The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
69
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sequence length |
337
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structure length |
337
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Chain Sequence |
b'PQPSRPRKGSLGFGPRKRSTSETPRFNSWPSDDGQPGVQGFAGYKAGMTHVVLVNDEPNSPREGMEETVPVTVIETPPMRAVALRAYEDTPYGQRPLTEVWTDEFHSELDRTLDVPEDHDPDAAEEQIRDAHEAGDLGDLRLITHTVPDAVPSVPKKKPDVMETRVGGGSVSDRLDHALDIVEDGGEHAMNDIFRAGEYADVAGVTKGKGTQGPVKRWGVQKRKGKHARQGWRRRIGNLGPWNPSRVRSTVPQQGQTGYHQRTELNKRLIDIGEGDEPTVDGGFVNYGEVDGPYTLVKGSVPGPDKRLVRFRPAVRPNDQPRLDPEVRYVSNESNQG'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
23S RIBOSOMAL RNA
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| molecule tags |
Ribosome
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| total genus |
69
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| structure length |
337
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| sequence length |
337
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-09-17 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 | Translation factors | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Ribosomal Protein L3; Chain: B; domain 2, | Ribosomal Protein L3; Chain: B; domain 2, | ||
| Few Secondary Structures | Irregular | Ribosomal protein L3; domain 3 | Ribosomal protein L3, domain 3 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4RD0 A; 1KC8 D; 1VQ9 B; 3ZZU A; 3W5V A; 3OW2 B; 1HA3 A; 4H9G A; 4YAL A; 3E20 A; 4EH1 A; 4M2L A; 3B82 A; 3OZV A; 1VQP B; 2BSA A; 3U6B A; 4FN5 A; 2OK8 A; 3OJW A; 4ZCM A; 3W2I A; 1GO2 A; 1Q82 D; 3FPK A; 3CCJ B; 1U2R A; 1IB0 A; 5H59 A; 1W34 A; 1F20 A; 4TMT A; 2PLF A; 1NDH A; 3CC4 B; 1R5N A; 4PC1 A; 1ZUN B; 2XNC A; 4N3N A; 2QDX A; 4RD1 A; 4PC6 A; 4HE6 A; 1FND A; 1E64 A; 3WBJ A; 3AVY A; 1AIP A; 3VMF A; 3CRZ A; 1EFT A; 3PEN A; 3JQP A; 2OTL B; 4C43 A; 1TLL A; 3U6K