The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
36
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sequence length |
153
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structure length |
153
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Chain Sequence |
PPVHPFVAPLSYLLGTWRGQGEGEYPTIPSFRYGEEIRFSHSGKPVIAYTQKTWKLESGAPALAESGYFRPRPDGSIEVVIACSTGLVEVQKGTYNVDEQSIKLKSDLVGNASKVKEISREFELVDGKLSYVVRLSTTTNPLQPALKAILDKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A Highly Active Biohybrid Catalyst for Olefin Metathesis in Water: Impact of a Hydrophobic Cavity in a beta-Barrel Protein
doi rcsb |
| molecule tags |
Transport protein
|
| source organism |
Arabidopsis thaliana
|
| molecule keywords |
UPF0678 fatty acid-binding protein-like protein At1g79260
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| total genus |
36
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| structure length |
153
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| sequence length |
153
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-03-08 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF08768 | DUF1794 | Domain of unknown function (DUF1794) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Lipocalin | Lipocalin |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2AH7 X; 5K06 A; 1OPB A; 3WJE A; 1ACD A; 2QOS C; 3P6H A; 3WXQ A; 1SA8 A; 1BRP A; 1YWC A; 2ASN X; 3ELX A; 2CZT A; 1G7N A; 1QY1 A; 2EU7 X; 2N93 A; 4OMW A; 5HZ6 A; 3FIQ A; 5HZQ A; 1IKE A; 1PEE A; 5HA0 A; 4NLJ A; 1GT4 A; 2FS7 A; 2L5P A; 4AW8 A; 1L6M A; 4PSQ A; 3RSW A; 4LZV A; 1IKJ A; 1QG5 A; 4DQ3 A; 3UEU A; 1ZNH A; 3EM0 A; 4YFQ A; 3CMP A; 3WBG A; 4WFV A; 2FWV A; 3HK1 A; 1GX8 A; 4ORW A; 4A1H A; 2AKQ A; 4CK4 A; 3WVM A; 3CR6 A; 1FTP A; 3HWD A; 1HN2 A; 2FLJ A; 4AZO A; 1CBS A; 2A2U A; 2ANS A; 4YBP A; 2Q2M A; 1FDQ A; 4ZHF A; 1KGL A; 4NNT A; 3BDR A; 4AZP A; 5HZ5 A; 2AT0 X; 5CE4 A; 1RBP A; 5EZ2 A; 1EII A; 1B4M A; 1YWA A; 1QAB E; 3FLL A; 4QGX A; 3U0D A; 1BSY A; 2WEW A; 4ES7 A; 3FEP A; 4Y0R A; 3VG3 A; 4ZHG A; 1HMT A; 2XKL A; 1EQD A; 2FT9 A; 5IO5 A; 4NYR A; 5BVS A; 2HMB A; 1D2U A; 2X45 A; 1OPA A; 1LKE A; 3APX A; 4AZN A; 2OFR X; 1AEL A; 4M7M A; 3O19 A; 5F7G A; 1JYJ A; 1N0S A; 1KT7 A; 1CRB A; 3FMZ A; 3IA8 A; 4TQ2 A; 2AL0 X; 4ORR A; 2CZU A; 3NAD A; 5LJK A; 3B2L A; 3L4R A; 4IB8 A; 5FEN A; 4N7D A; 4QYN A; 5B27 A; 4ZJ0 A; 1DZM