The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
90
|
sequence length |
287
|
structure length |
287
|
Chain Sequence |
MIPGSFDYHRPKSIADAVALLTKLGEDARPLAGGHSLIPIMKTRLATPEHLVDLRDIGDLVGIREEGTDVVIGAMTTQHALIGSDFLAAKLPIIRETSLLIADPQIRYMGTIGGNAANGDPGNDMPALMQCLGAAYELTGPEGARIVAARDYYQGAYFTAIEPGELLTAIRIPVPPTGHGYAYEKLKRKIGDYATAAAAVVLTMSGGKCVSASIGLTNVANTPLWAEEAGKVLVGTALDKPALDKAVALAEAITAPASDGRGPAEYRTKMAGVMLRRAVERAKARAK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural and functional reconstruction in situ of the [CuSMoO(2)] active site of carbon monoxide dehydrogenase from the carbon monoxide oxidizing eubacterium Oligotropha carboxidovorans
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Oxidoreductase
|
| molecule keywords |
Carbon monoxide dehydrogenase small chain
|
| total genus |
90
|
| structure length |
287
|
| sequence length |
287
|
| chains with identical sequence |
F
|
| ec nomenclature |
ec
1.2.5.3: Aerobic carbon monoxide dehydrogenase. |
| pdb deposition date | 2005-06-08 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| C | PF00941 | FAD_binding_5 | FAD binding domain in molybdopterin dehydrogenase |
| C | PF03450 | CO_deh_flav_C | CO dehydrogenase flavoprotein C-terminal domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 2 | Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase, domain 2 | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Enolase-like; domain 1 | CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal domain | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 | Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4PVH A; 1FFV C; 1MBB A; 2Q85 A; 1HSK A; 4PWC A; 2P3H A; 1QLU A; 1WYG A; 3S1C A; 2BVG A; 1AHU A; 5FXP A; 5AE3 A; 5G5G B; 2OAI A; 4TVY A; 1ZR6 A; 2VFU A; 1AHV A; 3TSJ A; 1RM6 B; 1F0X A; 1N5W C; 1MBT A; 1AHZ A; 4O95 A; 3FW8 A; 5HQX A; 3S1D A; 1SB3 B; 1E8H A; 4TVW A; 1W1K A; 2VFS A; 1FIQ B; 3EUB 3; 3A7U A; 2EXR A; 4OAL A; 2BVH A; 1W1M A; 3A7A A; 4PYT A; 1X2H A; 5AE1 A; 1W1O A; 1E0Y A; 2GQT A; 2VFR A; 3C0P A; 3FWA A; 3I99 A; 4BBY A; 2VAO A; 1W1L A; 2VFV A; 3S1F A; 3SR6 B; 1N63 C; 3VTE A; 1JRO A; 5ADZ A; 2RK5 A; 2GQU A; 1W1J A; 1WVE A; 3NVZ B; 3TSH A; 1DZN A; 4DNS A; 1WVF A; 3D2D A; 1UXY A; 2I0K A; 1N61 C; 4PWB A; 3B9J