1TMC | Genus

Total Genus 57

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	57
sequence length	175
structure length	175
Chain Sequence	GSHSMRYFYTSVSRPGRGEPRFIAVGYVDDTQFVRFDSDAASQRMEPRAPWIEQEGPEYWDRNTRNVKAQSQTDRVDLGTLRGYYNQSEAGSHTIQMMYGCDVGSDGRFLRGYRQDAYDGKDYIALKEDLRSWTAADMAAQTTKHKWEAAHVAEQWRAYLEGTCVEWLRRYLENG

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__438762088724506__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__438762088724506__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1TMC/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__438762088724506__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"438762088724506","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1TMC/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__438762088724506__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Histocompatibility antigen
source organism	Homo sapiens
publication title	The three-dimensional structure of a class I major histocompatibility complex molecule missing the alpha 3 domain of the heavy chain. pubmed doi rcsb
molecule keywords	CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN (HLA-AW68)
total genus	57
structure length	175
sequence length	175
ec nomenclature
pdb deposition date	1994-12-19

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.30.500.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1	MHC class I-like antigen recognition-like	1tmcA00

3VFPA 4WU7A 3VFNA 2GJ6A 4NNYA 3V5KA 1AGFA 3LV3A 3SKMA 3BWAA 5BRZA 2AXGA 2WY3A 3KPMA 5IEKA 4NO3A 2CKBH 3PWJA 5C0BA 1KJ2H 3MRGA 4WJ5A 1IM3A 4CVZA 4LNRA 3RZCA 4ZUWA 1HHGA 4QOKA 5IVXA 3ROLA 3DBXA 4G9DA 5J6GA 3GSQA 4V3DB 3MV8A 5E8PA 5IROA 3FQUA 4U1LA 3D2UA 5ISZA 3JVGA 2ZSVA 4HV8A 3VFWA 5FKPA 2CLRA 3DXAA 1T7YA 2JCCA 4PJEA 2YPKA 1WBYA 4N0FA 3UBXA 4NO0A 4U1MA 2FIKA 1QR1A 1QVOA 5HHMA 2AV7A 4ZUUA 3QULA 3FQNA 1RJYA 1AKJA 1S7QA 2C7UA 1I1AA 5ACZA 4PJCA 3V5DA 2AKRA 3MRFA 1YPZA 4N5EA 2AK4A 1A9EA 4JFPA 1S7SA 4MJIA 3TFKA 3O3BA 1T0NA 3GIVA 5IB5A 1MWAH 3CVHA 1QSFA 5EO0A 1G7PA 1XR8A 3C9NA 1HHHA 3H7BA 4PJHA 3PQYA 4U1IA 5DDHA 3OXRA 3FOMA 5MEPA 1ZHNA 1I7RA 3MRKA 3VXNA 3MRQA 3P4NA 3PWLA 3ROOA 1A1MA 1AO7A 4MQ7A 3QDJA 4JFFA 1G7QA 4PRIA 2VABA 1KPUA 2HN7A 3BP7A 3HAEA 5F1NA 3CPLA 3MRIA 3GMRA 4MS8A 1AGEA 1A1NA 3VWJA 3FQXA 