The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
69
|
sequence length |
202
|
structure length |
202
|
Chain Sequence |
MKVRAQVPTVKNATNFNMVADSKTSVGSTLENLKAAIAGETGAHAKYTAFAKAAREQGYEQIARLFEATAAAELIHIGLEYALVAEMEPGYEKPTVAAPSAYSCDLNLISGANGEIYETSDMYPAFIRKAQEEGNSKAVHVFTRAKLAESVHAERYLAAYNDIDAPDDDKFHLCPICGYIHKGEDFEKCPICFRPKDTFTAY
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
High-resolution crystal structures of Desulfovibrio vulgaris (Hildenborough) nigerythrin: facile, redox-dependent iron movement, domain interface variability, and peroxidase activity in the rubrerythrins.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Oxidoreductase
|
| source organism |
Desulfovibrio vulgaris subsp. vulgaris
|
| molecule keywords |
Nigerythrin
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| total genus |
69
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| structure length |
202
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| sequence length |
202
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| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-02-14 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF02915 | Rubrerythrin | Rubrerythrin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Ferritin | Ferritin | ||
| Mainly Beta | Single Sheet | Rubrerythrin, domain 2 | Rubrerythrin, domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1NF6 A; 3FSE A; 3NOZ X; 1UMN A; 1T9P A; 4CYA A; 3F39 A; 4Z3B A; 3PVT A; 5IX6 A; 1C09 A; 2C2F A; 3PWQ A; 4R42 A; 4ZLW A; 2C2U A; 5ERK A; 1J30 A; 1JIG A; 3BVF A; 1O9R A; 5FFC A; 3R2M A; 1L8I A; 3ES3 A; 3SE1 A; 4M32 A; 4AR3 A; 1SOF A; 4OYN A; 4EVD A; 2XJM A; 3KA8 A; 1XZ3 A; 2V2O A; 1B2J A; 1TJO A; 1BRF A; 1F30 A; 2QQY A; 2XJO A; 2KKD A; 1R0G A; 2V2P A; 2XGW A; 3BVK A; 4XKU A; 3OGH A; 5GU2 X; 2Z5Q A; 1LKO A; 1VEI A; 3PVR A; 2BKC A; 4CVS A; 2G4H A; 3KA6 A; 5D8Y A; 5GN8 B; 1VEQ A; 4QUW A; 1L8H A; 2D5K A; 2V15 A; 4EVC A; 3RYG A; 2V2N A; 3R2S A; 3PVY A; 4AM5 A; 4MJY A; 2Z5R A; 2RBD A; 5HJF A; 4LQN A; 3BKN A; 3AF9 X; 2ZA8 A; 4U3G A; 2V2M A; 1YV1 A; 4M35 A; 3BVI A; 1JRE A; 2FZF A; 3MPS A; 4YKH A; 1LB3 A; 3AF7 