The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
197
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sequence length |
532
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structure length |
532
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Chain Sequence |
MHIDNIENLSDREFDYIVVGGGSAGAAVAARLSEDPAVSVALVEAGPDDRGVPEVLQLDRWMELLESGYDWDYPIEPQENGNSFMRHARAKVMGGCSSHNSCIAFWAPREDLDEWEAKYGATGWNAEAAWPLYKRLETNEDAGPDAPHHGDSGPVHLMNVPPKDPTGVALLDACEQAGIPRAKFNTGTTVVNGANFFQINRRADGTRSSSSVSYIHPIVEQENFTLLTGLRARQLVFDADRRCTGVDIVDSAFGHTHRLTARNEVVLSTGAIDTPKLLMLSGIGPAAHLAEHGIEVLVDSPGVGEHLQDHPEGVVQFEAKQPMVAESTQWWEIGIFTPTEDGLDRPDLMMHYGSVPFDMNTLRHGYPTTENGFSLTPNVTHARSRGTVRLRSRDFRDKPMVDPRYFTDPEGHDMRVMVAGIRKAREIAAQPAMAEWTGRELSPGVEAQTDEELQDYIRKTHNTVYHPVGTVRMGAVEDEMSPLDPELRVKGVTGLRVADASVMPEHVTVNPNITVMMIGERCADLIRSARAG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of choline oxidase in complex with the reaction product glycine betaine.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Oxidoreductase
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| source organism |
Arthrobacter globiformis
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| molecule keywords |
Choline oxidase
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| total genus |
197
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| structure length |
532
|
| sequence length |
532
|
| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature |
ec
1.1.3.17: Choline oxidase. |
| pdb deposition date | 2013-09-04 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00732 | GMC_oxred_N | GMC oxidoreductase |
| A | PF05199 | GMC_oxred_C | GMC oxidoreductase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Arc Repressor Mutant | Arc Repressor Mutant | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Cholesterol Oxidase; domain 2 | Cholesterol Oxidase; domain 2 | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(bba) Sandwich | FAD/NAD(P)-binding domain | FAD/NAD(P)-binding domain | ||
