The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
31
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sequence length |
153
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structure length |
147
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Chain Sequence |
RHFYVTGPVVRGAGRGGKELGFPTANQYFHDTVALPADGVYAGWLTILPTEAPVSGNMEPEVAYAAAISVGTNQRSVESFVLDRDADLYGHDVKVEFVDHVRAMEKFDSVEQLLEVMAKDVQKTRTLLAQDVQAHKMAPETYFLQAE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural Insights Into the Synthesis of Fmn in Prokaryotic Organisms.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transferase
|
| source organism |
Corynebacterium ammoniagenes
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| molecule keywords |
RIBOFLAVIN BIOSYNTHESIS PROTEIN RIBF
|
| total genus |
31
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| structure length |
147
|
| sequence length |
153
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature |
ec
2.7.1.26: Riboflavin kinase. |
| pdb deposition date | 2015-07-13 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01687 | Flavokinase | Riboflavin kinase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 | Riboflavin kinase-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5FO0 A; 5A89 A; 2OYN A; 2X0K A; 4UZF A; 1NB9 A; 1T6Y A; 2I1L A; 5FO1 A; 1N08 A; 3CTA A; 1N05 A; 2VBT A; 5A88 A; 1N07 A; 1N06 A; 5TRD A; 1P4M A; 5FNZ A; 2VBU A; 2VBS A; 1NB0 A; 2P3M A; 2VBV A; 3BNW A; 1MRZ A; 3OP1 A; 1S4M A; 1Q9S A; 1T6X A; 1T6Z A; 4UZE A; 3ZUG A; 5A8A A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1HA3 A; 1UD8 A; 4B3F X; 3Q3A A; 1D2E A; 3I1F A; 1YLO A; 3CCQ B; 1DDG A; 1VQ6 B; 4CQJ A; 1DDI A; 1N05 A; 3QFS A; 2C4T A; 3LQE A; 4N3G A; 4RCZ A; 4X7E A; 4C0S A; 3B82 A; 3CCJ B; 1I8D A; 4X7F A; 5J35 A; 5H5J A; 2XNJ A; 1W2B B; 4DK1 A; 3FPK A; 1B23 P; 4ZGN B; 1PJ7 A; 1F60 A; 1TUI A; 2E1R A; 2LZJ A; 3ZBT A; 3VO1 A; 2VNI A; 4K1X A; 1YIT B; 4Z4V A; 4M1K A; 1Y0Y A; 1UD5 A; 3ASR A; 3BQJ A; 3CP2 A; 2HDN B; 4OPO A; 5A8A A; 1Q7Y D; 1KZL A; 1WOP A; 3CP8 A; 3J81 k; 4TMZ A; 4OOX A; 4N3N A; 5FO1 A; 3T53 B; 3VO2 A; 2X6X A; 1W0J A; 2QTZ A; 2OTJ B; 1N07 A; 3KEW A; 2BF4 A; 1R5B A; 3E1Y E; 4P2N