4V3D | Genus

Total Genus 51

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	51
sequence length	169
structure length	169
Chain Sequence	QRLHMLQISYFRDPYHVWYQGNASLGGHLTHVLEGPDTNTTIIQLQPLQEPESWARTQSGLQSYLLQFHGLVRLVHQERTLAFPLTIRCFLGCELPPEGSRAHVFFEVAVNGSSFVSFRPERALWQADTQVTSGVVTFTLQQLNAYNRTRYELREFLEDTCVQYVQKHI

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__815701241128111__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__815701241128111__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4V3D/B/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__815701241128111__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"815701241128111","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4V3D/B/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__815701241128111__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Signaling protein
source organism	Plasmodium falciparum
publication title	Structural Conservation Despite Huge Sequence Diversity Allows Epcr Binding by the Pfemp1 Family Implicated in Severe Childhood Malaria. pubmed doi rcsb
molecule keywords	HB3VAR03 CIDRA DOMAIN
total genus	51
structure length	169
sequence length	169
chains with identical sequence	D
ec nomenclature
pdb deposition date	2014-10-17

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.30.500.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1	MHC class I-like antigen recognition-like	4v3dB00

5MENA 5INCA 3RWJA 2BCKA 2WY3A 4X6EA 2HJLA 4PGDA 2CKBH 2YEZA 3LV3A 3TO2A 2C7UA 4JFOA 4MVBA 3MRJA 4PRAA 1AGDA 3QUXA 3DTXA 1I7TA 2VLRA 2AKRA 3UTTA 5FDWA 3BWAA 5D5MA 1IM9A 3UPRA 1FZMA 3DBXA 3WS6A 1TMCA 1M6OA 2AV1A 1QQDA 2XPGA 4HX1A 4WDIA 3RL2A 3W0WA 5D7IA 3BP4A 1JHTA 3JVGA 5HHQA 4F7CA 1KJVA 3CPLA 3HG1A 3WL9A 4WU7A 5EUOA 4G9FA 4V3EB 1FO0H 3FT3A 3GSXA 3ILQC 5J1AA 4NQCA 1EFXA 1KJ2H 1JPGA 1A9EA 3HCVA 1DUZA 3MGTA 4L8BA 3BHBA 5D9SA 3VFNA 3NFNA 4PGCA 2E7LE 4IIQC 1T0NA 3MRHA 3O9WA 4PDCE 4S0UC 1BQHA 5DEFA 5HGHA 3VFOA 4Z77A 2YPKA 3TIEA 3AM8A 4U1LA 2P5WA 2NW3A 4MNQA 1KPRA 4PRPA 3RWHA 1S7XA 1S7QA 3QUZA 3PABA 4LCCC 4L29A 1T1ZA 1S7RA 3SDDA 1S7VA 1RJZA 1TVHA 3C9NA 4NQVA 3GMPA 1T7YA 3TBVA 4WO4A 4CW1A 5ENWA 5IB4A 3MRBA 3LKOA 3P4MA 3O8XA 3D3VA 5GSVA 3WLBA 4PGBA 4NNXA 1EEYA 5F7DA 4X6FA 1UQSA 4HUVA 4GUPA 5C0FA 5IVXA 1T7ZA 