The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
15
|
sequence length |
87
|
structure length |
87
|
Chain Sequence |
MQTAAISWGTTPSIRVYTANGNKITERCYDGSNWYTGAFNQAGDNVSATCWLSGSAVHIRVYATSGGSTTEWCWDGDGWTRGAYTGL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Deciphering the Glycan Preference of Bacterial Lectins by Glycan Array and Molecular Docking with Validation by Microcalorimetry and Crystallography.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Sugar binding protein
|
| source organism |
Burkholderia ambifaria
|
| molecule keywords |
BAMBL LECTIN
|
| total genus |
15
|
| structure length |
87
|
| sequence length |
87
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-07-28 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF07938 | Fungal_lectin | Fungal fucose-specific lectin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Lipocalin | Lipocalin |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3ZW0 B; 5AJB A; 3ZI8 A; 3ZW2 A; 5AJC A; 2BS5 A; 2BS6 A; 3ZW0 A; 3ZW1 B; 3ZWE A; 3ZW1 A; 4I6S A; 3ZZV A; 2BT9 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1GGL A; 4GD9 A; 3NQK A; 1HMT A; 3KQ0 A; 2WUT A; 3KFG A; 4CDD A; 2JU3 A; 3PQU A; 3PDF A; 1HMS A; 1OPA A; 4ORW A; 1SWO A; 5IO5 A; 2R74 A; 2MF6 A; 2R73 A; 4N7C A; 3S26 A; 2C1Q A; 1KQW A; 3NX2 A; 1EI5 A; 4IBA A; 4I9R A; 1VWC B; 3HWG A; 2R56 A; 4MIR A; 2X4M A; 4XMF A; 1GX8 A; 3CQN A; 3HOL A; 3UEX A; 1VYG A; 5LJK A; 4JNJ A; 5HCC C; 2Q2M A; 3ZW2 A; 1LNM A; 2RTM A; 1N4J A; 4A8Z A; 3U9P C; 1GX9 A; 1MUP A; 4OMW A; 3EW1 A; 2KTS A; 1EXS A; 2OVS A; 3RDX A; 2A13 A; 4DQ4 A; 1D2U A; 4LQZ A; 3FA9 A; 1OEJ A; 5FQ8 E; 3JS1 A; 3CR6 A; 4GH7 A; 1BRP A; 4NW4 A; 1E00 A; 2LBV A; 1URE A; 1VYO A; 1ZND A; 2AL0 X; 2OVA A; 1SWD A; 1FEM A; 4NYR A; 4ARH A; 4ALO A; 2X8F A; 4BX5 A; 2MWH A; 4BX7 B; 4O4O A; 3RDM A; 3BSZ E; 1SLG B; 4I3D A; 4U9C A; 1DC9 A; 1NDJ A; 2X32 A; 4K19 A; 4BOE A; 5HZ9 A; 5LKF A; 2NND A; 2RTC B; 3BS2 A; 1GKA A; 4BBO A; 3WJE A; 1H91 A; 1U0X A; 3RDO A; 1DZP A; 1SLF B; 1LIF A; 4KT5 A; 1AQB A; 2RQ0 A; 