A; 1KQS B; 1I18 A; 1WSV A; 3JQP A; 1I7P A; 1E1Q A; 5F4M A; 3CPX A; 2Q6I A; 2XZL A; 1UMK A; 3DDY A; 4Y9R A; 3OFN A; 4OPV A; 4Z4T A; 3OP1 A; 2XZO A; 1GO2 A; 1EFC A; 2YWG A; 3PVD A; 1R5O A; 4OPS A; 1BX1 A; 3OZU A; 1EWY A; 1PJ6 A; 4UZF A; 1NB9 A; 2OBS A; 2ZTG A; 4PC6 A; 1OGI A; 2R9V A; 2BVN A; 3OOC A; 4J0Q A; 1OGJ A; 1ZM4 A; 3A8K A; 2YWH A; 1AIP A; 4ZCL A; 2DIE A; 4H9G A; 1P4M A; 3G6E B; 4ACA A; 3OPO A; 4LBV A; 4XOR A; 1QFY A; 2VBU A; 2VBS A; 4KKU A; 3U6K A; 3OJX A; 4YAF A; 1WPC A; 4P6V F; 1D1N A; 3A3B A; 2QEX B; 4RDJ A; 1WDT A; 3VNU A; 4XL9 A; 2JJ2 A; 2BN4 A; 5FL7 A; 1VQ7 B; 2X3U A; 2X85 A; 4HE6 A; 3T56 B; 3CCU B; 1M1K D; 2C78 A; 2D3N A; 2NV4 A; 5HZA A; 1WOR A; 4LBW A; 1OB0 A; 5CDF A; 4LBZ A; 4PAA A; 3FJO A; 4PC7 A; 1VQM B; 1EXM A; 3MCA A; 4Y9U A; 3GVJ A; 4G1V A; 3PUN A; 2GRE A; 4Z4Y A; 2JDI A; 3QE2 A; 3I55 B; 1OB2 A; 1JA0 A; 4ZCI A; 2X6Y A; 2ZL5 A; 3ASS A; 1E64 A; 2YWF A; 1KK1 A; 2XZP A; 4C43 A; 3OEE A; 4ZGQ B; 1E62 A; 2BPO A; 3CES A; 3OAA A; 3R6J A; 4YAL A; 1W34 A; 2BM1 A; 1VLO A; 2YWE A; 4RD2 A; 1K28 D; 3H94 A; 1JJ2 B; 1E3Z A; 3P27 A; 3Q6R A; 4MYU A; 4TMT A; 1Q81 D; 2QMU A; 4NCN A; 4QV2 A; 3SEJ A; 1Q9S A; 4DNT B; 2XEX A; 4RCY A; 4WZT A; 4RDK A; 2Q6K A; 4WZL A; 4FK8 A; 3ONU A; 4YXW A; 2Q6O A; 4IW3 B; 4X8I A; 3ZIA A; 1FNC A; 3ZZT A; 3A3G A; 2QTL A; 1QGA A; 4OOS A; 4OOV A; 2C5H A; 1VHO A; 1ZM9 A; 4ROX A; 1EFU A; 3SLN A; 4P22 A; 2ZZQ A; 3AST A; 2EFG A; 3NE5 B; 3G05 A; 3W2G A; 1E43 A; 4G7W A; 1FDR A; 1GAQ A; 1VHE A; 4YHB A; 3CCS B; 4U9U A; 3Q6Q A; 2V7T A; 2HCJ B; 3CCL B; 1CQX A; 1UD6 A; 4WWV A; 1VQK B; 2F43 A; 3BY2 A; 5BSY A; 1T6Z A; 1WTH D; 3OKX A; 5HXB A; 2RC6 A; 2DCU A; 3CB4 A; 4NBS A; 3ZZU A; 1YHQ B; 1ZM2 A; 2CND A; 1N08 A; 1FRN A; 4X7C A; 2QN6 A; 2ZL6 A; 2DEU A; 3ZC3 A; 1RQR A; 4UZU A; 2C77 A; 3VNV A; 4XNF A; 3U6B A; 4B47 A; 1VJS A; 4RD6 A; 2WJV A; 4Z4S A; 3AVY A; 2GK6 A; 1PJ5 A; 2M5S A; 4G1B A; 1UD2 A; 2P3M A; 2CC2 A; 3D26 A; 4ZCM A; 1KK2 A; 4TMX A; 3LNN A; 5GV7 A; 2HLD A; 2D3L A; 1ZM3 A; 3BCD A; 3OZW A; 5TY0 A; 2B7C A; 1EFR A; 2EIX A; 4X07 A; 4XQF A; 4FWT A; 3CW2 A; 3CCR B; 5FO0 A; 3CC4 B; 3SJP A; 4L8J A; 4G6I A; 2OBR A; 5FIU A; 4XLH A; 3CCV B; 1H8E A; 1Q82 D; 1IJE A; 2F4N A; 2WZN A; 4P9S A; 1JNY A; 1V5V A; 2C4U