The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
52
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sequence length |
174
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structure length |
173
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Chain Sequence |
PHSMRYYETATSRRGGEPRYTSVGYVDDKEFVRFDSDAENPRYEPQVPWMEQEGPEYWERITQIAKGQEQWFRVNLRTLLGYYNQSAGGTHTLQWMYGCDVGSDGRLLRGYEQFAYDGCDYIALNEDLRTWTAADMAAQITRRKWEQAGAAEYYRAYLEGECVEWLHRYLKNG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural interplay between germline interactions and adaptive recognition determines the bandwidth of TCR-peptide-MHC cross-reactivity.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain
|
| molecule tags |
Immune system
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| source organism |
Mus musculus
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| total genus |
52
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| structure length |
173
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| sequence length |
174
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| chains with identical sequence |
E
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-10-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00129 | MHC_I | Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 | MHC class I-like antigen recognition-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3VFM A; 1FG2 A; 3T8X A; 3TBW A; 3MV9 A; 5C0F A; 5BRZ A; 3QI9 A; 4PDC E; 3QUZ A; 4MJ5 A; 3ILQ C; 3KYO A; 3QQ4 A; 4HS3 A; 5E9D A; 4D0B A; 2X4P A; 3GJF A; 2PYE A; 3I6K A; 3TJH A; 4GKN A; 3TBV A; 3E6F A; 3BH8 A; 2UWE A; 1S9Y A; 1T80 A; 3VRI A; 3MRM A; 3U0P A; 1JFM A; 2HN7 A; 1M6O A; 3RWD A; 3LN4 A; 1FFN A; 1FZK A; 5SWQ A; 4PV8 A; 1P7Q A; 1QSF A; 3L9R A; 4G42 A; 4IRJ A; 3SDD A; 3GSN H; 3TO2 A; 3TPU E; 3VWJ A; 2J8U A; 4D0C A; 3MRL A; 4L9L C; 4Y4K A; 5HHP A; 2BST A; 1CG9 A; 3DMM A; 3LKR A; 3ARE A; 5IB5 A; 2HJL A; 2VAA A; 4CW1 A; 2GIT A; 5MEP A; 4CVZ A; 3KLA A; 3GSQ A; 3OXR A; 1LEK A; 4JFO A; 3L3K A; 4WU5 A; 3BZF A; 3BEW A; 4F7M A; 4Y2D A; 3P73 A; 3QUX A; 4ZUS A; 1N59 A; 5B39 