The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
11
|
sequence length |
88
|
structure length |
88
|
Chain Sequence |
SVQTAATSWGTVPSIRVYTANNGKITERCWDGKGWYTGAFNEPGDNVSVTSWLVGSAIHIRVYASTGTTTTEWCADGNGWTKGAYTAT
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Reduction of lectin valency drastically changes glycolipid dynamics in membranes but not surface avidity
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Putative fucose-binding lectin protein
|
| molecule tags |
Sugar binding protein
|
| source organism |
Ralstonia solanacearum
|
| total genus |
11
|
| structure length |
88
|
| sequence length |
88
|
| chains with identical sequence |
B, C
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-11-30 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF07938 | Fungal_lectin | Fungal fucose-specific lectin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Lipocalin | Lipocalin |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3ZZV A; 2BT9 A; 4I6S A; 2BS6 A; 5AJB A; 3ZI8 A; 3ZWE A; 3ZW0 A; 3ZW1 A; 2BS5 A; 3ZW0 B; 3ZW1 B; 3ZW2 A; 5AJC A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2F73 A; 2PI3 O; 4UU3 A; 4U46 A; 2DJG A; 5FEN A; 4WBK A; 2RCT A; 5F58 A; 4XMD A; 1RXJ A; 1AEL A; 3JQO A; 1X8P A; 1DC9 A; 4Z27 A; 4I60 A; 1PTS A; 2ANS A; 2WSJ A; 1PBO A; 4IAX A; 4ORU A; 1IW2 A; 3HWD A; 1H91 A; 3KQ0 A; 1LDO A; 2OVD A; 3FEN A; 4NNS A; 4ODD A; 5HBS A; 1JJJ A; 1NP1 A; 4GET A; 3WZN A; 1RST B; 1HMS A; 1W5R A; 5FQ7 E; 1VWI B; 2C1S A; 4Y5D A; 4CSB A; 3HTY A; 4LKT A; 4OEL A; 1QAB E; 5JR8 A; 2G5L A; 4UU2 A; 2JN3 A; 2RTE B; 1DZM A; 3HOE A; 2BT9 A; 2IZA A; 4I9S A; 4IBA A; 4GH7 A; 1S2P A; 3T2W A; 1AQB A; 1ML7 A; 5LJB A; 4AZR A; 3KFI A; 3NX1 A; 4YDA A; 4A1H A; 2G78 A; 3RKG A; 4AYH A; 1G5W A; 5F7G A; 2Q9S A; 1X8Q A; 2L5P A; 4MEE A; 5FQ6 E; 2A2G A; 4NLI A; 4PSQ A; 4CPI A; 1Z24 A; 1CJ5 A; 4KII A; 