The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
38
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sequence length |
184
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structure length |
180
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Chain Sequence |
MFKGIVQGAGIIKKISKNDDTQRHGITFPKDILESVEKGTVMLVNGCSLTVVRISGDVVYFDIDQAINTTTFRELEVGNKVNLEVRPEFGSLLGKGALTGNIKGVATVDNITEEEDRLKVYIKIPKDLLSEDHIGINGVSHSIEEISDDIIFINYPKNLSITTNLGTLEKGSDVNVETLN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structures of the lumazine protein from Photobacterium kishitanii in complexes with the authentic chromophore, 6,7-dimethyl-8-(1'-D-ribityl) lumazine and its analogues, riboflavin and FMN, at high resolution
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Lumazine protein
|
| molecule tags |
Luminescent protein
|
| source organism |
Photobacterium kishitanii
|
| total genus |
38
|
| structure length |
180
|
| sequence length |
184
|
| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-06-12 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00677 | Lum_binding | Lumazine binding domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 | Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 | ||
| Mainly Beta | Beta Barrel | Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 | Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1KZL A; 4E0F A; 3GVK A; 3ZIA A; 2WSS A; 1W0K A; 2R9V A; 2JJ1 A; 5IK2 A; 2JJ2 A; 1KMH A; 2F43 A; 1I18 A; 1I8D A; 2CK3 A; 3OEE A; 3GVL A; 1W0J A; 4ASU A; 1HZE A; 1V0E A; 2W6J A; 4TSF A; 4HIZ A; 1MAB A; 2V7Q A; 1SKY B; 1H8H A; 5DN6 A; 1NBM A; 2WPD A; 3OFN A; 1BMF A; 3DDY A; 3OAA A; 5FL7 A; 2JIZ A; 3OE7 A; 4TT3 A; 3A35 A; 1PKV A; 5CDF A; 3GVJ A; 2W6I A; 3A3G A; 1OHH A; 3A3B A; 4YXW A; 3VR6 A; 1V0F A; 2XOK A; 3OEH A; 4G6I A; 1EFR A; 2XND A; 2JDI A; 4FXU A; 1FX0 A; 4GQN A; 4XD7 A; 4Z1M A; 5HKK A; 3FKS A; 1E79 A; 3JU4 A; 1E1R A; 1H8E A; 3GQB A; 1E1Q A; 1COW A; 2HLD A; 2QE7 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1VQ7 B; 4DQK A; 4P25 A; 2GJR A; 4QVA A; 3G6E B; 2PLF A; 4FWT A; 4OPV A; 2CK3 A; 