The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
48
|
sequence length |
200
|
structure length |
200
|
Chain Sequence |
MFTGIITDIGKVDRVKPLNEGVLLRIETAYDPETIELGASIACSGVCLTVVALPEKGSNARWFEVEAWEEALRLTTISSWQSGRKINLERSLKLGDEMGGHLVFGHVDGQAEIVERKDEGDAVRFTLRAPEELAPFIAQKGSVALDGTSLTVNGVNANEFDVLLIRHSLEVTTWGERKAGDKVNIEIDQLARYAARLAQY
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystallographic and kinetic study of riboflavin synthase from Brucella abortus, a chemotherapeutic target with an enhanced intrinsic flexibility.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transferase
|
| source organism |
Brucella abortus
|
| molecule keywords |
Riboflavin synthase subunit alpha
|
| total genus |
48
|
| structure length |
200
|
| sequence length |
200
|
| chains with identical sequence |
B, C
|
| ec nomenclature |
ec
2.5.1.9: Riboflavin synthase. |
| pdb deposition date | 2012-03-03 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 | Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 | ||
| Mainly Beta | Beta Barrel | Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 | Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1BMF A; 1V0F A; 3DDY A; 3FKS A; 3OEE A; 5IK2 A; 4ASU A; 4E0F A; 2W6J A; 1OHH A; 1W0J A; 3A3B A; 2JIZ A; 1E1Q A; 4HIZ A; 2XND A; 1E1R A; 3A3G A; 5FL7 A; 2R9V A; 3ZIA A; 5DN6 A; 2JJ2 A; 3JU4 A; 5HKK A; 2XOK A; 5CDF A; 1NBM A; 2WPD A; 4GQN A; 3GQB A; 2WSS A; 4G6I A; 1I18 A; 1FX0 A; 3OE7 A; 4TT3 A; 3A35 A; 2HLD A; 2F43 A; 1H8H A; 1KZL A; 1PKV A; 2JDI A; 2JJ1 A; 3GVL A; 3GVJ A; 3OAA A; 1EFR A; 1HZE A; 3OFN A; 2CK3 A; 2W6I A; 4XD7 A; 1MAB A; 1H8E A; 2QE7 A; 1COW A; 3OEH A; 4Z1M A; 2V7Q A; 3GVK A; 4YXW A; 1W0K A; 3VR6 A; 4FXU A; 1SKY B; 4TSF A; 1E79 A; 1KMH A; 1I8D A; 1V0E A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3E1Y E; 4L8J A; 4OPV A; 4WWV A; 4XOP A; 1ZM2 A; 5FO0 A; 2F4N A; 3OPO A; 1WOP A; 4XN0 A; 5IYN A; 2Q6O A; 1W87 A; 1BLI A; 2X6Y A; 4XM3 A; 5F4O A; 2YWG A; 1TLL A; 3ASS A; 4ACA A; 1FRQ A; 1WTH D; 4P25 A; 1S0U A; 4HE5 A; 5FL7 A; 4P3I A; 2CRV A; 4DQK A; 3RY8 A; 1YJW B; 4P26 A; 2ZXI A; 5FNZ A; 