The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
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sequence length |
112
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structure length |
112
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Chain Sequence |
EFGEEMVLTDSNGEQPLSAMVSMVTKDNPGVVTCLDEARHGFETGDFVSFSEVQGMIQLNGCQPMEIKVLGPYTFSICDTSNFSDYIRGGIVSQVKVPKKISFKSLPASLVE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of First Catalytic Cysteine Half-Domain of Mouse Ubiquitin-Activating Enzyme
rcsb |
| molecule tags |
Ligase
|
| molecule keywords |
UBIQUITIN-ACTIVATING ENZYME E1 X
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| total genus |
8
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| structure length |
112
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| sequence length |
112
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| ec nomenclature |
ec
6.2.1.45: E1 ubiquitin-activating enzyme. |
| pdb deposition date | 2007-06-11 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF16190 | E1_FCCH | Ubiquitin-activating enzyme E1 FCCH domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 | Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4II2 A; 2LZJ A; 5KNL A; 4NNJ A; 3CMM A; 4II3 A; 2V31 A; 4P22 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2VBU A; 1E64 A; 4X7F A; 1QUF A; 4B3F X; 5LMZ A; 1BQE A; 3KEW A; 3QFR A; 1WTH D; 4TMX A; 4Z4R A; 1JNY A; 3ASQ A; 3BY1 A; 1DAR A; 4OOS A; 4L8J A; 1QVF B; 4LBV A; 3G6E B; 3PUN A; 3QE2 A; 1F20 A; 2DOG A; 3MHP A; 3ONU A; 3CCQ B; 3OKX A; 4G7X A; 3P27 A; 4PAB A; 4R71 A; 2V7U A; 2D74 A; 4P6V F; 2V4D A; 2ZBU A; 3CP2 A; 2F43 A; 2V7Q A; 4WZK A; 1G7S A; 4NCN A; 4ROX A; 1XQB A; 2CBX A; 3CD6 B; 4C0S A; 1N07 A; 5TY0 A; 2ZL5 A; 3CP8 A; 4YAW A; 2HLD A; 2YWH A; 1MRZ A; 1FNC A; 1GR1 A; 4YAL A; 5EMN A; 4TMT A; 1XFO A; 3CME B; 4FK8 A; 4Q7J B; 4X8I A; 2XEX A; 1W0K A; 2ZTN A; 3AVW A; 1YLO A; 1BLI A; 2ZL7 A; 3JQQ A; 4FN5 A; 1EFU A; 2OK8 A; 1KRH A; 1FDR A; 3OEE A; 4ZCL A; 4RDL A; 1XB2 A; 5DN6 A; 2E1B A; 2BGJ A; 1UD3 A; 3CXC B; 1KK3 A; 4ZCM A; 4HIZ A; 1FRN A; 3LO8 A; 2RC6 A; 1DG1 G; 3WQZ A; 4Z4U A; 1QGZ A; 2WJV A; 2X8K A; 1WOO A; 3HAG A; 2CRV A; 2ZL6 A; 1Q7Y D; 4YAO A; 3AVX A; 1WPC A; 2VZL A; 2OTL B; 3FJO A; 3BCD A; 2B7B A; 1H85 A; 3ASR A; 1IHM A; 4XD7 A; 3A3G A; 3QFS A; 4Z4T A; 3ISX A; 3SJZ A; 1YIT B; 4PAA A; 1UD2 A; 4AF6 A; 3B82 A; 3LQE A; 5IYP A; 1K28 D; 1YX2 A; 1IJE A; 3Q38 A; 4WWV A; 1UD4 A; 2GRE A; 2LZJ A; 5TRD A; 4XNF A; 5THX A; 2ZXI A; 2C77 A; 4P12 A; 1NRK A; 1K9M D; 2XGJ A; 2V31 A; 1PJ5 A; 2ZIT A; 3CTA A; 1QGY A; 1YHQ B; 4Y9R A; 1OGI A; 3MCA A; 4P25 A; 1RQR A; 2PMD A; 4TMV A; 2CK3 A; 4P6Y A; 2BMW A; 2XND A; 2D3L A; 5KSW B; 4UZF A; 2XOK A; 4XLF A; 3DDY A; 3VNV A; 4KKU A; 5IK2 A; 2NPF A; 3RY8 A; 2XZO A; 3FKS A; 5FA6 A; 1YI2 B; 1A8P A; 4XOT A; 3OP1 A; 3LVB A; 3QFT A; 5JBQ A; 1W0J A; 3CPX A; 4B4D A; 1SKY B; 5IYR A; 4LBY A; 2OBR A; 2VBT A; 4XOR A; 2Q6K A; 4GQN A; 3VO1 A; 3AVT A; 2BV3 A; 5FO0 A; 3CW2 A; 4RCZ A; 1BX0 A; 2BPO A; 1TLL A; 1VQL B; 1T6Z A; 1JB9 A; 3AVV A; 1EP1 B; 1QFY A; 4ASU A; 4PC7 A; 5DSZ A; 1OB5 A; 2ZZE A; 4OOV A; 3G05 A; 4MYT A; 3BNW A; 4XM3 A; 3R6K A; 1YJN B; 4G7W A; 3CC7 B; 5FIU A; 1E62 A; 5A89 A; 1PJ6 A; 4YEJ A; 2V7W A; 3SLN A; 3W2G A; 3WBJ A; 2VYQ A; 1Y0Y A; 4WZT A; 3H94 A; 5CDF A; 4RD3 A; 1VQ4 B; 4YAU A; 2CND A; 3CCS B; 4WQM A; 1NDH A; 2PLF A; 2ZZQ A; 3W2I A; 1BPL A; 5IYW A; 2ZXH A; 1N8R D; 3WXM A; 1QFZ A; 4RPB A; 3WND A; 5FNZ A; 1D2E A; 1BMF A; 3AST A; 1BX1 A; 1EFT A; 2WZN A; 3W2F A; 2WZP P; 2VJI A; 2C2W A; 4XR6 A; 1GO2 A; 1Q9S A; 1VLY A; 1VQ8 B; 2Z6B D; 3W5H A; 2B5O A; 3T53 B; 4XLE A; 3OOC A; 1UD5 A; 2OK7 A; 3R6J A; 3GIR A; 4AVZ A; 1W2B B; 2QGG A; 2QA4 B; 1DDI A; 1E63 A; 3A3B A; 4OPS A; 1NB0 A; 4QFM A; 1E3X A; 3A8J A; 2GJK A; 2W6J A; 3WYA A; 1JA1 A; 2BM1 A; 4PC2 A; 3B78 A; 3I1F A; 5BSY A; 2QTZ A; 1EP3 B; 3D26 A; 1WOP A; 1N08 A; 2WSS A; 3BCF A; 4UAJ A; 4B3G A; 2NV4 A; 3CCR B; 4ACB A; 1T5E A; 4PC3 A; 2XZL