The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
64
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sequence length |
337
|
structure length |
337
|
Chain Sequence |
PQPSRPRKGSLGFGPRKRSTSETPRFNSWPSDDGQPGVQGFAGYKAGMTHVVLVNDEPNSPREGMEETVPVTVIETPPMRAVALRAYEDTPYGQRPLTEVWTDEFHSELDRTLDVPEDHDPDAAEEQIRDAHEAGDLGDLRLITHTVPDAVPSVPKKKPDVMETRVGGGSVSDRLDHALDIVEDGGEHAMNDIFRAGEYADVAGVTKGKGTQGPVKRWGVQKRKGKHARQGWRRRIGNLGPWNPSRVRSTVPQQGQTGYHQRTELNKRLIDIGEGDEPTVDGGFVNYGEVDGPYTLVKGSVPGPDKRLVRFRPAVRPNDQPRLDPEVRYVSNESNQG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural Insights into the Roles of Water and the 2' Hydroxyl of the P Site tRNA in the Peptidyl Transferase Reaction.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
23S ribosomal rna
|
| molecule tags |
Ribosome
|
| total genus |
64
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| structure length |
337
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| sequence length |
337
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-12-16 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF00297 | Ribosomal_L3 | Ribosomal protein L3 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 | Translation factors | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Ribosomal Protein L3; Chain: B; domain 2, | Ribosomal Protein L3; Chain: B; domain 2, | ||
| Few Secondary Structures | Irregular | Ribosomal protein L3; domain 3 | Ribosomal protein L3, domain 3 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4YHB A; 1ELO A; 3W5H A; 1VQK B; 2VNK A; 2YWE A; 2BGJ A; 2GQF A; 3ES9 A; 3CMA B; 1QUE A; 4PC6 A; 2HCJ B; 4RCZ A; 4B3X A; 1JNY A; 3MHP A; 4YAU A; 2HDN B; 1KQS B; 4G1B A; 3OZU A; 1I7P A; 4B48 A; 2X3U A; 3W2F A; 3ZZT A; 2VNJ A; 1SM4 A; 1BQE A; 3QFT A; 3FPK A; 3OW2 B; 4MYU A; 3U6B A; 4LC0 A; 3CC7 B; 3CCU B; 5FA6 A; 2EFG A; 4RD2 A; 3ZC3 A; 1QFJ A; 1U2R A; 2YWH A; 1FNM A; 4HE6 A; 1YJW B; 1KK1 A; 1VQ7 B; 1N0V C; 3OJX A; 4G1V A; 3FJO A; 4Q7J B; 4ZGN B; 2BMW A; 2QTL A; 3MCA A; 3JQR A; 2C78 A; 4DQL A; 4M53 A; 3LVB A; 3PEN A; 1JB9 A; 4LBW A; 4C0S A; 3JQP A; 1IJE A; 5H59 A; 2DY1 A; 3J81 k; 1QGA A; 1OGI A; 4FK8 A; 1S0U A; 1ZUN B; 1BJK