5L8I A; 4PJ2 A; 1LIE A; 3T1D A; 5KID A; 5HCC C; 4O4X A; 4FBV A; 2OY5 O; 1AVG I; 4U9C A; 1U18 A; 3FR2 A; 3WJE A; 1VWJ B; 1IKJ A; 1QG5 A; 2X4M A; 1D2U A; 2W2F A; 3SLT A; 4GDA A; 3WJB A; 3VE1 A; 1STS B; 1ZNG A; 3WVM A; 3MG5 A; 5B27 A; 4KC8 A; 5IO7 A; 4XMC A; 4ZHG A; 1SRF A; 3CBC A; 2WEX A; 1VWM B; 4GKC A; 1B0O A; 3S60 A; 1GT5 A; 2QO4 A; 5HZ6 A; 1LDQ A; 1LCV A; 2CM4 A; 1SXU A; 1B8E A; 2IZC B; 2RTI B; 2XST A; 3AUM O; 2CZT A; 1ZRY A; 2GC9 A; 4A60 A; 4ARH A; 4ZHF A; 3QQ2 A; 3ZW0 A; 1OBP A; 1GXA A; 4WFU A; 3H3I A; 3VG4 A; 4GZV A; 4EFG A; 1RLB E; 1SXX A; 1TW4 A; 2YMS A; 1U0X A; 5H9K A; 5D45 A; 3BY0 A; 1LKE A; 2WEW A; 2RTA A; 2RA6 A; 1CBS A; 2Y3E A; 3JS1 A; 1VWP B; 4N7C A; 1IIU A; 5D8J A; 4Y0P A; 2Z4H A; 5AJB A; 4EQA C; 2OL8 O; 3VPJ E; 2LKK A; 1SWJ A; 3VHH A; 4DNE A; 2AT6 X; 1E06 A; 3VG5 A; 1SRJ A; 2MM3 A; 1HXL A; 1KGL A; 4ON1 A; 4OS8 A; 4GNY A; 3WZQ A; 1SXW A; 5HZ8 A; 1VWN B; 4QNI A; 2JGS A; 2FT9 A; 2OFB A; 1SLG B; 3FA9 A; 4O3X B; 4ZCB A; 4AZO A; 1TVQ A; 3AKN A; 3K3L A; 3P6G A; 4QRL A; 4OKA A; 3T6F A; 2LA7 A; 1LID A; 1IJ8 A; 1LIC A; 4Z2P A; 1BEB A; 3RY1 A; 2KW1 A; 2W2A A; 4C5P A; 5F6Z A; 3WXQ A; 4Z2V A; 1S44 A; 2F01 A; 5FQ8 E; 1CBR A; 2IZK A; 1I9H A; 4ZH9 A; 1SWB A; 5HTE A; 5IRA A; 3APU A; 1LF7 A; 3ZUO A; 1BWY A; 1DF3 A; 1BBP A; 2M4L A; 2MF6 A; 1SRH A; 4JGL A; 1O1V A; 1LCW A; 2BS5 A; 3WJD A; 2OFR X; 1STR B; 3WJC A; 2A8G A; 2BLG A; 3APX A; 2GTL N; 3T6L A; 1HBP A; 3AKM A; 1ICM A; 4ORX A; 5B5G A; 2AT8 X; 3VG6 A; 4ORW A; 3NPO A; 5HCE C; 1GM6 A; 1NC9 A; 4A8Z A; 3HOL A; 3KFF A; 2AF5 A; 2AH7 X; 4MIR A; 4DCB A; 1KT7 A; 5F6B A; 4GJV A; 1UYN X; 2A5B A; 2BSZ A; 3RBY A; 4TKH A; 1FEL A; 4YGZ A; 1ERB A; 4XMH A; 3S5V A; 2HYS A; 2Q2P A; 3O22 A; 3F6Z B; 1UYO X; 2OF9 A; 1VWA B; 2MHD A; 4IAW A; 4ORS A; 4EKV A; 1EW3 A; 1JJU A; 1ICN A; 1ZNE A; 4QGX A; 1N43 A; 3CMP A; 4LZU A; 4NW4 A; 3D97 A; 2FR2 A; 3NQ3 A; 3WZO A; 2LBA A; 1MDC