The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
94
|
sequence length |
305
|
structure length |
305
|
Chain Sequence |
PKQLRFEGERVTWIQASTLKELLDLKAQHPEAKLVVGNTEIGIEMKFKNQLFPMIICPAWIPELNAVEHGPEGISFGAACALSSVEKTLLEAVAKLPTQKTEVFRGVLEQLRWFAGKQVKSVASLGGNIITASPISDLNPVFMASGTKLTIVSRGTRRTVPMDHTFFPSYRKTLLGPEEILLSIEIPYSREDEFFSAFKQASRREDDIAKVTCGMRVLFQPGSMQVKELALCYGGMADRTISALKTTQKQLSKFWNEKLLQDVCAGLAEELSLSPDAPGGMIEFRRTLTLSFFFKFYLTVLKKLG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Substrate Orientation and Catalysis at the Molybdenum Site in Xanthine Oxidase: CRYSTAL STRUCTURES IN COMPLEX WITH XANTHINE AND LUMAZINE.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Oxidoreductase
|
| molecule keywords |
Xanthine dehydrogenase/oxidase
|
| total genus |
94
|
| structure length |
305
|
| sequence length |
305
|
| chains with identical sequence |
B, K, T
|
| ec nomenclature |
ec
1.17.1.4: Xanthine dehydrogenase. |
| pdb deposition date | 2008-10-09 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| 3 | PF00941 | FAD_binding_5 | FAD binding domain in molybdopterin dehydrogenase |
| 3 | PF03450 | CO_deh_flav_C | CO dehydrogenase flavoprotein C-terminal domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 2 | Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase, domain 2 | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Enolase-like; domain 1 | CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal domain | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 | Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3C0P A; 4MLA A; 3D2J A; 1ZXI C; 1FO4 A; 3FW7 A; 2R2Z A; 1HSK A; 1SB3 B; 3A7U A; 4BBY A; 3LAE A; 3D2D A; 3NVV B; 2VFT A; 1W1R A; 3JS8 A; 3EUB 3; 1W1J A; 1AHV A; 1FIQ B; 3FW9 A; 3AN1 A; 3DED A; 3W8W A; 3NS1 B; 1W1K A; 3HRD C; 1V97 A; 4PWC A; 3S1F A; 4XLO A; 1VAO A; 1W1L A; 2MBR A; 2VFR A; 3KJM A; 2P4P A; 3A7R A; 2Q4W A; 3TX1 A; 4EC3 A; 5HMR A; 2PLI A; 1AHU A; 4PVJ A; 2R8D A; 2I0K A; 4BCA A; 4PZF A; 3VTE A; 4JAY A; 3S1E A; 2RK5 A; 1MBT A; 1JRP A; 1E8H A; 1WYG A; 2P3H A; 5HQX A; 3I99 A; 4TVY A; 4HG0 A; 2QPM A; 3BW7 A; 3NVZ B; 5AE3 A; 3AMZ A; 1WVF A; 1QLT A; 1RM6 B; 3LLB A; 5FXD A; 2NQW A; 1FFU C; 2BVH A; 2VFS A; 4ML8 A; 2W3S A; 1N5X A; 1ZR6 A; 1UXY A; 