The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
165
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sequence length |
476
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structure length |
453
|
Chain Sequence |
GMTQLELLLERIIDRVNVNLRHQKFDVGDYVRRQTPHLHYSKFYAFYGLSADDPVHFHFKNSSLAGSYLLGRVNVLHSALYKSDIRGDELKRKGQHFVCDGKMIPLHDDEVITIKDSFLNKTLVHSNSHDPESPEEFTIRNTVAMPYANIHGSLTEGSFIGSFATVDLSTIHNSVVRYFSYVQTGELVGKCVEPGQIWIKSGDELEFHYSFDKAILDKYISQEAGSCPTGVLMEFVEVRQEDFEEVFASSASGASVSGYAVIKGDTVIGENVLVSQRAYLDNAWMGKGSNAQENCYIINSRLERNCVTAHGGKIINAHLGDMIFTGFNSFLQGSESSPLKIGDGCVVMPHTIIDLEEPLEIPAGHLVWGYIRNKADLAAHSISFEEFAKVDGEVTMGRMTFRGKGGPFLDSFKKRIKRILSENGKNFTFNIIQPYQDGDPRGMYPTILIQPNN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Crystal structure of putative acetyltransferase (YP_390128.1) from Desulfovibrio desulfuricans G20 at 2.28 A resolution
rcsb |
molecule keywords |
Putative acetyltransferase
|
molecule tags |
Transferase
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source organism |
Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str.
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total genus |
165
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structure length |
453
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sequence length |
476
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chains with identical sequence |
B, C, D
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ec nomenclature | |
pdb deposition date | 2008-02-13 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
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A | PF18776 | Hexapep_loop | Hexapeptide repeat including loop |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Alpha | Up-down Bundle | Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces | Single helix bin | ||
Mainly Beta | 3 Solenoid | UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 | Hexapeptide repeat proteins | ||