A; 3G6E B; 3ZZ0 A; 3CCL B; 4ZCM A; 1QGY A; 4ZGQ B; 4UAJ A; 1OGJ A; 3CC4 B; 2BN4 A; 1G7C A; 1WDT A; 2BGI A; 1W2B B; 1GJR A; 1M1K D; 4QHY A; 1NDH A; 4ZV4 A; 1QFY A; 1J9Z A; 4RD3 A; 3OZV A; 1DAR A; 4P3Y A; 1EFC A; 2QTZ A; 2VNH A; 4AF6 A; 2RC5 A; 3AVX A; 2PIA A; 3WBK A; 2NPF A; 1R5B A; 4B43 A; 1KRH A; 3AVV A; 1F20 A; 5THX A; 1TVC A; 1R5O A; 4ZCI A; 4HE5 A; 3B78 A; 1K9M D; 2XNJ A; 3CCQ B; 1E63 A; 1CNF A; 1GO2 A; 4C43 A; 2ZIT A; 3CCS B; 2QEX B; 1VQL B; 2BM0 A; 4YAL A; 4Y9U A; 4M4S A; 3W2H A; 4H9G A; 1R5N A; 1TLL A; 1CNE A; 1FNC A; 3VO1 A; 3CRZ A; 1DDG A; 1G7T A; 4RD4 A; 3WXM A; 1QGZ A; 1M90 D; 5TY0 A; 1KJZ A; 4AC9 A; 2HMA A; 1YIJ B; 3V76 A; 3P26 A; 2DET A; 2OTJ B; 4DQK A; 4M1K A; 5EMN A; 3W2I A; 1KD1 D; 1QH0 A; 4ACA A; 1YHQ B; 3VO2 A; 3CC2 B; 1E64 A; 1DG1 G; 4ACB A; 2CRV A; 1YI2 B; 3CW2 A; 1F60 A; 3U6K A; 2BPO A; 2OTL B; 2OK8 A; 2BV3 A; 1ZM4 A; 2YWF A; 3W5V A; 1VQ4 B; 1QX4 A; 1E62 A; 2J7K A; 1H85 A; 1W35 A; 3B82 A; 3QFC A; 1KK3 A; 1K8A D; 4RD6 A; 1D8T A; 1AMO A; 3CME B; 4LBV A; 1IB0 A; 1G7R A; 1ZM9 A; 3SJZ A; 1EXM A; 1N0U A; 1BX1 A; 1QUF A; 1EP2 B; 3E20 A; 4PC7 A; 4TN1 A; 3OZW A; 4RD0 A; 2BSA A; 1Q82 D; 1OB2 A; 1GAW A; 2QA4 B; 1TUI A; 1Q81 D; 3I55 B; 1EWY A; 1OB5 A; 3VNU A; 5JBQ A; 5HXB A; 5TR9 A; 4IW3 B; 4R71 A; 1FND A; 1VQM B; 5GV8 A; 2DER A; 4J0Q A; 2XEX A; 3WY9 A; 4B44 A; 3B8H A; 3AGQ A; 1B2R A; 1BX0 A; 1FRN A; 1TTT A; 3QSY A; 4FN5 A; 1S72 B; 1FRQ A; 1VQ6 B; 1VQO B; 3WND A; 3P27 A; 4YAF A; 2QN6 A; 1D2E A; 4TMZ A; 3CCV B; 2QDX A; 4M0L A; 1VQN B; 4PC3 A; 4AF7 A; 2B7C A; 4Y7C A; 1GAQ A; 1JA0 A; 2B5O A; 1EFT A; 2GPJ A; 4M2L A; 1KC8 D; 1JJ2 B; 3AVU A; 3ZBU A; 4TMT A; 1HA3 A; 4U9U A; 4YAW A; 2VNI A; 5GV7 A; 4NBS A; 3CCM B; 3QE2 A; 1H42 A; 1VQP B; 3CCR B; 2C77 A; 1QVF B; 5DSZ A; 2BF4 A; 2VZL A; 1VQ8 B; 1EFU A; 1EP1 B; 4PGO A; 3MMP A; 1G7S A; 4P6V F; 1Q86 D; 1CQX A; 1A8P A; 1N8R D; 2RC6 A; 3U2Q A; 1W87 A; 3CCE B; 2EIX A; 3WNC A; 1ZM2 A; 3I1F A; 5H5J A; 3ZZU A; 4K1X A; 4B4D A; 4B47 A; 3I56 B; 1D1N A; 4WQM A; 2B7B A; 3QFR A; 1KTV A; 1KK0 A; 4PC2 A; 4YAO A; 4QFM A; 3LO8 A; 3AVT A; 2YWG A; 4MYT A; 3CPW B; 1YJN B; 4BPR A; 3WBJ A; 1QG0 A; 1GVH A; 1UMK A; 4EH1 A; 3AVY A; 1JA1 A; 4TMV A; 1XE1 A; 2XNC A; 