A; 1EW3 A; 1BRQ A; 2QO6 A; 3P6E A; 1CBR A; 3STK A; 4BOE A; 5LJC A; 1Z24 A; 1A57 A; 1BJ7 A; 2RCQ A; 1DZK A; 2KT4 B; 3VG6 A; 1KT4 A; 3FR4 A; 3PH6 A; 2RA6 A; 4GH7 A; 5D48 A; 5HAE A; 4GKC A; 2YG2 A; 1JJX A; 1EUO A; 1QFT A; 1X8P A; 1G74 A; 1O8V A; 1QWD A; 2ALL X; 1E5P A; 2WSJ A; 4UU2 A; 2Q39 A; 2Q4N A; 3NX2 A; 3NPO A; 3PEC A; 3VG2 A; 5H9N A; 4MVI A; 3HWG A; 3TGA A; 4QYP A; 1SXY A; 2HZQ A; 4ORU A; 4XMG A; 2OVE A; 4OS8 A; 3I17 A; 1EPA A; 4IAW A; 1MX7 A; 2Q2P A; 5HWZ A; 1NP4 A; 3CBC A; 3STM X; 4GNY A; 1KT5 A; 2FR3 A; 2AT5 X; 2RCT A; 5HCD C; 1ML7 A; 1DZJ A; 2A2G A; 1HBP A; 1B56 A; 4YKM A; 5LJB A; 3ZUO A; 2L68 A; 4XMC A; 1GT3 A; 1AVG I; 4YDB A; 1ICN A; 1ZND A; 2PY1 A; 1A18 A; 3PED A; 3K3L A; 1OBU A; 1MUP A; 1E02 A; 3APV A; 3FEN A; 1BM5 A; 1SY2 A; 1T8V A; 2W2F A; 1ZNG A; 2NND A; 2OZQ A; 2JN3 A; 2NP1 A; 3DTQ A; 3FEL A; 1KT6 A; 1YWD A; 3DSZ A; 4ZCB A; 4TKH A; 3C76 X; 2HZR A; 1YUP A; 1TVQ A; 3JS1 A; 1T0V A; 5DG4 A; 5L8I A; 1HMR A; 5D45 A; 4ALB A; 1LPJ A; 1UZ2 X; 1CBQ A; 4HFO A; 1YP6 A; 3B2I A; 2Q9S A; 5EDC A; 4I3C A; 1DV9 A; 4Y0S A; 3EBK A; 1BLR A; 3NR3 A; 1KQX A; 1KT3 A; 1NP1 A; 3AKN A; 2LBV A; 1G85 A; 1I06 A; 5IO6 A; 1LIE A; 4ZFX A; 2G79 A; 1FEM A; 1S44 A; 2MM3 A; 3MVF A; 4QGV A; 3KZA A; 4MVK A; 3FA8 A; 1SXW A; 4ODD A; 1BSO A; 2HYS A; 5BVT A; 2O62 A; 4GNW A; 1GKA B; 1X8Q A; 1I05 A; 4XMD A; 5JR8 A; 1B0O A; 2ACO A; 4RUU A; 3KFG A; 1EAL A; 1I4U A; 1HMS A; 3FA6 A; 3EYC A; 2JOZ A; 3O22 A; 1LIB A; 1KZW A; 3SAO A; 1JYD A; 2A3F X; 4NNS A; 2FS6 A; 4KII A; 5KID A; 1EPB A; 2A13 A; 4I3D A; 3VG4 A; 5B29 A; 1SY0 A; 5H9K A; 1EIO A; 1OEE A; 2GC9 A; 1X8O A; 3TGC A; 4R0B A; 5H9A A; 4ZGU A; 1TOU A; 3C78 X; 1X8N A; 3CWK A; 5DPQ A; 5BVQ A; 4NYQ A; 5KHP A; 3EMM A; 3BLG A; 2G7B A; 4RUN A; 5HTD A; 2CM9 A; 1G5W A; 5HBS A; 1GT5 A; 2GTF X; 4YBU A; 4IB7 A; 3TGB A; 3D95 A; 1IFB A; 1LIC A; 1VYF A; 3ELZ A; 4LKT A; 4ZHD A; 1X71 A; 2ACP X; 5F6B A; 3FA7 A; 5C0N A; 2AT6 X; 5EPQ A; 4D6B A; 1ERB A; 1T68 X; 1TOW A; 1OBQ A; 3KFI A; 4QGW A; 1PM1 X; 1X89 A; 1XKI A; 3P6G A; 2MJI A; 3B2H A; 4I9R A; 4YGZ A; 3WJD A; 5LKE A; 4YH0 A; 1FEL A; 4OS0 A; 2GJ5 A; 1LID A; 5EEE A; 3EBW A; 2OVA A; 1E06 A; 5LJD A; 1IIU A; 5KIC A; 1LFO A; 3FEK A; 3TF6 A; 3D96 A; 2NNE A; 5L8O A; 2FRS A; 2RQ0 A; 2G78 A; 1CJ5 A; 3RZY A; 4ARH A; 5LJH A; 2W2B A; 2LB6 A; 1U17 A; 4HPB A; 4I9S A; 1BWY A; 3G7X A; 5F1E A; 1DC9 A; 3AKM A; 1BEB A; 3WJG A; 1JJJ A; 1DFV A; 2POA A; 4Y0P