5GV7 A; 2HMA A; 2PE3 A; 1M90 D; 4B3G A; 4XOR A; 1VHO A; 2JJ1 A; 3WNB A; 2BGI A; 2WYR A; 3GVL A; 4YAW A; 2KVO A; 3ZZU A; 2CC2 A; 3SJP A; 1V5V A; 3I1F A; 2QE7 A; 3OEH A; 4LBZ A; 4X7E A; 3OOC A; 3P26 A; 5HZA A; 3ES9 A; 4Z4Z A; 4RPD A; 4Z4V A; 3LO8 A; 5H59 A; 3CP2 A; 1NRK A; 4P2N A; 2Z6B D; 2OBT A; 2VNI A; 1DDG A; 2PIA A; 2VNH A; 4XOT A; 2ZTN A; 1GAQ A; 5BSY A; 4RD2 A; 3BY1 A; 4RD4 A; 1I18 A; 4M1K A; 1Q82 D; 4Z4R A; 1T6Y A; 3CCL B; 3ASQ A; 2BPO A; 2X6X A; 4PGO A; 1TTT A; 2P3M A; 3OP1 A; 3CCM B; 1EFR A; 2XZP A; 3PUN A; 3VMF A; 5A89 A; 2ZZG A; 4U9U A; 2WR8 A; 4PC1 A; 4NNJ A; 2DEU A; 3QSY A; 1JA1 A; 4QVA A; 1E79 A; 2B5O A; 2B7B A; 5HZB A; 1UD3 A; 3QFT A; 1UD4 A; 1QUF A; 4G7W A; 4UZE A; 4P3Y A; 3PA2 A; 1JJ2 B; 1T6X A; 3KEW A; 3WNC A; 1VLY A; 3MHP A; 4P6Y A; 3OW7 A; 1VHE A; 3CTA A; 4XN3 A; 2WPD A; 4G6I A; 4PAA A; 4RD3 A; 1EP3 B; 1NDH A; 2NV4 A; 4F7D A; 2F43 A; 2V31 A; 2ZBV A; 1KC8 D; 3CXC B; 3WXM A; 3WYA A; 2HCJ B; 2YWH A; 1QFY A; 2D74 A; 3ONU A; 1D2E A; 4B4D A; 2DER A; 1EP1 B; 4XLC A; 3SLN A; 2BV3 A; 4OPO A; 5EMN A; 1COW A; 1S4M A; 4AVZ A; 1N8R D; 4TSF A; 1Q86 D; 2W6I A; 4ZCI A; 1P4M A; 2ZZQ A; 1V0E A; 2Q6I A; 1FRN A; 3AST A; 1EP2 B; 1E64 A; 1F60 A; 4XON A; 2OBR A; 4X7C A; 3A3B A; 4WZE A; 3WY9 A; 1EFU A; 4X8I A; 1KQS B; 2OTL B; 4UZF A; 4UAJ A; 3QFS A; 4FN5 A; 4KKT A; 4CQJ A; 3E20 A; 2X53 S; 1B23 P; 4WZL A; 1W9X A; 3A8K A; 1QGA A; 4N3N A; 1BX0 A; 3CCE B; 1Q9S A; 3I56 B; 1YLO A; 3D26 A; 3LNN A; 4II3 A; 4RDK A; 3ZPN A; 4BPR A; 4DQL A; 3A8I A; 4JMQ A; 4TN1 A; 4XNF A; 3G4S B; 3A1P A; 1I8D A; 2BSA A; 1QVF B; 1M1K D; 4M4S A; 3CD6 B; 4MYU A; 1TVC A; 2ZXH A; 1WDT A; 3FPK A; 1W0J A; 1VF7 A; 3OJX A; 1FND A; 3U2Q A; 4R71 A; 1DAR A; 2ZL5 A; 3BH4 A; 5FA6 A; 1VQ7 B; 2EFG A; 5DN6 A; 1WP6 A; 1VQL B; 3B78 A; 1OGJ A; 3GQB A; 4YAU A; 1W34 A; 5L46 A; 1B2R A; 3SKB A; 4XR6 A; 3T56 B; 1VLO A; 2VBV A; 3BNW A; 1NJI D; 3GVK A; 4K1X A; 1N05 A; 4LC0 A; 1GO2 A; 4X7D A; 1ZM9 A; 5IK2 A; 3OEE A; 4TMZ A; 1KK3 A; 4DNR B; 1UD2 A; 1PJ7 A; 1VQK B; 1VJS A; 4Y9U A; 5TRD A; 2XNJ A; 1VQ8 B; 1JA0 A; 3A3G A; 1CNE A; 2C4U A; 1TUI A; 1PJ6 A; 2FX3 A; 2QGG A; 4Y9R A; 4ZV4 A; 4WZT