 2IZC B; 1SRE A; 1NQM A; 1SWO A; 1NQN A; 2F01 A; 1RST B; 2C1S A; 3PK2 A; 1SWK A; 2RTI B; 3RY1 A; 1SWT A; 4Z2P A; 2IZJ A; 2IZK A; 3RE5 A; 3EW2 A; 1SWQ A; 1WBI A; 4BX7 A; 3WZN A; 2FHN X; 4Z2O A; 1VWH B; 2RTO B; 1LCW A; 1VYO A; 2RTL A; 2RTP B; 2AVI A; 1VWF B; 4GGZ A; 5IRU A; 4JNJ A; 4GJV A; 2Y3F A; 3SZH A; 1RXH A; 4OKA A; 3T2X A; 1SWB A; 2IZE B; 1HXZ A; 1AVD A; 1MM9 A; 1VWD B; 1SWS A; 2A5C A; 2A8G A; 1VWO B; 2IZB A; 1SWD A; 1SWE A; 4CPH A; 2MF6 A; 3WZO A; 1N7Y A; 1SWR A; 3MG5 A; 1HXL A; 1LUQ A; 1N9M A; 3RY2 A; 1RSU B; 2A5B A; 4GDA A; 1HQQ A; 5F2B A; 1NBX A; 3VHH A; 5K68 A; 3EW1 A; 1N4J A; 2FHL A; 1Y55 X; 4BJ8 A; 1LDO A; 4I60 A; 4Z6J A; 3RE6 A; 1SWF A; 1NC9 A; 1SLD B; 1VWB B; 2OFA A; 5B5G A; 2RTA A; 1STP A; 1I9H A; 3T2W A; 1VWI B; 2IZI A; 1SWN A; 3VGW A; 1RAV A; 1RXJ A; 1SWP A; 2OFB A; 1N9Y A; 4BCS A; 1LCZ A; 2IZG B; 2Y32 A; 5CHK A; 1VWM B; 2RTM A; 1KL4 A; 3RDQ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1AQB A; 2OVA A; 3VE1 A; 1L6M A; 1SWU A; 1SWG A; 1GX9 A; 1VWP B; 4GGT A; 4I3B A; 4WFV A; 4CPF A; 1VWR B; 2Z4I A; 3FW5 A; 5F58 A; 4DCB A; 1IIU A; 2QOS C; 3TGB A; 1YUP A; 1X8U A; 2L68 A; 3D96 A; 3B2L A; 3OD9 A; 3FEP A; 1I05 A; 4ZGU A; 5EDB A; 4GGR A; 1JYJ A; 4CDC A; 1LIF A; 3ZI8 A; 1SA8 A; 4YBU A; 3U9P C; 4YGH A; 1Y52 X; 4GNY A; 3PEC A; 4KCA A; 3UEW A; 4NYQ A; 5EEE A; 5IO6 A; 4I6S A; 2RTQ B; 1CBS A; 1SWA A; 2CBS A; 4OEL A; 1OEE A; 2A0A A; 2GTL M; 4AZM A; 1ZND A; 1VWQ B; 2KT4 B; 4DNE A; 5KHP A; 1CBQ A; 3MM0 A; 2MM3 A; 2JU3 A; 2AT6 X; 4N7C A; 5HZ5 A; 3FA9 A; 1LEL A; 4Z2P A; 5L8N A; 1GX8 A; 2BC3 A; 3NBX X; 1VWL B; 2AT3 X; 4JO6 A; 4TJZ A; 1QG5 A; 4BX6 B; 1Z24 A; 3JSQ A; 4EQA C; 1GT4 A; 2CBR A; 1KFF A; 2HMB A; 2WUT A; 3UAQ A; 1A2D A; 3CBC A; 4ZGF A; 2Q2M A; 1KXO A; 3SLO A; 1SXW A; 5KID A; 2BLG A; 1MDC A; 4WHI A; 1OPA A; 