A; 3MRK A; 3OV6 A; 4Y16 A; 3KPQ A; 3VFN A; 4MJI A; 3VXS A; 5H94 A; 1S7W A; 2WY3 A; 3AU1 A; 4XXC A; 5DEG A; 5INC A; 3QUL A; 3REW A; 5F7D A; 3TBS A; 4FFE X; 5D7J C; 1FO0 H; 1QRN A; 3LKS A; 1ZSD A; 2V2W A; 3L3I A; 1HHH A; 3VFP A; 3ROO A; 5F9J A; 3H9S A; 3MRJ A; 4QRT A; 3SKO A; 2AV7 A; 3FQU A; 3QFJ A; 1T1W A; 3FRU A; 3MRH A; 1R3H A; 3LN5 A; 1G7Q A; 3GML A; 3QUY A; 1DUZ A; 3FT2 A; 1GZP A; 1ZT1 A; 4MVB A; 3B3I A; 4JFD A; 1JHT A; 3D3V A; 3GSR A; 5D2N A; 5ACZ A; 1YDP A; 3VRJ A; 3L3D A; 4EI5 A; 3HG1 A; 2P5W A; 3KPM A; 3UTQ A; 4PG2 A; 3BXN A; 3QQ3 A; 4NT6 A; 3GSV A; 3MV7 A; 2AKR A; 1HHK A; 4V3E B; 2VLR A; 3CH1 A; 5AD0 A; 5J6G A; 4LCY A; 5MEN A; 4PRN A; 3KPR A; 3W0W A; 3QDJ A; 2FYY A; 1JF1 A; 1KPU A; 1JE6 A; 2H6P A; 4MX7 A; 4PJC A; 3SKM A; 1HHG A; 3HCV A; 4LCW A; 3KXF A; 4X6F A; 1LQV A; 1ZT7 A; 3E2H A; 1HSB A; 3PQY A; 1ZS8 A; 4GUP A; 4L4T A; 4L3E A; 1LDP H; 1QQD A; 2F53 A; 3WUW A; 4V3D B; 3HE7 A; 3LKQ A; 5D2L A; 5HHQ A; 1S7X A; 2BSS A; 5ENW A; 4G43 A; 3BP4 A; 4N8V A; 1P4L A; 3GSW A; 1NEZ A; 3OXS A; 4EUP A; 3RGV C; 1KJ3 H; 4U1N A; 1FZJ A; 3VXR A; 1SYS A; 3JTT A; 3TID A; 1T20 A; 3MA7 A; 2ESV A; 1UXS A; 1KCG C; 4LNR A; 2CKB H; 3MRR A; 3O4L A; 1I7T A; 1RK1 A; 1KBG H; 1XZ0 A; 5C09 A; 3IXA A; 3WS3 A; 1T7W A; 2BSR A; 3CVH A; 4MNQ A; 3QDG A; 4L8S C; 1XR9 A; 3X11 A; 1I7U A; 1W0V A; 3KYN A; 2FIK A; 4IIQ C; 3CDG A; 3GIV A; 5HHN A; 3TBT A; 3TVM A; 1U58 A; 3FON A; 1I1F A; 4UQ2 A; 1VGK A; 3ILP A; 3BWA A; 4NQD A; 3I6G A; 5EU5 A; 3P9M A; 4ZAK A; 1BII A; 1AGE A; 3VH8 A; 3QDM A; 4PJD A; 4Y4F A; 3VFS A; 4HX1 A; 4NO0 A; 4NNX A; 1HHI A; 1WBX A; 1Z5L A; 2FO4 A; 5HHM A; 1S7S A; 1ZHN A; 5IM7 A; 3VXU A; 3PWN A; 3VFT A; 1NAM H; 3FQN A; 4U6X A; 1RJY A; 5IEH A; 4ZUU A; 4MQ7 A; 5EU3 A; 1T21 A; 3KPL A; 5J1A A; 1PQZ A; 3RWH A; 1AO7 A; 4MNG A; 3M1B A; 3BP7 A; 1VAD A; 3ARB A; 1G6R H; 3QUK A; 4HKJ A; 1AGF A; 2X4U A; 4X6C A; 1T1Y A; 4U1I A; 1BZ9 A; 3ES6 A; 4NQV A; 4JFP A; 5C0A A; 4K71 B; 4N0C A; 4PRI A; 2OL3 H; 4L8B A; 3DTX A; 4PJA A; 3O3A A; 1KJ2 H; 2AXG A; 2BCK A; 1XR8 A; 2GTZ A; 4ZUT A; 3RWJ A; 3SDA A; 1KJV A; 2ZOK A; 1JPF A; 2BNQ A; 2YPK A; 4IHO A; 1BQH A; 5EO0 A; 1HHJ A; 1G7P A; 1WBZ A; 3C8K A; 1E27 A; 1JGD A; 2YEZ A; 1QEW A; 3BVN A; 1A9E A; 3JVG A; 1EFX A; 5GSV A; 1T7Z A; 4N0U A; 1M05 A; 5DDH A; 3LV3 A; 3FQX A; 4PJH A; 4WW2 C; 1DDH A; 4JFE A; 3D25 A; 4NNY A; 4NSK A; 4PGB A; 4NQX A; 3BUY A; 2VAB A; 3VXO A; 1IM9 A; 3RWG A; 1W0W A; 3VXP A; 5C0I A; 4PRP A; 5MER A; 1EEZ A; 5IVX A; 2ZSV A; 3GMO A; 4X6D A; 3WS6 A; 4JFQ A; 3SDX A; 3TF7 A; 3UPR A; 1ZVS A; 3D18 A; 1X7Q A; 3P4N A; 5C07 A; 2XFX A; 1DE4 A; 4NO2 A; 3DX6 A; 1YN6 A; 3BW9 A; 1FFO A; 3UBX A; 1S8D A; 1Q94 A; 3ARD A; 3X14 A; 4Z77 A; 1I1A A; 1T1X A; 5FKP A; 1QSE A; 1ZHL A; 3H9H A; 1VAC A; 1AGD A; 1GZQ A; 1AGB A; 1T0M A; 2AV1 A; 1LK2 A; 1LD9 A; 3DXA A; 4N0F A; 3VXN A; 3G08 A; 5EOT A; 1JPG A; 3GMQ A; 1MI5 A; 4U1L A; 4O2F A; 1E28 A; 1RK0 A; 2BVP A; 4PJ8 A; 2X4S A; 1S7T A; 1MHC A; 3TIE A; 3DX8 A; 3CZF A; 3FFC A; 1QO3 A; 1S7R A; 3PWL A; 3HAE A; 4NQC A; 4U1H A; 3HUJ A; 3MRO A; 5HGD A; 3VJ6 A; 2AK4 A; 3MRE A; 3O3D A; 3P77 A; 4D0D A; 1SYV A; 1KPR A; 3RTQ A; 2GAZ A; 1UQS A; 5JHD A; 5D7I A; 3PWU A; 3P4O A; 4PGE A; 1AGC A; 4UQ3 A; 4APQ A; 1I4F A; 3BGM A; 4PJ9 A; 1K5N A; 1OSZ A; 5IB4 A; 4L8D A; 1ZHB A; 3GMR A; 1JGE A; 3VWK A; 2PO6 A; 3BEV A; 3D39 A; 3HE6 A; 1OF2 A; 3P4M A; 5F1I A; 3WLB A; 3MRI A; 5D7L A; 4PJE A; 3FOL A; 3GSU A; 1OGA A; 1LP9 A; 3TN0 A; 3CCH A; 3MR9 A; 5HGB A; 2A83 A; 3O8X A; 3X12 A; 4E5X A; 3QFD A; 4I48 A; 3SDC A; 1L8J A; 3MGT A; 4PGD A; 4U6Y A; 4ZUV A; 2GTW A; 4PRH A; 2CII A; 1S7Q A; 5E6I C; 1N5A A; 1S9X A; 4CVX A; 1INQ A; 1K8D A; 3LKO A; 2ZOL A; 4L8C A; 3TZV C; 3PWP A; 1T1Z A; 4MJ6 A; 4PRD A; 1FZO A; 4PRE A; 4MXQ A; 1ONQ A; 5HYJ A; 5FDW A; 2CLZ A; 2X4N A; 3MV8 A; 3HLA A; 3IT8 D; 3C9N A; 4G8G A; 1QLF A; 5B38 A; 4G9F A; 3ECB A; 5J6H A; 3HPJ A; 3KPO A; 3LKN A; 5C0E A; 1B3J A; 4G8I A; 3VFW A; 1A9B A; 4MS8 A; 5EO1 A; 5L2K A; 1MWA H; 1HSA A; 3GMN A; 3VCL A; 1W72 A; 1DUY A; 1HYR C; 5C9J A; 4LHU A; 4HUX A; 2AXF A; 4HWZ A; 4WDI A; 1BD2 A; 3M17 A; 3ARG A; 4ZFZ A; 3SPV A; 3MRD A; 3UTS A; 3MRB A; 4ELM A; 4HV8 A; 1T7Y A; 4N5E A; 5IRO A; 1T0N A; 4ZUW A; 3QZW A; 3TO4 A; 5E00 A; 3VXM A; 3VFV A; 2NW3 A; 2VE6 A; 5C0J A; 4WJ5 A; 1XH3 A; 5MEQ A; 3V5D A; 2GUO A; 2CLV A; 2ZSW A; 1JUF A; 3FQT A; 