A; 3PUM A; 1EXM A; 4OOV A; 3W2G A; 3KL9 A; 4ZCM A; 3T53 B; 1WU8 A; 1N06 A; 1UMK A; 4RDJ A; 4B48 A; 3H94 A; 1D8T A; 4RD6 A; 4Z1M A; 1VQO B; 4H9G A; 2VZL A; 2XOK A; 1FNC A; 1IHM A; 3HAG A; 4YEL A; 5HXB A; 2GJK A; 2GRE A; 4KKU A; 2WZP P; 4B47 A; 4P6V F; 2VNJ A; 4WZK A; 1RQP A; 4ZGN B; 1N0U A; 4G1V A; 2QTZ A; 4DK0 A; 4QVJ A; 3JQR A; 4QHY A; 3QFR A; 2C78 A; 3W5U A; 1BJK A; 3VO1 A; 2D3L A; 1N08 A; 1VQ4 B; 4FK8 A; 4Z4W A; 4OOS A; 1SM4 A; 5KSW B; 2PLF A; 2WZN A; 2BF4 A; 1KD1 D; 2XEX A; 3CME B; 4TMV A; 3CCR B; 5KW9 A; 1OB5 A; 1ZM4 A; 1W35 A; 4RCZ A; 1Y0R A; 1ZM3 A; 5H5J A; 4OP7 A; 1VQN B; 4XKV A; 3LVB A; 3WBK A; 4RLZ A; 4ASU A; 3DDY A; 1AMO A; 2VBU A; 4PC2 A; 2CF4 A; 2V7T A; 2W6J A; 2D9R A; 4RDL A; 1KK0 A; 2RC5 A; 1XQB A; 2BM1 A; 4ROX A; 2QEX B; 4AF7 A; 1ELO A; 1SKQ A; 1BX1 A; 4X0C A; 1PJ5 A; 4RD0 A; 4ZCL A; 2WJY A; 1FNM A; 3ZIA A; 1T5E A; 2X85 A; 3CCU B; 1VQM B; 5DSZ A; 4PC3 A; 1GR1 A; 2ZBU A; 5IYR A; 3CC7 B; 4TT3 A; 1K9M D; 2JN9 A; 3OW2 B; 5J35 A; 3V7A A; 2C5H A; 2GPJ A; 2DYI A; 5IYQ A; 4YXW A; 4LBY A; 2VBS A; 4XQF A; 1SKY B; 2V4D A; 3B8H A; 1KK1 A; 3A8J A; 1R5B A; 2XZO A; 2LZJ A; 4E0F A; 2NPF A; 4G7X A; 1BPL A; 1Y0Y A; 2YWE A; 1QFJ A; 1U2R A; 2E1R A; 4XL9 A; 5LMZ A; 3U6B A; 5J3O A; 4AC9 A; 2GK6 A; 3QE2 A; 1K73 D; 4YHB A; 3J81 k; 2ZL6 A; 1FX0 A; 3AVT A; 2BVN A; 3OE7 A; 1GVH A; 1ZUN B; 1QG0 A; 5KNL A; 3CMA B; 1PKV A; 4C0S A; 1VQ6 B; 2CND A; 3PA1 A; 1YX2 A; 3VO2 A; 4PC7 A; 2C5B A; 4G5G A; 3CCQ B; 2ZL7 A; 3JQQ A; 1E3Z A; 1E3X A; 3BQJ A; 4TMT A; 3FPP A; 1H42 A; 5E6T A; 1VQ9 B; 1WSR A; 2OK7 A; 3Q6R A; 4P22 A; 3WND A; 1IJE A; 1BMF A; 1V0F A; 2DCU A; 4UZU A; 2M5S A; 3PEN A; 1AIP A; 4RPB A; 3CCJ B; 1WOS A; 3AVY A; 1D1N A; 3R6K A; 4OPS A; 5IYW A; 2QMU A; 2J7K A; 5CDF A; 3CPW B; 1FNB A; 1Q81 D; 3ZUG A; 4II2 A; 3W5V A; 4J0Q A; 2X0K A; 1EFC A; 1QH0 A; 3OZW A; 3ZBU A; 1VQP B; 2DY1 A; 1EFT A; 2X8K A; 2XNC A; 1N07 A; 2CK3 A; 2RC6 A; 1G7S A; 3GSI A; 2BM0 A; 4FXU A; 5AN9 A; 3BY2 A; 1KMH A; 1F20 A; 3NE5 B; 3OKX A; 5A88 A; 2QDX A; 2DET A; 3MMP A; 3CCV B; 4RCY A; 2FVG A; 2C2W A; 2VNK A; 1QVG B; 5THX A; 4P12 A; 2C4T A; 1YIT B; 4QUZ A; 3B82 A; 2Q6L A; 