The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
23
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sequence length |
124
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structure length |
124
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Chain Sequence |
GSTATGITVSGAQSFKPVAWQLDNDGNKVNVDNRFATVTLSATTGMKRGDKISFAGVKFLGQMAKNVLAQDATFSVVRVVDGTHVEITPKPVALDDVSLSPEQRAYANVNTSLADAMAVNILNV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Multiple Functional Roles of the Accessory I-Domain of Bacteriophage P22 Coat Protein Revealed by NMR Structure and CryoEM Modeling.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Coat protein
|
| molecule tags |
Viral protein
|
| source organism |
Enterobacteria phage p22
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| total genus |
23
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| structure length |
124
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| sequence length |
124
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-03-05 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 | Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2M5S A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2XZL A; 4XOP A; 1NRK A; 1Q82 D; 1GAW A; 4M53 A; 1VJS A; 5IYR A; 4II2 A; 4Z4V A; 4Z4Y A; 3PEN A; 2W6J A; 4M0L A; 1W34 A; 4M2L A; 2C77 A; 2ZTG A; 1XE1 A; 4RDL A; 2F4N A; 2HMA A; 5FA6 A; 1FRQ A; 2D9R A; 3RY8 A; 4ZGN B; 2ZZQ A; 4RPD A; 5GV7 A; 3GVJ A; 5AN9 A; 2DER A; 3OZW A; 1V0E A; 1VQ9 B; 2V7T A; 1YI2 B; 3AST A; 5KW9 A; 4YAL A; 4TMT A; 3CCU B; 4ASU A; 2XNC A; 3CXC B; 4LBY A; 4OP7 A; 4AF7 A; 3CB4 A; 4ACB A; 1E79 A; 4ZCI A; 3AVW A; 4XR6 A; 4R71 A; 2X6W A; 1OGJ A; 5CDF A; 3W5H A; 3CC7 B; 4XNF A; 4XKW A; 4K1X A; 1KK1 A; 3QFT A; 1VQ5 B; 4XN3 A; 2HCJ B; 1EWY A; 1SM4 A; 4DQK A; 4N3G A; 2GJR A; 4PAA A; 1IJF A; 3H9N A; 4DK0 A; 2VZL A; 2X8K A; 4WZE A; 4YXW A; 4CQJ A; 1E1R A; 4LC0 A; 2WJV A; 2QTZ A; 2CF4 A; 3CCR B; 2FX3 A; 4LBW A; 1BLI A; 1QFZ A; 4WQM A; 