The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
271
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sequence length |
714
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structure length |
685
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Chain Sequence |
NSNAFKEAVKSVKTILRNLTDGEITISAYDTAWVALIDAGDKTPAFPSAVKWIAENQLSDGSWGDAYLFSYHDRLINTLACVVALRSWNLFPHQCNKGITFFRENIGKLEDENDEHMPIGFEVAFPSLLEIARGINIDVPYDSPVLKDIYAKKELKLTRIPKEIMHKIPTTLLHSLEGMRDLDWEKLLKLQSQDGSFLFSPSSTAFAFMQTRDSNCLEYLRNAVKRFNGGVPNVFPVDLFEHIWIVDRLQRLGISRYFEEEIKECLDYVHRYWTDNGICWARCSHVQDIDDTAMAFRLLRQHGYQVSADVFKNFEKEGEFFCFVGQSNQAVTGMFNLYRASQLAFPREEILKNAKEFSYNYLLEKREREELIDKWIIMKDLPGEIGFALEIPWYASLPRVETRFYIDQYGGENDVWIGKTLYRMPYVNNNGYLELAKQDYNNCQAQHQLEWDIFQKWYEENRLSEWGVRRSELLECYYLAAATIFESERSHERMVWAKSSVLVKAISSSFGESSDSRRSFSDQFHEYIANAGSVQASRLAGVLIGTLNQMSFDLFMSHGRDVNNLLYLSWGDWMEKWKLYGDEGEGELMVKMIILMKNNDLTNFFTHTHFVRLAEIINRICLPEKTIKSMEKEMGKMVELALSESDTFRDVSITFLDVAKAFYYFALCGDHLQTHISKVLFQKVG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of ent-Copalyl Diphosphate Synthase from Arabidopsis thaliana, a Protonation-Dependent Diterpene Cyclase
rcsb |
| molecule tags |
Isomerase
|
| source organism |
Arabidopsis thaliana
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| molecule keywords |
Ent-copalyl diphosphate synthase, chloroplastic
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| total genus |
271
|
| structure length |
685
|
| sequence length |
714
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| chains with identical sequence |
B, C
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| ec nomenclature |
ec
5.5.1.13: Ent-copalyl diphosphate synthase. |
| pdb deposition date | 2010-12-12 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01397 | Terpene_synth | Terpene synthase, N-terminal domain |
| A | PF03936 | Terpene_synth_C | Terpene synthase family, metal binding domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Farnesyl Diphosphate Synthase | Farnesyl Diphosphate Synthase | ||
| Mainly Alpha | Alpha/alpha barrel | Glycosyltransferase | Terpene synthase, N-terminal domain | ||
| Mainly Alpha | Alpha/alpha barrel | Glycosyltransferase | Glycosyltransferase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2F92 F; 2QIS A; 3RYW A; 2F8Z F; 3VJA A; 3WSA A; 5IM1 A; 5B0K A; 1VG3 A; 3ZCD A; 4DZW A; 3VJE A; 1YYQ A; 4H5C F; 4FP4 A; 3SDU A; 4OMG A; 4RXA A; 2OGD A; 4RXC A; 3VJ8 A; 4MC8 A; 2Q9Z A; 3CKE A; 2H8O A; 3M02 A; 3NPK A; 4QXS F; 3TFP A; 4EA1 A; 5B03 A; 1RTR A; 4LFV F; 3PYB A; 1V4E A; 1WL3 A; 3WE9 A; 3LVS A; 4LIX A; 3Q1O A; 3WCF A; 3WCJ A; 5B02 A; 4LFE A; 4DEM F; 4GP1 A; 1HM7 A; 3MAV A; 2E93 A; 3KRO A; 4KVI A; 1N1B A; 3WCL A; 3AQB B; 3ZL6 A; 1VG2 A; 1YYR A; 3BNX A; 2ZCS A; 4E9U A; 1V4K A; 2ZCO A; 3LLW A; 4LA5 A; 2J1O A; 2OPM A; 2Z52 A; 3QQV A; 2AZL A; 3RYE A; 3KRP B; 3IBA A; 3WCB A; 2PS8 A; 1JFA A; 4JVJ F; 2E94 A; 2Z50 A; 4E9Z A; 3BNY A; 5A0J A; 5A0K A; 1YHK A; 3QKC A; 4FJQ A; 3N5H F; 3LZ9 A; 1JFG A; 5IN8 A; 3WCG A; 3SDQ A; 4GA3 A; 4GAX A; 4KWD A; 4LZ0 A; 5DHI A; 3N49 F; 3TFN A; 2AZK A; 3NPR A; 3VJB A; 3WCD A; 3KRC A; 3AQC B; 3MZV A; 3WEF A; 2Z7H A; 2O1O A; 4HD1 A; 2Z4V A; 3M01 A; 2DH4 A; 1RQI A; 3B7L A; 4NFK F; 4XQR F; 3DYF A; 4JYX A; 4WK5 A; 3N46 F; 4GP2 A; 4LTV A; 3N45 F; 3LJI A; 3CP6 A; 2PS5 A; 4Q23 A; 3OAB A; 3P41 A; 4NKF A; 2VF6 A; 3KRF B; 4RYP A; 2RAH A; 3ICK A; 3SDV A; 5B01 A; 4KFA A; 1V4I A; 3TFV A; 3WJO A; 2E4O A; 1RQJ A; 2ZY1 A; 4OKM A; 3LMD A; 3N5J F; 5DGM F; 5ILD A; 5IL3 A; 1UBV A; 2E8U A; 4KUX A; 4OKZ A; 1HXG A; 1WKZ A; 3N3L F; 2E8T A; 2AZJ A; 5ER8 A; 5C05 A; 3RBM A; 3OAC B; 3M0G A; 3AE0 A; 2E95 A; 3VJC A; 2OPN A; 2J5C A; 2AEK A; 4KPD A; 1HXA A; 5ILY A; 3KRA B; 4DWB A; 3V1X A; 3LGK A; 5KSX F; 3TS7 A; 3OYR A; 5JV1 F; 3KBK A; 2P1C A; 5DGS F; 5JUZ F; 5ILZ A; 4F6V A; 5JV2 F; 3APZ A; 3LSN A; 4LPH F; 3LGZ B; 3PH7 A; 4MC0 A; 1WY0 A; 5AFX A; 1WL1 A; 3NF2 A; 5ILI A; 2Z4X A; 4LZ3 A; 3N0G A; 2Q9Y A; 3S9V A; 3EFQ A; 3LOM A; 2E8X A; 2E8W A; 3ZMB A; 4N9U A; 2AEL A; 2PS6 A; 3NRI A; 3WEK A; 5B0L A; 3PKO A; 3WC9 A; 4EA0 A; 2E92 A; 3SDT A; 5HN7 A; 5AYP A; 5IK9 A; 2FOR A; 2I19 A; 4H5E F; 1WL2 A; 5B0I A; 3N1W F; 4XQT F; 3WEI A; 5AHU B; 3KRP A; 1N1Z A; 4LOB A; 1UBX A; 2PS7 A; 4QPF A; 5B00 A; 5IMI A; 4H5D F; 3ACX A; 3ADZ A; 2ONG A; 3WSB A; 4ZQ8 A; 5EAS A; 1HXC A; 5IMN A; 4P0X A; 3V1V A; 3WEJ A; 4N1Z F; 4RXE A; 5AEL A; 4RXD A; 4E1E A; 1YYU A; 3WCH A; 2Z4W A; 2E90 A; 5B0M A; 2Q58 A; 2EWG A; 4JZB A; 5B0J A; 3EZ3 A; 4LUU A; 1YYS A; 3ZOU A; 3ICZ A; 2Z4Z A; 3V66 A; 5DJV F; 1DI1 A; 1ZW5 A; 3ACW A; 1V4H A; 1YV5 A; 1DGP A; 5E8K A; 1YHM A; 3ASX A; 3WEH A; 4LTZ A; 1WMW A; 5DZ2 A; 4MC3 A; 4OGU A; 4K10 A; 5H9D A; 1YHL A; 3WCC A; 4NFI F; 3Q2Q A; 4F6X A; 3LDW A; 