The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
41
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sequence length |
176
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structure length |
176
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Chain Sequence |
NVPEDRIQIGQLRSAYGLNGWLWVYSNTEPMSNMFDYLPWYIETKAGWQTVDVKRWKPHGKGLVVSLKGVSDRTGAESLVASNIWIAKSQLPKADVDEYYWSDLKGLTVLGLDDEEQEVNLGQIHELFETGANDVMVVRATPDSIDSEERMIPWHKDVVQRVDLEAGRIYVNWGVD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
X-Ray structure of the protein Q6F7I0 from Acinetobacter calcoaceticus AmMS 248.
rcsb |
| source organism |
Acinetobacter calcoaceticus
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| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
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| molecule keywords |
16S rRNA-processing protein rimM
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| total genus |
41
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| structure length |
176
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| sequence length |
176
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-06-28 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01782 | RimM | RimM N-terminal domain |
| A | PF05239 | PRC | PRC-barrel domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | PRC-barrel domain | ||
| Mainly Beta | Beta Barrel | Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 | RimM |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1PM3 A; 3H9N A; 2F1L A; 2DOG A; 3A1P A; 3HTR A; 2DYI A; 2QGG A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4LDW A; 2HCJ B; 3CC2 T; 1OEB A; 4QVZ A; 4WQM A; 1ZX6 A; 2HD0 A; 3NGP A; 3NTH A; 1ABQ A; 3GP8 A; 1GCQ C; 4BUG A; 3CCM Q; 2QEX A; 3FKS A; 3O5Z A; 1KHC A; 2AIR B; 2GFA A; 2IVW A; 2QQA A; 3JCM P; 3GLX A; 3N5B B; 5KNL A; 2EQJ A; 3P8B B; 2ZPF B; 4B9W A; 4L6V 5; 3CPF A; 3J80 E; 3BE3 A; 1KC8 C; 2XID A; 