1UD6 A; 2CRV A; 4B3F X; 1WSR A; 1BMF A; 4PC2 A; 2GPJ A; 3OZV A; 4XLA A; 1KK3 A; 2E1R A; 3OE7 A; 3BCF A; 4FXU A; 1CNE A; 1KC8 D; 1YJN B; 4RPB A; 1JB9 A; 4X06 A; 3AVY A; 3LNN A; 1BPL A; 4P1V A; 1R5B A; 4PC1 A; 3KEW A; 3PA1 A; 1YIJ B; 2JDI A; 3CTA A; 4P9S A; 4G1V A; 1YJW B; 1QVF B; 1I7P A; 4ROX A; 2DCU A; 1QGA A; 4MYT A; 1DDI A; 4RCY A; 3CMA B; 2GK7 A; 1U2R A; 4NNJ A; 1VHO A; 2X0K A; 1V5V A; 2ZXH A; 2VJI A; 4Q7J B; 5TR9 A; 4AF6 A; 3GVK A; 2ZL7 A; 1UD3 A; 4G5G A; 4B44 A; 3I56 B; 1BX0 A; 3T56 B; 1VQK B; 1QFJ A; 4P22 A; 3W2E A; 1GO2 A; 1G7T A; 3CES A; 3T53 B; 4U9U A; 4OOV A; 5H59 A; 3P27 A; 4HIZ A; 1FNB A; 1KZL A; 4UAJ A; 5IYN A; 3Q39 A; 4ZCL A; 4WZL A; 2QA4 B; 4RDK A; 3JU4 A; 1EP3 B; 3PUM A; 4AVZ A; 1I18 A; 2QTL A; 1NDH A; 1COW A; 3AVX A; 3WNB A; 1AIP A; 4RD3 A; 1FX0 A; 3CCV B; 3LQE A; 5TRD A; 2I1L A; 3V7A A; 2ZL6 A; 3U6B A; 2VJJ A; 1N05 A; 1BJK A; 4IW3 B; 5DS0 A; 2XGJ A; 3G6E B; 1W0K A; 1PJ5 A; 1N08 A; 3LQ6 A; 3CCM B; 4P25 A; 4RM0 A; 1NJI D; 5BSX A; 2WZP P; 4NCN A; 1S0U A; 4RD2 A; 1N0U A; 3FPP A; 1N07 A; 3JQR A; 3WXM A; 1BQE A; 1W35 A; 2EFG A; 1KMH A; 4Y9U A; 3SLD A; 3NE5 B; 1OB0 A; 1MAB A; 1T6Y A; 3J81 k; 3SEJ A; 1N06 A; 2XNJ A; 5A88 A; 2GJK A; 3ZBT A; 4M4S A; 4Z4T A; 3WND A; 1VQL B; 1NBM A; 2PIA A; 1GJR A; 3ES9 A; 1K73 D; 2BM1 A; 3BY1 A; 4Y7C A; 1Y0R A; 2R6H A; 2BM0 A; 4DNR B; 4DK1 A; 2Z6B D; 4P3I A; 1QG0 A; 3AGQ A; 2BGJ A; 1A8P A; 4P26 A; 1T6X A; 1S4M A; 4G1B A; 3W2F A; 4B48 A; 1VQO B; 1SKY B; 1QGY A; 4G7X A; 5E6T A; 4LBZ A; 5IYW A; 1KTV A; 5HKK A; 4B4D A; 2YWE A; 2V7U A; 3LVB A; 3ONY A; 5HXB A; 3CC4 B; 3SKB A; 1DG1 G; 1WOO A; 3ASQ A; 2YWH A; 4WZK A; 5DN6 A; 3SLN A; 3U6K A; 1D1N A; 4Z1M A; 4II3 A; 3A1P A; 2DY1 A; 2P3M A; 4G6I A; 4QUZ A; 3VNU A; 3WYA A; 3MHP A; 2WPD A; 5L46 A; 4HE6 A; 4P2N A; 2XZO A; 4PGO A; 3SJP A; 2Q6O A; 2JJ1 A; 4PAB A; 1K9M D; 2VYQ A; 3JQP A; 3OOC A; 3W5U A; 2AHO A; 2X53 S; 4TT3 A; 1VQP B; 2QN6 A; 3W2I A; 3ZZT A; 5FO0 A; 5J35 A; 1VQ4 B; 4G7W A; 4M1K A; 2Q6L A; 3JQQ A; 3CPX A; 4XD7 A; 3ZC3 A; 