5G5G B; 2VFU A; 4ZOH B; 3D2H A; 1N61 C; 3R07 C; 1QLU A; 2YVS A; 1DII A; 1VDV A; 2O3G A; 2PLS A; 2BVF A; 1W1Q A; 4O95 A; 5AE2 A; 2EXR A; 2AXR A; 1FFV C; 5FXE A; 1DZN A; 5FXF A; 3S1C A; 5FXP A; 1VQZ A; 2E5A A; 5G5H B; 2Q85 A; 4PVK A; 2P13 A; 3NVY B; 4BC9 A; 1W1S A; 1T3Q C; 5D79 A; 3GSY A; 4BC7 A; 1DIQ A; 1MBB A; 1X2H A; 1N60 C; 3PM9 A; 4UD8 A; 1E0Y A; 1AHZ A; 2GQT A; 4JB1 A; 2W3R A; 1W1O A; 3B9J B; 3TSH A; 3DQ0 A; 3TSJ A; 1N5W C; 3NRZ B; 5AE1 A; 3ETR B; 2QKN A; 5HHZ A; 1X2G A; 1F0X A; 2VAO A; 4PWB A; 2W54 A; 2W55 A; 2GQU A; 4PVH A; 3S1D A; 4OAL A; 3W8X A; 3A7A A; 4PYT A; 2E3T A; 3SR6 B; 1E8F A; 5ADZ A; 1N62 C; 4TVW A; 4DNS A; 3AM9 A; 1N63 C; 3FW8 A; 1WVE A; 3W8Z A; 3NVW B; 1JRO A; 2VFV A; 1I19 A; 2OAI A; 2BVG A; 1W1M A; 3FWA A; 4PVE A; 1E8G A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4GR1 A; 3SJN A; 2GSH A; 4MLA A; 3EEZ A; 3FW7 A; 4H4R A; 2CHR A; 4H4V A; 3DGB A; 2GQW A; 3T8Q A; 1EBH A; 3NVV B; 4J3Z A; 4DWD A; 3FW9 A; 2OQH A; 4NEV A; 3AN1 A; 3EJB B; 4EM4 A; 1ZDL A; 2ONE A; 4A35 A; 2UUU A; 2FYM A; 3SSZ A; 3EAN A; 4EQW A; 4DXK A; 3H4K A; 3A7R A; 3K1G A; 3UCC A; 5BOF A; 1AHU A; 4LA1 A; 1NHQ A; 4GYP A; 1KN0 A; 2MNR A; 4YWS A; 4BCA A; 4PZF A; 3MKC A; 6ENL A; 3EKG A; 4JAY A; 3R10 A; 2AAQ A; 2RK5 A; 2QJJ A; 1JRP A; 1NHS A; 5ENL A; 3TWB A; 3QFA A; 3RJ8 A; 2QAE A; 4HG0 A; 1PDZ A; 3NVZ B; 2QQ6 A; 5L6F A; 3VDG A; 1QLT A; 3ZLH A; 2QDD A; 2CDU A; 2P8C A; 1MDR A; 3B97 A; 3FYY A; 3FG2 P; 2NPX A; 2GGI A; 3BOX A; 3OC4 A; 1FFU C; 2AKM A; 2BVH A; 4HPN A; 1ZR6 A; 3RNM A; 3D2H A; 3DGZ A; 3OP2 A; 3UJ2 A; 4MGG A; 1OEP A; 1LPF A; 1LVL A; 5FMH A; 2A8X A; 1DII A; 2GR3 A; 3UGV A; 2YVF A; 4GME A; 2GDQ A; 3DDM A; 1W1Q A; 5FJP A; 2EXR A; 3JVA A; 2Y4G A; 2ZZB A; 1FFV C; 1Q1W A; 3MWC A; 2E5A A; 5L6G A; 3VC5 A; 2FKP A; 2Q85 A; 1MO9 A; 3RIT A; 5GRT A; 2P13 A; 3NVY B; 1SJA A; 2AKZ A; 2DW7 A; 2YQU A; 1GEU A; 3DEQ A; 1BKH A; 1ZY8 A; 2WOV A; 3CXB A; 4K8D A; 4BC7 A; 1TKK A; 2PTX A; 3HPF A; 3QPE A; 2GH5 A; 1AHZ A; 3UXL A; 3MSY A; 2OPJ A; 4M0X A; 1KD0 A; 2GR1 A; 2HXT A; 4ADW A; 1F9C A; 3SBF A; 5K8E A; 4G7F A; 3KUM A; 4ZA0 A; 2WDW A; 1Q1R A; 2PTW A; 1X2G A; 3NFU A; 3DK8 A; 4PVH A; 4PWB A; 2W54 A; 3ZVH A; 1STZ A; 2BC1 A; 3S1D A; 3RO6 A; 1YQZ A; 2AL2 B; 2F5Z A; 2QJN A; 2EQ9 A; 3GD6 A; 2X8C A; 3SR6 B; 1E8F