1T0MA 1FFPA 4QRQA 1YN6A 1ZSDA 5HGBA 3HG1A 2D31A 5J6HA 4Y16A 3OXSA 3V5HA 3WS6A 3FRUA 3QZWA 3MRDA 4MJ5A 4GKNA 3I6GA 4PG2A 4PP8C 1M05A 3BGMA 3HE6A 3LKNA 2VLJA 4NO2A 3E3QA 1OGAA 3BP4A 1EFXA 4HWZA 4U1JA 4PJAA 3SKOA 3VFVA 1TVBA 1CD1A 3HPJA 5E8OA 4N8VA 1OF2A 5D2NA 1S7WA 1FO0H 1G6RH 1RK0A 3T8XA 2HJLA 5EU5A 5GSRA 1AGDA 3GSOA 3BH9A 1ONQA 1ED3A 3FT4A 3FTGA 3VFTA 3OX8A 1YDPA 1MHCA 1KPVA 1HSAA 3L3HA 3LKPA 1B0RA 1W0VA 1QRNA 4G9FA 3SDXA 3MREA 4L3EA 1B0GA 3U0PA 4X6CA 1DDHA 1HHKA 2X4SA 3VCLA 1S7VA 4G8IA 1ZVSA 3TA3A 3BVNA 2V2WA 3FFCA 3KXFA 4PJGA 4JRXA 4PREA 4MX7A 3KPPA 3QUYA 1AGCA 1FG2A 4E0RA 5J1AA 3BHBA 3FOLA 3L3KA 5B39A 1PQZA 4PV8A 2P5WA 5E8NA 3QUXA 3KYOA 3LN5A 1A6ZA 4QRSA 4PJBA 3SJVA 4EI5A 1JHTA 5JHDA 3TPUE 1L8JA 2X4QA 1HSBA 1EEYA 1RK1A 3O3EA 5F1IA 5D2LA 2GITA 4Y4KA 5HGHA 4NT6A 1CE6A 3TZVC 5IB3A 5SWQA 3DX6A 1T21A 2V2XA 3CZFA 3CH1A 2BCKA 1JPFA 1UXWA 3FT2A 3GMNA 1QEWA 3GSUA 4U1HA 3REWA 3TBTA 1KCGC 1N3NA 3L3GA 3JTSA 3ARBA 1OGTA 4L9LC 3VFRA 3VRIA 1FFOA 1YN7A 3ERYA 3JTTA 3VXPA 5MERA 4L8CA 4F7CA 1T20A 4IRSA 4NO5A 2PO6A 2XPGA 4PJDA 4PJ7A 3GSVA 1KJMA 1RJZA 3PWVA 4K71B 4G42A 3MRRA 5C09A 1JE6A 1S9YA 4X6EA 4EUPA 3SDAA 1TVHA 3MA7A 1VGKA 3VXOA 2HLAA 3WL9A 3P73A 3TO4A 5E9DA 1NANH 3VXSA 5FDWA 1JFMA 2AXFA 3BO8A 4MXQA 3IT8D 5EU6A 3HLAA 5EU4A 4E5XA 1W72A 5L2KA 4WU5A 1B3JA 3UTTA 3P9MA 1VADA 3FT3A 4WW2C 5SWZA 1UQSA 2ZOLA 3QUKA 5IB2A 4HKJA 4HUWA 3RWGA 4D0BA 2XFXA 1BD2A 1JGEA 1S7XA 1N5AA 1W0WA 3D18A 2GTZA 1ZHBA 2BNQA 3WUWA 3BW9A 3OV6A 1EEZA 4CVXA 5MENA 3VFUA 1X7QA 1ZS8A 3P4OA 5INDA 3MRPA 3KLAA 4CW1A 1S9XA 4G59A 1I4FA 3TO2A 2MHAA 3JTCA 1N59A 3ARDA 2UWEA 4G8GA 4PRBA 3TN0A 3UTSA 3KPSA 1I7TA 3PWPA 4JFOA 2X4NA 1N2RA 2X4RA 3GSRA 1K5NA 2ZOKA 3IXAA 4V3EB 3GSXA 3X11A 3L3DA 2VLKA 3T1FA 4PR5A 3MRBA 5IB4A 2NX5A 3MRHA 3P9LA 3P77A 3B6SA 1P1ZA 3NFNA 4PJXA 1M6OA 2CIIA 1I7UA 5HHOA 4D0CA 3D25A 5EUOA 3RWDA 4I48A 3LKSA 4PJFA 1LEGA 1XH3A 5D7IA 3FQRA 5E6IC 3BZEA 5DEFA 1WBXA 3RL2A 3ARGA 4FTVA 1E27A 2P5EA 3BXNA 2FO4A 2PYEA 4X6FA 4Y2DA 2YEZA 4PRNA 2GUOA 5L2JA 4X6DA 1KTLA 3RGVC 2FWOA 3DX7A 1Q94A 3ES6A 3X12A 3ECBA 1ZHKA 3X13A 4JFQA 5AD0A 5D5MA 3DX8A 3GMOA 2GAZA 4IIQC 4PRDA 1CG9A 4UQ2A 4ZAKA 4PJ5A 3MV9A 4QRTA 1OSZA 3GJFA 3FQTA 5GSVA 3QQ4A 1LK2A 1S7UA 3MRLA 5BS0A 1UXSA 3WS3A 1T7VA 1XZ0A 4Y4HA 3BH8A 3WLBA 1INQA 4Z77A 4HUVA 3RWFA 3CCHA 2VE6A 5MEOA 3ILQC 4ZUVA 