The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
66
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sequence length |
228
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structure length |
228
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Chain Sequence |
SRDLLLKAKENGRKSLLEHEAKYFISSYGIPVTNIRLAKSEEEAVNFSREIGFPVVLKIVSPQVVHKSDVGGVKVNLRSEEEVRKAYREIIENVKRNVPNAEIEGILVQEFAPPGVELIIGLLRDPQFGPTVMFGLGGVFVELFRDVSFRVAPLSEQDAESMIKEVKAYKLLTGFRGMEPVDIEAIKDALIRAGRIGVENEEIAEMDLNPVIAYPKGIKVVDARIILR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of NDP-forming Acetyl-CoA synthetase ACD1 reveals a large rearrangement for phosphoryl transfer.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ligase
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| source organism |
Candidatus korarchaeum cryptofilum opf8
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| molecule keywords |
Acyl-CoA synthetase (NDP forming)
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| total genus |
66
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| structure length |
228
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| sequence length |
228
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| chains with identical sequence |
D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-02-03 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF13549 | ATP-grasp_5 | ATP-grasp domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 | ATP-grasp fold, B domain | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Dna Ligase; domain 1 | ATP-grasp fold, A domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5K2M A; 4MA5 A; 2FPG B; 1VBH A; 4O4I F; 4WBN F; 3LWB A; 4TV9 F; 3DF7 A; 2VPQ A; 2PBZ A; 1E4E B; 4FE2 A; 5BMV F; 1E4E A; 5CB4 F; 2NU6 B; 4HNV A; 3R5X A; 1KUT A; 3TQT A; 2NU7 B; 2R86 A; 2WYO A; 4O83 A; 1SCU B; 1JKJ B; 1M6V A; 4ZOL F; 5GON F; 1JLL B; 2NU8 B; 2NU9 B; 3NUA A; 4O7S A; 4TV8 F; 5J2T F; 3R5H A; 2V5A A; 5JQW A; 3KAL A; 2J9G A; 4EGJ A; 1M0W A; 2HGS A; 2CNQ A; 1WR2 A; 5HV6 A; 2QK4 A; 4XYM B; 1M0T A; 4O2A F; 3WNZ A; 4HR7 A; 2XCL A; 2YZM A; 1A9X A; 5KKN B; 1GSH A; 4MAM A; 2FPP B; 5IYZ F; 1UC9 A; 2R6F A; 2IP4 A; 3VPD