The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
72
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sequence length |
408
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structure length |
408
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Chain Sequence |
QTAPEVLRQWQALAEEVREHQFRYYVRDAPIISDAEFDELLRRLEALEEQHPELRTPDSPTQLVGGAGFATDFEPVDHLERMLSLDNAFTADELAAWAGRIHAEVGDAAHYLCELKIDGVALSLVYREGRLTRASTRGDGRTGEDVTLNARTIADVPERLTPGDDYPVPEVLEVRGEVFFRLDDFQALNASLVEEGKAPFANPRNSAAGSLRQKDPAVTARRRLRMICHGLGHVEGFRPATLHQAYLALRAWGLPVSEHTTLATDLAGVRERIDYWGEHRHEVDHEIDGVVVKVDEVALQRRLGSTSRAPRWAIAYKYPPEEAQTKLLDIRVNVGRTGRITPFAFMTPVKVAGSTVGQATLHNASEIKRKGVLIGDTVVIRKAGDVIPEVLGPVVELRDGSEREFIMP
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Crystal Structure of Domain deleted mutant of Mycobacterium tuberculosis NAD+ dependent DNA ligase capture the AMP cofactor in a new state
rcsb |
molecule keywords |
DNA ligase
|
molecule tags |
Ligase
|
source organism |
Mycobacterium tuberculosis
|
total genus |
72
|
structure length |
408
|
sequence length |
408
|
ec nomenclature |
ec
6.5.1.2: DNA ligase (NAD(+)). |
pdb deposition date | 2011-06-15 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
A | PF01653 | DNA_ligase_aden | NAD-dependent DNA ligase adenylation domain |
A | PF03119 | DNA_ligase_ZBD | NAD-dependent DNA ligase C4 zinc finger domain |
A | PF03120 | DNA_ligase_OB | NAD-dependent DNA ligase OB-fold domain |
A | PF12826 | HHH_2 | Helix-hairpin-helix motif |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Helix hairpin bin | ||
Mainly Beta | Beta Barrel | OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) | Nucleic acid-binding proteins | ||
Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 | D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4JI1 Q; 4LFB L; 1J5E L; 5HGQ A; 3T1Y Q; 1PH5 A; 4GLA C; 2B3G A; 1X65 A; 1B7Y B; 5BR8 B; 2JE6 I; 2HHH L; 1PA6 A; 5DLQ E; 5AJ3 L; 2UXC B; 4OXP A; 1HZB A; 5FPO A; 1FVI A; 2D0P A; 3RLF A; 3J81 c; 2I5M X; 2JQO A; 4R4Q A; 1J5E B; 2CKZ B; 3K81 C; 4H02 A; 2HHH B; 4UP8 A; 1PYS B; 4HJ7 A; 1L1O A; 3B6Y A; 1MKH A; 3I4M G; 3KLW A; 4X66 Q; 4YY3 Q; 2DGY A; 4JBK A; 2UU9 L; 1JB7 A; 5GQO A; 2R92 H; 3J7A 5; 2AWO A; 2FXQ A; 