3NCIA

Rb69 dna polymerase ternary complex with dctp opposite dg at 1.8 angstrom resolution
Total Genus 326
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
326
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Insights into base selectivity from the 1.8 A resolution structure of an RB69 DNA polymerase ternary complex.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
total genus 326
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3nciA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3nciA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3nciA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3nciA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3nciA03
5C24A 2DFHA 1BHLA 3AA5X 3NGZA 5DMRA 3KLEA 2A1RA 4Y1CA 2HHVA 2F8SA 4N56A 3OYNA 3OJSA 4W5TA 2VWJA 2RKIA 3B6OA 2IDOA 3D45A 4NCGA 3DM2A 1YT3A 1W0HA 2P5OA 2WONA 3LP2A 4CE9A 3HP9A 3RRHA 2FBYA 1NJYA 1L5UA 5EU7A 4E1MA 1RT3A 4Z4FA 3HK2A 4HHTA 1TK5A 4DTXA 1QSSA 1VSMA 2GUIA 5KTQA 2DTUA 4HTUA 2JLEA 3JSMA 2YV0X 3V1OA 4LD0A 2NUBA 1EP4A 3VA3A 2Z1HA 2FBTA 1VSHA 1D9FA 4B9TA 3ZT1A 3RR7A 1C1CA 3L2WA 4CJPA 1J5OA 5D3GA 3VQ8A 4HCBA 2HHXA 2XY7A 3UIQA 1NK0A 4R5PA 3I0SA 4H8KA 3ZSWA 4K8XA 2XO7A 4FJJA 3O4NA 3ULDA 4J2BA 2XY6A 1O1WA 3ASMA 1WSJA 4M45A 1TKDA 3F9KA 3K5OA 3LAMA 2PZSA 1TGOA 4RW4A 4DU3A 4CJKA 3AVJA 3HT3A 5C25A 1JLAA 1RBSA 3MEEA 4JS5A 4M3YA 3ZT2A 4DSEA 4EP4A 1SUQA 4JS4A 4OKKA 1LWFA 5FRNA 1SV5A 1WSGA 4O55A 1NK9A 3RMDA 1LW0A 5FRMA 1RTIA 1ASUA 3TARA 5FDLA 3RRGA 3QEIA 5KGWA 4BWJA 4NCAA 3VA0A 1EXQA 3ZT4A 4FJMA 4E7LA 4OPJA 3P1GA 4RG8A 3AA3A 1CLQA 2OA8A 1NOYA 3TWHA 2BDPA 1S5JA 1BCOA 4TSXA 3C95A 3NH2A 2DFEA 3IAYA 3WNHA 2D0AA 3NGYA 1JL1A 2G8HA 1LWCA 2F8TA 2D5RA 1L3TA 3V6DA 1IKVA 2G8UA 4F2RA 2Z1GA 2P5GA 4H4MA 2D0CA 4RW8A 4XIUA 2FC0A 4EZ6A 1WNSA 5DK5A 4CFAA 3DLGA 4QAGA 1IKYA 1TKXA 4CK1A 1XC9A 3QLHA 4QCLA 3CFOA 4J2EA 1HJRA 1GOCA 3NF9A 3HJFA 4CHQA 1NJWA 5CYQA 3SPZA 1C0UA 3C94A 3OYDA 3V9WA 5J2QA 1LW2A 1EETA 4CJWA 5I3UA 1TL3A 4ZTFA 4CECA 1QSYA 3IG1A 1NK8A 2IGIA 4E0DA 1HYSA 4W5NA 3TAQA 1S9GA 2KZZA 3K57A 3LP1A 1Y97A 4YNQA 4KHUA 3PO4A 5HRRA 4FLVA 5C42A 1NJXA 3VN5A 4HUGA 4CJ5A 1CXQA 3P83D 4OKEA 3OY9A 2IS3A 2HNZA 3TAMA 4ELUA 1I39A 4HCCA 4FJGA 3DMJA 3V9ZA 4PUOA 4DTMA 1SKRA 3AVAA 1HRHA 3OYLA 3ZSVA 1BCMA 1QHTA 4Q0BA 4AHUA 4DTSA 3DLBA 4FJLA 3OYIA 3RMAA 4GW6A 3G0ZA 3AVNA 4DLEA 2Y1JA 4KTQA 1S6QA 3LANA 4N5SA 3U6FA 3K5LA 4B9LA 3PX6A 2OPQA 2F96A 4CGJA 4DTNA 3V81A 5HROA 3QINA 3AVFA 3DLKA 1J53A 1HPZA 1WSEA 4G1QA 1A5XA 1REVA 3PY8A 4F4KA 3NFAA 1VSKA 1U04A 1J9AA 1RT6A 4KHNA 1HYZA 3ALYA 4FJ7A 3IS9A 3L3VA 4BWMA 4CF0A 4CIFA 3O3GA 1SL2A 4CJUA 2YNFA 