A; 4ZR2 A; 3BSZ E; 3BX8 A; 4N7C A; 1IFC A; 2WUT A; 3FW4 A; 5LJG A; 1HBQ A; 1GX9 A; 3BU1 A; 5F58 A; 3BX7 A; 3FR2 A; 4QZU A; 4GET A; 4HPA A; 4YMY A; 5D47 A; 3U03 A; 1VYG A; 1D3S A; 4DQ4 A; 4WFU A; 3P6F A; 2LKK A; 5D4A A; 5F6Z A; 4AZR A; 2IFB A; 4BVM A; 1PBO A; 3FA9 A; 1GXA A; 3C77 X; 4QZT A; 3ZQ3 A; 2FTB A; 1EXS A; 1KQW A; 4EFG A; 3UEV A; 5H9L A; 5FFH A; 4YFP A; 4XMF A; 4YDA A; 3UEW A; 3UEX A; 3OJY C; 1QFV A; 4XMH A; 1TXL A; 3WJB A; 4K19 A; 2FR2 A; 3PH5 A; 1FEN A; 1ZRY A; 4ZH6 A; 1MDC A; 1BBP A; 2AT3 X; 1IW2 A; 2K23 A; 1DZP A; 1OBP A; 3D97 A; 5LKF A; 3VG5 A; 4A60 A; 4YCH A; 4XME A; 1A3Y A; 4BQU A; 5IO7 A; 1E00 A; 1KOI A; 2JU3 A; 4ZHH A; 3CQN A; 1PMP A; 1SY1 A; 4A8Z A; 2NNQ A; 2WQ9 A; 4HPC A; 1GGL A; 1ZNK A; 4EDE A; 3HWF A; 1ZNE A; 5HCE C; 4O9S A; 1U0X A; 1I04 A; 2OFM X; 1R0U A; 2QO5 A; 3U9P C; 2L67 A; 4YKO A; 1GM6 A; 4ORX A; 1CBI A; 3APU A; 1A2D A; 1OEK A; 2CBR A; 3IFB A; 4ZH9 A; 1YWB A; 3F8A A; 3KFF A; 1O1U A; 1ADL A; 2BLG A; 5FAZ A; 1BSQ A; 4ORY A; 1FE3 A; 4OMX A; 4TNN A; 1O1V A; 3WJC A; 4NLI A; 2R74 A; 1RLB E; 3CQR A; 4LZU A; 3GAQ A; 3S26 A; 4IB9 A; 3B2J A; 1GKA A; 1HQP A; 1JBH A; 1P6P A; 3KQ0 A; 3NQ9 A; 3JSQ A; 3STN A; 3BY0 A; 3NP1 A; 5HA1 A; 1ZNL A; 3B2K A; 1ERX A; 4YFR A; 1MX8 A; 1H91 A; 2AMM X; 3ZUI A; 5LJE A; 3FR5 A; 2QM9 A; 4WBK A; 1X8U A; 1ICM A; 2LBA A; 1OEJ A; 2E4J A; 1XCA A; 2CBS A; 2MO5 A; 2P8G A; 2HLV A; 1NGL A; 1S7D A; 2WQA E; 5EED A; 2F73 A; 3BRN A; 1ALB A; 4TLJ A; 4IB6 A; 5HTE A; 4EEJ A; 2W2A A; 4TKJ A; 3CBS A; 2HNX A; 4NP1 A; 4IAX A; 3PPT A; 4MVL A; 4OS3 A; 1B8E A; 4IBA A; 4AZM A; 2A0A A; 5L8N A; 3Q6L A; 2X46 A; 1QY0 A; 2WR6 A; 3WJF A; 3MBT A; 1S2P A; 4UU3 A; 4AZQ A; 4ORS A; 5AQ6 A; 4ZHC A; 2LFO A; 4Y0Q A; 4YGH A; 3T1D A; 2KTD A; 1U18 A; 1URE A; 3BS2 A; 3F9D A; 3TZS A; 2XST A; 1AB0 A; 2AT8 X; 5HZ9 A; 1LNM A; 2K62 A; 2R56 A; 3BU9 A; 1LIF A; 1MVG A; 4IMN A; 2WEX A; 4GRJ A; 1JV4 A; 4GE1 A; 5D8J A; 2JU8 A; 3FW5 A; 1VPR A; 3P6C A; 4YGG A; 1JZU A; 2WWP A; 4LKP A; 1DF3 A; 3QKG A; 4EXZ A; 3NQ3 A; 2L9C A; 1KXO A; 1GT1 A; 5HZ8 A; 2RD7 C; 3VG7 A; 4TKB A; 4A1Y A; 2OVD A; 2DM5 A; 5H8T A; 4AYH A; 1QY2 A; 3PP6 A; 1YIV A; 1SXU A; 4HPD A; 1LF7 A; 3O2Y A; 4I3B A; 1KZX A; 2CM4 A; 4M6S A; 5HCC C; 1AQB A; 1YP7 A; 3APW A; 1SXX A; 2JU7 A; 1SY3 A; 3P6D A; 4IMO A; 3I0A A; 4D6A A; 2R73 A; 3NX1 A; 3HWE A; 4QAE A; 1QQS A; 3KFH A; 4YCE A; 5EDB A; 1TW4 A; 2QO4 A; 4TJZ A; 4ALO