The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
16
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sequence length |
102
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structure length |
102
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Chain Sequence |
LPNIYTDIEINYFLLRRLLGVKTDGQKQAKVRKLEPNEVLMVNIGSTATGARVVAVKADMARLQLTSPACTEINEKIALSRRIEKHWRLIGWATIKKGTTLE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Cdc123, a Cell Cycle Regulator Needed for eIF2 Assembly, Is an ATP-Grasp Protein with Unique Features.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Cell division cycle protein 123
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| molecule tags |
Cell cycle
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| source organism |
Schizosaccharomyces pombe
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| total genus |
16
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| structure length |
102
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| sequence length |
102
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-04-23 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF09173 | eIF2_C | Initiation factor eIF2 gamma, C terminal |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 | Translation factors |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1KC8 D; 2PLF A; 4BPR A; 3I55 B; 3CCU B; 1BJK A; 3CCJ B; 1BQE A; 4YAL A; 2XNC A; 4ACA A; 3QE2 A; 1YIJ B; 3CCS B; 3WXM A; 1VQ9 B; 1GAW A; 3JQQ A; 2J7K A; 2OTL B; 3B82 A; 2D74 A; 3B78 A; 1ZM4 A; 1KD1 D; 2BM1 A; 3WBJ A; 4H9G A; 1JNY A; 1S0U A; 1QFY A; 5DSZ A; 1ZUN B; 4NBS A; 1IJF A; 1FNB A; 2C77 A; 4PC1 A; 2HMA A; 4C0S A; 3QSY A; 2B7C A; 2QN6 A; 3U2Q A; 2R6H A; 1W87 A; 3W5H A; 3ZBT A; 4AC9 A; 4Q7J B; 1KTV A; 5H59 A; 2QTZ A; 4B44 A; 3P27 A; 4RJL A; 4DQL A; 1TTT A; 3CB4 A; 4Y9U A; 4ZCI A; 4AF7 A; 4TMV A; 2OK7 A; 4TMX A; 4J0Q A; 1GJR A; 3V76 A; 2B7B A; 1M1K D; 1KRH A; 3AGP A; 1EP1 B; 4NCN A; 1KJZ A; 3MMP A; 1WDT A; 1VQ6 B; 4B4D A; 1XE1 A; 2QDX A; 1H42 A; 3J81 k; 2OTJ B; 2YWE A; 3CCQ B; 1D8T A; 2BF4 A; 1N0U A; 1B23 P; 4UAJ A; 2ZIT A; 3CPW B; 2YWH