A; 2FVG A; 1VHE A; 3A1P A; 2ZZF A; 3WNC A; 1KD1 D; 1UD6 A; 1G7C A; 1HA3 A; 2X0K A; 1K73 D; 3W2H A; 3Q39 A; 2JJ2 A; 4HE6 A; 2C5B A; 1KQS B; 3OZU A; 2WYR A; 1OGJ A; 2V7X A; 4XLA A; 3V7A A; 1FX0 A; 4KKT A; 5HXB A; 4OOX A; 4QUZ A; 4WZE A; 3ZZ0 A; 1YJ9 B; 2WR8 A; 1QG0 A; 1ZM2 A; 3U2Q A; 3GQB A; 3CCM B; 4XMY A; 1N0U A; 3SEJ A; 3VNU A; 3BY2 A; 4XN3 A; 3NE5 B; 3Q3A A; 1BJK A; 4II2 A; 1S0U A; 1SKQ A; 3T51 B; 3PVD A; 1WP6 A; 3CCL B; 1YJW B; 1JJ2 B; 4B48 A; 2QDX A; 1E1Q A; 5IYN A; 4XKV A; 5HZA A; 1CNF A; 3A8K A; 4ZGQ B; 1VF7 A; 4LBW A; 1VHO A; 1JA0 A; 4RPD A; 1FNB A; 2C5H A; 2W6I A; 3I56 B; 2XNC A; 2DER A; 3E20 A; 4II3 A; 4P26 A; 3CRZ A; 1VQ6 B; 3G4S B; 3GVL A; 4P3I A; 1EFC A; 1QFJ A; 2DY1 A; 4RM0 A; 2Q6O A; 3PA2 A; 1M1K D; 2E1R A; 1UD8 A; 1W87 A; 5F4O A; 2KVO A; 4M2L A; 1MAB A; 1EWY A; 1N05 A; 1V5V A; 1WDT A; 3ZIA A; 1Q86 D; 1KMH A; 5F4J A; 3OJW A; 1NB9 A; 4P9S A; 1B23 P; 1R5N A; 1EFR A; 2VNI A; 4M1K A; 2P3M A; 1QH0 A; 1QX4 A; 4XOP A; 1KC8 D; 1Q82 D; 2YWF A; 4NNJ A; 4DNT B; 3G71 B; 1COW A; 4YHB A; 3GVK A; 2BGI A; 3AGP A; 4K1X A; 4QVA A; 1KK1 A; 4XLH A; 5F4M A; 3QFC A; 2VNH A; 4Z1M A; 1I7P A; 4M0L A; 2V7V A; 3CCV B; 1J9Z A; 3LNN A; 4KKS A; 4AF7 A; 3A35 A; 1WU8 A; 4BPR A; 3ZZU A; 3BC9 A; 1M90 D; 2DYI A; 2X3U A; 4FXU A; 1ZM3 A; 4UZU A; 1OB2 A; 1E1R A; 4OPO A; 2AHO A; 4LBZ A; 5FL7 A; 3I55 B; 1D1N A; 3OFN A; 2VNJ A; 5HZB A; 1WOS A; 2EIX A; 2OBT A; 2OBS A; 1WSV A; 2Q6L A; 3BH4 A; 2VBS A; 1D8T A; 4J0Q A; 1W9X A; 1TTT A; 3ASP A; 4P1V A; 4X7D A; 4X0C A; 3CCE B; 3P26 A; 4N3G A; 3FPK A; 3OW7 A; 1Q81 D; 2ZBV A; 2GK6 A; 5KNL A; 3SKB A; 1HVX A; 4X05 A; 2PE3 A; 3T56 B; 4XL9 A; 5L46 A; 2C4U A; 3AGQ A; 4X06 A; 5KW9 A; 4RD2 A; 1TUI A; 2GQF A; 3BQJ A; 2CW5 A; 3WBK A; 1NJI D; 2BSA A; 2YWG A; 1XE1 A; 1G7T A; 1VQ9 B; 1TVC A; 4N3N A; 3PUM A; 2V7T A; 3CC4 B; 3AVY A; 3JQR A; 4JMQ A; 2GJP A; 4XKW A; 1E3Z A; 4G1B A; 1GAQ A; 5BSX A; 1H42 A; 3W5V A; 4E0F A; 3OZW A; 3LQ6 A; 1OHH A; 4YXW A; 2YWE A; 1QVG B; 4P3Y A; 1ZUN B; 5E6T A; 3A8I A; 3VR6 