The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
31
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sequence length |
134
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structure length |
131
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Chain Sequence |
b'SIIRFSVSLQQNLLDELDNRIIKNGYSSRSELVRDMIREKLVEDNWNPNDESKIAVLVVIYDHHQRELNQRMIDIFHASGTHVLCTTHIHMDEHNCLETIILQGNSFEIQRLQLEIGGLRGVKFAKLTKAS'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
PUTATIVE NICKEL-RESPONSIVE REGULATOR
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| publication title |
Structural and Mechanistic Insights Into Helicobacter Pylori Nikr Activation.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Helicobacter pylori
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| molecule tags |
Transcription
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| total genus |
31
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| structure length |
131
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| sequence length |
134
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-10-16 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01402 | RHH_1 | Ribbon-helix-helix protein, copG family |
| A | PF08753 | NikR_C | NikR C terminal nickel binding domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Arc Repressor Mutant | Met repressor-like | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | ACT-like. Chain A, domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1X93 A; 2K1O A; 2BA3 A; 1B28 A; 3QOQ A; 3GXQ A; 1U9P A; 3PHT A; 3VEB A; 2PC6 A; 3BKF A; 2H1O E; 1BDV A; 1P94 A; 3LGH A; 2CAX A; 2BJ8 A; 2WVF A; 2WVE A; 4HV0 A; 2K29 A; 2BNZ A; 1B01 A; 3FT7 A; 2AY0 A; 2BJ3 A; 2K9I A; 2JXG A; 2K5J A; 3BKU A; 4ME7 E; 2CAD A; 1Q5Y A; 2JXH A; 2NZC A; 1MNT A; 1EA4 A; 2FGC A; 1IRQ A; 3QSI A; 3VW4 A; 1MYL A; 2BJ1 A; 2GPE A; 2WVD A; 1QTG A; 1BDT A; 1PAR A; 2BSQ E; 2Y3Y A; 2BJ7 A; 3VEA A; 2RBF A; 2KEL A; 1Q5V A; 1ARQ A; 2WVC A; 1BAZ A; 2BNW A; 2F1F A; 2HZV A; 2JXI A; 4FXE A; 2CA9 A; 2K6L A; 3FMT A; 2CPG A; 3H87 C; 1NLA A; 2BJ9 A; 2CAJ A; 3OD2 A; 4D8J A; 1ARR A; 2WVB A; 1MYK A; 3BKT A; 2HZA