A; 1Q86 D; 1QGZ A; 1FNB A; 1QFJ A; 2BSA A; 2BM0 A; 5LMZ A; 3CPW B; 3ISX A; 5HZB A; 2AHO A; 3Q39 A; 2FX3 A; 1HZE A; 4AC9 A; 4RJL A; 2WJY A; 1VQ5 B; 4DQK A; 2X53 S; 1OB5 A; 1A8P A; 4WQM A; 2XGJ A; 3WNB A; 1QVF B; 3CC7 B; 4OP7 A; 1VQ8 B; 3WQZ A; 4UAJ A; 1S72 B; 1K8A D; 1YX2 A; 4II3 A; 3ZPN A; 5B6I A; 2ZXI A; 1JB9 A; 3OEH A; 4RDL A; 1H85 A; 1RQP A; 2FVG A; 2HMA A; 1VLY A; 1D8T A; 2X0K A; 1UD3 A; 4RPB A; 2CBX A; 4XLC A; 1VQN B; 3ZBU A; 4PGO A; 1QFZ A; 2V4D A; 5KSW B; 1IB0 A; 4RD3 A; 4JMQ A; 1ELO A; 1G7S A; 2GJK A; 2JJ1 A; 2WR8 A; 4YAO A; 3GQB A; 5IYP A; 4X06 A; 1H8H A; 1WOO A; 1WSR A; 1E3X A; 2B5O A; 2NPF A; 2V7U A; 1QVG B; 2V7V A; 1B2R A; 1XB2 A; 4P12 A; 2ZZG A; 4X0C A; 4MYT A; 3WY9 A; 4XON A; 2Q6L A; 2GK7 A; 1T5E A; 4UZE A; 3CD6 B; 3W5U A; 5HKK A; 2J7K A; 3B78 A; 3W2I A; 2OYN A; 1XFO A; 1M90 D; 2VNH A; 3LVB A; 4G7X A; 2PIA A; 3CTA A; 3RY8 A; 1U2R A; 3OZV A; 2ZIT A; 4YEJ A; 3GSI A; 1V0F A; 4RLZ A; 3B8H A; 2V7W A; 4FXU A; 1BX0 A; 4XN0 A; 2VYQ A; 2F1M A; 3W2H A; 4XR6 A; 4P6Y A; 2JIZ A; 1KRH A; 4R71 A; 4EH1 A; 4P25 A; 4Z4U A; 5DN6 A; 2VBV A; 3ONY A; 5IYR A; 3E20 A; 3CCE B; 1IHM A; 4B4D A; 4HE5 A; 4AF6 A; 1DAR A; 1SKY B; 1V0E A; 2CRV A; 4Y7C A; 3AVV A; 4X7D A; 3JQR A; 3OW7 A; 3PUM A; 4XKV A; 3A35 A; 1YJ9 B; 2D9R A; 3AVT A; 1WP6 A; 3W5V A; 1QH0 A; 1E79 A; 2GJR A; 2C2W A; 3JQQ A; 5FA6 A; 1NBM A; 2F1L A; 1GR1 A; 3KL9 A; 1VQL B; 1E1R A; 1NB0 A; 4NNJ A; 4XOP A; 5F4O A; 2GQF A; 1BMF A; 3ASP A; 3MMP A; 1KC8 D; 2RC5 A; 2E1B A; 3BNW A; 4PAB A; 5E6T A; 2DY1 A; 1FRQ A; 5THX A; 2W6I A; 4RD4 A; 3ASQ A; 4QHY A; 3VMF A; 4LC0 A; 5A89 A; 1W0K A; 4TKO B; 5DSZ A; 2VNJ A; 1BQE A; 2DOG A; 2GPJ A; 1VF7 A; 2VZL A; 4E0F A; 1N0U A; 2V31 A; 1G7C A; 4Z1M A; 3SJZ A; 3AGP A; 1N06 A; 2ZTN A; 4TMW A; 4YAU A; 2B7B A; 3QSY A; 4XM3 A; 3GVL A; 2VJJ A; 2ZZE A; 1TVC A; 5DS0 A; 4XKW A; 3BCF A; 4RM0 A; 2JN9 A; 3PEN A; 5KW9 A; 1CNF A; 3PA2 A; 4XN3 A; 2VNK A; 1KK0 A; 3W5H A; 1SM4 A; 3HAG A; 4KKS A; 4M4S A; 3MHP A; 3WXM A; 1TLL A; 1EP2 B; 2CK3 A; 3WND A; 1QG0 A; 1EP1 B; 1E63 A; 1T6Y A; 4XOT A; 3U2Q A; 1DG1 G; 1W87 A; 4RPD A; 3I56 B; 1TTT A; 4M0L A; 3WBK A; 3AGQ A; 1VQP B; 3A1P A; 3SLD A; 1NJI D; 2DER A; 3OJW A; 2W6J A; 5JBQ A; 1SKQ A; 3ZZ0 A; 3WNC A; 1VQO B; 4LBY