4RCY A; 3G4S B; 3E20 A; 1HZE A; 3Q39 A; 1VQM B; 1VQ5 B; 5E6T A; 1SM4 A; 4PC7 A; 5THX A; 5L46 A; 1YJ9 B; 3VNU A; 4H9G A; 4WQM A; 1FRQ A; 2I1L A; 4RD1 A; 5F4M A; 1PKV A; 2BM1 A; 2VBS A; 2DCU A; 2OK8 A; 4PGO A; 3CC7 B; 3ISX A; 2YWG A; 1BQE A; 3BCD A; 3AVX A; 2GK7 A; 4KKS A; 3U6B A; 4Z1M A; 1EFC A; 4NCN A; 5FO1 A; 1TVC A; 3GQB A; 4B3F X; 1WU8 A; 1XFO A; 4X06 A; 3CCR B; 4X7D A; 1CNE A; 4YAO A; 4B43 A; 1VQ9 B; 4RDJ A; 4RPB A; 2HCJ B; 2QTZ A; 1QGZ A; 1H85 A; 3T53 B; 1UD4 A; 1N08 A; 3QE2 A; 4P6V F; 5BSX A; 2VJJ A; 2ZZF A; 1H8H A; 2QA4 B; 1WTH D; 4RPD A; 3OE7 A; 1VLY A; 4B44 A; 5CDF A; 2ZXH A; 3CCE B; 3A3B A; 4TKO B; 1XE1 A; 5DS0 A; 3LQE A; 3ZUG A; 4YAL A; 3AVU A; 2NPF A; 4YEJ A; 1Q7Y D; 1OB2 A; 1RQR A; 1OGI A; 1ZM2 A; 2CF4 A; 2OBT A; 4PAA A; 3A1P A; 3E1Y E; 2VZL A; 1QFJ A; 2F1L A; 2D74 A; 2DIE A; 2CC2 A; 1VQK B; 2XGJ A; 4Z4Z A; 4ACA A; 2Q6I A; 5HZB A; 2VYQ A; 4OPS A; 2NV4 A; 1JNY A; 4P1V A; 2W6J A; 3LQ6 A; 4EH1 A; 2AHO A; 2VBU A; 2OBR A; 4N3N A; 1W34 A; 5KNL A; 3CCM B; 1WOO A; 2JIZ A; 2RC5 A; 2VBT A; 3W5U A; 5F4O A; 1R5B A; 2XNJ A; 3W2H A; 3ZZU A; 4ACB A; 1VQ8 B; 1OB0 A; 3WNC A; 2E1R A; 1PJ7 A; 1FDR A; 1H42 A; 4TMT A; 1E62 A; 4FXU A; 1BX0 A; 5GV8 A; 2WJY A; 4AF6 A; 1NB9 A; 1VQN B; 1AMO A; 4HE5 A; 3OOC A; 5TV2 A; 2VNI A; 4B4D A; 2X8K A; 3J81 k; 5AN9 A; 2DEU A; 3AST A; 4JMQ A; 1E64 A; 1EP1 B; 2XEX A; 4P12 A; 1EFU A; 4OP7 A; 1E63 A; 3ZIA A; 2R9V A; 3AVY A; 3MMP A; 5IYN A; 2BVN A; 2GQF A; 1YIT B; 5DSZ A; 3ES9 A; 1R5O A; 5B6I A; 1Q81 D; 1ZM3 A; 1A8P A; 2V4D A; 2V7Q A; 4RDL A; 1T5E A; 3I55 B; 4BPR A; 4AF7 A; 4G1V A; 2EFG A; 3GVJ A; 2Z6B D; 3V76 A; 3A3G A; 1OHH A; 3ASS A; 2GRE A; 5F4J A; 3G05 A; 3H94 A; 1AIP A; 4U9U A; 1ZM4 A; 4UZU A; 3WBK A; 1P4M A; 3JU4 A; 1GAQ A; 1E1R A; 1H8E A; 3QFC A; 4PC3 A; 4XL9 A; 5DN6 A; 3CW2 A; 4M0L A; 1NRK A; 3ONU A; 4CQJ A; 2BMW A; 4NBS A; 1T6Y A; 1N8R D; 1KTV A; 1F60 A; 3SKB A; 5KW9 A; 4IW3 B; 2OTJ B; 4Z4S A; 1W0J A; 3H9N A; 2LZJ A; 3AVT A; 2V7T A; 4KKT A; 5J35 A; 3MCA A; 5H59 A; 2E1B A; 2Q6L A; 5TR9 A; 5FL7 A; 3ZZ0 A; 4L8J A; 1KRH A; 2BPO A; 2ZIT A; 3R6J A; 3ZBT A; 4WZE A; 1VQP B; 4RD4 A; 1WSR A; 3V7A A; 4UZE A; 3OZW