1B23 P; 3E9G A; 4IUQ A; 4OGC A; 3ZBD A; 2V7T A; 4C8Q E; 2K3Y A; 3CP8 A; 3CPW S; 1I81 A; 3G71 Q; 2KQW A; 2QMU A; 2CZ7 B; 2GTO A; 4DQL A; 5KE2 A; 1YIJ Q; 4KGV B; 1X75 C; 1PD0 A; 2ED0 A; 4BDY A; 2GRE A; 3EGD A; 2A3L A; 3ISX A; 3VS6 A; 5HZA A; 4R55 A; 2R5A A; 2GF7 A; 1VQ5 A; 4WZE A; 4P26 A; 1U8R A; 5FIU A; 1Q81 R; 1YIT T; 1GBQ A; 4J5Y A; 3CCQ T; 1H8H A; 2V7W A; 1KQS B; 1U2R A; 2F5T X; 2J7I A; 2K7A A; 3CCJ Q; 1QVG B; 4LDY A; 4M78 C; 4DA4 A; 4GQN A; 4JRQ A; 2NUT A; 3CCL A; 3SWN C; 3LGL A; 1VQ8 Q; 2NUP B; 4C0G A; 2KT1 A; 1IXD A; 1NPP A; 5F4J A; 3DDY A; 1MV3 A; 2DOG A; 2V4D A; 1Y96 A; 3A8L B; 2C0O A; 4JDS A; 4TVR A; 5J39 A; 4RTW A; 3GOX A; 1E3Z A; 3RNJ A; 5CDF A; 2O9S A; 1Y0R A; 5L8R E; 4M0L A; 1BCO A; 1NLO C; 2EQK A; 4C5I A; 4M75 D; 1KK7 A; 1QVF S; 1IGU A; 2R6H A; 1VQK A; 4PJN A; 1OB0 A; 1ZLM A; 5KYN A; 1OI1 A; 2EJF A; 1UD5 A; 3MP6 A; 1WHM A; 5KYU A; 4DBH A; 4OMP A; 3CC4 T; 2ZBU A; 2LNH B; 3OS1 A; 4AFQ C; 1ZA1 B; 1AOJ A; 1GJR A; 1RLP C; 1JJ2 S; 1WHL A; 5DM7 R; 2BTT A; 4RTU A; 1Y0M A; 3H8Z A; 1M1G A; 1XOV A; 1IZ6 A; 4P6Y A; 3SWN A; 3T56 B; 4P22 A; 2QN6 A; 5M9O A; 1G3W A; 3URG A; 3CME A; 1KC8 D; 4XLH A; 1ZHI A; 1I07 A; 5I2S A; 1ZUN B; 5J26 A; 1PJ7 A; 5HK0 A; 3OW2 B; 2ATC B; 4M78 D; 3MO8 A; 1YHQ B; 5DSZ A; 1I0C A; 1Q82 R; 3ZBU A; 1WDT A; 1N5Z A; 1YJW Q; 2LT4 A; 4BE0 A; 5IK2 A; 1V0F A; 3ES9 A; 5FU7 B; 3QE2 A; 2E41 A; 3MET A; 4FCY A; 3CC2 B; 1VQL B; 2HKN A; 1KFZ A; 2GCX A; 2XHC A; 4CI0 C; 2OTL B; 1E6H A; 1FMW A; 4HCK A; 2VKN A; 2VVK A; 3AVV A; 1OQK A; 3D26 A; 1I1J A; 4RD2 A; 3QSY A; 4CC4 B; 4BAC A; 2OTL A; 2DVE A; 2A7Y A; 3RKW A; 4HE6 A; 3FB9 A; 2M1H A; 1KD1 C; 1D0Z A; 1UHF A; 2PVG B; 2C4T A; 4F7U G; 2EQM A; 3T9N A; 3FEO A; 2VYT A; 3OYN A; 4XOP A; 1RAI B; 1K0X A; 5LJ3 d; 3G6E Q; 2P84 A; 1RUW A; 5GAO q; 1YJW B; 3GNG A; 1NYF A; 2ZPE B; 5GAN 6; 3QFC A; 2RJF A; 5CQX A; 2YRC A; 4EMK A; 1N9S A; 1RL2 A; 2K3X A; 2JJ9 A; 3QO3 A; 2BGI A; 3RY8 A; 2YRD A; 3CCL T; 2NWM A; 3QHS A; 3M53 A; 3QFT A; 5L23 