A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3FDC A; 4KT5 A; 2GTL N; 2AH7 X; 3VE1 A; 5K06 A; 1OPB A; 2OVS A; 3RKG A; 4Y59 A; 4Z28 A; 4KCA A; 1LDO A; 3WJE A; 1ACD A; 2QOS C; 4CPE A; 2RTG B; 2DJG A; 1SA8 A; 1BRP A; 2X8S A; 3P6H A; 4OEM A; 4L3R A; 4O3Z A; 3WXQ A; 1YWC A; 3ZZV A; 2ASN X; 3ELX A; 1JMZ A; 4Z6J A; 2CZT A; 3FYF A; 1G7N A; 5JD2 A; 2WPU A; 1QY1 A; 1LCW A; 4Z2P A; 2EU7 X; 4IRW A; 3T2X A; 2N93 A; 4OMW A; 5HZ6 A; 3FIQ A; 5HZQ A; 1IKE A; 2OL8 O; 2X56 A; 1PEE A; 4NV7 A; 5HA0 A; 4NLJ A; 1GT4 A; 2FS7 A; 2L5P A; 4AW8 A; 1L6M A; 1PTS A; 1RST B; 4PSQ A; 4LZV A; 3RSW A; 1IKJ A; 1QG5 A; 4FQB B; 4DQ3 A; 3UEU A; 4ID2 A; 2MHD A; 1ZNH A; 3EM0 A; 4YFQ A; 3CMP A; 3WBG A; 4WFV A; 2FWV A; 3HK1 A; 1GX8 A; 4ORW A; 4A1H A; 2AKQ A; 4CK4 A; 3WVM A; 3H3I A; 3CR6 A; 4U8U O; 1FTP A; 3HWD A; 5B3M O; 4EKV A; 1HN2 A; 2FLJ A; 2VFB A; 4AZO A; 3VGW A; 1CBS A; 2A2U A; 2ANS A; 4YBP A; 2Q2M A; 2RTP B; 4EQA C; 4O49 A; 4O3Y A; 1FDQ A; 3RY1 A; 4ZHF A; 1KGL A; 4NNT A; 3BDR A; 4AZP A; 5HZ5 A; 1STP A; 2AT0 X; 5CE4 A; 1RBP A; 5EZ2 A; 3S5X A; 1N43 A; 1EII A; 1B4M A; 1YWA A; 1QAB E; 2RTH B; 4I6S A; 3FLL A; 4QGX A; 3U0D A; 1JIW I; 1Y9T A; 2FHL A; 5IRW A; 1BSY A; 2IZH B; 2WEW A; 4ES7 A; 3FEP A; 4Y0R A; 1VWC B; 1SWK A; 3SLJ A; 3RE6 A; 1E2T A; 1HMT A; 2XKL A; 3VG3 A; 1EQD A; 2RTC B; 1VWG B; 2FT9 A; 4U8U M; 4NYR A; 3ZI8 A; 5BVS A; 2HMB A; 5IO5 A; 4GJS A; 4CPH B; 1D2U A; 2GTL O; 1SWD A; 4B55 A; 2X45 A; 2IZB A; 4DNE A; 1OPA A; 2X8F A; 1LKE A; 3APX A; 4AZN A; 2OFR X; 3EC5 A; 4M7M A; 1AEL A; 3O19 A; 1SRE A; 5F7G A; 2G5L A; 1JYJ A; 4Z27 A; 1N0S A; 1AVD A; 1KT7 A; 2X55 A; 1CRB A; 3P02 A; 1SRG A; 3FMZ A; 3IA8 A; 4TQ2 A; 2AL0 X; 4ORR A; 2CZU A; 3NAD A; 2AF5 A; 5LJK A; 1NBX A; 3B2L A; 3L4R A; 3F6Z B; 4IB8 A; 4N7D A; 5FEN A; 4QYN A; 5B27 A; 4ZJ0 A; 1DZM A; 1EW3 A; 2DJF A; 1BRQ A; 2QO6 A; 5K67 A; 3P6E A; 2OFA A; 1CBR A; 3STK A; 4BOE A; 5LJC A; 1Z24 A; 2GTL M; 1BJ7 A; 1MM9 A; 2CAM A; 4OEL A; 2RCQ A; 1A57 A; 1DZK A; 2KT4 B; 3VG6 A; 1KT4 A; 3D4R A; 3FR4 A; 2BSZ A; 2OY1 O; 2IZA A; 3PH6 A; 2RA6 A; 4GH7 A; 3X00 A; 5D48 A; 3MG5 A; 3RY2 A; 5HAE A; 5IXG A; 1SWG A; 2RTL A; 4GKC A; 3SZH A; 2YG2 A; 1JJX A; 1EUO A; 2IZF B; 1QFT A; 1RXK A; 3E3C A; 2IZK A; 5CSE A; 1X8P A; 3HOE A; 2X32 A; 1G74 A; 1O8V A; 1QWD A; 2ALL X; 4BBO A; 3HOL A; 1E5P A; 3WZO A; 2WSJ A; 4UU2 A; 4BX7 B; 2Q39 A; 2Q4N A; 3NX2 A; 3NPO A; 3PEC A; 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