A; 2CNV A; 5EZY F; 4I55 F; 4RZQ A; 2I8C A; 3N8D A; 5JQG F; 1UC8 A; 2DWC A; 3ORR A; 4ZHQ F; 4C5B A; 3VOT A; 2CZG A; 1GLV A; 2OLS A; 4IWY A; 2FP4 B; 3R23 A; 1KJJ A; 1KJQ A; 1CS0 A; 2YS7 A; 3U9T A; 2V59 A; 4HNT A; 2W6N A; 4DIM A; 5LA6 F; 5FNV F; 3KRE A; 5JVD F; 3U9S A; 1OBD A; 3R5F A; 2R7L A; 4O4L F; 1BXR A; 1EYZ A; 4YAK B; 2YZN A; 3I12 A; 4ZI7 F; 3U55 A; 4MV3 A; 5LYJ F; 2C00 A; 2GQR A; 4O7Z A; 4XYL B; 4O7L A; 2GQS A; 3K5I A; 2XD4 A; 1AUV A; 3AX6 A; 2YS6 A; 4YAJ B; 2W6P A; 2CNU A; 3WO1 A; 1EUC B; 4O86 A; 4XZ3 B; 4EG0 A; 2YL2 A; 1C30 A; 1Z2P X; 1DIK A; 5C1P A; 3N6R A; 4MV6 A; 1Z2O X; 2P0A A; 3HO8 A; 2R7K A; 4I4T F; 3HB9 A; 1GGO A; 4FFL A; 4MV9 A; 3VPC A; 3JRX A; 4E4T A; 4FFR A; 1GSO A; 2R7M A; 4MV7 A; 2Z04 A; 1IOV A; 2GLT A; 4C5C A; 2W71 A; 4MV1 A; 5J2U F; 4MA0 A; 2ZDG A; 3K3P A; 4O7T A; 4EGQ A; 3V4S A; 5LP6 F; 1EZ1 A; 3WO0 A; 4WD3 A; 3RV4 A; 5CA0 F; 2YW2 A; 5H80 A; 3Q1K A; 3ORQ A; 1KJ9 A; 2DLN A; 4YJ2 F; 1PX2 A; 2W6Z A; 5BPH A; 4Y8V B; 2YZG A; 2YWV A; 1A48 A; 5C1O A; 4FFN A; 3TIN A; 3ETJ A; 3GID A; 1KBL A; 5I47 A; 2CQY A; 2R7N A; 3E5N A; 3ETH A; 5HBR B; 3BG5 A; 3TII A; 1JDB B; 2SCU B; 3RV3 A; 3K5H A; 4FGR A; 1W96 A; 5JVL A; 3RFC A; 4XX0 B; 3TW6 A; 4IWX A; 1ULZ A; 2DZD A; 4O4J F; 2NUA B; 1B6S A; 3OUU A; 2FPI B; 1KEE A; 2ZDQ A; 4DLK A; 5CAE B; 1EHI A; 2YRX A; 1I7N A; 4L1K A; 1B6R A; 1T36 A; 3JZI A; 3R9R A; 2W6M A; 3VA7 A; 2PVP A; 2HJW A; 4HNU A; 4O7N A; 5CA1 F; 2V58 A; 1BNC A; 1CQJ B; 2X0S A; 4HQ6 A; 3VPB A; 3AW8 A; 2GPS A; 2FB9 A; 3MJF A; 1VBG A; 2W6Q A; 3OUZ A; 4ZQI A; 2GPW A; 2VR1 A; 4FFM A; 4IHJ F; 5LOV F; 2DIK A; 4FFO A; 2W70 A; 1KJI A; 4IZO A; 4TUY F; 4O82 A; 2R82 A; 4MV4 A; 1JDE A; 4C5A A; 2QF7 A; 5C8Y F; 3HBL A; 3VMM A; 1GSA A; 1OBG A; 3RUP A; 4YBZ B; 5DMX A; 2Z02 A; 5JH7 F; 4O2B F; 2ZDH A; 3JZF A; 4FU0 A; 1CE8 A; 2R87 A; 4O7W A; 2PN1 A; 4YJ3 F; 4YB8 B; 3G8C A; 4O7Y A; 2R84 A; 4O7V A; 4O84 A; 3MWD A; 2R85 A; 3KAJ A; 4O7R A; 1VKZ A; 2YZL A; 5KX5 F; 2YRW A; 3G8D A; 5D8D A; 1I7L A; 3QFF A; 5LXT F; 2I80 A; 3TIG A; 4I50 F; 1C3O A; 3JRW A; 1W93 A; 4ME6 A; 1EUD B; 4M9U A; 1KJ8 A; 4O81 A; 3KAK A; 2I87 A; 2VQD A; 3Q2O A; 1DV2 A; 1KC7 A; 1Z2N X; 3U54 A; 4QSH A; 1PK8 A; 4FFP A; 1AUX A; 4O4H F; 3MWE A; 1IOW A; 4NYE A; 4IIJ F; 3LP8 