The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
50
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sequence length |
202
|
structure length |
202
|
Chain Sequence |
MFTGLVEAIGVVKDVQGTIDNGFAMKIEAPQILDDCHTGDSIAVNGTCLTVTDFDRYHFTVGIAPESLRLTNLGQCKAGDPVNLERAVLSSTRMGGHFVQGHVDTVAEIVEKKQDGEAIDFTFRPRDPFVLKYIVYKGYIALDGTSLTITHVDDSTFSIMMISYTQSKVIMAKKNVGDLVNVEVDQIGKYTEKLVEAHIADW
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Studies on the Reaction Mechanism of Riboflavin Synthase; X-Ray Crystal Structure of a Complex with 6-Carboxyethyl-7-Oxo-8-Ribityllumazine
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Riboflavin Synthase
|
| molecule tags |
Transferase
|
| source organism |
Schizosaccharomyces pombe
|
| total genus |
50
|
| structure length |
202
|
| sequence length |
202
|
| ec nomenclature |
ec
2.5.1.9: Riboflavin synthase. |
| pdb deposition date | 2002-02-07 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00677 | Lum_binding | Lumazine binding domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 | Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 | ||
| Mainly Beta | Beta Barrel | Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 | Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1E1Q A; 4TSF A; 4YXW A; 1NBM A; 2JDI A; 2JJ2 A; 3A3G A; 3OEE A; 1HZE A; 3OFN A; 2CK3 A; 2WPD A; 2WSS A; 3GVL A; 4Z1M A; 1KMH A; 3A3B A; 1FX0 A; 2JJ1 A; 1BMF A; 2XND A; 4G6I A; 1EFR A; 1W0K A; 2JIZ A; 2W6I A; 1KZL A; 1E79 A; 5DN6 A; 1H8H A; 2W6J A; 3GQB A; 3JU4 A; 3FKS A; 5CDF A; 1MAB A; 1W0J A; 3GVK A; 4TT3 A; 4FXU A; 5FL7 A; 5IK2 A; 3OE7 A; 3A35 A; 1SKY B; 5HKK A; 1OHH A; 4ASU A; 1V0E A; 4E0F A; 4HIZ A; 3DDY A; 1I8D A; 1H8E A; 1E1R A; 1COW A; 3OEH A; 1I18 A; 1PKV A; 3OAA A; 4GQN A; 3ZIA A; 3GVJ A; 1V0F A; 3VR6 A; 2R9V A; 2HLD A; 2XOK A; 4XD7 A; 2V7Q A; 2QE7 A; 2F43 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1GR1 