The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
212
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sequence length |
543
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structure length |
543
|
Chain Sequence |
MRRSGNYNPSRWDVNFIQSLLSDYKEDKHVIRASELVTLVKMELEKETDQIRQLELIDDLQRMGLSDHFQNEFKEILSSIYLDHHYYKNPFPKEERDLYSTSLAFRLLREHGFQVAQEVFDSFKNEEGEFKESLSDDTRGLLQLYEASFLLTEGETTLESAREFATKFLEEKVNEGGVDGDLLTRIAYSLDIPLHWRIKRPNAPVWIEWYRKRPDMNPVVLELAILDLNIVQAQFQEELKESFRWWRNTGFVEKLPFARDRLVECYFWNTGIIEPRQHASARIMMGKVNALITVIDDIYDVYGTLEELEQFTDLIRRWDINSIDQLPDYMQLCFLALNNFVDDTSYDVMKEKGVNVIPYLRQSWVDLADKYMVEARWFYGGHKPSLEEYLENSWQSISGPCMLTHIFFRVTDSFTKETVDSLYKYHDLVRWSSFVLRLADDLGTSVEEVSRGDVPKSLQCYMSDYNASEAEARKHVKWLIAEVWKKMNAERVSKDSPFGKDFIGCAVDLGRMAQLMYHNGDGHGTQHPIIHQQMTRTLFEPFA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of limonene synthase, a simple model for terpenoid cyclase catalysis.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Lyase
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| source organism |
Mentha spicata
|
| molecule keywords |
4S-limonene synthase
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| total genus |
212
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| structure length |
543
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| sequence length |
543
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-01-23 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01397 | Terpene_synth | Terpene synthase, N-terminal domain |
| A | PF03936 | Terpene_synth_C | Terpene synthase family, metal binding domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Farnesyl Diphosphate Synthase | Farnesyl Diphosphate Synthase | ||
| Mainly Alpha | Alpha/alpha barrel | Glycosyltransferase | Terpene synthase, N-terminal domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1V4E A; 5IK9 A; 1UBW A; 3KRC A; 3LEE A; 3N6K F; 3WEH A; 4KUX A; 3LMD A; 3N1W F; 3ZMC A; 4FJQ A; 1EZF A; 3WCJ A; 4NFK F; 2Z4W A; 5DJR F; 4NKE A; 3N0F A; 1YYU A; 3WSA A; 4H5D F; 3N0G A; 1WL1 A; 2ZY1 A; 3APZ A; 5ER8 A; 4EA0 A; 2AEL A; 3ICM A; 1HXA A; 1PS1 A; 5AFX A; 2Q80 A; 3IBA A; 4NKF A; 3WEI A; 1WY0 A; 4GP2 A; 4RXA A; 5A0I A; 3M0G A; 4ZQ8 A; 4KQ5 A; 4LA6 A; 3NPK A; 3P41 A; 