A; 3AVT A; 4D6W A; 4KGZ B; 2XU8 A; 3I55 Q; 1ZSZ C; 4ANJ A; 1YJW T; 1YHQ A; 1I7P A; 1T3S A; 1OHH A; 3M0U A; 4MDX A; 1YX2 A; 1AD5 A; 1AWW A; 3GIR A; 5FU6 C; 4II3 A; 2JN9 A; 2MF2 A; 1MUZ A; 3CW2 A; 2NPF A; 1CKB A; 1TH7 A; 1EWY A; 4B48 A; 5A8A A; 2X9H A; 3HAG A; 2E1R A; 1AWO A; 1U06 A; 3I1F A; 1IHW A; 2CSI A; 2B86 A; 1WSR A; 3OYI A; 4Z4S A; 5A0D A; 4J0Q A; 4RDJ A; 3H94 A; 2ZL5 A; 2AHJ B; 2OTL T; 1OV3 A; 1JEG A; 4M75 A; 4UZE A; 1KD1 R; 3OOC A; 1RAD B; 3R6J A; 2LVM A; 2MCN A; 2O4X B; 2EYZ A; 2RHU A; 4FYY B; 1K76 A; 1PRL C; 1KZL A; 3TSZ A; 2AK5 A; 4B9X A; 4P12 A; 1D3B A; 2GTJ A; 3PUN A; 3QFR A; 3T51 B; 1OUL A; 4M7D G; 3HFN A; 5DS0 A; 5DLO A; 3CCS B; 3RES A; 3IQL A; 1WHK A; 3LH5 A; 2O2O A; 4DEX A; 4KGX B; 1BJK A; 2X6Y A; 1JRI A; 2C77 A; 3DB4 A; 2X0K A; 2PUK B; 4N0A A; 3CME Q; 2E6Z A; 1WU8 A; 3CMM A; 2L0A A; 2COW A; 2H3J A; 2DEQ A; 2O31 A; 4RCB A; 4ZTJ A; 4KRT A; 2JTF A; 1Q7Y D; 4IKF A; 1S0U A; 2EJG A; 2D8H A; 1JXO A; 3OYA A; 5IHK A; 1VQN Q; 2CP5 A; 1WYX A; 1M4Z A; 4Y9U A; 1YCS B; 3MEU A; 2MIO A; 3L2V A; 3SD4 A; 2C2W A; 2J6O A; 2VWF A; 2SEM A; 2ZBV A; 4ZTF A; 1MNE A; 5IH2 A; 2KT8 A; 1N9R A; 2VNI A; 1D2E A; 4P5N A; 4Z8A A; 1W35 A; 1QP3 A; 2GK6 A; 3WNB A; 2DL7 A; 1YJ9 Q; 4RPD A; 3RIR A; 4NL2 A; 3JSC A; 2V7Q A; 2FZK B; 2BZY A; 4PLI A; 3OYF A; 2OTJ T; 5TRD A; 1K8A C; 1TG0 A; 4AT1 B; 4M4S A; 1QW1 A; 2FX3 A; 3V8J A; 2RI5 A; 4HKE A; 5FA6 A; 1TS9 A; 3W5U A; 3V7A A; 5GAO r; 1YBY A; 1FNB A; 2XZP A; 3BCF A; 5KYW B; 2RC6 A; 4C8Q A; 1GXI E; 5L46 A; 4DBF A; 1KQS S; 1Q82 U; 2WYR A; 2EKH A; 2HL3 A; 4XU0 A; 4ZV4 A; 3ASK A; 5FWC A; 2DPP B; 4BI8 B; 2B8A A; 2K6D A; 2YXY A; 3EFR A; 1YN8 A; 4C43 A; 1Q82 D; 2ZPG B; 1QFZ A; 3Q6Q A; 4TMX A; 3CD6 T; 1LJO A; 2LTO A; 3REB B; 1E79 A; 4WZL A; 1G2B A; 2EFI A; 3VYH B; 1QWF A; 3JCM h; 1VHO A; 1Y71 A; 2BM1 A; 4JZ3 A; 3E19 A; 3V8K A; 1M3C A; 1UGP B; 5KYX B; 3J81 E; 2CZ0 B; 1UUE A; 2J05 A; 3PMI A; 4HVV A; 1TUD A; 5FU7 C; 3OYJ A; 4XKV A; 2DZ9 A; 4E7L A; 3CCR B; 2GFU A; 1FDR