| Few Secondary Structures | Irregular | Glucose Oxidase; domain 2 | Glucose Oxidase, domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3UKF A; 4ECH A; 4X9N A; 1TDF A; 4C3X A; 2DKH A; 2GRT A; 1E1M A; 2EQ7 A; 4YWO A; 2YLW A; 1L9C A; 1Q1R A; 1CJ3 A; 2VVM A; 3SGL A; 2B9X A; 1CC4 A; 4XXG A; 4U8M A; 4GRT A; 4ZN0 A; 1VG0 A; 1D7Y A; 4UDP A; 1GES A; 1F3P A; 2YAU A; 2APG A; 1LPF A; 2VQ7 A; 3NN0 X; 2Z5X A; 4PAB A; 4E0V A; 4N9X A; 1GER A; 2YLT A; 5IPY A; 4UDQ A; 3AWI A; 3F8R A; 1EBD A; 1KNR A; 2XDO A; 3NRN A; 1QJD A; 1ZMC A; 5M0Z A; 5IQ1 A; 4FX9 A; 3UKL A; 5C2T A; 4YTN A; 1KDG A; 2CDU A; 3O0H A; 2WEU A; 4OPC A; 4H50 A; 3CNP A; 2QAE A; 2VQB A; 3GDN A; 3BI5 A; 4AP1 A; 4J31 A; 3C4N A; 3LXD A; 1B37 A; 2E1M A; 2OLN A; 2R4E A; 2WES A; 4H2N A; 4DSG A; 5KOX A; 4H7U A; 4X9M A; 3NYF A; 2GEW A; 2C66 A; 2X8G A; 2TMD A; 2A8X A; 4XWR A; 4Z44 A; 5BUK A; 2HQM A; 4J56 A; 1BF3 A; 3K7Q X; 3PO7 A; 2GF3 A; 2XLU A; 2VVL G; 3CIR A; 4H4R A; 1P2E A; 1K0I A; 3VRA A; 1KSU A; 1RYI A; 4BK3 A; 5BRT A; 4IVO B; 3KVE A; 4H4W A; 4OPT A; 1GOS A; 3AD9 B; 1L0V A; 3ISH A; 1NHP A; 1O94 A; 3CGB A; 1CJ2 A; 3EAO A; 1GND A; 4Y4L A; 2C73 A; 4B66 A; 2TPR A; 4YTM A; 4EIP A; 1DXL A; 3CTY A; 3UTG A; 2XLS A; 3DA1 A; 3DK9 A; 3DME A; 4U2T A; 3G5Q A; 4OVI A; 2BK3 A; 3NH3 X; 2Y6Q A; 4C74 A; 3VR8 A; 4AOX A; 2QA2 A; 1ZOY A; 1F6M A; 1PJ6 A; 3CNS A; 3DK8 A; 4X4J A; 1OJD A; 3NLC A; 4LU6 A; 1LTX R; 2WDV A; 3P4S A; 1D4D A; 3ALL A; 1ELI A; 3ICR A; 3P4Q A; 1OJC A; 4GUV A; 3GYI A; 4CCR A; 2FJD A; 4MJW A; 3D1C A; 4B1B A; 3EPT A; 5JCL A; 5U63 A; 3LOV A; 3SFE A; 4ZCD A; 4ZCC A; 1CC6 A; 3CPJ G; 4H4Y A; 2WOV A; 4USQ A; 3UTF A; 2WP9 A; 4NTE A; 3VR9 A; 1XHC A; 4O5Q A; 3RP7 A; 2GQW A; 1E1K A; 1ONF A; 4B64 A; 3NN6 X; 1ZOV A; 1PN0 A; 1TDN A; 3ADA B; 3CN8 A; 1TYT A; 3B3R A; 5BUL A; 3EAN A; 5KOW A; 4AT2 A; 1H86 A; 1N4W A; 3FIM B; 2YWL A; 3UKH A; 1NG4 A; 4BUR A; 3ALM A; 4K22 A; 1QLB A; 3CGE A; 1PXC A; 1H6V A; 3DK4 A; 4KX6 A; 4IVM B; 3SM8 A; 1PBC A; 2NVK X; 1NHQ A; 1CHU A; 2R9Z A; 2V3A A; 3ICS A; 3CND A; 2GMJ A; 1D4C A; 3BHK A; 3F8P A; 2I0Z A; 4J57 A; 1CJC A; 1NEK A; 4ADW A; 1H83 A; 3URH A; 1O95 A; 1NPX A; 2IVE A; 4REK A; 1KSS A; 1GV4 A; 1ZX9 A; 2BK4 A; 4H2P A; 4DSH A; 1YKJ A; 2F5Z A; 3QJ4 A; 1FOH A; 2YLS A; 2BS3 A; 3V76 A; 1VQW A; 1Q9I A; 2YVG A; 4LII A; 3NK0 X; 4NEW A; 2V3B A; 3L1R A; 1E1N A; 3NKS A; 2JBV A; 4YSH A; 4NTC A; 3DH9 A; 3BI2 A; 2GAH B; 2WP6 A; 2YQU A; 1JU2 A; 1KFY A; 2VRM A; 2XVF A; 2YLZ A; 3QVR A; 3AE1 A; 2ZZC A; 3GD4 A; 3G5R A; 4H4Z A; 4OPU A; 4H4V A; 1NEN A; 5HYM A; 1Y0P A; 3BNU A; 3S61 A; 1EL8 A; 4OPG A; 2WOI A; 4A9W A; 4CY6 A; 3B6D A; 3GMC A; 4H4X A; 1GT8 A; 3QSM A; 5ER0 A; 3AD7 B; 3AD8 B; 