3M01 A; 3SDR A; 4KVI A; 5E8L A; 2PS7 A; 2J5C A; 3Q1O A; 1VG3 A; 1KIZ A; 4LFG A; 5DZ2 A; 3N1V F; 3OAC A; 3LGZ B; 4LPG F; 2QIS A; 5KSX F; 4N1Z F; 2F8Z F; 3SAE A; 4OKM A; 5I1U A; 2E92 A; 2F94 F; 5IVG A; 5JV1 F; 5DGS F; 4DEM F; 3WCC A; 4HD1 A; 3BNY A; 5HN8 A; 2Z7I A; 3AE0 A; 4LA5 A; 3PKO A; 4FP4 A; 2F92 F; 3LDW A; 5IK6 A; 3VJE A; 3AQ0 A; 1YHK A; 3VJD A; 3PYB A; 3VJB A; 1YQ7 A; 2H8O A; 3WEG A; 5B03 A; 4LLT A; 4DWG A; 5JV2 F; 3M02 A; 3ACY A; 2PS6 A; 2ZCQ A; 4MC3 A; 3TS7 A; 1ZW5 A; 3AQB B; 4KQU A; 5B02 A; 3ID0 A; 4LPH F; 2P1C A; 4LLS A; 3ZMB A; 1VG6 A; 4KVY A; 4XQT F; 3V66 A; 4LOB A; 3G4D A; 5DHK A; 4LIX A; 3ICK A; 4KPJ A; 3UCA A; 3WC9 A; 1DGP A; 5B00 A; 2ONH A; 3Q2Z A; 4DZW A; 5B0J A; 5CG5 A; 5ILH A; 1JFG A; 4DHD A; 3NPR A; 3N45 F; 3M9U A; 2VF6 A; 2F89 F; 2DH4 A; 4EA2 A; 5ILK A; 2ZCR A; 4P0X A; 3WCM A; 3KRP B; 4F62 A; 2Z7H A; 3RMG A; 4GA3 A; 5EAS A; 3WCL A; 1N20 A; 2OA6 A; 4MC0 A; 4LUU A; 5JV0 F; 2E90 A; 2Z4V A; 3LLW A; 5HN7 A; 2OGD A; 4RNQ A; 5A0J A; 2OPN A; 4QPF A; 3LG5 A; 3P8L A; 2EWG A; 3PYA A; 4PVX F; 5CG6 A; 2E8W A; 2AZL A; 3W7F A; 3QQV A; 3LZ9 A; 4LFE A; 4KVD A; 3Q2Q A; 1VG4 A; 4KWD A; 4XQS F; 5H9D A; 3PDE A; 3V1V A; 3EZ3 A; 3N46 F; 3CC9 A; 3IPI A; 1UBV A; 5B01 A; 3OAB A; 1WKZ A; 5A0K A; 4UMJ A; 4LFV F; 3TFP A; 1RTR A; 5AEL A; 1N22 A; 3VJ8 A; 3WCD A; 1WL3 A; 5DIQ F; 3WCE A; 3N5J F; 1FPS A; 3RBM A; 4H5C F; 1WL0 A; 4NUA A; 4KKM A; 4N9U A; 1HXC A; 3KB9 A; 2O1O A; 3LJI A; 3P5R A; 3DYH A; 3KRP A; 1V4K A; 4LTZ A; 3EFQ A; 3ADZ A; 3P8R A; 4NFI F; 2PS4 A; 2E8V A; 4LZ3 A; 3M00 A; 2J1O A; 4RXE A; 4NFJ F; 5ILY A; 3NF2 A; 3TFN A; 5JUZ F; 1N1B A; 1UBY A; 2E95 A; 4XQR F; 1YJ4 A; 3PH7 A; 5IM1 A; 1KIY A; 1N21 A; 5IK0 A; 5HN9 A; 2Q58 A; 3TC1 A; 1VG2 A; 5E8H A; 4JZX A; 2E4O A; 2Q9Y A; 2I19 A; 3N49 F; 2Z4Y A; 3OAB B; 4RXD A; 4K10 A; 4KQS A; 3LVS A; 3KRO A; 5B0I A; 3ICZ A; 4DWB A; 4GP1 A; 5DJP F; 3VJA A; 1DI1 A; 4OMG A; 3WCH A; 4KVW A; 2AEK A; 4DI5 A; 2FOR A; 2FTZ A; 3BNX A; 4LTV A; 4OKZ A; 3MAV A; 4JVJ F; 1HXG A; 3N5H F; 2PS5 A; 3S4J A; 3KBK A; 4NG6 A; 1V4J A; 1RQJ A; 4WK5 A; 3SDV A; 4KPD A; 1N1Z A; 3WE9 A; 3VJC A; 5EAT A; 3MZV A; 3ZL6 A; 1WL2 A; 5IL8 A; 3WJK A; 5IN8 A; 2Q9Z A; 5AHU B; 2E94 A; 4Q23 A; 5ILJ A; 3CKE A; 2J1P A; 5DJV F; 2F9K F; 2PS8 A; 3WCG A; 4E9Z A; 3WCI A; 3WJN A; 3SDU A; 