A; 4Y9R A; 1QFJ A; 5THX A; 3CME B; 1BX0 A; 1QGA A; 3CXC B; 4B43 A; 3W2E A; 1Q7Y D; 2CND A; 2BN4 A; 2DY1 A; 1AMO A; 1DDI A; 1EXM A; 3I56 B; 4RD2 A; 4PC6 A; 4YAW A; 1FRN A; 2RC6 A; 2VYQ A; 2RC5 A; 1R5O A; 1EFT A; 1ZM2 A; 4LBW A; 2EFG A; 2VNK A; 1BX1 A; 1QG0 A; 2AHO A; 1FRQ A; 3I1F A; 3G4S B; 1YHQ B; 4P3Y A; 1OB5 A; 3WNC A; 1W34 A; 1YJ9 B; 1UMK A; 1KK1 A; 5KSW B; 1W35 A; 3CCM B; 1VQK B; 1VQ7 B; 3WND A; 3ZZ0 A; 4N3G A; 1CNF A; 1TUI A; 4TN1 A; 1KK3 A; 2E1R A; 1G7T A; 1VQM B; 4EH1 A; 1GAQ A; 3SJZ A; 3VNU A; 3ES9 A; 4FN5 A; 2BVN A; 4B48 A; 1VQN B; 3JQP A; 3WBK A; 1EFU A; 1J9Z A; 1EWY A; 3AGQ A; 4M4S A; 1SKQ A; 3CMA B; 1S72 B; 4G5G A; 4PC7 A; 3W2G A; 2XEX A; 1GR1 A; 2QA4 B; 3ZBU A; 4C43 A; 4ACB A; 1JA0 A; 1JB9 A; 5TV2 A; 4M1K A; 3PEN A; 1IB0 A; 3U6B A; 1OB2 A; 1VQ8 B; 1VQL B; 1H85 A; 2BV3 A; 1ZM9 A; 2YWF A; 3AVW A; 1A8P A; 3QFC A; 4LC0 A; 4M0L A; 2VZL A; 1GVH A; 2BMW A; 4B3X A; 1K73 D; 3WYA A; 1NDH A; 2BM0 A; 1R5B A; 3CC7 B; 3OZU A; 1KK2 A; 2BPO A; 1VQO B; 1Q82 D; 4MYU A; 3FPK A; 3OZV A; 3G71 B; 1AIP A; 1K9M D; 1K8A D; 4QHY A; 4U9U A; 1EFC A; 3LO8 A; 1QFZ A; 4TMT A; 3CD6 B; 1VQ5 B; 1JJ2 B; 1G7R A; 4YAO A; 4HE6 A; 3LVB A; 1ZM3 A; 4G1B A; 4AF6 A; 1TVC A; 3WNB A; 4ZGQ B; 3W2F A; 1D2E A; 3OZW A; 4YAU A; 2GQF A; 1QUF A; 4WQM A; 4YHB A; 1E64 A; 4ZV4 A; 1I7P A; 3FJO A; 2DER A; 2C78 A; 4PGO A; 1FNM A; 4TMZ A; 4PC2 A; 2OK8 A; 4P6V F; 1YI2 B; 4M53 A; 1U2R A; 3OJX A; 4LBV A; 1R5N A; 3OW2 B; 2HCJ B; 4TMW A; 3AVT A; 2B5O A; 1GO2 A; 1FNC A; 5H5J A; 4FWT A; 1F20 A; 3VO2 A; 2VNH A; 1ELO A; 3U6K A; 1DAR A; 2X3U A; 3W5U A; 3CC2 B; 1IJE A; 1E62 A; 3CCR B; 1DDG A; 1SM4 A; 4ZCM A; 1G7C A; 2NPF A; 2PIA A; 1KK0 A; 2HDN B; 3VNV A; 2DCU A; 2YWG A; 1VQP B; 1EP2 B; 3AVU A; 3W2H A; 4MYT A; 1DG1 G; 1OGI A; 4RD4 A; 5AN9 A; 1D1N A; 4G1V A; 1YIT B; 2VNI A; 1W2B B; 1B2R A; 3E1Y E; 2PMD A; 4ZCL A; 1CNE A; 1QUE A; 2BSA A; 3QFT A; 4B47 A; 3AVV A; 4ZGN B; 1M90 D; 5JBQ A; 4LBZ A; 3OJW A; 2BGJ A; 4RCY A; 3CCE B; 1F60 A; 3W2I A; 1NJI D; 2CRV A; 4M2L A; 1XB2 A; 1Q81 D; 2GPJ A; 5FA6 A; 3AVY A; 3MCA A; 3CW2 A; 3G6E B; 1KQS B; 3AVX A; 3ZZT A; 3E20 A; 4R71 A; 4PC3 A; 4Y7C A; 4RCZ A; 2QTL A; 1FND A; 