B; 3DQ0 A; 1FO4 A; 3NVW B; 1DIQ A; 1X2G A; 4JAY A; 3S1E A; 2W3R A; 1QLT A; 4PVK A; 3HRD C; 3AM9 A; 3A7R A; 1T3Q C; 2R2Z A; 2YVS A; 1W1R A; 3D2H A; 3NRZ B; 4PVE A; 3ETR B; 4HG0 A; 3FW7 A; 2BVF A; 2QKN A; 2VFT A; 1N62 C; 3JS8 A; 4MLA A; 3NS1 B; 3TX1 A; 5AE2 A; 2P13 A; 4ZOH B; 1W1S A; 4BCA A; 2Q4W A; 3W8W A; 5HHZ A; 2P4P A; 5HMR A; 3NVV B; 5D79 A; 1FFU C; 2AXR A; 4XLO A; 2NQW A; 3AN1 A; 1E8G A; 1VAO A; 4ML8 A; 5FXE A; 2O3G A; 3R07 C; 3GSY A; 3FW9 A; 4PVJ A; 2E3T A; 2MBR A; 2W55 A; 5FXD A; 5FXF A; 3KJM A; 1ZXI C; 1VQZ A; 2W3S A; 3LLB A; 1DII A; 2QPM A; 1JRP A; 3D2J A; 4BC7 A; 1V97 A; 1E8F A; 2E5A A; 3W8X A; 4JB1 A; 3AMZ A; 3DED A; 2R8D A; 3BW7 A; 1N60 C; 3PM9 A; 1N5X A; 4PZF A; 2W54 A; 3LAE A; 1I19 A; 1W1Q A; 4BC9 A; 4EC3 A; 1VDV A; 5G5H B; 2PLS A; 3NVY B; 3W8Z A; 2PLI A; 4UD8 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3SBF A; 3URH A; 1F9C A; 4HCD A; 2QQ6 A; 3PWI A; 5BOE A; 1NHR A; 4Z1Y A; 3Q6J A; 5L6F A; 1JPD X; 2PA6 A; 4DNA A; 3S1C A; 2X50 A; 1AHU A; 2BC1 A; 4LA1 A; 5AE3 A; 5G5G B; 3I6E A; 3LAD A; 1ZR6 A; 2VFU A; 1AHV A; 3D47 A; 5EBK A; 1N5W C; 1SB3 B; 3CXB A; 1EC8 A; 3V5C A; 5BOF A; 2C3D A; 3TCS A; 5JCI A; 1SJB A; 4KPR A; 3EUB 3; 2QJM A; 4DHG A; 2XH4 A; 2PMQ A; 3A7U A; 4H4P A; 2EXR A; 5ER0 A; 1MDR A; 1GSN A; 3GRT A; 4M0X A; 3FV9 A; 1H2I A; 4A3R A; 3EJE B; 3U9I A; 1GRH A; 4H4U A; 5TR3 A; 1X2H A; 4EQS A; 1W1O A; 2HXU A; 4NEW A; 4ENL A; 1MO9 A; 3NO1 A; 3C0P A; 3EAO A; 3GRS A; 1ZK7 A; 4J56 A; 1K4Q A; 3POP A; 3OTR A; 3DFH A; 2OZ3 A; 4KPL A; 4DWD A; 1OEP A; 1EBD A; 3BSM A; 3MQT A; 2NPX A; 5U25 A; 5K8E A; 3B97 A; 1SJC A; 3VTE A; 2RK5 A; 3D9X A; 5FS8 A; 3CB3 A; 3RJA A; 1FHU A; 1WVE A; 3ZVI A; 3TSH A; 2PU0 A; 2ZC8 A; 3TJ4 A; 4HCH A; 4YWS A; 2GL5 A; 3PQB A; 1ELS A; 1UXY A; 1V59 A; 2FKP A; 1N61 C; 2AL1 A; 2NVK X; 3R1Z A; 3DDM A; 3DQ0 A; 3I4K A; 2POZ A; 2ZZ0 A; 3P93 A; 3RR1 A; 3ZLH A; 1X2G A; 4JAY A; 4IL0 A; 2AKZ A; 2P3Z A; 3HW2 A; 4FX9 A; 2Y3R A; 3JVA A; 3RIT A; 3ETR B; 4HG0 A; 3FW7 A; 2QKN A; 3FG2 P; 4MLA A; 4E4F A; 3RGT A; 3QTP A; 4J3Z A; 1NHQ A; 1R0M A; 3MWC A; 3ES7 A; 3W8W A; 3VC6 A; 2P4P A; 3ZLF A; 3R0U A; 2OX4 A; 5KVI A; 4XLO A; 2PTW A; 3EKG A; 3FJ4 A; 5FXE A; 3R07 C; 3GSY A; 3FW9 A; 2GSH A; 4Z17 A; 3CGD A; 1GEU A; 3EEZ A; 1ZMD A; 4ADW A; 1FEB A; 4H4W A; 4IHC A; 4F4R A; 4X2P A; 2GQW A; 2YVF A; 3OP2 A; 2BC0 A; 2W3S A; 3LLB A; 2QPM A; 2HQM A; 4JN7 A; 5FMH A; 1PDY A; 2EQ7 A; 2XSX A; 1Q1W A; 4MMW A; 4JB1 A; 1ZX9 A; 3N6J A; 3LXD A; 2QDD A; 3N4E A; 4EM4 A; 2W54 A; 2PTX A; 3DG6 A; 4EC3 A; 3SQP A; 2PLS A; 4K2S A; 4G7F A; 3W8Z A; 3EJD B; 3SQS A; 1MNS A; 1NHP A; 1EC9 A; 2YAU A; 1Q1R A; 4PWC A; 2P3H A; 1NEL A; 1QLU A; 2BVG A; 3IJI A; 3EF6 A; 3SN4 A; 2JK6 A; 3SJN A; 5JRB A; 2OAI A; 2AAQ A; 3RRA A; 3HSU A; 1P43 A; 1RM6 B; 1XPY A; 1F0X A; 2TPR A; 2WDW A; 1STZ A; 3DK9 A; 3CK5 A; 2X8C A; 2EQ6 A; 1E8H A; 1ZDL A; 1W1K A; 2ZZB A; 2RAB A; 2GGE A; 3MZN A; 4YWO A; 1FIQ B; 2ONE A; 5EU9 A; 3UJ2 A; 1KCZ A; 3T4W A; 3SN0 A; 3ZVH A; 2O56 A; 2PP3 A; 4HN8 A; 1GXF A; 1NHS A; 1W1M A; 2HXT A; 3N6H A; 3ENL A; 3OZY A; 2QDE A; 1E0Y A; 4IT1 A; 3I99 A; 3SN1 A; 1MOK A; 3UGV A; 5FJU A; 3U4F A; 5JCL A; 3TWA A; 1R6W A; 1BZL A; 4E8G A; 3T9P A; 5ADZ A; 4BUR A; 4KT2 A; 2GQU A; 3H70 A; 1W1J A; 3NVZ B; 3EAN A; 1DZN A; 2CHR A; 2XGZ A; 1RVK A; 3D2D A; 2QAE A; 3CYJ A; 3IK4 A; 2GGI A; 2OKT A; 3QFB A; 4PWB A; 1FO4 A; 3VCC A; 1GES A; 2CFY A; 1F3P A; 2W3R A; 1GRG A; 2GGJ A; 1JCT A; 1ONF A; 1T3Q C; 3GY1 A; 2YVS A; 2WP6 A; 2P8C A; 2X8H A; 1W1R A; 4PVE A; 3NRZ B; 3CXO A; 1GER A; 2VFT A; 2WPF A; 3MSY A; 2WPC A; 4JDR A; 4KEM A; 4DXK A; 1D7Y A; 1WUE A; 4E5T A; 4ZOH B; 1XDI A; 3S5S A; 4BCA A; 3HPF A; 2P0I A; 4EWJ A; 5HHZ A; 3KLJ A; 2BCP A; 5HMR A; 3TW9 A; 2AXR A; 2NQW A; 2XH7 A; 4HPN A; 3THU A; 3DGH A; 4E4U A; 3UJR A; 4FI4 A; 4GYP C; 4A6G A; 2AL2 A; 3DGB A; 4HCL A; 1LPF A; 5FXD A; 1SJD A; 3CGC A; 2YQU A; 4IP4 A; 2P88 A; 4JQ9 A; 4GRT A; 5ENL A; 1DII A; 1JRP A; 4HYR A; 4A35 A; 2P8B A; 3MY9 A; 4HNL A; 2E5A A; 3W8X A; 3AMZ A; 3PK7 A; 3DER A; 2R8D A; 4JN8 A; 4H2H A; 3GD4 A; 2W0H A; 5FS7 A; 1N5X A; 1I19 A; 3GD3 A; 4H4Q A; 2PU1 A; 3DG3 A; 2Y08 A; 2FYM A; 2QVH A; 2YVJ A; 2PTZ A; 3ZLG A; 2PLI A; 4UD8 A; 2QJN A; 4PVH A; 3H12 A; 1FFV C; 3TWB A; 1IYX A; 1P48 A; 1GRE A; 2GR1 A; 1ZY8 A; 2Q85 A; 1HSK A; 2MNR A; 3T6C A; 2YVG A; 4ZA0 A; 1PDZ A; 3FCP A; 3GO2 A; 1NPX A; 3CAW A; 1MBT A; 1AHZ A; 5HQX A; 3H7V A; 3R25 A; 4TVW A; 4K7Z A; 1ONE A; 2I5Q A; 1F8W A; 3JZU A; 3V3W A; 1WUF A; 3DFY A; 3L8K A; 4EMI A; 3IC9 A; 5JCM A; 4HNC A; 1ZMC A; 4OAL A; 3UXL A; 1NDA A; 2UUU A; 3II4 A; 2BVH A; 3TJI A; 3A7A A; 3S47 A; 3QKE A; 2RDX A; 5AE1 