A; 2AHO A; 2JJ2 A; 3FJO A; 3CW2 A; 3E1Y E; 2OYN A; 3BY2 A; 4RD3 A; 4YAL A; 4XLF A; 4B4D A; 2XND A; 3A1P A; 3MCA A; 3FPK A; 3B8H A; 4CQJ A; 1QFJ A; 1SM4 A; 1XFO A; 1Y0Y A; 1FNB A; 2CC2 A; 3I1F A; 4U9U A; 5IK2 A; 1QUE A; 3A35 A; 4XR6 A; 1KD1 D; 4P9S A; 1V5V A; 4OOX A; 2Q6L A; 2EFG A; 3VO1 A; 2YWE A; 1MRZ A; 3CCV B; 1DAR A; 2BN4 A; 4XNF A; 4BPR A; 1JJ2 B; 3U6B A; 1OB2 A; 4XN3 A; 1WPC A; 3QFC A; 3J81 k; 4X7C A; 3T56 B; 3OKX A; 2QEX B; 3ZBU A; 3FPP A; 3PVD A; 1FND A; 2C77 A; 1OGI A; 2JDI A; 5F4J A; 3I56 B; 4UAJ A; 4XLH A; 3AGP A; 4X06 A; 1Q7Y D; 1YJ9 B; 4F7D A; 1EP2 B; 3D26 A; 1UD6 A; 4TMT A; 5GV7 A; 1JA0 A; 4RD0 A; 4KKU A; 2C2W A; 3Q3A A; 1AIP A; 2BPO A; 2VNI A; 5GV8 A; 5FL7 A; 3T53 B; 2QN6 A; 3VMF A; 2NV4 A; 3QFS A; 1CQX A; 3CPX A; 3SEJ A; 4XQF A; 4M2L A; 3OEH A; 4PC6 A; 4XOP A; 1DDI A; 3OZV A; 4P3I A; 3ZC3 A; 1VQK B; 4HE5 A; 3GVJ A; 4Z4U A; 1QG0 A; 2V7W A; 4H9G A; 5IYQ A; 4N3N A; 1N06 A; 2BM0 A; 4B43 A; 1IJF A; 1VQO B; 1ZM9 A; 4MYT A; 4Z4Z A; 4QUZ A; 1G7S A; 2VZL A; 3OPO A; 1WSR A; 1OB0 A; 2HDN B; 3OJW A; 3CCR B; 3OZW A; 4Z1M A; 2PLF A; 3OP1 A; 1UD3 A; 2GJR A; 1W87 A; 3OW2 B; 2GPJ A; 3CC4 B; 1E79 A; 5J3O A; 3PA1 A; 1Q86 D; 2C78 A; 1KRH A; 3GVK A; 4B47 A; 1DDG A; 2GQF A; 5HKK A; 2WZP P; 3WY9 A; 1COW A; 3GIR A; 1I18 A; 1RQR A; 2OBR A; 3KEW A; 2V7X A; 2DCU A; 2ZL7 A; 3Q6R A; 4X8I A; 4AF7 A; 3VNU A; 1N8R D; 3W5H A; 2DYI A; 1GO2 A; 2ZBU A; 3A3G A; 4XOR A; 1EXM A; 3GSI A; 2ZTN A; 3CCS B; 3AGQ A; 1H42 A; 3BNW A; 4NCN A; 4G6I A; 4RLZ A; 1EFR A; 2Q6I A; 5IYN A; 4P1V A; 5DN6 A; 1G7C A; 4Z4Y A; 1VQL B; 4ZCI A; 2V7U A; 1WOR A; 5DSZ A; 2Z6B D; 1ZUN B; 1WOO A; 2ZZQ A; 2X0K A; 4LBY A; 1SKY B; 2X3U A; 4ASU A; 1T6X A; 5TR9 A; 3R6K A; 4X7F A; 3LQ6 A; 2RC6 A; 1KK3 A; 5BSY A; 5FNZ A; 2X6X A; 2B7C A; 2BGI A; 3QE2 A; 4J0Q A; 1W9X A; 4RM0 A; 2DET A; 2BMW A; 2B5O A; 4XOT A; 3WBK A; 4RD4 A; 1H85 A; 2F1L A; 1U2R A; 2OK7 A; 3ZPN A; 4XLA