2Z4Z A; 2ONG A; 4KFA A; 1WMW A; 5ERN A; 4RYP A; 1YYT A; 5DGN F; 4F6V A; 1V4I A; 3ZOU A; 2AET A; 3WSB A; 5IMI A; 2AZJ A; 4QXS F; 2E8U A; 5AYP A; 4GAX A; 1YHM A; 2F8C F; 3WEF A; 3KRO B; 3G4F A; 5ILI A; 3OYR A; 2Z78 A; 4JXY A; 1N24 A; 3NRI A; 3WEK A; 2ZEU A; 4PVY F; 5ERM A; 3WCB A; 3Q30 A; 2OPM A; 3P5P A; 4KK2 A; 3AQC B; 3KRF B; 5ERO A; 4LZC A; 5JA0 F; 3LK5 A; 5IKA A; 3LSN A; 3KRA B; 3CP6 A; 5C05 A; 3ACW A; 1V4H A; 1HM7 A; 3LOM A; 5B0M A; 4F6X A; 1UBX A; 3TFV A; 5DGM F; 2E91 A; 4L2X F; 2E93 A; 4E1E A; 5IMP A; 1VG7 A; 1YYR A; 3WCF A; 5ILZ A; 4E9U A; 3WCA A; 3DYF A; 3KRC B; 2E8X A; 3N3L F; 3VJ9 A; 3DYG A; 4P0V A; 3LGK A; 5HNA A; 4P0W A; 2ZEV A; 3SDQ A; 1HX9 A; 2ZCO A; 5ILD A; 2Z50 A; 5IKH A; 5B0L A; 3ASX A; 4H5E F; 5DHI A; 3V1X A; 3ACX A; 5DW7 A; 2Z52 A; 3WJO A; 4OMH A; 1JFA A; 1YYS A; 5IMN A; 4OGU A; 3ICN A; 3KRF A; 1N23 A; 1YYQ A; 1HM4 A; 3EGT A; 3QKC A; 5IL3 A; 4DXJ A; 3N3D A; 1RQI A; 2F7M F; 2Z4X A; 3KRA A; 1YHL A; 4RXC A; 5B0K A; 3OAC B; 4MC8 A; 2RAH A; 2AZK A; 3S9V A; 5EAU A; 3B7L A; 4LXW A; 3RYW A; 4JYX A; 5E8K A; 3RYE A; 3WEJ A; 4JZB A; 1YV5 A; 3SDT A; 2E8T A; 4JXN A; 2ZCS A; 3ZCD A; 4LZ0 A; 4EA1 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1V4E A; 5IK9 A; 1UBW A; 3KRC A; 1GXO A; 3LEE A; 2F6D A; 3N6K F; 2YIK A; 4D4D A; 3WEH A; 4KUX A; 4JJJ A; 1L2A A; 1CEM A; 3LMD A; 2GZ6 A; 3N1W F; 1SQC A; 4CJ0 A; 4MBG B; 3ZMC A; 4FJQ A; 3WKH A; 1EZF A; 2H6F B; 2WY8 A; 3WCJ A; 4C1S A; 4NFK F; 1LTX B; 2Z4W A; 5DJR F; 4NKE A; 3N0F A; 1YYU A; 3WSA A; 2ZZR A; 3CIH A; 3PZ4 B; 4H5D F; 3S4B A; 3N0G A; 4DOD A; 1WL1 A; 3M7B A; 3E32 B; 2ZY1 A; 3APZ A; 5ER8 A; 4EA0 A; 2XWJ B; 4F10 A; 2AEL A; 3ICM A; 3ON6 A; 1HXA A; 1PS1 A; 5AFX A; 4FXK B; 2Q80 A; 3IBA A; 1JCR B; 1GAH A; 3W5N A; 4NKF A; 3WEI A; 4TXT A; 1WY0 A; 4GP2 A; 4RXA A; 5A0I A; 1FAE A; 3S4C A; 3M0G A; 4FNV A; 4ZQ8 A; 4KQ5 A; 5M7I A; 4LA6 A; 3NPK A; 3P41 A; 3M01 A; 3SDR A; 4KVI A; 1LD8 B; 5E8L A; 1QAZ A; 4ZH5 A; 2PS7 A; 2J5C A; 3Q1O A; 1RQ5 A; 2WDA A; 4AYO A; 1RWH A; 1VG3 A; 1OJM A; 2ZBL A; 1KIZ A; 4LFG A; 5DZ2 A; 3N1V F; 4WVB A; 1H35 A; 3OAC A; 3LGZ B; 1HZF A; 3GT5 A; 1OJP A; 2VN4 A; 4L0G A; 5GY3 A; 2FV1 A; 1HV6 A; 2GH4 A; 3HXC B; 4LPG F; 3Q75 B; 1UG9 A; 2DRQ A; 1TNY B; 2G02 A; 2QIS A; 2B39 A; 5KSX F; 4N1Z F; 2F8Z F; 3SAE A; 1V7X