1PS1 A; 3S4J A; 3UCA A; 3P8L A; 4KK2 A; 5ERO A; 5DGN F; 3M00 A; 3KRF A; 3DYH A; 3KRO B; 1UBY A; 1KIY A; 2J1P A; 5IMP A; 2F7M F; 5IVG A; 3ID0 A; 2Z78 A; 1N23 A; 4LZC A; 4JXN A; 3CC9 A; 3LG5 A; 3VJ9 A; 4DI5 A; 2ZEV A; 3M9U A; 3RMG A; 3Q30 A; 2Q80 A; 1V4J A; 4PVX F; 4RNQ A; 4F62 A; 1VG6 A; 3N0F A; 1N20 A; 4P0V A; 3IPI A; 5IK6 A; 1UBW A; 5HN8 A; 3SDR A; 3N6K F; 2Z7I A; 5DJP F; 4NG6 A; 3LK5 A; 3ACY A; 4L2X F; 4LLS A; 1VG7 A; 1HM4 A; 5ILJ A; 4NFJ F; 4KKM A; 1WL0 A; 3OAC A; 5DHK A; 4LFG A; 5EAU A; 3WCA A; 5ILK A; 5DJR F; 3ICN A; 3KRA A; 5JV0 F; 2PS4 A; 4KVY A; 4UMJ A; 5JA0 F; 2FTZ A; 1EZF A; 2E8V A; 5CG5 A; 5IKA A; 3DYG A; 3KRC B; 4DHD A; 2F94 F; 5DW7 A; 3VJD A; 4JXY A; 3N1V F; 5EAT A; 1KIZ A; 5HNA A; 3TC1 A; 1VG4 A; 5IKH A; 5CG6 A; 3P5P A; 1YJ4 A; 1HX9 A; 3Q2Z A; 3AQ0 A; 3P8R A; 4PVY F; 5DIQ F; 4LXW A; 4P0W A; 5ERM A; 3KB9 A; 4KPJ A; 4JZX A; 3P5R A; 2E91 A; 1N22 A; 2F8C F; 2ZEU A; 3PYA A; 3EGT A; 4XQS F; 4LLT A; 3ZMC A; 3PDE A; 5A0I A; 3WEG A; 4DWG A; 4NKE A; 1YQ7 A; 3G4D A; 4KVW A; 3WCI A; 3OAB B; 3WCE A; 4EA2 A; 2ONH A; 2AET A; 5ERN A; 1N24 A; 1N21 A; 5IK0 A; 5ILH A; 1YYT A; 5E8L A; 2ZCR A; 2Z4Y A; 5E8H A; 4KQ5 A; 5I1U A; 3SAE A; 4KQU A; 3N3D A; 3WJN A; 4LA6 A; 3W7F A; 4LPG F; 3G4F A; 2ZCQ A; 3WCM A; 5HN9 A; 2F9K F; 4NUA A; 4DXJ A; 4OMH A; 4KQS A; 4KVD A; 2F89 F; 3LEE A; 3ICM A; 3WJK A; 1FPS A; 5IL8 A; 2OA6 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3S4B A; 3D5S A; 2BRW A; 2F92 F; 4CE7 A; 1N4Q B; 3QT9 A; 1NI1 B; 1I8Q A; 2QIS A; 3RX7 A; 2BED B; 3RYW A; 4D94 A; 3QFZ A; 2F8Z F; 1O1S B; 3VJA A; 3WSA A; 2EAD A; 5IM1 A; 5B0K A; 1VG3 A; 3ZCD A; 4DZW A; 1N4R B; 3E33 B; 3VJE A; 1YYQ A; 4KTR A; 1W6J A; 4H5C F; 1V7W A; 4FP4 A; 3SDU A; 4OMG A; 4KTP A; 1FAE A; 1F9O A; 4RXA A; 3QXF A; 2OGD A; 3M76 A; 5FO9 B; 1N7P A; 2XWJ B; 4RXC A; 2F6D A; 4BOK A; 3DSX B; 3VJ8 A; 3PZ2 B; 4MC8 A; 2Q9Z A; 3CKE A; 2H8O A; 3M02 A; 3NPK A; 4QXS F; 3TFP A; 4EA1 A; 5B03 A; 1H37 A; 1RTR A; 1GA2 A; 4LFV F; 3PYB A; 4GTS B; 1V4E A; 1WL3 A; 3WE9 A; 4KKI A; 2D8L A; 3LVS A; 4LIX A; 3Q1O A; 3GLY A; 3WCF A; 3WKI A; 4WVB A; 3WCJ A; 3AFJ A; 5B02 A; 3E80 A; 4LFE A; 4DEM F; 2F0Y B; 4GP1 A; 4F13 A; 1HM7 A; 3MAV A; 1OJN A; 1UG9 A; 2FUT A; 3EQA A; 2FBA A; 1FP3 A; 1NXC A; 1F9D A; 2E93 A; 3KRO A; 1OJO A; 3M72 A; 1FBO A; 4KVI A; 1N1B A; 2B39 A; 3WCL A; 4GTV B; 3AQB B; 3ZL6 A; 1VG2 A; 1YYR A; 1FO3 A; 1V5C A; 2DRO A; 4J5T