The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
92
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sequence length |
418
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structure length |
339
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Chain Sequence |
STPKDIWGRYMAKFDLAKSHGSGIYVDLGGTERVGATQHRMPTGKCPVMGKVINLGNNADFLNRISAENPQDRGLAFPDTILSPVSAADLVRWGYDGNDVANCAEYAGNIIPASDTATKYRYPFVYDAKEEMCHILFTPMQYNRTSSLLCMEPMKSGIDAHLYYGSSRVDKKWEENCPMYPVKDAIFGRGANGSCVAIESAFEEFTRDAEECSALMFENAAADLESAKNSKGVGMNWANYDSNTGLCRVIEETPNCLIIDAGSFAMTAVGSPLEQDAVPFPCDIVTNGYIEPRPRSRHIFEVTTALSREALKCSKYVHEKYSESCGTYYYCSEEKPSSW
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Babesia Divergens and Neospora Caninum Apical Membrane Antigen 1 (Ama1) Structures Reveal Selectivity and Plasticity in Apicomplexan Parasite Host Cell Invasion.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
APICAL MEMBRANE ANTIGEN 1
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| molecule tags |
Membrane protein
|
| source organism |
Babesia divergens
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| total genus |
92
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| structure length |
339
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| sequence length |
418
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-04-04 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Dna Ligase; domain 1 | Dna Ligase; domain 1 | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(bba) Sandwich | Hepatocyte Growth Factor | Hepatocyte Growth Factor |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4R1A A; 2Z8V A; 2YIP A; 4DUR A; 4IUA A; 1HKY A; 5CT3 A; 4Z0E A; 3HN4 A; 5EOD A; 2Z8W A; 3SP8 A; 3ZLE A; 2X2Z A; 2LL4 M; 3HMS A; 1GMN A; 3MKP A; 5CS1 A; 2Y8R A; 2YIO A; 3HMT A; 4UV6 A; 5CP9 A; 4APL A; 3ZWZ A; 1NK1 A; 2F83 A; 5EOK A; 4R1B A; 4Z09 A; 2Q8A A; 1W8K A; 1YXE A; 4R1C A; 1Z40 A; 3HMR A; 2Q8B A; 1BHT A; 2HGF A; 4Z0F A; 4Z0D A; 4APM A; 2J8L A; 5CS9 A; 5CT2 A; 1GP9 A; 4A5T S; 2YIL A; 4R19 A; 2LL3 A; 5I25 A; 3SRI A; 5CT1 A; 5CS5 A; 2J8J A; 2QJ4 A; 1GMO A; 2QJ2 A; 3SRJ A; 1I8N A; 2K13 X; 5CS3 A; 5COE A; 5CSQ A; 4UAO A; 1W81 