The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
15
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sequence length |
82
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structure length |
82
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Chain Sequence |
REFAGLVLGYDPETGIATVQQRNHFRPGDEVEFFGPEIENFTQVIEKIWDEDGNELDAARHPLQIVKFKVKRPLFPYNMMRK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Ultratight crystal packing of a 10 kDa protein.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Unknown function
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| source organism |
Geobacillus thermoleovorans
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| molecule keywords |
Peptidase family U32
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| total genus |
15
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| structure length |
82
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| sequence length |
82
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-10-03 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF16325 | Peptidase_U32_C | Peptidase family U32 C-terminal domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 | Translation factors |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4RD6 A; 3B82 A; 5GV7 A; 2DY1 A; 1H42 A; 3P26 A; 1NDH A; 4B43 A; 2QMU A; 2DEU A; 1F60 A; 3LVB A; 4B3X A; 3AVW A; 1QGA A; 1Q86 D; 4ZV4 A; 4RCZ A; 4TMT A; 1K73 D; 4Y9U A; 3QSY A; 2QN6 A; 1VQN B; 1OGI A; 5JBQ A; 1G7C A; 4PC7 A; 2C78 A; 3OZU A; 1JA1 A; 3CCL B; 3CC2 B; 2HMA A; 1KC8 D; 1KK2 A; 4N3N A; 4M53 A; 5EMN A; 4M0L A; 3I1F A; 1QUE A; 3ZZ0 A; 1TVC A; 1H85 A; 1FND A; 3ZZT A; 2BN4 A; 4LBV A; 4YAL A; 4ACA A; 1I7P A; 3W2I A; 4RD2 A; 1M90 D; 2BF4 A; 2J7K A; 4QHY A; 2D74 A; 4RD4 A; 1M1K D; 3MCA A; 2VNK A; 4RD1 A; 1QGZ A; 4MYU A; 2GPJ A; 1QH0 A; 4Y7C A; 4UAJ A; 2CND A; 1HA3 A; 4J0Q A; 1K9M D; 1GR1 A; 4K1X A; 3AVT A; 4LBZ A; 2BPO A; 4DQK A; 2QEX B; 1E64 A; 4YAW A; 2BM1 A; 3JQR A; 1OGJ A; 4IW3 B; 4M1K A; 2ZIT A; 3QFT A; 4PC1 A; 4C0S A; 1B23 P; 5AN9 A; 1XE1 A; 4FN5 A; 4LBY A; 3J81 k; 4PC6 A; 2BGJ A; 3AVY