The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
26
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sequence length |
111
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structure length |
111
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Chain Sequence |
EQQYDVHGNVISAAVYQKFHVYGPEDMVFDGDAGGLTIPGAGAFWGTLFTSDLQRLYKDTVSFQYNALGTYLNINFFDSSGGFLGHIQAGAVSAVVGVGGGSGSWHNWEVA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of Rhodococcus Equi Virulence-Associated Protein B (Vapb) Reveals an Eight-Stranded Antiparallel [Beta]-Barrel Consisting of Two Greek-Key Motifs
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Toxin
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| source organism |
Rhodococcus equi
|
| molecule keywords |
VIRULENCE ASSOCIATED PROTEIN VAPB
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| total genus |
26
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| structure length |
111
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| sequence length |
111
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-03-24 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Lipocalin | Lipocalin |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4CV7 A; 4CSB A; 5AEO A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2RTC B; 1E02 A; 5KIC A; 1VWB B; 1ZNK A; 2W2B A; 3HOE A; 1DFV A; 2LA7 A; 4OS8 A; 4O3Z A; 1D2U A; 2X32 A; 1VYF A; 3ZW1 B; 4RUU A; 2FKJ A; 3VG6 A; 2RQ0 A; 1VWG B; 1LCV A; 4ORX A; 4YVB A; 1I04 A; 1OEJ A; 3HK1 A; 1GT1 A; 3I17 A; 1UYN X; 2X55 A; 4Y0P A; 5B11 O; 3SLO A; 1GKA B; 1SWD A; 2QM9 A; 2OFA A; 3WZN A; 3GE2 A; 1D3S A; 1JV4 A; 2POA A; 3AKN A; 3F8A A; 1DF3 A; 2GTL O; 1ADL A; 3ZZV A; 1EII A; 3O2Y A; 5F1E A; 5K68 A; 5F2B A; 1SWJ A; 1DZM A; 1O8V A; 1S44 A; 4NP1 A; 3KFH A; 1ICN A; 1SWK A; 3FR4 A; 1YWB A; 1ZNE A; 4I3D A; 4QAE A; 4YCE A; 4GD9 A; 3HOL A; 4CDE A; 3EBK A; 5LJC A; 3FMZ A; 3BS2 A; 1A3Y A; 3G7X A; 1SWT A; 3PQU A; 3RE5 A; 1STP A; 2C1S A; 1MX7 A; 2CM9 A; 2HYS A; 2YG2 A; 1SWB A; 2OL6 O; 1X8N A; 1MM9 A; 3D9W A; 2IZG B; 1QY0 A; 4O4S A; 2MF6 A; 2ZAI A; 4ZH9 