A; 3CCE B; 3SLD A; 3AVX A; 4ZCM A; 1E43 A; 3AVU A; 1VQ6 B; 4DNR B; 4Y9R A; 1K28 D; 2Q6K A; 3OZU A; 2E1B A; 3WBJ A; 4RPD A; 2GJK A; 4YAU A; 2CRV A; 5DS0 A; 2BV3 A; 5FIU A; 2BVN A; 4RD6 A; 3CMA B; 2V7V A; 1ZM2 A; 2E1R A; 2QMU A; 2HLD A; 1QH0 A; 4NBS A; 3ES9 A; 3GQB A; 5BSX A; 1IHM A; 4RDL A; 4AVZ A; 4AF6 A; 4Z4W A; 3G4S B; 3WQZ A; 4II3 A; 1WOP A; 1YHQ B; 4XLC A; 2CK3 A; 5HZA A; 1G7T A; 4ZGN B; 4IW3 B; 3Q39 A; 1N0V C; 2GK7 A; 1FX0 A; 1N08 A; 1QX4 A; 4UZU A; 3CCU B; 1T6Z A; 2W6J A; 1S0U A; 2LZJ A; 3AST A; 2WR8 A; 3A8J A; 1VJS A; 1VHE A; 3ZZT A; 1IB0 A; 3B78 A; 3DDY A; 4WZT A; 4WZE A; 1PKV A; 2ZZE A; 3V76 A; 3QFT A; 1W2B B; 2FVG A; 2F1M A; 2R9V A; 3OOC A; 2C5B A; 4OOS A; 4B3F X; 2BM1 A; 3P27 A; 4WZK A; 2QDX A; 2XEX A; 1F60 A; 1AMO A; 4Z4S A; 3T51 B; 3LVB A; 1PJ6 A; 3W2F A; 1F20 A; 1I7P A; 1KZL A; 2D74 A; 2VBV A; 1EP1 B; 3ISX A; 3FKS A; 4L8J A; 1IJE A; 2X53 S; 4FXU A; 3W2H A; 3WNC A; 4PC7 A; 2GK6 A; 5IYR A; 2XNJ A; 4XMY A; 3MHP A; 4YEJ A; 5A89 A; 4DQL A; 1TVC A; 3ASP A; 3CCM B; 4UZF A; 1TTT A; 2JN9 A; 1V0F A; 2BF4 A; 2X85 A; 3CCQ B; 1M1K D; 3Q38 A; 4C43 A; 4M4S A; 3OEE A; 3ZBT A; 4QVJ A; 4ZV4 A; 1WP6 A; 1VHO A; 4XON A; 2Q6O A; 1ZM3 A; 1E3Z A; 1FNM A; 3SLN A; 1W0K A; 2VNJ A; 4Q7J B; 4B3X A; 5KSW B; 1UD8 A; 3QFR A; 1P4M A; 4QV2 A; 3ASS A; 3OE7 A; 3CC2 B; 1V0E A; 1T5E A; 1K9M D; 1WU8 A; 1NB0 A; 1EFU A; 4OPS A; 1BLI A; 1PJ7 A; 3CMM A; 1QVG B; 1YJN B; 4ZGQ B; 3Q6Q A; 3W5V A; 3QSY A; 1EFC A; 3JQR A; 2GRE A; 2YWH A; 3A8K A; 4XLE A; 5H5J A; 5TV2 A; 5EMN A; 2NPF A; 2HMA A; 3OFN A; 4Z4R A; 4YEL A; 1A8P A; 1YIJ B; 2DIE A; 4RJL A; 1OGJ A; 4XL9 A; 4M1K A; 4PAA A; 5LMZ A; 1FRN A; 3OJX A; 1E62 A; 1R5B A; 1KQS B; 5HXB A; 2DOG A; 1QGA A; 4UZE A; 2ZXI A; 5JBQ A; 1DG1 G; 2RC5 A; 2R6H A; 1H8E A; 4LBZ A; 3CD6 B; 1JA1 A; 4PGO A; 3CP2 A; 3PA2 A; 4TKO B; 4X7E A; 5A88 A; 3JQP A; 3ZIA A; 2I1L A; 2CW5 A; 4ACB A; 5IYW A; 3V7A A; 1N05 A; 4M53 A; 3ZUG A; 1UD5 