A; 2RHZ A; 5KYU B; 4P25 A; 1F60 A; 4PL6 A; 1ABO A; 1AWJ A; 3MCA B; 1GRI A; 3JB9 F; 3KEW A; 2PTK A; 1EFU A; 3JQP A; 4M7D F; 4PC2 A; 2XMF A; 1WSV A; 2CUB A; 2KNB B; 3A98 A; 2FRY A; 1YJ9 B; 2C5B A; 4MZT A; 5IXF A; 2DYI A; 1Q81 C; 3ASR A; 2EWN A; 2BM0 A; 5GAN h; 1QCF A; 2DBK A; 1NM7 A; 1GR1 A; 1JJ2 A; 1M1K R; 4AG1 C; 1B7T A; 2QEX T; 1K73 R; 3CCE T; 5CKH A; 4FU6 A; 4M53 A; 3G6E B; 5GMK l; 2FPF A; 3OYK A; 2ZTG A; 3BFM A; 2DM1 A; 4L8J A; 4UAJ A; 1C0M A; 1BBZ A; 4X7E A; 3WBJ A; 2ENM A; 4Y92 A; 1Q86 R; 1Q86 C; 1G7T A; 3CCU A; 5TY0 A; 2RM4 A; 4M4Z A; 4OB2 B; 3R6O A; 4PFZ A; 3VRZ A; 1G7R A; 5CQY A; 1Q81 D; 1UGV A; 3UWN A; 3SLD A; 1I4K 1; 2HQH A; 1MMG A; 3CCR A; 3CCM A; 2ZL6 A; 2DD5 A; 1TOV A; 2PNI A; 4M78 B; 4PJJ A; 1UEB A; 5FWB A; 3PFS A; 1P4M A; 3VO1 A; 2BKD N; 1X6O A; 3AHU A; 3CCM B; 2C5H A; 2W10 A; 4IUP A; 1B2R A; 4XU2 A; 1EFT A; 1MHN A; 4EMH A; 2RHX A; 2RMO A; 4M77 E; 4YXW A; 3HRS A; 2X53 S; 2DJZ A; 1BI3 A; 4JMQ A; 1E1R A; 2YDL A; 1QUE A; 4HCZ A; 2DCU A; 2DZC A; 2LJ3 A; 3PA2 A; 2ZTN A; 2K79 A; 1HSQ A; 2QDX A; 1VQ6 B; 4C92 D; 4E7Z A; 1VQ8 B; 2LCL A; 2KRO A; 1E6G A; 1YI2 B; 3HHT B; 2WSF E; 4Y28 E; 2ROL A; 1VQ8 A; 2HDN B; 3NHN A; 3V8L A; 5GAM f; 5CKF A; 1VQ5 Q; 4PKC C; 1D1A A; 3ASQ A; 1NB9 A; 1H64 1; 2JZ2 A; 3G6E T; 1YIJ A; 4RD0 A; 2OAW A; 2EGA A; 3SEM A; 3QXE B; 2CH4 A; 1VQK Q; 3VUB A; 2VBT A; 2BZX A; 3Q39 A; 2VNH A; 4M7D A; 2HAX A; 2Y4X A; 1LOJ A; 1TU0 B; 2NYS A; 4Z02 A; 5GMK j; 3PMT A; 1MMD A; 5GAO l; 1QGA A; 4Y7C A; 4Z1M A; 4M77 D; 6AT1 B; 4F7U A; 3OYB A; 4PNO A; 3CCL Q; 1PNJ A; 2M0O A; 3CXC A; 1UD6 A; 1OZ3 A; 2D1X A; 2F2V A; 2LQK A; 1WP6 A; 4RG2 A; 1UHC A; 1Y07 A; 3BDU A; 3OYL A; 3QWY A; 1M8V A; 1M2V B; 5GAN 7; 1QVP A; 4OMQ A; 4OMO A; 1I18 A; 1QVF P; 3MKD A; 4IUU A; 1VYT A; 3OA6 A; 2CKK A; 5LJ3 j; 3EG2 A; 2QA4 A; 1SHG A; 2KXD A; 1Y0Y A; 2XZL A; 1UGQ B; 4TKO B; 2X4X A; 4EMG A; 4XU1 A; 1BMF A; 5GAN j; 4M78 F; 3U6K A; 3EGD B; 5FO1 A; 4X07 A; 1TWB A; 2RF0 A; 1UJ0 A; 1NLP C; 3CC4 Q; 2V7V