4S0U | Genus

Total Genus 48

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	48
sequence length	175
structure length	175
Chain Sequence	DPHSLSYDITVIPKFRPGPRWCAVQGQVDEKTFLHYDCGNKTVTPVSPLGKKLNVTMAWKAQNPVLREVVDILTEQLLDIQLENYTPKEPLTLQARMSCEQKAEGHSSGSWQFSIDGQTFLLFDSEKRMWTTVHPGARKMKEKWENDKDVAMSFHYISMGDCIGWLEDFLMGMDS

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__989201225218584__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__989201225218584__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4S0U/C/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__989201225218584__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"989201225218584","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4S0U/C/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__989201225218584__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Immune system
source organism	Homo sapiens
publication title	A disease-linked ULBP6 polymorphism inhibits NKG2D-mediated target cell killing by enhancing the stability of NKG2D ligand binding. pubmed doi rcsb
molecule keywords	NKG2-D type II integral membrane protein
total genus	48
structure length	175
sequence length	175
ec nomenclature
pdb deposition date	2015-01-06

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.30.500.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1	MHC class I-like antigen recognition-like	4s0uC00

1FO0H 3BH8A 1PQZA 5MERA 2BVQA 2FO4A 3SDDA 4QRSA 4Y4KA 1FFOA 3VXNA 4G8IA 1KPVA 5J6HA 4O2CA 1AKJA 3RL1A 5IM7A 2MHAA 5HGBA 5HHMA 3OX8A 3GSXA 3GMOA 4U1IA 1AGFA 3MRQA 5BRZA 4GKNA 3QULA 1ZVSA 1S8DA 1ED3A 5D5MA 1JE6A 4WDIA 2AV7A 1T7YA 1A6ZA 5EU6A 3X11A 5C09A 2YPLA 1EEYA 4U1SA 4PJDA 3GMQA 4NNYA 5DEFA 5AD0A 1T1ZA 2CLVA 4IRJA 5IB2A 3O4LA 5ENWA 3V5DA 4PGEA 4E5XA 3ERYA 1INQA 3E2HA 3SDAA 3FOLA 2A83A 3FT3A 3MV8A 4PRPA 4PGBA 3TIDA 4MS8A 3FONA 1S9YA 1T22A 4NQXA 3RWEA 1M6OA 4G9FA 1ZAGA 4ZUUA 3BGMA 4L9LC 2OL3H 4PJBA 4ZFZA 3TF7A 5HHPA 1I1FA 3V5HA 3O3EA 5SWSA 3KXFA 3RWGA 3ILPA 3GSNH 2DYPA 4HUXA 