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1W93 A; 5D1O B; 4LMY A; 5BR8 H; 4ECY A; 2BQR A; 5KFF A; 2UVU A; 1X9N A; 3H0G G; 4IHJ F; 2CW8 A; 4YBZ B; 1N32 H; 1GSA A; 2V5A A; 1I50 A; 3Q8P B; 2W7P A; 1Y1V G; 3MFI A; 2VQE H; 5C1O A; 3R5F A; 1SEI A; 2FLL A; 2FLN A; 4XYL B; 1M6V A; 2WB1 A; 3V4Z A; 2FJZ A; 2F83 A; 2CKZ B; 2GPS A; 2M05 A; 2ZDH A; 4HYK A; 2Q8A A; 4JI3 H; 3HMR A; 4QIW E; 3F8N A; 1P8L A; 3LP8 A; 5KT6 A; 3JRX A; 1S03 G; 4LF7 H; 1I7L A; 3TQ1 A; 4TV9 F; 2YIL A; 4IWY A; 3RB0 A; 4O3O A; 3MR3 A; 2VPQ A; 5L1L A; 3V6J A; 2YCH A; 4EFB A; 3FKI G; 5DLG A; 5KG2 A; 4DUR A; 3GTO A; 4EYH B; 4YQW A; 2JEG A; 2UVW A; 4Q45 A; 4KHP H; 5EOD A; 5KFH A; 3MWD A; 2GLT A; 3RAX A; 2JEF A; 3R5H A; 2W9C B; 1GGO A; 3RBE A; 2ASD A; 2Q2U A; 3GTL A; 1KEE A; 2ATL A; 4ZHQ F; 1C30 A; 4O3Q A; 1B33 N; 4F4X A; 3GTK A; 3ZWZ A; 5F9L A; 3JRW A; 4MA0 A; 4GC7 A; 2R8G A; 1W8K A; 2FK3 A; 3L4J A; 2Y0S A; 5L1I A; 4JI7 H; 2W6M A; 4QWD A; 2B63 A; 1JLL B; 3T1H H; 3PW7 A; 2W6P A; 2YRW A; 5KFO A; 3PO3 G; 4J9Q A; 1RJP A; 4XYM B; 5DQH A; 2UXB H; 1S10 A; 2UXD H; 4Y8V B; 2HVS A; 3K5H A; 2C2E A; 5DQG A; 1N48 A; 3TII A; 5LL6 b; 4ECZ A; 3BQ0 A; 2JA6 A; 1FVI A; 2DWC A; 5JVL A; 2R92 A; 2FPI B; 5DG7 A; 4RB1 A; 2YS6 A; 4X64 H; 2XC9 A; 2F4V H; 4J9M A; 3RGZ A; 5JQW A; 3L4K A; 3AYH B; 2VQD A; 2XCA A; 1E4E B; 1V9P A; 3K3V A; 3I4N G; 3N44 B; 3RBD A; 3TQT A; 5FD5 A; 3EPI A; 4UCV A; 3UFX B; 2ALZ A; 3H20 A; 2ZDQ A; 1K1S A; 4MV9 A; 4C2M A; 3RTX A; 5C44 G; 1T3N A; 2I8C A; 4B3S H; 3WO0 A; 4BY7 G; 1BHT A; 5KG6 A; 1EYZ A; 4UCU A; 5KT2 A; 2XGP A; 1HNZ H; 5FPO A; 4Q0Y A; 3I4M G; 3M4I A; 1TWC A; 2FE3 A; 1RJQ A; 4L1K A; 3KHR A; 4ECT A; 3Q8Q B; 2CQY A; 3HKZ E; 5EOY A; 1R9T A; 3HB9 A; 2R7M A; 4C5A A; 1HNX H; 3GTJ A; 5KFI A; 3JSL A; 4UCR A; 1GLV A; 2VUG A; 4Q44 A; 3H3V H; 4WD3 A; 1TWH A; 3I12 A; 5FD6 A; 4TQR A; 4MV6 A; 4ECR A; 4LFB H; 1S0M A; 5DG8 A; 3OHA A; 4MV4 A; 5DGB A; 3KHH A; 4U6P A; 2MCT A; 4BWS C; 3MR5 A; 4Q8E A; 2Y8R A; 4RZR A; 5C1P A; 1VBH A; 5IP7 G; 3PW5 A; 1TWA A; 2YIO A; 2WAQ A; 4LF4 H; 2ZM6 H; 3OSN A; 4R1B A; 4MV8 A; 4MV7 A; 4YR2 A; 5C4X G; 4K0K H; 2HGF A; 4U7C A; 2YL2 A; 1SCU B; 4FS1 A; 4I4T F; 3TIN A; 4BY1 G; 4WBN F; 4EEY A; 2JA6 G; 2HVQ A; 5KFU A; 4DV3 H; 1S68 A; 4EEQ A; 4CC5 A; 