A; 2OO6 A; 1W6T A; 1DNC A; 2GQT A; 3FWA A; 1JPM A; 1XHC A; 3RO6 A; 1S7M A; 5FJT A; 4J57 A; 2VAO A; 3BOX A; 4H19 A; 2OVL A; 4H4X A; 5FJP A; 2HZG A; 4EQX A; 2VFV A; 3TOY A; 1MRA A; 3SSZ A; 3SR6 B; 1EBG A; 4EMJ A; 4EMW A; 2PGW A; 4GGB A; 5AWV A; 4H4Z A; 1JRO A; 2WOI A; 1KD0 A; 1H6V A; 1TZZ A; 3NZG A; 5FS6 A; 1WVF A; 2PSN A; 2EQ8 A; 3IJQ A; 1GRF A; 3H8A A; 4ROP A; 3OC4 A; 2I0K A; 2PGE A; 1TYP A; 2POD A; 1M6I A; 1DIQ A; 1JEH A; 2DW7 A; 3HRD C; 3AM9 A; 1ZKQ A; 5FJR A; 3A7R A; 5GRT A; 1GRA A; 4H4R A; 3DG7 A; 4EQR A; 1N62 C; 3JS8 A; 4KWS A; 2OQY A; 4LII A; 3NS1 B; 2GR2 A; 4K8G A; 3D46 A; 3Q45 A; 3GD6 A; 4FDC B; 6ENL A; 1XS2 A; 4ZCW A; 3V4B A; 4MGG A; 3OZM A; 3VA8 A; 2F5Z A; 2J3N A; 3NVV B; 4M52 A; 2ZAD A; 1FFU C; 5JCK A; 1E8G A; 1VAO A; 4ML8 A; 4GFI A; 2C3C A; 2NQL A; 2X99 A; 2V3A A; 4PVJ A; 1KN0 A; 2MBR A; 3FXG A; 2CDU A; 4GGH A; 1DTN A; 3K1G A; 1GV4 A; 3UJF A; 4BV6 A; 4K1W A; 1ZXI C; 1VQZ A; 3PG6 A; 1MUC A; 5FS9 A; 3PWG A; 2Y4G A; 4H83 A; 3QLD A; 2V6O A; 3D2J A; 4BC7 A; 1V97 A; 3R10 A; 1GET A; 4IZG A; 1E8F A; 4GR1 A; 3KUM A; 4DYE A; 3IJL A; 3DED A; 1TKK A; 3BW7 A; 1TE6 A; 1N60 C; 1FHV A; 3V5F A; 4PZF A; 3QN3 A; 3LAE A; 4BC9 A; 2PTY A; 2WOV A; 1NU5 A; 3DIP A; 4GME A; 4APN A; 3L5O A; 3DK8 A; 3DGZ A; 3CT2 A; 1XAN A; 4EM3 A; 1MBB A; 3P3B A; 2GGG A; 4MKS A; 1WYG A; 3FYY A; 3DH9 A; 1AOG A; 5FXP A; 1YQZ A; 3DK4 A; 1TYT A; 4TVY A; 3TSJ A; 3VDG A; 4O95 A; 3ES8 A; 3FW8 A; 4GYP A; 3S1D A; 2IPI A; 1GRB A; 3BJS A; 3EJB B; 3UJE A; 3ZVH B; 2VFS A; 2R9Z A; 1JDF A; 1BKH A; 1SJA A; 2PPG A; 4FP1 A; 4E6M A; 2GRT A; 2OZT A; 3STP A; 2QGY A; 3DES A; 4IL2 A; 3T8Q A; 3I6T A; 2DW6 A; 3O0H A; 1EC7 A; 1GRT A; 3FVD A; 3RNM A; 4PYT A; 3DJJ A; 3QFA A; 3RCY A; 2EQ9 A; 3UCC A; 1ECQ A; 3VCN A; 3H4K A; 4JHM A; 2VFR A; 2PP1 A; 2WPE A; 4BBY A; 4K8D A; 1OJT A; 2OPJ A; 1W1L A; 3N4F A; 2WOW A; 3S1F A; 4IP5 A; 1LVL A; 2OG9 A; 1N63 C; 1YEY A; 3UCD A; 1E9I A; 2GR3 A; 3PFR A; 3R11 A; 4EQW A; 4DNS A; 2WP5 A; 3GC2 A; 2GH5 A; 3MUC A; 2GR0 A; 3MKC A; 2UUV A; 2ZZC A; 1JOA A; 3B9J B; 3NVW B; 3UXK A; 3S1E A; 1QLT A; 4PVK A; 2V3B A; 2WBA A; 1BWC A; 4H4Y A; 4H4T A; 2R2Z A; 2QJJ A; 3UJS A; 3VFC A; 3D2H A; 1EBH A; 3NFU A; 2BVF A; 3OPS A; 5IDZ A; 3R0K A; 2OQH A; 5U1O A; 4H4S A; 3TX1 A; 5AE2 A; 2XH0 A; 3NXL A; 2P13 A; 3OW1 A; 3DEQ A; 4DN1 