A; 2DET A; 2C78 A; 1I8D A; 2F1M A; 1VLO A; 2R6H A; 5AN9 A; 3VO2 A; 3OJX A; 3QSY A; 3GSI A; 4TMW A; 1AIP A; 4Z4Y A; 2X6W A; 1YIJ B; 3AVU A; 1VQO B; 1KTV A; 3SJP A; 4RD0 A; 1KK2 A; 5IYQ A; 1R5O A; 4Y9U A; 5GV8 A; 2DEU A; 1IJF A; 1KZL A; 1FRQ A; 4RCY A; 1VQN B; 2QN6 A; 4PC1 A; 3OE7 A; 1R5B A; 2EFG A; 4CQJ A; 2CF4 A; 3U6B A; 4QHY A; 4OP7 A; 3SLD A; 3J81 k; 4Y7C A; 5A8A A; 1QGA A; 2M5S A; 2J7K A; 2BF4 A; 1VQ5 B; 1CNE A; 1AMO A; 1W34 A; 4XQF A; 1G7R A; 4AC9 A; 2PIA A; 3ZBU A; 2C4T A; 1KJZ A; 2HDN B; 4YEL A; 1H8H A; 4P22 A; 4YAF A; 5J35 A; 3CCU B; 4B44 A; 4ACA A; 1UMK A; 3B8H A; 3PEN A; 4DQL A; 1WOR A; 1T6X A; 2X85 A; 3ZUG A; 5HKK A; 4P2N A; 4RLZ A; 4U9U A; 2VJJ A; 3OAA A; 2RC5 A; 1HZE A; 4TN1 A; 4DK0 A; 3OW2 B; 2D9R A; 1GVH A; 2X6X A; 1IB0 A; 4HE5 A; 1V0F A; 4FWT A; 4X7C A; 1CQX A; 1VQ7 B; 4M4S A; 4XN0 A; 4ZGN B; 1VQM B; 1VQP B; 5TV2 A; 3CB4 A; 2D3N A; 1GAW A; 4XLC A; 4ZCI A; 1V0E A; 2ZTG A; 2X6Y A; 2HMA A; 3JQP A; 3Q6R A; 4RD1 A; 1Y0R A; 3Q6Q A; 4G6I A; 1ELO A; 3CCJ B; 4M53 A; 2FX3 A; 3ONY A; 4ZV4 A; 3WNB A; 3PA1 A; 4PC6 A; 4C43 A; 1T6Y A; 2JDI A; 4F7D A; 4X7E A; 3KL9 A; 3ZPN A; 4WZL A; 4X07 A; 2B7C A; 3U6K A; 1FND A; 5FO1 A; 1B2R A; 3ES9 A; 4RJL A; 1E79 A; 2CC2 A; 5GV7 A; 4B3X A; 2QMU A; 4TKO B; 4H9G A; 3OEH A; 3JU4 A; 1W35 A; 2X53 S; 4OPV A; 4DNR B; 2QTL A; 4IW3 B; 1E43 A; 2VNK A; 4LC0 A; 1ZM4 A; 5J3O A; 1SM4 A; 4RDJ A; 4B43 A; 3H9N A; 1K8A D; 4QVJ A; 2JN9 A; 4DK1 A; 2Q6I A; 4G1V A; 2QE7 A; 2I1L A; 3ZC3 A; 4Z4S A; 1I18 A; 1H8E A; 2WJY A; 3VMF A; 2QEX B; 4NBS A; 2ZZG A; 4UZE A; 1F60 A; 1P4M A; 4B47 A; 1S72 B; 5TR9 A; 1NBM A; 2F1L A; 1GJR A; 5B6I A; 4RDK A; 4TSF A; 1OB0 A; 3CMA B; 5DS0 A; 4Z4Z A; 4MYU A; 2OTJ B; 3V76 A; 3CES A; 2F4N A; 4RD6 A; 3CC2 B; 4QV2 A; 2GPJ A; 1N06 A; 4TT3 A; 5A88 A; 2HCJ B; 3CMM A; 3MMP A; 3OZV A; 1PJ7 A; 3ASS A; 1VQK B; 2OYN A; 4Z4V A; 3WY9 A; 4EH1 A; 4TMZ A; 1VJS A; 3ZBT A; 1RQP A; 2DCU A; 2DIE A; 2GK7 A; 3CPW B; 3W2E A; 1KK0 A; 2GJR A; 4G5G A; 2JIZ A; 1ZM9 A; 5H5J A; 2JJ1 A; 2XZP