A; 2Z6B D; 3CMM A; 3VR6 A; 4XD7 A; 1EFT A; 4PC2 A; 4B43 A; 2OTL B; 2XNC A; 1MAB A; 1G7R A; 1MRZ A; 1PKV A; 3A8I A; 3BY1 A; 4QUZ A; 4TN1 A; 4YAW A; 1GJR A; 1KTV A; 2BV3 A; 2ZBU A; 2BGI A; 1VQ9 B; 2GJP A; 2I1L A; 1HVX A; 1QUE A; 1K73 D; 3P26 A; 5L46 A; 4B3G A; 4XLF A; 4F7D A; 5A88 A; 2CF4 A; 2QGG A; 2VJI A; 3BC9 A; 5TRD A; 1KD1 D; 4TMV A; 2X8K A; 3G71 B; 2WSS A; 4GQN A; 2XOK A; 4RD0 A; 2CW5 A; 4ZV4 A; 4AVZ A; 4QVA A; 4Z4W A; 1AMO A; 3CMA B; 1W35 A; 4AF7 A; 5GV8 A; 4PC1 A; 5IK2 A; 1JA1 A; 3QFT A; 4PC3 A; 3FPP A; 4DQL A; 2WYR A; 1G7T A; 2PMD A; 2OK8 A; 1S4M A; 4ACB A; 4P1V A; 3G4S B; 1UD4 A; 1T6X A; 1BJK A; 3W2E A; 1KK3 A; 1N0V C; 1QUF A; 2PLF A; 2XND A; 1N8R D; 2X6W A; 3W2F A; 3JU4 A; 3CRZ A; 4B44 A; 5IYN A; 3PA1 A; 3QFR A; 5BSX A; 4YEL A; 1FND A; 1FNM A; 1FX0 A; 3ES9 A; 4RD1 A; 1YIJ B; 3A8J A; 5FNZ A; 4HIZ A; 1WU8 A; 2ZBV A; 3WBJ A; 4DNR B; 4M53 A; 4P3I A; 1GVH A; 2C5B A; 3FKS A; 1KJZ A; 1J9Z A; 3GVK A; 3BH4 A; 4Q7J B; 3Q38 A; 2QDX A; 4M2L A; 1YJN B; 4XMY A; 5F4J A; 4BPR A; 4TSF A; 1XQB A; 2V7Q A; 2DET A; 4DK0 A; 2R6H A; 3SKB A; 2ZXH A; 3AVX A; 2ZL7 A; 4FN5 A; 3CXC B; 2V7X A; 1WOS A; 4G5G A; 2KVO A; 3GIR A; 5TV2 A; 4TT3 A; 1Y0R A; 1GAW A; 2QE7 A; 3OW2 B; 4QVJ A; 1H42 A; 4QFM A; 3V7A A; 1ZUN B; 2BGJ A; 3QFC A; 5KNL A; 3R6K A; 4II2 A; 4B48 A; 1YJW B; 2BMW A; 1COW A; 2QA4 B; 4P26 A; 4XLE A; 3WYA A; 1VQ4 B; 3AVU A; 3LO8 A; 1YI2 B; 3CME B; 1K9M D; 4ASU A; 3V76 A; 5H59 A; 5EMN A; 1QX4 A; 1KMH A; 2ZZF A; 2VBT A; 5TR9 A; 3CC2 B; 4KKT A; 4XLA A; 1IJF A; 2WPD A; 3OE7 A; 3LQ6 A; 2OK7 A; 4Z4R A; 3T51 B; 2PE3 A; 3H9N A; 1BLI A; 5IYQ A; 4B3X A; 1EP3 B; 1NRK A; 5IYW A; 4WZK A; 1W9X A; 1R5N A; 5J3O A; 1XE1 A; 2DYI A; 3CCM B; 1F20 A; 1QGY A; 1S0U A; 4P3Y A; 1CNE A; 1NDH A; 2D74 A; 4X05 A; 4Z4Z A; 3AVW A; 2OBT A; 5AN9 A; 4WZE A; 1OHH A; 1BPL A; 3ZUG A; 2WZP P; #chains in the Genus database with same CATH homology 5FO0 A; 5A89 A; 2OYN A; 2X0K A; 4UZF A; 1NB9 A; 1T6Y A; 2I1L A; 5FO1 A; 1N08 A; 3CTA A; 1N05 A; 2VBT A; 5A88 A; 1N07 A; 1N06 A; 5TRD A; 1P4M A; 5FNZ A; 2VBU A; 2VBS A; 1NB0 A; 2P3M A; 2VBV A; 3BNW A; 1MRZ A; 3OP1 A; 1S4M A; 1Q9S A; 1T6X A; 1T6Z A; 4UZE A; 3ZUG A; 5A8A A;
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