5EU6A 3VFWA 4PRHA 1YPZA 1QVOA 3GSOA 4IHOA 4Z78A 5MERA 1GZPA 1I1YA 3X13A 3GSUA 1T80A 3BVNA 4LCWA 4WWKC 4U6XA 4ZUSA 5EOTA 5MEOA 1VACA 3FQXA 1NEZA 1MHEA 1N5AA 1W0VA 2GAZA 3KWWA 1ZVSA 3QEQA 4QOKA 4ZUWA 1UXSA 3REWA 3ROLA 3CZFA 3E2HA 1HHGA 3M1BA 2BVPA 1U58A 3DX8A 4LNRA 1P1ZA 4ZUUA 3DX6A 1Z5LA 5DDHA 3X14A 1WBZA 3RTQA 1OSZA 4ONOA 3VJ6A 2V2WA 3RUGA 4PJAA 3X11A 1T21A 1ZS8A 4CVXA 1T20A 1M05A 4L4TA 3ERYA 1LQVA 3PWLA 3GMNA 3BP7A 3ARBA 4F7EA 1I7UA 1A1NA 1HHKA 3QULA 3BZEA 2CLRA 1LEKA 2BSSA 4PJ9A 4N5EA 1ONQA 4G8GA 4EUPA 5MEPA 4JRXA 5L2KA 4V3DB 3OXSA 3RWCA 1E28A 1HSBA 3KPQA 3HLAA 1I1FA 2GJ6A 4PJGA 5SWQA 2AXGA 2AV7A 3CVHA 4PRNA 4APQA 3P73A 1KJ3H 1QO3A 3MROA 2BVOA 3FQTA 3RWDA 3LKNA 3GMLA 3L9RA 4G8IA 2F53A 4U1KA 4Y16A 2VLLA 4Z76A 3LKRA 1DE4A 3V5KA 5IM7A 4QRTA 1G7QA 3VFSA 1XR9A 5AD0A 5EU5A 5J6HA 1FFPA 1G6RH 1TVBA 4MS8A 1ZAGA 3JTTA 5HHMA 3VH8A 1S7WA 3ARFA 2ZSVA 4N0FA 3I6GA 1OGAA 3LKSA 4MJ5A 3KYNA 4FTVA 1PQZA 4U1NA 3MV8A 4PJ5A 3GMMA 1HHHA 4PRBA 3GMRA 4E5XA 4WJ5A 3MRPA 4HV8A 4F7PA 4WW2C 4Y4KA 3RWEA 3TO4A 5ACZA 4JRYA 2OL3H 1ZHKA 2BSRA 1W0WA 3BZFA 3SPVA 2A83A 3TBWA 3E6HA 4K7FA 3QDMA 5HHOA 2OI9A 3MV9A 4MJ6A 4F7MA 5JHDA 1R3HA 3LKPA 3SKOA 1AGEA 2FO4A 3GSWA 2VE6A 3BW9A 3VXNA 4NO5A 4G59A 2X70A 3VXRA 3D18A 3KPMA 1HHJA 3L3DA 1S9WA 1S9YA 1ZT7A 3S6CA 3PQYA 3SJVA 4PG2A 1JFMA 1JE6A 1E27A 1RJYA 3BXNA 2HJKA 4UQ3A 1QRNA 1T0MA 4IRSA 3W39A 3MRIA 3P4NA 3PWPA 1S8DA 3DMMA 1ZT4A 2AXFA 1FZOA 1DUYA 3HE7A 3HUJA 3KYOA 5IEHA 1T7VA 4LCYA 5C0IA 3TZVC 1ED3A 1HSAA 1WBYA 1HYRC 3L3GA 3FOMA 3G08A 2D31A 4Y2DA 3TFKA 3VRJA 4X6CA 5F1NA 4PJBA 2MHAA 2ZOLA 4GKSA 2AK4A 4G43A 3ARDA 3OX8A 3H9SA 1SYVA 2CLVA 4PJHA 3CDGA 2GTWA 4HWZA 1ZHLA 1FFNA 3TPUE 3MREA 5D2NA 5IROA 2X4PA 1XH3A 3P9LA 4JFDA 4PG9A 5E6IC 4ZUVA 2GT9A 3RGVC 3V5DA 3PWNA 2H6PA 3GSNH 5DEGA 3BH9A 5E8OA 4PJ8A 3HAEA 1CE6A 4PJXA 1P7QA 4MX7A 3BUYA 4EI5A 1A6ZA 1IM3A 4L8DA 5H94A 3OV6A 3VXMA 2X4OA 3UTQA 1AGCA 3E3QA 2X4UA 3VWKA 4L8CA 4QRPA 1CD1A 4G42A 4PJCA 4PP8C 4QRUA 3QQ4A 3L3IA 5MEQA 3SKMA 1JPFA 3KPNA 3VCLA 5HGDA 2FIKA 3GMQA 3GJFA 1KBGH 3H9HA 4U1JA 2PYEA 3D39A 1S9XA 2P5EA 3ROOA 3SDXA 5EU4A 3IXAA 3VFMA 3RZCA 4CVZA 4HUWA 3KPLA 3DXAA 1RK1A 3QFDA 5EO0A 2GTZA 4U6YA 1P4LA 3UTSA 3MA7A 5SWZA 4UQ2A 1N2RA 3GSRA 3VXUA 5BS0A 2JCCA 3IT8D 1YN6A 4FFEX 1N3NA 2BNRA 1BZ9A 3ECBA 5E00A 4NQEA 3X12A 4I48A 3U0PA 3T1FA 1HOCA 3CCHA 