3CB4 A; 1QFZ A; 3W2E A; 3AGP A; 3QFS A; 1FNB A; 2FX3 A; 4G5G A; 1GR1 A; 4RCY A; 1XB2 A; 4RJL A; 3G4S B; 2BVN A; 3CCJ B; 1FDR A; 3WNB A; 2AHO A; 3JQQ A; 2OK7 A; 5KSW B; 4RD1 A; 1KK2 A; 1ZM3 A; 1K73 D; 2CND A; 2VYQ A; 4N3N A; 2DEU A; 1B23 P; 1AIP A; 3E1Y E; 4ZCL A; 3OJW A; 4LBY A; 3G71 B; 1SKQ A; 3CD6 B; 4Y9R A; 1W34 A; 1EP3 B; 1Q7Y D; 1DDI A; 1IJF A; 3VMF A; 2PMD A; 4N3G A; 4TMW A; 2BM1 A; 2DCU A; 3VNV A; 2PLF A; 3W5U A; 3WYA A; 2D74 A; 4PC1 A; 2QMU A; 3AVW A; 1NJI D; 4NCN A; 3ZBT A; 5AN9 A; 2E1R A; 1YIT B; 4F7D A; 4LBZ A; 2R6H A; 1YJ9 B; 3CXC B; 1VQ9 B; 5TV2 A; 1VQ5 B; 3W2G A; 4FWT A; 1QVG B; 4TMX A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4YHB A; 1ELO A; 1XFO A; 3BCF A; 3W5H A; 1VQK B; 3PA2 A; 2VNK A; 2YWE A; 3KL9 A; 4X7D A; 2V4D A; 4CQJ A; 4RM0 A; 2GK6 A; 2C4U A; 2BGJ A; 2GQF A; 2ZL5 A; 5KNL A; 3ES9 A; 3CMA B; 1QUE A; 4PC6 A; 2F1M A; 3CMM A; 3BY2 A; 1E1R A; 2HCJ B; 2FVG A; 4RCZ A; 2V7X A; 4P2N A; 2JIZ A; 4B3X A; 1JNY A; 1BLI A; 4XLE A; 2ZZF A; 3LQ6 A; 3MHP A; 4YAU A; 3OW7 A; 2HDN B; 1KQS B; 4G1B A; 3OZU A; 1I7P A; 3PVD A; 4B48 A; 2X3U A; 1PJ6 A; 3W2F A; 3ZZT A; 1KMH A; 2VNJ A; 2XZL A; 1SM4 A; 1BQE A; 4QV2 A; 1N05 A; 2WR8 A; 1W0K A; 3QFT A; 3FPK A; 3OW2 B; 2WJY A; 3ONY A; 4MYU A; 1HVX A; 4XLA A; 3U6B A; 4LC0 A; 3BCD A; 3CC7 B; 5FA6 A; 2EFG A; 3CCU B; 3ASS A; 4RD2 A; 3SLN A; 3ZC3 A; 4Z4V A; 1QFJ A; 4X7E A; 2PE3 A; 1U2R A; 2YWH A; 1UD5 A; 2WSS A; 2V7V A; 3A8I A; 3SLD A; 1MAB A; 5IK2 A; 1FNM A; 4HE6 A; 1YJW B; 1KK1 A; 3BQJ A; 1VQ7 B; 4XLF A; 1N0V C; 3OJX A; 4L8J A; 1PJ7 A; 4G1V A; 3FJO A; 4Q7J B; 4ZGN B; 5J35 A; 2BMW A; 4XKV A; 1WPC A; 2QTL A; 1WSR A; 3MCA A; 3JQR A; 2C78 A; 4DQL A; 4M53 A; 3LVB A; 4Z4W A; 5E6T A; 4YEL A; 2CK3 A; 1VHE A; 2XOK A; 3PEN A; 2GJP A; 1JB9 A; 4LBW A; 1V5V A; 4C0S A; 1K28 D; 1T5E A; 2JJ2 A; 1IJE A; 2ZBU A; 3JQP A; 4XL9 A; 5H59 A; 2DY1 A; 3GVL A; 3J81 k; 1QGA A; 4Z4Y A; 3A8J A; 1HZE A; 1OGI A; 4FK8 A; 4P1V A; 1S0U A; 1WOO A; 2Q6I A; 1ZUN B; 1BJK A; 3G6E B; 3ZZ0 A; 3CCL B; 1WTH D; 3OFN A; 4X07 A; 4ZCM A; 1QGY A; 1WSV A; 4ZGQ B; 4UAJ A; 4DNR B; 1OGJ A; 3CC4 B; 4WZT A; 2BN4 A; 1G7C A; 1WDT A; 2BGI A; 2V7Q A; 1P4M A; 1GJR A; 3H94 A; 4KKS A; 2WZP P; 1W2B B; 