4JOI C; 5ELO A; 3CCU A; 4BXX G; 4TVA B; 3JAM i; 5GAH C; 3GTJ H; 2UUA Q; 4JI1 B; 1RIP A; 3CF5 A; 1SFO H; 1HNZ Q; 1XNQ Q; 3PN1 A; 2OQ0 A; 3ZJY C; 1T9H A; 1VS0 A; 2YTX A; 1NMF A; 1I3Q H; 1OXS C; 1KIX A; 1VQG A; 4LF7 L; 4CC5 A; 2UUB B; 4GS3 A; 4AYB G; 2ZJP A; 2JA8 H; 4POG A; 2PI2 A; 1JJG A; 2UU9 B; 5IP9 H; 4B3T L; 1G6P A; 1VQC A; 4DAM A; 1I50 H; 3FKI H; 4DKA C; 4DR5 Q; 3GTK H; 4GKK B; 3BAB A; 4JC0 A; 1EOV A; 1PFS A; 3STB D; 4LF7 B; 1VQK A; 2Q2I A; 1QUQ B; 4LH7 A; 4DUZ L; 4B3T B; 3GTM H; 1AE3 A; 4HJ8 A; 1VQL A; 2KBN A; 4RG1 A; 1VQP A; 4X6A H; 4A3J H; 3JSN A; 1TWG H; 1VQ6 A; 1HZA A; 1Y1V G; 1Q12 A; 2VZA A; 4OWT B; 1LYL A; 2PMZ E; 4XTC S; 4A76 A; 4GNX A; 3L7Z C; 1CKN B; 1IBM Q; 1BKB A; 4KLK A; 4DUZ B; 3D0F A; 5E7N A; 2KCT A; 2RF4 A; 4UCS A; 4PZ6 A; 1XTD A; 4DR3 L; 1Y1W G; 1PH8 A; 4KHZ A; 5C4J H; 2AHO B; 4LF8 Q; 1WI5 A; 4BY7 H; 3HOV G; 1FJG B; 2VW9 A; 1X3G A; 2E2H H; 3M4Q A; 2I0Q A; 1N33 Q; 1X54 A; 4NXN B; 4LUV A; 4P74 A; 4JI8 Q; 1TA8 A; 2UXD B; 3KF6 B; 1UE7 A; 1HZ9 A; 4EX5 A; 3U50 C; 4DV0 L; 3PO3 G; 1WOC A; 4DR4 Q; 3F2C A; 4DR3 B; 3PUX A; 3TS0 A; 2UXB L; 2ASB A; 4B3R L; 1E7Z A; 2WB1 E; 4QGU A; 1OXT A; 4A3E G; 4B3M Q; 4C3H H; 4JI3 L; 3T1H B; 2WFW A; 5C4X H; 5IWA Q; 3OTO Q; 3VDY A; 2VUM G; 3S16 H; 1JT8 A; 1KXL A; 4DV0 B; 3TQY A; 2ZJQ A; 1IZ6 A; 2NN6 I; 5LMN Q; 1UWV A; 1WFQ A; 4LWC A; 2VQF Q; 1IBL L; 2UXB B; 1UE1 A; 3K80 C; 3GO5 A; 2F52 A; 1A63 A; 1GO3 E; 4DV1 L; 1SLJ A; 4JI5 L; 1YIJ A; 3WWV A; 4JI3 B; 2HT1 A; 3HOZ H; 4PZ7 A; 2CQO A; 1GVP A; 5IYC H; 3K7A H; 2JJQ A; 5IYD G; 3U4V A; 3Q8D A; 1C7Y A; 1G29 1; 2JA7 G; 1K3R A; 2ZM6 L; 3S2D H; 4DV1 B; 2QA4 A; 4JYA Q; 2WP8 J; 1X6O A; 3BA8 A; 3H0G G; 1Y14 B; 1HNX Q; 5C0X J; 3BJU A; 4C3J H; 5FLM G; 4DV3 L; 4DR1 Q; 2IHF A; 1I94 L; 1N34 Q; 3A5U A; 1X3E A; 1XMO L; 4JBW A; 1NTG A; 2D62 A; 2ZM6 B; 1VQO A; 1Q82 C; 4POF A; 5M3M G; 5J3B A; 3UE0 A; 3S24 A; 1TWC H; 4HIK A; 4DR2 Q; 3PO2 G; 3UE1 A; 2EXD A; 4KI0 A; 2EQS A; 3HOX G; 1E24 A; 4DV3 B; 1I94 B; 1A0I A; 3G48 A; 1G51 A; 4UP9 A; 1XMO B; 4BY1 H; 4DR6 B; 3LGJ A; 1NE3 A; 3CCQ A; 2ES2 A; 2CWA A; 4DV7 Q; 1YVC A; 3HKZ G; 5M3F G; 5C0X G; 2AMC B; 2BH2 A; 1L2F A; 1UE5 A; 2WAQ E; 4DNI A; 4JI2 L; 1VQI A; 3M7N A; 4QY7 A; 4R4I A; 4LFA B; 1Z9F A; 4X64 Q; 4HIO A; 2JA6 G; 3BAC A; 4X65 Q; 1XMQ Q; 3ULL