A; 4XLA A; 1B23 P; 2XOK A; 2ZTN A; 4TMW A; 4M4S A; 4QHY A; 2J7K A; 4XMY A; 1ELO A; 4II2 A; 1QFZ A; 2FX3 A; 1YLO A; 1EP2 B; 3FKS A; 4YAF A; 1KK1 A; 2OK7 A; 3CB4 A; 3WY9 A; 2F4N A; 1QVG B; 5IYW A; 1BLI A; 1W87 A; 1E43 A; 1EFT A; 4PC1 A; 2XZO A; 2QTL A; 2BF4 A; 4LBZ A; 2C5H A; 3OZU A; 3G71 B; 1GO2 A; 1KJZ A; 3GVL A; 4YAU A; 2BSA A; 5EMN A; 1YIJ B; 1IJE A; 2WPD A; 3WQZ A; 3HAG A; 3A35 A; 4WWV A; 1QH0 A; 5A8A A; 4WZL A; 4G6I A; 3SLN A; 1HA3 A; 1WP6 A; 2VNJ A; 1E3X A; 3QFT A; 5HKK A; 5JBQ A; 5FNZ A; 4ZCL A; 2QGG A; 1FNC A; 3CXC B; 3D26 A; 3QFS A; 1VHE A; 1VLO A; 1WOR A; 3OAA A; 3ZBU A; 2ZL7 A; 2C5B A; 2ZZG A; 1KZL A; 4RDK A; 2RC6 A; 1OB5 A; 3ASQ A; 4MYT A; 5KSW B; 2VBV A; 2PIA A; 1UD5 A; 3CCU B; 4XM3 A; 2VJI A; 5A88 A; 5IYQ A; 1W2B B; 1SKQ A; 4X07 A; 2XZP A; 1K28 D; 2M5S A; 4ZGQ B; 3B82 A; 3KL9 A; 4II3 A; 1Q86 D; 1EXM A; 3CCV B; 1UMK A; 3CP2 A; 4QFM A; 3SLD A; 1F20 A; 1N05 A; 1QX4 A; 3OJW A; 4PAB A; 1K9M D; 1JB9 A; 1BPL A; 3VO2 A; 1N06 A; 1GAW A; 1WPC A; 3A8K A; 2GPJ A; 4PC6 A; 1E79 A; 1YJN B; 1WOS A; 4B48 A; 1BJK A; 1QFY A; 3W5H A; 3OKX A; 2WSS A; 2R6H A; 3CCL B; 2X53 S; 2V7V A; 3I1F A; 4KKU A; 3T56 B; 2BV3 A; 4X7C A; 3AVW A; 4HIZ A; 3SEJ A; 2B7C A; 3W2F A; 3DDY A; 1UD2 A; 1M1K D; 2HMA A; 2QDX A; 2CRV A; 2OBS A; 4FK8 A; 4ZV4 A; 2V31 A; 4RD2 A; 4RLZ A; 3P26 A; 2QN6 A; 3CES A; 1J9Z A; 4TMZ A; 3OEH A; 3WYA A; 4AVZ A; 4P3Y A; 1EFR A; 1T6X A; 3LNN A; 1YJW B; 3A8I A; 4ZGN B; 3CD6 B; 1DAR A; 2V7W A; 4TT3 A; 4TSF A; 4Z4R A; 4AC9 A; 2QE7 A; 5FIU A; 4DK0 A; 3FPP A; 3GVK A; 5IK2 A; 2ZBU A; 4XR6 A; 3PUN A; 3FPK A; 3CMA B; 4M1K A; 3VNV A; 2C78 A; 4G7X A; 1WOP A; 4LBW A; 4J0Q A; 3T51 B; 4G1B A; 3CP8 A; 3FJO A; 3VMF A; 1WSV A; 1UD8 A; 1D2E A; 4RD6 A; 3U2Q A; 2D3L A; 4WZK A; 1DDI A; 4X0C A; 3W2E A; 1G7C A; 2HDN B; 3JQP A; 4Y9R A; 4Z4U A; 3B8H A; 4LBY A; 1NDH A; 2XND A; 1T6Z A; 3PVD A; 2YWF A; 3CCJ B; 1VQ6 B; 4M53 A; 4RM0 A; 2DET A; 2QEX B; 3PA2 A; 2ZXI A; 1WDT A; 4X05 A; 3CME B; 1QVF B; 4Z4W A; 4XLC A; 2F1M A; 4C43 A; 1Q82 D; 3BY2 A; 1V5V A; 4P2N A; 5TY0 A; 4P22 A; 2WZP P; 1V0E A; 1OGJ A; 1DDG A; 4XQF A; 3BQJ A; 3OPO A; 2GJP A; 3W2I A; 3BNW A; 4XNF A; 