The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
23
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sequence length |
108
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structure length |
108
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Chain Sequence |
AMAEIQFIRGINEEVVPDVRLTRARDGSSGQAMFYFDNPKIVQEGNLEVTGMYMVDEEGEIVTRDVNAKFINGQPVAIEATYTMRSPQEWDRFIRFMDRYAASHGLGF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Photosynthesis
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| source organism |
Thermosynechococcus elongatus
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| publication title |
Crystal Structure of the Psb28 Accessory Factor of Thermosynechococcus Elongatus Photosystem II at 2.3 A
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
PHOTOSYSTEM II REACTION CENTER PSB28 PROTEIN
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| total genus |
23
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| structure length |
108
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| sequence length |
108
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-02-28 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF03912 | Psb28 | Psb28 protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 | Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2KVO A; 3ZPN A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2R6H A; 2WPD A; 2X3U A; 1IHM A; 1QUE A; 2FX3 A; 5HXB A; 2YWH A; 5B6I A; 1KC8 D; 4YEL A; 3AVT A; 1VQ6 B; 2WJY A; 4TMZ A; 2XZO A; 3BY1 A; 3PA1 A; 4WZT A; 1UD2 A; 2V4D A; 5J35 A; 2OTL B; 3WQZ A; 4ZGQ B; 2FVG A; 4MYT A; 3CCS B; 3A8K A; 2WYR A; 3CC7 B; 4RPD A; 1N0U A; 4DK1 A; 3MCA A; 4ACB A; 1JA1 A; 2C4T A; 4X0C A; 3CB4 A; 2HLD A; 3OFN A; 5TR9 A; 2V31 A; 1QVG B; 4UAJ A; 1S72 B; 3CME B; 1XQB A; 3ES9 A; 4P26 A; 1UMK A; 1BJK A; 5FL7 A; 2F1L A; 1YJN B; 1QGA A; 4MYU A; 1M90 D; 1FNM A; 1V5V A; 4QVA A; 2WZN A; 1KK0 A; 3CC2 B; 4RLZ A; 2VBS A; 4M1K A; 1G7R A; 2Q6I A; 3A8I A; 1KD1 D; 2WR8 A; 4AVZ A; 3PA2 A; 