A; 1W1S A; 2Q4W A; 2MUC A; 2OLA A; 3JW7 A; 2GGH A; 5KVH A; 5D79 A; 2AL2 B; 5JCN A; 2XH2 A; 3AN1 A; 3CGB A; 2O3G A; 3Q4D A; 2OFJ A; 4J1O A; 4H1Z A; 2E3T A; 3CGE A; 5I1V A; 2W55 A; 4GIS A; 5FXF A; 3KJM A; 1L8P A; 2A8X A; 1KKO A; 2AKM A; 4H50 A; 2OZ8 A; 5J04 A; 2Y3S A; 1FEC A; 3TTE A; 4NEV A; 5L6G A; 4GIR A; 5FJO A; 1FEA A; 1KKR A; 5I1W A; 3RJ8 A; 2PS2 A; 4DX3 A; 3DJG X; 1DXL A; 2PP0 A; 3TQP A; 3PM9 A; 3LB8 A; 7ENL A; 2X8G A; 1W1Q A; 1MDL A; 2HNE A; 4G8T A; 1VDV A; 5G5H B; 3QPE A; 3NVY B; 2PCE A; 3P0W A; 3VC5 A; 4H4V A; 1BQG A; 4M6U A; 2GDQ A; #chains in the Genus database with same CATH homology 4PVH A; 1FFV C; 1MBB A; 2Q85 A; 1HSK A; 4PWC A; 2P3H A; 5L6F A; 1QLU A; 1WYG A; 3S1C A; 2BVG A; 1AHU A; 5FXP A; 5AE3 A; 5G5G B; 2OAI A; 4TVY A; 1ZR6 A; 2VFU A; 1AHV A; 3TSJ A; 3HSU A; 1RM6 B; 1F0X A; 1N5W C; 1MBT A; 1AHZ A; 4O95 A; 3FW8 A; 5HQX A; 3S1D A; 1SB3 B; 2IPI A; 2WDW A; 1E8H A; 4TVW A; 1W1K A; 2VFS A; 1FIQ B; 3EUB 3; 3A7U A; 2EXR A; 4OAL A; 2UUU A; 2BVH A; 1W1M A; 3A7A A; 4PYT A; 1X2H A; 5AE1 A; 1W1O A; 1E0Y A; 2GQT A; 2VFR A; 3C0P A; 3FWA A; 3I99 A; 4BBY A; 3POP A; 2VAO A; 1W1L A; 2VFV A; 3S1F A; 3SR6 B; 1N63 C; 5K8E A; 5AWV A; 3VTE A; 1JRO A; 5ADZ A; 2RK5 A; 2GQU A; 3RJA A; 1W1J A; 1WVE A; 3NVZ B; 3TSH A; 1DZN A; 4DNS A; 1WVF A; 3D2D A; 3PQB A; 1UXY A; 2UUV A; 2I0K A; 1N61 C; 4PWB A; 3B9J B; 3DQ0 A; 1FO4 A; 3NVW B; 1DIQ A; 1X2G A; 4JAY A; 3S1E A; 2W3R A; 1QLT A; 4PVK A; 3HRD C; 3AM9 A; 3A7R A; 1T3Q C; 2R2Z A; 2YVS A; 2Y3R A; 1W1R A; 3D2H A; 3NRZ B; 4PVE A; 3ETR B; 4HG0 A; 3FW7 A; 2BVF A; 2QKN A; 2VFT A; 1N62 C; 3JS8 A; 4MLA A; 3NS1 B; 3TX1 A; 5AE2 A; 2P13 A; 4ZOH B; 1W1S A; 4BCA A; 2Q4W A; 3W8W A; 5HHZ A; 2P4P A; 5HMR A; 3NVV B; 5D79 A; 1FFU C; 2AXR A; 4XLO A; 2NQW A; 3AN1 A; 1E8G A; 1VAO A; 4ML8 A; 5FXE A; 2O3G A; 3R07 C; 3GSY A; 3FW9 A; 4PVJ A; 2E3T A; 2MBR A; 5I1V A; 2W55 A; 5FXD A; 5FXF A; 3KJM A; 2Y3S A; 1ZXI C; 1VQZ A; 2Y4G A; 2W3S A; 3LLB A; 1DII A; 2QPM A; 1JRP A; 5L6G A; 3D2J A; 4BC7 A; 1V97 A; 5I1W A; 3RJ8 A; 1E8F A; 2E5A A; 3W8X A; 4JB1 A; 3AMZ A; 3DED A; 2R8D A; 3BW7 A; 1N60 C; 3PM9 A; 1N5X A; 4PZF A; 2W54 A; 3LAE A; 1I19 A; 1W1Q A; 4BC9 A; 4EC3 A; 1VDV A; 5G5H B; 2PLS A; 2Y08 A; 3NVY B; 3W8Z A; 2PLI A; 4UD8 A;
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