The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
196
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sequence length |
512
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structure length |
512
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Chain Sequence |
LSRYEKWEKIKQHYQHWSDSLSEEGRGLLKKLQIPIEPKKDDIIHSLSQEEKELLKRIQIDSSDFLSTEEKEFLKKLQIDIRDSLSEEEKELLNRIQVDSSNPLSEKEKEFLKKLKLDIQPYDINQRLQDTGGLIDSPSINLDVRKQYKRDIQNIDALLHQSIGSTLYNKIYLYENMNINNLTATLGADLVDSTDNTKINRGIFNEFKKNFKYSISSNYMIVDINERPALDNERLKWRIQLSPDTRAGYLENGKLILQRNIGLEIKDVQIIKQSEKEYIRIDAKVVPKSKIDTKIQEAQLNINQEWNKALGLPKYTKLITFNVHNRYASNIVESAYLILNEWKNNIQSDLIKKVTNYLVDGNGRFVFTDITLPNIAEQYTHQDEIYEQVHSKGLYVPESRSILLHGPSKGVELRNDSEGFIHEFGHAVDDYAGYLLDKNQSDLVTNSKKFIDIFKEEGSNLTSYGRTNEAEFFAEAFRLMHSTDHAERLKVQKNAPKTFQFINDQIKFIINS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Antidotes to anthrax lethal factor intoxication. Part 3: Evaluation of core structures and further modifications to the C2-side chain.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase
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| source organism |
Bacillus anthracis
|
| molecule keywords |
Lethal factor
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| total genus |
196
|
| structure length |
512
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| sequence length |
512
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| ec nomenclature |
ec
3.4.24.83: Anthrax lethal factor endopeptidase. |
| pdb deposition date | 2012-02-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF07737 | ATLF | Anthrax toxin lethal factor, N- and C-terminal domain |
| A | PF09156 | Anthrax-tox_M | Anthrax toxin lethal factor, middle domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Anthrax toxin lethal factor, domain 3, chain A | Anthrax toxin lethal factor, domain 3, chain A | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Collagenase (Catalytic Domain) | Collagenase (Catalytic Domain) | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Toxin ADP-ribosyltransferase; Chain A, domain 1 | Toxin ADP-ribosyltransferase; Chain A, domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1KUK A; 1EUB A; 1CIZ A; 4WKE A; 2JT5 A; 5CZM A; 1QS2 A; 3LUM A; 1JAQ A; 1BIW A; 2A8H A; 4DPE A; 2JNP A; 1MMR A; 4FXQ A; 2WOA