The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
34
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sequence length |
113
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structure length |
113
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Chain Sequence |
PEDKEYDVSGRVVSALVYQYFIVTVDDAEDKKGKTFQGDAGGVTIPGVDFFWGTLHTPDLEKLYSDTVSFQYNAAATFLNINFFDSKGERLGYVLAGAAGTVSGIGGGTGGWE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of the Virulence-Associated Protein Vapd from the Intracellular Pathogen Rhodococcus Equi.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Unknown function
|
| source organism |
Rhodococcus equi
|
| molecule keywords |
VIRULENCE ASSOCIATED PROTEIN VAPD
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| total genus |
34
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| structure length |
113
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| sequence length |
113
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-03-06 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Lipocalin | Lipocalin |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4CV7 A; 4CSB A; 5AEO A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1SWK A; 1TW4 A; 4INN A; 3EW2 A; 5BVQ A; 4XMH A; 3VU1 A; 1D2U A; 1IKJ A; 2IZA A; 1N9Y A; 1ERB A; 1SMP I; 4DQ3 A; 1X8Q A; 3KFG A; 4YFR A; 2JU8 A; 3PH5 A; 4MEE A; 1OEK A; 1MK5 A; 1IFC A; 2DM5 A; 2X34 A; 4K19 A; 1A57 A; 1NP1 A; 2POA A; 3TGA A; 2OFR X; 4AYH A; 5BVS A; 2X45 A; 2A2U A; 1DZJ A; 1FEM A; 1TOU A; 1QAB E; 2R74 A; 2Z4I A; 4I3B A; 2MO5 A; 4GGZ A; 4NYQ A; 3AKM A; 4ID2 A; 1MVG A; 1ALB A; 1EW3 A; 2LFO A; 2OY8 A; 1NP4 A; 1CBR A; 3L4R A; 3WXQ A; 2X4M A; 4HPB A; 1I78 A; 2WSJ A; 4MVI A; 5FQ6 E; 4BBO A; 1LDQ A; 1BWY A; 1SRF A; 2BC3 A; 1H91 A; 3BSZ E; 1GKA B; 2QCB A; 1Y55 X; 2RTE B; 2AT5 X; 2AL0 X; 4I3C A; 2WQA E; 3FEP A; 4IMO A; 2OY7 A; 3ZI8 A; 2FRS A; 1YWD A; 2RTH B; 4IB6 A; 4JGL A; 3U03 A; 4QNI A; 1O1U A; 1GX3 A; 2FHL A; 3PPT A; 5FFH A; 2FKJ A; 4YKM A; 2MHD A; 3RDM A; 1MX7 A; 1SRI A; 1SWH A; 2C1Q A; 3FEK A; 4IRW A; 4CV7 A; 4BX6 A; 3EBK A; 3T6F A; 3AKN A; 3VG2 A; 2Z4H A; 2F01 A; 3UEU A; 4MIS A; 1LPJ A; 4O4U A; 1VWO B; 1EQD A; 2IZJ A; 1GT1 A; 3HWF A; 2VDF A; 1GX8 A; 4NLJ A; 4N7C A; 3FA6 A; 2A8G A; 2NNQ A; 2OZQ A; 5H9L A; 2AT0 X; 2AT8 X; 4Z6J A; 5F6B A; 1QG5 A; 2YMS A; 1G5W