The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
220
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sequence length |
567
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structure length |
567
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Chain Sequence |
PEEVLEHVFSFIQLDKDRNSVSLVCKSWYEIERWCRRKVFIGNCYAVSPATVIRRFPKVRSVELKGKPHFADFNLVPDGWGGYVYPWIEAMSSSYTWLEEIRLKRMVVTDDCLELIAKSFKNFKVLVLSSCEGFSTDGLAAIAATCRNLKELDLRESDVDDVSGHWLSHFPDTYTSLVSLNISCLASEVSFSALERLVTRCPNLKSLKLNRAVPLEKLATLLQRAPQLEELGTGGYTAEVRPDVYSGLSVALSGCKELRCLSGFWDAVPAYLPAVYSVCSRLTTLNLSYATVQSYDLVKLLCQCPKLQRLWVLDYIEDAGLEVLASTCKDLRELRVFPSEPFVMEPNVALTEQGLVSVSMGCPKLESVLYFCRQMTNAALITIARNRPNMTRFRLCIIEPKAPDYLTLEPLDIGFGAIVEHCKDLRRLSLSGLLTDKVFEYIGTYAKKMEMLSVAFAGDSDLGMHHVLSGCDSLRKLEIRDCPFGDKALLANASKLETMRSLWMSSCSVSFGACKLLGQKMPKLNVEVIDERGAPDSRPESCPVERVFIYRTVAGPRFDMPGFVWNM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Mechanism of auxin perception by the TIR1 ubiquitin ligase
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Signaling protein
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| source organism |
Arabidopsis thaliana
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| molecule keywords |
SKP1-like protein 1A
|
| total genus |
220
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| structure length |
567
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| sequence length |
567
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-03-05 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF18791 | Transp_inhibit | Transport inhibitor response 1 protein domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Monooxygenase | Monooxygenase | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Horseshoe | Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) | Ribonuclease Inhibitor |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4R6A A; 4LI2 A; 2OVP B; 4K17 A; 1P22 A; 4PQ8 A; 3TSR E; 2P1O B; 4LSA A; 4KXF B; 2Z64 A; 4AY9 X; 3RFE A; 1M9L A; 4G8A A; 1M10 B; 1XEC A; 1WWL A; 2E32 A; 2Z82 A; 2XWT C; 4R5C A; 4FD0 A; 3RGX A; 3ZYO A; 3GOZ A; 5IJC A; 3C6P B; 1K5D C; 4LSX C; 5FTT B; 2UZY A; 3VQ1 A; 4C2A B; 4Q62 A; 1LDK E; 2ID5 A; 5HZL B; 4QXE A; 1FO1 A; 4PER A; 4CIL A; 4NKH A; 1PGV A; 