1K8A D; 1VF7 A; 1FNC A; 1KK0 A; 2LZJ A; 3QFR A; 1YX2 A; 2BGI A; 1QH0 A; 1JA0 A; 3R6K A; 1EP1 B; 3B78 A; 2YWG A; 4RDJ A; 1DAR A; 1KQS B; 1EFC A; 4X07 A; 2BMW A; 4YHB A; 1XFO A; 2OTL B; 1PJ6 A; 2VNJ A; 1TLL A; 4XLH A; 3CRZ A; 2CW5 A; 1MRZ A; 4TMW A; 2WJY A; 4B43 A; 4OPV A; 3PA2 A; 2V31 A; 3Q38 A; 1TVC A; 2OBS A; 1QGZ A; 3FJO A; 3WQZ A; 1OHH A; 3BCD A; 3HAG A; 3CCJ B; 2CND A; 1VLO A; 1H85 A; 1W0J A; 2V7X A; 3CP2 A; 1FNM A; 4C43 A; 3CME B; 1QVG B; 2VNI A; 4QVJ A; 1P4M A; 3A8K A; 1T6Z A; 4BPR A; 5GV8 A; 3B82 A; 4XL9 A; 2JJ2 A; 2WR8 A; 4RD1 A; 3GVL A; 4AC9 A; 3ZUG A; 1WU8 A; 2ZZE A; 4TMX A; 1NB0 A; 4B3X A; 2CK3 A; 1YLO A; 2C2W A; 1VLY A; 3OEH A; 1HA3 A; 4Z4W A; 3V76 A; 2QMU A; 2X85 A; 1QUE A; 2VBS A; 3A8I A; 2VBU A; 2OYN A; 4DQL A; 1Q7Y D; 4TKO B; 2BPO A; 1WOR A; 2V7V A; 3OP1 A; 4YEJ A; 1Q9S A; 4FWT A; 4RD4 A; 3KL9 A; 1EFT A; 5EMN A; 1RQR A; 2XOK A; 3OFN A; 2WYR A; 2X6X A; 1CNF A; 1B23 P; 3QE2 A; 5FIU A; 1W87 A; 4QVA A; 1GVH A; 3BNW A; 4OPS A; 4PC6 A; 1ZM2 A; 4PC7 A; 2VNK A; 2NPF A; 1R5O A; 3AGP A; 5F4M A; 3VR6 A; 1M90 D; 1WTH D; 4C0S A; 3WBK A; 3VO1 A; 2VBV A; 1Q86 D; 2XEX A; 2FVG A; 4GQN A; 1WP6 A; 1KK2 A; 1UD5 A; 3E20 A; 1R5N A; 2CC2 A; 2DIE A; 1ELO A; 1S72 B; 1BX1 A; 2V7Q A; 1H8E A; 1VQ7 B; 1ZM3 A; 4XN0 A; 1OB2 A; 2E1B A; 1B2R A; 3CC2 B; 4HE5 A; 3W5V A; 3CP8 A; 4QV2 A; 4YAO A; 4PC3 A; 1I8D A; 4DNT B; 1EFR A; 4RD6 A; 1J9Z A; 2F1M A; 2D3L A; 2F43 A; 1YIT B; 3E1Y E; 3OJW A; 3G05 A; 2VNH A; 5F4O A; 4XOT A; 4WZT A; 3ZIA A; 2PE3 A; 4ZCM A; 1RQP A; 1E1Q A; 4L8J A; 3OPO A; 3G71 B; 1JNY A; 1G7C A; 5J3O A; 1AMO A; 3FPK A; 1IB0 A; 2Q6K A; 3ASP A; 1UD2 A; 5HZB A; 1E3X A; 3ZPN A; 2C5H A; 2XND A; 4RCZ A; 4Z4S A; 2GJP A; 3ZBU A; 3CCL B; 2J7K A; 3GQB A; 4UZU A; 1G7S A; 4KKS A; 4KKT A; 1WDT A; 3I1F A; 3CCS B; 2GRE A; 5A89 A; 1VQN B; 4X7E A; 3BQJ A; 3SJZ A; 1V0F A; 1FDR A; 2QDX A; 3BC9 A; 3FKS A; 1Y0Y A; 1VQM B; 1CQX A; 2BF4 A; 4XMY A; 2OBT A; 3ASR A; 1OB5 A; 3Q3A A; 1HVX A; 2VBT A; 4UZF A; 4YAU A; 1M1K D; 1K28 D; 4ACA A; 2R9V A; 