The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
68
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sequence length |
343
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structure length |
262
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Chain Sequence |
SLKLGAIFLEGITVKGVTQVTTQPKLGEVQQKCHQFCGWEGSGFPGAQPVSMDKQNIRLLEQKPYKVSWKADGTRYMMLIDGTNEVFMIDRDNSVFHVSNLEFPFRKDLRMHLSNTLLDGEMIIDKVNGQAVPRYLIYDIIKFNAQPVGDCDFNIRLQCIEREIISPRHEKMKTGLIDKTQEPFSVRPKQFFDINISRKLLEGDGLIFQPIGKYKPGRCDDILKWKPPSLNSAYNTAMAVCNSISNPVTKEMLFEFIDRCAA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural insights to how mammalian capping enzyme reads the CTD code.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
mRNA-capping enzyme
|
| molecule tags |
Transferase
|
| source organism |
Mus musculus
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| total genus |
68
|
| structure length |
262
|
| sequence length |
343
|
| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature |
ec
2.7.7.50: mRNA guanylyltransferase. |
| pdb deposition date | 2011-05-04 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01331 | mRNA_cap_enzyme | mRNA capping enzyme, catalytic domain |
| A | PF03919 | mRNA_cap_C | mRNA capping enzyme, C-terminal domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 | DNA ligase/mRNA capping enzyme | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Dna Ligase; domain 1 | Dna Ligase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1CKN A; 3S24 A; 1B04 A; 3GB8 B; 4UCO A; 1S68 A; 4UCU A; 3RR5 A; 2HVQ A; 4CC6 A; 3JSN A; 3W1B A; 3PN1 A; 4LH7 A; 3UQ8 A; 5D1O A; 3BA8 A; 2HVR A; 2Q2U A; 3BAB A; 3QWU A; 4E6N A; 2VUG A; 4LH6 A; 4UCR A; 1X9N A; 4EQ5 A; 4PZ6 A; 3GDE A; 5D1O B; 4UCT A; 3NBZ B; 3NBY B; 2CFM A; 1DGS A; 4EEQ A; 1FVI A; 3W1G A; 2HVS A; 3BAA A; 4DRF A; 3L2P A; 3TY9 A; 5FPR A; 4GLX A; 4EFB A; 3NC0 B; 4UFZ A; 4PZ7 A; 3BA9 A; 4CC5 A; 1TAE A; 5FPO A; 4UCS A; 3VNN A; 1P16 A; 2Q2T A; 3GJX B; 2HIV A; 3TY8 A; 1V9P A; 3KYH C; 4UCV A; 3RTX A; 4EFE A; 2OWO A; 1CKM A; 1P8L A; 3JSL A; 5D1P A; 1XK5 A; 4PZ8 A; 1A0I A; 5DIS C; 2HIX A; 1CKO A; 1CKN B; 3W5O A; 3TY5 A; 1VS0 A; 