2R8I A; 3PW0 A; 4DR2 H; 3PZP A; 1GSO A; 3N41 B; 4QW8 A; 2XCL A; 4A3L G; 5IT9 W; 2AGO A; 5CSQ A; 1I6U A; 4CC6 A; 4YHH H; 4R7R A; 5KFY A; 2O03 A; 3QZ8 A; 3HOY G; 1WCM A; 3SP8 A; 2VA3 A; 3N42 B; 3CQZ A; 5JUM A; 2QK4 A; 5CA1 F; 2LL4 M; 5CA0 F; 4EG0 A; 1IOV A; 3MR6 A; 2FP4 B; 1T36 A; 3N8D A; 4RB2 C; 2RDJ A; 4XZ3 B; 2NU8 B; 1CQI B; 1SYX B; 4FBU A; 4B3M H; 2CW7 A; 5EOK A; 2Q8B A; 1Z40 A; 4F50 A; 2XIG A; 2WE6 A; 4YIZ A; 4JI2 H; 3HOV G; 4A3F G; 4F4Z A; 1IBL H; 4ECW A; 1GSH A; 4JV2 A; 1XNQ H; 1JIH A; 1KJ8 A; 3GTG A; 2DIK A; 4Q8F A; 2QJ4 A; 5CS5 A; 4YAK B; 5BPH A; 4F4Y A; 4IR1 A; 3SRJ A; 2R84 A; 5KFR A; 4GC6 A; 4DL3 A; 1HKY A; 1XMO H; 2NU7 B; 4QWB A; 4Z0E A; 3HOU G; 1Z2N X; 1IBM H; 1N34 H; 2R86 A; 1RK6 A; 4RUA A; 1B6R A; 4A3E G; 3Q2O A; 1NK1 A; 4J9N A; 3NGD A; 4UCT A; 1IBK H; 4QWA A; 2R6F A; 1ZHQ A; 4ZQI A; 1BXR A; 5KFK A; 2W6O A; 4APM A; 1WR2 A; 5KFN A; 2ASJ A; 2J8L A; 1VAJ A; 1TA8 A; 4RAZ A; 2W9A A; 4A5T S; 2PN1 A; 2AQ4 A; 5KG4 A; 4YR3 A; 3SRI A; 2RF4 A; 3BG5 A; 4UCO A; 4ME6 A; 5KFD A; 3HOW G; 1BJT A; 1WCM G; 3GV5 B; 1ZHS A; 4JUZ A; 3GQC A; 2WTF A; 5EWE A; 5KFG A; 3G6V A; 2DPJ A; 3BAA A; 1W96 A; 5K2M A; 4MTE A; 3GV7 B; 4DUY H; 3UQ8 A; 3RIZ A; 4ED7 A; 4O3N A; 1I3Q A; 2VQF H; 1AUV A; 2DPI A; 2R7L A; 2C22 A; 4A3C G; 2JA5 A; 3HXL A; 5KFC A; 2JA7 A; 3GID A; 3OHB A; 1FKA H; 2E2I A; 1HR0 H; 2YRX A; 5H80 A; 4BBS G; 3EPG A; 4M7E A; 2X0S A; 1RYS A; 3C0F B; 4QIW A; 1V51 A; 4C5C A; 1RK5 A; 5KFJ A; 2NVY A; 5KT5 A; 5LOV F; 3KHL A; 2VOB A; 3M9O B; 5DLF A; 4JV1 A; 3BJY A; 4ECX A; 5IYB G; 3IG0 A; 4QWC A; 4XX0 B; 2W8K A; 2J8J A; 3KAL A; 4A93 G; 3V6H A; 4O2A F; 1GO3 E; 4FS2 A; 3GTQ A; 3VPD A; 2R7Z A; 4FU0 A; 1DV2 A; 3MJF A; 1JDB B; 4UAO A; 3PVX A; 3GIK A; 3H4B A; 1KBL A; 5KFX A; 4EBD A; 1JDE A; 3QFF A; 2YW2 A; 4ETS A; 3KHG A; 3GV8 B; 4DV4 H; 2IMW P; 4PDB A; 4MAM A; 1IOW A; 3MFH A; 3PO2 G; 1ULZ A; 3BA8 A; 5T14 A; 2BR0 A; 4DR5 H; 4AYB A; 1EUD B; 5KG1 A; 3RB3 A; 4A3D G; 1UC8 A; 4TV8 F; 3VPC A; 1CQJ B; 5KFA A; 4R19 A; 4LSA A; 5KKN B; 4GLX A; 3SE7 A; 2C2D A; 3OUZ A; 3GLK A; 4M9U A; 1TWF A; 2C2R A; 2BQ3 A; 2K13 X; 2WYO A; 4ECV A; 1J5E H; 4FM9 A; 4DL6 A; 5KG3 A; 5FJ8 G; 2RDI A; 5KFT A; 5KFV A; 2JEI A; 3KTM A; 4F4W A; 1MZB A; 3LML A; 5EWF A; 4AQY