4QFM A; 2OYN A; 4CQJ A; 3MHP A; 2M5S A; 1Q7Y D; 1Q81 D; 1BLI A; 2CND A; 1IB0 A; 1W35 A; 3VMF A; 2P3M A; 2JJ1 A; 4Y7C A; 1ZM2 A; 4XON A; 1WOO A; 2QTZ A; 4FXU A; 1PJ7 A; 2ZZG A; 2BGJ A; 2CK3 A; 4LBY A; 1RQP A; 3Q6Q A; 1VQK B; 1E3X A; 1NB0 A; 1EP1 B; 4Z4U A; 1OGJ A; 4P2N A; 4FN5 A; 1AMO A; 2V7V A; 2JN9 A; 4G1B A; 3FPP A; 5KNL A; 4PC2 A; 1WOP A; 3CXC B; 4XMY A; 4DQL A; 1V0E A; 4X06 A; 2BN4 A; 4YAW A; 3OEH A; 4KKU A; 2AHO A; 4TN1 A; 3I56 B; 3SJZ A; 3WBJ A; 1K28 D; 5IYQ A; 1B23 P; 4ZCM A; 3T51 B; 2F4N A; 4TMV A; 1VQ8 B; 2DIE A; 1EXM A; 4XLA A; 3JU4 A; 1WU8 A; 1KK3 A; 3Q6R A; 2PLF A; 1D1N A; 5DS0 A; 4PC7 A; 1OGI A; 3G71 B; 1AIP A; 1KRH A; 1N07 A; 5H5J A; 1YJW B; 2V7Q A; 3LVB A; 4B43 A; 1OB0 A; 1PJ5 A; 4RJL A; 4UZE A; 3W2G A; 4GQN A; 4XLH A; 4LBW A; 1W0J A; 1ZM4 A; 1NB9 A; 4QVJ A; 4ZCL A; 4ASU A; 1BMF A; 1DDG A; 3SJP A; 3P26 A; 3CMM A; 1GJR A; 4B3F X; 2XZP A; 1UD3 A; 2ZL6 A; 3QE2 A; 3ASQ A; 1G7S A; 4PAB A; 4X7F A; 3E20 A; 5TV2 A; 4B3G A; 2DY1 A; 4XOR A; 3ZPN A; 1E64 A; 4XN0 A; 2ZZE A; 4BPR A; 4KKS A; 1Q86 D; 2Z6B D; 3ASR A; 2X6W A; 3SLD A; 5TRD A; 1CQX A; 4DNR B; 3WYA A; 1DDI A; 4HIZ A; 3CC4 B; 1VLY A; 2OK8 A; 2DET A; 3QFS A; 3BQJ A; 4RDK A; 2OTJ B; 4J0Q A; 1E3Z A; 2HCJ B; 4DK0 A; 4UZU A; 1B2R A; 1UD8 A; 2DCU A; 3T56 B; 3ZZ0 A; 4RD2 A; 1VQN B; 1WP6 A; 4G1V A; 1VLO A; 2GQF A; 1BX0 A; 1S4M A; 5FA6 A; 1KMH A; 1T5E A; 3LO8 A; 1HZE A; 3BH4 A; 1H8E A; 4OPV A; 1T6Y A; 4P25 A; 5JBQ A; 1KTV A; 1N05 A; 4Z4Z A; 2Q6O A; 2C5B A; 5FIU A; 3SLN A; 4OOX A; 3CCU B; 2CW5 A; 4TMT A; 3GIR A; 1VQ7 B; 2EIX A; 4X07 A; 1VQM B; 1VQ4 B; 1HA3 A; 2F1M A; 2V7U A; 1VQ9 B; 3WND A; 4XN3 A; 3OP1 A; 1G7T A; 2ZZQ A; 4P22 A; 4WZL A; 2YWF A; 3HAG A; 1QFY A; 2C2W A; 2XNJ A; 5IK2 A; 2CC2 A; 1QFZ A; 3W5V A; 1MRZ A; 1SKQ A; 2ZIT A; 3OOC A; 4QHY A; 3V76 A; 2VNH A; 4WZE A; 1FDR A; 1QX4 A; 4TSF A; 4FK8 A; 2GJR A; 1JB9 A; 1FND A; 2NPF A; 1N08 A; 3BY2 A; 1VHO A; 1WOR A; 1M1K D; 1T6X A; 1H42 A; 3AVV A; 4ROX A; 4WQM A; 2BM1 A; 1QGY A; 1I18 A; 1UD4 A; 2PIA A; 5FNZ A; 5FO1 A; 2ZL5 A; 1E79 A; 1EP2 B; 1VHE A; 