1XDN A; 1TA8 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1C3O A; 4DL3 A; 1JDE A; 3GTL A; 4LF9 H; 4FM9 A; 4ECZ A; 4ZHQ F; 2R8G A; 1XNQ H; 1BGW A; 1B04 A; 5H80 A; 4QW9 A; 4YY3 H; 1N33 H; 1IBL H; 3PW4 A; 3HKZ A; 2EJ3 A; 3N40 P; 3MWE A; 4MV4 A; 3JSN A; 2R86 A; 3W1B A; 2PBZ A; 2WB1 A; 4RNN A; 4TQR A; 1S0O A; 3GTK A; 4JV5 H; 2J6S A; 4X62 H; 1W96 A; 1TWG A; 3UQ8 A; 5KG0 A; 3V4S A; 4DR1 H; 5L1K A; 2COJ A; 1I50 A; 2VUM A; 3GIP A; 4JI8 H; 2UXB H; 3RAQ A; 4DV3 H; 5I5U A; 3N8D A; 2HVR A; 5IWA H; 4QJF A; 2YZL A; 4R8U A; 3ORR A; 2FLN A; 2Q2U A; 2E2I A; 4LSX A; 2KSW A; 5BWX A; 4I4T F; 4ED2 A; 4O4J F; 3QWU A; 4HN2 A; 3HOW G; 4J9L A; 4FU0 A; 3RBE A; 2WAQ E; 4C5B A; 3K5H A; 4RAZ A; 2FPP B; 4O81 A; 5KFC A; 2UXC H; 3BQ1 A; 4ME6 A; 4GLW A; 1M0W A; 3U55 A; 2FPG B; 4TM5 A; 4RZR A; 2BQ3 A; 4O3Q A; 4JI0 H; 4O3R A; 1L2Z A; 2XC9 A; 2HG8 A; 3Q8S B; 5D8D A; 3NBZ B; 1DV1 A; 1TWC A; 4FS1 A; 4ED0 A; 3RB6 A; 4QWA A; 3HOX G; 1K83 A; 4RUC A; 4DV6 H; 4EGJ A; 3NBY B; 2WDT A; 3WO0 A; 4ECQ A; 3GTP A; 2CFM A; 3QZ8 A; 2JEF A; 1K1S A; 2M05 A; 4RB3 C; 2XCP A; 4FFO A; 4EBC A; 2R87 A; 4A3E G; 5CM0 A; 3T9B A; 2RDJ A; 2XGQ A; 4E4T A; 3GV5 B; 1PX2 A; 2CNV A; 1A48 A; 1Z2O X; 2HVS A; 3G6Y A; 3PW0 A; 5DAA A; 2VA2 A; 4LF6 H; 2R7Z A; 2V5A A; 3DTG A; 1Y14 B; 4JYA H; 2E2H A; 4O7N A; 3TY9 A; 3WWJ A; 2GLT A; 2FMA A; 3MFH A; 3H40 A; 4EYH B; 5E25 A; 3RUP A; 4B3M H; 3NC0 B; 1IYD A; 3NUA A; 4FFN A; 5KG6 A; 2PMZ E; 2ASD A; 3OUU A; 2Y0S E; 4Q8F A; 3BA9 A; 5LA6 F; 5KT7 A; 1SCU B; 1RK5 A; 2W7P A; 4CC5 A; 4DV7 H; 2R93 A; 2VPS A; 4F50 A; 2DZD A; 2W70 A; 4YAK B; 4XZ3 B; 3GQC A; 2ABJ A; 4O7W A; 1K1Q A; 1WCM G; 4B3S H; 1I6U A; 5K2M A; 1S97 A; 3DTF A; 3PFF A; 3TQ1 A; 3OSP A; 4FS2 A; 4F4X A; 2JA8 G; 3I12 A; 4RCN A; 3VNN A; 5KFI A; 4MTD A; 4YAJ B; 4A3M G; 4LFA H; 4I50 F; 5DQH A; 4O7S A; 2W8L A; 4YB8 B; 3M9M B; 3TIN A; 3IG0 A; 4Y8V B; 2VUM G; 2AU0 A; 4IZO A; 4YR3 A; 2AGP A; 2R84 A; 5F9L A; 4Q44 A; 3PR4 A; 3R23 A; 5EZY F; 5BWV A; 2P0A A; 4ECU A; 3SE7 A; 1EYZ A; 2E5L H; 1UNN C; 4J9R A; 1GSO A; 3GIK A; 2C22 A; 3KYH C; 1S03 G; 4O2B F; 2W71 A; 3Q1K A; 3SGI A; 4ZI7 F; 4RAY A; 2RGR A; 5C44 G; 1GYF A; 1IOV A; 5DG9 A; 1A3G A; 1M0T A; 1EZ1 A; 2FP4 B; 2XCA A; 