3FTGA 4O2CA 3BO8A 5J6GA 4U1SA 4NO0A 3D25A 3LN5A 3VRIA 3PWUA 4HUUA 3LN4A 4NO3A 1FG2A 4QRQA 5BRZA 5F1IA 5IB3A 1I1AA 3I6KA 3E6FA 3O3EA 4NO2A 3LKQA 1INQA 4O2EA 4MXQA 1XZ0A 4PJFA 1BD2A 4ZAKA 5C0EA 3H7BA 2F74A 3O3BA 3KLAA 1LDPH 3KXFA 4L8SC 3HPJA 4HS3A 2ESVA 3B6SA 5BJTA 1Q94A 4U1IA 5C07A 3MYJA 5D2LA 5HGBA 4L3EA 1T7WA 2GITA 4MJIA 2FWOA 5D7JC 4NT6A 1T1XA 1MWAH 3P4OA 3P77A 4QRRA 1FFOA 3QI9A 1ZHBA 3MRDA 2FZ3A 3MV7A 4JFFA 4Y4HA 5FA4A 3FQUA 5C08A 1S7SA 3ILPA 3HE6A 3SDAA 1ZHNA 2VAAA 3WUWA 1AKJA 2CIKA 3MRCA 5HHNA 1T1WA 4K71B 3VFRA 1JUFA 1B0RA 3TN0A 3GMOA 3VFTA 4Y4FA 1A1OA 2F54A 4PRDA 1L8JA 2VLKA 2X4SA 3QUKA 2ZOKA 3FQNA 4LHUA 5ISZA 1OGTA 4EN3C 3FT4A 3TIDA 5E8PA 5HGAA 2GUOA 3MRLA 3TA3A 3KPOA 3D2UA 1CG9A 3FQRA 4X6DA 5L2JA 4MNGA 1SYSA 4PJDA 1B0GA 4NQXA 3CH1A 4ZUTA 3FONA 3MRNA 3OXRA 4N8VA 4NNYA 4ELMA 5BXFA 1QLFA 4PV8A 3PWVA 1FZKA 1ZSDA 2BNQA 5IB1A 4I4WA 3MRKA 1NAMH 1QSEA 3P9MA 2X4NA 3GSVA 2BVQA 1K5NA 4PV9A 2X4RA 1EEZA 1LK2A 5E8NA 1QEWA 5HHPA 3VFVA 1AO7A 5C0GA 2X4QA 5IEKA 3TVMA 3MRQA 1VADA 3I6LD 5C09A 1AGBA 1GZQA 1LEGA 4HKJA 4N0UA 3B3IA 4PREA 4QRSA 2X4TA 3AU1A 4L9LC 4E0RA 1B3JA 3ES6A 3QQ3A 3ARGA 4D0BA 1T22A 1T7XA 2CIIA 3FRUA 5E9DA 2CLZA 4ZFZA 1S7TA 5C0CA 2NX5A 1KJMA 3RWFA 1JF1A 2FYYA 3JTSA 2Q7YA 4JQXA 3JTCA 4NHUE 1LD9A 1N59A 3L3KA 5INDA 2V2XA 1QR1A 4JFPA 3PWJA 3VXPA 1VGKA 1XR8A 2HLAA 3GIVA 3VXSA 1JGEA 1DDHA 1MHCA 1QSFA 2DYPA 3KPSA 4PRIA 3VFUA 5C0BA 3QDGA 3TBSA 3BEWA 4L3CA 3T8XA 1AGFA 5FA3A 5FKPA 2ZSWA 5EFIA 3QZWA 4JQVA 4PJ7A 3TBYA 3TF7A 3KPRA 3VFPA 3QFJA 1YN7A 1HHIA 3MR9A 3RL1A 3QDJA 3MRFA 2H26A 4HUXA 2VLJA 3VXOA 1WBXA 4PJEA 1A1MA 2BSTA 3O4LA 4G9DA 5SWSA 3RWIA 4D0CA 3L3HA 3MRGA 4D0DA 4IRJA 5IB5A 5C0AA 5IB2A 1KPUA 1C16A 3FFCA 1I4FA 3MRMA 5F9JA 1K8DA 2XFXA 4U1HA 5EU3A 3WS3A 4XXCA 3C8KA 4JFQA 4WU5A 4NSKA 1I7RA 1OF2A 2UWEA 3DX7A 3MGOA 4PJIA 4NQDA 1BIIA 5D7LA 4PGEA 5HYJA 1NANH 3FQWA 3O3DA 5EO1A 3GSQA 1G7PA 3VWJA 4WUUA 1ZT1A 2VABA 1RK0A 3QUYA 1T1YA 3KPPA 3SCMA 3TBTA 1MI5A 3BEVA 5B39A 3FOLA 2PO6A 3O3AA 1S7UA 1X7QA 4F7TA 2YPLA 5B38A 1A9BA 4MQ7A 3TJHA 3BH8A 3SDCA 4PR5A 3MRRA 5C0JA 4JFEA 5C9JA 4U1MA 3L3JA 1EXUA 1FZJA 1KPVA 4O2FA 3CC5A 3UBXA 1KCGC 3AREA 3M17A 1JGDA 1UXWA 4GKNA 3V5HA 3FT2A 1W72A 5GSRA 4L4VA 2HN7A 4N0CA 2RFXA 3BGMA 1YDPA 1LP9A 3RWGA 1KTLA 2J8UA 5C0DA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