A; 5ADZ A; 4HCH A; 2X50 A; 4DNS A; 5FS6 A; 2V6O A; 4IT1 A; 1N63 C; 4MMW A; 3TJ4 A; 4K1W A; 4GGB A; 3CK5 A; 3UCD A; 1S7M A; 1MDL A; 2NQL A; 1DTN A; 3MY9 A; 1ZKQ A; 3MQT A; 4Z17 A; 3FWA A; 4X2P A; 1E8G A; 4H4Q A; 2WP5 A; 2RDX A; 2WPE A; 3V3W A; 2EQ7 A; 1JOA A; 3P93 A; 2VFT A; 3DK9 A; 3JS8 A; 4ROP A; 3ES7 A; 1W1J A; 5ER0 A; 1FIQ B; 2OX4 A; 4IZG A; 2OLA A; 2ZZ0 A; 3SN0 A; 1FEB A; 3U9I A; 3N6H A; 3OZM A; 2IPI A; 3H7V A; 4A6G A; 2VFR A; 2P4P A; 3EAO A; 1BQG A; 2ZZC A; 1GRB A; 3TX1 A; 5HMR A; 4EC3 A; 5JCM A; 2ZAD A; 2PLI A; 3VC6 A; 2NVK X; 4K2S A; 2PTZ A; 3S1E A; 2YVJ A; 3QN3 A; 1MBT A; 5FJT A; 1GER A; 2W0H A; 3CGC A; 4TVY A; 3KLJ A; 3GD3 A; 3VCC A; 3BW7 A; 1WUF A; 1GES A; 3ES8 A; 1WVF A; 3DFY A; 3EJD B; 3BJS A; 4DHG A; 4J1O A; 1KKR A; 1FEC A; 5EBK A; 3UJR A; 4EMJ A; 2W3S A; 1N5X A; 4FI4 A; 3CB3 A; 1NEL A; 2YVG A; 4ZOH B; 3H12 A; 2YAU A; 4KWS A; 1QLU A; 2GGJ A; 2OVL A; 2YVS A; 2O56 A; 2I5Q A; 2PLS A; 4O95 A; 1KKO A; 2AXR A; 4H4S A; 1GRG A; 2OQY A; 5FXE A; 5FXF A; 3S1C A; 4EMW A; 4E5T A; 2MUC A; 4HCL A; 4E4U A; 4H83 A; 4EWJ A; 2WPF A; 3PFR A; 1R0M A; 5J04 A; 4H19 A; 5D79 A; 2GR0 A; 3GSY A; 1MBB A; 4K8G A; 1N60 C; 2GQT A; 5U25 A; 3B9J B; 3L5O A; 2PCE A; 1NDA A; 1NHR A; 3QLD A; 3H70 A; 3TJI A; 2V3A A; 3VFC A; 1JPM A; 3H8A A; 4IHC A; 3CAW A; 2QKN A; 5HHZ A; 3HW2 A; 5KVI A; 4KPR A; 4BV6 A; 1GRA A; 1BZL A; 2WP6 A; 3SQP A; 4GFI A; 3BSM A; 3S5S A; 4E8G A; 4OAL A; 3A7A A; 2Y08 A; 3CGD A; 3OW1 A; 1ZX9 A; 1YEY A; 1ZMC A; 4JN7 A; 3EJE B; 5BOE A; 3AM9 A; 3FW8 A; 2V3B A; 1ZMD A; 3OPS A; 3S47 A; 3JW7 A; 3DIP A; 3LXD A; 1GET A; 7ENL A; 2XGZ A; 1JRO A; 2OAI A; 2AL1 A; 3R0K A; 1ZK7 A; 2WBA A; 3CYJ A; 3STP A; 3MZN A; 1M6I A; 2BVG A; 1TZZ A; 3THU A; 3V5C A; 2PTY A; 3FCP A; 3V5F A; 4PVE A; 3CGB A; 1XDI A; 1RVK A; 3POP A; 1FO4 A; 3DK4 A; 2QJM A; 3FVD A; 2R2Z A; 1HSK A; 1F8W A; 5I1W A; 1SB3 B; 3A7U A; 3ZLG A; 3LAE A; 4EMI A; 3I4K A; 3EUB 3; 3SN1 A; 1P43 A; 3CT2 A; 3NZG A; 3DED A; 2QVH A; 4ENL A; 3W8W A; 1ELS A; 3NS1 B; 1TE6 A; 3IK4 A; 3HRD C; 3Q45 A; 1V97 A; 4KT2 A; 4PWC A; 3S1F A; 1VAO A; 1W1L A; 2MBR A; 2OZ8 A; 3KJM A; 1KCZ A; 3R1Z A; 3UJS A; 4H1Z A; 4JDR A; 2QDE A; 3CGE A; 3IC9 A; 4PVJ A; 2P8B A; 2I0K A; 1EC9 A; 5TR3 A; 2R8D A; 3VTE A; 4H4U A; 4H4Y A; 2OFJ A; 1MRA A; 1JCT A; 1D7Y A; 2QGY A; 1IYX