X; 4YWL A; 2FHA A; 1TKO A; 4PGI A; 5K53 A; 1VJX A; 1XZ1 A; 5D8X A; 3NP0 X; 5LBH A; 3PW1 A; 4DI0 A; 2CIH A; 3PW8 C; 2QL0 A; 3KYX A; 5E2D A; 3HIU A; 5JKL A; 1TKP A; 5GU1 X; 2Z6M A; 1S3Q A; 4CVR A; 4CVP A; 3F32 A; 1BCF A; 2PYB A; 2IY4 A; 4DAS A; 3RE7 A; 3GVY A; 1S30 A; 4P18 A; 4XKS A; 1RB9 A; 1UVH A; 3SHX A; 4TOD A; 4LPN A; 5J9V A; 1S24 A; 4KVQ A; 4ZTT A; 1Z4A A; 4XGS A; 3QD8 A; 3RGD A; 1YUX A; 4CMY A; 3F34 A; 1QYB A; 5K52 A; 1RCI A; 3F36 A; 1DPS A; 4TOC A; 3QVD A; 2PVX A; 1RWD A; 1JI4 A; 5J8S A; 2FJC A; 3R2H A; 4REU A; 4LPJ A; 1RCE A; 2OC5 A; 4A25 A; 3EZU A; 3AK8 A; 1JI5 A; 4K9F A; 1GWG A; 4RC6 B; 1R0I A; 2X17 0; 1RDV A; 4DYX A; 3Q4Q A; 1JGC A; 2CLU A; 3EZ0 A; 4XKT A; 1BG7 A; 2ZG8 X; 4RC7 B; 4E6K A; 2QF9 A; 4KVS A; 3F35 A; 4TOE A; 1R03 A; 3KA4 A; 4AM2 A; 4DYY A; 3E1N A; 4POG A; 3AJQ A; 4ZKW A; 2BK6 A; 5CMQ A; 4DE6 A; 3PVT B; 2Z5P A; 4LYU A; 3UOI A; 2CHP A; 1DX8 A; 3H7G A; 3ERZ A; 2VXX A; 4ITW A; 4POF A; 4ERU A; 5LS9 A; 3SH6 A; 3KWO A; 5LG8 A; 1SQ3 A; 2IB0 A; 3F37 A; 3ISF A; 1HRS A; 2YJJ A; 1JKV A; 5FFE A; 3T9J A; 2V3B B; 3O7S A; 4Y08 A; 2GYD A; 5D8Q A; 5J93 A; 1FHA A; 1SMU A; 4AR6 A; 3PVR B; 2PYA A; 3E1J A; 1B71 A; 1ZS3 A; 4TO9 A; 5JKM G; 3QB9 A; 4CY9 A; 3WVW A; 1NFV A; 4ISP A; 1RCD A; 1NF4 A; 3IS7 A; 1RCC A; 3AF8 X; 1O9I A; 1R0J A; 4II4 B; 5GU3 X; 1VEL A; 4AR5 A; 2BW1 A; 1RCG A; 2VZB A; 4PGK A; 3KYY A; 1QCV A; 3ISE A; 2ZG9 X; 4IWJ A; 2V2L A; 5AI2 A; 1JYB A; 5J8W A; 1R0H A; 1BQ9 A; 3PW1 B; 2FKZ A; 3OJ5 A; 2W0O A; 3E1O A; 3O7R A; 2CN7 A; 1QGH A; 4ITT A; 4LQJ A; 2V2S A; 4TOA A; 1OTK A; 1H96 A; 1IES A; 1VCX A; 1TK6 A; 2M4Y A; 4PG1 A; 3BVE A; 3AK9 A; 4ZMC A; 2YW6 A; 4CMY V; 3PZA A; 1JTS A; 4DYZ A; 3F38 A; 1EUM A; 4CYB A; 4YWM A; 1DVB A; 2C2J A; 3PWF A; 1BQ8 A; 3E6S A; 3E6R A; 3R2R A; 2Y3Q A; 2PVE A; 1VLG A; 4IXK A; 2VXI A; 3WVV A; 3BT5 A; 3Q4R A; 4M33 A; 4ML5 A; 3A44 A; 4TOG A; 2XKQ A; 2YJK A; 2GYQ A; 1B13 A; 3QZ3 A; 3UOF A; 4RC5 A; 2ZA6 A; 5CZU A; 2DSX A; 1LTL A; 3BVL A; 5JKL G; 1E8J A; 2XJN A; 8RXN A; 4MKU A; 1FHH A; 3PW8 A; 1IRO A; 1Z6O M; 3VNX A; 2JD6 0; 4ZJK A; 2C41 A; 1DAT A; 4LYX A; 1AEW A; 1IER A; 2CN6 A; 2C6R A; 5IY0 A; 1RYT A; 5GOU A; 2ZUR X; 4ZL6 A; 2F7N