A; 2VS1 A; 4DK6 C; 4DR1 B; 2LSS A; 2VQE Q; 4Y52 H; 3RZD H; 1IBK L; 1HR0 Q; 4APV A; 4IO9 A; 4JI2 B; 1Q46 A; 2IY5 B; 2JA9 A; 1QZH A; 4YHH Q; 4LF4 Q; 1TAE A; 1KRS A; 4DUY Q; 3RN2 A; 4LNQ A; 2RHQ B; 1LTL A; 1YBY A; 1VQF A; 5LMU Q; 4OX9 Q; 2H5X A; 1MIU A; 2EIF A; 1CKO A; 5FJ8 H; 2N8N A; 4DV4 L; 4A3I G; 3AQQ A; 2UXC L; 4A3D G; 3JSL A; 1XJV A; 1JMC A; 3A5Z B; 1EQR A; 1Z47 A; 4B3S L; 1SRU A; 2Z6K C; 4PMW A; 4DR7 Q; 3NBH B; 2C35 B; 3JC6 6; 4DV5 L; 4GOP B; 1QVG A; 3AEV A; 1JJ2 A; 5ELN A; 4DV4 B; 2F3I A; 2K4K A; 4QL5 A; 3KDF B; 5GAD C; 4B3S B; 2VQE B; 1ASZ A; 4LFB Q; 1VQ8 A; 5IY0 A; 2Y0S E; 4DV5 B; 4UCR A; 1PH2 A; 1UEB A; 1BBW A; 3PGZ A; 1N36 L; 4JI7 Q; 4DV6 L; 5AJ3 Q; 4BA2 I; 3CQZ H; 3D31 A; 4JI1 L; 1Q7Y C; 1PH4 A; 1XPU A; 2UXD L; 3T1Y L; 2B63 H; 3EIV A; 1S40 A; 1GD7 A; 2K5H A; 4UP7 A; 1GM5 A; 3I2Z A; 3HOW G; 2UUB L; 4DR7 L; 4BBS H; 1N36 B; 2PQA B; 5EAY A; 4DV6 B; 5IT9 c; 1CUK A; 4DR7 B; 4JI4 Q; 1Q86 C; 3GTO H; 1OTC A; 3NEN A; 1KAW A; 4GKK L; 4EFE A; 4EEQ A; 3T1Y B; 4GN5 A; 2IT1 A; 4A3K G; 2KEN A; 5JJI A; 4BA1 I; 4JI0 Q; 2E5L Q; 4LF5 Q; 2R93 H; 3F2D A; 5IYB H; 4OO1 G; 4HJ5 A; 2ZTC A; 1U0L A; 4X66 L; 1KD1 C; 4A75 A; 4YY3 L; 3RLN A; 1S72 A; 4UFZ A; 1K73 C; 3BU2 A; 3PCO B; 4LUZ A; 1A8V A; 5C3E G; 2ZJR A; 1C9O A; 3W1B A; 2YYZ A; 2UUA L; 1VQE A; 1WCM H; 3TS2 A; 1XNQ L; 3S1Q H; 1OXU A; 3AYH B; 1SN8 A; 4A4I A; 1N32 L; 5M5Y H; 1B04 A; 2K52 A; 4JI6 Q; 4X66 B; 5LMN W; 2I5L X; 1L1O B; 4YY3 B; 1NMG A; 3DLL A; 2OQK A; 1EYG A; 3E0E A; 1FJG L; 3HOY G; 2YTY A; 1KRT A; 4DR5 L; 3AFQ A; 3J80 c; 2UUA B; 1Q1E A; 1HNZ B; 2OCE A; 4NXN L; 1XNQ B; 1E3P A; 3I56 A; 2ALY B; 4AQY Q; 3I55 A; 1N8R C; 1N32 B; 4L5T A; 4OWX B; 1ASY A; 3G71 A; 3CC2 A; 2MNA A; 5FLM H; 3HOU G; 1N9W A; 3S1N H; 4GOP C; 3KF6 A; 4AYB E; 5GAE C; 3HFZ B; 4DAY B; 3M85 A; 4DR5 B; 4R4O A; 1M1K C; 2AKW B; 3GD7 A; 3T1H L; 5M3M H; 1K9M C; 3PO2 H; 2IX0 A; 4YCW A; 4UCV A; 1P16 A; 4KHP Q; 3W5O A; 3H15 A; 1IBM L; 3I4N G; 2JEB I; 1WJJ A; 4LF8 L; 3MXN B; 4A93 G; 1EIY B; 2Z6K A; 1Q81 C; 3PV0 A; 4FDB A; 1N33 L; 4NXM Q; 2NZH A; 4IFD I; 1HNW Q; 4JI8 L; 3CD6 A; 4IPC A; 4B3R Q; 4UCT A; 4K0K Q; 1IBM B; 4GLX A; 4PG3 A; 4DR4 L; 1WYD A; 1B8A A; 1YEZ A; 3J81 i; 1E22 A; 4LF8 B; 1JJC B; 1EIF A; 4EFB A; 2LXK A; 1PH9 A; 1N33 B; 1IBL Q; 4X62 Q; 4B3M L; 