Mainly Beta | 3 Solenoid | UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 | Hexapeptide repeat proteins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2IC7 A; 4DCL A; 1HM8 A; 1MR9 A; 3KWE A; 1KRU A; 4MYO A; 3VBI A; 3GVD A; 1JB0 J; 5L6S A; 1THJ A; 3KWC A; 1OCX A; 4J18 A; 3TIO A; 1KK4 A; 1Z90 A; 2OI7 A; 3OW5 A; 4EA8 A; 4HCQ A; 4OGQ B; 3Q1X A; 4EA7 A; 2FKO A; 2ICX A; 4PV1 B; 2WSF J; 3VNP A; 4KPZ A; 4M99 A; 4N27 A; 2IU8 A; 3R8Y A; 3D8V A; 3TIS A; 1XAT A; 2P2O A; 2QIA A; 2QIW A; 5DG3 A; 4H44 B; 3OTM A; 2VHE A; 2IUA A; 2I5K A; 3JQY A; 2VD4 A; 2WLE A; 4IHG A; 2K9Y A; 3OU9 A; 3R2W A; 1QRE A; 2D2C B; 2V0H A; 4M2B A; 4RKU J; 1QRF A; 3FSY A; 5L8R J; 2W0W A; 3TDT A; 3VBN A; 3FS8 A; 2OI5 A; 3MC4 A; 4M98 A; 1V3W A; 5L6V A; 4N6A A; 2WLD A; 5F42 A; 1YP2 A; 2QJP C; 1QRM A; 1YP4 A; 2OEG A; 2QJK C; 4G87 A; 2XAT A; 3TWD A; 1Q90 D; 2ICY A; 3ECT A; 3R5C A; 3HSQ A; 3OTZ A; 1T3D A; 3SRT A; 4AC3 A; 4KNX A; 4MZU A; 2V0J A; 4E6U A; 2QJY C; 2RIJ A; 2E76 B; 3V4E A; 4ISX A; 4KPX A; 3FTT A; 3OUP A; 2TDT A; 5KKZ C; 4H0L B; 1SSQ A; 3BSS A; 4E1K A; 3R5B A; 2OI6 A; 3EEV A; 3C8V A; 4H7O A; 4J09 A; 1QRG A; 1HV9 A; 2ZT9 B; 1XHD A; 2JF3 A; 2JF2 A; 3TV0 A; 3FWW A; 3R1W A; 1LXA A; 4G3P A; 5KLI C; 2QKX A; 3FSC A; 3IXC A; 2YIU C; 3R5A A; 3P1B A; 2WSC J; 5ADX V; 5E3Q A; 1ZRT E; 1FXJ A; 1G95 A; 1G97 A; 2W0V A; 1J2Z A; 2WLG A; 3BXY A; 4M2A A; 4R37 A; 4AA7 A; 5ADX U; 3I3X A; 3F1X A; 2IU9 A; 2V0I A; 1KGT A; 3CJ8 A; 4M9C A; 1KRR A; 1VF5 B; 4I7Z B; 3HJJ A; 3FSX A; 4IHF A; 1KGQ A; 1HM0 A; 1KK5 A; 1SST A; 1YP3 A; 2NPO A; 2Q4J A; 4EAB A; 4IHH A; 1S80 A; 3ST8 A; 1S5L X; 2V0L A; 3SPT A; 4AAW A; 1KRV A; 2WLF A; 3FSB A; 2E75 B; 3D98 A; 4HZC A; 4R36 A; 5U2K A; 1MRL A; 2GGO A; 4HZD A; 3BRK X; 1QQ0 A; 2V0K A; 3TK8 A; 3DK5 A; 2FYN C; 3NZ2 A; 5AFU V; 4EAA A; 5AFU U; 4G3Q A; 4R7P A; 3GUE A; 4KQL A; 1SSM A; 3FOQ A; 3IGJ A; 4HUR A; 3EG4 A; 4MFG A; 3MQG A; 1TDT A; 4IL6 X; 2QIV X; 1QRL A; 4G3S A; 4HUS A; 4M28 A; 2WPV B; 4EQY A; 2OEF A; 3R3R A; 1MR7 A; 3PMO A; 5E3R A; 2GGQ A; 4E75 A; 4KT0 J; 1KQA A; 3VBL A; 4N6B A; 3T57 A; 4H13 B; 4Y28 J; 4K6R A; 4E6T A; 3P47 A; 3DJ4 A; 2AQ9 A; 1KHR A; 3MQH A; 5E3P A; 2WLC A; 3VBP A; 2O01 J; 1HM9 A; 3I3A A; 3R0S A; 3R5D A; 3BSW A; 2WSE J; 3R3I A; 1KK6 A; 3DHO A; 4N69 A; 3BFP A; 5DEP A; 2QSI A; 4EGG A; 3LW5 J; 4FCE A; 3VBM A; 3EH0 A; 5DEM A; 3KWD A; 3VBJ A; 1V67 A; 1FWY A; 3VBK A; 3BSY A; 4KNR A; 4E79 A; 4EA9 A; 3GOS A; 2E74 B; #chains in the Genus database with same CATH topology 1LTJ C; 3AEC C; 4GOE A; 4ZNC A; 4M99 A; 3TIS A; 1LTI C; 3H1L J; 1LNQ A; 2VRS A; 1GL2 D; 2IBZ D; 1IFP A; 2H88 C; 1OW8 A; 1ZXG A; 2K37 A; 1M1J A; 1URQ B; 2PRR A; 2JDI H; 3L36 A; 3FS8 A; 2OI5 A; 3AE3 C; 3KHU A; 1SQV