2MJI A; 4FQB B; 1DZP A; 1SLG B; 2E4J A; 3B2J A; 3I0A A; 1ZRY A; 1AVE A; 1X8Q A; 3RBY A; 1HMT A; 1TOU A; 5H9L A; 3VG3 A; 2QO6 A; 3NR3 A; 4Y0S A; 4Z2V A; 5FFH A; 1YWC A; 2HNX A; 1KZX A; 3RDX A; 3KZA A; 3VHI A; 2QM9 A; 4TLJ A; 2X56 A; 1R0U A; 4ZH6 A; 1BEB A; 4U9C A; 2IZD B; 2RCT A; 2X8T A; 1DZM A; 2YMS A; 3ZUO A; 1LDQ A; 2OY5 O; 1JJX A; 1SRH A; 2QMI A; 4BQU A; 2IZH B; 3BDR A; 1BSY A; 4IB6 A; 2RTK A; 3HTY A; 2ANS A; 5CSE A; 4D6A A; 4GZV A; 4YGG A; 1P6P A; 4YGZ A; 1SWO A; 1JMZ A; 1NQN A; 2G78 A; 3WJB A; 4YFP A; 1E06 A; 1SWT A; 1HQP A; 1SXU A; 2LB6 A; 3RY1 A; 3RE5 A; 5LJE A; 2RQ0 A; 1SWQ A; 2ZAI A; 5AJC A; 5EED A; 2GC9 A; 1K24 A; 1VWH B; 2RTO B; 3K3L A; 4HPC A; 3FEN A; 4DQ4 A; 1MX8 A; 4GGZ A; 3SZH A; 4HPB A; 3JS1 A; 3NPO A; 4GJV A; 1G74 A; 4LKT A; 4XMH A; 2R74 A; 3ELX A; 3GE2 A; 3HWD A; 4I95 A; 2IZE B; 5AJB A; 1HXZ A; 2AT8 X; 4BOE A; 4TKB A; 2HZR A; 5LJC A; 3FR5 A; 1ICM A; 4OS3 A; 1KT4 A; 2IZB A; 1SWE A; 2MF6 A; 1JQP A; 5B10 O; 1N0S A; 4Y0Q A; 1SWR A; 4OMW A; 3WBG A; 4B55 A; 2LBA A; 1HXL A; 1G5W A; 1X89 A; 4ZHG A; 5B2A O; 3STM X; 4GDA A; 5F2B A; 4ZCB A; 2FS7 A; 1LIB A; 4KC8 A; 3D95 A; 1PBY A; 4HPA A; 4OS8 A; 1W4T A; 4MEE A; 2FGS A; 2W2A A; 1ZNH A; 2W2F A; 4KC7 A; 1N4J A; 5K68 A; 1TOW A; 3MVF A; 2L67 A; 4TKJ A; 5LKF A; 4COT A; 1EIO A; 4MIS A; 1E5P A; 2OFA A; 2K23 A; 2X8F A; 1O1U A; 3H3I A; 1A3Y A; 2M4L A; 2FTB A; 3LHN A; 5AQ6 A; 1RAV A; 3P6D A; 3UEU A; 3VGW A; 3VU1 A; 1N9Y A; 5CHK A; 2OY1 O; 3IA8 A; 1VWM B; 2A5B A; 3QQ2 A; 2RTM A; 1I04 A; 2CZT A; 3GAQ A; 4NV8 A; 1QWD A; 1DC9 A; 4YCH A; 2LBV A; 1ZNG A; 5C0N A; 1TW4 A; 2A2G A; 1VYF A; 4QAE A; 3JQO A; 2X34 A; 3C76 X; 4BBO A; 3CQR A; 2ZSC A; 3U03 A; 3FDC A; 2X55 A; 4BX7 B; 5HZ9 A; 4U8U N; 1CJ5 A; 3CBS A; 1VWK B; 4IMN A; 3TF6 A; 2G79 A; 2WSJ A; 3DSZ A; 1QAB E; 2HYS A; 3KVN A; 