A; 3HP9 A; 4HXJ A; 3V76 A; 2KMT A; 5A0G A; 1VQK T; 1VQ7 B; 3CD6 Q; 1D1B A; 4N3G A; 5HKK A; 5IAY A; 1QVG A; 3A8J A; 1UE9 A; 2WJV A; 2F2X A; 3EG1 A; 4DOW A; 5C6S A; 3VS0 A; 1UD2 A; 4FN5 A; 2EYX A; 1VQ4 Q; 2L5Q A; 4FW2 A; 3MJX A; 3INZ A; 3RDV A; 4WZK A; 3CMA B; 1K73 U; 2XNC A; 3C12 A; 4PGO A; 2RQV A; 2WZP P; 1SM4 A; 2YWW A; 2HEQ A; 3ZPN A; 3T53 B; 1WHG A; 1YWO A; 2QQS A; 1WOO A; 3ZZU A; 1XTD A; 5LJ5 d; 1WDX A; 2EIF A; 2RHI A; 1OYX A; 5A2Q E; 3M54 A; 2CRV A; 3BW1 A; 3QPH A; 1SPK A; 5GMK m; 2A08 A; 3X20 B; 4QHY A; 2C0I A; 3OJW A; 2GQV A; 1ELO A; 2HZY A; 3AVX A; 2MAM A; 4RCC A; 1XB2 A; 5FRN A; 2LCC A; 2PZ1 A; 4HT9 A; 3W2I A; 1QUF A; 3VO2 A; 4ZGJ B; 1EP2 B; 3EG3 A; 2CP3 A; 2FEI A; 2EQU A; 2COZ A; 2KRN A; 5FO0 A; 4X7C A; 1LPL A; 3SHW A; 1YIJ T; 2PLF A; 2HKQ B; 3HRU A; 3ASP A; 3ONY A; 2AT1 B; 4J9G A; 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2MK5 A; 2VBU A; 4P3Y A; 4J9B A; 2FZC B; 4M7A D; 1PJ5 A; 4JJC A; 2CUD A; 5GV7 A; 1VLO A; 4EH1 A; 4JJN K; 3X28 B; 1AHJ B; 2AZS A; 2LNV A; 3OMC A; 9ATC B; 1VQ9 Q; 1W9X A; 1IB0 A; 2E12 A; 3ZUG A; 4PJO A; 4ZNX A; 2QA4 B; 4ZGE B; 4ROX A; 4HVW A; 2G6F X; 3I35 A; 1VQL Q; 1OU8 A; 3EG9 B; 1ZA2 B; 1WQW A; 2EAY A; 2Y4Y A; 4WF2 A; 3AVU A; 1KK1 A; 4RM0 A; 4PJO D; 3TCJ A; 3H41 A; 4XN3 A; 2YT6 A; 5GAN 5; 2BF4 A; 3L2U A; 5I22 A; 1WGS A; 2LP5 A; 2GJP A; 2KVQ G; 4F7U B; 2VXF A; 3M0P A; 2DEU A; 1Z9Q A; 4B3G A; 2DA9 A; 4AMC A; 1X01 A; 1LCK A; 1X69 A; 5HCK A; 1VQO B; 4PFO A; 3CXC S; 4LDU A; 1SKQ A; 4G6I A; 3QYG B; 3RKX A; 5LJ5 f; 1K28 D; 1D3B B; 3LX7 A; 3QUI A; 4AFS C; 3L2W A; 1PSE A; 5KCH A; 1V76 A; 1Y96 B; 5KCO A; 4JRP A; 2DFU A; 4XOT A; 3FJ5 A; 3CXC B; 2ZAE A; 4P9S A; 3QZ9 B; 1NEB A; 2P0K A; 5GJW B; 5LJ5 g; 2E1H A; 2XEX A; 3X25 B; 4X34 A; 2WSC E; 2FHD A; 1RLQ C; 5A0L A; 3BH4 A; 4ACB A; 3EGX A; 4M78 E; 1JA0 A; 2O9V A; 3ASS A; 2DIL A; 3B8H A; 1VQM B; 1SG5 A; 2JM9 A; 2CW5 A; 1MMN A; 2DO3 A; 2JJ1 A; 2X51 A; 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