A; 2AHO A; 3B78 A; 4B3X A; 4P6V F; 4TMX A; 2CND A; 2DER A; 4HE5 A; 3G6E B; 3CCV B; 3WXM A; 2CRV A; 4TMZ A; 1VQ7 B; 3OZW A; 1VQ8 B; 1Q7Y D; 4M53 A; 3QFT A; 3G4S B; 3CMA B; 1VQO B; 2E1R A; 4FWT A; 1H42 A; 1KTV A; 3CME B; 2FX3 A; 1JNY A; 1QUE A; 4RD6 A; 4ZCI A; 4QFM A; 2D74 A; 1FNM A; 4Y9R A; 2X3U A; 1NJI D; 4YAF A; 1M90 D; 4G5G A; 5TY0 A; 1QVF B; 1R5O A; 2DCU A; 2DEU A; 1QH0 A; 3ZZT A; 2QEX B; 5HXB A; 3G71 B; 1VQ6 B; 2BM1 A; 2J7K A; 4J0Q A; 1W87 A; 4G1B A; 4PC7 A; 1FRN A; 3W2F A; 1E62 A; 3CB4 A; 3WBK A; 3QE2 A; 4NBS A; 1I7P A; 2BF4 A; 1TUI A; 5TV2 A; 4B43 A; 4LBZ A; 4RCZ A; 3FJO A; 4WQM A; 4B4D A; 1JA1 A; 5FA6 A; 1IJE A; 2QTL A; 4RD3 A; 2VZL A; 4YAW A; 3ZZ0 A; 2BMW A; 1VQN B; 4RD2 A; 3SJZ A; 1EP3 B; 2NPF A; 3W5U A; 4AF6 A; 3CCR B; 1YHQ B; 3VNV A; 4ACB A; 2R6H A; 3JQR A; 4ZGQ B; 4M4S A; 3AVT A; 3QFC A; 1QGY A; 1YI2 B; 2YWG A; 5KSW B; 2QA4 B; 4P3Y A; 1XE1 A; 2GPJ A; 2ZIT A; 1YJ9 B; 2VNH A; 3B8H A; 3AVX A; 4RJL A; 4ZV4 A; 1DG1 G; 1W2B B; 3CC2 B; 4TMW A; 3P27 A; 1BJK A; 1G7S A; 2VYQ A; 1EP1 B; 1FNC A; 1S0U A; 2VNK A; 1CNF A; 4NCN A; 4AC9 A; 4YAO A; 4LBW A; 1A8P A; 2EIX A; 3OZU A; 4Y7C A; 1OGI A; 4N3G A; 2YWE A; 4TMV A; 5JBQ A; 3MMP A; 2GQF A; 1QG0 A; 4Q7J B; 3CCL B; 1VQK B; 2OTJ B; 1D2E A; 1M1K D; 1EFU A; 2VNI A; 1VQ4 B; 4MYT A; 4DQL A; 2BGI A; 1B2R A; 3ZC3 A; 1N0U A; 4YAU A; 1KK2 A; 2RC5 A; 3JQQ A; 1DDG A; 1KQS B; 1G7T A; 4RCY A; 3CXC B; 2XNJ A; 3CD6 B; 3CCU B; 3ZBU A; 2B7C A; 4PGO A; 2OK7 A; 1G7R A; 2BPO A; 3I56 B; 1GAQ A; 2QTZ A; 1SM4 A; 1QFY A; 4PC2 A; 2BN4 A; 3CCM B; 1W35 A; 3VO2 A; 1QGA A; 4B44 A; 1BQE A; 4RD4 A; 3WNB A; 1KK3 A; 2QMU A; 2RC6 A; 3MHP A; 3E1Y E; 3W2E A; 1B23 P; 2DY1 A; 3MCA A; 3W2G A; 2YWF A; 1DAR A; 1FNB A; 3ES9 A; 1FRQ A; 3P26 A; 1QUF A; 2C78 A; 3WY9 A; 1XB2 A; 1N8R D; 3WNC A; 1YJN B; 3QFS A; 3WYA A; 1D1N A; 1BX1 A; 4AF7 A; 1VQL B; 1D8T A; 1EFC A; 4LBV A; 4ACA A; 1VQM B; 4F7D A; 3AVW A; 1N0V C; 1QVG B; 1DDI A; 2DET A; 1TTT A; 2BVN A; 1TVC A; 4QHY