A; 3CTA A; 1ZM4 A; 4ACA A; 1E1Q A; 1QGZ A; 1VQ7 B; 3AVT A; 2CND A; 1CNF A; 3ZZU A; 2QTZ A; 1YJW B; 1KC8 D; 3G71 B; 3H94 A; 4TMX A; 5F4O A; 2ZBV A; 1GAQ A; 5H59 A; 2V4D A; 2J7K A; 4KKT A; 3ASQ A; 1ELO A; 4HE6 A; 3VO2 A; 1OHH A; 3B82 A; 4M0L A; 1QUF A; 4OPV A; 1E1R A; 3CP8 A; 2YWF A; 4P6V F; 3OAA A; 1YX2 A; 3CME B; 2VBS A; 3I55 B; 1VQ9 B; 4II2 A; 3PUM A; 4EH1 A; 1VLO A; 1Q9S A; 4XKV A; 1HZE A; 4NNJ A; 2OK8 A; 1HA3 A; 2DER A; 2OBS A; 4PC3 A; 3ZZ0 A; 1PJ5 A; 3A3B A; 4P2N A; 1KK2 A; 2ZL6 A; 3MMP A; 2JIZ A; 3NE5 B; 1D2E A; 4ROX A; 4TMW A; 1EFT A; 1TLL A; 1G7R A; 4P26 A; 3H9N A; 1T6Y A; 4Z4T A; 3U6K A; 1R5O A; 3BH4 A; 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1SKQ A; 2QA4 B; 3CRZ A; 2V31 A; 3CB4 A; 2PE3 A; 4GQN A; 4RPB A; 1FDR A; 2WYR A; 4YHB A; 4DNT B; 4P25 A; 3AVY A; 1UD4 A; 1WOS A; 4YXW A; 1KJZ A; 3R6J A; 1XB2 A; 4TMV A; 3WXM A; 4YAF A; 2QTL A; 1S72 B; 1E3X A; 1WSV A; 2ZXH A; 3HAG A; 4Y9U A; 2BGJ A; 3CXC B; 1VQ8 B; 1BJK A; 5TY0 A; 1KK0 A; 3BC9 A; 3VNV A; 2VBU A; 4PAB A; 1BX0 A; 1H8H A; 2CF4 A; 1NRK A; 1W0J A; 4TT3 A; 4QFM A; 5FO1 A; 3BY1 A; 2F4N A; 2WZN A; 3BCD A; 2XGJ A; 1Y0R A; 4G1B A; 1W34 A; 1WDT A; 5TRD A; 1OB5 A; 2ZZG A; 1QFY A; 5AN9 A; 2DY1 A; 1YI2 B; 5L46 A; 1FRQ A; 2VYQ A; 2WJY A; 2V7Q A; 4P12 A; 3GVL A; 1QGY A; 4JMQ A; 4TN1 A; 4PC1 A; 4DK1 A; 3CPW B; 4K1X A; 5J35 A; 3SKB A; 1D1N A; 4P22 A; 5E6T A; 2OBT A; 4AC9 A; 2JJ1 A; 3G05 A; 1BMF A; 1TUI A; 2VNH A; 3SJZ A; 4TMZ A; 4ZCL A; 4OOV A; 3LO8 A; 1GAW A; 2P3M A; 2D3L A; 5CDF A; 4FWT A; 4B3G A; 1MAB A; 1R5N A; 4RCZ A; 3BQJ A; 4QHY A; 2D3N A; 3PUN A; 1GVH A; 1BX1 A; 3A8I A; 2VBT A; 4X7D A; 1VQM B; 2XZO A; 3OW7 A; 1JNY A; 2ZTG A; 3VR6 A; 1E64 A; 1KK1 A; 3WNB A; 4G5G A; 1Q81 D; 4FN5 A; 4FK8 A; 4YAO A; 4DK0 A; 2OTJ B; 2WSS A; 4B48 A; 2DEU A; 3W2G A; 2FX3 A; 3RY8 A; 4P3Y A; 3LQE A; 2V7T A; 1BPL A; 1JB9 A; 4RDK A; 5FO0 A; 2PMD A; 4OP7 A; 1BQE A; 1YIT B; 2BSA A; 4Y7C