3ULA A; 2V9S A; 3BZ5 A; 2WQW A; 3DZE A; 1XWD C; 1XEU A; 2OVQ B; 2WQU A; 4AW4 A; 5GMH A; 3G3B A; 3L2O B; 4OQT A; 2AST B; 1IO0 A; 4QBZ A; 4CNM A; 4FHO A; 2Y5Q A; 2BEX A; 2P1N B; 1OGQ A; 3O6N A; 3REZ A; 5HDH A; 4R6J A; 4B8C D; 4ARR A; 1P8V A; 4U09 A; 3M19 A; 4P91 A; 2Z62 A; 3VQ2 A; 3V7D B; 2Q4G W; 1XCD A; 4PKI G; 3UL7 A; 4KNG A; 3E2J A; 1YRG A; 2OMX A; 4L3F A; 4XOS A; 4R08 A; 5GMG A; 3RJ0 A; 3W3G A; 3E6J A; 2UZX A; 2IFG A; 4R0A A; 5IJB A; 3KJ4 A; 4CNC A; 1H6T A; 2OMW A; 2P1P B; 1JL5 A; 4Z64 C; 2P1Q B; 4ECN A; 4Z8G A; 5GQR K; 4R58 A; 4R6F A; 5GMF A; 2XOT A; 1ZIW A; 4LSX A; 1OOK G; 1FT8 A; 2OMZ A; 4RCW A; 1OTN A; 3O53 A; 3RW7 A; 3ZYN A; 2FT3 A; 4ECO A; 4CC4 C; 3W3K A; 4R09 A; 3UL8 A; 2OMU A; 4GLP A; 4WYK A; 4GT6 A; 4WP6 A; 4XSQ A; 3ZYI A; 3WPH A; 2Z66 A; 1P8T A; 3UN9 A; 4RWT C; 1K5G C; 3WN4 A; 1D0B A; 5AWD A; 4BV4 R; 4EZG A; 1GWB A; 4UFR A; 3A79 B; 1G9U A; 4M7E C; 4TZH A; 2OMT A; 3OJA A; 2WFH A; 1A4Y A; 1DCE A; 4BSR A; 4Z61 C; 4R07 A; 4LI1 A; 3JB9 j; 4V2C A; 5D3I A; 1O6S A; 5AZ5 A; 3ULV A; 2RR6 A; 2OMV A; 5IJD A; 3WPG A; 3G3A A; 4V2D A; 3WPB A; 3OGK B; 4ARN A; 2Z7X A; 4KT1 A; 1H6U A; 2JE1 A; 2V70 A; 3OJA B; 2OMY A; 1U0N D; 3WPD A; 1XKU A; 4RCA B; 4MQW X; 4XGO A; 4Q3I A; 2P1M B; 4BSS A; 4U7L A; 5GS0 A; 3WSO A; 2JE0 A; 1FQV A; 3SB4 A; 5GS2 B; 1Z7X W; 3WPC A; 1O6T A; 3G04 C; 3G39 A; 5IBK B; 2Z7X B; 4LXS A; 4J0M A; 5B4P A; 3WPI A; 1M9S A; 1SQ0 B; 4CC4 A; 4R6G A; 3W3N A; 1W8A A; 4CP6 A; 3CIY A; 2R9U A; 4J4L A; 3UL9 A; 2O6R A; 4BSU A; 5IYX C; 3C6N B; 4NKG A; 1LTX A; 3ULU A; 2JQD A; 2O6Q A; 4LSC A; 1DFJ I; 4IM6 A; 2O6S A; 1KOH A; 3E4G A; 3ZYJ A; 4HQ1 A; 1OZN A; 3M18 A; 4M7E A; 3RGZ A; 5B0T A; 2A0Z A; 5AWC A; 3CIG A; 4PSJ A; 5CMP A; 2Z63 A; 4LXR A; 1OTO A; 4L3A A; 4C2B B; 1KOO A; 3E3Z A; 4Z79 A; 2V9T B; 5AWB A; 3W3J A; 2ASS B; 2E31 A; 4I6J B; 4FMZ A; 3WPF A; 2ELL A; 4Y61 B; 3OGM B; 4Q3G A; 2OVR B; 1M0Z A; 5AWA A; 4Z94 G; 2WQX A; 1NEX B; 4FCG A; 3RIZ A; 3W3M A; 2Z81 A; 1P9A G; 3PMH G; 4FDW A; 1FS2 A; 4PEQ B; 4P8S A; 4QC0 A; 4YEB B; 4FS7 A; 1O6V A; 2RA8 A; 3RW6 A; 4H09 A; 1QYY A; 3W3L A; 1A9N A; 3P72 A; 3RFS A; 1OTM A; 3C6O B; 2BNH A; 1FS1 A; 3CVR A; 3G06 A; 3MKS B; 5B0N A; 3WPE A; 5LFN A; 3OGL B; 5A5C A; 3FXI A; 2Z65 A; 5CMN A; 4U08 A; 3RFJ A; 4MN8 B; 4U06 A; 2CA6 A; 4V2E A; 2WQV A; 4R5D A; 