A; 1N4J A; 1ZND A; 1SWO A; 2AKQ A; 5HWZ A; 5DPQ A; 2VFB A; 1O1U A; 2RTQ B; 1BSO A; 3P6F A; 1GM6 A; 1SWR A; 2MHD A; 2AMM X; 2G8C O; 1YIV A; 1Y9T A; 1MUP A; 2I5Z O; 1MX8 A; 2JGS A; 5AQ6 A; 2L67 A; 3T1D A; 3U0D A; 2KTS A; 2KD2 A; 2ALL X; 1BLR A; 1NC9 A; 2FLJ A; 4IB9 A; 2LBV A; 4CDD A; 1BRQ A; 1XKI A; 1ZNG A; 2CM4 A; 3FEL A; 1YP7 A; 2X4M A; 5L8O A; 2RTI B; 4BGF A; 1RBP A; 1HMS A; 1NP4 A; 1LF7 A; 3FIQ A; 4IRW A; 4HPC A; 2X56 A; 4AYH A; 5HA0 A; 2GJ5 A; 3OD9 A; 1TOU A; 2K62 A; 2WUT A; 1PMP A; 1JMZ A; 2OFB A; 5HBS A; 4TQ2 A; 2IZF B; 5IO7 A; 4QGW A; 4KC7 A; 5HA1 A; 2A13 A; 3OBL A; 2AVI A; 2RTP B; 2PY1 A; 3NBX X; 5K67 A; 2GC9 A; 3FYF A; 2FT9 A; 4YCH A; 4CK4 A; 1I78 A; 1VWN B; 2EU7 X; 4YKO A; 4DNE A; 4TJZ A; 1JBH A; 4QYN A; 3C77 X; 3PK2 A; 3BU9 A; 4O4X A; 5D47 A; 4BX7 A; 5LJK A; 3VE2 A; 2BC3 A; 1BWY A; 1QY1 A; 1TOW A; 1HXL A; 2JMB A; 2OY7 A; 3CBS A; 1OPA A; 3BX8 A; 1GX3 A; 2QO6 A; 3APV A; 3WJF A; 3ZW1 A; 1VWR B; 1TW4 A; 2GTL N; 2RTO B; 4UU2 A; 2AH7 X; 3BU1 A; 1URE A; 4IB6 A; 4LZU A; 2RTK A; 1SWU A; 4GE1 A; 2AT6 X; 2FHL A; 4BJ8 A; 1SWN A; 3ZW2 A; 1CBQ A; 1SWC A; 2OY8 A; 5F6B A; 5FQ7 E; 2OFM X; 4U9C A; 1B8E A; 3I0A A; 3LTW A; 1T0V A; 2RD7 C; 3RY2 A; 1CJ5 A; 1B0O A; 5LJH A; 1JIW I; 1HXZ A; 4A1Y A; 2RTB B; 4ZFX A; 4YGZ A; 1AB0 A; 3FW4 A; 2QOS C; 5CYB A; 1X8Q A; 2IZC B; 1HMR A; 2RTF B; 3P6H A; 1G85 A; 2HMB A; 2PI3 O; 4MVL A; 3SAO A; 3TF6 A; 3F9D A; 1HQP A; 1E06 A; 2ASN X; 3CR6 A; 4I9S A; 1EIO A; 1KZX A; 2FS6 A; 1BBP A; 5LKF A; 4I3C A; 1Y9L A; 4DQ4 A; 1DZK A; 5EDB A; 1KQW A; 4AZO A; 4TKJ A; 2RTM A; 2LB6 A; 4MVI A; 4WHI A; 1L6M A; 1N9M A; 4ZR2 A; 3ZW0 B; 5C0N A; 1ALB A; 1G7N A; 1G74 A; 2IZB A; 3L4R A; 4ZHD A; 5D45 A; 2ACP X; 3MBT A; 1JQP A; 2Y3E A; 1OBP A; 3STN A; 4GUZ A; 3V8U A; 3VHM A; 2W2A A; 3WJG A; 2MJI A; 1H91 A; 1PBO A; 4Y0R A; 4ZHF A; 2Q9S A; 2IFB A; 2KT4 B; 2FWV A; 3PEC A; 1S7D A; 1KL5 A; 4BOE A; 3FID A; 5IO5 A; 5IRU A; 2OZQ A; 2WEX A; 2Y3F A; 3WJB A; 4YBU A; 1X8U A; 2P8G A; 4I9R A; 4R0B A; 3EYC A; 1VWI B; 3RBY A; 3WJE A; 4BX5 B; 3N91 A; 3F6Z B; 3RDU A; 3C78 X; 4O3Y A; 2OYB O; 2WSJ A; 4I95 A; 3BLG A; 2DM5 A; 1RSU B; 2GH7 A; 4OS0 