A; 1K73 D; 1OB5 A; 4LC0 A; 1ZM9 A; 3ZBT A; 3AVU A; 2BGJ A; 5H5J A; 3VO1 A; 3AVV A; 1IJF A; 1SKQ A; 3CCE B; 1ELO A; 1KD1 D; 1OB2 A; 1K8A D; 2PIA A; 4K1X A; 1BX0 A; 2B5O A; 4U9U A; 1EP2 B; 1GR1 A; 2XEX A; 3I1F A; 1YJW B; 1JB9 A; 2BV3 A; 4Y9U A; 1Q81 D; 1Q86 D; 1YIT B; 3CPW B; 3W2H A; 3CW2 A; 3CCS B; 1AMO A; 1QX4 A; 3U2Q A; 1QGZ A; 2PMD A; 4R71 A; 3CC7 B; 4LBY A; 4PC3 A; 1YIJ B; 1K9M D; 4M0L A; 4B47 A; 5THX A; 2VNJ A; 1VQ5 B; 2HMA A; 4BPR A; 1H85 A; 3I55 B; 1GAW A; 3CCQ B; 1ZM3 A; 1QFJ A; 3W5H A; 3V76 A; 1R5B A; 2YWH A; 3VNU A; 1EXM A; 1CQX A; 4B48 A; 5AN9 A; 2B7B A; 4MYU A; 2HCJ B; 2EFG A; 3WND A; 1WDT A; 4C0S A; 1CNE A; 2QN6 A; 4DQK A; 1OGJ A; 1J9Z A; 3QSY A; 4IW3 B; 3LO8 A; 1F60 A; 1S72 B; 2C77 A; 3AGP A; 1UMK A; 4M1K A; 5GV7 A; 1KK0 A; 4UAJ A; 1GVH A; 1ZM4 A; 2HDN B; 3OJX A; 5DSZ A; 1JJ2 B; 3LVB A; 4YHB A; 1ZM2 A; 1GJR A; 4G1V A; 3AGQ A; 1JA0 A; 1G7C A; 5EMN A; 1KRH A; 1QFZ A; 4TN1 A; 1KJZ A; 5GV8 A; 1FDR A; 2BM0 A; 4ZCL A; 4FK8 A; 3J81 k; 3QFR A; 5TR9 A; 4ZGN B; 1E63 A; 1KK1 A; 1EWY A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4RD0 A; 1KC8 D; 1VQ9 B; 3ZZU A; 1E1Q A; 1WOR A; 3Q38 A; 2X6X A; 3W5V A; 3OW2 B; 3D26 A; 2CF4 A; 2V7T A; 4P26 A; 1HA3 A; 3ZPN A; 4H9G A; 4YAL A; 4CQJ A; 2F1M A; 3E20 A; 3Q3A A; 3BY2 A; 4EH1 A; 4M2L A; 4QUZ A; 3B82 A; 2KVO A; 1UD5 A; 4OP7 A; 4X07 A; 3OZV A; 1HZE A; 4YEJ A; 1VQP B; 4P3I A; 1N08 A; 1WU8 A; 2BSA A; 3U6B A; 4FN5 A; 1P4M A; 2OK8 A; 3OJW A; 3W2I A; 1GO2 A; 4ZCM A; 1Q82 D; 3FPK A; 3CCJ B; 1U2R A; 1IB0 A; 5H59 A; 1WOP A; 1W34 A; 2JJ2 A; 1F20 A; 4X7F A; 4TMT A; 2PLF A; 1NDH A; 2WSS A; 2LZJ A; 4X0C A; 3CC4 B; 1R5N A; 4OOS A; 5BSY A; 2WJV A; 3BCD A; 4PC1 A; 1ZUN B; 3AST A; 5FL7 A; 1N05 A; 2XNC A; 4AVZ A; 5A89 A; 4N3N A; 2QDX A; 1W9X A; 3T56 B; 4RD1 A; 4PC6 A; 4HE6 A; 2HLD A; 3OPO A; 2P3M A; 1WSR A; 3GVJ A; 1FND A; 1E64 A; 3GVK A; 4HIZ A; 3WBJ A; 3AVY A; 1UD3 A; 1AIP A; 3VMF A; 5F4O A; 3CRZ A; 1EFT A; 5L46 A; 3Q6Q A; 3PEN A; 3JQP