A; 1KT5 A; 3NX2 A; 1T0V A; 2KW1 A; 4O3Z A; 2L67 A; 3HOL A; 2L5P A; 3LHN A; 2HMB A; 1BM5 A; 1I4U A; 2IZF B; 2Y32 A; 1BRQ A; 4D6A A; 3JQO A; 3WZP A; 3P24 A; 1SWC A; 4Z2V A; 2A3F X; 2FHN X; 4O4X A; 3D96 A; 1SWS A; 1HXL A; 2KTS A; 4IAB A; 4KCA A; 1EII A; 2X8F A; 4NNS A; 1X8N A; 1VWP B; 3APX A; 3F9D A; 4GZV A; 4CDD A; 3RKG A; 2CBS A; 1E00 A; 1KOI A; 4QGX A; 3T6L A; 2M4L A; 1Y53 X; 1ZNL A; 2RTP B; 4ZHD A; 3P6F A; 4ORW A; 5JD2 A; 1GX9 A; 1SWQ A; 3RDS A; 2RTN B; 4XMD A; 4ORS A; 1KXO A; 4BX6 B; 2RTI B; 2GH7 A; 4YCE A; 3STN A; 2ACP X; 1T8V A; 4CDF A; 1EIO A; 2I5Z O; 2OVS A; 3KZA A; 4DQ4 A; 1G7N A; 3APW A; 2RCT A; 3RWX A; 1E02 A; 2BS6 A; 2OF8 A; 1MX8 A; 1EI5 A; 4CPE A; 1GT4 A; 2A0A A; 5LJD A; 1RXJ A; 1U0X A; 2IZG B; 1ZRY A; 3HWD A; 5D48 A; 4ZFX A; 1X8U A; 1ACD A; 1STS B; 3FEL A; 3N91 A; 3UEX A; 2RTG B; 1W5R A; 2HLV A; 3OD9 A; 3VG4 A; 2KT4 B; 4XMF A; 4FBV A; 5AEO A; 3Q34 A; 1EPA A; 5B5F A; 1U17 A; 3QQ2 A; 4O49 A; 5FQ8 E; 1EAL A; 1VYG A; 5HTE A; 1E06 A; 3WYQ A; 1XKI A; 3HWE A; 1G85 A; 4AZM A; 4YGZ A; 1X89 A; 3RE6 A; 4DCB A; 3NP1 A; 1QFV A; 1LIC A; 4OS3 A; 5EDC A; 3QKG A; 4Y5D A; 4GJV A; 4HWM A; 1KGL A; 4GD9 A; 3PDF A; 1JZU A; 2X32 A; 4GK9 A; 2RTD B; 1EXS A; 1X8O A; 4GU8 A; 1RBP A; 3HOE A; 1SLE B; 4ZH6 A; 3KFF A; 2DJF A; 4CDC A; 4UU3 A; 1S7D A; 3MM0 A; 2QO6 A; 2CZT A; 2CM4 A; 3EC5 A; 1SWF A; 2RTB B; 5AJB A; 4U8U O; 1STR B; 3KFH A; 1DF3 A; 1SWA A; 1B0O A; 5EEE A; 1DZM A; 3D9W A; 1AQB A; 1LCV A; 1YWB A; 2HZR A; 3F8A A; 2ACO A; 1FEN A; 5F58 A; 1GT3 A; 5EPQ A; 3SLO A; 1ADL A; 4GUZ A; 2Q4N A; 1DZK A; 2OVA A; 4KC8 A; 4O3Y A; 5HBS A; 4KC7 A; 3ZW1 A; 4A1H A; 5C0N A; 1ERX A; 4IB7 A; 1I04 A; 1MDC A; 1IFB A; 1I9H A; 1QY0 A; 1N4J A; 1EUO A; 1SXU A; 4XMC A; 3JSQ A; 4OEL A; 3WJF A; 3I0A A; 1DZP A; 1UZ2 X; 2I5V O; 2LA7 A; 4YKO A; 1PEE A; 3VPJ E; 2C4I A; 1DF8 A; 1LCZ A; 1YP7 A; 4GGR A; 2E4J A; 2OFA A; 4XME A; 5K68 A; 2W2F A; 1QWD A; 2F73 A; 1Z24 A; 4MVE A; 3C76 X; 3B2I A; 1B4M A; 1VWI B; 4ORR A; 3HPE A; 3EBW A; 2Q9S A; 3FYF A; 3PP6 A; 5LJH A; 1G74 A; 1Y9T A; 2Q2P A; 4YDA A; 3MBT A; 1KQW A; 1LUQ A; 1ICN A; 4QGW A; 4QYN A; 2JW1 A; 3VHM A; 3O22 A; 4I6S A; 4B55 A; 5KHP A; 3FDC A; 4CK4 A; 4ALO A; 4I9S A; 2RD7 C; 1FJ1 E; 3ZW1 B; 4WFU A; 3Q6L A; 3SOT A; 3P6E A; 5L3Y A; 1JBH A; 2BSZ A; 3HTY A; 2FR3 A; 3D95 A; 3RDU A; 3UEW A; 4YBP A; 1PM1 X; 1KZW A; 2G8C O; 3ELX A; 2QM9 A; 1YIV