A; 1D8F A; 1GZF A; 2WN8 A; 1GY0 A; 2E3X A; 2WN6 A; 5I43 A; 3O64 A; 4GWN A; 2AIG P; 1JIZ A; 5L79 A; 1ZVX A; 2J83 A; 3LJZ A; 2Y6C A; 3L0T A; 1GO7 P; 1BKC A; 3SHI A; 2MZI A; 4H0T A; 3N2U A; 3LIK A; 3WV1 A; 2A78 B; 3HDB A; 1PWP A; 1JH1 A; 4A7B A; 4L6T A; 2C8G A; 3I7I A; 1HV5 A; 2QPJ A; 2X3B A; 2GWL A; 3OHO A; 1OS9 A; 3LQ0 A; 4FML A; 3KEJ A; 3U0J A; 1XFX A; 4FXY P; 4FK7 A; 3LGP A; 4AXQ A; 2W15 A; 1ZTQ A; 1HFC A; 2Z2D A; 1OG4 A; 1C7K A; 3L0V A; 5BOY A; 1JKY A; 1G24 A; 3P24 A; 1MMQ A; 3F17 A; 1EAK A; 1B8Y A; 1BQQ M; 1D7X A; 2TCL A; 2OW2 A; 3TS4 A; 3VI1 A; 3Q2G A; 5CXA A; 4A3W A; 1G9K A; 3K7N A; 2FV5 A; 2DW0 A; 1QJI A; 4Q1L A; 3EDZ A; 3AYU A; 2J0T A; 4IJO A; 1JJ9 A; 1HTD A; 2K9C A; 3AYK A; 2I47 A; 4H1Q A; 1DMT A; 3NTS A; 1CQR A; 2N8R A; 4WK7 A; 1G12 A; 1GE7 A; 1G05 A; 1H71 P; 1JAN A; 2AYK A; 1G49 A; 1AF0 A; 1USN A; 3EHX A; 1R4B A; 2C8D A; 3EDG A; 1GKD A; 3BUZ A; 2ERQ A; 1ZP5 A; 4IUW A; 1XUD A; 1XFU A; 1XUC A; 2O3E A; 2XS4 A; 1ZS0 A; 2MZE A; 1O0Q A; 1K7G A; 1ZXC A; 3VTG A; 1WNI A; 2X7M A; 1SRP A; 3DPE A; 4H3X A; 1PWW A; 1G4K A; 2USN A; 5H8X A; 3E8R A; 4PKV A; 2DW2 A; 2XS3 A; 1C8T A; 3ZXH A; 1OG3 A; 4PKQ A; 4XM6 A; 3P1V A; 1QS1 A; 1OO9 A; 1MMP A; 4AIG A; 1OM8 A; 1BSW A; 3HBV P; 4H82 A; 4DD8 A; 1QIC A; 3BW8 A; 5I4O A; 1AKL A; 1YOU A; 2POJ A; 1IAC A; 1Y93 A; 2RJQ A; 5JMY A; 4H0V A; 1QJJ A; 2MZH A; 4PKS A; 1ND1 A; 4H84 A; 4H30 A; 1KUI A; 4AUO A; 1FM1 A; 2OZR A; 1L6J A; 1QIA A; 3LMC A; 1R1J A; 1CXV A; 5DZQ A; 3DNG A; 3N2V A; 1R55 A; 1YP1 A; 3G42 A; 4GF1 A; 1R1H A; 2CLT A; 2V4B A; 4ILW D; 5H04 A; 2C8E E; 2WN7 A; 3LJG A; 1K7Q A; 3HB2 P; 2JT6 A; 3HY7 A; 4GR0 A; 1GKC A; 1SLM A; 1PWU A; 3I7G A; 1ZXV A; 3HDA P; 1XFV A; 1A85 A; 2OI0 A; 456C A; 3G5C A; 1A86 A; 2SRT A; 3BA0 A; 1GIR A; 4XCT A; 3ELM A; 2KRJ A; 5BOT A; 1DTH A; 1OMJ A; 3KEC A; 4XSH B; 1GIQ A; 1HOV A; 2X3A A; 5D2B A; 2BOV B; 5BWM B; 4HX3 A; 5I0L A; 1ROS A; 1GXD A; 1R1I A; 2YIG A; 2ERO A; 3LE9 A; 4GR3 A; 1JAP A; 2OY4 A; 3F19 A; 2J3X A; 4EFS A; 1IAB A; 1IAE A; 3B2Z A; 1Z3J A; 3HYG A; 3AIG A; 5D3C A; 2YB9 A; 3WV3 A; 1IAD A; 4L19 A; 1SMP A; 2JIH A; 4R3V A; 1I73 A; 3EWJ A; 4ELN A; 1FLS A; 2DDY A; 4H03 A; 2C8F E; 1IAA A; 2W12 A; 3DSL A; 1OS2 A; 3GBO A; 3LQB A; 4WKI A; 1XFW A; 1AYK A; 1JIW P; 3EHY A; 1PWQ A; 2OY2 A; 4DF9 A; 1Y0V A; 4WF6 A; 3EDI A; 4G0D A; 1BQO A; 5BPA A; 1BKC I; 2O36 A; 1BUV M; 1D8M A; 1UTT A; 1MMB A; 