1DS9 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4R6A A; 4LI2 A; 2OVP B; 4K17 A; 1P22 A; 4PQ8 A; 2YB5 A; 3TSR E; 2P1O B; 4LSA A; 1IH7 A; 4KXF B; 2Z64 A; 4X5N A; 3TJY A; 3RWU A; 4AY9 X; 3RFE A; 1M9L A; 3L1N A; 1XVG E; 4G8A A; 3CQ8 A; 1MTY G; 1M10 B; 1XEC A; 1WWL A; 2E32 A; 4FJ8 A; 2XWT C; 2Z82 A; 4R5C A; 1WAJ A; 4FD0 A; 2MW2 A; 3C94 A; 4AKG A; 3RGX A; 4E4B A; 4DTJ A; 3GOZ A; 3ZYO A; 2JHP A; 4FK0 A; 5IJC A; 3QEV A; 3C6P B; 1K5D C; 4LSX C; 2OZM A; 5FTT B; 2UZY A; 3VQ1 A; 3J27 A; 3SCX A; 4C2A B; 4Q62 A; 1LDK E; 1XL3 C; 2ID5 A; 4JS4 A; 4I9L A; 5HZL B; 4QXE A; 1FO1 A; 4PER A; 4CIL A; 3SQ2 A; 4NKH A; 1PGV A; 3ULA A; 2V9S A; 3BZ5 A; 2WQW A; 3DZE A; 1XWD C; 1XEU A; 2OVQ B; 2WQU A; 4AW4 A; 5GMH A; 4FJX A; 3CFR A; 4DTU A; 4NZR M; 3G3B A; 2B8I A; 3L2O B; 4OQT A; 2AST B; 4NZT M; 4AI6 A; 4M3W A; 1IO0 A; 4QBZ A; 2QXF A; 4CNM A; 4FHO A; 1FZ1 E; 2Y5Q A; 2BEX A; 2OZS A; 4KHQ A; 2P1N B; 1OGQ A; 3O6N A; 4J2B A; 4QNC A; 1XVF E; 3SQ0 A; 3REZ A; 4R6J A; 5HDH A; 2MMB A; 2JHA A; 1XU3 E; 4B8C D; 4ARR A; 1P8V A; 4U09 A; 4JRQ A; 2MZW B; 1FZH E; 3M19 A; 4P91 A; 3QET A; 2Z62 A; 4IT5 A; 3VQ2 A; 4GAM C; 4HCB A; 3V7D B; 2Q4G W; 1XCD A; 4PKI G; 3L0M A; 3UL7 A; 3LDB A; 4KNG A; 3E2J A; 1MMO G; 1YRG A; 2OMX A; 3HGL A; 3SUP A; 4L3F A; 4XOS A; 4R08 A; 5GMG A; 2OYQ A; 3RMD A; 3RJ0 A; 4M3X A; 3W3G A; 3E6J A; 2UZX A; 4KI4 A; 4QND A; 2IFG A; 4R0A A; 3NHG A; 3QEI A; 5IJB A; 3KJ4 A; 4CNC A; 1H6T A; 2OMW A; 2P1P B; 2B1E A; 1JL5 A; 4Z64 C; 2P1Q B; 3BVO A; 3N1E A; 5IZ7 A; 2VJ5 A; 2PFT A; 4FJ5 A; 4ECN A; 4Z8G A; 5GQR K; 1XMH E; 4M42 A; 4ADO A; 4FJJ A; 4EYW A; 3KD1 E; 4DTN A; 3HGK E; 4R58 A; 4DTX A; 2PFV A; 3RMC A; 4DTS A; 4R6F A; 2DEB A; 5GMF A; 2XOT A; 1CLQ A; 3NDK A; 1ZIW A; 4LSX A; 1OOK G; 4ICG C; 1FT8 A; 2VJ4 A; 4KHU A; 2OMZ A; 4RCW A; 1OTN A; 4FJN A; 3O53 A; 3NE6 A; 3S9H A; 3RW7 A; 3ZYN A; 3HL8 A; 1FPO A; 2FT3 A; 4ECO A; 3RMA A; 2H4T A; 4CC4 C; 3W3K A; 4R09 A; 3UL8 A; 1FZ4 E; 2OMU A; 3SQ4 A; 4GLP A; 4WYK A; 4GT6 A; 1XMF E; 4WP6 A; 4XSQ A; 3ZYI A; 3WPH A; 2Z66 A; 3TL8 B; 4M45 A; 1WAF A; 1P8T A; 1XMG E; 3UN9 A; 4RWT C; 3QNN A; 1K5G C; 3QES A; 3WN4 A; 4FJ9 A; 1D0B A; 4BV4 R; 4EZG A; 5AWD A; 1GWB A; 4M3Z A; 3A79 B; 4UFR A; 1G9U A; 1XVB E; 4EP9 A; 3TAF A; 4M7E C; 4TZH A; 2OMT A; 3OJA A; 4AKH A; 2WFH A; 1A4Y A; 1DCE