A; 2MS3 A; 1Z6O A; 5FFA A; 4MN9 A; 1BE7 A; 4ETR A; 2V2J A; 1JKU A; 3E1Q A; 5D8R A; 2GMG A; 1CAA A; 3U90 A; 1T9Q A; 1N1Q A; 4AR4 A; 4TOF A; 2HR5 A; 7RXN A; 3A68 A; 2CHI A; 4EVE A; 4TOB A; 3HL1 A; 1NNQ A; 2IU2 A; 5JAC A; 1KRQ A; 2BJY A; 4EVB A; 1H7V A; 1RDG A; 2RDV A; 1BFY A; 3KYW A; 1YUZ A; 3KX9 A; 2KN9 A; 1SMW A; 2ZG7 X; 3IQ1 A; 2Z90 A; 5RXN A; 3QHB A; 4MY7 A; 2V2I A; 2FG8 A; 3WVU A; 4RXN A; 1S2Z A; 2CF7 A; 5GN8 A; 2ZA7 A; 2HTN A; 2V2R A; 3PVY B; 3SS2 A; 1SMM A; 4ZKX A; 5I4J A; 5AXS A; 1IU6 A; 1YK5 A; 4RC8 A; 2JD7 0; 3KA3 A; 5HJH A; 4DZ0 A; 2WTL A; 5CMR A; 3GE4 A; 5E1U A; 4ISM A; 3E2C A; 3RBC A; 4ZKH A; 4ZL5 A; 3KXU A; 3AJO A; 4TPU A; 2FL0 A; 5C6F A; 5FFD A; 4II4 A; 3IS8 A; 2GS4 A; 2FG4 A; 3QHC A; 3FI6 A; 4LQH A; 1LKP A; 4TOH A; 4PG0 A; 1IU5 A; 1R0F A; 1MFR A; 3FVB A; 3R2K A; 1FHM A; 4DYU A; 2LCQ A; 3R2O A; 1BFR A; 2WLA A; 5LG2 A; 1T9O A; 5D8O A; 5FEJ A; 3Q4N A; 3F33 A; 3PWQ C; 1YK4 A; 5HQO A; 3E1M A; 1MOJ A; 2VL6 A; 3SID A; 4CVT A; 4TW3 A; 5GU0 X; 1CAD A; 3TA8 A; 5FFB A; 2CEI A; 3Q4O A; 3EGM A; 1F33 A; 5D8P A; 3KA9 A; 4KVR A; 3WNW A; 5ERJ A; 2K2D A; 4M34 A; 4ME3 A; 6RXN A; 2OH3 A; 3RZT A; 3A9Q A; 3KYU A; 1ZRP A; 1LKM A; 3E1L A; 3UNO A; 2FFX J; 4AM4 A; 2WLU A; 2CLB A; 3E1P A; 4MUD A; 4LPM A; 2YW7 A; 1IRN A; 2ITB A; 3GHQ A; 4RC5 B; 3RD0 A; 3R2L A; 3RZ6 A; 3RAV A; 4RC6 A; 4IWK A; 1B2O A; 3NP2 X; 4LQV A; 2JD8 0; 1ZUJ A; 4Z5S A; 3KYV A; 5JKM A; 5D8S A; 4RC7 A; 3AJP A; 2UX1 A; 5AI3 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1NF6 A; 1TWH L; 4A93 L; 1NXE A; 3FSE A; 3S1M L; 3NOZ X; 2ERJ A; 2E2H L; 3D19 A; 3PIP 1; 3FKI L; 1I6H L; 3GTJ L; 1UMN A; 1T9P A; 3S2H L; 4E40 A; 4A3B L; 4CYA A; 4AHY A; 3HOY L; 3F39 A; 3PKJ A; 3LWV B; 4A3M L; 4Z3B A; 5MLC 3; 3PVT A; 5IX6 A; 1C09 A; 2C2F A; 3PWQ A; 4R42 A; 4YXM A; 4ZLW A; 2C2U A; 5ERK A; 4WFN 1; 1J30 A; 1JIG A; 3BVF A; 1O9R A; 5FFC A; 3R2M A; 3KHK A; 2WB1 P; 1L8I A; 3ES3 A; 3SE1 A; 4M32 A; 4AR3 A; 5GAE c; 1SOF A; 2A6E D; 4OYN A; 4A3J L; 2JA8 L; 4EVD A; 4A3D L; 2XJM A; 2M6P A; 5MFZ A; 3KA8 A; 3HOV L; 4BY7 L; 2RFK B; 1XZ3 A; 2V2O A; 3FDJ A; 1B2J A; 1TJO A; 1BRF A; 1F30 A; 2A69 D; 2QQY A; 2XJO A; 2E2J L; 2KKD A; 1R0G A; 2V2P