1B8S A; 1ZMD A; 3ALJ A; 2Z5Y A; 3LB8 A; 1PXA A; 4WX1 A; 5KVI A; 5CKU A; 4AP3 A; 2WET A; 4WCT A; 2PHH A; 2RGJ A; 3CGD A; 3GD3 A; 2X8C A; 3ATQ A; 4TLX A; 2VRL A; 2GMH A; 3FG2 P; 3QVP A; 2C65 A; 3DJJ A; 2WHD A; 4EMI A; 5KXJ A; 1GRT A; 1GTE A; 3P4P A; 3GSI A; 1ZKQ A; 1GTH A; 2GR1 A; 1W4X A; 3AED A; 3SQP A; 2B9Y A; 2NPX A; 4JDR A; 3K7M X; 1MXT A; 1BWC A; 2ZBW A; 3UCL A; 4EMJ A; 4H4P A; 3RED A; 2B76 A; 4EIQ A; 1FEA A; 3KD9 A; 3GWD A; 3KPF A; 1D7L A; 2YVJ A; 3CGC A; 4H4U A; 2IID A; 2XFU A; 1IUT A; 1EL9 A; 2A87 A; 1OJ9 A; 2WOW A; 2XVI A; 3NGC X; 4NTD A; 4EQX A; 1LQT A; 3RHA A; 1PHH A; 4Z2U A; 3G5S A; 3QSS A; 1GXF A; 1L9D A; 4OPL A; 4GDP A; 1PDH A; 1XAN A; 4RG4 A; 4HA6 A; 4B67 A; 1LVL A; 1JRY A; 1IUU A; 1NHR A; 3F8D A; 4A7A A; 2X50 A; 3S5W A; 1PJ7 A; 4BK1 A; 4K7Z A; 1IUW A; 4U8N A; 2WS3 A; 4BJY A; 1S3B A; 2WQY A; 3IHG A; 4U8J A; 1S2Y A; 1BGN A; 1F8S A; 3DGH A; 2EQ6 A; 4A6N A; 4OPD A; 3H8I A; 1ZP0 A; 4B63 A; 2BXS A; 3AE6 A; 2XLP A; 5IQ4 A; 2RGH A; 1BKW A; 2EQ8 A; 5C3J A; 1IUX A; 2QA1 A; 1DJQ A; 1F8R A; 2XYO A; 3DJG X; 4OCG A; 4AT0 A; 4D04 A; 3NK1 X; 3H4K A; 1KF6 A; 2JK6 A; 3GMB A; 2Q7V A; 5HXI A; 1IJH A; 4C3Y A; 2BK5 A; 2BC0 A; 5L46 A; 1GRF A; 2YR4 A; 3NTD A; 4K8D A; 5KRQ A; 1KNP A; 4JNA A; 1OJA A; 4I59 A; 3QFB A; 4FK1 C; 2YG6 A; 1QO8 A; 4TM0 A; 5BVA A; 4JQ9 A; 4I58 A; 4IA5 A; 2R0C A; 2B7R A; 2R0P A; 4XWZ A; 3CPH G; 3D8X A; 4U8I A; 3P9U A; 2CUL A; 3AEB A; 4TLZ A; 2O9Z A; 2C64 A; 3GWF A; 2IVD A; 1D5T A; 5KVH A; 2QCU A; 5FS9 A; 1EL7 A; 3UP5 A; 1XPQ A; 3Q6J A; 4NEV A; 4YKF A; 3JSK A; 2YLX A; 4EQW A; 1NG3 A; 2WPE A; 1Y56 A; 2PYX A; 3I6D A; 2BYB A; 3RNM A; 2X8H A; 1TDK A; 1PBD A; 1K4Q A; 4C77 A; 1GRE A; 3FBS A; 1AOG A; 1NHS A; 3KU9 A; 1TDO A; 2JKC A; 4U8P A; 3UKP A; 1COY A; 1YQ3 A; 1FCD A; 1EL5 A; 4K5S A; 2V60 A; 1O5W A; 3NTA A; 2FJA A; 2BAB A; 4YSX A; 4AOS A; 1D4E A; 2XFP A; 4J2W A; 1PBF A; 2V6O A; 3OZ2 A; 2YG5 A; 4GR1 A; 4K5R A; 1CBO A; 1GRB A; 2B7S A; 2VOU A; 3UTH A; 1HYU A; 4CCQ A; 4DGK A; 3SFD A; 1JRZ A; 3AEG A; 1DJN A; 1VDC A; 1Y56 B; 4U2S A; 4J36 A; 3IWA A; 4M52 A; 2XVJ A; 3FMW A; 2XVE A; 3GYJ A; 4UDR A; 4JY3 A; 4U8O A; 3IC9 A; 3NIX A; 2YG3 A; 4YXD A; 4GCM A; 4EQS A; 4TM4 A; 2OLO A; 2J3N A; 2VVL A; 3DJD A; 5FS7 A; 1Z6L A; 3VRD B; 4B69 A; 2R45 A; 4EMW A; 2AR8 A; 4LA1 A; 2AQJ A; 2BCG G; 2Q0K A; 3AE4 A; 3I3L A; 1H7W A; 1H81 A; 4JN9 A; 4J34 A; 2C3C A; 