A; 2OY1 O; 4GDA A; 1IKE A; 1SXX A; 1ML7 A; 1NC9 A; 1KQX A; 1QFT A; 2IZE B; 5KIC A; 4YDB A; 4ZHF A; 4EKV A; 3EYC A; 1NDJ A; 2CZU A; 4YGH A; 2OYB O; 1VWN B; 2FLJ A; 3FW4 A; 3PEC A; 4L1N A; 3WZO A; 2ZAG A; 1JIW I; 4GJS A; 2JU3 A; 3GAQ A; 4EQA C; 1GXA A; 2IZK A; 1LID A; 1B56 A; 1OEE A; 3MX7 A; 1JYD A; 3NQ3 A; 1SLG B; 4OS0 A; 1FDQ A; 1RXK A; 1SWJ A; 3C77 X; 4I60 A; 2MJI A; 3SLJ A; 3SZH A; 5B29 A; 4GDZ A; 1T68 X; 3O19 A; 3WJG A; 3VHI A; 5LKE A; 1VWE B; 5LKF A; 1PBO A; 3WZQ A; 3VGW A; 4CPH A; 2ASN X; 1RLB E; 2FS7 A; 1CBI A; 4ML7 B; 3B2K A; 2IZI A; 4PJ2 A; 2G5L A; 3EMM A; 1JJJ A; 1I05 A; 2HNX A; 1VWH B; 4Y0Q A; 5EED A; 3ZW0 B; 2JMB A; 3WZN A; 3ZZV A; 3RDX A; 1NBX A; 3B2H A; 3TF6 A; 4AZN A; 5F7G A; 3WOV A; 1LCW A; 4NV8 A; 1SLF B; 4OEM A; 2KTD A; 4HPC A; 3KVN A; 1BLR A; 2W2B A; 2X8T A; 1CBQ A; 1KT3 A; 3WJC A; 1YP6 A; 3ZUO A; 1HY2 A; 4ZGF A; 5B11 O; 2LB6 A; 1OBU A; 2DJG A; 4U8U N; 2RTC B; 3NPO A; 4ARH A; 3FA7 A; 3WYP A; 1QQS A; 4YVB A; 4M6S A; 1SWG A; 2QO5 A; 3CKG A; 3JS1 A; 1SRE A; 5B3M O; 4FGI B; 3ZWE A; 1IJ8 A; 2LKK A; 5L8I A; 2AF5 A; 2RTM A; 3IFB A; 2X56 A; 1OBP A; 4UU2 A; 1WUB A; 2Q39 A; 1OSP O; 1UYO X; 4ZR2 A; 1VYF A; 4CSB A; 1VPR A; 1MEP A; 5F6Z A; 4LKT A; 5KID A; 4GNY A; 1S2P A; 3BX7 A; 3NQ9 A; 1DFV A; 2PI3 O; 4CPH B; 4EFG A; 1SY0 A; 1JMX A; 2OL7 A; 3RBY A; 1OEJ A; 2QOM A; 3D4R A; 3PQU A; 5AQ6 A; 1VWM B; 4ORY A; 1NGL A; 3CR6 A; 1A3Y A; 2NND A; 2O62 A; 4BX5 B; 4FQB B; 2FTB A; 1SWL A; 4FBR A; 1VYO A; 5HCC C; 1VWB B; 4NW4 A; 4LZU A; 2L9C A; 4GKC A; 5LJG A; 4QQ1 A; 5FAZ A; 1OPA A; 5HZ8 A; 3T1D A; 3U9P C; 2PY1 A; 4I9R A; 2BHV A; 4WBK A; 4QAE A; 5LJB A; 1AVD A; 3SAO A; 3VE2 A; 1MUP A; 2G78 A; 1X71 A; 4U8U M; 4BX7 A; 2GTL N; 4QGV A; 3HK1 A; 4Z27 A; 4ZHG A; 1CRB A; 5HAE A; 1BSO A; 3P6G A; 4TKH A; 4WHI A; 2A5B A; 2A13 A; 2ZSC A; 2QO4 A; 2HKD A; 4A60 A; 1ZNH A; 2RTL A; 1A2D A; 3B2L A; 3NR3 A; 5D8J A; 5DPQ A; 1NQM A; 4TKJ A; 1VWL B; 4O9S A; 3EW1 A; 5F1E A; 1N0S A; 1Y52 X; 4TQ2 A; 1PMP A; 2ALL X; 1VWR B; 5H9A A; 3STK A; 3FA9 A; 3FR4 A; 5HWZ A; 1JV4 A; 5H9N A; 2Q2M A; 3SLT A; 2WR6 A; 5D45 A; 3BX8 A; 1PTS A; 3NAD A; 1TOW A; 5HZ9 A; 3ZQ3 A; 1D3S A; 1JYJ A; 4NV7 A; 4QZT A; 3RY1 A; 1AVG I; 3OBL A; 2OFM X; 5FQ7 E; 4KH8 A; 4LKP A; 1N43 A; 3TGB A; 3FA8 A; 3LTW A; 2LBA A; 2RTR B; 4GET A; 4YFQ A; 1SXY A; 4BX7 B; 5EZ2 A; 3BRN A; 1RXH A; 1OBQ A; 1K24 A; 2G79 A; 2ANS