4Y4HA 5HYJA 3WLBA 2AXFA 2CLZA 4F7MA 3AU1A 3QDMA 4JQVA 3GMLA 3GMRA 3CZFA 3LKSA 4PV8A 3TO2A 1W72A 3VH8A 3FQWA 2BNRA 3HCVA 5D7IA 3MV9A 1NAMH 2AK4A 3FRUA 5E8PA 4CW1A 3HUJA 4G59A 3TO4A 1VACA 3D3VA 1HOCA 4I4WA 3RWDA 2X4RA 3VFSA 3UPRA 1S7XA 2BSRA 3MRGA 1AGCA 3LN4A 3QUYA 4HUUA 3REWA 1XZ0A 3T8XA 2PYEA 1B0GA 1DE4A 3DX8A 1GZPA 1CE6A 3PWVA 3JTSA 3TBSA 1MHCA 1QVOA 3MRIA 1TVHA 3PWNA 5EUOA 1OGTA 3HG1A 3VXUA 5C9JA 5INDA 3VFMA 4XXCA 2GT9A 5IB5A 3I6KA 1LDPH 2VLRA 3GSQA 4PJEA 3TFKA 1AGDA 4NO2A 2X4NA 3RGVC 1I1YA 1QR1A 3BO8A 1XR8A 3MRDA 4JFEA 5ISZA 4U1LA 5MENA 3D39A 2FIKA 1WBYA 2P5WA 4JRYA 3WS6A 2CIIA 1FG2A 5E00A 4PRBA 4U6YA 1S9WA 3OXRA 2BVOA 2NW3A 3BVNA 1S7RA 1ZS8A 2HN7A 2AKRA 3H9HA 2BSTA 1T7VA 2X4UA 1KBGH 2BNQA 3HLAA 2AV1A 3DMMA 4N5EA 1UXSA 1EEZA 3GSUA 4Z76A 1I7RA 4Y4FA 5DEGA 4L29A 3RWHA 3O8XA 4D0BA 1RK1A 2PO6A 4NO3A 4ZAKA 3WS3A 2GITA 5D7JC 5IB1A 5GSVA 3KYOA 4QRUA 1T0NA 3MGTA 2ZSVA 1DDHA 3L3DA 1XR9A 4QRQA 1LK2A 3ARGA 3GMNA 4LCYA 3O3BA 3MRLA 3QEQA 3QDJA 5L2KA 2HJKA 3KPNA 2Q7YA 2VLJA 3BEWA 3FQXA 3PWPA 4PGDA 3SDXA 2ZOKA 1SYVA 4NT6A 4S0UC 4Y16A 3MREA 3C9NA 1LP9A 1VGKA 3E6HA 4NQEA 1YDPA 3MRCA 4PJFA 3BXNA 3FFCA 4WWKC 5HGAA 3L3KA 4IHOA 2C7UA 1ZT7A 3KPRA 1YN7A 3MRMA 3P77A 1K8DA 3QUZA 3QUKA 2XFXA 3KPQA 4WO4A 2HJLA 1QQDA 5D2NA 1KJ2H 3HE6A 2P5EA 3VFUA 4F7TA 1QRNA 3X13A 5C0GA 2ZSWA 1B0RA 4F7EA 3ECBA 1KPRA 2X4PA 2FWOA 4MNGA 2GJ6A 3QDGA 1AGEA 1C16A 2H6PA 4JFDA 4MVBA 1E28A 3SCMA 1S7TA 4PV9A 5HGHA 3KLAA 4ONOA 1A9EA 3VXOA 5ACZA 1HHGA 5E6IC 1S7SA 4LNRA 4L8CA 1S7VA 3JTTA 4PRIA 1W0VA 5EOTA 3D2UA 4HUWA 5MEPA 3O3AA 4D0CA 4WU5A 3FQRA 2YPKA 1T7ZA 3LV3A 4NQCA 2ZOLA 4UQ3A 3OV6A 5F1NA 3BH9A 4HS3A 4I48A 4QRTA 3VJ6A 3I6GA 1JPGA 3MRKA 1A9BA 4UQ2A 3RZCA 3VXPA 1QO3A 5C0AA 5FDWA 4PG9A 1TMCA 2ESVA 3MV7A 2X4TA 4L8BA 5C0BA 4WUUA 1SYSA 1JHTA 4K7FA 1HHHA 2VLKA 3VFNA 5C0FA 1WBZA 2F53A 4O2EA 3RL2A 3D18A 3B6SA 4NSKA 4PREA 1I4FA 3RWFA 4MNQA 3KPPA 4PJAA 3O3DA 3VFTA 1BD2A 3KPMA 3VWJA 3GSRA 1T1YA 1ZHBA 4G9DA 2GTZA 5MEOA 4JQXA 1TVBA 4JFOA 3MRBA 1IM3A 5C0JA 1B3JA 1I7TA 3CH1A 1JGEA 3GJFA 3V5KA 5BXFA 4PJCA 