1DZJ A; 5B5F A; 1MK5 A; 4U8U N; 4AYH A; 2OVE A; 4HPB A; 1X8O A; 1VWO B; 2BHV A; 1PMP A; 4I3B A; 3FID A; 3SLJ A; 1SRJ A; 2M4L A; 1E5P A; 5F6B A; 1I78 A; 4INN A; 4ALB A; 4EFG A; 4IB7 A; 4Z6J A; 2QOS C; 3P6E A; 2RCT A; 2AT5 X; 4YCE A; 2F09 A; 3P6F A; 5BVS A; 5EEE A; 4ZHH A; 2PI3 O; 4IB9 A; 4M7M A; 3NR3 A; 3O2Y A; 2RTH B; 1SRG A; 2FHN X; 4O3Y A; 3P6D A; 5JR8 A; 3VHM A; 4O4S A; 3FR4 A; 2CM4 A; 4BX5 B; 2ZAI A; 1G85 A; 3EMM A; 1G74 A; 5HA0 A; 3B2I A; 3EM0 A; 4ML7 B; 1W5R A; 4ID2 A; 3RKG A; 5D47 A; 1U18 A; 3VG5 A; 1ACD A; 1I4U A; 1ICN A; 3STK A; 2Q2P A; 4YGH A; 1GKA B; 5CYB A; 2WWP A; 3RDU A; 4ZHG A; 3NQ9 A; 1LIC A; 1T68 X; 5LJC A; 1OEE A; 4GJV A; 4Z2V A; 4QRL A; 2P8G A; 3MM0 A; 4Z2P A; 2GTL O; 4Y0S A; 4FGI B; 4YKO A; 2BT9 A; 1YWB A; 2OVD A; 4JO6 A; 5B2A O; 1G7N A; 2A2U A; 3T2W A; 4I3C A; 4TNN A; 5HAE A; 5HCD C; 3RWX A; 4XMG A; 1W4T A; 4AZR A; 1NGL A; 1EPB A; 2AKQ A; 2RN4 A; 3FA8 A; 5CHK A; 4IAX A; 3FW5 A; 1ZNE A; 2FHL A; 4KII A; 3HWD A; 4GGZ A; 4O3W A; 3RE6 A; 2IZB A; 3KFH A; 1LPJ A; 4TKJ A; 5EED A; 1HBP A; 4QNI A; 1EPA A; 4C5P A; 3BY0 A; 3LHN A; 5FQ6 E; 4Z2O A; 3UEW A; 3B2J A; 3P6G A; 1QY1 A; 4JHQ A; 1JV4 A; 3T6L A; 3H3I A; 1AVD A; 1VWN B; 1RLB E; 2OYB O; 3VG2 A; 3APV A; 2RTE B; 2VFB A; 3NBX X; 1I05 A; 5AQ6 A; 3WZQ A; 3ZW1 A; 3S5X A; 3JQO A; 1GXA A; 4I60 A; 3WVM A; 3RZY A; 1VWH B; 2FRS A; 1X89 A; 4LKT A; 3MBT A; 4HFO A; 2FS6 A; 4KH8 A; 1ML7 A; 1VWI B; 2LKK A; 1BBP A; 1DZK A; 1OPB A; 3DSZ A; 4M6S A; 3F9D A; 1K3B A; 3BDR A; 4WFU A; 5CSE A; 2X34 A; 3RDQ A; 4I9S A; 1SY2 A; 4BCS A; 1ALB A; 3HPE A; 4TQ2 A; 3ZWE A; 4CPI A; 2FKG A; 3PPT A; 1LCZ A; 2NP1 A; 4EEJ A; 3QQ2 A; 2RD7 C; 4GGT A; 2ASN X; 4LKP A; 4ODD A; 5LJB A; 1VWD B; 3CWK A; 1A18 A; 3APU A; 2W2F A; 1LFO A; 3BX8 A; 4YFP A; 5FEN A; 1ZNK A; 4O4U A; 5H8T A; 3WJB A; 1JBH A; 4YGZ A; 4GUZ A; 1Y52 X; 3UEV A; 1FDQ A; 3BRN A; 2RTN B; 1JQP A; 1STP A; 1VYF A; 2F01 A; 4FBO A; 4NLJ A; 4Y0R A; 1SWT A; 3CKG A; 3AUM O; 2IZJ A; 3NAD A; 3RY1 A; 3VG4 A; 4Y0Q A; 4COT A; 4D6A A; 1X71 A; 3Q6L A; 4IAB A; 4BX6 B; 1GT4 A; 4BGF A; 1Y9T A; 2OZQ A; 