The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
75
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sequence length |
279
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structure length |
279
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Chain Sequence |
SVDMTKTSKGFNNLQHVQNQWGGSSAPWHEGGMWVLGCRSGQNVVALNIKSGDGGRTLTGTMTYVGEGPIGFRATLTQSNTYAVENQWGGSSAPWHPGGTWVIGCRVNQQVVALDIESGDQGATLAGTMTYAGEGPIGFKSQQADGGVYAVENQWGGSSAPWHNGGVWVIGARDQAVVAVSIGSTDSGKTLNGNMTYAGEGPIGFKGNSVAGNNYAVENQWGGTSAPWHPGGIWLLGCRSGQNVVELYITSGDNGNTFHGSMTYSGEGPIGFRAMALPQ
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Burkholderia oklahomensis agglutinin is a canonical two-domain OAA-family lectin: structures, carbohydrate binding and anti-HIV activity.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
agglutinin (BOA)
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| molecule tags |
Sugar binding protein
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| source organism |
Burkholderia oklahomensis
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| total genus |
75
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| structure length |
279
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| sequence length |
279
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-08-10 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF17882 | SBD | OAA-family lectin sugar binding domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Lipocalin | Lipocalin | ||
| Mainly Beta | Beta Barrel | Lipocalin | Lipocalin |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4GU8 A; 4GK9 A; 4FBO A; 3S60 A; 4FBR A; 3OBL A; 2MWH A; 3S5X A; 3S5V A; 4FBV A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2FGS A; 5IO7 A; 3T2X A; 2VDF A; 2GH7 A; 3HPE A; 1ZRY A; 4GGR A; 3S5V A; 2GTF X; 2IZG B; 4LQZ A; 4XMH A; 1SRI A; 3IFB A; 3STM X; 1LCV A; 4LKP A; 4O3W A; 2HZQ A; 3F6Z B; 4IMO A; 1ADL A; 3RSW A; 1SXW A; 2QM9 A; 3F9D A; 5IO6 A; 2W2B A; 1DZK A; 1O1U A; 3FA7 A; 4O3Z A; 1B56 A; 3BRN A; 4FGI B; 4MIS A; 4ORR A; 5F1E A; 3T2W A; 3P24 A; 1SWD A; 1XKI A; 3VG2 A; 5BVT A; 2QO4 A; 3MX7 A; 3ELX A; 1KL5 A; 2AF5 A; 4CPF A; 3GE2 A; 2Q4N A; 