3DBXA 3LN5A 2XPGA 1G7QA 2VE6A 3TBWA 3IT8D 4U1JA 3UTSA 1HHJA 1T80A 1DUYA 4N8VA 1AO7A 4PJIA 4LCCC 3AM8A 3QUXA 1T7WA 4X6DA 1W0WA 4NHUE 4X6FA 5IROA 1S7UA 1K5NA 1R3HA 3VXRA 4ZUSA 1G6RH 1WBXA 3WUWA 5IB3A 1A1OA 1G7PA 3P9LA 1ZT1A 4L3CA 1KTLA 1NANH 2CKBH 4JFFA 5J1AA 3BUYA 4L8DA 4HV8A 3CPLA 3PWJA 3BEVA 4PJ8A 1HHIA 3UBXA 4QOKA 3MRHA 3MRRA 5IB4A 3I6LD 5L2JA 4PRNA 1JPFA 4APQA 1ZHKA 3GIVA 3SJVA 3GMPA 3P9MA 1LD9A 1YN6A 1UXWA 2D31A 3RUGA 5B39A 1CG9A 1QSEA 3CC5A 3NFNA 3FTGA 4NO0A 3T1FA 1HSAA 1DUZA 3KWWA 3PQYA 3B3IA 3MGOA 1KJ3H 1RJYA 1X7QA 4LCWA 4MX7A 4MJ6A 2BVPA 1T0MA 3MRNA 3VRIA 3X12A 3DTXA 5C0IA 3TPUE 1N5AA 2X70A 3PABA 3BZEA 3U0PA 4N0CA 3ROOA 4JRXA 3ES6A 5EO0A 4PRHA 5INCA 5HGDA 3BP7A 1LEKA 2RFXA 3VFPA 5EU3A 4QRPA 5FKPA 5B38A 2YEZA 2JCCA 3ILQC 4U6XA 3BW9A 2VLLA 5GSRA 4PJ7A 5JHDA 5C0CA 1JGDA 3LKNA 1BIIA 2AXGA 3P73A 4WJ5A 5F9JA 2X4SA 4ZUWA 2VABA 4EI5A 5C07A 5D7LA 5MEQA 3ARFA 5IVXA 5EU4A 3W0WA 1OF2A 4E0RA 3VXMA 4Z77A 3M1BA 3RTQA 5BS0A 1A1MA 5C0EA 3TBVA 3ARBA 3BHBA 3SDCA 3RWCA 1UQSA 3BZFA 4PGCA 4V3EB 1EFXA 4CVZA 4GKSA 4PJ9A 2BSSA 1T20A 1QEWA 4L4VA 4L3EA 3JTCA 3P4OA 1HYRC 5H94A 5HHOA 2GTWA 4U1HA 3HPJA 4IIQC 4MJIA 3H9SA 1Z5LA 3DXAA 4D0DA 3UTTA 4EN3C 3FT4A 3L3JA 4Y2DA 4O2FA 4LHUA 4CVXA 1ZSDA 3L3IA 3OXSA 3QQ3A 3QQ4A 3X14A 3O9WA 4NQVA 5J6GA 1ZHNA 3E6FA 4G43A 4U1MA 4HWZA 1Q94A 3QFDA 1LQVA 3FQUA 3TZVC 5IEHA 2F74A 2FYYA 2CLRA 1MI5A 3RWJA 2F54A 1KPUA 5F7DA 3SPVA 1S7QA 3TIEA 5D9SA 4X6CA 1E27A 4X6EA 4ELMA 3TVMA 3G08A 3VFVA 3LKQA 3JVGA 4MXQA 4JFPA 2CIKA 5C0DA 3KPLA 3GSVA 1S7WA 4PR5A 1JFMA 4PRDA 1FFPA 4NO5A 2VAAA 1S9XA 3E3QA 1HSBA 1ZT4A 4ZUVA 3SKMA 4GUPA 1HHKA 3TJHA 2V2XA 4EUPA 3L9RA 5E8NA 3FOMA 3IXAA 2GAZA 3MRFA 3QZWA 4V3DB 3LKRA 5SWZA 3CCHA 4G8GA 1FZKA 4NQDA 5DDHA 3GMMA 1N2RA 3FQNA 2E7LE 1T1XA 1T7XA 3MRPA 1ZHLA 3P4NA 4JFQA 4MQ7A 1OGAA 4PJGA 4QRRA 3KPSA 5HHQA 3TN0A 5EU5A 1IM9A 3CVHA 3MR9A 5E9DA 3FT2A 1CD1A 4L4TA 1MHEA 1BZ9A 4FFEX 4WW2C 1KJVA 1MWAH 2H26A 4ZUTA 3L3HA 1I1AA 3GSWA 3HAEA 1LEGA 3ROLA 3VCLA 3UTQA 5F1IA 2J8UA 5SWQA 3CDGA 4HUVA 3MYJA 4PJ5A 3VFRA 5D2LA 2GUOA 