A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3FBC A; 3SFG A; 4Q7A A; 1GXU A; 3SCI E; 1WTB A; 1KWM A; 3IR7 B; 5KFN A; 3PHE A; 2QC3 A; 1QY7 A; 1HMV A; 2YNG A; 5IC6 B; 1JLQ A; 3OR1 B; 3NNA A; 1RKJ A; 5F8J A; 4DFM A; 4B3M F; 2OPQ A; 4ZCL A; 4Y2A A; 3NXZ A; 3N4W A; 5CAB A; 1RWV B; 3SV3 A; 4AUK A; 1KKH A; 4DR2 F; 2MQL A; 1RI7 A; 2RU3 A; 1MNE A; 1DQA A; 4M5I A; 3G82 B; 5CYJ A; 2BE9 B; 3G6V A; 3A3O B; 4CLP A; 4N8O A; 3NS6 A; 2YWK A; 5B09 A; 4IR1 A; 2C3Y A; 1S7H A; 3QBC A; 3SIP B; 3M2R B; 1F5B A; 5KT6 A; 2GHW A; 3GMG A; 3ZZZ A; 4ZIW A; 3DRY A; 2OUG A; 4DSI A; 3CO9 A; 1S9E B; 1YJW S; 4URG A; 4TY8 B; 2F9D A; 1U02 A; 2FHO B; 1YBU A; 3KMQ A; 4JI2 J; 3K7R A; 2DGT A; 2V68 A; 1RT4 A; 3CW2 C; 2B8P A; 2I5J A; 2HHS A; 2F5G A; 1NDC A; 1W25 A; 3EVM A; 4M94 A; 3OPK A; 4LF8 F; 2QL7 B; 4A8X A; 2OMO A; 2FVS A; 3JYT A; 1FXR A; 2V9K A; 3MFI A; 5DZ6 A; 3QJJ A; 5B08 A; 4PG6 A; 4ECV A; 2O66 A; 1U1O A; 2PMZ D; 1IBK J; 1HNZ F; 3CCR S; 4DV6 F; 1FCA A; 1DRZ A; 2GGP A; 4F50 A; 4LRB A; 3V6H A; 3KNG A; 3ZTP A; 4M5D B; 4H4M B; 1HI0 P; 1PAR A; 1VLO A; 2LYV A; 4JI7 F; 5DLF A; 1XER A; 1YTY A; 1LV5 A; 3MPU B; 2IM1 A; 5B0C A; 3HK2 A; 1A0O B; 5IS2 A; 3GIK A; 1HPZ B; 2ASY A; 1S1V A; 2BAC A; 3W62 A; 2Y1L B; 1DTT B; 1Y5I B; 5JXS A; 2RRN A; 3VTI A; 1EP4 A; 4QW9 A; 4LFC J; 4I56 A; 3EPG A; 2VFU A; 1QSL A; 4NI2 A; 1HIY A; 4DR1 F; 1YJR A; 1T9V A; 2J9D A; 1KLM A; 2DPJ A; 2W4D A; 5A2Q U; 4WK1 A; 4QZV B; 1ZM4 A; 4ZIT A; 1V5I B; 2QTW A; 3NWG A; 3TR5 A; 2BKN A; 4PUO B; 1DLO B; 2M3D A; 3D1H A; 1CJU A; 1RJJ A; 2BNZ A; 4KRW A; 1SKS A; 1XJW B; 3NS5 A; 1KHW A; 4B3O A; 3PW0 A; 1S1T B; 3FQL A; 4K0K J; 2MDA A; 3HHK A; 3IR5 B; 1YRU A; 2OSQ A; 3VW4 A; 3MMA B; 1U1L A; 4CLF A; 3MF5 A; 2GQC A; 2FY1 A; 4HAC A; 1HBO B; 2C22 A; 1ICE B; 2J76 E; 2G2O A; 2XLK A; 1UA0 A; 2BVZ A; 5GAG U; 5H9E J; 2NYH A; 2BE7 D; 1Q0N A; 1JXE A; 5AJ3 F; 3PDN A; 1PO6 A; 4LF4 F; 2HWT A; 3M32 B; 3M6U A; 3UD5 A; 3R5A A; 1TL1 B; 2D1C A; 4DQI A; 3KUG A; 4HT5 A; 4KBI A; 4RW7 B; 4CO3 A; 2J0W A; 3I87 A; 2FYX A; 2MY8 A; 3MZI A; 1RT6 A; 4AL5 A; 1TK5 A; 2HHU A; 4O3P A; 4R8U B; 4A8K A; 1KTQ A; 3FZ2 A; 4K8R A; 5HJX A; 5F0W A; 1NME B; 1S1W A; 2EG1 A; 1L3S A; 5KFP A; 3OSN A; 2L41 A; 3BN4 A; 3FCW A; 1NHV A; 2XM3 A; 3SCK E; 2OSR A; 3PCO B; 2JDJ A; 5D4L A; 3CGI A; 3GV5 B; 2RBF A; 1QE1 B; 3IBW A; 4EWT A; 3IS9 B; 1IXK A; 4LVN P; 1QUP A; 4DXL A; 3EM1 A; 3DRR A; 1B99 A; 5HK4 A; 3I6P A; 3S8S A; 2RS8 A; 4P72 A; 2GHP A; 1AUD A; 3FK4 A; 1KON A; 3G2X A; 4IFV B; 2BE2 A; 3C6U A; 4X4Q A; 2IBK A; 1RWP B; 2XMM A; 1NAQ A; 2CNN B; 4X4N A; 3BN7 A; 4NCG B; 2WVE A; 1JLE B; 4B08 A; 4DPU A; 2ZH3 A; 1QTN B; 1KVK A; 3CC2 S; 2JEF A; 2VBZ A; 3VF0 B; 3PIP Q; 3D67 A; 3H20 A; 4PYD A; 4TU8 A; 4CT8 A; 3HKZ D; 4IOC Q; 1WF0 A; 4QYR A; 3Q8Y A; 1VQ9 S; 4LBP A; 1TL7 B; 4CLL A; 4IDK A; 4OX9 J; 4ZVG A; 3RB0 A; 4UQG A; 1U2R A; 5IWA F; 4QOT A; 2FIU A; 3UCG A; 4KGX B; 5F8H A; 3VGT A; 2D3U A; 2NYI A; 1NUE A; 3D6M B; 3PR4 A; 1R7I A; 3RR7 A; 3DGP B; 4FKY A; 2KFZ A; 3I5B A; 3R5B A; 5C24 A; 1GK8 A; 2DTJ A; 2Q43 A; 2QT7 A; 3CDE A; 2BW2 A; 3ICL A; 1V3S A; 3DHW C; 4RUH A; 2ZKU A; 3M30 A; 3FCV A; 4FS1 A; 3ZZR A; 1T05 B; 1VIS A; 4DV0 F; 1CC8 A; 3OR2 A; 3TZX A; 2IRX A; 5EWE A; 1HWJ A; 2CIM A; 2RF2 B; 1WC4 A; 3V2U C; 4NL5 A; 2VIH A; 3AD8 C; 1G4C A; 1X4G A; 2UXC J; 2CAD A; 3Q89 A; 4IKA A; 2KM8 B; 1JLG B; 2KG0 A; 1JLC B; 1VBY A; 3R7S B; 4M5K A; 3MWB A; 1CJT A; 2GML A; 2I6W A; 4HHU A; 5FDL A; 3E3X A; 1ZOT A; 1JLF A; 2QZ8 A; 3KLH A; 5B0D A; 4KJI A; 5E7O B; 3HD2 A; 2MGZ B; 1BC6 A; 3DXB A; 3TA1 A; 3V4I B; 4B9V A; 3L9Z A; 1VQ5 S; 4OYP A; 3M8Q A; 3HHL D; 2CPG A; 4U7U D; 4LBI A; 3BSO A; 5CHC B; 4NLV A; 1NLA A; 2R8H A; 3JTP A; 1GXL A; 2XI3 A; 2CG8 A; 3M2U A; 5J2Q A; 3BZQ A; 1N5S A; 5KFV A; 4MJK A; 1OJ4 A; 1ZPW X; 4FPR A; 4TQR A; 2MZS A; 2HS0 A; 1MYK A; 3HVA A; 3W8P A; 3W5Z A; 2DR6 A; 3UVJ A; 2FTR A; 4UT4 A; 2AJ2 A; 1Y5L B; 1H0H B; 3OLB A; 3V6K A; 1GXT A; 2OO4 A; 2HEK A; 3ZTO A; 3M8Z A; 1Y11 A; 1UEU A; 4C9D A; 4NOH A; 1SJ1 A; 3VAH A; 5DQG A; 5EGY A; 2BM0 A; 1U24 A; 2HAF A; 2B4P A; 4BBY A; 2ZBI A; 2LU1 A; 4K4T A; 5KT7 A; 5BJR A; 2V94 A; 5CYM A; 1N8R T; 4NPO A; 4CYU A; 4WCE Q; 2C1E B; 2P9C A; 2X51 A; 1N88 A; 5GAH U; 1KP6 A; 5LXY A; 4K5R A; 1RAG B; 3NNH A; 1IBM J; 2UP1 A; 2VQF J; 1C0T A; 4KHM A; 4LF5 J; 4P73 A; 4J9Q A; 3TUP A; 3BR9 A; 3NBP B; 2F1F A; 1BQM A; 1TKT B; 3FUY A; 3D5M A; 5F8G A; 4F3O A; 3RYL A; 3I0R A; 2UUB J; 2DK2 A; 4MFB B; 4YDX A; 