1GT5 A; 2IZE B; 1Y9L A; 2X56 A; 3RY1 A; 3KFI A; 1DZP A; 4OMX A; 4IAX A; 1DFV A; 2AT3 X; 2PI3 O; 5IRU A; 1VWL B; 2G5L A; 3B2J A; 1GX9 A; 3P02 A; 5B27 A; 3RDU A; 1B4M A; 5HZ8 A; 1A2D A; 2IZK A; 4YFR A; 1RSU B; 1JIW I; 5CYB A; 1OPB A; 4GKC A; 4U8U N; 4BX5 A; 5FFH A; 4I6S A; 5LKF A; 1CBI A; 2KTD A; 3BY0 A; 1SMP I; 3VPJ E; 2FWV A; 3EYC A; 3F8A A; 2RTD B; 3NAD A; 3NX1 A; 1SWL A; 4PJ2 A; 5IRA A; 3D97 A; 1YWC A; 2G79 A; 3IA8 A; 2L67 A; 5HA1 A; 4KC7 A; 1VWN B; 3KFF A; 1VWE B; 1MEP A; 3CMP A; 2RCT A; 3S60 A; 2X46 A; 1CBQ A; 2P8G A; 2QO6 A; 3B2L A; 3RWX A; 1SWJ A; 3P6G A; 2LFO A; 4MIR A; 1SWP A; 2W2F A; 1NGL A; 3NR3 A; 3O2Y A; 3SLO A; 1VPR A; 2OY1 O; 5LJB A; 1QFV A; 5HA0 A; 3PP6 A; 4I9S A; 4IB9 A; 4WHI A; 5D8J A; 4ZCB A; 5LKE A; 1NBX A; 4QYN A; 3RY2 A; 4BX5 B; 2HZR A; 1QY0 A; 5BVQ A; 1O1V A; 2IZC B; 3FW5 A; 4NV7 A; 3VE1 A; 1AVE A; 2X8S A; 2ALL X; 3CKF A; 1L6M A; 4IB6 A; 4OEL A; 4D6A A; 4GUZ A; 1CBS A; 1QY1 A; 1JMZ A; 1BSQ A; 3RDX A; 1G7N A; 4ON1 A; 1YUP A; 5B3M O; 1NDJ A; 1SLE B; 3FEK A; 3FIQ A; 4TLJ A; 3HWF A; 3ZWE A; 5EPQ A; 2O62 A; 4HFO A; 1SY3 A; 4DQ4 A; 3TZS A; 3OE3 A; 3FDC A; 5AEO A; 4ZGF A; 1MK5 A; 4ZHD A; 1HMR A; 4AZP A; 2E4J A; 1RXJ A; 1WBI A; 1LUQ A; 3G7X A; 4XMC A; 1FTP A; 5FAZ A; 4Z6J A; 2A2U A; 1LEL A; 4ORY A; 2HYS A; 3EM0 A; 1LID A; 2R56 A; 4GNW A; 1GM6 A; 4YKM A; 1MX7 A; 3I0A A; 1ZNG A; 1YWD A; 4O4X A; 5HCE C; 2CZU A; 3NBX X; 1T68 X; 2Y3E A; 1SWO A; 1VWM B; 3BX8 A; 1EPB A; 4MVI A; 3FMZ A; 4AZO A; 1IKJ A; 4UU2 A; 1CRB A; 2ZSC A; 3CQR A; 3RBY A; 1U18 A; 1X8O A; 1A3Y A; 2A8G A; 4NNS A; 3D9W A; 2AT0 X; 1E5P A; 1MUP A; 1X71 A; 1BM5 A; 1LDQ A; 1E00 A; 1SWG A; 3WJC A; 4WFV A; 4CV7 A; 1HBP A; 3PDF A; 5K68 A; 4AZM A; 4ZHC A; 3CBS A; 3P6C A; 4HPB A; 3T6F A; 1DV9 A; 3NQK A; 4U8U O; 3GAQ A; 1B0O A; 4MVK A; 1GGL A; 4Y0P A; 1RST B; 4CPH A; 3RDQ A; 1GX8 A; 5F2B A; 4YMY A; 3P6F A; 3TGA A; 1R0U A; 1LCZ A; 4YCE A; 1SLF B; 5D47 A; 1SWF A; 2RTG B; 4GZV A; 4YBP A; 3V8U A; 2IZD B; 4I3D A; 1SY1 A; 5AJC A; 3ZUI A; 2X55 A; 2MJI A; 4DNE A; 1LCW A; 3HWD A; 3RKG A; 1XCA A; 4ORS A; 2A0A A; 1Y52 X; 2A3F X; 2WSJ A; 2I5Z O; 4UU3 A; 5B5G A; 1DZM A; 4YFQ A; 3KFH A; 1SWE A; 3JS1 A; 1EW3 A; 3MVF A; 2RTQ B; 1SXX A; 1TOW A; 3WYQ A; 3ZQ3 A; 5JR8 