3TBTA 1RK0A 1L8JA 4MJ5A 1A1NA 4PRAA 5E8OA 3PWUA 3GSOA 3KPOA 4G42A 3VRJA 3MROA 3W39A 3BWAA 1P1ZA 1QSFA 3D25A 4PJXA 1KCGC 1JUFA 3LKPA 3RWIA 3TBYA 4PP8C 3QFJA 4F7PA 1I7UA 3MRJA 4F7CA 4K71B 1FZOA 1JF1A 1N59A 3LKOA 3C8KA 1XH3A 3AREA 1AGBA 3QI9A 3H7BA 3VXSA 1KJMA 4PG2A 1M05A 2UWEA 4Z78A 1RJZA 1GZQA 5C08A 3DX7A 2BCKA 5EFIA 3ARDA 1ONQA 4U1KA 1FZMA 3PWLA 1FZJA 2FZ3A 4HKJA 1EXUA 1VADA 1OSZA 3MA7A 5EO1A 1NEZA 3HE7A 5FA3A 1BQHA 1T21A 4IRSA 3WL9A 4NNXA 1QLFA 1T1WA 5BJTA 3TA3A 3FQTA 4PDCE 3VWKA 1N3NA 3DX6A 4L8SC 2V2WA 4HX1A 1P4LA 1YPZA 1FFNA 1P7QA 3P4MA 3M17A 5IEKA 3BP4A 4FTVA 3VFOA 2NX5A 5HHNA 2OI9A 2X4QA 4N0FA 4PJHA 3S6CA 2HLAA 3KYNA 4U1NA 2WY3A 4WU7A 3SKOA 2X4OA 3L3GA 4N0UA 1U58A 5FA4A 3VFWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

1FO0H 3BH8A 1PQZA 5MERA 2BVQA 2FO4A 3SDDA 4QRSA 4Y4KA 1FFOA 3VXNA 4G8IA 1KPVA 5J6HA 4O2CA 1AKJA 3RL1A 5IM7A 2MHAA 5HGBA 5HHMA 3OX8A 3GSXA 3GMOA 4U1IA 1AGFA 2IA1A 3MRQA 5BRZA 4GKNA 3QULA 1ZVSA 1S8DA 1ED3A 5D5MA 1JE6A 4WDIA 2AV7A 1T7YA 1A6ZA 5EU6A 3X11A 5C09A 2YPLA 1EEYA 4U1SA 4PJDA 3GMQA 4NNYA 5DEFA 5AD0A 1T1ZA 2CLVA 4IRJA 5IB2A 3O4LA 5ENWA 3V5DA 4PGEA 4E5XA 3ERYA 1INQA 3E2HA 3SDAA 3FOLA 2A83A 3FT3A 3MV8A 4PRPA 4PGBA 3TIDA 4MS8A 3FONA 1S9YA 1T22A 4NQXA 3RWEA 1M6OA 4G9FA 1ZAGA 4ZUUA 3BGMA 4L9LC 2OL3H 4PJBA 4ZFZA 3TF7A 5HHPA 1I1FA 3V5HA 3O3EA 5SWSA 3KXFA 3RWGA 3ILPA 3GSNH 2DYPA 4HUXA 4Y4HA 5HYJA 3WLBA 2AXFA 2CLZA 4F7MA 3AU1A 3QDMA 4JQVA 3GMLA 3GMRA 3CZFA 3LKSA 4PV8A 3TO2A 1W72A 3VH8A 3FQWA 2BNRA 3HCVA 5D7IA 3MV9A 1NAMH 2AK4A 3FRUA 5E8PA 4CW1A 3HUJA 4G59A 3TO4A 1VACA 3D3VA 1HOCA 4I4WA 3RWDA 2X4RA 3VFSA 3UPRA 1S7XA 2BSRA 3MRGA 1AGCA 3LN4A 3QUYA 4HUUA 3REWA 1XZ0A 3T8XA 2PYEA 1B0GA 1DE4A 3DX8A 1GZPA 1CE6A 3PWVA 3JTSA 3TBSA 1MHCA 1QVOA 3MRIA 1TVHA 3PWNA 5EUOA 1OGTA 3HG1A 3VXUA 5C9JA 5INDA 3VFMA 4XXCA 2GT9A 5IB5A 3I6KA 1LDPH 2VLRA 3GSQA 4PJEA 3TFKA 1AGDA 4NO2A 2X4NA 3RGVC 1I1YA 1QR1A 3BO8A 1XR8A 3MRDA 4JFEA 5ISZA 4U1LA 5MENA 3D39A 2FIKA 1WBYA 2P5WA 4JRYA 3WS6A 2CIIA 1FG2A 5E00A 4PRBA 4U6YA 1S9WA 3OXRA 2BVOA 2NW3A 3BVNA 