5MENA 5INCA 3RWJA 2BCKA 2WY3A 4X6EA 2HJLA 4PGDA 2CKBH 2YEZA 3LV3A 3TO2A 2C7UA 4JFOA 4MVBA 3MRJA 4PRAA 1AGDA 3QUXA 3DTXA 1I7TA 2VLRA 2AKRA 4JO8A 3UTTA 3BWAA 5D5MA 5FDWA 1IM9A 3UPRA 1FZMA 3DBXA 3WS6A 1TMCA 1M6OA 2AV1A 1QQDA 2XPGA 4HX1A 4WDIA 3RL2A 3W0WA 5D7IA 3BP4A 1JHTA 3JVGA 5HHQA 4F7CA 1KJVA 3CPLA 3HG1A 3WL9A 4WU7A 5EUOA 4G9FA 4V3EB 1FO0H 3FT3A 3GSXA 3ILQC 5J1AA 4NQCA 1EFXA 1KJ2H 1JPGA 1A9EA 3HCVA 1DUZA 3MGTA 4L8BA 3BHBA 5D9SA 3VFNA 3NFNA 4PGCA 2E7LE 4IIQC 1T0NA 3MRHA 3O9WA 4PDCE 4S0UC 1BQHA 5DEFA 5HGHA 3VFOA 4Z77A 2YPKA 3TIEA 3AM8A 4U1LA 2P5WA 2NW3A 4MNQA 1KPRA 4PRPA 3RWHA 1S7XA 1S7QA 3QUZA 3PABA 4LCCC 4L29A 1T1ZA 1S7RA 3SDDA 1S7VA 1RJZA 1TVHA 3C9NA 4NQVA 3GMPA 1T7YA 3TBVA 4WO4A 4CW1A 5ENWA 5IB4A 3MRBA 3LKOA 3P4MA 3O8XA 3D3VA 5GSVA 3WLBA 4PGBA 4NNXA 2O5NA 1EEYA 5F7DA 4X6FA 1UQSA 4HUVA 4GUPA 5C0FA 5IVXA 1T7ZA 5EU6A 3VFWA 4PRHA 1YPZA 1QVOA 3GSOA 4IHOA 4Z78A 5MERA 1GZPA 1I1YA 3X13A 3GSUA 1T80A 3BVNA 4LCWA 4WWKC 4U6XA 4ZUSA 5EOTA 5MEOA 1VACA 3FQXA 1NEZA 1MHEA 1N5AA 1W0VA 2GAZA 3KWWA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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4V3DB

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Chain Sequence

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