2GTL M; 1SY0 A; 4ORS A; 5KIC A; 4GZV A; 1VWL B; 3OBL A; 5EZ2 A; 1ICM A; 1TXL A; 1Y0G A; 3HTY A; 3NQ3 A; 4O4X A; 3ZW1 B; 1GX3 A; 1SWR A; 4O3X B; 2HMB A; 3VG3 A; 2HZQ A; 4CDF A; 1XCA A; 2OL8 O; 2IZA A; 2K62 A; 2RTI B; 4MVL A; 1BM5 A; 2BS6 A; 2MM3 A; 2FS7 A; 3EW2 A; 3S5V A; 1RXK A; 1VWG B; 3FYF A; 3RBY A; 3SOT A; 5HZQ A; 1HBQ A; 2OY1 O; 2FWV A; 3DTQ A; 3CQR A; 4CPE A; 1OSP O; 3CBS A; 1KT7 A; 1NQN A; 2FGS A; 3VHH A; 4ORU A; 2QM9 A; 1YWA A; 1NP4 A; 4YKM A; 1CRB A; 2KD2 A; 4AZN A; 5IXG A; 1VWJ B; 4OKA A; 1JIW I; 1UZ2 X; 1N9Y A; 1VWA B; 4ON1 A; 4YH0 A; 4Z27 A; 1TW4 A; 4XMD A; 5HTE A; 2L5P A; 4FBR A; 4ZHD A; 4I6S A; 1N9M A; 3KZA A; 3EC5 A; 5BYP A; 1PBY A; 1SWB A; 1TVQ A; 3FDC A; 4GJS A; 4CPF A; 2ZAG A; 1KT6 A; 1STR B; 3VE2 A; 1FJ1 E; 4TKB A; 1IKJ A; 3FR2 A; 3VPJ E; 5L8N A; 3FR5 A; 3PH5 A; 2MO5 A; 2QOM A; 3KFF A; 4PSQ A; 1I06 A; 1HXZ A; 4Y0P A; 4YGG A; 1I9H A; 2JU8 A; 1BSQ A; 1OBU A; 1VWP B; 4HPD A; 1B4M A; 5DG4 A; 2AT6 X; 4QYN A; 1E02 A; 1FTP A; 1EUO A; 1LDO A; 1PBO A; 4QQ1 A; 3T6F A; 2POA A; 1CJ5 A; 2Q9S A; 4OS8 A; 1EII A; 1BLR A; 1MOY A; 5H9K A; 2RTD B; 1Y53 X; 2Y32 A; 4AZM A; 1B0O A; 3PEC A; 2DJF A; 3CKF A; 4LZU A; 2LB6 A; 1IIU A; 1SLD B; 2N93 A; 4ZH6 A; 1JJU A; 1KGL A; 1VWF B; 3JSQ A; 4NV8 A; 4UU2 A; 1IJ8 A; 1IFB A; 1T8V A; 2C1S A; 2GTF X; 1N43 A; 2RTK A; 3D4R A; 3GE2 A; 4NLI A; 4ORX A; 4YDB A; 5IO7 A; 2A5C A; 3P6C A; 1VWM B; 2C4I A; 4GRJ A; 4NNS A; 3C76 X; 4NYQ A; 2IZE B; 1SWP A; 4U3Q A; 2WPU A; 1A2D A; 3EBK A; 4R0B A; 4MVK A; 4Y59 A; 3FEN A; 3D9W A; 3T2X A; 3VG7 A; 2RTL A; 1SWS A; 4KCA A; 3VE1 A; 3ZQ3 A; 2OY7 A; 1NC9 A; 5LJH A; 1Y55 X; 2A3F X; 3EBW A; 2JW1 A; 1MX8 A; 3FA7 A; 2Q4N A; 3MX7 A; 4NP1 A; 2JU7 A; 4YVB A; 5HZ8 A; 2GJ5 A; 4IAW A; 1X8Q A; 1KZX A; 2Y3E A; 4GNY A; 1LID A; 2PY1 A; 5LJD A; 3VGW A; 3ZUI A; 4ZHF A; 1YIV A; 1HQP A; 2ALL X; 3FIQ A; 4BJ8 A; 3TGC A; 4B55 A; 1SXY A; 1YWD A; 3WZP A; 3OE3 A; 3FMZ A; 1SWH A; 5B5G A; 1K24 A; 1U17 A; 3APX A; 2AT3 X; 5AJC A; 2X46 A; 5F7G A; 2RTA A; 4O9S A; 2MHD A; 2YG2 A; 2F73 A; 1O1V A; 3FW4 A; 3TGA A; 4IMO A; 3U0D A; 3BU9 A; 