1S7RA 1ZS8A 2HN7A 2AKRA 3H9HA 2BSTA 1T7VA 2X4UA 1KBGH 2BNQA 3HLAA 2AV1A 3DMMA 4G59C 4N5EA 1UXSA 1EEZA 3GSUA 4Z76A 1I7RA 4Y4FA 5DEGA 4L29A 3RWHA 3O8XA 4D0BA 1RK1A 2PO6A 4NO3A 4ZAKA 3WS3A 2GITA 5D7JC 5IB1A 5GSVA 3KYOA 4QRUA 1T0NA 3MGTA 2ZSVA 1DDHA 3L3DA 1XR9A 4QRQA 1LK2A 3ARGA 3GMNA 4LCYA 3O3BA 3MRLA 3QEQA 3QDJA 5L2KA 2HJKA 3KPNA 2Q7YA 3I0TA 2VLJA 3BEWA 3FQXA 3PWPA 4PGDA 3SDXA 2ZOKA 1SYVA 4NT6A 4S0UC 4Y16A 3MREA 3C9NA 1LP9A 1VGKA 3E6HA 4NQEA 1YDPA 3MRCA 4PJFA 3BXNA 3FFCA 4WWKC 5HGAA 3L3KA 4IHOA 2C7UA 1ZT7A 3KPRA 1YN7A 3MRMA 3P77A 1K8DA 3QUZA 3QUKA 2XFXA 3KPQA 4WO4A 2HJLA 1QQDA 5D2NA 1KJ2H 3HE6A 2P5EA 3VFUA 4F7TA 1QRNA 3X13A 5C0GA 2ZSWA 1B0RA 4F7EA 3ECBA 1KPRA 2X4PA 2FWOA 4MNGA 2GJ6A 3QDGA 1AGEA 1C16A 2H6PA 4JFDA 4MVBA 1E28A 3SCMA 1S7TA 4PV9A 2NYKA 5HGHA 3KLAA 4ONOA 1A9EA 3VXOA 5ACZA 1HHGA 5E6IC 1S7SA 4LNRA 4L8CA 1S7VA 3JTTA 4PRIA 1W0VA 2O5NA 3D2UA 5EOTA 4HUWA 5MEPA 3O3AA 4D0CA 4WU5A 3FQRA 2YPKA 1T7ZA 3LV3A 4NQCA 2ZOLA 4UQ3A 3OV6A 5F1NA 3BH9A 4HS3A 4I48A 4QRTA 3VJ6A 3I6GA 1JPGA 3MRKA 1A9BA 4UQ2A 3RZCA 3VXPA 1QO3A 5C0AA 5FDWA 4PG9A 1TMCA 2ESVA 3MV7A 2X4TA 4L8BA 5C0BA 4WUUA 4BKWA 1SYSA 1JHTA 4K7FA 1HHHA 2VLKA 3VFNA 5C0FA 1WBZA 2F53A 4O2EA 3RL2A 3D18A 3B6SA 4NSKA 4PREA 1I4FA 3RWFA 4MNQA 3KPPA 4PJAA 3O3DA 3VFTA 1BD2A 3KPMA 3VWJA 3GSRA 1T1YA 1ZHBA 4G9DA 2GTZA 5MEOA 4JQXA 1TVBA 4JFOA 3MRBA 1IM3A 5C0JA 1B3JA 1I7TA 3CH1A 1JGEA 3GJFA 3V5KA 5BXFA 4PJCA 3DBXA 3LN5A 2XPGA 1G7QA 2VE6A 3TBWA 3IT8D 4U1JA 3UTSA 1HHJA 1T80A 1DUYA 4N8VA 1AO7A 4PJIA 4LCCC 3AM8A 3QUXA 1T7WA 4X6DA 1W0WA 4NHUE 4X6FA 5IROA 1S7UA 1K5NA 1R3HA 3VXRA 4ZUSA 1G6RH 1WBXA 3WUWA 5IB3A 1A1OA 1G7PA 3P9LA 1ZT1A 4L3CA 1KTLA 1NANH 2CKBH 4JFFA 5J1AA 3BUYA 4L8DA 4HV8A 3CPLA 3PWJA 3BEVA 4PJ8A 1HHIA 3UBXA 4QOKA 3MRHA 3MRRA 5IB4A 3I6LD 5L2JA 4PRNA 1JPFA 4APQA 1ZHKA 3GIVA 3SJVA 3GMPA 3P9MA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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4S0UC

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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