A; 1PMP A; 1A3Y A; 1VWC B; 1TOU A; 1GKA B; 2ASN X; 1YUP A; 4O4O A; 2IZF B; 3RY2 A; 1VWO B; 3BRN A; 4D6B A; 1VYO A; 3WJG A; 1OEE A; 4D6A A; 1Y52 X; 1KT6 A; 2OVE A; 3CQN A; 1BSO A; 4YKM A; 3GE2 A; 2IZD B; 2RTH B; 4OMW A; 3KFG A; 4GE1 A; 3S26 A; 2VFC A; 4NV7 A; 3STN A; 1KL3 A; 1NBX A; 4GGT A; 1E2T A; 4GDZ A; 3SZH A; 4I6S A; 1HY2 A; 1LCZ A; 3LHN A; 5FFH A; 5LKF A; 1PM1 X; 2K62 A; 4GNW A; 2G8C O; 2WPU A; 3TGC A; 1GT3 A; 4AZP A; 1LPJ A; 4YBP A; 5CE4 A; 1YWD A; 1EPB A; 1YWC A; 4GRJ A; 4ORY A; 1SWE A; 2W2B A; 3EYC A; 4U8U N; 5B10 O; 4ZJ0 A; 3WBG A; 4WFV A; 1IFC A; 1SY3 A; 2OL7 A; 2GJ5 A; 2KTD A; 2RTG B; 3MVF A; 5D48 A; 2FKJ A; 3U03 A; 2Y32 A; 1KFF A; 2KT4 B; 3FID A; 4GD9 A; 1N0S A; 1MX7 A; 4O9S A; 3UEX A; 1SRI A; 3B2K A; 3NP1 A; 3VHM A; 2FHL A; 4YFQ A; 3WOV A; 3C76 X; 3UEV A; 3ZW1 B; 4BX6 B; 1AB0 A; 3O2Y A; 1SWP A; 2EU7 X; 4HPA A; 4TNN A; 1CBQ A; 5F1E A; 2FS6 A; 1OBQ A; 5B11 O; 4CDE A; 1OBU A; 1MUP A; 4BX7 B; 1JQP A; 1LUQ A; 3WJF A; 3STM X; 4L1N A; 1MK5 A; 2AT3 X; 3ZWE A; 3ZUI A; 1L6M A; 1KL4 A; 1NDJ A; 3FIQ A; 5HWZ A; 2CBR A; 4YCH A; 1T68 X; 2AL0 X; 3TGA A; 2FR3 A; 3C78 X; 1SWD A; 4Z6J A; 2BS6 A; 4EEJ A; 1NP4 A; 4YBU A; 2BC3 A; 2P8G A; 2OY8 A; 4CDC A; 1BLR A; 2F09 A; 1LIF A; 3P6C A; 2GTL O; 1RXH A; 3U9P C; 1GT4 A; 2QCB A; 1ZND A; 3HWF A; 2HLV A; 1S7D A; 2HZR A; 3EM0 A; 1KT3 A; 5LJG A; 5BVQ A; 3VG3 A; 3WZP A; 2IZG B; 3NQK A; 2G79 A; 4YGG A; 1B4M A; 3FA8 A; 1N7Y A; 3RDU A; 3ZI8 A; 5DG4 A; 4INN A; 2C1Q A; 1ZNK A; 2OY7 A; 1SWT A; 1TOW A; 3NX2 A; 4QQ1 A; 1JYD A; 2NNE A; 5HZQ A; 2QO6 A; 1KQW A; 1SWQ A; 3KFH A; 5KIC A; 2ZSC A; 1SWS A; 3N91 A; 1KXO A; 2KTS A; 5DPQ A; 1HXZ A; 4CPH B; 2L68 A; 4LKP A; 3PQS A; 1YP7 A; 3Q34 A; 4TKB A; 1G7N A; 3SLJ A; 1ACD A; 4O4S A; 4Y59 A; 4YFP A; 4NLJ A; 1QY2 A; 3P6D A; 2AMM X; 4ZGF A; 1JV4 A; 3VG2 A; 1Y9T A; 4ES7 A; 2FHN X; 4ALB A; 4K19 A; 2OVS A; 4N7D A; 1IKE A; 1KT4 A; 2FKG A; 