A; 5JPM B; 3BNX A; 3Q73 B; 4AYO A; 2ZCS A; 1SA4 B; 4E9U A; 1V4K A; 5DGQ A; 2DRQ A; 1KZP B; 2VN7 A; 1N7N A; 1H3B A; 3HXF B; 2ZCO A; 3LLW A; 4LA5 A; 4FXG B; 1EGU A; 4WVC A; 2J1O A; 1HMW A; 2OPM A; 2Z52 A; 3Q78 B; 3QQV A; 2AZL A; 3RYE A; 1TNY B; 3H7L A; 3KRP B; 1RQ5 A; 3IBA A; 2WY7 A; 4GTR B; 4CJ1 A; 1HV6 A; 3WCB A; 4XUV A; 1H12 A; 2PS8 A; 1JCQ B; 1JFA A; 4JVJ F; 2OKX A; 2E94 A; 2Z50 A; 4E9Z A; 3BNY A; 5A0J A; 2GZ6 A; 4L9P B; 5A0K A; 1KWF A; 2E22 A; 1YHK A; 1GXO A; 4FUS A; 3QKC A; 2V8K A; 3OXU A; 2GH4 A; 1R76 A; 4FJQ A; 3N5H F; 3LZ9 A; 3X17 A; 1JFG A; 2I07 B; 1GXM A; 5IN8 A; 3WCG A; 1J0M A; 1TNO B; 1X9D A; 3SDQ A; 4GA3 A; 4GAX A; 4KWD A; 3E73 A; 4LZ0 A; 5DHI A; 3N49 F; 2WCO A; 3TFN A; 3M74 A; 2AZK A; 3K11 A; 3NPR A; 1JCR B; 1K72 A; 4V1S A; 3VSM A; 3KSQ B; 3VJB A; 3WCD A; 1SQC A; 1UMP A; 2SQC A; 3KRC A; 3AQC B; 2FV1 A; 2ZIR B; 3E7J A; 3MZV A; 1FT1 B; 3WEF A; 3W7W A; 1H35 A; 3QT3 A; 2Z7H A; 2O1O A; 3KSL B; 1HN0 A; 1DL2 A; 1H13 A; 1TN6 B; 4WVA A; 1KRF A; 4HD1 A; 2DRR A; 2Z4V A; 1O79 A; 3M01 A; 2DH4 A; 3M77 A; 1O6Q A; 5CA3 A; 3A3V A; 3REN A; 4LNV A; 1RQI A; 3B7L A; 3RRS A; 3S4C A; 3KQ4 A; 4Z4J A; 1O1T B; 1RW9 A; 4NEI A; 3C72 B; 3OED A; 2FUQ A; 4NFK F; 4XQR F; 3W7S A; 1O6H A; 3G6J B; 4EL8 A; 5JPN B; 1WU4 A; 1LXM A; 3DYF A; 4JYX A; 4WK5 A; 2X03 A; 3N46 F; 1OJM A; 3W5N A; 1HMU A; 4GP2 A; 1S64 B; 2H6G B; 3QWT A; 4ZRQ A; 4E1Y A; 4DOD A; 1O5M B; 4LTV A; 3N45 F; 3LJI A; 3ACS A; 3CP6 A; 2PS5 A; 1ULV A; 4Q23 A; 3OAB A; 3P41 A; 2WDA A; 4NKF A; 1GLM A; 3M7L A; 4FNV A; 4Q2B A; 2VF6 A; 1O6R A; 3KRF B; 4RYP A; 2RAH A; 1GSZ A; 4GL3 A; 3ICK A; 3SDV A; 5B01 A; 4KFA A; 1V4I A; 3QFY A; 3TFV A; 3WJO A; 2E4O A; 4ZH5 A; 1GAI A; 4TXT A; 1RQJ A; 2ZY1 A; 3A0O A; 1N7Q A; 3EUV B; 4Z4L A; 4OKM A; 3LMD A; 1JS4 A; 3N5J F; 4AYP A; 2RI9 A; 5DGM F; 5ILD A; 1IA7 A; 1FPP B; 5IL3 A; 1UBV A; 2D5J A; 1FMI A; 2E8U A; 4KUX A; 3RJ3 A; 1HM2 A; 1G9G A; 2GOX A; 4GTM B; 1F1S A; 2EAE A; 1KKT A; 3PZ1 B; 4OKZ A; 1HXG A; 1WKZ A; 1N95 B; 4LNG B; 1CLC A; 3DPY B; 3N3L F; 2E8T A; 3WKG A; 1CEM A; 2AZJ A; 3W7T A; 5ER8 A; 5C05 A; 3RBM A; 1DOG A; 1MZC B; 2FV0 A; 3RX5 A; 2CQT A; 1X1H A; 3OAC B; 3M0G A; 3AE0 A; 3QRY A; 2BBC A; 2E95 A; 3VJC A; 1V7X A; 2OPN A; 4L6X A; 4MMH A; 2J5C A; 2AEK A; 4GTO B; 4KPD A; 3RSY A; 1HXA A; 5ILY A; 3KRA B; 4ZG8 A; 4DWB A; 3V1X A; 3DSS B; 2A8Z A; 3LGK A; 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