A; 1HBQ A; 1RLB E; 2UYW A; 4M6S A; 2AKQ A; 1UZ2 X; 4CPH B; 1MVG A; 2LKK A; 2EU7 X; 2OY5 O; 2FLJ A; 1SXU A; 2RTB B; 2GTL O; 4O4U A; 1JJX A; 1EQD A; 1SY0 A; 4NW4 A; 3STN A; 3EW2 A; 3WZN A; 3H3I A; 1SWB A; 2WWP A; 1KZW A; 4Y5D A; 1E02 A; 2QOS C; 3ZW0 A; 4IRW A; 1AEL A; 1BBP A; 3KFG A; 3TF6 A; 1I04 A; 1YIV A; 3CWK A; 4XMD A; 1IW2 A; 2L5P A; 1VWB B; 5H8T A; 3FLL A; 2K62 A; 2CZT A; 2R73 A; 3X00 A; 1VYO A; 1MX8 A; 3APW A; 1PBY A; 1N9M A; 2GTL N; 5L8I A; 3RE5 A; 1KT4 A; 3C78 X; 2OYB O; 4YVB A; 3ZZV A; 1SWT A; 4AZN A; 1LIC A; 4I95 A; 1ZNL A; 4YBU A; 3DTQ A; 3WZO A; 1UYN X; 3AEH A; 5BVS A; 4YH0 A; 1DC9 A; 2OFA A; 1VYF A; 1HY2 A; 1SRG A; 1KT3 A; 2ZAI A; 4YCH A; 2AH7 X; 4CDD A; 4TKB A; 3WYP A; 2IZJ A; 3SZH A; 2JMB A; 3ZW0 B; 5F6Z A; 3P6E A; 4ARH A; 4B55 A; 5AJB A; 3UEV A; 1TVQ A; 2WPU A; 3B2K A; 4QGV A; 1VWF B; 1JJJ A; 1TXL A; 2MHD A; 2IZF B; 2MWH A; 1W5R A; 3BSZ E; 5F58 A; 2FS7 A; 2WQA E; 5JD2 A; 1RAV A; 2FHL A; 4CK4 A; 3Q6L A; 3BS2 A; 3HTY A; 3OJY C; 1I4U A; 1D3S A; 1LNM A; 2RTM A; 4FBR A; 3EBK A; 2WEW A; 1PEE A; 4A8Z A; 2OVA A; 3JSQ A; 3SLT A; 1X8Q A; 1IKE A; 3FEP A; 1QQS A; 2MM3 A; 4GU8 A; 2LA7 A; 1P6P A; 4ES7 A; 1GKA A; 1JBH A; 5HTD A; 1PM1 X; 2AT8 X; 2RTI B; 2W2A A; 2AVI A; 2L9C A; 1STR B; 2A13 A; 2N93 A; 3LTW A; 2KT4 B; 1G5W A; 3FA9 A; 4U46 A; 2OY7 A; 1BJ7 A; 1BEB A; 1GT3 A; 2OZQ A; 3I17 A; 4M7M A; 4BX6 A; 1VWP B; 3CBC A; 4FBO A; 2LB6 A; 3S26 A; 3VHM A; 4BVM A; 4A1H A; 2JU8 A; 1SWA A; 5LJD A; 1PBO A; 5EEE A; 1KT7 A; 1VWA B; 2RTR B; 4IB8 A; 4EFG A; 4LZV A; 3NQ9 A; 4PSQ A; 4NLI A; 1SWU A; 1LFO A; 4RUU A; 3WJG A; 4QRL A; 4O3X B; 3PK2 A; 5KHP A; 4XME A; 3VG5 A; 1GKA B; 4AYH A; 2Q2M A; 4ZJ0 A; 1KXO A; 1QFT A; 3HOE A; 1CJ5 A; 4DCB A; 2ACO A; 2NNE A; 2FR2 A; 2WR6 A; 5H9A A; 4Z27 A; 4I3C A; 4WBK A; 2FTB A; 1KOI A; 1SWH A; 1KQX A; 4OS0 A; 4MVL A; 4BX6 B; 3APU A; 1A18 A; 2G7B A; 2X45 A; 4ZHH A; 4QYP A; 3EC5 A; 1QAB E; 1QWD A; 3RDO A; 2CM4 A; 2NNQ A; 4BGF A; 4Z2O A; 4Y0R A; 3PPT A; 3JQO A; 2LBA A; 2BHV A; 2RTF B; 2RTJ A; 1LDO A; 4FBV A; 4Y0S A; 3SZJ A; 4ZHG A; 2BC3 A; 4QZU A; 3WJD A; 3CQN A; 4A60 A; 1FDQ A; 4LKT A; 1HMS A; 1SY2 A; 2G78 A; 5H9L A; 1IFB A; 4TKH A; 4YKO A; 2FS6 A; 1PTS A; 1STS B; 1YWA A; 5KIC A; 4GD9 A; 5B2A O; 