H; 5CS1 A; 3HMT A; 4RNN A; 2YZN A; 2C00 A; 4J9S A; 4DV7 H; 2B63 G; 4YJ3 F; 1V4Y A; 4YY3 H; 4UFZ A; 2JEJ A; 3Q8R B; 3GIQ A; 1I7N A; 2DLN A; 2FB9 A; 2W6Z A; 4MA5 A; 4O2B F; 5FPR A; 3HOX G; 3J7A K; 2NVX A; 3RV4 A; 1EZ1 A; 1DIK A; 2IA6 A; 4IWX A; 3PR5 B; 2R7Z G; 3FMA A; 2UUB H; 1EHI A; 3HKZ A; 1GYF A; 4A3J G; 3RUP A; 2R92 G; 5IWA H; 1B6S A; 3E5N A; 1GMO A; 2J6S A; 3R23 A; 5KX5 F; 5KFW A; 4RU9 A; 4A3K G; 2HHH H; 1JKJ B; 2V4Q A; 4JI1 H; 3CVZ A; 5GON F; 4HR7 A; 4GKJ H; 1AUX A; 4JYA H; 2ZDG A; 4PWQ A; 1KC7 A; 4TQS A; 2Z8W A; 4A2A A; 3VPB A; 5HBR B; 4HNV A; 3ZLE A; 2XD4 A; 4JV0 A; 4RB0 A; 2R85 A; 4LF9 H; 5D8D A; 2KSW A; 2YYA A; 4ED8 A; 3H0G A; 5IYD G; 4DV2 H; 1N33 H; 1BGW A; 2PMZ E; 1WSC A; 2V59 A; 2VUM A; 4I50 F; 1KJJ A; 4A3M G; 4RAY A; 1BNC A; 1KJQ A; 4RNM A; 5CB4 F; 4FBT A; 4LFA H; 5LYJ F; 2AGQ A; 1C3O A; 4JI8 H; 2OWO A; 1ZQ7 A; 4Q43 A; 2NU9 B; 5I47 A; 2XCP A; 4DR7 H; 4IAJ A; 2UXC H; 3T5J A; 2VR1 A; 3MWM A; 4ECQ A; 2HGS A; 3JSN A; 2J6U A; 4NXM H; 3PR4 A; 1M0W A; 2HVR A; 3GTP A; 4R1A A; 2Z8V A; 5KFS A; 5LA6 F; 4J9P A; 1WH2 A; 2R8J A; 4IUA A; 3GII A; 5KT3 A; 3RV3 A; 3FKI A; 4O4L F; 2X2Z A; 3Q1K A; 4LSX A; 2W7O A; 2KL5 A; 4ECU A; 1B04 A; 3LWB A; 3N43 B; 4APL A; 4YP3 A; 3T5K A; 4JV5 H; 2WB1 E; 4ED1 A; 2CZG A; 4RB3 C; 1ZET A; 2W9B A; 2R82 A; 4E4T A; 2PBZ A; 2R8H A; 1EUC B; 3RB6 A; 4R1C A; 5KG0 A; 4Z0F A; 4A3I G; 2FLP A; 1AN7 A; 2R8K A; 5IYC G; 3BA9 A; 5KFL A; 3V4S A; 4QW9 A; 1I94 H; 5J2U F; 3RFC A; 4LF8 H; 5A2Q W; 1UC9 A; 3M9N B; 2UU9 H; 4DV6 H; 4R8U A; 5L9X A; 3JAM W; 5EDW A; 5KFM A; 4DR3 H; 2AGP A; 1S97 A; 2VUM G; 5F9N A; 2Q2T A; 3R5X A; 3BQ2 A; 1TWG A; 3G8C A; 1GMN A; 2P0A A; 2BQU A; 5KT7 A; 2RGV A; 5FLX W; 3TIG A; 5LMN H; 5KFZ A; 1PK8 A; 5KFQ A; 3N6X A; 2R87 A; 4Z09 A; 1YXE A; 4O3S A; 5JH7 F; 4MV3 A; 1O75 A; 2FPG B; 2Y0S E; 4RNO A; 1Z2O X; 5CAE B; 5CT2 A; 4IRD A; 4J0M A; 3BAB A; 4DL2 A; 4O3R A; 5EWG A; 1GP9 A; 5I25 A; 2LL3 A; 2E2H A; 4LH6 A; 3J80 W; 3K3P A; 4RUC A; 2VPS A; 3IN5 A; 5D1O A; 4LF6 H; 2I80 A; 2ASL A; 1KJ9 A; 1N56 A; 1S0N A; 2QJ2 A; 5CS3 A; 4HQ6 A; 1E4G T; 1Y14 B; 4IRC A; 4JI4 H; 5CT3 A; 4C5B A; 3RGX A; 2NUA B; 3OUU A; 2W6N A; 3RB4 A; 3MWE A; 3H4D A; 4EFE A; 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