A; 2VN7 A; 4OKM A; 3KSL B; 5I1U A; 2E92 A; 2F94 F; 4AYP A; 5IVG A; 3DRA B; 5JV1 F; 1N7O A; 5DGS F; 4DEM F; 1JCQ B; 3WCC A; 3E80 A; 4HD1 A; 1AGM A; 3W7S A; 3BNY A; 1X81 B; 3DST B; 5HN8 A; 1FT2 B; 3QWT A; 2Z7I A; 1CLC A; 2I07 B; 3AE0 A; 4LA5 A; 3PKO A; 3A0O A; 3H2W A; 2XWB B; 2WYN A; 4FP4 A; 2F92 F; 3LDW A; 3RJ3 A; 1FMI A; 4CJ1 A; 4GTT B; 2D5J A; 3GLY A; 5JPM B; 1H13 A; 5IK6 A; 1KZP B; 3VJE A; 3AQ0 A; 1GA2 A; 1GLM A; 1YHK A; 1GXN A; 3E37 B; 1KSD A; 2CQT A; 3VJD A; 3NNB A; 3PYB A; 5FOB B; 1HN0 A; 3VJB A; 1YQ7 A; 1DCE B; 2BBC A; 2H8O A; 4OK2 A; 4D4B A; 3WEG A; 5AGD A; 5MEH A; 1FO3 A; 2FUQ A; 4MMI A; 5B03 A; 4LLT A; 4DWG A; 3VXD A; 5JV2 F; 4NEI A; 4LNG B; 3M02 A; 3ACY A; 2PS6 A; 3E6U A; 2ZCQ A; 4MC3 A; 2BRV X; 3M7L A; 3TS7 A; 4M76 A; 1ZW5 A; 1O79 A; 2ZIS B; 3AQB B; 4KQU A; 5B02 A; 1TNO B; 2BRP A; 3ID0 A; 1X9D A; 4LPH F; 1X1H A; 2P1C A; 4LLS A; 1KS8 A; 1W6J A; 3ZMB A; 1VG6 A; 3Q7F B; 1TN7 B; 1DOG A; 3WUX A; 2WCO A; 1FO2 A; 4KVY A; 4XQT F; 3V66 A; 1D8E B; 4LOB A; 1G9G A; 3G4D A; 5DHK A; 4LIX A; 4GL3 A; 4KTP A; 2WII B; 2XQW A; 3ICK A; 4KPJ A; 3UCA A; 3WC9 A; 1N7R A; 2FV0 A; 1DGP A; 5B00 A; 2ONH A; 3Q2Z A; 1TN8 B; 4DZW A; 4MU9 A; 5B0J A; 5CG5 A; 2RI8 A; 1H14 A; 2G0D A; 5ILH A; 2FUT A; 1JFG A; 3H3K A; 4DHD A; 3NPR A; 1IS9 A; 3N45 F; 3M9U A; 2VF6 A; 2H6G B; 3DSU B; 3M77 A; 2F89 F; 4FXG B; 2DH4 A; 4EA2 A; 1RWF A; 4LNV A; 1TF4 A; 5ILK A; 5CA3 A; 2ZCR A; 2IEJ B; 4QT9 A; 3Q79 B; 4P0X A; 3WCM A; 2EAD A; 3KRP B; 1QBQ B; 4F62 A; 3QT3 A; 4EL8 A; 2Z7H A; 3RMG A; 4GA3 A; 5EAS A; 3WCL A; 1N20 A; 1O6H A; 2OA6 A; 4MC0 A; 5KKB A; 4LUU A; 1H54 A; 1KRF A; 5JV0 F; 2E90 A; 2Z4V A; 2P0V A; 4OZV A; 3REN A; 5GW7 A; 3LLW A; 4FUS A; 5HN7 A; 2OGD A; 4RNQ A; 3E73 A; 5A0J A; 4EHM B; 2OPN A; 4QPF A; 1W3Y A; 3K7X A; 1H37 A; 3LG5 A; 3P8L A; 3QRY A; 5GZK A; 2EWG A; 3KQ4 A; 1LF9 A; 3PYA A; 2V3P A; 4PVX F; 5CG6 A; 2E8W A; 3EZ8 A; 2AZL A; 3VSN A; 3W7F A; 3QQV A; 3LZ9 A; 3RX8 A; 4LFE A; 3Q7A B; 1NC5 A; 4KVD A; 1H39 A; 3Q2Q A; 1VG4 A; 3HXF B; 4YCR A; 4KWD A; 4XQS F; 3DSW B; 2AFA A; 5H9D A; 3PDE A; 3V1V A; 3OED A; 3EZ3 A; 2WY7 A; 3N46 F; 3CC9 A; 3IPI A; 3RX7 A; 4ONT A; 1W6K A; 1UBV A; 5B01 A; 3OAB A; 1LXM A; 1WKZ A; 5A0K A; 1GAI A; 1V5C A; 4MMH A; 3EU8 A; 1EGU A; 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