2E1R A; 3NE5 B; 1WPC A; 2B7C A; 4Y9U A; 2KVO A; 1QG0 A; 1UD5 A; 1F20 A; 1J9Z A; 4G7W A; 5DN6 A; 2BF4 A; 1DG1 G; 1W87 A; 4P12 A; 5J3O A; 3R6K A; 1FRN A; 4RPB A; 2BMW A; 3DDY A; 3MMP A; 2QMU A; 2QN6 A; 1KQS B; 3OKX A; 4LBV A; 5GV7 A; 1VQ5 B; 4OOV A; 2QTL A; 3WNB A; 1K8A D; 1W9X A; 1N0V C; 3OZV A; 3B8H A; 5IYP A; 3VNV A; 4N3N A; 1VQP B; 1JNY A; 5THX A; 2VJJ A; 1EP3 B; 3B78 A; 1EFU A; 3PUM A; 1NDH A; 2V7X A; 4NNJ A; 3AGP A; 4RD4 A; 1T6Z A; 2D9R A; 2RC6 A; 2D74 A; 2QDX A; 2Q6L A; 1W34 A; 3CCL B; 1NRK A; 1NBM A; 2PMD A; 4N3G A; 4OPO A; 1OB5 A; 3ZC3 A; 2ZL7 A; 4G7X A; 1EFR A; 1PKV A; 1W0K A; 3CW2 A; 3SEJ A; 3A1P A; 4OOS A; 3OE7 A; 1ZUN B; 2OBS A; 3A8J A; 4PC3 A; 4ZGN B; 4X05 A; 1EFT A; 1Y0Y A; 3QFC A; 4G5G A; 5HZA A; 5LMZ A; 5A8A A; 2OK7 A; 1WDT A; 3QFT A; 5DSZ A; 1OB2 A; 4ZCI A; 4AF6 A; 2DYI A; 2X53 S; 2GPJ A; 4TMW A; 1XE1 A; 4Z4T A; 1S0U A; 4XLC A; 4AF7 A; 4B48 A; 1YJ9 B; 1ZM3 A; 3LQ6 A; 1TLL A; 2GJP A; 2OBR A; 3BNW A; 4QV2 A; 2D3N A; 4YXW A; 4C0S A; 3PVD A; 3Q3A A; 4TKO B; 3ASS A; 3JQQ A; 4UZF A; 3W5H A; 3CCR B; 1ELO A; 1JJ2 B; 3G4S B; 1FX0 A; 3W5U A; 1K9M D; 1HVX A; 2HDN B; 4B47 A; 2WSS A; 2GK7 A; 4RD6 A; 1I8D A; 3Q39 A; 3CPX A; 3ZZT A; 2WZP P; 2C5H A; 4RD1 A; 1UD6 A; 1WSR A; 2RC5 A; 4HE6 A; 4RCY A; 2VNI A; 2VJI A; 3E1Y E; 4HE5 A; 4XM3 A; 1BX1 A; 2ZBU A; 1K73 D; 1QFJ A; 4C43 A; 2BV3 A; 4NBS A; 2QGG A; 1ZM9 A; 3T53 B; 3V7A A; 3PUN A; 1YHQ B; 1EWY A; 4WZK A; 2XEX A; 1H8H A; 1R5O A; 3AST A; 4XLE A; 3WBK A; 2W6J A; 1GAQ A; 3CCJ B; 4AC9 A; 2C77 A; 3JQP A; 3OZW A; 3G6E B; 4XNF A; 4G6I A; 2VBT A; 4II2 A; 3ISX A; 5FO0 A; 2JDI A; 4M4S A; 5A89 A; 2Q6K A; 2CBX A; 2VYQ A; 1WOS A; 1FNB A; 2JJ2 A; 2X6X A; 2ZBV A; 4E0F A; 3WXM A; 4R71 A; 1TTT A; 4L8J A; 4JMQ A; 4X7E A; 1Y0R A; 2ZXI A; 4K1X A; 2EFG A; 3CRZ A; 3W2H A; 4B4D A; 3VO1 A; 3FJO A; 1XFO A; 4YEJ A; 2R9V A; 4Z4R A; 1GO2 A; 2F43 A; 3ZBU A; 3CPW B; 3GVK A; 1QH0 A; 4PAA A; 4P3Y A; 3SKB A; 1CNF A; 1E62 A; 1TUI A; 3ZUG A; 4EH1 A; 1VQO B; 1Q82 D; 1U2R A; 1VJS A; 4P6Y A; 3D26 A; 3AVW A; 4XL9 A; 3OJW A; 2C78 A; 2NV4 