1KK2 A; 2V7V A; 2X6W A; 4YAO A; 2XND A; 3ISX A; 3I55 B; 3VNU A; 2F1L A; 3ASR A; 3WBJ A; 5B6I A; 3OZU A; 3P27 A; 4RD1 A; 4ZGQ B; 3V76 A; 3AVV A; 5A8A A; 1KJZ A; 3AVW A; 1E62 A; 3G71 B; 4PAB A; 3OAA A; 4YAL A; 5FIU A; 3BCD A; 2Q6K A; 4TKO B; 2GQF A; 3SEJ A; 2GJP A; 2QN6 A; 4YAF A; 2ZIT A; 1IB0 A; 3OZV A; 1I7P A; 3VNV A; 3MCA A; 3QFC A; 2BN4 A; 3CRZ A; 2EIX A; 1HVX A; 1VQ5 B; 2OBS A; 4XMY A; 1E1Q A; 5BSX A; 4HIZ A; 3CC2 B; 1H85 A; 4B44 A; 1RQR A; 1E1R A; 2CBX A; 3BC9 A; 3AVU A; 4P1V A; 1WPC A; 4M0L A; 3ASP A; 2ZTG A; 4X7F A; 3SLD A; 3BCF A; 5JBQ A; 4FWT A; 4WQM A; 3H9N A; 2QTL A; 1H8H A; 1XFO A; 1JB9 A; 4X05 A; 4X07 A; 5FO1 A; 4DK1 A; 3G05 A; 1HZE A; 1WOO A; 1XB2 A; 1QGY A; 4PC6 A; 3U6K A; 2PMD A; 1MAB A; 1H8E A; 5GV8 A; 2V7Q A; 3CP8 A; 3G6E B; 4RJL A; 4KKS A; 2GJR A; 1OHH A; 5TV2 A; 1A8P A; 4NCN A; 1QFZ A; 1KRH A; 1YIJ B; 5IYP A; 1WSV A; 3W2I A; 4XLF A; 3Q38 A; 3A35 A; 1GJR A; 1YJ9 B; 1IJF A; 2JDI A; 4Z4T A; 1UD6 A; 2BMW A; 3PVD A; 4QV2 A; 1XE1 A; 3ONY A; 1CQX A; 4XD7 A; 2F1M A; 4C43 A; 2OYN A; 4B3F X; 1K28 D; 4DNT B; 3Q39 A; 3CB4 A; 2OK8 A; 3LQE A; 1DDI A; 1OGI A; 2B7C A; 2E1B A; 2JIZ A; 4G1B A; 1YI2 B; 4OOX A; 2V7U A; 3ZZT A; 1G7T A; 4LBV A; 1T6Z A; 4XLA A; 1J9Z A; 1GAW A; 1MRZ A; 2R9V A; 1WOR A; 5F4M A; 2XGJ A; 4GQN A; 4P9S A; 1QGZ A; 1CNF A; 4Z4S A; 3CMM A; 1R5O A; 4B43 A; 2R6H A; 1NB0 A; 1KZL A; 1UD8 A; 4YEJ A; 2GK7 A; 3CES A; 3W2H A; 3WQZ A; 2XZL A; 3AVX A; 1K8A D; 5DS0 A; 3CC4 B; 3W5H A; 4Z4U A; 2ZZF A; 1W0K A; 2VYQ A; 5TR9 A; 1S72 B; 2X3U A; 4Q7J B; 2OTJ B; 3AGQ A; 4RM0 A; 4X06 A; 4HE6 A; 1E63 A; 2WJV A; 4LBW A; 4XKW A; 5F4J A; 3T51 B; 1QUE A; 1HA3 A; 4M2L A; 5TY0 A; 3LQ6 A; 1YHQ B; 2HDN B; 1NB9 A; 3AGP A; 4ACB A; 3ZZ0 A; 2JJ2 A; 3JU4 A; 4IW3 B; 4N3G A; 2V7W A; 1NBM A; 2DIE A; 5HKK A; 2QA4 B; 1W2B B; 3W2E A; 2C77 A; 2HLD A; 1FDR A; 3OJW A; 3JQP A; 2VBT A; 4NBS A; 2DOG A; 4EH1 A; 2VJJ A; 1BQE A; 3CPX A; 1G7C A; 1N0V C; 1G7R A; 3CW2 A; 3FJO A; 3ZC3 A; 2D3N A; 3VR6 A; 1R5N A; 1EWY A; 2V7X A; 1Q7Y D; 4Y7C A; 1QX4 A; 3FKS A; 3CCS B; 1E43 A; 2YWF A; 1DG1 G; 4MYT A; 4TMW A; 1OB0 A; 2VJI A; 2CW5 A; 4XLH A; 2BGJ A; 4Z4Y A; 3GIR