1SXU A; 4L1N A; 3AKM A; 2LFO A; 5HZ6 A; 2ZSC A; 3FEK A; 1VWR B; 5B3M O; 5IRU A; 1BSY A; 4FQB B; 1LIE A; 2QMI A; 2UYW A; 1GM6 A; 2Z4H A; 4GDZ A; 1CBQ A; 2CAM A; 2JMB A; 3MVF A; 5EDC A; 1WBI A; 4YMY A; 2QO5 A; 2OF8 A; 1FEL A; 1T0V A; 2WEW A; 1YWC A; 1G5W A; 3PED A; 1SWG A; 3OJY C; 2CZT A; 1X8N A; 1NP1 A; 1S44 A; 3P6H A; 4GK9 A; 3D95 A; 1JJX A; 1A3Y A; 1PM1 X; 4JGL A; 5D48 A; 1KL5 A; 5HZ5 A; 1VWQ B; 3BLG A; 1BRQ A; 3D97 A; 3IA8 A; 2OFA A; 3LTW A; 4QYP A; 4CDC A; 1KZW A; 1D3S A; 1TOW A; 3STN A; 1HN2 A; 2AF5 A; 3HWE A; 1Y9L A; 1HXL A; 2IZH B; 4OMX A; 1UYO X; 4XMC A; 2L67 A; 3U03 A; 3O19 A; 4CSB A; 5L3Y A; 2QO4 A; 2A8G A; 3EYC A; 4QAE A; 2HZR A; 2OF9 A; 4ZH9 A; 2X8T A; 5CE4 A; 3C78 X; 4A1Y A; 4GET A; 1S2P A; 1DV9 A; 4EQA C; 4DCB A; 2IZI A; 1PEE A; 2WQA E; 1SWC A; 4IB6 A; 3D96 A; 4UU3 A; 2YMS A; 1VPR A; 1CBS A; 1SXX A; 1MEP A; 1SWL A; 3KVN A; 5K06 A; 1RAV A; 1ERB A; 5B11 O; 2OY8 A; 2WEX A; 1BEB A; 2KT4 B; 3ELZ A; 3OD9 A; 3PQS A; 4YCH A; 4ES7 A; 4YFR A; 4TJZ A; 3P02 A; 5K68 A; 2BSZ A; 1SXW A; 3BU1 A; 2I5V O; 3WZO A; 3ZW0 A; 2BLG A; 2G78 A; 1HMR A; 3B2K A; 1WUB A; 1SWQ A; 3SZI A; 1YP6 A; 1SRI A; 1VWE B; 2RTQ B; 4U8U O; 1SY1 A; 2G7B A; 2QO6 A; 1OEK A; 1SWA A; 3APW A; 5FFH A; 4QGX A; 4CK4 A; 1SWU A; 4KC7 A; 4ZR2 A; 5BVQ A; 1JMX A; 4A60 A; 1O8V A; 5IRA A; 4ZJ0 A; 1X8U A; 1QQS A; 5HA1 A; 4YFQ A; 2G8C O; 1XKI A; 3ZI8 A; 3MG5 A; 1DFV A; 1KQX A; 3UEU A; 1JZU A; 3I17 A; 1LUQ A; 1IW2 A; 1SWE A; 1ZNL A; 4BX7 A; 5HTD A; 1LF7 A; 2G5L A; 3RE5 A; 4EKV A; 1MM9 A; 4PJ2 A; 2JN3 A; 5K67 A; 2DJG A; 5EPQ A; 3WJD A; 2G79 A; 3RSW A; 1QG5 A; 1JJJ A; 5LJE A; 1QAB E; 3RY2 A; 1L6M A; 1HY2 A; 1JYD A; 1S7D A; 1RST B; 2NNE A; 4OEL A; 2K23 A; 4WBK A; 3AKN A; 1EQD A; 1SA8 A; 1BSO A; 2L9C A; 5AJB A; 1O1U A; 5B29 A; 2FTB A; 1EAL A; 1I04 A; 4GNW A; 4HPC A; 3SZH A; 4MEE A; 4BQU A; 2X56 A; 5F2B A; 4YBP A; 4WFV A; 2IFB A; 4KC8 A; 3G7X A; 5EDB A; 5LJG A; 5C0N A; 1SRE A; 1KL4 A; 2IZF B; 1BJ7 A; 2UZ2 A; 3NP1 A; 4EXZ A; 4RUU A; 5D4A A; 2OY5 O; 4O3Z A; 4CV7 A; 3NPO A; 2W2A A; 5D45 A; 4ORR A; 3SAO A; 3STM X; 3P24 A; 