A; 4YDA A; 1OSP O; 4DCB A; 1ZRY A; 3FA6 A; 3RWX A; 2RTA A; 2OFR X; 1HN2 A; 5KHP A; 3TZS A; 1LNM A; 4NV7 A; 1NP1 A; 2QO4 A; 4BQU A; 4Z2O A; 1SXW A; 2RTE B; 2OVD A; 3T2X A; 5EED A; 4TLJ A; 1KL4 A; 1DZJ A; 1X8P A; 4QZT A; 1CBR A; 2UYW A; 3FEK A; 3IA8 A; 2VDF A; 1EI5 A; 2GTL M; 3RDM A; 1VWO B; 3VG4 A; 1ACD A; 1BSQ A; 3WZP A; 2FKG A; 4YFQ A; 4LKP A; 1SRE A; 1WBI A; 2ACO A; 4Z28 A; 2G79 A; 4GNY A; 1FTP A; 4AZR A; 3AUM O; 5B3M O; 4CPI A; 3APX A; 2HKD A; 3SLT A; 2IZE B; 2BSZ A; 3ZQ3 A; 3JSQ A; 4AZN A; 4KH8 A; 5HZQ A; 3H3I A; 3UEV A; 4GNW A; 2W2F A; 1SWF A; 3CKG A; 5AJB A; 1EW3 A; 2ANS A; 3O19 A; 1LIE A; 4IMN A; 4CSB A; 2RA6 A; 4C5P A; 1T68 X; 4KII A; 1VPR A; 3WXQ A; 2FS7 A; 3WBG A; 1SLE B; 4O3W A; 1K24 A; 1QG5 A; 3K3L A; 2JU8 A; 5CHK A; 3NX2 A; 3KQ0 A; 2JOZ A; 4ODD A; 2RCT A; 4B55 A; 4GRJ A; 3D97 A; 2WQ9 A; 2LFO A; 4A8Z A; 1SRG A; 1KQX A; 4KT5 A; 4NV8 A; 4YKM A; 2R74 A; 1HBQ A; 1VWJ B; 3HPE A; 4PSQ A; 2N93 A; 4FBR A; 2A3F X; 2L5P A; 1LIF A; 3EBW A; 4FGI B; 5EPQ A; 2MO5 A; 4NLJ A; 5LJE A; 1OBU A; 3ZW0 A; 4O3X B; 1EUO A; 2HZR A; 2R56 A; 1SLG B; 3MX7 A; 2CBS A; 1GT3 A; 3STM X; 1EQD A; 2JW1 A; 5K06 A; 3TGC A; 5BVS A; 3UEU A; 2X8F A; 3EW1 A; 5B2A O; 4YH0 A; 2RN4 A; 3TGB A; 1QFV A; 3UEX A; 5B5F A; 2Q2P A; 1OEK A; 4U46 A; 2M4L A; 4NLI A; 3RY1 A; 1X89 A; 1RXK A; 4MVE A; 3JQO A; 3UAQ A; 4BCS A; 4OEL A; 1LFO A; 1VWK B; 3C76 X; 3SZI A; 1YWC A; 3U03 A; 2KW1 A; 2Q2M A; 3WOV A; 4I6S A; 4XMF A; 1ZNH A; 3CBC A; 2OVS A; 1SY2 A; 1LKE A; 2A5C A; 1HMT A; 4JGL A; 3WYQ A; 1SRF A; 3GAQ A; 4CPE A; 1OEE A; 4LQZ A; 3ZWE A; 4Z2P A; 5L8N A; 4IB7 A; 4XME A; 1IFC A; 2A0A A; 2DJF A; 3WVM A; 2G5L A; 5EDC A; 1X71 A; 3FEP A; 4N7C A; 1E5P A; 4Y5D A; 4HPA A; 3BY0 A; 4O4O A; 3P6C A; 1JYD A; 3APW A; 1IKJ A; 2HZQ A; 2QCB A; 4JNJ A; 4Y0Q A; 1GX9 A; 2CAM A; 1AVE A; 4YFP A; 4BX6 B; 2WQA E; 1W6F A; 4HPB A; 4OKA A; 5B10 O; 3S26 A; 3SZH A; 2G7B A; 2F73 A; 5HZ9 A; 3PDF A; 1KOI A; 1SWQ A; 1RXH A; 1B4M A; 2X46 A; 2RTN B; 4YGG A; 5DG4 A; 1YUP A; 1HY2 A; 1GKA A; 1QWD A; 1G5W A; 2IZA A; 1ZNL A; 2A2G A; 3FR2 A; 1LDO A; 2JU7 A; 1NBX A; 2QMI A; 1SWP A; 3FA7 A; 4BVM A; 2IZD B; 4GDZ A; 3WZO A; 3HWG A; 4D6B A; 5IO6 A; 4MVK A; 5D8J A; 2JN3 A; 4KCA A; 4MEE A; 3RDQ A; 3BDR A; 1YWD A; 4LKT A; 5B29 A; 1QAB E; 2FTB A; 1TXL A; 1MDC A; 4EKV A; 3LHN A; 3T6L A; 4XMH A; 4YBP A; 4GKC A; 1JJX A; 2BS5 A; 2X34 A; 1JJJ A; 2AF5 A; 3VG3 A; 5BYP A; 1VWD B; 5IRW A; 1JMX A; 3ELX A; 3WZQ A; 5HCC C; 4GGZ A; 3OJY C; 4UU3 A; 1SWS A; 1GXA A; 1SRJ A; 2JU3 A; 4GZV A; 1GT4 A; 1SWL A; 2GTF X; 3P6D A; 4GET A; 4I60 A; 1MK5 A; 4ID2 A; 2C1Q A; 4ZHH A; 1LEL A; 2A2U A; 1FEM A; 2CBR A; 3JS1 A; 4JO6 A; 1O1V A; 4LZV A; 1QQS A; 1IJ8 A; 5D48 A; 4FQB B; 1E2T A; 1Y53 X; 4ORR A; 3S5V A; 2FHN X; 4QRL A; 2FR3 A; 3VPJ E; 3TGA A; 2KTD A; 4Y59 A; 1I06 A; 4WBK A; 4U8U O; 4CDF A; 4A1H A; 3CQR A; 3FA9 A; 1Y52 X; 2XST A; 4YFR A; 4EQA C; 5HZ8 A; 4ORS A; 3X00 A; 3FR5 A; 5LJB A; 4ES7 A; 4DQ3 A; 4YMY A; 1IFB A; 4GK9 A; 1UZ2 X; 3NQ9 A; 1K3B A; 2O62 A; 3EC5 A; 3RDO A; 4AW8 A; 1ERB A; 2IZI A; 5F7G A; 4AZM A; 4IB8 A; 3Q6L A; 5EZ2 A; 4D6A A; 1DF8 A; 1SLD B; 2HNX A; 3ELZ A; 4NNT A; 3FA8 A; 1W5R A; 3STK A; 1W4T A; 1SXU A; 1VWH B; 3NPO A; 1I05 A; 4FBV A; 1KT5 A; 4Z6J A; 2VFC A; 2IZK A; 1LIC A; 2LKK A; 2Z4I A; 4OS3 A; 5FQ6 E; 3VG7 A; 4CPH B; 3T2W A; 4EDE A; 4XMC A; 1U17 A; 1SLF B; 3BX7 A; 3T6F A; 1SWG A; 4M6S A; 4ML7 B; 1UYO X; 3HWE A; 3MVF A; 1I4U A; 1PEE A; 4CV7 A; 3APU A; 4Y0S A; 1STR B; 1U18 A; 3CKF A; 5AEO A; 3VG2 A; 4I3B A; 1EPA A; 3EW2 A; 3Q34 A; 3B2I A; 4QQ1 A; 3SOT A; 3D95 A; 1NQM A; 2Q4N A; 1A18 A; 4BX7 B; 1HQQ A; 3KFI A; 1RST B; 1CBI A; 1BEB A; 4COT A; 4YDB A; 2AT8 X; 5B5G A; 5L3Y A; 4ZJ0 A; 2NNQ A; 1OBQ A; 1PM1 X; 1GX8 A; 2Z4H A; 3CMP A; 3P02 A; 1MEP A; 5D4A A; 1KXO A; 4ZHC A; 2AT0 X; 1VWP B; 4QGX A; 4FBO A; 5LKE A; 5EEE A; 1SXY A; 1QFT A; 5JR8 A; 1LIB A; 1Y0G A; 3B2L A; 4IAB A; 4CDC A; 1SY0 A; 1RLB E; 2OVA A; 4IBA A; 1LDQ A; 1VWL B; 4RUN A; 3NR3 A; 1I9H A; 5KID A; 4MIS A; 1B56 A; 1JJU A; 5AJC A; 4ON1 A; 4CPF A; 1EAL A; 3SLJ A; 1VYO A; 2MWH A; 5IRA A; 1RAV A; 5HCE C; 1LCZ A; 4ALO A; 2NND A; 1SY1 A; 3PPT A; 2X8T A; 4U8U N; 1VWQ B; 3ZUO A; 4ALB A; 1VWE B; 1MVG A; 3WJD A; 1X8O A; 1EPB A; 4IAX A; 2NNE A; 2RTD B; 4L3R A; 5H9K A; 1S2P A; 1VYG A; 1KT3 A; 