5L46 A; 4Z4R A; 1M1K D; 4QHY A; 1NDH A; 4ZV4 A; 1QFY A; 2ZL6 A; 1J9Z A; 4RD3 A; 3OEH A; 3OZV A; 4XOP A; 1UD3 A; 1N07 A; 1E3X A; 1DAR A; 4P3Y A; 2F1L A; 5IYQ A; 1EFC A; 1WU8 A; 2QTZ A; 2VNH A; 2X6Y A; 4AF6 A; 3PUM A; 2XZO A; 2RC5 A; 2V7U A; 1VLY A; 3CES A; 3AVX A; 2PIA A; 3WBK A; 3GQB A; 4DK1 A; 2F43 A; 2NPF A; 3A8K A; 1R5B A; 2P3M A; 4TKO B; 3T53 B; 4B43 A; 1KRH A; 3ISX A; 3AVV A; 3A3B A; 1F20 A; 3LNN A; 2V31 A; 5THX A; 1TVC A; 1R5O A; 4ZCI A; 2LZJ A; 2X6W A; 4HE5 A; 3B78 A; 1FX0 A; 4HIZ A; 1K9M D; 4NNJ A; 2XNJ A; 3CCQ B; 1OB0 A; 1H8E A; 1E63 A; 1CNF A; 1GO2 A; 1RQP A; 2QGG A; 2ZIT A; 4C43 A; 3OEE A; 2V7T A; 2DOG A; 4X06 A; 2QEX B; 5A89 A; 3CCS B; 1VQL B; 4Z4S A; 2DYI A; 3V7A A; 4XON A; 4G6I A; 4XNF A; 2BM0 A; 4YAL A; 3GVJ A; 4Y9U A; 4M4S A; 3W2H A; 4H9G A; 5A88 A; 1BPL A; 1R5N A; 1TLL A; 4RDL A; 5HZB A; 1CNE A; 4KKU A; 1FNC A; 4OPO A; 3VO1 A; 3CRZ A; 4RPB A; 4Z4T A; 1DDG A; 1G7T A; 2X8K A; 3BY1 A; 2CBX A; 4P26 A; 4RD4 A; 3WXM A; 1QGZ A; 1M90 D; 4OOX A; 2M5S A; 1KJZ A; 4OPS A; 5TY0 A; 1T6X A; 2D3L A; 1UD2 A; 4AC9 A; 2HMA A; 1YIJ B; 1COW A; 3V76 A; 5KW9 A; 3P26 A; 3OPO A; 2I1L A; 3PUN A; 4YXW A; 5F4J A; 2DET A; 2OTJ B; 4DQK A; 4P6Y A; 1BMF A; 4M1K A; 2Q6K A; 5EMN A; 4AVZ A; 3W2I A; 4XLH A; 1KD1 D; 1QH0 A; 5DS0 A; 4ACA A; 1YHQ B; 3A1P A; 3VO2 A; 4WZK A; 3CC2 B; 3LQE A; 3R6J A; 1H8H A; 1E64 A; 1E3Z A; 3HAG A; 3OOC A; 1DG1 G; 2W6I A; 2CRV A; 5FNZ A; 4ACB A; 1YI2 B; 3CW2 A; 4Z1M A; 1VLO A; 1F60 A; 2ZZE A; 3NE5 B; 2BPO A; 3U6K A; 2OTL B; 2OK8 A; 3SJP A; 2BV3 A; 1ZM4 A; 4JMQ A; 2YWF A; 3W5V A; 1VQ4 B; 4TT3 A; 1QX4 A; 1E62 A; 2J7K A; 1H85 A; 1W35 A; 2XZP A; 5FIU A; 4E0F A; 4OOV A; 2X53 S; 3R6K A; 5F4M A; 4XOR A; 3B82 A; 3QFC A; 1N08 A; 2OBT A; 1Y0R A; 3GSI A; 1KK3 A; 1K8A D; 4RD6 A; 1WOR A; 1D8T A; 1AMO A; 3CME B; 4LBV A; 4XN0 A; 1IB0 A; 4WZE A; 1G7R A; 5FO1 A; 2D9R A; 1ZM9 A; 3SJZ A; 1EXM A; 2CF4 A; 2C5B A; 4XD7 A; 1N0U A; 3A35 A; 4P12 A; 5DN6 A; 3SEJ A; 1BX1 A; 1RQR A; 3OKX A; 1UD6 A; 1QUF A; 1EP2 B; 3E20 A; 4PC7 A; 5F4O A; 1PJ5 A; 1VHO A; 4TN1 A; 2R9V A; 2OYN A; 1Y0Y A; 3OZW A; 5CDF A; 2X0K A; 4RD0 A; 4WWV A; 2BSA A; 1Q82 D; 1OB2 A; 4UZF A; 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