A; 2OTL B; 4C43 A; 1N06 A; 4DNT B; 1TLL A; 3SEJ A; 2WR8 A; 3U6K A; 2AHO A; 3B78 A; 2CW5 A; 4B3X A; 5FIU A; 2X0K A; 4P6V F; 2XOK A; 1PJ7 A; 4TKO B; 4WZT A; 4TMX A; 2OBT A; 4II3 A; 2CND A; 2DER A; 1S4M A; 4HE5 A; 3G6E B; 3CCV B; 3A8K A; 3ASS A; 4UZF A; 4OPV A; 4XKV A; 4P22 A; 2CRV A; 3WXM A; 2VJJ A; 5F4J A; 4QVJ A; 4XOR A; 3LQE A; 4X7D A; 4TMZ A; 4X06 A; 5A8A A; 5HZA A; 3ONY A; 1VQ7 B; 3OZW A; 1VQ8 B; 2C5B A; 1Q7Y D; 5F4M A; 4M53 A; 4X7E A; 2V7U A; 3QFT A; 3G4S B; 3CMA B; 2ZBU A; 4DK1 A; 3CES A; 1VQO B; 2E1R A; 5B6I A; 4FWT A; 1H42 A; 1KTV A; 3CME B; 4DNR B; 1I8D A; 1T6X A; 2FX3 A; 1JNY A; 1QUE A; 1Q9S A; 4RD6 A; 5CDF A; 4ZCI A; 4QFM A; 2D74 A; 1I18 A; 1FNM A; 3R6K A; 4Y9R A; 2CBX A; 1KMH A; 2X3U A; 1E3Z A; 1NJI D; 1T6Y A; 1VHO A; 4RDJ A; 4YAF A; 1M90 D; 3Q6R A; 4WZL A; 4G5G A; 2CK3 A; 1RQR A; 5TY0 A; 2OBS A; 1QVF B; 1R5O A; 2DCU A; 3PA2 A; 2DEU A; 1E79 A; 1QH0 A; 2V31 A; 3V7A A; 2JIZ A; 2Q6L A; 4QV2 A; 2F1L A; 4XKW A; 3ZZT A; 2ZTG A; 3PUN A; 5HXB A; 2QEX B; 5HKK A; 4XLA A; 3G71 B; 1VQ6 B; 4WZK A; 2BM1 A; 2J7K A; 4J0Q A; 1W87 A; 1WPC A; 2OYN A; 3OE7 A; 5A88 A; 4G1B A; 2GJP A; 4G6I A; 4PC7 A; 3A3B A; 1VJS A; 1FRN A; 3A8J A; 3W2F A; 1E62 A; 2D3L A; 3CB4 A; 3WBK A; 4KKU A; 4E0F A; 3QE2 A; 4NBS A; 1I7P A; 2BF4 A; 1TUI A; 2WPD A; 5TV2 A; 4B43 A; 4LBZ A; 1VHE A; 3PUM A; 4TT3 A; 4B3F X; 1Y0Y A; 4Z4Y A; 4RCZ A; 3CMM A; 3FJO A; 1WSV A; 5J3O A; 4WQM A; 5IYP A; 1OHH A; 1JA1 A; 4B4D A; 2V7X A; 2QE7 A; 2Q6I A; 3NE5 B; 5FA6 A; 1IJE A; 2Q6K A; 2QTL A; 4RD3 A; 2VZL A; 4YAW A; 3SKB A; 3ZZ0 A; 1IHM A; 1NRK A; 2WJY A; 2BMW A; 1VQN B; 4RD2 A; 3DDY A; 4XM3 A; 3SJZ A; 1EP3 B; 3GVL A; 1T6Z A; 4GQN A; 1H8H A; 3PA1 A; 2NPF A; 3W5U A; 4AF6 A; 2D3N A; 3CCR B; 3OEH A; 1YHQ B; 4ACB A; 3VNV A; 2ZL6 A; 2R6H A; 3JQR A; 3GSI A; 3T51 B; 1PJ5 A; 4ZGQ B; 2C2W A; 3JU4 A; 4YXW A; 5FNZ A; 4M4S A; 3OKX A; 3AVT A; 3A1P A; 3QFC A; 1K28 D; 2XZO A; 1QGY A; 1YI2 B; 2YWG A; 3FKS A; 5KSW B; 4OOX A; 1PJ6 A; 2QA4 B; 