A; 3D47 A; 3PQB A; 2PS2 A; 1DXL A; 1E8H A; 1WYG A; 2DW6 A; 5FS7 A; 5HQX A; 3RCY A; 1TYT A; 2C3D A; 3UJF A; 3OZY A; 1K4Q A; 5FJU A; 5JCK A; 3DJG X; 2QPM A; 5AE3 A; 3AMZ A; 4H4P A; 3OTR A; 4EM3 A; 2PA6 A; 5FXD A; 3TTE A; 2GR2 A; 3L8K A; 4APN A; 2VFS A; 4IL0 A; 4ML8 A; 3DH9 A; 1UXY A; 3SN4 A; 4DYE A; 1XHC A; 2X8G A; 4H4T A; 3GD4 A; 2OKT A; 4JHM A; 3I6T A; 1H2I A; 1XAN A; 3R07 C; 2XH7 A; 3MUC A; 3TCS A; 1EC8 A; 4HCD A; 5AWV A; 5FJO A; 2O3G A; 2XH2 A; 2BVF A; 1JEH A; 2TPR A; 4IP5 A; 4HNC A; 1EBD A; 1SJC A; 2EQ6 A; 3EF6 A; 2X8H A; 1DZN A; 1W6T A; 1VQZ A; 3SQS A; 2Y3R A; 5EU9 A; 5G5H B; 4IP4 A; 4BUR A; 1F3P A; 3DG6 A; 4GGH A; 1DNC A; 3V4B A; 2HNE A; 3R25 A; 2X99 A; 3QTP A; 4ZCW A; 1W1S A; 3DJJ A; 1R6W A; 1T3Q C; 3N4F A; 3LAD A; 3RGT A; 2P0I A; 1DIQ A; 2GGE A; 3HSU A; 3FXG A; 3PM9 A; 1GRH A; 1GRT A; 1FHV A; 2GGG A; 3ZVH B; 2WPC A; 4JB1 A; 4JN8 A; 3R11 A; 2W3R A; 1W1O A; 3TSH A; 3TSJ A; 3JZU A; 2PGW A; 1MUC A; 4JQ9 A; 4GRT A; 1N5W C; 3NRZ B; 2JK6 A; 3GY1 A; 3O0H A; 3T6C A; 3ZVI A; 1FEA A; 1F0X A; 3D9X A; 2W55 A; 4HYR A; 4DX3 A; 1XS2 A; 4K7Z A; 2PU1 A; 3GC2 A; 3II4 A; 3ZLF A; 1MOK A; 1GV4 A; 2XH4 A; 3U4F A; 1N62 C; 4H50 A; 4GIS A; 2PPG A; 3QFB A; 4H2H A; 5FJR A; 2PP0 A; 3R0U A; 4FX9 A; 5JCN A; 3NVW B; 2OO6 A; 2AL2 A; 3P0W A; 1I19 A; 1NPX A; 3PG6 A; 1ECQ A; 3PWG A; 2Y3S A; 2BC0 A; 3TOY A; 1SJD A; 5IDZ A; 3C0P A; 3D2J A; 1ZXI C; 3ENL A; 1GSN A; 3RR1 A; 2RAB A; 4EQR A; 1WUE A; 1XPY A; 3FV9 A; 4E4F A; 4GIR A; 4BBY A; 3IJQ A; 3GRT A; 3D2D A; 3GRS A; 1W1R A; 2GRT A; 3DG7 A; 2P3Z A; 4F4R A; 1AHV A; 2BCP A; 3UJE A; 4YWO A; 1W1K A; 1MNS A; 4H4W A; 4XLO A; 1E9I A; 2P88 A; 3PK7 A; 1PDY A; 3NXL A; 3CXO A; 2Q4W A; 2HXU A; 4A3R A; 1GRF A; 2GL5 A; 5U1O A; 3RRA A; 2P3H A; 3GO2 A; 3I99 A; 2C3C A; 4M52 A; 4IL2 A; 3P3B A; 4HN8 A; 5KVH A; 1RM6 B; 3LLB A; 4KEM A; 1EC7 A; 2OZT A; 4FDC B; 4NEW A; 3N4E A; 2NQW A; 5JRB A; 5G5G B; 1P48 A; 3DFH A; 2VFU A; 3DES A; 4LII A; 3T9P A; 3PWI A; 1FHU A; 1GRE A; 1N61 C; 5FS8 A; 4MKS A; 2WOI A; 3DGH A; 4G8T A; 2PSN A; 3QKE A; 1VDV A; 4GYP C; 3NO1 A; 3IJI A; 5AE2 A; 4J56 A; 3URH A; 3FJ4 A; 1NHP A; 2POZ A; 3I6E A; 2POD A; 3Q4D A; 5FXP A; 4H4X A; 4PVK A; 1GXF A; 2GGH A; 4BC9 A; 5I1V A; 3T4W A; 4EQX A; 1JDF A; 2PMQ A; 1BWC A; 1X2H A; 2OG9 A; 3DER A; 3TWA A; 2PGE A; 1AOG