A; 3WNC A; 4YAU A; 3KL9 A; 1D2E A; 2GJK A; 1QUF A; 3P27 A; 2B5O A; 3B82 A; 4KKT A; 2BPO A; 1YI2 B; 5BSY A; 3OEE A; 3OZU A; 2PE3 A; 5L46 A; 3CTA A; 2ZTN A; 1P4M A; 3FPK A; 2X85 A; 3GSI A; 4LBZ A; 4Q7J B; 3BCF A; 4XOT A; 3CCV B; 1XB2 A; 4P6V F; 2QEX B; 2DOG A; 1GR1 A; 3ZIA A; 1FRQ A; 1PJ6 A; 3CD6 B; 2VNK A; 1GAW A; 5H59 A; 1SKY B; 3I55 B; 2YWE A; 4RDJ A; 2X0K A; 2XNC A; 3BC9 A; 4Y9R A; 4X7D A; 1W2B B; 4XD7 A; 3OW7 A; 1A8P A; 1KK1 A; 3GQB A; 3A3G A; 3OW2 B; 4P1V A; 5IYR A; 3AVY A; 3WY9 A; 3ZZU A; 4XOP A; 4PC1 A; 2VNJ A; 2DER A; 3OPO A; 4ZV4 A; 2D3L A; 1NJI D; 1E63 A; 4Z4S A; 1JA0 A; 2XND A; 3RY8 A; 2XZL A; 4QUZ A; 3H9N A; 2HMA A; 1QVF B; 4RD3 A; 4RM0 A; 5GV8 A; 1YIJ B; 3OJX A; 1YIT B; 1V0F A; 2V7T A; 3PEN A; 2W6I A; 3OAA A; 1IJF A; 1WSV A; 2GRE A; 1VF7 A; 3BCD A; 4Z1M A; 5IYW A; 1VQL B; 2ZTG A; 3W2I A; 2VBV A; 3Q38 A; 3R6J A; 3A35 A; 3I1F A; 4RCZ A; 2E1B A; 2YWG A; 1KZL A; 2X6Y A; 3KEW A; 4XLF A; 2J7K A; 3CES A; 3VO2 A; 2BSA A; 1F60 A; 4RD0 A; 5F4J A; 4X7C A; 3AVX A; 1TVC A; 5AN9 A; 1YLO A; 1SM4 A; 2CF4 A; 4H9G A; 3G05 A; 1D8T A; 2CRV A; 2ZZF A; 3CCQ B; 4F7D A; 3AVU A; 4Z4V A; 4M2L A; 4XKV A; 3VNU A; 5CDF A; 3ONU A; 4TMX A; 2ZXH A; 4IW3 B; 1RQR A; 3ONY A; 3CP2 A; 3GVL A; 3CP8 A; 3U6B A; 2GK6 A; 5A88 A; 3W2F A; 3CMA B; 3AGQ A; 4NCN A; 1E43 A; 1KK2 A; 1R5B A; 3W2E A; 1E1Q A; 5F4M A; 2WJV A; 5HKK A; 4X8I A; 1Q9S A; 1IJE A; 2C4U A; 1R5N A; 1G7C A; 3JQR A; 1OHH A; 1COW A; 5IYN A; 3LQE A; 1KJZ A; 4YAF A; 4II3 A; 4ACA A; 4Z4Y A; 4XR6 A; 4XKW A; 1FNC A; 1E1R A; 3LNN A; 3VR6 A; 1MAB A; 2X8K A; 3FKS A; 4OPS A; 3U6K A; 2I1L A; 4B3X A; 3CCM B; 3ASP A; 1DAR A; 5F4O A; 1EFC A; 4P3I A; 4LC0 A; 2V7W A; 3GVJ A; 2QE7 A; 2VZL A; 4XQF A; 2BVN A; 5EMN A; 3U2Q A; 1BPL A; 3QFR A; 4PGO A; 4FWT A; 2BM0 A; 5KW9 A; 1WTH D; 4M53 A; 4U9U A; 5HZB A; 1BQE A; 2XOK A; 4P9S A; 5KSW B; 4DQK A; 2QA4 B; 2B7B A; 4DNT B; 4OP7 A; 4TT3 A; 3CCE B; 4YAO A; 2OBT A; 2JIZ A; 1H85 A; 2VBU A; 3A3B A; 4WWV A; 1I7P A; 1QGZ A; 2BGI A; 1YX2 A; 4M0L A; 4YAL A; 4RDL A; 3J81 k; 1CNE A; 2XGJ A; 4B44 A; 5TY0 