3GMP A; 1FZM A; 2X4Q A; 4I4W A; 5C0C A; 5BXF A; 3GMM A; 2HJK A; 1T7X A; 1I7R A; 1N3N A; 5F1N A; 1A1N A; 4E0R A; 1S7U A; 4ONO A; 5SWS A; 4Z76 A; 4S0U C; 4F7E A; 3T1F A; 3O3B A; 3MRF A; 3RL2 A; 1EEY A; 4NO3 A; 3AM8 A; 4PRB A; 5IEK A; 3X13 A; 1ZAG A; 3VFU A; 3MGO A; 2HLA A; 4PG9 A; 2V2X A; 3KPP A; 4QRR A; 3O3E A; 5E8P A; 5L2J A; 2P5E A; 4PJ7 A; 3FOM A; 2BVO A; 3L3J A; 5E8N A; 3VFR A; 3MRQ A; 4U1K A; 4FTV A; 2NX5 A; 1S9W A; 3MRC A; 4PJG A; 3I6L D; 3PWV A; 3FQR A; 3V5H A; 4PGC A; 1KJM A; 3MRG A; 3PAB A; 4PV9 A; 3RUG A; 1EXU A; 4Z78 A; 1P1Z A; 3P9L A; 5C0G A; 3E6H A; 1A6Z A; 2FZ3 A; 4U1M A; 4K7F A; 4LCC C; 5SWZ A; 5C0B A; 5IB1 A; 4PR5 A; 1B0G A; 4WU7 A; 3SJV A; 4HUV A; 3ERY A; 3LKP A; 4PJB A; 1TVB A; 4U1S A; 4NO5 A; 3KPN A; 4JQX A; 5FA3 A; 2X4R A; 3ARF A; 1ZHK A; 3BH9 A; 3CC5 A; 5HHO A; 1S7V A; 3MRN A; 5ISZ A; 5IB3 A; 2MHA A; 1N2R A; 2F74 A; 1T22 A; 3TA3 A; 1WBY A; 1FFP A; 4JRY A; 5C08 A; 2BNR A; 1LEG A; 3NFN A; 4O2E A; 2CLR A; 3L3G A; 4Y4H A; 1NAN H; 5EUO A; 3H7B A; 3ROL A; 4QRP A; 3RL1 A; 3W39 A; 5BS0 A; 2GT9 A; 3RWI A; 3V5K A; 5E8O A; 1IM3 A; 1KTL A; 4EN3 C; 4JRX A; 1B0R A; 2BVQ A; 3FT4 A; 3RWE A; 3WL9 A; 4QOK A; 5FA4 A; 3UTT A; 5D9S A; 2VLK A; 1QR1 A; 2X4T A; 2X4O A; 5IND A; 1KPV A; 4WO4 A; 5D5M A; 4F7C A; 3FT3 A; 2E7L E; 4PRA A; 4NQE A; 1AKJ A; 4X6E A; 2DYP A; 3PWJ A; 4G59 A; 3SCM A; 4L4V A; 1OGT A; 3S6C A; 3E3Q A; 2Q7Y A; 1A1M A; 3MRP A; 4WUU A; 5HGH A; 3TFK A; 3B6S A; 3DX7 A; 2FWO A; 4NHU E; 4PP8 C; 3VFO A; 4O2C A; 1QVO A; 5EFI A; 5HGA A; 4PJI A; 2RFX A; 4HUW A; 5GSR A; 3BO8 A; 3O9W A; 1TVH A; 1CD1 A; 1MHE A; 3DBX A; 3BHB A; 3TBY A; 3JTC A; 3BZE A; 4L3C A; 3GSO A; 2YPL A; 5BJT A; 1CE6 A; 3GSX A; 3OX8 A; 3MYJ A; 3FTG A; 4JQV A; 4QRS A; 3CPL A; 3RWC A; 3QEQ A; 2VLJ A; 5EU4 A; 4JFF A; 5C0D A; 1ED3 A; 3KPS A; 5EU6 A; 5DEF A; 4HUU A; 4PJX A; 5IB2 A; 4PJ5 A; 2CIK A; 1RJZ A; 4IRS A; 4QRU A; 1C16 A; 2VLL A; 1ZT4 A; 4F7T A; 1YN7 A; 2C7U A; 1HOC A; 4G9D A; 2H26 A; 3L3H A; 3RWF A; 2OI9 A; 3D2U A; 4GKS A; 1A1O A; 1YPZ A; 4F7P A; 3JTS A; 5MEO A; 2XPG A; 2F54 A; 2D31 A; 2JCC A; 3FQW A; 4QRQ A; 3RZC A; 1T7V A; 1UXW A; 4PJF A; 1TMC A; 2GJ6 A; 4WWK C; 2X70 A; 