A; 1XVD E; 4BSR A; 2JHC A; 4KHS A; 4Z61 C; 4R07 A; 4LI1 A; 3UIQ A; 3SQ1 A; 3JB9 j; 4V2C A; 4B08 A; 4M3U A; 5D3I A; 1O6S A; 5AZ5 A; 3ULV A; 2RR6 A; 2OMV A; 3N1B A; 5IJD A; 3WPG A; 3G3A A; 4V2D A; 4RG8 A; 4DTP A; 3WPB A; 3OGK B; 4M41 A; 4ARN A; 4FJM A; 2LF6 A; 3UO2 A; 2P5O A; 2Z7X A; 4DU4 A; 2ATQ A; 3SI6 A; 3SNN A; 2HD0 A; 1FZ2 E; 4KT1 A; 1H6U A; 2JE1 A; 3LZJ A; 3HP9 A; 2JQT A; 2V70 A; 3OJA B; 2OMY A; 1U0N D; 2JPN A; 3WPD A; 1XU5 E; 5H37 A; 1XKU A; 4HCC A; 3LDS A; 4RCA B; 4MQW X; 4XGO A; 4M3R A; 4RNG A; 4ADN A; 1JW2 A; 4KHW A; 4Q3I A; 3SUQ A; 3RMB A; 2DY4 A; 2P1M B; 4BSS A; 4FK2 A; 4U7L A; 5GS0 A; 3WSO A; 2JE0 A; 2JH8 A; 1FQV A; 3SB4 A; 5GS2 B; 4DU3 A; 1Z7X W; 3WPC A; 1O6T A; 3G04 C; 3SUO A; 3E4W A; 3G39 A; 5IBK B; 2Z7X B; 3CFO A; 4LXS A; 4J0M A; 5B4P A; 3WPI A; 3LD8 A; 1M9S A; 3NGI A; 4DTR A; 3LZI A; 1Q9Y A; 1SQ0 B; 4CC4 A; 4R6G A; 3W3N A; 1W8A A; 4CP6 A; 3L8B A; 3CIY A; 2R9U A; 4J4L A; 1XVC E; 3UL9 A; 2O6R A; 4BSU A; 1IG9 A; 5IYX C; 3C6N B; 3K2O A; 4NKG A; 1LTX A; 3SUN A; 3ULU A; 2JQD A; 2O6Q A; 1FZ9 E; 4LSC A; 3NAE A; 4DU1 A; 1DFJ I; 4IM6 A; 2O6S A; 3QEW A; 3KD5 E; 4FJH A; 1KOH A; 4DTM A; 4DTO A; 3E4G A; 4FJ7 A; 3ZYJ A; 4HQ1 A; 1OZN A; 3M18 A; 4M7E A; 3RGZ A; 5B0T A; 4M3T A; 3QEP A; 2A0Z A; 5AWC A; 3CIG A; 3C95 A; 1MHZ G; 1FZI E; 2LF3 A; 4KHY A; 4E3S A; 4PSJ A; 5CMP A; 2Z63 A; 3J2P A; 1OTO A; 4LXR A; 4L3A A; 4FK4 A; 4J2A A; 4C2B B; 1KOO A; 3E3Z A; 4Z79 A; 3SVI A; 2V9T B; 5AWB A; 2K5S A; 3QEX A; 3W3J A; 2P5G A; 2ASS B; 2E31 A; 4I6J B; 1FZ3 E; 3TAE A; 4FMZ A; 3WPF A; 4AKI A; 2ELL A; 4FJL A; 3TAG A; 4Y61 B; 3UO3 A; 3OGM B; 4Q3G A; 2DTU A; 2OVR B; 1M0Z A; 3NCI A; 5AWA A; 4Z94 G; 4KHN A; 5IRE A; 4J2E A; 2WQX A; 1NEX B; 4FCG A; 3RIZ A; 2VIX A; 3W3M A; 2Z81 A; 1P9A G; 4I9Q A; 3PMH G; 4FDW A; 4EPH A; 1FS2 A; 4PEQ B; 4P8S A; 2FW3 A; 4QC0 A; 1FZ5 E; 1FZ6 E; 2RKH A; 4YEB B; 3SJJ A; 4FS7 A; 1O6V A; 3QNO A; 2RA8 A; 4FJK A; 4RL5 A; 1N1C A; 1XVE E; 3RW6 A; 2B7M A; 4H09 A; 1QYY A; 3W3L A; 1A9N A; 3SPY A; 3SPZ A; 3P72 A; 3RFS A; 1OTM A; 3E4Y A; 3C6O B; 3TAB A; 2BNH A; 1FS1 A; 4JS5 A; 4FJI A; 3CVR A; 3G06 A; 1Q9X A; 4FVM A; 3MKS B; 5B0N A; 3WPE A; 5LFN A; 2JH9 A; 3OGL B; 1MHY G; 4X5M A; 5A5C A; 3QER A; 1FXX A; 3FXI A; 1FZ8 E; 2RCU A; 2Z65 A; 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