A; 4YHB A; 5E6T A; 1N8R D; 4PC6 A; 2DEU A; 1GVH A; 2LZJ A; 3ZBT A; 3H94 A; 3QSY A; 5BSX A; 4Z4W A; 1N06 A; #chains in the Genus database with same CATH homology 4XLC A; 2WPD A; 4DNR B; 2GJP A; 2XND A; 4HIZ A; 4YEL A; 2XZL A; 1VLY A; 2D3N A; 2WJY A; 4YXW A; 2XZO A; 4TKO B; 1UD2 A; 2V4D A; 3WQZ A; 1V0F A; 1E3Z A; 4DK0 A; 4UZU A; 1UD8 A; 2W6I A; 3OAA A; 3T56 B; 1FX0 A; 1WP6 A; 1HVX A; 2WSS A; 2GK7 A; 1VF7 A; 1KMH A; 1T5E A; 1I8D A; 3BCD A; 4DK1 A; 1HZE A; 4Z1M A; 2HLD A; 2ZTG A; 3BH4 A; 1H8E A; 3OFN A; 2V31 A; 2WZP P; 3A35 A; 2E1B A; 1KZL A; 1UD6 A; 2X6Y A; 3KEW A; 4XLF A; 2VJI A; 4XM3 A; 5FL7 A; 3CES A; 2F1M A; 3T53 B; 4XLE A; 1H8H A; 3G05 A; 4XN3 A; 2ZZQ A; 2W6J A; 2ZZF A; 4P22 A; 4AVZ A; 3HAG A; 5IK2 A; 4XKV A; 4XNF A; 4G6I A; 3OOC A; 4II2 A; 2JDI A; 5CDF A; 2M5S A; 4TSF A; 2ZXH A; 1BLI A; 2GJR A; 2JJ2 A; 4E0F A; 2X6X A; 3CP2 A; 4JMQ A; 4L8J A; 2JJ1 A; 3GVL A; 4XON A; 3CP8 A; 2ZXI A; 4FXU A; 2GK6 A; 2ZZG A; 2CK3 A; 4YEJ A; 1I18 A; 1UD4 A; 2R9V A; 1E43 A; 1E79 A; 1E3X A; 2F43 A; 3NE5 B; 3GVK A; 2X6W A; 1E1Q A; 2WJV A; 5HKK A; 1WPC A; 2KVO A; 3FPP A; 5KNL A; 1VJS A; 1UD5 A; 1OHH A; 1COW A; 4XMY A; 4II3 A; 1V0E A; 4G7W A; 4XR6 A; 5DN6 A; 4XKW A; 4XL9 A; 1E1R A; 3LNN A; 3OEH A; 1MAB A; 4KKU A; 3VR6 A; 2X8K A; 3FKS A; 1K28 D; 3T51 B; 3GVJ A; 3DDY A; 2GJK A; 2QE7 A; 2DIE A; 4KKT A; 3JU4 A; 4XLA A; 4XQF A; 3OEE A; 1W9X A; 1BPL A; 2V7Q A; 2VJJ A; 2ZTN A; 2X85 A; 4XOT A; 3BCF A; 1OB0 A; 4NNJ A; 1WTH D; 4GQN A; 3ZIA A; 2XOK A; 4XLH A; 1W0J A; 1NRK A; 4DNT B; 1NBM A; 4ASU A; 1BMF A; 1SKY B; 4TT3 A; 2JIZ A; 3CMM A; 1EFR A; 4G7X A; 1PKV A; 1W0K A; 1UD3 A; 2XZP A; 3A3B A; 3BC9 A; 4B3F X; 3OE7 A; 4XD7 A; 3OW7 A; 2XGJ A; 3GQB A; 3A3G A; 4B3G A; 4XOR A; 4XOP A; 3ZPN A; 4XN0 A; 2X53 S; 2ZZE A; 2LZJ A; 4KKS A; 3H94 A; 3OPO A; 2Z6B D; 2D3L A;
#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait... #similar chains, but unknotted ...loading similar chains, please wait... #similar chains in the pdb database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait...