2FB9 A; 5HNE A; 4FBT A; 3E5N A; 5HV6 A; 2FLP A; 4OX9 H; 3G8D A; 1CE8 A; 5LYJ F; 2ODT X; 3R5X A; 4J9M A; 3KXY T; 2YZM A; 2HHF B; 5EWF A; 2YZG A; 3DF7 A; 1WRV A; 2HIX A; 4NZN A; 3V4Z A; 2Y0S A; 4RB1 A; 2XD4 A; 3UZB A; 5LMN H; 1CKN B; 5C4X G; 4ED1 A; 3TY5 A; 1VS0 A; 3CVZ A; 3JRX A; 5C1P A; 3HKZ E; 1E4E A; 4RUA A; 5DG7 A; 1TA8 A; 1TWH A; 5FD5 A; 3S24 A; 2WB1 E; 4DR5 H; 5DQG A; 5C1O A; 2Y4R A; 4AYB A; 2EJ2 A; 2JA7 A; 3PW5 A; 4UCU A; 4ECV A; 3RR5 A; 1M6V A; 4KHP H; 3WWH A; 4CC6 A; 4PWQ A; 1CQI B; 3VPB A; 4QWC A; 1RK6 A; 2V4R A; 3CQZ A; 2HGW A; 3H0G A; 5KFE A; 2C28 A; 4PDB A; 3H20 A; 2YU9 A; 3ETJ A; 4LH7 A; 4M7E A; 3H4D A; 4J9O A; 1S0M A; 2R93 G; 3RF2 A; 4L1K A; 4JXU A; 5GON F; 5F9N A; 4DIM A; 5KFZ A; 3MR6 A; 4ED3 A; 4DR4 H; 2R92 A; 5DGH A; 3N43 B; 3GV7 B; 1CS0 A; 2W9C B; 4LMY A; 2BQR A; 3TW7 A; 3K5I A; 5A2Q W; 2JEG A; 5I5W A; 2AQ4 A; 2R8I A; 1Y1W A; 4RB0 A; 5KG4 A; 3RFC A; 5JVL A; 3PR5 B; 2UUB H; 3Q8R B; 2A1H A; 3OHB A; 5KFR A; 1I2K A; 2QK4 A; 1MZB A; 3BQ2 A; 4J9Q A; 4CMF A; 4X66 H; 2YYA A; 2UU9 H; 4DV4 H; 3I4N G; 4BXX G; 3G6V A; 1GGO A; 4ECR A; 4EQ5 A; 3M9N B; 2YRX A; 4DV5 H; 1IYE A; 4IIJ F; 2AGO A; 4K0K H; 5IYC G; 4NYE A; 4F4W A; 1KJQ A; 3GDE A; 2J6U A; 4C5C A; 2NU7 B; 2QF7 A; 5DLF A; 3GIQ A; 2JA5 A; 1B6R A; 4UCT A; 1GLV A; 5CAE B; 1HR0 H; 1N32 H; 2VA3 A; 4A3I G; 4JI6 H; 4JV0 A; 1RYS A; 5CR5 A; 1XMQ H; 3RGX A; 5BWR A; 1HNZ H; 1KUT A; 4EEQ A; 1SFO A; 3W1G A; 3T9C A; 4A3K G; 3T9D A; 3V6K A; 1KJI A; 4A3G G; 5KT3 A; 3Q8P B; 2I87 A; 3LQS A; 5I5S A; 5C5J A; 1JXL A; 3GID A; 3HOY G; 5KG3 A; 1ZAU A; 4GLX A; 3HOZ G; 5KFX A; 4U6P A; 3GIL A; 1OWT A; 3L4J A; 4DL5 A; 4B3R H; 2B63 A; 1IBK H; 5BWU A; 5KT5 A; 4Q43 A; 3QFF A; 4CKB A; 2C2R A; 1GSA A; 4O4L F; 2ASL A; 4PZ7 A; 5KFA A; 5IP7 G; 4Q4C A; 4ED8 A; 2JA7 G; 4QSH A; 3HOV G; 3U54 A; 3RGZ A; 4HQ6 A; 2ALZ A; 4FE2 A; 2W6M A; 2QB5 A; 1JIH A; 1WH2 A; 4HNT A; 4LFB H; 3HBL A; 1GO3 E; 2W9A A; 3TII A; 3T5K A; 3T1H H; 2HGS A; 5I5X A; 2XCL A; 1EKV A; 1KTA A; 4M9U A; 5EWE A; 1W93 A; 3UYY A; 2R7K A; 1P16 A; 4X64 H; 5DG8 A; 2DPJ A; 2V58 A; 1KEE A; 2R92 G; 4O3N A; 1I2L A; 3HO8 A; 5IYZ F; 4O86 A; 3T54 A; 2CW7 A; 4BY1 G; 4FGR A; 4BWS C; 1EUC B; 5J2U F; 2FJZ A; 4IAJ A; 3GTJ A; 1HNW H; 1Y1W G; 3PO3 G; 3J81 W; 2DAB A; 4O4I F; 4PBC A; 2GQS A; 5KFW A; 3LWB A; 3GLK A; 1V9P A; 1N34 H; 4A3C G; 1V4Y A; 3KHG A; 2DWC A; 1KT8 A; 4ED6 A; 2JA6 A; 4UCV A; 3OUZ A; 2W9B A; 3LUL A; 2ZGI A; 4EFE A; 1AUX A; 5I5Y A; 3JSL A; 5DQI A; 3OTO H; 3L4K A; 2R8J A; 1XK5 A; 4PZ8 A; 3EPI A; 3WWI A; 4O82 A; 1RJQ A; 3KHH A; 4TV9 F; 5LXT F; 4BBS G; 5JVD F; 1FKA H; 2JA5 G; 4IHJ F; 4APM A; 4DL2 A; 1CKO A; 3BG5 A; 4UUG A; 2FK3 A; 5I47 A; 4Q4D A; 4EG0 A; 4AYB E; 4A3D G; 3BJY A; 2HGX A; 2NUA B; 4NXN H; 2ZDG A; 2HHF A; 3KRE A; 3T9F A; 3MR3 A; 4DV1 H; 1CKN A; 1RJR A; 1UC8 A; 1KJ8 A; 2V59 A; 4ETS A; 4LF4 H; 4DUY H; 4EBE A; 1ZHQ A; 2W9B B; 2QYZ A; 4JV1 A; 4WHX A; 3GIM A; 3GB8 B; 2FK2 A; 2SCU B; 3FMA A; 3RIZ A; 5LMU H; 4UCO A; 1I1K A; 2YL2 A; 5KT6 A; 5KFF A; 4DL6 A; 2ASJ A; 3JZ6 A; 2HVQ A; 5DGB A; 4GC7 A; 2B63 G; 3RAX A; 5LOV F; 3U0G A; 4JUZ A; 4FFM A; 2NU6 B; 2W6N A; 2OH2 A; 5FLX W; 3M9O B; 5IT9 W; 3PN1 A; 1I7N A; 1OBD A; 4K6N A; 3AW8 A; 3PW2 A; 4U7C A; 2R8H A; 4ECX A; 4MV7 A; 5D1O A; 4IRD A; 2W8K A; 3TQT A; 2O03 A; 3UFX B; 3MJF A; 3WO1 A; 4MV3 A; 3M4I A; 1S9F A; 2W6O A; 4NXM H; 4DR7 H; 5BWW A; 1I1L A; 4M0J A; 1O75 A; 2DIK A; 5FR9 A; 1T94 A; 3JZI A; 3BAB A; 3R5F A; 5CA1 F; 3PVX A; 2UXD H; 4TVI A; 2W9C A; 4JI7 H; 2VUG A; 4LH6 A; 2NVY A; 1BNC A; 1EKF A; 2W7O A; 2JEJ A; 4XX0 B; 2R7Z G; 2HDK A; 4EGQ A; 2Z02 A; 1SYX B; 3JRW A; 5I60 A; 5KFN A; 4QWE A; 4MA5 A; 4RU9 A; 3PO2 G; 5KX5 F; 5BMV F; 1M7J A; 2ATL A; 4O83 A; 4HR7 A; 2VQF H; 4JI5 H; 2R7L A; 4YHH H; 2JA6 G; 3LP8 A; 5D1O B; 5KFT A; 4HYK A; 2YWV A; 3V6J A; 1DIK A; 5L1J A; 4DUZ H; 1N36 H; 4I7H A; 2AGQ A; 2YS6 A; 3HB9 A; 2Q7D A; 5CB4 F; 4ZOL F; 5L1I A; 4A3B G; 3R5H A; 1CQJ B; 4FBU A; 3EPG A; 4J9N A; 1FVI A; 4A2A A; 4J9P A; 1HNX H; 3F8N A; 5KFG A; 3U9S A; 4X65 H; 3BAA A; 3FKI A; 1BJT A; 4DRF A; 1S10 A; 2YZN A; 2Z04 A; 4O3P A; 3TIG A; 3L2P A; 1Z2P X; 5KFH A; 3RB0 A; 4YQW A; 3GIJ A; 4B3T H; 4JV2 A; 1XMO H; 4NLG A; 3I4M G; 2VPQ A; 5DMX A; 2NU8 B; 2BR0 A; 3FDS A; 2FK1 A; 5HBR B; 4EFB A; 4IWY A; 2FPI B; 3T9E A; 5BPH A; 1UC9 A; 5KFV A; 2GQR A; 4EYI B; 1JX4 A; 1S0N A; 1XNR H; 4CHI A; 2ZDH A; 3ORQ A; 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