4P2N A; 4P3Y A; 1BPL A; 1XE1 A; 4XOT A; 2GJR A; 2GPJ A; 2ZIT A; 2VBV A; 1YJ9 B; 2VNH A; 3B8H A; 3OW7 A; 3AVX A; 1V0F A; 2GK7 A; 4RJL A; 4ZV4 A; 1DG1 G; 1H8E A; 4XMY A; 1W2B B; 4RM0 A; 3CC2 B; 3ASQ A; 3OP1 A; 1VLO A; 4TMW A; 4Z1M A; 3P27 A; 1BJK A; 2NV4 A; 4G7X A; 4OOV A; 2C4U A; 4FXU A; 1G7S A; 2VYQ A; 1EP1 B; 4RPD A; 5DS0 A; 4XNF A; 4KKT A; 1FNC A; 1S0U A; 2VNK A; 1CNF A; 4NCN A; 4P25 A; 2QGG A; 2ZZE A; 4AC9 A; 2ZTN A; 4YAO A; 5KW9 A; 4LBW A; 1A8P A; 2EIX A; 3OZU A; 5IYW A; 3ONU A; 4Y7C A; 1OGI A; 2F4N A; 4N3G A; 2YWE A; 4TMV A; 5JBQ A; 3MMP A; 5IYQ A; 2GQF A; 2XZL A; 2GRE A; 3ZUG A; 1QG0 A; 1VLY A; 4Q7J B; 1BMF A; 2VBU A; 4WWV A; 3CCL B; 2JDI A; 4P9S A; 1VQK B; 2OTJ B; 1D2E A; 1M1K D; 1EFU A; 2VNI A; 1UD2 A; 1VQ4 B; 4KKS A; 1UD8 A; 4MYT A; 3R6J A; 4DQL A; 2BGI A; 2FVG A; 4OPS A; 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1COW A; 1BX1 A; 4Z4Z A; 4AF7 A; 1VQL B; 1EWY A; 1D8T A; 1EFC A; 4LBV A; 4ACA A; 4P12 A; 1E43 A; 5LMZ A; 4ASU A; 2ZL5 A; 1E3X A; 2WZP P; 4NNJ A; 2WZN A; 1VQM B; 1E1R A; 2V7Q A; 4F7D A; 3AVW A; 1N0V C; 5BSX A; 1QVG B; 1DDI A; 4DK0 A; 3A3G A; 4XD7 A; 2WYR A; 2DET A; 1TTT A; 4X7C A; 2BVN A; 1TVC A; 4QHY A; 1K73 D; 2V4D A; 1OB5 A; 4LC0 A; 1ZM9 A; 3ZBT A; 3T53 B; 3AVU A; 4Z4V A; 1BLI A; 2BGJ A; 5E6T A; 3OFN A; 4X8I A; 5H5J A; 4Z4R A; 3VO1 A; 3AVV A; 1IJF A; 1SKQ A; 5IYR A; 3CCE B; 1ELO A; 1OB0 A; 1KD1 D; 1OB2 A; 1K8A D; 2Z6B D; 2PIA A; 2ZBV A; 4RDL A; 4K1X A; 1BX0 A; 2B5O A; 4U9U A; 1EP2 B; 3RY8 A; 1GR1 A; 3CTA A; 2XEX A; 2D9R A; 3I1F A; 1YJW B; 1JB9 A; 4PAB A; 2ZL7 A; 4XN0 A; 2BV3 A; 4Y9U A; 3ASP A; 3Q39 A; 1Q81 D; 1Q86 D; 1YIT B; 1VF7 A; 1NB0 A; 3CPW B; 3W2H A; 2X85 A; 2PE3 A; 2XND A; 2ZZF A; 3CW2 A; 3CCS B; 1AMO A; 1QX4 A; 3U2Q A; 5FO0 A; 1QGZ A; 2PMD A; 4R71 A; 4Z4W A; 3CC7 B; 4LBY A; 4PC3 A; 2R9V A; 2ZXH A; 1YIJ B; 4UZE A; 1K9M D; 1YX2 A; 2ZZQ A; 2CC2 A; 4M0L A; 1V5V A; 5IK2 A; 4B47 A; 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