2HMB A; 2JOZ A; 4IB8 A; 3RDM A; 2A2U A; 4MVI A; 3E3C A; 2CM9 A; 4MIS A; 1WBI A; 2A3F X; 3PH6 A; 4Y0Q A; 3OJY C; 1SY1 A; 3APV A; 3RWX A; 2IZB A; 4QGV A; 3CKF A; 4DQ4 A; 3MM0 A; 2NND A; 1QWD A; 1SY0 A; 1W6F A; 3OD9 A; 5LJD A; 2RTJ A; 3RDX A; 1KL5 A; 3MBT A; 2LB6 A; 3B2H A; 4U8U O; 2VFB A; 1MX8 A; 3CKG A; 2Q39 A; 3P24 A; 4O4U A; 1D3S A; 1A18 A; 1E5P A; 1SWR A; 3DTQ A; 5H9L A; 4MVK A; 4HPB A; 5H8T A; 1UZ2 X; 2I5Z O; 1SWA A; 4M7M A; 4YCE A; 5IO6 A; 1Y0G A; 3EMM A; 4HPC A; 3SZJ A; 4BJ8 A; 4AW8 A; 3P6E A; 2QOM A; 1G85 A; 4AZQ A; 1JMX A; 4BGF A; 1MOY A; 4L3R A; 2FWV A; 2X34 A; 2X46 A; 1FJ1 E; 1I78 A; 4ML7 B; 2RTD B; 3JSQ A; 1FE3 A; 1I4U A; 1X71 A; 2HNX A; 1SWH A; 2OF8 A; 3ELZ A; 4YMY A; 3P02 A; 5EPQ A; 1R0U A; 2X45 A; 1MM9 A; 3FLL A; 3D4R A; 3IA8 A; 1O8V A; 2OFM X; 4GJS A; 1RXK A; 2RTR B; 4QYP A; 2ZAI A; 1HQP A; 1GKA A; 4WHI A; 1VWG B; 4OMX A; 1SWN A; 3RE5 A; 5HTD A; 1SLF B; 2RQ0 A; 1SWL A; 4HFO A; 1PEE A; 1T0V A; 5D4A A; 1VWL B; 4ALO A; 2X8F A; 4OEM A; 4U3Q A; 2R73 A; 2HKD A; 2Z4I A; 3L4R A; 5IRW A; 4XMF A; 3CR6 A; 5EDB A; 4TJZ A; 4IMN A; 4BCS A; 3EW1 A; 3HPE A; 1SA8 A; 2AT5 X; 1SWG A; 4O3Z A; 2WQA E; 3LTW A; 3G7X A; 4FQB B; 3ZW2 A; 1VWQ B; 3NR3 A; 3O19 A; 3KVN A; 5EED A; 1VWR B; 2FS7 A; 1LEL A; 4MVE A; 5BVS A; 4TQ2 A; 3SOT A; 5AEO A; 3UAQ A; 3OE3 A; 4BX5 B; 5L8O A; 3APW A; 4IMO A; 1HBQ A; 3EC5 A; 3F8A A; 4EDE A; 3QKG A; 3ZW1 A; 4BQU A; 1KT5 A; 1NQN A; 3NQ9 A; 4GK9 A; 2IFB A; 3RDQ A; 3T2X A; 2A0A A; 4BX6 A; 1HQQ A; 5HZ9 A; 4BVM A; 2FGS A; 2Q4N A; 1LIB A; 2POA A; 4BX7 A; 2JU8 A; 5H9N A; 1DFV A; 1JJX A; 1OPA A; 2O62 A; 2X32 A; 1BRP A; 3P6H A; 4KC7 A; 2RTM A; 1A2D A; 1OEK A; 1N9Y A; 2OZQ A; 1DZJ A; 2WR6 A; 1IFB A; 1ZNH A; 4HPD A; 2JW1 A; 3ZQ3 A; 3BU1 A; 2CZU A; 1RAV A; 3CWK A; 1XCA A; 1EPA A; 2E4J A; 4BOE A; 2IZJ A; 4CPF A; 4KT5 A; 2RTB B; 2FLJ A; 1AVE A; 2ALL X; 5LJK A; 2IZL B; 4CPE A; 1LNM A; 5K06 A; 1VWB