2OL6 O; 2WQ9 A; 2ZAG A; 1Y53 X; 3P6G A; 1ML7 A; 3UEX A; 2CM4 A; 3WYQ A; 5K67 A; 2JGS A; 4YKO A; 5DG4 A; 1JJU A; 4Y5D A; 2UZ2 A; 2KD2 A; 1X8P A; 3I17 A; 4O49 A; 4D6B A; 3O22 A; 3PH6 A; 4EEJ A; 5CE4 A; 1JIW I; 1KOI A; 3WZP A; 1BLR A; 1QY1 A; 4K19 A; 1MVG A; 1X8N A; 4GRJ A; 4AW8 A; 2OVS A; 2FWV A; 2Y3E A; 1Y0G A; 1GT5 A; 5H9A A; 2G5L A; 3ZUI A; 5HCD C; 2CAM A; 2FT9 A; 2W2B A; 3P24 A; 1IFB A; 1ZNK A; 3CQN A; 4HWM A; 1RLB E; 3UEV A; 1Y9T A; 1JZU A; 1EQD A; 2I5V O; 1OPB A; 4ZHD A; 2A13 A; 2RA6 A; 4OS0 A; 1LID A; 1VWJ B; 4EFG A; 5B5F A; 5IRA A; 1XCA A; 3ZW0 A; 4AZP A; 2LKK A; 3ELZ A; 5BVT A; 3ZZV A; 2FKJ A; 4GH7 A; 4ORR A; 4ZHC A; 3BX8 A; 1HN2 A; 1GKA A; 4BX5 A; 1VPR A; 2X46 A; 4TNN A; 5D48 A; 1KL5 A; 1STS B; 3BSZ E; 2GH7 A; 3B2H A; 2OF8 A; 3APW A; 1CBI A; 1A57 A; 4Z27 A; 5H9K A; 3STN A; 5IRW A; 4O4X A; 1KGL A; 1SRF A; 3EMM A; 3EBK A; 3FEL A; 2HLV A; 2MWH A; 1IJ8 A; 1U17 A; 1VWC B; 1X71 A; 3D9W A; 1ICN A; 3P6H A; 5DPQ A; 5FEN A; 2KTD A; 1VWA B; 3F6Z B; 1GT3 A; 4CPI A; 4GJS A; 4YVB A; 4NW4 A; 2RTB B; 4GNW A; 1OBP A; 4AZO A; 4KT5 A; 1NQM A; 5F7G A; 2F01 A; 2X8S A; 3TZS A; 1YIV A; 4CDF A; 1ERX A; 1NP4 A; 1IFC A; 1SY1 A; 1ADL A; 1SWK A; 2GTL N; 2PY1 A; 3E3C A; 3FW4 A; 2ACP X; 1U18 A; 2VFB A; 5D8J A; 4LZU A; 1WBI A; 2R73 A; 4BX7 A; 5B3M O; 2RTP B; 4XMD A; 5H9N A; 1OEK A; 1B4M A; 2F73 A; 1XKI A; 3FYF A; 1QY0 A; 4ZR2 A; 4OKA A; 4I9R A; 4QNI A; 4BGF A; 1DF3 A; 5HWZ A; 2OVE A; 3KFF A; 3HWF A; 5L8I A; 4NV7 A; 1E00 A; 2FS6 A; 1PBO A; 4CPH A; 1X8O A; 5FAZ A; 1UYN X; 4O4S A; 3CWK A; 3RZY A; 4N7D A; 2BHV A; 4IB7 A; 3MG5 A; 3KFG A; 1N9M A; 5EPQ A; 1TXL A; 1T8V A; 2LFO A; 4Y0R A; 4A8Z A; 3EW1 A; 2FHL A; 1RBP A; 4BJ8 A; 4I60 A; 3WJC A; 3FR2 A; 3ZQ3 A; 1YWB A; 3HK1 A; 1SY2 A; 1FE3 A; 4FBV A; 4NLI A; 1SWF A; 1NC9 A; 5FQ6 E; 3VG5 A; 1VWB B; 2JOZ A; 2JU8 A; 4L3R A; 1STP A; 1BWY A; 1I9H A; 2OL8 O; 4JGL A; 4EXZ A; 2N93 A; 3AEH A; 4IAX A; 4MVE A; 1VWI B; 4O4O A; 4QQ1 A; 1RXJ A; 4GK9 A; 4ARH A; 4BCS A; 1LCZ A; 2IZG B; 1URE A; 4O3Y A; 1HMR A; 4MVL A; 5JR8 A; 2QCB A; 5HCC C; 1BSO A; 3VE2 A; 2OFM X; 1E2T A; 1DF8 A; 4KII A; 5IXG A; 1AB0 A; 1DFV A; 2QOM A; 1ZNL A; 2RTG B; 1SXY A; 1S44 A; 1JYD A; 3RDS A; 5JD2 A; 2CZU A; 3LV4 A; 4NNT A; 1FTP A; 1KL3 A; 2RTN B; 2Z4H A; 3FLL A; 3L4R A; 3ZW0 B; 4IAW A; 5FQ7 E; 2ACO A; 1KT5 A; 5HZ8 A; 2X45 A; 2KW1 A; 4HPD A; 4BX5 B; 1GKA B; 2OY8 A; 2WWP A; 1BRQ A; 3O2Y A; 1YWD A; 5LJK A; 1KQW A; 2LA7 A; 4YCE A; 5HZ6 A; 1WUB A; 3BX7 A; 2X4M A; 1VWN B; 2JMB A; 4PSQ A; 1FDQ A; 3ZWE A; 1LF7 A; 1OBU A; 1HBQ A; 2AMM X; 3NQ3 A; 4QRL A; 3SOT A; 5L8O A; 4QYN A; 2HKD A; 1N43 A; 2ASN X; 1BM5 A; 2FR3 A; 4O3X B; 2IZA A; 2DJG A; 1SY0 A; 2G7B A; 1MX7 A; 2OF9 A; 3BS2 A; 3EM0 A; 3FA8 A; 4ZHH A; 1EAL A; 3OJY C; 2NP1 A; 4YBP A; 3VHM A; 3APU A; 1SRJ A; 3HOL A; 3WZQ A; 5EZ2 A; 2VFC A; 1HMS A; 3SLT A; 4M7M A; 4JHQ A; 4ES7 A; 5HTE A; 2RTF B; 2RN4 A; 1HY2 A; 1MOY A; 1SXX A; 2AT5 X; 2AT0 X; 2IZL B; 2QO4 A; 3BU9 A; 3FMZ A; 4YFQ A; 3C78 X; 5IO7 A; 4LZV A; 3B2K A; 4XMG A; 3V8U A; 3HWG A; 1E02 A; 1CBR A; 3LTW A; 3RDU A; 3G7X A; 3O19 A; 4EKV A; 2R56 A; 1ALB A; 1IKJ A; 3FA6 A; 3PQU A; 3T1D A; 1SMP I; 4NP1 A; 1FEM A; 1UYO X; 4QZT A; 2OY7 A; 3ZW1 A; 3EBW A; 3B2I A; 3RDM A; 1SLE B; 4ODD A; 3X00 A; 1ACD A; 1OBQ A; 1STR B; 3VG6 A; 3TGC A; 5AEO A; 5HCE C; 1PTS A; 1QFT A; 3Q34 A; 4MVI A; 4CPH B; 2GTF X; 3OBL A; 4Z28 A; 4ALB A; 3F8A A; 5IO5 A; 1EW3 A; 1MUP A; 5D47 A; 2C4I A; 1KT6 A; 2RCQ A; 3KQ0 A; 1SLF B; 2A3F X; 2MHD A; 1KQX A; 2XST A; 4FBR A; 4TQ2 A; 2DJF A; 2IFB A; 1MEP A; 1YP7 A; 2RTC B; 4UU3 A; 2POA A; 2IZC B; 2BT9 A; 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