1I1Y A; 4U1J A; 4L29 A; 3KWW A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3VFM A; 1FG2 A; 3T8X A; 3TBW A; 3MV9 A; 5C0F A; 5BRZ A; 3QI9 A; 4PDC E; 3QUZ A; 4MJ5 A; 3ILQ C; 3KYO A; 3QQ4 A; 4HS3 A; 5E9D A; 4D0B A; 2X4P A; 3GJF A; 2PYE A; 3I6K A; 3TJH A; 4GKN A; 3TBV A; 3E6F A; 3BH8 A; 2UWE A; 1S9Y A; 1T80 A; 3VRI A; 3MRM A; 3U0P A; 1JFM A; 2HN7 A; 1M6O A; 3RWD A; 3LN4 A; 1FFN A; 1FZK A; 5SWQ A; 4PV8 A; 1P7Q A; 1QSF A; 3L9R A; 4G42 A; 4IRJ A; 3SDD A; 3GSN H; 3TO2 A; 3TPU E; 3VWJ A; 2J8U A; 4D0C A; 3MRL A; 4L9L C; 4Y4K A; 5HHP A; 2BST A; 1CG9 A; 3DMM A; 3LKR A; 3ARE A; 5IB5 A; 2HJL A; 2VAA A; 4CW1 A; 2GIT A; 5MEP A; 4CVZ A; 3KLA A; 3GSQ A; 3OXR A; 1LEK A; 4JFO A; 3L3K A; 4WU5 A; 3BZF A; 3BEW A; 4F7M A; 4Y2D A; 3P73 A; 3QUX A; 4ZUS A; 1N59 A; 5B39 A; 3MRK A; 3OV6 A; 4Y16 A; 3KPQ A; 3VFN A; 4MJI A; 3VXS A; 5H94 A; 1S7W A; 2WY3 A; 3AU1 A; 4XXC A; 5DEG A; 5INC A; 3QUL A; 3REW A; 5F7D A; 3TBS A; 4FFE X; 5D7J C; 4BKW A; 1FO0 H; 1QRN A; 3LKS A; 1ZSD A; 2V2W A; 3L3I A; 1HHH A; 3VFP A; 3ROO A; 5F9J A; 3H9S A; 3MRJ A; 4QRT A; 3SKO A; 2AV7 A; 3FQU A; 3QFJ A; 1T1W A; 3FRU A; 3MRH A; 1R3H A; 3LN5 A; 1G7Q A; 3GML A; 3QUY A; 1DUZ A; 3FT2 A; 1GZP A; 1ZT1 A; 4MVB A; 3B3I A; 4JFD A; 1JHT A; 3D3V A; 3GSR A; 2IA1 A; 5D2N A; 5ACZ A; 1YDP A; 3VRJ A; 3L3D A; 4EI5 A; 3HG1 A; 2P5W A; 3KPM A; 3UTQ A; 4PG2 A; 3BXN A; 3QQ3 A; 4NT6 A; 3GSV A; 3MV7 A; 2AKR A; 1HHK A; 4V3E B; 2VLR A; 3CH1 A; 5AD0 A; 5J6G A; 4LCY A; 5MEN A; 4PRN A; 3KPR A; 3W0W A; 3QDJ A; 2FYY A; 1JF1 A; 1KPU A; 1JE6 A; 2H6P A; 4MX7 A; 4PJC A; 3SKM A; 1HHG A; 3HCV A; 4LCW A; 3KXF A; 4X6F A; 1LQV A; 1ZT7 A; 3E2H A; 1HSB A; 3PQY A; 1ZS8 A; 4GUP A; 4L4T A; 4L3E A; 1LDP H; 1QQD A; 2F53 A; 3WUW A; 4V3D B; 3HE7 A; 3LKQ A; 5D2L A; 5HHQ A; 1S7X A; 2BSS A; 5ENW A; 4G43 A; 3BP4 A; 4N8V A; 1P4L A; 3GSW A; 1NEZ A; 3OXS A; 4EUP A; 3RGV C; 1KJ3 H; 4U1N A; 1FZJ A; 3VXR A; 1SYS A; 3JTT A; 3TID A; 1T20 A; 3MA7 A; 2ESV A; 1UXS A; 1KCG C; 4LNR A; 2CKB H; 3MRR A; 3O4L A; 1I7T A; 1RK1 A; 1KBG H; 1XZ0 A; 5C09 A; 3IXA A; 3WS3 A; 1T7W A; 2BSR A; 3CVH A; 4MNQ A; 3QDG A; 4L8S C; 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