A; 3OZW A; 1ELO A; 4BPR A; 2RC6 A; 2EIX A; 1EFC A; 3P27 A; 4B48 A; 3CME B; 5TV2 A; 1VQ6 B; 3ZBU A; 4AF7 A; 3JQP A; 3OJX A; 2DER A; 1KQS B; 1ZM2 A; 4H9G A; 1YI2 B; 1QFZ A; 1R5O A; 1ZUN B; 3ZZU A; 1KTV A; 1W35 A; 4Y9R A; 1VQ5 B; 2YWE A; 3OJW A; 4N3G A; 3W5H A; 3CCE B; 2X3U A; 3QFC A; 1TUI A; 3WY9 A; 3G6E B; 3W5U A; 3CCS B; 4NCN A; 1EP1 B; 4NBS A; 1A8P A; 3VMF A; 4B47 A; 2OTJ B; 4FWT A; 3VO1 A; 3W2F A; 1J9Z A; 1EXM A; 3AVX A; 4LBW A; 2EFG A; 1D8T A; 1QGY A; 3WNB A; 1YJW B; 1N0U A; 1TTT A; 2PLF A; 4YAU A; 1N8R D; 3FJO A; 1EWY A; 3AVU A; 1W2B B; 1QG0 A; 2VNJ A; 2GQF A; 3LO8 A; 2QA4 B; 1GJR A; 3VO2 A; 1YJN B; 2BV3 A; 4F7D A; 3W2G A; 4G1B A; 1TLL A; 1ZM4 A; 4RJL A; 1D2E A; 5TY0 A; 1VQL B; 1DAR A; 4MYT A; 3E20 A; 1CQX A; 1GVH A; 2AHO A; 4C43 A; 1AMO A; 1VQO B; 1S72 B; 1DDG A; 4P3Y A; 3MHP A; 1KK0 A; 3U6B A; 2YWH A; 1S0U A; 1VQP B; 1JNY A; 5DSZ A; 5HXB A; 2DET A; 3W2E A; 4ACB A; 4ZCM A; 4TN1 A; 5TR9 A; 3QFR A; 1DDI A; 1EFT A; 4YAF A; 1OB2 A; 2XNJ A; 1YIT B; 2QTZ A; 3CCU B; 1ZM9 A; 2BSA A; 2HDN B; 1W34 A; 1QX4 A; 5H5J A; 2B5O A; 1CNF A; 3I56 B; 3CCR B; 4TMW A; 3WXM A; 4ZGQ B; 1Q7Y D; 1WDT A; 1QVF B; 1N0V C; 1XB2 A; 4YHB A; 1IB0 A; 4WQM A; 3CD6 B; 1VQK B; 4G1V A; 2NPF A; 1CNE A; 4AC9 A; 4TMZ A; 4RD0 A; 3E1Y E; 1UMK A; 3CC4 B; 1BQE A; 1G7R A; 3WYA A; 1SKQ A; 1E63 A; 3MMP A; 1KD1 D; 3AGP A; 1EP3 B; 3CC7 B; 1JJ2 B; 3VNV A; 2VNH A; 3CCJ B; 2CRV A; 1YJ9 B; 1EFU A; 4U9U A; 1D1N A; 2XNC A; 2B7C A; 1FDR A; 2VNI A; 2E1R A; 2R6H A; 3WBK A; 1VQ4 B; 4B4D A; 2QTL A; 1BX1 A; 3AGQ A; 1KK1 A; 1NJI D; 2OTL B; 3WBJ A; 1FNB A; 3WND A; 1ZM3 A; 3WNC A; 1IJF A; 2FX3 A; 2HCJ B; 1DG1 G; 1YHQ B; 4TMX A; 1FNC A; 1FRQ A; 2VYQ A; 3SJZ A; 1QUF A; 4Q7J B; 4R71 A; 1W87 A; 2XEX A; 4M4S A; 3CCV B; 1Q82 D; 4PC3 A; 1FNM A; 4M2L A; 3B78 A; 2BM0 A; 2C77 A; 3CW2 A; 3CB4 A; 4ZCL A; 2BGI A; 1YIJ B; 1GAW A; 3W2H A; 4ZGN B; 1VQ9 B; 3ZBT A; 3OW2 B; 1EP2 B; 4FK8 A; 1QVG B; 1KK3 A; 3OZV A; 3AVV A; 3V76 A; 3W5V A; 1K8A D; 2PIA A; 3B8H A; 5H59 A; 3CMA B; 3G71 B; 3I55 B; 2DCU A; 3U6K A; 2YWF A; 1QFY A; 4AF6 A; 1BJK A; 3QE2 A; 4PC2 A; 2OK7 A; 3G4S B; 4EH1 A; 2BVN A; 4RD3 A; 1KRH A; 1GAQ A; 