3WJC A; 1N0S A; 1W6F A; 3GAQ A; 5L8I A; 2LA7 A; 1RSU B; 2Q39 A; 2RTG B; 1MDC A; 2AMM X; 3O22 A; 4GU8 A; 3K3L A; 4CDE A; 1VWB B; 3X00 A; 1B56 A; 1RXJ A; 1KXO A; 2RTB B; 1QFT A; 1GT1 A; 2HLV A; 4TLJ A; 1ERX A; 2FLJ A; 3FEL A; 3TF6 A; 4U8U M; 1SRH A; 2IZD B; 5JD2 A; 1X8P A; 3N91 A; 5B10 O; 4U46 A; 5HCE C; 3V8U A; 1KT3 A; 5F58 A; 3SLO A; 3WYQ A; 4EDE A; 4DNE A; 5IO6 A; 1SLE B; 1SWJ A; 3BX7 A; 2I5Z O; 3E3C A; 5F1E A; 3ZUO A; 2OFR X; 2OL7 A; 4IB8 A; 4MIS A; 3TGB A; 2CM9 A; 4QZU A; 2BC3 A; 2RTP B; 3ZW0 B; 2JOZ A; 1YP7 A; 4TKH A; 4CPH A; 1EW3 A; 1NBX A; 2AT8 X; 5AEO A; 5F6Z A; 4AW8 A; 1NQM A; 2X55 A; 3NX1 A; 3Q34 A; 4O49 A; 2A5B A; 4XME A; 4ZHC A; 1IFC A; 1JYJ A; 2RTR B; 3PK2 A; 4RUN A; 5H9L A; 2RA6 A; 4N7D A; 2KW1 A; 2IZL B; 2CBS A; 4Z28 A; 1SWN A; 1QWD A; 1FE3 A; 3HOE A; 3VHI A; 1BWY A; 2A2G A; 2FKJ A; 2A0A A; 5KHP A; 2Z4I A; 1UYN X; 3PH6 A; 5KID A; 1LCV A; 4MVE A; 4GDA A; 1Z24 A; 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3UAQ A; 4AZQ A; 2XST A; 5BVT A; 1QY0 A; 2GTL N; 1CBI A; 1R0U A; 1STS B; 1SY3 A; 2EU7 X; 2IZK A; 2RCQ A; 3HK1 A; 4OS0 A; 1LKE A; 1DZM A; 1AVE A; 3CMP A; 2ACP X; 2CZU A; 1A57 A; 1GT5 A; 2KTD A; 3QKG A; 2GC9 A; 5FAZ A; 4ZCB A; 1OBQ A; 1E2T A; 4GE1 A; 2AH7 X; 3B2L A; 1MX7 A; 3AEH A; 3FA6 A; 3FLL A; 1E06 A; 3SZJ A; 1ADL A; 3KFI A; 1ZRY A; 2LBA A; 1QY2 A; 1LEL A; 2ACO A; 3VG6 A; 1B8E A; 2WQ9 A; 4FBV A; 2HNX A; 2IZC B; 1GT3 A; 2OFB A; 1KL3 A; 4DQ3 A; 1DF8 A; 2FR2 A; 2RTF B; 5HBS A; 2BS5 A; 2WR6 A; 4HWM A; 2QCB A; 2IZG B; 1QFV A; 1LCW A; 1TOU A; 2E4J A; 3SLT A; 4ZGF A; #chains in the Genus database with same CATH homology 1GGL A; 3NQK A; 1HMT A; 3KQ0 A; 2WUT A; 3KFG A; 2JU3 A; 3PQU A; 4ORW A; 1HMS A; 1OPA A; 5IO5 A; 2R74 A; 4N7C A; 2R73 A; 3S26 A; 4IBA A; 1KQW A; 3NX2 A; 1EI5 A; 4I9R A; 3HWG A; 2R56 A; 4MIR A; 4XMF A; 1GX8 A; 3CQN A; 3HOL A; 3UEX A; 1VYG A; 5LJK A; 5HCC C; 2Q2M A; 3ZW2 A; 1LNM A; 4A8Z A; 3U9P C; 1GX9 A; 1MUP A; 4OMW A; 2KTS A; 1EXS A; 2OVS A; 4DQ4 A; 2A13 A; 1D2U A; 4LQZ A; 3FA9 A; 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