2OW1 A; 1GE5 A; 1CGL A; 3WV2 A; 2OVZ A; 4XBH A; 5LAB A; 2HU6 A; 4HMA A; 2C8A A; 5D7W A; 1JAO A; 1HFS A; 1R54 A; 1GXY A; 1GZE A; 1UZI A; 1KUH A; 2RJP A; 2WO8 A; 2W0D A; 2DW1 A; 1C3I A; 1CGF A; 1Y8J A; 1KAP P; 2DDF A; 4J4M A; 4PKU A; 4QKZ A; 3NX7 A; 4WZV A; 4PKW A; 3USN A; 1BUD A; 1OG1 A; 1XUR A; 2OW0 A; 1KUG A; 4XSG B; 5B5O A; 2ERP A; 3LEA A; 1XFY A; 4GY2 A; 3LUN A; 2W13 A; 3F18 A; 3RTT A; 3UVC A; 1R45 A; 2E2D A; 3KRY A; 3OHL A; 3F1A A; 4GR8 A; 2WN5 A; 1I1I P; 2C89 A; 1UTZ A; 1PWV A; 2MLR A; 1I76 A; 3KHI A; 3F16 A; 3O2X A; 3TSK A; 3Q2H A; 4H2E A; 2A9K B; 4CTH A; 2JSD A; 2OXZ A; 2K2G A; 5L7F A; 1K7I A; 3EDH A; 1AST A; 4GQL A; 3TT4 A; 3KMC A; 4L63 A; 4JIJ A; 1OM6 A; 1IAG A; 3LJT A; 1MNC A; 2OVX A; 5D1U A; 1RM8 A; 3DL1 A; 4ON1 A; 1SAT A; 3TVC A; 1O0T A; 4PKR A; 3DWB A; 1J7N A; 5D1S A; 2OXU A; 3KEK A; 1BZS A; 4DV8 A; 5I2Z A; 1B3D A; 1D5J A; 2GWM A; 2OXW A; 2CKI A; 3MA2 A; 3ZUK A; 5I12 A; 4GWM A; 5GTT A; 4ZR5 A; 1EB6 A; 1KBC A; 2X3C A; 1XFZ A; 3CKI A; 1UMS A; 4I35 A; 4FVL A; 1SLN A; 3LK8 A; 4TR5 A; 3B8Z A; 3V96 B; 4H76 A; 1YCM A; 3ZVS A; 3KME A; 2OW9 A; 1CGE A; 1FBL A; 4JPA A; 2J3V A; 1CK7 A; 2L0R A; 4PKT A; 1GXZ A; 2C8B X; 3K7L A; 3LIR A; 1BM6 A; 1QIB A; 2D1N A; 1RMZ A; 4FU4 A; 1GE6 A; 2PJT A; 5I3M A; 4H49 A; 4GUY A; 2MLS A; 2J3Z A; 1UMT A; 2FV9 A; 1S4B P; 966C A; 4G9L A; 1GO8 P; 2Y6D A; 1BKC E; 1OM7 A; 2C8C A; 4H0Y A; 1KUF A; 1JK3 A; 1SU3 A; 3LKA A; 4XM8 A; 5CUH A; 1OJZ A; 3HY9 A; 1QUA A; 3B92 A; 1OJQ A; 1CAQ A; 5H03 A; 1ATL A; 3U1R A; 1Q3A A; 3LIL A; 2C8H A; 4H0X A; 4IN9 A; 1YQY A; 3KWV C; 4JQG A; 5D1T A; 3RTS A; 830C A; 1HY7 A; 2W14 A; 2D1O A; 2WN4 A; 1UEA A; 4JA1 A; 3HBU P; 4I03 A; 4XM7 A; 4JP4 A; 4AYK A; 3DPF A; 3F15 A; 2WO9 A; 5B5P A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1KUK A; 1EUB A; 1CIZ A; 4WKE A; 2JT5 A; 5CZM A; 1QS2 A; 3LUM A; 1JAQ A; 1BIW A; 2A8H A; 4DPE A; 2JNP A; 1MMR A; 4FXQ A; 2WOA A; 1D8F A; 1GZF A; 2WN8 A; 1GY0 A; 2E3X A; 2WN6 A; 5I43 A; 3O64 A; 4GWN A; 2AIG P; 1JIZ A; 5L79 A; 1ZVX A; 2J83 A; 3LJZ A; 2Y6C A; 3L0T A; 1GO7 P; 1BKC A; 3SHI A; 2MZI A; 4H0T A; 3N2U A; 3LIK A; 3WV1 A; 2A78 B; 3HDB A; 1OZ9 A; 1PWP A; 1JH1 A; 4A7B A; 4L6T A; 2C8G A; 3I7I A; 1HV5 A; 2QPJ A; 2X3B A; 2GWL A; 3OHO A; 1OS9 A; 3LQ0 A; 4FML A; 3KEJ A; 3U0J A; 1XFX A; 4FXY P; 4FK7 A; 3LGP A; 4AXQ A; 2W15 A; 1ZTQ A; 1HFC A; 2Z2D A; 1OG4 A; 1C7K A; 3L0V A; 