A; 5H59 A; 1S4M A; 3FPP A; 3ZZT A; 1PKV A; 1EXM A; 2R9V A; 1FNM A; 4Z4W A; 1QUE A; 1N0V C; 1WSR A; 3GVJ A; 1EP2 B; 1U2R A; 3OPO A; 4DQK A; 2WPD A; 2BM0 A; 3W5U A; 4XON A; 1DDG A; 3E1Y E; 4PGO A; 2BN4 A; 2XNJ A; 2VBV A; 4RD4 A; 2BVN A; #chains in the Genus database with same CATH homology 4XQF A; 3G05 A; 4XM3 A; 1UD8 A; 2KVO A; 4B3F X; 4G7W A; 1MAB A; 4YEL A; 1H8H A; 3KEW A; 3ZIA A; 4P22 A; 4YEJ A; 1KMH A; 1WTH D; 5CDF A; 3H94 A; 4L8J A; 1EFR A; 2ZZQ A; 1BPL A; 2ZXH A; 2X85 A; 4XOP A; 5HKK A; 4G7X A; 4NNJ A; 2VJJ A; 3OAA A; 4DNT B; 1HZE A; 1COW A; 4DK0 A; 3GVK A; 2V4D A; 4XLH A; 3CP2 A; 2F43 A; 2V7Q A; 1BMF A; 4Z1M A; 2X6X A; 2WZP P; 4KKS A; 2VJI A; 1V0F A; 2HLD A; 3A35 A; 3CP8 A; 3LNN A; 4XN0 A; 4XR6 A; 1VLY A; 3BC9 A; 2D3N A; 2Z6B D; 4XLC A; 3T53 B; 1V0E A; 2ZTG A; 2X6Y A; 3OOC A; 4FXU A; 4UZU A; 4XLE A; 4G6I A; 1E1R A; 1W0K A; 1UD5 A; 2ZTN A; 5FL7 A; 1BLI A; 3OFN A; 3OEE A; 2JDI A; 3BH4 A; 4AVZ A; 5DN6 A; 2E1B A; 3ZPN A; 1W9X A; 3A3B A; 1UD3 A; 1E3X A; 4HIZ A; 2W6J A; 2GJK A; 1E79 A; 3OW7 A; 4TKO B; 3WQZ A; 2WJV A; 2GK6 A; 2X8K A; 3OEH A; 3HAG A; 3JU4 A; 5KNL A; 2WSS A; 2X53 S; 3BCF A; 1HVX A; 3T56 B; 4XL9 A; 4B3G A; 4DNR B; 1WPC A; 1E43 A; 1T5E A; 3BCD A; 2XZL A; 4XD7 A; 3A3G A; 2ZZF A; 4DK1 A; 1UD6 A; 2QE7 A; 1I18 A; 1UD2 A; 1H8E A; 2WJY A; 4JMQ A; 2ZZG A; 2GJP A; 4XKW A; 1E3Z A; 1K28 D; 1UD4 A; 2JJ2 A; 2LZJ A; 4XLA A; 4XNF A; 4E0F A; 2ZXI A; 1FX0 A; 4KKT A; 1NBM A; 1NRK A; 2XGJ A; 2V31 A; 1OHH A; 4YXW A; 4TSF A; 3GQB A; 1OB0 A; 4XMY A; 3VR6 A; 4XN3 A; 3CES A; 2F1M A; 1I8D A; 3NE5 B; 2CK3 A; 4II2 A; 3T51 B; 2XND A; 4TT3 A; 2D3L A; 2XOK A; 1WP6 A; 4XLF A; 3DDY A; 3CMM A; 4KKU A; 5IK2 A; 2X6W A; 2XZO A; 3FKS A; 1VJS A; 2DIE A; 4XOT A; 1E1Q A; 2GK7 A; 2GJR A; 4XKV A; 1KZL A; 2JIZ A; 1W0J A; 2JJ1 A; 2XZP A; 1VF7 A; 1SKY B; 3FPP A; 4XOR A; 1PKV A; 3OE7 A; 4GQN A; 2R9V A; 3GVJ A; 2W6I A; 3OPO A; 2WPD A; 2M5S A; 4XON A; 4ASU A; 3GVL A; 4II3 A; 2ZZE A;
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