2R92 G; 1D7Q A; 1TWF H; 4A3M H; 4JI8 B; 1HZC A; 5IWA L; 3OTO L; 3KJO A; 1NJI C; 1FL0 A; 3CC4 A; 4YWL A; 4DR4 B; 1BBU A; 1HR0 W; 1VQN A; 1HJP A; 5LMN L; 2E2I H; 2VQF L; 4A3B G; 4A3D H; 4UCO A; 2XTI A; 4LFC Q; 2JA8 G; 2F4V Q; 4BBR H; 5IP9 G; 4B3M B; 2E2J H; 1XNR Q; 2NVX H; 5IWA B; 3OTO B; 4JOI A; 2UUC Q; 2I5H A; 4DR6 L; 3F1Z A; 5LMN B; 2HIV A; 2Z0S A; 2VQF B; 3MEF A; 3BAA A; 3A74 A; 1FGU A; 1QVF A; 4LFA L; 1K83 H; 4JYA L; 2MO0 A; 1HNX L; 3CCV A; 4DR1 L; 1N34 L; 2VY3 A; 1PH3 A; 2JA5 G; 1C0A A; 5GRO A; 4UCU A; 1B70 B; 4R4T A; 4YCU A; 3OW2 A; 3K7U C; 4JBJ A; 1VQD A; 4LW1 A; 3KYH C; 4MNO A; 3JAM c; 3U58 A; 4LF9 Q; 3I4M H; 3HOW H; 4JYA B; 4P73 A; 3S17 H; 4LF6 Q; 2NVY H; 3I4O A; 4HJ9 A; 4DR2 L; 1K8G A; 5C44 G; 1HNX B; 1R9T H; 1PH6 A; 3GTP H; 4BY7 G; 1YJW A; 2CFM A; 1N34 B; 4BXX H; 4C2M H; 4QQB X; 1QZG A; 4A3K H; 4GKJ Q; 4DV7 L; 4ALP A; 3PSI A; 1H95 A; 3ULP A; 3S15 H; 3BZK A; 4R1J A; 4DR2 B; 4JV5 Q; 4DV2 Q; 4X64 L; 4HIM A; 4GOP A; 3UDF A; 2E8G A; 1XMQ L; 2JEA I; 2K5V A; 4P75 A; 4A3G H; 5C3E H; 2VQE L; 5C4X G; 4DV7 B; 1OXV A; 1EWI A; 1HR0 L; 4AIM A; 1K0R A; 3U4Z A; 3HKZ E; 3KDF A; 2JK8 A; 1KHI A; 1I5F A; 1S3O A; 4LF9 B; 1UE6 A; 2NN6 G; 4O0A A; 5BR8 Q; 4YHH L; 4LF4 L; 4DUY L; 2UXC Q; 4X64 B; 5LMU L; 4OON A; 4OX9 L; 2R7Z H; 4X65 B; 1XMQ B; 4L5Q A; 3HOY H; 1VQJ A; 1Y1V H; 2PNH A; 2QEX A; 1HR0 B; 2N78 A; 4IJL A; 3RNU A; 1YJ9 A; 1J5E Q; 3HOZ G; 2MFI A; 5JEA J; 1YHQ A; 2HHH Q; 3J81 j; 4YHH B; 4LF4 B; 2D0O A; 4DUY B; 1Y1W H; 1NY4 A; 1IL2 A; 3BA9 A; 1PH7 A; 5LMU B; 4YWK A; 2PQA A; 4OX9 B; 1EQQ A; 2OWO A; 2BA0 A; 4LUO A; 3HOV H; 3EBE A; 1TWH H; 1EUJ A; 3EN2 A; 4A3F G; 3G6E A; 4UY8 C; 2R7D A; 5IP7 G; 3PO3 H; 1E1O A; 3CCR A; 4JI7 L; 1LM0 A; 4IPH A; 1MJE A; 2UUB Q; 2OTL A; 4L5S A; 3I4N H; 1NBW A; 2A19 A; 1SRO A; 3CPF A; 2K5N A; 5JEA G; 4DPG A; 4A3E H; 1XPO A; 2UU9 Q; 5FPR A; 3GTL H; 2BH8 A; 2AWN A; 4YCV A; 1SMX A; 2VUM H; 4A93 H; 2RCN A; 4BY1 G; 4LFB B; 1QUQ A; 1VCI A; 3FP9 A; 4GKK Q; 4JI7 B; 4C3I H; 2YV5 A; 3I7F A; 3KJP A; 1PHJ A; 2L15 A; 3CXC A; 4LF7 Q; 2N3S A; 3CW2 C; 4JI4 L; 1HNZ L; 4TOI A; 2GN5 A; 4B3T Q; 5JJK A; 4A3C G; 5K36 G; 3TEH B; 3PUV A; 4JI0 L; 2E5L L; 3HKS A; 3S1R H; 1YJN A; 4LF5 L; 5FLX c; 1VQA A; 3A0J A; 1CKN A; 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