A; 2MGY A; 2XGW A; 3BVK A; 4GS7 D; 2JI1 A; 4XKU A; 3OGH A; 5GU2 X; 2Z5Q A; 3H9C A; 1LKO A; 1VEI A; 3PVR A; 4XGH A; 3I4N L; 2BKC A; 4CVS A; 2G4H A; 3KA6 A; 5D8Y A; 5GN8 B; 1VEQ A; 1I50 L; 4QUW A; 4QIW P; 2L0Z A; 2JA5 L; 1L8H A; 2D5K A; 2V15 A; 4EVC A; 2XJT A; 3RYG A; 2V2N A; 3R2S A; 3WWL A; 4AI0 A; 3S14 L; 3H97 A; 2R7Z L; 3PVY A; 3W54 A; 4AM5 A; 4MJY A; 2Z5R A; 3C1Z A; 3FRR A; 3M4O L; 2RBD A; 5HJF A; 4LQN A; 3BKN A; 3AF9 X; 2ZA8 A; 4U3G A; 2V2M A; 1YV1 A; 4M35 A; 3BVI A; 1JRE A; 2CWL A; 2FZF A; 3MPS A; 1LB3 A; 3AF7 X; 4YKH A; 2AQC A; 2ZIX A; 4YWL A; 2FHA A; 1TKO A; 3I4M L; 4PGI A; 5K53 A; 3P8B A; 4V19 6; 2CKA A; 1VJX A; 1XZ1 A; 5D8X A; 3NP0 X; 3HOZ L; 5LBH A; 3PW1 A; 4DI0 A; 2CIH A; 5GAD c; 4A3C L; 3PW8 C; 2QL0 A; 2XJP A; 3KYX A; 5E2D A; 3LWQ B; 2JA7 L; 2R93 L; 3HIU A; 5JKL A; 1VZH A; 5GAH c; 1TKP A; 5GU1 X; 2Z6M A; 1S3Q A; 4CVR A; 4CVP A; 3F32 A; 1BCF A; 2PYB A; 2IY4 A; 4DAS A; 3RE7 A; 3HAX C; 4AHZ A; 3GVY A; 4A3I L; 3WWN B; 1S30 A; 4P18 A; 1RYQ A; 2V8T A; 4XKS A; 4C3I L; 1RB9 A; 1UVH A; 3SHX A; 4TOD A; 3P2A A; 4LPN A; 5J9V A; 1S24 A; 4KVQ A; 4ZTT A; 1Z4A A; 4XGS A; 3QD8 A; 3RGD A; 5HU6 D; 1YUX A; 4CMY A; 3F34 A; 3S2D L; 1QYB A; 5K52 A; 1RCI A; 3F36 A; 1DPS A; 2V8U A; 4TOC A; 3QVD A; 4ZN3 B; 2PVX A; 1RWD A; 2O5J D; 3S1Q L; 1JI4 A; 5J8S A; 2FJC A; 3R2H A; 4JAD A; 4REU A; 4LPJ A; 1RCE A; 2OC5 A; 4A25 A; 4B8C D; 1R9T L; 4Y52 L; 3EZU A; 3AK8 A; 3L0M A; 3N6O A; 1JI5 A; 2A6H D; 3HJY B; 4A3E L; 4K9F A; 1GWG A; 4RC6 B; 1R0I A; 1OWB A; 3HJW B; 2X17 0; 1RDV A; 4DYX A; 3Q4Q A; 2Z3R B; 1JGC A; 3UFB A; 3S17 L; 2CLU A; 3EZ0 A; 1Z92 B; 5IYD L; 4XKT A; 1BG7 A; 2ZG8 X; 3LKD A; 4RC7 B; 4E6K A; 5IP7 L; 2QF9 A; 4KVS A; 3F35 A; 2NVX L; 4TOE A; 1R03 A; 3KA4 A; 4AM2 A; 2V0E A; 4DYY A; 2XJR A; 3E1N A; 3PIO 1; 3PO3 L; 5FLM L; 5H1S c; 4POG A; 3AJQ A; 4ZKW A; 2APO B; 2BK6 A; 5CMQ A; 4DE6 A; 1F4L A; 3PVT B; 3GTQ L; 4AI3 A; 1PZX A; 2Z5P A; 4LYU A; 3UOI A; 4C2M 1; 2CHP A; 2JI3 A; 3PKI A; 3H7G A; 1DX8 A; 3ERZ A; 3GGZ A; 2VXX A; 2PMZ P; 1VZI A; 4ITW A; 2M4V A; 4POF A; 4ERU A; 5LS9 A; 4LHL A; 4AHW A; 3C23 A; 3SH6 A; 3KWO A; 5LG8 A; 3PL5 A; 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