1G7S A; 1OGJ A; 1N0V C; 3B8H A; 2QMU A; 3JQR A; 4FK8 A; 1HA3 A; 4F7D A; 5GV7 A; 2BGI A; 1QH0 A; 1TLL A; 2FX3 A; 1QVG B; 2VNJ A; 1EP3 B; 4LBY A; 3VO1 A; 3WY9 A; 2QEX B; 2EIX A; 1FDR A; 4HE5 A; 3CCV B; 5HXB A; 3CC4 B; 1QGY A; 4QFM A; 1N8R D; 5TY0 A; 3MHP A; 4RD3 A; 1E63 A; 1QGZ A; 4RD6 A; 1YJN B; 4RD1 A; 2XNJ A; 4K1X A; 5EMN A; 4IW3 B; 1Q86 D; 3P26 A; 1JA1 A; 4N3N A; 1CQX A; 3CCL B; 3ZZU A; 1QX4 A; 4YAF A; 1YJW B; 4DQK A; 3QFR A; 4RD0 A; 3ZC3 A; 3W5V A; 1VQ4 B; 3VMF A; 3QFS A; 5GV8 A; 1QVF B; 5TR9 A; 2DEU A; 3CRZ A; 2DET A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4PAA A; 4QUZ A; 2PLF A; 1KC8 D; 2QGG A; 4BPR A; 3I55 B; 1VHO A; 3CCU B; 1BJK A; 4XOT A; 4Z4W A; 2OYN A; 3CCJ B; 1BQE A; 3ONY A; 4KKT A; 1BPL A; 1BLI A; 4YAL A; 5FIU A; 2XNC A; 2Q6K A; 3GVL A; 4DK0 A; 5L46 A; 4ACA A; 3QE2 A; 2V31 A; 1YIJ B; 3CCS B; 3WXM A; 4FXU A; 4KKU A; 1NBM A; 4CQJ A; 4XKV A; 2JJ1 A; 2D3L A; 4XON A; 1VQ9 B; 1KMH A; 1GAW A; 2XZP A; 2J7K A; 3JQQ A; 2OTL B; 4X8I A; 1E1R A; 3OOC A; 3B82 A; 2D74 A; 3BH4 A; 3B78 A; 1ZM4 A; 3ASR A; 1KD1 D; 4RM0 A; 1N08 A; 2BM1 A; 3WBJ A; 4H9G A; 1JNY A; 2VJJ A; 1S0U A; 2W6I A; 2WYR A; 1QFY A; 4XLH A; 1MAB A; 1T6Z A; 1ZUN B; 4XNF A; 5DSZ A; 2X6Y A; 3ASS A; 4NBS A; 4P1V A; 1IJF A; 4WZT A; 3CP2 A; 2Q6L A; 3CP8 A; 3GIR A; 1FNB A; 2C77 A; 1W9X A; 5DS0 A; 4PC1 A; 1RQR A; 2HMA A; 4QV2 A; 3A35 A; 4OOX A; 4C0S A; 3CMM A; 3QSY A; 3OAA A; 2B7C A; 1BMF A; 2QN6 A; 2XOK A; 3U2Q A; 2R6H A; 1W87 A; 5J35 A; 3W5H A; 1VLO A; 3PUN A; 3ZBT A; 2DIE A; 3BCF A; 4AC9 A; 4Q7J B; 4XLE A; 2QE7 A; 1KTV A; 5H59 A; 2QTZ A; 4OOS A; 2FVG A; 4B44 A; 1HZE A; 3P27 A; 4RJL A; 4DQL A; 1TTT A; 1S4M A; 1H8E A; 4DK1 A; 3Q3A A; 3CB4 A; 2C4U A; 1COW A; 4Y9U A; 4ZCI A; 1N06 A; 4B3F X; 3FPP A; 1KZL A; 3PUM A; 4AF7 A; 2NV4 A; 4TMV A; 2OK7 A; 4WZE A; 4TMX A; 1SKY B; 4RPB A; 5FO0 A; 4J0Q A; 1GJR A; 2ZXH A; 4Z4V A; 3V76 A; 2LZJ A; 1WU8 A; 2B7B A; 4P22 A; 4PAB A; 1KRH A; 3KL9 A; 4WZK A; 4X05 A; 5DN6 A; 1VLY A; 3AGP A; 1M1K D; 1V0F A; 1EP1 B; 4NCN A; 1KJZ A; 3MMP A; 4G7W A; 2WZP P; 1I18 A; 3A8J A; 2W6J A; 1WDT A; 1VQ6 B; 4B4D A; 2WPD A; 1XE1 A; 2X53 S; 1V5V A; 4XN0 A; 2HLD A; 1VF7 A; 