J; 1JY2 N; 3ZDM A; 3L37 A; 3MUD A; 1Q90 D; 2OYO A; 4KNX A; 1X8Y A; 2QJY C; 2RIJ A; 3V4E A; 2BEQ D; 3L70 G; 4JQ0 D; 3EEV A; 4PD4 D; 5M1B A; 1UII A; 3OH2 A; 1RQV A; 3PLN A; 3P7K A; 2O01 H; 1KYO H; 2O1J A; 1U7J A; 5E3Q A; 1ZRT E; 1KIL D; 3UIA A; 3F1X A; 5APQ A; 3CJ8 A; 2AEM A; 1NH4 A; 4JYB A; 1IZN B; 4IHF A; 3TNU B; 3EFG A; 1HM0 A; 2E75 B; 2XKM A; 2POH A; 1VQ6 P; 5AFU U; 3PRJ A; 2K9J B; 3VP8 A; 4Z1M H; 3EG4 A; 3BCC E; 4YXD C; 4LC1 A; 2ZYD A; 1NAF A; 2P2U A; 3VBL A; 4MN4 C; 1G2C A; 3NXS A; 2NPS D; 3MQH A; 1PPJ E; 3G3Z A; 1ZV8 A; 3RK3 E; 2WSE J; 3IFM A; 1H0T B; 2WSC H; 1GZL A; 3KWD A; 1V67 A; 3BCC J; 3V4W A; 1N73 B; 3H1L D; 4OH8 B; 1ZN5 A; 1VPC A; 4OGQ B; 1YJ9 P; 2ICX A; 1OIP A; 3PTZ A; 5KAI H; 2QIA A; 1PP9 E; 1L4A B; 2FYN B; 2VHE A; 1M1J C; 3F5H A; 1GU5 A; 1SQV D; 4RKU J; 1JY2 P; 5L8R J; 4NPE A; 3IF4 A; 3AEB C; 1NU1 E; 3MUD C; 2OYI B; 4G87 A; 3BRT B; 1PP9 J; 4E6U A; 2E5Y A; 2R5D A; 1DEE G; 1VQN P; 3M9H A; 3SFD C; 1RF1 A; 2A06 G; 3B4S A; 1LT9 C; 2D2C D; 1BSH A; 1FZA A; 1W5C E; 2UWJ E; 1FU1 A; 1LXA A; 2K1A A; 4DOJ A; 3TF5 A; 4IFF A; 1SFC B; 1BSN A; 4U3F G; 2KUB A; 2L5G B; 3AEA C; 3PHL A; 2ITA A; 4L75 A; 3P8C E; 4M9C A; 4H44 D; 4IOI H; 2AXC A; 1S5L X; 2FXM A; 2WLF A; 1ZRT D; 1T3U A; 3CCE P; 2FBW C; 1L0L G; 5K5G B; 5AW0 B; 4M28 A; 4L73 A; 1LTT C; 2OEF A; 4K3A A; 2N1T B; 1NYH A; 3BSW A; 3DHO A; 1NHL A; 4EGG A; 3BCC D; 1SQB J; 3GHG A; 3M06 A; 4ASW A; 1K73 Q; 2NPS C; 3VMZ A; 5AW4 B; 1DIP A; 5AW3 B; 1PPJ D; 3GW6 A; 2OAR A; 1NJI Q; 3CX5 I; 3CCR P; 5TJH A; 2QEX P; 2IUA A; 5AVQ B; 5KJ7 D; 3O6Q B; 2RH0 A; 1J1D B; 2M5A A; 1QLE D; 4ZKP A; 1VQ8 P; 3Q5R A; 3VBN A; 1PP9 D; 3FGA D; 2XV5 A; 1LTG C; 5KJ7 A; 2B89 A; 1AQT A; 1YP4 A; 2R5B A; 1K9M Q; 1RF1 C; 1PGQ A; 1J1E C; 3V4Q A; 2TDT A; 1SQX G; 5TIS H; 1CSB A; 5CJ0 A; 5APT A; 5B5E E; 2WWW A; 3R5B A; 3TGU E; 5CJ4 A; 3L74 G; 1JMM A; 1PV3 A; 4W80 A; 3M0A A; 4L76 A; 1CI6 A; 1G97 A; 2WLG A; 3A5T A; 5ADX U; 3H1J G; 5APV A; 1VF5 B; 1BDC A; 3PP5 A; 4EQY A; 1EDL A; 2PFX A; 4IHH A; 4AAW A; 3M0D A; 4WBA A; 4AYC A; 2O3J A; 4H44 C; 3NZ2 A; 3TDK A; 3P8C D; 4R7P A; 5CCH D; 1NTZ K; 3FOQ A; 4HUS A; 3CCM P; 1KC8 Q; 2QJY B; 1KB9 H; 1E5W A; 4KT0 J; 1H89 A; 3H1H G; 1SQB D; 1R8E A; 3L75 G; 4H0L D; 3U59 A; 1Q82 Q; 3GHG C; 3LW5 J; 3SSU A; 1OZH A; 1FWY A; 2PP6 A; 3D6Y A; 4KNR A; 3GLM A; 4PD4 I; 1L4A A; 4M3L A; 4DCL A; 1KRU A; 1L2P A; 