5BOY A; 1JKY A; 1G24 A; 3P24 A; 1MMQ A; 3F17 A; 1EAK A; 1B8Y A; 1BQQ M; 1D7X A; 2TCL A; 2OW2 A; 3TS4 A; 3VI1 A; 3Q2G A; 5CXA A; 4A3W A; 1G9K A; 3K7N A; 2FV5 A; 2DW0 A; 1QJI A; 4Q1L A; 3EDZ A; 3AYU A; 2J0T A; 4IJO A; 1JJ9 A; 1HTD A; 2K9C A; 3AYK A; 2I47 A; 4H1Q A; 1DMT A; 3NTS A; 1CQR A; 2N8R A; 4WK7 A; 1G12 A; 1GE7 A; 1G05 A; 1H71 P; 1JAN A; 2AYK A; 1G49 A; 1AF0 A; 1USN A; 3EHX A; 1R4B A; 2C8D A; 3EDG A; 1GKD A; 3BUZ A; 2ERQ A; 1ZP5 A; 4IUW A; 1XUD A; 1XFU A; 1XUC A; 2O3E A; 2XS4 A; 1TVI A; 1ZS0 A; 2MZE A; 1O0Q A; 1K7G A; 1ZXC A; 3VTG A; 1WNI A; 2X7M A; 1SRP A; 3DPE A; 4H3X A; 1PWW A; 1G4K A; 2USN A; 5H8X A; 3E8R A; 4PKV A; 2DW2 A; 2XS3 A; 1C8T A; 3ZXH A; 1OG3 A; 4PKQ A; 4XM6 A; 3P1V A; 3DTK A; 1QS1 A; 1OO9 A; 1MMP A; 4AIG A; 1OM8 A; 1BSW A; 3HBV P; 4H82 A; 4DD8 A; 1QIC A; 3BW8 A; 5I4O A; 1AKL A; 1YOU A; 2POJ A; 1IAC A; 1Y93 A; 2RJQ A; 5JMY A; 4H0V A; 1QJJ A; 2MZH A; 4PKS A; 1ND1 A; 4H84 A; 4H30 A; 1KUI A; 4AUO A; 1FM1 A; 2OZR A; 1L6J A; 1QIA A; 3LMC A; 1R1J A; 1CXV A; 5DZQ A; 3DNG A; 3N2V A; 1R55 A; 1YP1 A; 3G42 A; 4GF1 A; 1R1H A; 2CLT A; 2V4B A; 4ILW D; 5H04 A; 2C8E E; 2WN7 A; 3LJG A; 1K7Q A; 3HB2 P; 2JT6 A; 3HY7 A; 4GR0 A; 1GKC A; 1SLM A; 1PWU A; 3I7G A; 1ZXV A; 3HDA P; 1XFV A; 1A85 A; 2OI0 A; 456C A; 3G5C A; 1A86 A; 2SRT A; 3BA0 A; 1GIR A; 4XCT A; 3ELM A; 2KRJ A; 5BOT A; 1DTH A; 1OMJ A; 3KEC A; 4XSH B; 1GIQ A; 1HOV A; 2X3A A; 5D2B A; 2BOV B; 5BWM B; 4HX3 A; 5I0L A; 1ROS A; 1GXD A; 1R1I A; 2YIG A; 2ERO A; 3LE9 A; 4GR3 A; 1JAP A; 2OY4 A; 3F19 A; 2J3X A; 4EFS A; 1IAB A; 1IAE A; 3B2Z A; 1Z3J A; 3HYG A; 3AIG A; 5D3C A; 2YB9 A; 3WV3 A; 1IAD A; 4L19 A; 1SMP A; 2JIH A; 4R3V A; 1I73 A; 3EWJ A; 4ELN A; 1FLS A; 2DDY A; 4H03 A; 2C8F E; 1IAA A; 2W12 A; 3DSL A; 1OS2 A; 3GBO A; 3LQB A; 4WKI A; 1XFW A; 1AYK A; 1JIW P; 3EHY A; 1PWQ A; 2OY2 A; 4DF9 A; 1Y0V A; 4WF6 A; 3EDI A; 4G0D A; 1BQO A; 5BPA A; 1BKC I; 2O36 A; 1BUV M; 1D8M A; 1UTT A; 1MMB A; 2OW1 A; 1GE5 A; 1CGL A; 3WV2 A; 2OVZ A; 4XBH A; 5LAB A; 2HU6 A; 4HMA A; 2C8A A; 5D7W A; 1JAO A; 1HFS A; 1R54 A; 1GXY A; 1GZE A; 1UZI A; 1KUH A; 2RJP A; 2WO8 A; 2W0D A; 2DW1 A; 1C3I A; 1CGF A; 1Y8J A; 1KAP P; 2DDF A; 4J4M A; 4PKU A; 4QKZ A; 3NX7 A; 4WZV A; 4PKW A; 3USN A; 1BUD A; 1OG1 A; 1XUR A; 2OW0 A; 1KUG A; 4XSG B; 5B5O A; 2ERP A; 3DTI A; 3LEA A; 1XFY A; 4GY2 A; 3LUN A; 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