4ZFZA 5C0DA 3B3IA 3TVMA 2A83A 4HX1A 4ZUTA 3TF7A 1ZT4A 3VWKA 2CLVA 3O3AA 1DE4A 4FFEX 4U6YA 3GMQA 3E6HA 3FQWA 3DTXA 3KPLA 3D3VA 3AM8A 1T1XA 3SPVA 4O2FA 4U1KA 3HCVA 3LN4A 4LCCC 3SDCA 3KPOA 2BSSA 1LDPH 3O3DA 4JFEA 4JRYA 3VH8A 1GZPA 3BEVA 3FONA 2DYPA 3SDDA 3QQ3A 3VRJA 4K7FA 3P4MA 1JF1A 1T7XA 2VLRA 2YPLA 5EOTA 1HHIA 1WBZA 2BVQA 4PRAA 4Z78A 3O8XA 3VXRA 3HE7A 3I6LD 3KPNA 4WWKC 2GT9A 4LHUA 2H6PA 5C0EA 4NQEA 2NW3A 4S0UC 3RWIA 1FZMA 3H9HA 3QEQA 5HHNA 4JQXA 1T7ZA 5SWSA 3O4LA 5ENWA 3VJ6A 2BSRA 5IB1A 4F7MA 4G43A 4O2CA 2GTWA 4HUXA 1GZQA 1T1ZA 3C8KA 3PABA 4PGBA 2F74A 1DUZA 3CDGA 5HGAA 1QLFA 3RWEA 4MJ6A 3TIEA 1FZKA 2F54A 5F9JA 1QQDA 5D9SA 1AGBA 4PGEA 1HOCA 3W39A 4PRHA 5C0JA 3MRMA 4IHOA 3RWHA 3TBVA 1LP9A 5H94A 4F7TA 4I4WA 4L29A 3L3IA 5EFIA 3RTQA 3KYNA 4L8SC 3TJHA 2X4OA 4Z76A 3GMLA 3QUZA 4L8BA 1U58A 3QDGA 5C0FA 3GMMA 5DEGA 4WUUA 2ZSWA 3E2HA 4QRRA 4GUPA 1S7RA 4IRJA 3MRJA 3MV7A 1KPRA 1XR9A 4NQVA 5C0IA 3DMMA 5E00A 2FYYA 3MYJA 3TBSA 2AV1A 2H26A 4WO4A 3TBYA 4Y4FA 3VFOA 4L4TA 3VFMA 2CLZA 3LKRA 4LCYA 3O9WA 4PG9A 3H9SA 4NHUE 5D7JC 1ZT1A 5C08A 1NAMH 5B38A 1BIIA 4F7PA 3RWCA 5HYJA 2X4PA 2HJKA 2OI9A 4N0UA 4WDIA 5IM7A 4PDCE 2X70A 3ARFA 3TBWA 5C0GA 4APQA 3L3JA 3MGOA 5BJTA 3UPRA 3QI9A 5FA4A 3M17A 2FZ3A 3M1BA 1HHJA 4U1SA 1QSEA 4ONOA 1T1WA 4U6XA 1FFNA 1FZOA 3RWJA 3MRCA 1MHEA 2X4TA 5F7DA 1S7TA 2BSTA 1A1OA 1T80A 1Z5LA 1VACA 1SYVA 2BNRA 3VXMA 4NQXA 1I1FA 3LKOA 3PWUA 1SYSA 2RFXA 3KPQA 4HS3A 1DUYA 1P7QA 3UTQA 4XXCA 1A9BA 3L9RA 3TIDA 1ZT7A 3RL1A 4MVBA 2VLLA 3MGTA 3KWWA 5HGDA 4QRPA 4PRPA 1ZAGA 4O2EA 1TMCA 3PWNA 4MNQA 4JFDA 2ESVA 3BUYA 3AU1A 2BVPA 2VAAA 1T22A 4U1NA 1K8DA 1IM9A 2CIKA 3QFJA 5D7LA 3BZFA 3G08A 4PJ8A 1LEKA 1BQHA 4NSKA 3LKQA 5BXFA 1JGDA 1LD9A 1JPGA 4D0DA 3E6FA 4L8DA 2OL3H 4NNXA 3SCMA 3GSWA 1QO3A 1S8DA 1C16A 3VXUA 3KPRA 4EN3C 1T1YA 1S9WA 1ZHLA 4PGDA 4NQDA 2BVOA 5C0AA 1FZJA 3W0WA 5FA3A 3BEWA 1HYRC 2Q7YA 3AREA 1KJ3H 1T7WA 3QFDA 3X14A 1JUFA 2F53A 4ZUSA 1P4LA 2X4UA 5HHQA 4QRUA 4PJ9A 4ELMA 3I6KA 4PGCA 5C07A 4L3CA 4F7EA 1E28A 1I1YA 1KJVA 3MR9A 4MNGA 5EU3A 3VFSA 4PV9A 3MROA 1EXUA 1LQVA 3QDMA 4HUUA 4NQCA 3HUJA 5INCA 1BZ9A 3S6CA 5C9JA 5MEQA 3GSNH 1KBGH 3ILPA 3CC5A 2J8UA 4JQVA 3D39A 5IEHA 3GMPA 1NEZA 4PJIA 5C0CA 5HHPA 3MRNA 5EO1A 2E7LE 4N0CA 1R3HA 4L4VA 3RUGA 4GKSA 1MI5A 4UQ3A 4LCWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