A; 3SE7 A; 2YYA A; 1CQI B; 3GLK A; 1DV1 A; 5BPF A; 2W6O A; 3V4Z A; 4MV8 A; 3UFX B; #chains in the Genus database with same CATH topology 2HHF A; 2EJ0 A; 5K2M A; 3MR2 A; 2JEG A; 1RJP A; 4MA5 A; 2WB1 E; 3BA8 A; 3BAA A; 4DV7 H; 3PR5 B; 2FPG B; 2UXB H; 1VBH A; 4J9N A; 4UCT A; 1TWC A; 4KHP H; 4O4I F; 4WBN F; 3LWB A; 3RBD A; 1XNR H; 4K0K H; 4TV9 F; 4ECT A; 1S0M A; 3GTJ A; 3DF7 A; 2VPQ A; 3HOW G; 2PBZ A; 3GV7 B; 2HDK A; 1FJG H; 1E4E B; 2ZGI A; 3PW0 A; 1SYX B; 4FE2 A; 5BMV F; 4EFE A; 2IBK A; 2EJ3 A; 3IN5 A; 1B33 N; 1E4E A; 1TAE A; 1WRV A; 3WWJ A; 3TY8 A; 1A3G A; 3N41 B; 4CKC A; 2XC9 A; 3M9M B; 1A0I A; 1CKO A; 5CB4 F; 1E4F T; 2VA3 A; 4K6N A; 3G6Y A; 3SGI A; 2NU6 B; 5DLG A; 4HNV A; 2IA6 A; 3R5X A; 1TA8 A; 1GO3 E; 4LF5 H; 4FBU A; 1KUT A; 2WE6 A; 3FDS A; 3TQT A; 2NU7 B; 1R9T A; 5KFV A; 2UUA H; 1GYF A; 4IR9 A; 2R86 A; 2WYO A; 2Q7D A; 4PWQ A; 4BBR G; 4O83 A; 1SCU B; 4PBC A; 1JKJ B; 5KFK A; 2JEJ A; 5FLM G; 5I5Y A; 3T9C A; 1M6V A; 5DIS C; 1ZHS A; 2E2H A; 2C2D A; 4ZOL F; 5GON F; 5CR5 A; 1JLL B; 3T9B A; 3HXL A; 4X64 H; 3G6V A; 3L4K A; 2NU8 B; 3NUA A; 4O7S A; 4TV8 F; 1IYD A; 2NU9 B; 4BY1 G; 1N33 H; 4APM A; 2JA8 G; 2OWO A; 2FLL A; 5J2T F; 3RAQ A; 4JV2 A; 2HIV A; 3RJ0 A; 3H20 A; 3R5H A; 4YHH H; 3CEB A; 2V5A A; 2QB5 A; 5KG2 A; 5JQW A; 4LMY A; 3KAL A; 2J9G A; 5FLX W; 3MR6 A; 4F4Y A; 4JI7 H; 4PDB A; 2DPI A; 4EGJ A; 1M0W A; 2HGS A; 3GDE A; 3N43 B; 3KHH A; 2CNQ A; 1WR2 A; 4UCO A; 4CKE A; 3PZP A; 1Y1W G; 2C28 A; 5HV6 A; 3GTP A; 2QK4 A; 4PZ7 A; 5JUM A; 4XYM B; 1M0T A; 4O2A F; 5KFD A; 3WNZ A; 3JSN A; 4HR7 A; 2XCL A; 1IBL H; 2YZM A; 2JA5 G; 5KT3 A; 1A9X A; 4JI6 H; 2JA5 A; 3MFI A; 4CKB A; 5FD6 A; 3GTQ A; 3Q8Q B; 2FKL A; 4Q0Y A; 4EFB A; 5KKN B; 3T5L A; 4UCU A; 1S0N A; 1GSH A; 4MAM A; 4GLX A; 4QJF A; 2FLP A; 2FPP B; 5IYZ F; 1UC9 A; 5KFE A; 4U6P A; 2V4R A; 4ECU A; 4ECV A; 4A3K G; 1S10 A; 3GTO A; 4UCR A; 2CW8 A; 2JEI A; 2R6F A; 3J7A K; 4RAZ A; 2J6T A; 4BBS G; 1I3Q A; 4LH7 A; 2IP4 A; 2W9C B; 4EBC A; 3VPD A; 2CNV A; 5KFB A; 5EZY F; 2RGR A; 2FK3 A; 2QYZ A; 4YR2 A; 3Q8S B; 4I55 F; 4RZQ A; 5KG5 A; 2W9C A; 4G3I A; 2E2I A; 2I8C A; 4DL5 A; 2RGV A; 5BR8 H; 2ASD A; 1IBK H; 3N8D A; 3T9D A; 5DQH A; 5IWA H; 1ZET A; 5FPO A; 5KFF A; 5JQG F; 3UZO A; 2UXC H; 5C3E G; 4R8U