2RGO A; 2GH5 A; 1DOD A; 1VRQ B; 4EM4 A; 2WBA A; 4H2R A; 5J60 A; 4U2L A; 5KWF A; 4K2X A; 2Y6R A; 1UKV G; 4O5U A; 3BI4 A; 2ACZ A; 1FEB A; 2BCP A; 3QFA A; 2YG4 A; 4Z26 A; 1N4U A; 4YTP A; 3OC4 A; 1NDA A; 5J7X A; 1S3E A; 2WP5 A; 4A99 A; 4CNJ A; 2VZ2 A; 3PS9 A; 1JNR A; 4BJZ A; 1ZDL A; 4EM3 A; 2FJE A; 4KPR A; 3EF6 A; 3AXB A; 3NT6 A; 2C75 A; 2C67 A; 2Q0L A; 1BZL A; 1Q1W A; 1JEH A; 3NNE A; 1OJT A; 3E1T A; 2GVC A; 3KA7 A; 3PVC A; 1DNC A; 4A65 A; 3AEA A; 3C96 A; 1PBE A; 1JRX A; 1TDE A; 3LZW A; 4TM3 A; 2BXR A; 2R46 A; 3UOY A; 2EQ9 A; 3UOZ A; 1PS9 A; 2C3D A; 2JAE A; 2FBW A; 1IUV A; 2WU5 A; 3AE9 A; 2GQF A; 3RP6 A; 1N1P A; 4Z43 A; 4YSZ A; 5EB5 A; 3VRB A; 2BS4 A; 3AEE A; 3UTE A; 2C76 A; 5U1O A; 4USR A; 2JB3 A; 3ITJ A; 3M13 A; 3QSE A; 4ICY A; 3UP4 A; 3NYE A; 2GAG B; 1DOE A; 2CVJ A; 1LJ1 A; 3AYL A; 1M64 A; 1BGJ A; 3K30 A; 3AE5 A; 2XLT A; 3T37 A; 4YKG A; 3AYJ A; 5EBK A; 2YVF A; 4U8L A; 2BA9 A; 4PAA A; 3GDP A; 4U8K A; 2XFQ A; 3FPZ A; 1CL0 A; 2FJB A; 2CFY A; 2WDR A; 4YSY A; 5JCK A; 3BHF A; 1V59 A; 1YY5 A; 2YG7 A; 3ZDN A; 1K0J A; 4BK2 A; 1XDI A; 5HY5 A; 3H8L A; 2H88 A; 3CNT A; 3M12 A; 4Z2R A; 2DKI A; 3KLJ A; 3AYI A; 2WPF A; 4Z2T A; 1CJ4 A; 5EB4 A; 2B9W A; 4RSL A; 3CPI G; 5FS8 A; 4CBQ A; 5LV9 A; 1LV0 A; 2XFN A; 1CC2 A; 2XFO A; 1YQZ A; 1PXB A; 1FEC A; 1CF3 A; 5CQF A; 4DNA A; 2C7G A; 1NAA A; 4B68 A; 3AEF A; 5GSN A; 2ZZ0 A; 2ZZB A; 3BNM A; 4GF7 A; 4HB9 A; 3UKA A; 1PBB A; 1RP0 A; 2WPC A; 1H84 A; 1L9E A; 5JCI A; 2WDQ A; 1ZK7 A; 2GR3 A; 3DGZ A; 3GRT A; 3ATR A; 3UKQ A; 3NG7 X; 2BAC A; 3NHO X; 3RP8 A; 3COX A; 2X3N A; 3ABV A; 2JB1 A; 4IV9 A; 3UOX A; 4A6N B; 4FK1 A; 2C72 A; 4H4T A; 1YQ4 A; 4JNQ A; 4TM1 A; 1X31 B; 3P1W A; 1M6I A; 2YM1 A; 1P2H A; 1REO A; 2GR2 A; 2YR6 A; 4GDE A; 2OA1 A; 3LJP A; 3AE3 A; 3NK2 X; 4H4S A; 4IA6 A; 2OAL A; 3K7T A; 4A79 A; 4CRT A; 2GR0 A; 2X99 A; 1E6E A; 4CY8 A; 4FDC B; 1ZY8 A; 3II4 A; 4C5O A; 1E39 A; 1GRG A; 4JY2 A; 4A5L A; 3P4R A; 1GAL A; 3CNJ A; 1E1L A; 2C70 A; 2WU2 A; 1MOK A; 4P9S A; 5JCN A; 1GRA A; 4CNK A; 4OPI A; 4UP3 A; 1H7X A; 2YR5 A; 4RG3 A; 4Y4M A; 1DOB A; 2BS2 A; 1N4V A; 3KKJ A; 5JCM A; 2E5V A; 2OAM A; 3IHM A; 2JB2 A; 3VQR A; 5FMH A; 1TRB A; 1GET A; 1JNZ A; 2Q6U A; 4Y4N A; 1RSG A; 3R9U A; 5HHF A; 5EOW A; 3HZL A; 1B4V A; 1GEU A; 2XCG A; 3LAD A; 3ZYX A; 1S2Q A; 1E7P A; 2R4J A; 3UOV A; 2YM2 A; 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