A; 5A8A A; 1B2R A; 1I8D A; 2ZZF A; 4WWV A; 4X0C A; 2VJJ A; 3CES A; 1NDH A; 4LBW A; 1EP3 B; 2XZP A; 4KKS A; 2C4T A; 2VNK A; 4XKW A; 3ASR A; 2QE7 A; 4WQM A; #chains in the Genus database with same CATH homology 1W9X A; 4TSF A; 1NBM A; 4XLE A; 2JJ2 A; 4XOT A; 4XM3 A; 3OFN A; 2VJI A; 4YEL A; 2WPD A; 4XLF A; 3BCF A; 1KMH A; 2DIE A; 2XND A; 3ZPN A; 4G7X A; 4XLA A; 4XL9 A; 2XZL A; 2M5S A; 4G7W A; 1E43 A; 1UD2 A; 2W6I A; 1K28 D; 4DNR B; 2E1B A; 2GJK A; 5IK2 A; 3A35 A; 2X6W A; 2X6Y A; 4XR6 A; 2ZXI A; 2WJV A; 4XN0 A; 1H8E A; 4XNF A; 2V31 A; 3CP2 A; 4TKO B; 4GQN A; 4XN3 A; 1WPC A; 3ZIA A; 3T56 B; 2HLD A; 4DNT B; 1UD5 A; 3FPP A; 3GQB A; 4AVZ A; 1E1Q A; 1UD4 A; 4YXW A; 3WQZ A; 2JDI A; 4II3 A; 4XLH A; 4XLC A; 1E3X A; 2CK3 A; 2ZXH A; 3HAG A; 2GK7 A; 1FX0 A; 1UD6 A; 3BC9 A; 4KKU A; 4UZU A; 3H94 A; 1H8H A; 2V4D A; 2LZJ A; 2W6J A; 4KKT A; 1NRK A; 1W0J A; 4TT3 A; 5FL7 A; 3T53 B; 1VJS A; 3BCD A; 2XGJ A; 1OHH A; 3DDY A; 4XQF A; 1E1R A; 3OEH A; 4XOP A; 3CP8 A; 2ZZG A; 1PKV A; 3OAA A; 2ZZE A; 3GVJ A; 2R9V A; 2F1M A; 2WJY A; 3OOC A; 2V7Q A; 3GVL A; 4II2 A; 4B3F X; 4JMQ A; 4DK1 A; 4XKV A; 1HZE A; 4P22 A; 4NNJ A; 3OPO A; 1OB0 A; 3T51 B; 4Z1M A; 3A3B A; 2JJ1 A; 3G05 A; 1BMF A; 1UD3 A; 2GJR A; 2JIZ A; 3NE5 B; 1KZL A; 1E79 A; 2D3L A; 5CDF A; 3FKS A; 4B3G A; 1MAB A; 4L8J A; 3GVK A; 2X53 S; 4FXU A; 2GK6 A; 2D3N A; 5HKK A; 4XMY A; 3BH4 A; 4E0F A; 4HIZ A; 2WZP P; 1COW A; 1I18 A; 4YEJ A; 2KVO A; 3KEW A; 2XZO A; 3OW7 A; 1V0F A; 2X85 A; 2ZTG A; 3VR6 A; 4XD7 A; 2F43 A; 2X8K A; 2GJP A; 3OEE A; 3A3G A; 4XOR A; 2ZTN A; 4DK0 A; 1WP6 A; 2WSS A; 4XON A; 5KNL A; 4G6I A; 1E3Z A; 1HVX A; 1EFR A; 1W0K A; 3LNN A; 5DN6 A; 1BPL A; 1UD8 A; 3JU4 A; 1VLY A; 2Z6B D; 2ZZQ A; 3OE7 A; 1SKY B; 4ASU A; 1V0E A; 1T5E A; 1WTH D; 2ZZF A; 1I8D A; 2VJJ A; 1BLI A; 3CMM A; 3CES A; 2XZP A; 4KKS A; 2XOK A; 4XKW A; 2QE7 A; 2X6X A; 1VF7 A;
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