A; 1UC8 A; 1EKV A; 4F50 A; 1T94 A; 4ED6 A; 2CFM A; 2DWC A; 3ORR A; 3KTM A; 4ZHQ F; 4ETS A; 2FJZ A; 4RB0 A; 4C5B A; 4A2A A; 4J9S A; 3TQ1 A; 3GTK A; 3NGD A; 4BY7 G; 3VOT A; 1BGW A; 4RAY A; 5DQI A; 2CZG A; 4DR1 H; 3NC0 B; 1GLV A; 1WCM G; 3C0F B; 4DV6 H; 4B3R H; 3KYH C; 5IYB G; 1WCM A; 4EBD A; 1SEI A; 4LF9 H; 4FM9 A; 2OLS A; 4RB2 C; 4LF4 H; 4NXM H; 4IWY A; 2FP4 B; 3R23 A; 5L1L A; 2VA2 A; 1KJJ A; 3WWH A; 1KJQ A; 5EWE A; 5F9N A; 1CS0 A; 2YS7 A; 3U9T A; 3T5J A; 2V59 A; 4HNT A; 2W6N A; 4EYI B; 4DIM A; 5LA6 F; 4Q43 A; 3OSP A; 4JI5 H; 3KHL A; 5FNV F; 1OWT A; 3KRE A; 1KT8 A; 4FBT A; 4DR7 H; 2AGQ A; 4B3S H; 1FVI A; 3BQ2 A; 5JVD F; 5BWT A; 3U9S A; 2ZM6 H; 1OBD A; 3J80 W; 5KFP A; 5K3W A; 4LFC H; 2XCA A; 3EYY A; 5C5J A; 3UQ8 A; 3T1Y H; 1DAA A; 3QZ7 A; 2ZJT A; 2EIY A; 3R5F A; 2Q2U A; 2VUM G; 2R8J A; 2VUM A; 2R7L A; 4O4L F; 1TWG A; 3PFF A; 1BXR A; 3H4B A; 4DR3 H; 4AQY H; 3PW4 A; 3RB0 A; 5EWG A; 1K83 A; 3BA9 A; 4LSX A; 1EYZ A; 5DG7 A; 1XDN A; 1EKP A; 3RF2 A; 2B63 G; 4ED3 A; 4YAK B; 5KFJ A; 4RNN A; 3HOU G; 2B63 A; 1RJR A; 1K1Q A; 4Q4D A; 3N40 P; 3T5K A; 2YZN A; 3LQS A; 3QQM A; 3I12 A; 2R8G A; 2COJ A; 1CKN B; 2YCH A; 1IYE A; 4YY3 H; 2UVR A; 4I7H A; 1XMO H; 2R93 G; 4ZI7 F; 4MV3 A; 3U55 A; 5KT2 A; 4ED8 A; 5DLF A; 4BWS C; 2R93 A; 4NLG A; 2HGX A; 1CKN A; 5LYJ F; 1EKF A; 4J9L A; 2C00 A; 2AGP A; 4O3R A; 2FLN A; 2GQR A; 5FR9 A; 4DAA A; 4RNM A; 4O7Z A; 2ASL A; 1I94 H; 3IG0 A; 3M9O B; 4XYL B; 3H40 A; 4O7L A; 2VPS A; 5KG7 A; 4DV5 H; 4UUG A; 2W9A A; 2GQS A; 3K5I A; 4J0M A; 4O3Q A; 2C35 B; 3RAX A; 4GC7 A; 3EPG A; 3RB3 A; 3TEK A; 2XD4 A; 1AUV A; 3AX6 A; 3T5H A; 4ECY A; 4ED0 A; 4O3P A; 1ZQ7 A; 4JV5 H; 2YS6 A; 4YAJ B; 2WAQ A; 2W7O A; 1HNX H; 5KFC A; 5KFA A; 5KFM A; 1HR0 H; 4HN2 A; 2W6P A; 3PW5 A; 2CNU A; 3WO1 A; 1MZB A; 2HVS A; 1N36 H; 1EUC B; 4ECW A; 1N48 A; 1S68 A; 3VNN A; 4O86 A; 3SNO A; 4XZ3 B; 5F9L A; 4EG0 A; 3M4I A; 4R7R A; 2YL2 A; 1C30 A; 5KFQ A; 1Z2P X; 1XK5 A; 2W8L A; 4DQN A; 4ED1 A; 4DL7 A; 4A3I G; 1I50 A; 2J6U A; 5KG1 A; 4IR1 A; 3H0G G; 1DIK A; 3H0G A; 5KFX A; 3SI8 A; 5C1P A; 5KT5 A; 5HNE A; 3H4D A; 5I5T A; 1A0G A; 5KT7 A; 2RF4 A; 3N6R A; 4MV6 A; 1Z2O X; 3KHR A; 4DV4 H; 2AGO A; 2AU0 A; 4A3E G; 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