A; 3D46 A; 4UD8 A; 1E0Y A; 3VCN A; 1H6V A; 4M6U A; 2OZ3 A; 4FP1 A; 1SJB A; 3DQ0 A; 3RJA A; 4Z1Y A; 2HQM A; 2HZG A; 5AE1 A; 2CFY A; 3ETR B; 3TQP A; 4EQS A; 3IJL A; 2PP3 A; 2VAO A; 4DN1 A; 1ONE A; 2GQU A; 1EBG A; 4HNL A; 1L8P A; 2WOW A; 2J3N A; 3TW9 A; 3W8X A; 4KPL A; 5FS9 A; 4PYT A; 1NU5 A; 2E3T A; 2ZC8 A; 2XH0 A; 2PU0 A; 3UXK A; 2PP1 A; 2R9Z A; 2XSX A; 1OJT A; 4TVW A; 3W8Z A; 3LB8 A; 1WVE A; 3N6J A; 4H4Z A; 4E6M A; 1JPD X; 4J57 A; 1TYP A; 3Q6J A; 2UUV A; 1V59 A; 2VFV A; 1ONF A; 2EQ8 A; 5JCI A; 5JCL A; 1W1M A; 3VA8 A; 4DNA A; 3DG3 A; #chains in the Genus database with same CATH homology 3POP A; 3C0P A; 4MLA A; 3D2J A; 1ZXI C; 1FO4 A; 3FW7 A; 2R2Z A; 1HSK A; 5I1W A; 1SB3 B; 3A7U A; 4BBY A; 3LAE A; 3D2D A; 3NVV B; 2VFT A; 1W1R A; 3JS8 A; 3EUB 3; 1W1J A; 1AHV A; 1FIQ B; 3FW9 A; 3AN1 A; 3DED A; 3W8W A; 3NS1 B; 2UUU A; 1W1K A; 3HRD C; 1V97 A; 2IPI A; 4PWC A; 3S1F A; 4XLO A; 1VAO A; 1W1L A; 2MBR A; 2VFR A; 3KJM A; 2P4P A; 3A7R A; 2Q4W A; 3TX1 A; 4EC3 A; 5HMR A; 2PLI A; 1AHU A; 4PVJ A; 2R8D A; 2I0K A; 4BCA A; 4PZF A; 3VTE A; 4JAY A; 3S1E A; 2RK5 A; 3PQB A; 1MBT A; 1JRP A; 1E8H A; 1WYG A; 2P3H A; 5HQX A; 3I99 A; 3RJ8 A; 4TVY A; 4HG0 A; 2QPM A; 3BW7 A; 3NVZ B; 5AE3 A; 3AMZ A; 1WVF A; 5L6F A; 1QLT A; 1RM6 B; 3LLB A; 5FXD A; 2NQW A; 1FFU C; 2BVH A; 2VFS A; 4ML8 A; 2W3S A; 1N5X A; 1ZR6 A; 1UXY A; 5G5G B; 2VFU A; 4ZOH B; 3D2H A; 1N61 C; 3R07 C; 1QLU A; 2YVS A; 1DII A; 5AWV A; 1VDV A; 2O3G A; 2PLS A; 2BVF A; 1W1Q A; 4O95 A; 5AE2 A; 2EXR A; 2AXR A; 2Y4G A; 1FFV C; 5FXE A; 1DZN A; 5FXF A; 3S1C A; 5FXP A; 1VQZ A; 2E5A A; 2Y3R A; 5G5H B; 5L6G A; 2Q85 A; 4PVK A; 2P13 A; 3NVY B; 4BC9 A; 5I1V A; 1W1S A; 1T3Q C; 5D79 A; 3GSY A; 4BC7 A; 1DIQ A; 1MBB A; 1X2H A; 3HSU A; 1N60 C; 3PM9 A; 4UD8 A; 1E0Y A; 1AHZ A; 2GQT A; 4JB1 A; 2W3R A; 1W1O A; 3B9J B; 3TSH A; 3DQ0 A; 5K8E A; 3TSJ A; 2WDW A; 3RJA A; 1N5W C; 3NRZ B; 5AE1 A; 3ETR B; 2QKN A; 5HHZ A; 1X2G A; 1F0X A; 2VAO A; 4PWB A; 2W54 A; 2W55 A; 2GQU A; 4PVH A; 3S1D A; 4OAL A; 3W8X A; 3A7A A; 2Y08 A; 4PYT A; 2E3T A; 3SR6 B; 1E8F A; 5ADZ A; 1N62 C; 4TVW A; 4DNS A; 3AM9 A; 1N63 C; 3FW8 A; 1WVE A; 3W8Z A; 3NVW B; 2UUV A; 1JRO A; 2VFV A; 1I19 A; 2OAI A; 2BVG A; 1W1M A; 2Y3S A; 3FWA A; 4PVE A; 1E8G A;
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