3DSZ A; 1SRH A; 4EXZ A; 2QO5 A; 2OVE A; 3O22 A; 4ORU A; 1WUB A; 2Y32 A; 4EEJ A; 1JZU A; 1OPB A; 1N0S A; 2FR2 A; 2RTG B; 4GJS A; 1N7Y A; 2X45 A; 4BX5 A; 1A57 A; 3PP6 A; 5H9N A; 5H9A A; 5LJG A; 1PBY A; 3S60 A; 1AVG I; 4A60 A; 1N9Y A; 3OE3 A; 4TNN A; 1IIU A; 1VWF B; 1TVQ A; 1FJ1 E; 2F09 A; 2RTL A; 4N7D A; 3WYP A; 1DV9 A; 2Q39 A; 2R73 A; 1BJ7 A; 2BLG A; 3ZUI A; 2OF9 A; 2AT5 X; 3VGW A; 1SXX A; 1SWH A; 2CZT A; 4GGT A; 1NGL A; 4NW4 A; 1AQB A; 1IKE A; 1VWA B; 5HAE A; 2QOM A; 2RTR B; 1KT7 A; 4GH7 A; 4WFV A; 2I5V O; 3RDS A; 1KT6 A; 1QY2 A; 1RXJ A; 2OL8 O; 2FGS A; 3MM0 A; 3P24 A; 5H8T A; 3ZI8 A; 4ZGF A; 5CE4 A; 2NP1 A; 3VG5 A; 1BSY A; 4CPH A; 2ZAG A; 1NQN A; 2BS6 A; 3BSZ E; 5F58 A; 4HWM A; 5B27 A; 1KGL A; 2L9C A; 4EFG A; 1FE3 A; 2AT3 X; 4ORW A; 1A2D A; 2IZJ A; 4XMG A; 3B2K A; 3PH5 A; 3QQ2 A; 5LJD A; 5HZ5 A; 3B2J A; 3QKG A; 2IZH B; 4ARH A; 4JHQ A; 3IFB A; 2WEW A; 3HWF A; 3SZJ A; 2XKL A; 1FEN A; 4GGR A; 2E4J A; 1MOY A; 4HPD A; 1AVD A; 2BHV A; 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3VU1 A; 5HTE A; 4M7M A; 3FW5 A; 2RTH B; 3UEW A; 3CQN A; 2OY5 O; 3U9P C; 4NYQ A; 4PJ2 A; 4IMO A; 5F6Z A; 2MM3 A; 2BT9 A; 2A8G A; 3FDC A; 3PED A; 5BVQ A; 1R0U A; 1P6P A; 3RKG A; 3CWK A; 1VWM B; 2OL7 A; 1Y55 X; 4L1N A; 3HWD A; 4OEM A; 4XMD A; 3VE1 A; 1KZW A; 4BX6 A; 2AL0 X; 4K19 A; 1N43 A; 1LID A; 1SY3 A; 3BRN A; 3B2H A; 1EXS A; 4O9S A; 1XCA A; 1KT4 A; 2WPU A; 4YGH A; 2F01 A; 3RZY A; 4ZHG A; 5H9L A; 2K23 A; 1NDJ A; 2WWP A; 3MG5 A; 4KC8 A; 3FLL A; 4AZQ A; 4Z2V A; 1SMP I; 2WR6 A; #chains in the Genus database with same CATH homology 1E02 A; 5KIC A; 2W2B A; 1ZNK A; 3HOE A; 1DFV A; 2LA7 A; 4OS8 A; 4O3Z A; 1D2U A; 1VYF A; 3ZW1 B; 4RUU A; 3VG6 A; 2RQ0 A; 4ORX A; 1I04 A; 1OEJ A; 3HK1 A; 1GT1 A; 3I17 A; 4Y0P A; 1GKA B; 2QM9 A; 1DF3 A; 3GE2 A; 1D3S A; 1JV4 A; 2POA A; 3AKN A; 3F8A A; 2GTL O; 1ADL A; 3ZZV A; 1EII A; 3O2Y A; 5F1E A; 1DZM A; 1O8V A; 1S44 A; 4NP1 A; 3KFH A; 1ICN A; 3FR4 A; 4YCE A; 1YWB A; 1ZNE A; 4I3D A; 4QAE A; 3HOL A; 3EBK A; 5LJC A; 3FMZ A; 3BS2 A; 1A3Y A; 3G7X A; 3PQU A; 1MX7 A; 2CM9 A; 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