4DK1 A; 1I7P A; 3CPX A; 2BGJ A; 2ZBV A; 4Z4Y A; 4MYU A; 3OP1 A; 1V0F A; 1Y0Y A; 5A89 A; 3OW7 A; 4ZCM A; 2JDI A; 1GR1 A; 3Q6R A; 3ASR A; 2ZTG A; 1N0U A; 2VNK A; 3CCQ B; 2EIX A; 4OOX A; 1G7S A; 1KK2 A; 3OEE A; 1D8T A; 4LC0 A; 2DYI A; 2JN9 A; 5J3O A; 4M2L A; 4F7D A; 4X7E A; 1IB0 A; 5IYP A; 4YAW A; 1GVH A; 3JQR A; 4Z4T A; 4XLE A; 1G7R A; 4P26 A; 3QSY A; 1TTT A; 4C0S A; 1S0U A; 3R6K A; 5H5J A; 1GJR A; 1IHM A; 1NJI D; 5GV7 A; 2X6W A; 1FNM A; 2X6X A; 1FND A; 3SJP A; 1YI2 B; 1E3Z A; 1Q9S A; 4ROX A; 1PJ6 A; 3CTA A; 3U6K A; 1YHQ B; 4NNJ A; 2ZZQ A; 4P6Y A; 3BC9 A; 3QFR A; 4YHB A; 1ZM9 A; 4FN5 A; 5FO0 A; 3PA1 A; 4XLH A; 1QGY A; 1W35 A; 1YX2 A; 2Q6K A; 3OZV A; 2PMD A; 4XOP A; 2WJV A; 1JA0 A; 4Y9U A; 1MAB A; 4TN1 A; 1W9X A; 3ASP A; 3LVB A; 4X7F A; 3WXM A; 2WR8 A; 1VQL B; 4K1X A; 1VHO A; 3VR6 A; 3CPW B; 2YWH A; 4YEL A; 1DG1 G; 4UZF A; 3WND A; 1N0V C; 1KC8 D; 1HVX A; 3PEN A; 2DER A; 4DNR B; 1CNF A; 4PC2 A; 4XD7 A; 4OOS A; 4DQL A; 5BSY A; 1N07 A; 1QGA A; 1D1N A; 1W0K A; 3BH4 A; 3CRZ A; 4OOV A; 2JJ2 A; 3VO1 A; 3AVV A; 1TUI A; 4X8I A; 3CCS B; 3BCF A; 1EWY A; 1M90 D; 4ASU A; 4XOT A; 1PJ5 A; 4QV2 A; 5FA6 A; 1JA1 A; 1NBM A; 3OW2 B; 3Q3A A; 4B3X A; 2W6I A; 4XN0 A; 4G5G A; 1Y0R A; 3AGQ A; 3ONY A; 2FVG A; 4RCZ A; 2CBX A; 1JJ2 B; 2D9R A; 4P9S A; 2X3U A; 1KQS B; 4ZCI A; 1FX0 A; 2BM0 A; 3NE5 B; 3Q6Q A; 5HZA A; 2XNC A; 4Q7J B; 1KK3 A; 3LO8 A; 4E0F A; 2OYN A; 2X6Y A; 3B78 A; 2F43 A; 4XKV A; 1I18 A; 1QUF A; 3GSI A; 2V7X A; 2XZL A; 1KK0 A; 5LMZ A; 2ZL5 A; 1VJS A; 3BY1 A; 2BN4 A; 3OFN A; 2C2W A; 3GIR A; 4G7W A; 1S4M A; 4XKW A; 1FRN A; 1XB2 A; 1R5N A; 3CMM A; 2Q6O A; 3JQQ A; 4YXW A; 3WNB A; 2VNH A; 2WZN A; 1NB0 A; 1G7T A; 4GQN A; 2P3M A; 4LBV A; 1VQ4 B; 2C4T A; 3WBJ A; 2B5O A; 1COW A; 4HE6 A; 1UD6 A; 2CND A; 2ZL6 A; 1UD3 A; 2JJ1 A; 4Z4V A; 4UAJ A; 3AGP A; 1IJF A; 2QMU A; 2V7U A; 4XN3 A; 1XQB A; 1EP3 B; 3KEW A; 1B2R A; 4P3I A; 4OPO A; 2DOG A; 2X85 A; 4Y7C A; 3PUM A; 4RD3 A; 3CC2 B; 2GJK A; 4B47 A; 4R71 A; 3W2G A; 1VQO B; 4RD0 A; 2KVO A; 2CW5 A; 1MRZ A; 4XLF A; 2C4U A; 1FNB A; 2PE3 A; 3SJZ A; 4QVJ A; 3RY8 A; 5IYR A; 1QUE A; 1E1Q A; 3CC4 B; 4QUZ A; 1CQX A; 1VF7 A; 1QG0 