1JB0 J; 3FWN A; 4RES B; 1L0N K; 3KWC A; 5KLV K; 3H1I E; 1XAT A; 5AW5 B; 1U57 A; 2Y0E A; 3RK3 C; 2OTJ P; 2R32 A; 3V6I A; 3Q1M A; 5C39 A; 3HE5 B; 2OQQ A; 2V0H A; 1FBM A; 5KJ7 C; 2Z4E A; 3D71 A; 2C9L Y; 1YQ3 C; 3H1I J; 3MD0 A; 1LTB C; 3CC2 P; 2R3S A; 1AVY A; 1T2K D; 1NTM G; 3AE9 C; 4H13 C; 1DD3 A; 3MP7 B; 1H88 A; 4W7Y A; 2WVR A; 1SS1 A; 3E1R A; 1SQV K; 2XDJ A; 2IPP A; 1M8N A; 5B66 E; 2W0V A; 1J2Z A; 1N7S A; 4R37 A; 1M56 D; 2V7Q J; 1M1J B; 3CMA P; 1BGY E; 3M0D C; 2QRX A; 1HBW A; 1SST A; 2NPO A; 3CWB G; 2OTK E; 2V0L A; 3CCJ P; 4EAA A; 1NTK G; 2M0B A; 1FZC A; 4MFG A; 2BCC E; 5DJU B; 2WZ7 A; 4E75 A; 1BGY J; 2IFM A; 2MKV A; 3VYI A; 3G6E P; 3Q5P A; 4YPC A; 2CPB A; 1MZ9 A; 3G9R A; 3VBK A; 3A0H E; 4H0L C; 4EI2 A; 2LXB A; 5L6S A; 2ZYG A; 2E42 A; 1Q7Y Q; 1KK4 A; 2P10 A; 2FY8 A; 5CCG D; 5CBN A; 1U7M A; 4IL6 E; 5CHX A; 1FE6 A; 4KHX A; 1GMJ A; 2K9Y A; 1IFN A; 5APU A; 2AXT E; 1MKM A; 3GQ9 A; 2YKQ A; 3H1I D; 3KZI E; 5AW8 B; 1RE4 A; 2NRG A; 1VQ5 P; 1G2C B; 1LTJ A; 3SWF A; 1YP2 A; 1K05 A; 4Y99 C; 2A45 I; 1LT1 A; 5AVT B; 3FWL A; 1YI2 P; 1FC2 C; 4WY4 D; 4O9B A; 1X0T A; 3L72 E; 1T2K C; 3C1L A; 2NZ2 A; 3A0B E; 3LIE A; 3PH0 A; 4WY4 A; 1SQQ G; 2OTL P; 1FOS E; 1S2E A; 2KSJ A; 1NTZ E; 4L74 A; 1KGT A; 3V2P A; 1FJK A; 1FDM A; 3L72 J; 2GGO A; 1KIL E; 1KQS O; 1LGH B; 1FZC C; 4KQL A; 1BGY D; 4XE5 B; 2KZI A; 1NTZ J; 1RF1 B; 1J1E B; 2WT7 A; 3JCU E; 4UB6 E; 1EZV I; 1OWA A; 4Y28 J; 1L0N E; 3CXH I; 3SUC A; 3R5D A; 1T6A A; 5KLV E; 5DEM A; 3VBJ A; 1WRG A; 1JY2 O; 2IC7 A; 2ZXX A; 1YJW P; 2ZVO B; 2J5U A; 2WSF J; 3GG2 A; 1L0N J; 5KLV J; 2C0X A; 4H44 B; 1SQB K; 2RN0 A; 4XA4 A; 2MJZ A; 5CCG C; 3C9I A; 3IN6 A; 4IHG A; 1VQL P; 3OJA B; 5AVY B; 1RE4 C; 3BAT A; 4M2B A; 2A45 H; 3TDT A; 2KI7 B; 5KAF H; 2K3R A; 1R5L A; 1A02 J; 1SQV E; 4PJ0 E; 1EQ7 A; 3GHG B; 1QEX A; 1LTS C; 2FYU K; 2C0W A; 3VP9 A; 2Y9Y A; 2Q7C A; 4WY4 C; 3KXD A; 1GL2 A; 1M8O B; 3N7N A; 4QMA A; 2XND H; 3BXY A; 1QVF O; 3RK3 B; 3Q5S A; 3L72 D; 2IU9 A; 2M5A B; 3AE5 C; 3TK1 A; 2YMY A; 1IFJ A; 2LR2 A; 3BRK X; 2P7J A; 1SQP K; 3W68 A; 1LT9 A; 1NTZ D; 2Z5H A; 2QA4 P; 3CXH H; 4WVZ A; 2FYZ A; 3RK2 B; 2J58 A; 4H13 B; 2IZ0 A; 2AQ9 A; 2KZJ A; 2Q6Q A; 1JUN A; 1EC5 A; 2Z5I A; 1G1I A; 4IFD K; 4FCE A; 4N78 E; 1KIL A; 3H1L G; 2OYH A; 1CI6 B; 2P58 A; 3QH9 A; 5H2F E; 3W67 A; 1M1K Q; 1L0N D; 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