B; 2VDF A; 3ELX A; 3HK1 A; 4TKJ A; 3VHI A; 1KZW A; 2X55 A; 3F9D A; 3MX7 A; 2UYW A; 4ORR A; 4O3W A; 2LFO A; 3VG7 A; 2KD2 A; 4ZR2 A; 1BM5 A; 5HA1 A; 1ALB A; 1STP A; 1VWD B; 3B2J A; 4CPH A; 3FEP A; 4GU8 A; 3VE2 A; 4A1Y A; 5LKE A; 2PY1 A; 3EW2 A; 1FEN A; 2ZAG A; 1K24 A; 1VWE B; 3FYF A; 4ID2 A; 5IRU A; 2MWH A; 1SLE B; 5BYP A; 3FR5 A; 1BJ7 A; 3C77 X; 1QFV A; 4RUU A; 2QO5 A; 3KZA A; 4ZH6 A; 1FDQ A; 4FGI B; 1A57 A; 1Y53 X; 4NNT A; 4KH8 A; 3BX7 A; 5EDC A; 4B55 A; 3FDC A; 1JMZ A; 1EUO A; 1OSP O; 1X8O A; 3WYQ A; 1PBY A; 3V8U A; 2FRS A; 1GX9 A; 2G7B A; 2IZH B; 5CSE A; 3BX8 A; 3PH5 A; 5BVT A; 1HMR A; 2QMI A; 5KHP A; 1X8N A; 2RCQ A; 1X8U A; 2X56 A; 4I3C A; 4CV7 A; 1E02 A; 1G74 A; 2ACP X; 3B2L A; 4FBR A; 1EQD A; 3GAQ A; 4XMG A; 2LBV A; 1AVD A; 1RSU B; 3DSZ A; 1RBP A; 2WQ9 A; 3FMZ A; 5C0N A; 1ADL A; 1N9M A; 1T8V A; 1ZNL A; 2HZQ A; 4OS3 A; 3RZY A; 1LFO A; 1OEJ A; 1SWC A; 2Q2M A; 2R74 A; 2GTF X; 1QQS A; 2QM9 A; 2X8S A; 3FEL A; 4IB7 A; 4QAE A; 3PPT A; 4AZM A; 5L8N A; 2ACO A; 4O3Y A; 4JO6 A; 4Y0S A; 2NP1 A; 1N4J A; 2WWP A; 4GGZ A; 2WUT A; 4I9R A; 4LQZ A; 3BU9 A; 3RE6 A; 1DV9 A; 4CDD A; 2NNQ A; 1OPB A; 2OFA A; 3SLO A; 1DF8 A; 5F2B A; 2RTQ B; 3PED A; 3SZI A; 1MVG A; 4IB6 A; 4EXZ A; 1TXL A; 1EII A; 5IXG A; 3VU1 A; 3X00 A; 4IB9 A; 3WYP A; 1YWA A; 3FW5 A; 5JD2 A; 1VPR A; 2DM5 A; 1SY2 A; 4AZN A; 1EI5 A; 1GX8 A; 5EEE A; 4CK4 A; 1BSY A; 5HAE A; 1E00 A; 3SAO A; 4BBO A; 1SXY A; 2DJF A; 4NYQ A; 5LJH A; 1DZP A; 5EZ2 A; 5B5F A; 1EAL A; 1JIW I; 2X8T A; 1GX3 A; 4YGH A; 5K68 A; 1NGL A; 3PQU A; 2GTL M; 1WUB A; 4COT A; 3D96 A; 5HCD C; 4NV8 A; 2A5C A; 1FTP A; 4NP1 A; 2K23 A; 4IAB A; 4I3B A; 2C4I A; 4OS0 A; 1MEP A; 2RTK A; 3BSZ E; 3CQR A; 2OY1 O; 5HZ5 A; 1ERX A; 1SLD B; 3HWG A; 1SWK A; 2OYB O; 5B29 A; 4QYN A; 3RSW A; 3PP6 A; 2FTB A; 1U17 A; 3IFB A; 3FEK A; 3I17 A; 2I5V O; 4BX5 A; 2OVA A; 4ZHC A; 5AJC A; 4YVB A; 1VWK B; 2AT0 X; 2QOS C; 