A; 1K73 D; 3ZZT A; 1KMH A; 3ZC3 A; 1I8D A; 3I56 B; 3P27 A; 4B3G A; 2DY1 A; 5TRD A; 2B7B A; 3W5V A; 3Q38 A; 1SKY B; 4XOR A; 1S72 B; 2OTL B; 1BMF A; 1RQP A; 2YWE A; 3MHP A; 3A8J A; 3ZPN A; 2D3N A; 4N3G A; 4WZT A; 4TMV A; 3OJX A; 4DNT B; 1K8A D; 1BX1 A; 1ZUN B; 2GK6 A; 4RJL A; 4XON A; 4TMX A; 1TLL A; 1KD1 D; 2WYR A; 2X0K A; 1U2R A; 2C77 A; 5HXB A; 2ZZE A; 2HLD A; 2BGI A; #chains in the Genus database with same CATH homology 1NRK A; 3FPP A; 3GVK A; 2GJR A; 1W0K A; 3BH4 A; 5IK2 A; 2JJ2 A; 4XR6 A; 2CK3 A; 3BCF A; 1W0J A; 4ASU A; 4G7X A; 1HZE A; 2LZJ A; 4XOT A; 4KKT A; 2E1B A; 3T51 B; 1NBM A; 5FL7 A; 4L8J A; 3CP8 A; 1PKV A; 1UD8 A; 4DK0 A; 2W6I A; 2D3L A; 4XN0 A; 4XLA A; 2XOK A; 2ZTN A; 3BCD A; 4XMY A; 2GK7 A; 2XND A; 4KKS A; 4II2 A; 1FX0 A; 4Z1M A; 3FKS A; 3NE5 B; 3GQB A; 4B3F X; 2ZXI A; 1BLI A; 4E0F A; 4XLC A; 2F1M A; 2X6Y A; 1E43 A; 2F43 A; 4XKV A; 2XZO A; 1I18 A; 3GVL A; 4P22 A; 2WZP P; 1V0E A; 3T53 B; 1UD4 A; 4XQF A; 2XZL A; 3OPO A; 2VJJ A; 2GJP A; 2ZZF A; 1H8H A; 4XNF A; 4DK1 A; 1VJS A; 2WPD A; 3OFN A; 3WQZ A; 1WTH D; 3HAG A; 3OE7 A; 1VLY A; 4G7W A; 3A35 A; 4XKW A; 5CDF A; 2ZXH A; 3A3B A; 3CMM A; 4TKO B; 4YXW A; 1V0F A; 4G6I A; 3OW7 A; 1WP6 A; 4XD7 A; 2JDI A; 1E3X A; 4GQN A; 4YEJ A; 5HKK A; 2ZTG A; 5DN6 A; 3OAA A; 1COW A; 2ZZG A; 1UD6 A; 1KZL A; 2DIE A; 2XGJ A; 1UD3 A; 2JJ1 A; 3OEE A; 1UD5 A; 4XN3 A; 4XM3 A; 2VJI A; 2W6J A; 3KEW A; 2XZP A; 1K28 D; 2M5S A; 5KNL A; 2JIZ A; 4II3 A; 2X85 A; 2GJK A; 4XLE A; 3CP2 A; 1OB0 A; 1BPL A; 2KVO A; 1WPC A; 2X6W A; 4FXU A; 4XLF A; 2WJY A; 2X6X A; 1E3Z A; 1E79 A; 3OOC A; 2X8K A; 4NNJ A; 2ZZQ A; 1E1Q A; 4JMQ A; 3BC9 A; 1VF7 A; 3ZIA A; 2WSS A; 4XLH A; 2R9V A; 2X53 S; 1KMH A; 4DNR B; 1I8D A; 4KKU A; 3T56 B; 4B3G A; 4XOP A; 2WJV A; 4HIZ A; 1MAB A; 2V7Q A; 2V4D A; 1SKY B; 4XOR A; 1T5E A; 1BMF A; 1UD2 A; 3DDY A; 1W9X A; 2V31 A; 3GVJ A; 2Z6B D; 2D3N A; 3A3G A; 1OHH A; 3ZPN A; 4DNT B; 3VR6 A; 3CES A; 3OEH A; 2GK6 A; 3G05 A; 4AVZ A; 1EFR A; 4XON A; 4YEL A; 3H94 A; 3LNN A; 4UZU A; 1HVX A; 3JU4 A; 4XL9 A; 1E1R A; 1H8E A; 4TSF A; 4TT3 A; 2ZZE A; 2HLD A; 2QE7 A;
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