3VFPA 4WU7A 3VFNA 2GJ6A 4NNYA 3V5KA 1AGFA 3LV3A 3SKMA 3BWAA 5BRZA 2AXGA 2WY3A 3KPMA 5IEKA 4NO3A 2CKBH 3PWJA 5C0BA 1KJ2H 3MRGA 4WJ5A 1IM3A 4CVZA 4LNRA 3RZCA 4ZUWA 1HHGA 4QOKA 5IVXA 3ROLA 3DBXA 4G9DA 5J6GA 3GSQA 4V3DB 3MV8A 5E8PA 5IROA 3FQUA 4U1LA 3D2UA 5ISZA 3JVGA 2ZSVA 4HV8A 3VFWA 5FKPA 2CLRA 3DXAA 1T7YA 2JCCA 4PJEA 2YPKA 1WBYA 4N0FA 3UBXA 4NO0A 4U1MA 2FIKA 1QR1A 1QVOA 5HHMA 2AV7A 4ZUUA 3QULA 3FQNA 1RJYA 1AKJA 1S7QA 2C7UA 1I1AA 5ACZA 4PJCA 3V5DA 2AKRA 3MRFA 1YPZA 4N5EA 2AK4A 1A9EA 4JFPA 1S7SA 4MJIA 3TFKA 3O3BA 1T0NA 3GIVA 5IB5A 1MWAH 3CVHA 1QSFA 5EO0A 1G7PA 1XR8A 3C9NA 1HHHA 3H7BA 4PJHA 3PQYA 4U1IA 5DDHA 3OXRA 3FOMA 5MEPA 1ZHNA 1I7RA 3MRKA 3VXNA 3MRQA 3P4NA 3PWLA 3ROOA 1A1MA 1AO7A 4MQ7A 3QDJA 4JFFA 1G7QA 4PRIA 2VABA 1KPUA 2HN7A 3BP7A 3HAEA 5F1NA 3CPLA 3MRIA 3GMRA 4MS8A 1AGEA 1A1NA 3VWJA 3FQXA 1T0MA 1FFPA 4QRQA 1YN6A 1ZSDA 5HGBA 3HG1A 2D31A 5J6HA 4Y16A 3OXSA 3V5HA 3WS6A 3FRUA 3QZWA 3MRDA 4MJ5A 4GKNA 3I6GA 4PG2A 4PP8C 1M05A 3BGMA 3HE6A 3LKNA 2VLJA 4NO2A 3E3QA 1OGAA 3BP4A 1EFXA 4HWZA 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3TO4A 5E9DA 1NANH 3VXSA 5FDWA 1JFMA 2AXFA 3BO8A 4MXQA 3IT8D 5EU6A 3HLAA 5EU4A 4E5XA 1W72A 5L2KA 4WU5A 1B3JA 3UTTA 3P9MA 1VADA 3FT3A 4WW2C 5SWZA 1UQSA 2ZOLA 3QUKA 5IB2A 4HKJA 4HUWA 3RWGA 4D0BA 2XFXA 1BD2A 1JGEA 1S7XA 4JO8A 1N5AA 1W0WA 3D18A 2GTZA 1ZHBA 2BNQA 3WUWA 3BW9A 3OV6A 1EEZA 4CVXA 5MENA 3VFUA 1X7QA 1ZS8A 3P4OA 5INDA 3MRPA 3KLAA 4CW1A 1S9XA 4G59A 1I4FA 3TO2A 2MHAA 3JTCA 1N59A 3ARDA 2UWEA 4G8GA 4PRBA 3TN0A 3UTSA 3KPSA 1I7TA 3PWPA 4JFOA 2X4NA 1N2RA 2X4RA 3GSRA 1K5NA 2ZOKA 3IXAA 4V3EB 3GSXA 3X11A 3L3DA 2VLKA 3T1FA 4PR5A 3MRBA 5IB4A 2NX5A 3MRHA 3P9LA 3P77A 3B6SA 1P1ZA 3NFNA 4PJXA 1M6OA 2CIIA 1I7UA 5HHOA 4D0CA 3D25A 5EUOA 3RWDA 4I48A 3LKSA 4PJFA 1LEGA 1XH3A 5D7IA 3FQRA 5E6IC 3BZEA 5DEFA 1WBXA 3RL2A 3ARGA 4FTVA 1E27A 2P5EA 3BXNA 2FO4A 2PYEA 4X6FA 4Y2DA 2YEZA 4PRNA 2GUOA 5L2JA 4X6DA 1KTLA 3RGVC 2FWOA 3DX7A 1Q94A 3ES6A 3X12A 3ECBA 1ZHKA 3X13A 4JFQA 5AD0A 5D5MA 3DX8A 3GMOA 2GAZA 4IIQC 4PRDA 1CG9A 4UQ2A 4ZAKA 4PJ5A 3MV9A 4QRTA 1OSZA 3GJFA 3FQTA 5GSVA 3QQ4A 1LK2A 1S7UA 3MRLA 5BS0A 1UXSA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1TMCA

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Chain Sequence

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