A; 2FR2 A; 4GGT A; 4O3X B; 5CE4 A; 1SY3 A; 1SWU A; 4YMY A; 1YWA A; 4TLJ A; 5HCD C; 4D6B A; 4O4O A; 1O1V A; 2VFB A; 4YFP A; 4ZHH A; 5AJC A; 4GNW A; 2G7B A; 1URE A; 3KFI A; 5IRA A; 2LBV A; 2L68 A; 5LJK A; 1BSQ A; 2K62 A; 2RCQ A; 1SWT A; 2RTF B; 1JJU A; 1SY1 A; 4JO6 A; 4MIR A; 4YGG A; 4AZP A; 1RST B; 3WVM A; 5K06 A; 2GTL O; 1STP A; 4NYR A; 2OY5 O; 1UYN X; 5LJE A; 4IB9 A; 2VFC A; 4ORX A; 4A1Y A; 2IZB A; 4BVM A; 4O4S A; 5HZQ A; 4EEJ A; 1DC9 A; 4O3W A; 5CYB A; 1HMS A; 1SRG A; 4L3R A; 4BGF A; 4Z2P A; 3VG3 A; 4ON1 A; 3ZW2 A; 2NNE A; 4RUN A; 1LNM A; 3VHH A; 1BRP A; 1JQP A; 2FS6 A; 1HXZ A; 4R0B A; 1SWN A; 1AVE A; 4GE1 A; 1HBQ A; 1KZX A; 1LIE A; 4ZHC A; 2MWH A; 3S26 A; 1B8E A; 2IZL B; 2X55 A; 1IIU A; 1N7Y A; 5IRW A; 4IBA A; 5CSE A; 3BU9 A; 2AKQ A; 1HBP A; 2WEX A; 1HQQ A; 1P6P A; 3BY0 A; 4IAW A; 3U0D A; 4OMW A; 3BS2 A; 1O8V A; 4CPI A; 3FID A; 1LKE A; 1MM9 A; 2IZC B; 2ZAI A; 4M7M A; 4TJZ A; 4AZQ A; 2JN3 A; 2RN4 A; 2YG2 A; 3UAQ A; 4OKA A; 4IB8 A; 3PQS A; 5IXG A; 4OMX A; 2RA6 A; 3CKF A; 1RSU B; 1CJ5 A; 3I17 A; 1KL3 A; 1SWD A; 3VE1 A; 2WEW A; 1I06 A; 5IRU A; 4BOE A; 1JMZ A; 4AW8 A; 1KFF A; 1KL5 A; 1FTP A; 3G7X A; 4DNE A; 1YWC A; 3HWG A; 3IA8 A; 1KT6 A; 2UYW A; 1FE3 A; 1LF7 A; 3PH6 A; 1BEB A; 1LIF A; 2WPU A; 3WJB A; 2AT6 X; 4BX5 A; 1SA8 A; 4HFO A; 4U9C A; 1R0U A; 1VWA B; 3EM0 A; 4TNN A; 3ZW0 A; 4Z2O A; 4Z28 A; 3P6H A; 1HMT A; 4NP1 A; 3WJD A; 3FR2 A; 4ZJ0 A; 2MF6 A; 3S5V A; 3FIQ A; 1L6M A; 4NLI A; 2OVD A; 4PSQ A; 5H9K A; 5HA0 A; 5HA1 A; 1AEL A; 3E3C A; 4QRL A; 2XKL A; 1E5P A; 2BLG A; 4Y0P A; 4ZGU A; 3S5X A; 3BU1 A; 2CBR A; 3AUM O; 4WFV A; 2CAM A; 3ZUI A; 2RTQ B; 1X8P A; 4Y0R A; 1A18 A; 1S44 A; 1KT4 A; 3VG7 A; 5B10 O; 3CBC A; 2JOZ A; 1SLD B; 2R56 A; 1ICM A; 2NP1 A; 1BJ7 A; 2BT9 A; 3RZY A; 3WJE A; 5BVT A; 3H3I A; 1Y0G A; 4C5P A; 1VWF B; 2RQ0 A; 4LQZ A; 4Y59 A; 1HMR A; 4Y0S A; 5LJC A; 3APU A; 2RTO B; 1MOY A; 4XMG A; 1SWO A; 4GRJ A; 3AEH A; 1QY1 A; 4YBU A; 3VG5 A; 4ZCB A; 3MG5 A; 1SWR A; 1DV9 A; 1ZNE A; 2OVE A; 2AH7 X; 2C1S A; 1GT5 A; 3T2W A; 1E2T A; 1SRH A; 2IZH B; 4EDE A; 1SWP A; 1N9M A; 2XST A; 2RTJ A; 2FKG A; 3KQ0 A; 5JR8 A; 1GM6 A; 2N93 A; 4OS8 A; 3VG6 A; 3P02 A; 1Y9L A; 4BCS A; 2OL6 O; 1BBP A; 2RTA A; 2AT3 X; 1LIB A; 2HZQ A; 1JJX A; 2K23 A; 5B5G A; 4ES7 A; 5BYP A; 3DTQ A; 3C78 X; 2HYS A; 4BJ8 A; 3FMZ A; 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