2ZBU A; 3OEE A; 3VO2 A; 1E3Z A; 4XON A; 1VQ6 B; 1TUI A; 5TY0 A; 1F60 A; 2HDN B; 1ZUN B; 2ZZF A; 3G4S B; 4P6Y A; 4X7D A; 4TSF A; 2M5S A; 1EFU A; 2NV4 A; 2DET A; 2WZN A; 5DSZ A; 1SKQ A; 5H5J A; 3A8J A; 4TN1 A; 2ZL5 A; 3ASS A; 3Q6Q A; 1UD4 A; 4XLF A; 1KD1 D; 3AVV A; 5FNZ A; 4RLZ A; 2GQF A; 3QFS A; 1W2B B; 2ZXI A; 4FN5 A; 1GR1 A; 1H42 A; 2RC6 A; 2ZBV A; 4H9G A; 3H94 A; 4P12 A; 5KSW B; 5F4J A; 2D3N A; 4X7F A; 1E43 A; 2C5B A; 2OK7 A; 3OKX A; 5KNL A; 2C4T A; 1PKV A; 5IYQ A; 3R6J A; 4X0C A; 2QEX B; 2PMD A; 4OOX A; 3VMF A; 5LMZ A; 5IK2 A; 5HZA A; 2EIX A; 4RD0 A; 4RJL A; 5A8A A; 3BH4 A; 2W6I A; 2BV3 A; 1HZE A; 3ZZU A; 1EP2 B; 2CBX A; 1UD8 A; 4UZE A; 4XKV A; 3DDY A; 1KRH A; 1WOP A; 1XB2 A; 3OAA A; 3WY9 A; 1D2E A; 5IYP A; 4J0Q A; 3MCA A; 1FRN A; 1NB9 A; 4Z4R A; 1E62 A; 1QUF A; 1WOS A; 5FL7 A; 2RC5 A; 3U2Q A; 1WPC A; 2OBR A; 5JBQ A; 2QGG A; 4OPO A; 2BN4 A; 3OZU A; 3MMP A; 3CW2 A; 4LBV A; 2X3U A; 3CMM A; 2YWF A; 3QFC A; 4B47 A; 4N3N A; 1F20 A; 4X8I A; 3OW2 B; 2JIZ A; 2Q6I A; 4WWV A; 4QFM A; 3A3B A; 2C78 A; 3P26 A; 3AVT A; 2D74 A; 4MYU A; 4OOS A; 4EH1 A; 1G7R A; 1QFY A; 1IHM A; 5THX A; 1FND A; 1YJ9 B; 3W2H A; 3A35 A; 2DYI A; 3GSI A; 2ZIT A; 1H8H A; 3GIR A; 4NBS A; 4FK8 A; 4JMQ A; 1ZM9 A; 2B7C A; 2DOG A; 4B3G A; 3OW7 A; 3WNC A; 4P3Y A; 2B7B A; 4QHY A; 3BY2 A; 2V4D A; 1QX4 A; 3ONU A; 3OJX A; 5TV2 A; 4E0F A; 1ZM4 A; 1JA1 A; 1D8T A; 1E63 A; 4X7C A; 1Q81 D; 2KVO A; 3CPW B; 2DEU A; 1IJE A; 1WSV A; 2PLF A; 4XM3 A; 4P6V F; 4KKU A; 3AVU A; 1TTT A; 4Z4Z A; 1VHE A; 3D26 A; 3PVD A; 1YHQ B; 1EXM A; 2ZZG A; 5B6I A; 2HLD A; 3I55 B; 3PUN A; 4F7D A; 4XQF A; 2XZP A; 3A3G A; 1E64 A; 5BSY A; 4ZGQ B; 1JJ2 B; 2ZTN A; 2JN9 A; 2WSS A; 3LO8 A; 3T51 B; 2C4U A; 1GAQ A; 1OGI A; 1N8R D; 2F1L A; 4Y9R A; 4YEL A; 3CCE B; 3CD6 B; 4XLC A; 2B5O A; 2QE7 A; 3Q6R A; 3W2G A; 3CCQ B; 1KJZ A; 1XQB A; 3ISX A; 4X05 A; 1PJ7 A; 2BSA A; 1W9X A; 2OK8 A; 4XLE A; 3ZZ0 A; 1T5E A; 1UMK A; 3VNV A; 2X6Y A; 3B8H A; 4ZV4 A; 2GK6 A; 4TMZ A; 2OTJ B; 4XOR A; 5FO1 A; 4Z4U A; 3WBJ A; 1VQ8 