3MM9 B; 4K4Y A; 2UUA J; 2COL A; 3O6Q A; 2GZO A; 2F7V A; 2OD4 A; 3BBC A; 3MMB A; 4NAS A; 3P3D A; 4TLQ A; 4KGZ B; 5IQ6 A; 1XTZ A; 2VDI A; 1RHU B; 3DYA A; 4JI8 J; 2Q1L A; 1KQF B; 3W2V A; 1TVR B; 4MK7 A; 1FI4 A; 2XS7 A; 3MUM P; 2V50 A; 3NGR A; 1F9E B; 3D3C J; 4BC9 A; 4L74 A; 1VYA A; 1NK7 A; 3KNA A; 1IJF B; 2CPI A; 1O51 A; 1SC4 B; 4CM2 A; 4ECZ A; 2ASL A; 5LJ3 Y; 4HYK A; 2P5V A; 5GAE U; 4CLY A; 5L8R C; 5A0Y B; 2AX1 A; 3KWM A; 4CM0 A; 2LEA A; 4A8F A; 2W9B A; 1TU0 B; 5F8L A; 5I3U A; 2VIC A; 4WP9 A; 3MXH P; 1R89 A; 2V8H A; 3KMS A; 2P6T A; 1VMB A; 2EPI A; 1SVD A; 1MRO B; 4JP8 A; 1WJ9 A; 1X9W A; 2V6A A; 4ZVF A; 4NEY A; 2ZUG A; 3K5P A; 1WOS A; 3TA2 A; 1N54 B; 1Y9O A; 4OZJ A; 4G3I A; 1HNV A; 1S1X B; 3JSR A; 1VQO S; 4P2X A; 4F0M A; 1VQL S; 5BYR A; 3VR1 A; 2F63 A; 1RHQ B; 2WSE C; 2K1R B; 4A4J A; 1ZM2 A; 2CPJ A; 1AFJ A; 4ERD A; 2AZ3 A; 2HNY B; 1YQH A; 2I38 A; 2JRS A; 1BDV A; 4KO0 B; 4J9V A; 4RNM A; 4PAB A; 2H48 B; 3G96 A; 1Q16 A; 3T1H F; 1VRT B; 1M5O C; 1NSK L; 1OHN A; 3IG1 A; 1JX4 A; 2YNI B; 2OEM A; 3D54 A; 3FT7 A; 4PWW A; 1H98 A; 2CPY A; 1F3V A; 4ECU A; 4FKX A; 2EFV A; 4CLS A; 3DOK B; 4OI3 A; 1OQ3 A; 5KFE A; 4GKJ F; 2JC0 A; 3TEG A; 3WC2 A; 2BSQ E; 1QJH A; 4CT9 A; 2HQI A; 3T5J A; 2XMW A; 3QSY B; 1RT5 A; 3TA0 A; 1TUG B; 4WKY A; 5JMN A; 4X84 A; 2DNN A; 2QG9 B; 1JNZ B; 3KLG A; 4OZL A; 1K8A T; 3VVU A; 2U1A A; 4ZIV A; 4F4W A; 3HXM A; 4WP3 A; 1EIY B; 4OZ1 A; 3T6J A; 2IM0 A; 2WSF C; 3PY8 A; 4BS2 A; 4OV1 A; 4NLO A; 3AD7 C; 1QAX A; 1PBA A; 1YG0 A; 4B02 A; 3KTQ A; 1AA1 B; 2PI5 A; 2PE8 A; 1F5C A; 5D78 A; 2AYE A; 2HFO A; 2LFV A; 3HSG A; 4KV8 B; 3BSA A; 3D66 A; 4LIW A; 3NOC A; 3IR7 A; 4NLY A; 3KLE B; 4LMZ A; 3W9J A; 1IRQ A; 4ED4 A; 2F8H A; 2XY6 A; 1U7L A; 4Y65 A; 3QQC D; 1NHK L; 5A8W B; 1B0V A; 3OR1 A; 2IJF A; 2W8K A; 3ONQ A; 2FLN A; 2KEL A; 4PQU B; 4JV2 A; 2B4U A; 4YS2 A; 2KJW A; 5KG7 A; 3D0G E; 2CJA A; 1MW7 A; 2MQP A; 4J5O A; 4MYU A; 4P7V A; 5HN0 A; 3DMJ B; 4J9S A; 2EVZ A; 4DQR A; 2D7S A; 1KQS R; 5HJY A; 2O67 A; 3NGU A; 2K7K A; 2DGV A; 4RO0 A; 2LMI A; 2ZH2 A; 1H2V Z; 5D0R A; 3G82 A; 3CDB A; 4CP5 A; 1Z1Z A; 5D8H B; 4DPX A; 4A8Q A; 3M2R A; 1RHK B; 4WYL A; 3OTD A; 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