2RTO B; 1QY1 A; 1I06 A; 1VWF B; 1CBI A; 1QFT A; 4I95 A; 4KCA A; 4QZU A; 3PEC A; 3ZW0 B; 4ZFX A; 1KQX A; 1W4T A; 4I3D A; 1JYJ A; 4Y0R A; 4YDB A; 3U0D A; 4YKO A; 4R0B A; 2CAM A; 4JHQ A; 2YG2 A; 2IZE B; 5HA0 A; 2RD7 C; 3B2I A; 2MJI A; 2RTC B; 1SMP I; 3RDO A; 1GT1 A; 1B56 A; 3FA6 A; 3EBW A; 2GH7 A; 3FW4 A; 3P6F A; 2L67 A; 3I0A A; 1CRB A; 1SWF A; 4LZV A; 3TZS A; 3CBS A; 3NBX X; 4GUZ A; 1BSQ A; 5B3M O; 3S5X A; 1JBH A; 1Y55 X; 2L9C A; 2MO5 A; 3BS2 A; 2RTP B; 4CDF A; 1YIV A; 1HMT A; 2RTN B; 3BDR A; 4HWM A; 3D95 A; 4U8U M; 4FBO A; 1QY0 A; 1URE A; 2JU7 A; 4QGW A; 5B2A O; 3RDS A; 1EIO A; 3TF6 A; 3Q6L A; 4ZHD A; 1I05 A; 4GGR A; 1DZK A; 3HWE A; 4RUN A; 5FAZ A; 2N93 A; 5CYB A; 1SRG A; 1VYG A; 3NAD A; 3PDF A; 3UEW A; 1EXS A; 1SRE A; 1FEM A; 1P6P A; 1KOI A; 3BLG A; 3D9W A; 2UZ2 A; 4TLJ A; 1XKI A; 1X89 A; 2AVI A; 1JZU A; 1SWO A; 3LV4 A; 4NYR A; 4ZGU A; 1K3B A; 2JU3 A; 1YWB A; 5CHK A; 3TGB A; 3EBK A; 3STK A; 3FR4 A; 2XKL A; 4YH0 A; 1VYF A; 5LJE A; 2AKQ A; 1HN2 A; 4YFR A; 1Y9L A; 1VWH B; 2R56 A; 2OL6 O; 2RTF B; 1NQM A; 3AEH A; 4IRW A; 4M6S A; 1I04 A; 4XME A; 3UEU A; 3VGW A; 5K67 A; 5L3Y A; 4O49 A; 2RTL A; 3OBL A; 2RN4 A; 5D47 A; 5IO5 A; 1YP6 A; 4JNJ A; 1KZX A; 3FA7 A; 2CBS A; 2IZI A; 4MVL A; 4QZT A; 3ZZV A; 1SWU A; 2BHV A; 4DQ3 A; 5LJC A; 1O1U A; 4Z2O A; 2A13 A; 5AQ6 A; 5H9A A; 1BRQ A; 2Y3F A; 2JMB A; 4ZHH A; 1GGL A; 4Z28 A; 3PK2 A; #chains in the Genus database with same CATH homology 2F73 A; 4UU3 A; 5FEN A; 4WBK A; 2RCT A; 5F58 A; 4XMD A; 1AEL A; 3JQO A; 1X8P A; 1DC9 A; 2ANS A; 2WSJ A; 4IAX A; 1PBO A; 4ORU A; 1IW2 A; 3HWD A; 1H91 A; 3KQ0 A; 2OVD A; 3FEN A; 4ODD A; 5HBS A; 1NP1 A; 4GET A; 1HMS A; 5FQ7 E; 4CSB A; 3HTY A; 4LKT A; 5JR8 A; 1QAB E; 4UU2 A; 2JN3 A; 3HOE A; 1DZM A; 4I9S A; 2BT9 A; 4IBA A; 4GH7 A; 1S2P A; 1AQB A; 1ML7 A; 5LJB A; 4AZR A; 3KFI A; 3NX1 A; 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