1GO2 A; 2PMD A; 3ZC3 A; 1QFJ A; 1JB9 A; 1R5B A; 3JQQ A; 1VQ7 B; 4RCY A; 2OK8 A; 1AIP A; 4HE6 A; 3ES9 A; 4HE5 A; 1OB5 A; 2BMW A; 4LC0 A; 3CRZ A; 1VQM B; 3CCM B; 1E62 A; 2B7B A; 1VQ8 B; 4G5G A; 1G7T A; 5KSW B; 5GV8 A; 1G7S A; 2YWG A; 1U2R A; 1B2R A; 3PEN A; 4P6V F; 2RC5 A; 1FRN A; 3VNU A; 1IJE A; 3QFS A; 1SM4 A; 1JA0 A; 1R5N A; 4TMV A; 4B44 A; 3CCQ B; 4PGO A; 5THX A; 3FPK A; 1KJZ A; 2QDX A; 1Q81 D; 4QFM A; 1BX0 A; 4YAO A; 4DQL A; 3CPW B; 1F20 A; 5FA6 A; 3CXC B; 3U2Q A; 4ZCI A; 2VZL A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1PJ7 A; 4RD6 A; 3B82 A; 3OOC A; 2DY1 A; 1H42 A; 5GV7 A; 3P26 A; 1NDH A; 4YXW A; 4B43 A; 3GVL A; 2QMU A; 2DEU A; 1F60 A; 3LVB A; 4B3X A; 3AVW A; 4QUZ A; 1QGA A; 1Q86 D; 4XD7 A; 4ZV4 A; 2WYR A; 2XND A; 4RCZ A; 4TMT A; 4XLH A; 1K73 D; 4Y9U A; 3QSY A; 2QN6 A; 2X53 S; 1VQN B; 2Q6L A; 1OGI A; 5JBQ A; 1G7C A; 4ROX A; 4PC7 A; 2C78 A; 3OZU A; 4Z1M A; 3FKS A; 3H94 A; 3OEH A; 3VR6 A; 1JA1 A; 3CCL B; 2GRE A; 3CC2 B; 2HMA A; 5BSY A; 3BNW A; 2V7W A; 1KC8 D; 4Z4Z A; 1KK2 A; 4N3N A; 4M53 A; 5EMN A; 1UD6 A; 4TT3 A; 1BPL A; 2ZXI A; 4M0L A; 1RQR A; 3I1F A; 1QUE A; 3OE7 A; 3Q6Q A; 5DN6 A; 3ZZ0 A; 1EFR A; 2DIE A; 1TVC A; 2C4U A; 1H85 A; 3PUM A; 4P3I A; 4WWV A; 1FND A; 1H8E A; 4WZK A; 4XMY A; 3ZZT A; 4DNR B; 2BN4 A; 4XON A; 4LBV A; 1WOR A; 4YAL A; 1HVX A; 4ACA A; 2V7V A; 1I7P A; 3W2I A; 1N08 A; 4RD2 A; 1M90 D; 2GJK A; 4RDL A; 2BF4 A; 2J7K A; 4XOT A; 4QHY A; 2D74 A; 4RD4 A; 1M1K D; 3MCA A; 2X8K A; 4OOX A; 4XQF A; 2VNK A; 4RD1 A; 4XM3 A; 1QGZ A; 1T5E A; 1V5V A; 3PVD A; 4MYU A; 2GPJ A; 4Z4Y A; 3NE5 B; 1QH0 A; 1S4M A; 4UZE A; 4Y7C A; 4P9S A; 2CND A; 4UAJ A; 1HA3 A; 1NRK A; 3CMM A; 4J0Q A; 1K9M D; 1E43 A; 1GR1 A; 4K1X A; 3AVT A; 2WZP P; 4LBZ A; 2BPO A; 4DQK A; 3ONY A; 2QEX B; 1E64 A; 3KL9 A; 4YAW A; 2BM1 A; 3JQR A; 1WOS A; 2W6I A; 1OGJ A; 2CBX A; 4IW3 B; 4M1K A; 2ZIT A; 3QFT A; 4PC1 A; 4P22 A; 4C0S A; 5AN9 A; 1B23 P; 1Y0R A; 1XE1 A; 2F1L A; 4P1V A; 2F43 A; 4FN5 A; 4LBY A; 2VJI A; 1XQB A; 4WZL A; 3SEJ A; 4PC6 A; 2Q6K A; 2BGJ A; 3Q3A A; 3J81 k; 1N07 A; 3AVY A; 1NB0 A; 1UD4 A; 5TRD A; 3OZW A; 2F1M A; 3OKX A; 2D3N A; 1SKY B; 2JIZ A; 1ELO A; 2W6J A; 4BPR A; 2RC6 A; 2LZJ A; 1YLO A; 2EIX A; 4WZE A; 2I1L A; 1T6Y A; 2ZL6 A; 5IYR A; 1EFC A; 4X06 A; 4Z4W A; 3P27 A; 4B48 A; 2Q6O A; 3CME B; 2VBV A; 5TV2 A; 5A8A A; 1VQ6 B; 4X7F A; 3ZBU A; 1VLY A; 2V7U A; 4AF7 A; 3ASR A; 3JQP A; 3OJX A; 2DER A; 4UZU A; 4XL9 A; 1N05 A; 2ZBU A; 1RQP A; 2ZTG A; 3CP2 A; 1KQS B; 3OFN A; 3RY8 A; 1ZM2 A; 4H9G A; 2OBS A; 4KKU A; 1YI2 B; 1QFZ A; 1R5O A; 1ZUN B; 4XNF A; 3ZZU A; 4RPB A; 1KTV A; 1W35 A; 4Y9R A; 4XLE A; 2YWE A; 1VQ5 B; 4KKT A; 4DK1 A; 3OJW A; 5DS0 A; 1WOO A; 3OAA A; 4N3G A; 3W5H A; 3CCE B; 2X3U A; 3QFC A; 4X7E A; 3R6J A; 1TUI A; 1VHO A; 2CC2 A; 3WY9 A; 3G6E B; 3W5U A; 4P25 A; 3CCS B; 4NCN A; 1EP1 B; 4NBS A; 1A8P A; 2GJP A; 2WSS A; 3VMF A; 4B47 A; 2OTJ B; 4FWT A; 3VO1 A; 3W2F A; 1J9Z A; 1EXM A; 3GQB A; 3T56 B; 3AVX A; 4OP7 A; 3BH4 A; 3ZUG A; 4OOS A; 4LBW A; 3SLN A; 4P6Y A; 4B3G A; 2ZZQ A; 2EFG A; 1E1Q A; 1D8T A; 1VF7 A; 1WPC A; 3T51 B; 2Z6B D; 1QGY A; 2JDI A; 3WNB A; 5IYP A; 2ZL7 A; 3OEE A; 1YJW B; 1N0U A; 1I8D A; 1TTT A; 3PA1 A; 2PLF A; 4YAU A; 4XLC A; 1N8R D; 3FJO A; 2D3L A; 4X7D A; 1EWY A; 2WZN A; 3AVU A; 4WZT A; 1W2B B; 1P4M A; 1QG0 A; 2VNJ A; 2V7X A; 2GQF A; 3LO8 A; 3R6K A; 2ZZG A; 4UZF A; 1BMF A; 2QA4 B; 1GJR A; 2VBS A; 3ISX A; 3VO2 A; 1YJN B; 1FX0 A; 2BV3 A; 2F4N A; 2V31 A; 3AST A; 4F7D A; 3W2G A; 3BY2 A; 1T6X A; 1Q9S A; 4G1B A; 1TLL A; 3DDY A; 4TKO B; 1ZM4 A; 2VJJ A; 4RJL A; 1D2E A; 5TY0 A; 1VQL B; 3T53 B; 1PJ5 A; 2XZO A; 1DAR A; 3CP8 A; 2XGJ A; 3A3G A; 3BCF A; 4G6I A; 1W9X A; 4XLF A; 3CTA A; 4MYT A; 1V0F A; 1WSR A; 1CQX A; 3A35 A; 1VLO A; 3E20 A; 5IK2 A; 1GVH A; 2AHO A; 3Q6R A; 2JN9 A; 4C43 A; 1AMO A; 1VQO B; 1S72 B; 4P12 A; 3ZPN A; 1DDG A; 4P3Y A; 3MHP A; 1KK0 A; 3U6B A; 2QGG A; 2YWH A; 1S0U A; 3V7A A; 1VQP B; 1JNY A; 5DSZ A; 2JJ1 A; 1W0K A; 2ZZE A; 5F4J A; 5HXB A; 1VJS A; 2DET A; 3W2E A; 4ACB A; 4ZCM A; 4TN1 A; 5TR9 A; 3QFR A; 3PUN A; 1DDI A; 2C5H A; 1COW A; 1V0E A; 2ZXH A; 3ASS A; 1PKV A; 4RLZ A; 4X8I A; 1EFT A; 4YAF A; 3ASQ A; 1OB2 A; 3WQZ A; 2XNJ A; 4L8J A; 1YIT B; 2QTZ A; 3CCU B; 1ZM9 A; 2BSA A; 2C4T A; 2HDN B; 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