A; 4M53 A; 2WSS A; 1JNY A; 2I1L A; 3W2F A; 3Q6Q A; 2AHO A; 3Q3A A; 3GVJ A; 3R6J A; 3OFN A; 4TMX A; 2ZZE A; 1UD5 A; 4B3X A; 4QFM A; 1KTV A; 1YJN B; 1OB2 A; 4AF6 A; 4XLE A; 3SJZ A; 3ZBT A; #chains in the Genus database with same CATH homology 2XZO A; 4L8J A; 2LZJ A; 4XOP A; 4E0F A; 3OPO A; 2ZXH A; 4XN0 A; 4KKS A; 2GJR A; 1OHH A; 4G7X A; 1W0J A; 1BPL A; 1BLI A; 1VF7 A; 2X6Y A; 4XM3 A; 3BH4 A; 4XL9 A; 1WTH D; 5FL7 A; 5DN6 A; 1WP6 A; 2GK6 A; 3GQB A; 2ZXI A; 1FX0 A; 4XLF A; 3OE7 A; 3A35 A; 5KNL A; 1PKV A; 4XR6 A; 4XOR A; 4B3G A; 2JDI A; 3T56 B; 1UD6 A; 2JJ1 A; 3GVL A; 2KVO A; 1E3Z A; 1E3X A; 4XD7 A; 2F1M A; 2QE7 A; 3OEH A; 3GVK A; 3FPP A; 3OOC A; 4P22 A; 4B3F X; 1K28 D; 4DNT B; 1BMF A; 1V0F A; 3OEE A; 5IK2 A; 4DNR B; 4UZU A; 1UD2 A; 2E1B A; 2M5S A; 2JIZ A; 1VJS A; 1NRK A; 3CP2 A; 2Z6B D; 4XLA A; 3A3G A; 4XOT A; 2R9V A; 2ZTN A; 2XGJ A; 5CDF A; 4GQN A; 1I18 A; 3CMM A; 4II2 A; 1KZL A; 1UD8 A; 4YEJ A; 3T53 B; 2X6X A; 2GK7 A; 3CES A; 2X8K A; 3WQZ A; 1EFR A; 2XZP A; 3H94 A; 2XZL A; 2CK3 A; 2ZZG A; 4NNJ A; 4Z1M A; 2ZZF A; 1W0K A; 4FXU A; 1E79 A; 1KMH A; 2XOK A; 3HAG A; 3NE5 B; 4YEL A; 2GJK A; 1UD3 A; 4KKU A; 4XKW A; 1UD4 A; 2WJV A; 2WZP P; 4G7W A; 3T51 B; 4DK0 A; 3KEW A; 2X6W A; 1VLY A; 2XND A; 3OW7 A; 4XN3 A; 2JJ2 A; 3JU4 A; 5HKK A; 1NBM A; 2D3L A; 2DIE A; 2WPD A; 4G6I A; 2HLD A; 2F43 A; 2V31 A; 3OAA A; 2VJJ A; 4XLC A; 3BCD A; 1COW A; 2D3N A; 3VR6 A; 4TKO B; 4AVZ A; 2GJP A; 4TSF A; 4XKV A; 2W6I A; 2ZZQ A; 1V0E A; 3FKS A; 3DDY A; 4ASU A; 2W6J A; 1E43 A; 4XON A; 3A3B A; 1HVX A; 4XMY A; 1E1Q A; 4HIZ A; 1OB0 A; 2VJI A; 1E1R A; 2WJY A; 4XLH A; 3ZIA A; 1T5E A; 2X85 A; 3BC9 A; 4KKT A; 2X53 S; 1WPC A; 2WSS A; 1W9X A; 2ZTG A; 3BCF A; 4TT3 A; 1H8H A; 3LNN A; 3GVJ A; 3G05 A; 4II3 A; 1HZE A; 3OFN A; 3ZPN A; 4DK1 A; 2ZZE A; 1MAB A; 1H8E A; 1UD5 A; 4JMQ A; 4YXW A; 2V7Q A; 4XQF A; 1SKY B; 2V4D A; 3CP8 A; 4XNF A; 4XLE A; 1I8D A;
#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait... #similar chains, but unknotted ...loading similar chains, please wait... #similar chains in the pdb database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait...