4AW8 A; 4EQA C; 2IZB A; 4QZT A; 4K19 A; 1H91 A; 1SWQ A; 4ODD A; 4A1Y A; 5HZ9 A; 4QQ1 A; 4TKJ A; 2KW1 A; 2RTP B; 4GDA A; 3UEX A; 4EXZ A; 4Z2V A; 1I9H A; 3L4R A; 4KCA A; 2Z4H A; 3STK A; 3D4R A; 2RTO B; 1LF7 A; 1K24 A; 4I3B A; 2HKD A; 1Y55 X; 1LPJ A; 1VWD B; 4KC8 A; 1K3B A; 2FR3 A; 1VWC B; 4GH7 A; 3UAQ A; 3NX2 A; 4CPE A; 2Q9S A; 3DSZ A; 5DPQ A; 5HZQ A; 1X8U A; 2M4L A; 4D6B A; 2BLG A; 1I78 A; 2L68 A; 2OVS A; 1YWB A; 5HZ6 A; 2UZ2 A; 4HWM A; 4GNY A; 1QY2 A; 3RDS A; 1HN2 A; 4O4S A; 2X34 A; 3FEL A; 3UEU A; 1IIU A; 2JW1 A; 4ZR2 A; 3WJB A; 2JGS A; 2F73 A; 2FHN X; 2GTL M; 2RA6 A; 5F7G A; 3B2H A; 4WFU A; 5B11 O; 4CSB A; 2XST A; 1VWI B; 3EBW A; 2RTC B; 1ZNH A; 2YMS A; 3U9P C; 1KZX A; 1JZU A; 3BX7 A; 1FEM A; 5L8O A; 1JQP A; 1N7Y A; 3PH5 A; 5HCC C; 5IXG A; 1ACD A; 3OD9 A; 4QGX A; 1I05 A; 2K23 A; 1JYD A; 5FQ6 E; 1ICN A; 5IRW A; 3SAO A; 1MM9 A; 4JHQ A; 3SOT A; 4COT A; 3Q34 A; 3KVN A; 4IAB A; 4KII A; 1Z24 A; 1NQM A; 1T0V A; 4ORW A; 2F09 A; 1OPA A; 1HXL A; 4Z2P A; 4ZH6 A; 2IZA A; 4LZU A; 2Y32 A; 3O22 A; 1JYJ A; 3FA8 A; 4Y0Q A; 5K67 A; 5EED A; 5H9N A; 1RXK A; 5EZ2 A; 3AKN A; 2MF6 A; 3QKG A; 1S2P A; 2GJ5 A; 1ZNE A; 4IAW A; 2IZH B; 5F6B A; 4Z28 A; 4JO6 A; 1ALB A; 5C0N A; 1HMT A; 1EI5 A; 2CM9 A; 3QQ2 A; 1G85 A; 5D4A A; 5FQ7 E; 1E06 A; 1SWN A; 2BS6 A; 3D96 A; 4ID2 A; 1FEL A; 1KL4 A; 4YGH A; 5K06 A; 4QGW A; 1RXH A; 5EDC A; 5B29 A; 1A57 A; 4O4O A; 3WZQ A; 3ZW2 A; 3WZP A; 1VWH B; 2QMI A; 4L3R A; 1N0S A; 2OFB A; 3B2I A; 3LHN A; 2DJG A; 4IBA A; 4INN A; 5EDB A; 3UEW A; 1N43 A; 3K3L A; 1I06 A; 1SLG B; 1BSO A; 1LIF A; 2RTN B; 3WJF A; 1BRP A; 3FID A; 1NC9 A; 2OL8 O; 3HOL A; 5D45 A; 2A5B A; 3BLG A; 3P6H A; 1MOY A; 4CDF A; 4OMW A; 5CSE A; 2Q39 A; 3ELZ A; 2GC9 A; 2X32 A; 1KGL A; 3KZA A; 1B8E A; 4HPA A; 1D2U A; 3PED A; 1LKE A; 4HPC A; 4N7C A; 4ZGU A; 5FEN A; 1NQN A; 2X4M A; 5BYP A; 3NP1 A; 5LJC A; 4ORX A; 2X8T A; 4BJ8 A; 1OEJ A; 4OS3 A; 1EXS A; 2BS5 A; 5CE4 A; 1KQW A; 4NYR A; 5L8N A; 1AVG I; 1ERB A; 3PQS A; 4BX7 A; 3TGC A; 4CDC A; 4ORU A; 2ANS A; 3BU9 A; 1DF8 A; 3T6L A; 2Y3F A; 4JGL A; 1FJ1 E; 2BT9 A; 2R74 A; 2RQ0 A; 4KH8 A; 3VE2 A; 3U0D A; 4DQ3 A; 2FT9 A; 1LIE A; 3FEN A; 1OBQ A; 1WUB A; 3APX A; 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