B; 3QSY A; 4YAF A; 4TMV A; 4YAW A; 2BVN A; 1DDG A; 1N0V C; 2V7W A; #chains in the Genus database with same CATH homology 2D3N A; 4YEJ A; 2XZL A; 4XOP A; 1NRK A; 1E43 A; 2WZP P; 1VJS A; 5KNL A; 2XOK A; 3OFN A; 4II2 A; 2X6X A; 3FPP A; 2W6J A; 1PKV A; 2ZTG A; 1KMH A; 3NE5 B; 1OB0 A; 1MAB A; 5IK2 A; 2ZZQ A; 3VR6 A; 2GJK A; 3GVJ A; 3BH4 A; 1WTH D; 2W6I A; 1V0E A; 1HZE A; 1NBM A; 1UD8 A; 4XKV A; 4GQN A; 3DDY A; 3OAA A; 1WP6 A; 4ASU A; 1UD5 A; 4DK1 A; 4DNR B; 2DIE A; 2Z6B D; 1E79 A; 2V7Q A; 1H8E A; 4XR6 A; 5FL7 A; 2X6W A; 4XN0 A; 5CDF A; 1SKY B; 2E1B A; 4G7X A; 4XNF A; 4XKW A; 5HKK A; 1WPC A; 3CP8 A; 4XN3 A; 4DNT B; 1I8D A; 5DN6 A; 2GJR A; 1EFR A; 3CMM A; 4Z1M A; 4II3 A; 4DK0 A; 2F1M A; 2D3L A; 2F43 A; 4G6I A; 2X8K A; 2JIZ A; 2WPD A; 3G05 A; 4YXW A; 2XZO A; 1E1R A; 4XOT A; 3A3B A; 2WJV A; 3ZIA A; 2JJ1 A; 1BLI A; 1UD6 A; 3OOC A; 2X53 S; 1E1Q A; 4L8J A; 3OPO A; 4TT3 A; 3A35 A; 4B3F X; 1BMF A; 4XLA A; 1H8H A; 4JMQ A; 4G7W A; 4B3G A; 3OE7 A; 1UD2 A; 3BCF A; 3OW7 A; 4FXU A; 4XD7 A; 1E3X A; 3ZPN A; 2XND A; 1VF7 A; 2GJP A; 2V4D A; 3LNN A; 1BPL A; 2LZJ A; 3GQB A; 4E0F A; 4UZU A; 3KEW A; 4KKS A; 4KKT A; 2KVO A; 2JDI A; 4XM3 A; 4KKU A; 1V0F A; 2GK7 A; 2ZZG A; 4XLH A; 4NNJ A; 2ZXH A; 2VJI A; 3BC9 A; 2HLD A; 2WJY A; 3GVK A; 3FKS A; 1UD3 A; 2V31 A; 4XQF A; 3T56 B; 2XZP A; 1OHH A; 3A3G A; 3BCD A; 3HAG A; 4P22 A; 3WQZ A; 3CES A; 4XMY A; 3T53 B; 2ZTN A; 4HIZ A; 2WSS A; 1KZL A; 1HVX A; 3T51 B; 1W0J A; 1K28 D; 4YEL A; 2R9V A; 3CP2 A; 4XLC A; 3OEE A; 2QE7 A; 1E3Z A; 4XON A; 3JU4 A; 4AVZ A; 4XL9 A; 2JJ2 A; 1I18 A; 1W9X A; 3GVL A; 2ZZF A; 1COW A; 2ZZE A; 4TSF A; 2M5S A; 2CK3 A; 4XLE A; 1FX0 A; 1VLY A; 1T5E A; 3OEH A; 2X6Y A; 2GK6 A; 2VJJ A; 2X85 A; 4XLF A; 1UD4 A; 4XOR A; 2XGJ A; 2ZXI A; 1W0K A; 4TKO B; 3H94 A;
#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait... #similar chains, but unknotted ...loading similar chains, please wait... #similar chains in the pdb database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait...