4AVZ A; 2QDX A; 1H42 A; 3J81 k; 5F4J A; 2OTJ B; 4Z4U A; 2YWE A; 3CCQ B; 1D8T A; 4ROX A; 2BF4 A; 5FO1 A; 1UD4 A; 1N0U A; 1B23 P; 5B6I A; 4UAJ A; 3FKS A; 5IYN A; 1XQB A; 2ZIT A; 3CPW B; 2YWH A; 4X7F A; 4XKW A; 4Y9R A; 1QFJ A; 2X8K A; 2V7Q A; 5THX A; 3CME B; 1PJ7 A; 3Q39 A; 3T51 B; 4XD7 A; 4B3G A; 1BX0 A; 4RLZ A; 3GVJ A; 5IYW A; 1QGA A; 3CXC B; 4X7C A; 4B43 A; 2GJR A; 3W2E A; 3OE7 A; 1Q7Y D; 2CND A; 2BN4 A; 2DY1 A; 1PJ5 A; 3A3G A; 1AMO A; 1DDI A; 1EXM A; 4XL9 A; 3I56 B; 4RD2 A; 4PC6 A; 4YAW A; 1FRN A; 2RC6 A; 4P12 A; 4WZL A; 2XND A; 1E3Z A; 2RC5 A; 2VYQ A; 4Z4Y A; 3Q38 A; 1R5O A; 2PE3 A; 1EFT A; 1ZM2 A; 3GQB A; 4LBW A; 2WR8 A; 2V7X A; 2VNK A; 2EFG A; 1BX1 A; 1QG0 A; 2AHO A; 1FRQ A; 1WSV A; 1Y0R A; 2ZL5 A; 3ISX A; 2DYI A; 3I1F A; 3OP1 A; 3G4S B; 3BY1 A; 4XMY A; 1YHQ B; 4P3Y A; 1OB5 A; 3WNC A; 1W34 A; 1YJ9 B; 3BCD A; 1UMK A; 3CTA A; 4P3I A; 1KK1 A; 1NRK A; 5FL7 A; 5KSW B; 2X0K A; 4XN3 A; 3PA1 A; 1W35 A; 3CCM B; 1MRZ A; 1VQK B; 2V7W A; 2Q6I A; 3H94 A; 2CK3 A; 1VQ7 B; 1EFR A; 3WND A; 3ZZ0 A; 1T5E A; 4N3G A; 1CNF A; 1TUI A; 4TN1 A; 5A89 A; 1KK3 A; 1UD3 A; 5KNL A; 2E1R A; 5IK2 A; 1G7T A; 1VQM B; 4P9S A; 4EH1 A; 4NNJ A; 1GAQ A; 3SJZ A; 2ZZF A; 1W0J A; 3VNU A; 1N07 A; 3ES9 A; 4FN5 A; 2BVN A; 4B48 A; 2C2W A; 2ZZQ A; 1YX2 A; 1VQN B; 3JQP A; 3WBK A; 1EFU A; 1J9Z A; 3ZPN A; 1EWY A; 2ZZG A; 4DNR B; 3AGQ A; 5IYR A; 4M4S A; 1SKQ A; 3CMA B; 5J3O A; 1S72 B; 5IYQ A; 3AST A; 4G5G A; 3D26 A; 4PC7 A; 4QVA A; 2GJP A; 1E1Q A; 3W2G A; 2WJY A; 2XEX A; 5A8A A; 2JN9 A; 1RQP A; 4XLC A; 1GR1 A; 2QA4 B; 3ZBU A; 4C43 A; 4ACB A; 1T6Y A; 2C4T A; 4II3 A; 4XLF A; 1JA0 A; 1JB9 A; 4P2N A; 5TV2 A; 2CBX A; 4M1K A; 4WWV A; 3PEN A; 1XFO A; 1IB0 A; 1WOS A; 3U6B A; 1OB2 A; 1VQ8 B; 1VQL B; 2C5H A; 5KW9 A; 1WPC A; 3A3B A; 1H85 A; 4X07 A; 1WOP A; 2BV3 A; 3BNW A; 3PA2 A; 1ZM9 A; 4X06 A; 2YWF A; 3AVW A; 3BY2 A; 1A8P A; 3QFC A; 4RDK A; 4LC0 A; 4M0L A; 2XGJ A; 4UZE A; 2VZL A; 1GVH A; 4G6I A; 2BMW A; 2VBV A; 4B3X A; 1UD6 A; 1K73 D; 4TSF A; 4Z4Z A; 3WYA A; 3R6K A; 1NDH A; 2BM0 A; 1R5B A; 3KEW A; 4RDJ A; 3OZU A; 1KK2 A; 3CC7 B; 1UD8 A; 2BPO A; 1YLO A; 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