4JRQA 2I5JA 4CEDA 3S9HA 4LY7A 1NK7A 1ZBIA 1DLOA 3SPYA 2B6AA 3NH0A 3QETA 4FJIA 3PX4A 3AV9A 3OYHA 4E89A 4RW9A 1RBTA 2O4GA 1SKSA 4DMNA 4CGGA 1Q9YA 1ZBFA 4E19A 1X1PA 2HNDA 3LPTA 4M41A 2KZMA 3THVA 2JGUA 1JLCA 2KTQA 3HXMA 3SCXA 1KSPA 4FVMA 2LSNA 2Q3SA 3DOLA 5J2PA 3V1RA 1CXUA 1S1UA 3WNGA 4CCHA 4FK0A 4B9NA 4DSIA 3KJVA 4WE1A 1NJZA 1WSFA 4LSLA 1JXBA 3AO2A 3I0RA 4C8MA 3VQDA 3CFPA 1GOBA 1A5VA 4DTUA 1IKWA 4CF9A 3SQ1A 4ZHRA 3HPGA 1B9DA 3KKRA 2P1JA 3PO5A 4JLHA 4NYFA 1RTHA 3K58A 1U45A 4AHRA 1NKEA 1RT5A 4FJ8A 1BISA 4OPKA 1GOAA 5JS1A 1RDBA 3OJUA 4C8NA 3OS0A 4CEAA 4DS4A 3LZJA 3H08A 4NYNA 4KFBA 1NOZA 2X6NA 4M42A 4HUEA 1JKHA 4DF4A 4C8LA 4N76A 1D9DA 1S1WA 2RN2A 3O3HA 1RBVA 1JLQA 4BE1A 1KLNA 4FK4A 4KTZA 4UQGA 3A2FA 4B9MA 1C6VA 2ZD1A 4I9LA 3RMCA 2YKNA 4O0JA 3ZSZA 5HRSA 1X9SA 3RR8A 4ICLA 3V9SA 2BGGA 4FJNA 2B4JA 4I2PA 5SZTA 1UWBA 1LAVA 3SYZA 1TK8A 4B08A 3NF6A 1IH7A 3O4QA 5HP1A 3KLHA 4JRPA 1D5AA 3O3FA 3KLFA 2KQ2A 2OPPA 1TK0A 3HM9A 3MEDA 4B8CA 1RCHA 3VQ4A 4CEFA 4DSJA 2O4IA 2KFZA 4MQ3A 4MFBA 4I9QA 4OGCA 3VQBA 3DLEA 4DSLA 2D0BA 4PWDA 1W9HA 1NK6A 1BL3A 3HVTA 3NHGA 2ETJA 4FXDA 3P5JA 4E7JA 2HW3A 1RTDA 4CEZA 2E6MA 4RW6A 3RMBA 1TKZA 2X6SA 3M8PA 4CGIA 2PYJA 1UAXA 3C6TA 1T05A 1T7PA 4KRFA 3V1QA 3QEXA 2XY5A 3KLIA 3AVCA 4DFPA 3AO4A 1QTMA 2GBZA 3AVLA 4CERA 1KFDA 3LP3A 4DFJA 3RTVA 1RT2A 1CZBA 4IFYA 5T7BA 2HVIA 1RT7A 1TAQA 1RT4A 2VWKA 3ZSQA 1ZBLA 4F2SA 3IRXA 3PUFA 4DQSA 4DSKA 2HHTA 4DQRA 1VSEA 2KW4A 1YVUA 4CHZA 2OPSA 4CHNA 3DOKA 2W42A 3NE6A 4RW7A 5FROA 1NK5A 2G8VA 1WAJA 1DTTA 3TANA 4Z4EA 3KIOA 3HPHA 1B9FA 4I7FA 3SV4A 4KHQA 4Z4IA 4CF1A 4CJVA 2PY5A 4W5QA 2OYQA 3MEGA 1S1TA 1HNIA 3L3UA 1QQCA 3OS2A 1KLMA 2FBXA 2Z1JA 5I42A 3AO1A 4ZTJA 4FLUA 4M3TA 3VQQA 4CF8A 4BACA 4FLZA 1JLBA 4FK2A 3K5NA 4B8AB 1T8EA 4FW2A 1QE1A 1VK0A 1VSFA 4B9UA 5HRNA 2XY8A 4KPYA 1LWEA 4Z4CA 4N41A 3OYKA 2GV9A 2HNYA 4IG3A 3SQ0A 4DS5A 2FBVA 3VQ6A 3HP6A 4AH9A 2X78A 1EX4A 3WNFA 3SJJA 2HHWA 4DFKA 3K5MA 1VRTA 1RDDA 3ZT3A 4FYDA 4CHYA 4KHWA 1RT1A 3HL8A 5KI6A 4O5BA 3LAKA 3KLGA 3DRPA 3HPOA 1KTQA 3KK1A 3T3FA 1WSIA 1UOCA 2ZQBA 4CK3A 1XI1A 5K14A 2HMIA 3MECA 1LV5A 4KI6A 4F8RA 4M3XA 1A5WA 1F21A 1HQUA 1L3UA 4Z4HA 4CHPA 4DTOA 3SI6A 4E1NA 4CF2A 4EZ9A 2RPIA 2YKMA 3LWLA 3MXIA 3OYJA 3F73A 1D8YA 4LH5A 4I2QA 4KB1A 4B9SA 4DWIA 3V9UA 4AHCA 2VG5A 4CJSA 3OYMA 3TAGA 1WN7A 1KVCA 3LPUA 4IDKA 4CESA 5SWMA 1ZBHA 5J1EA 1DTQA 3OVNA 4DSFA 4B9VA 1NK4A 3NGIA 1BIZA 5HBMA 2ATQA 3SQ4A 4KAZA 1HYVA 3TABA 2IAJA 4FM0A 4CGFA 4DF8A 4CJ4A 3KTQA 2KFNA 4FLWA 3SQ2A 5KGXA 4CEBA 3QEPA 1FXXA 1TV6A 3CM5A 4O0IA 2IOCA 2R7YA 1Q9XA 4Y1DA 3AVKA 1S9EA 2G8FA 1IO2A 1HMVA 1Z25A 4OJRA 3T19A 3OS1A 1T03A 2G8IA 1JLGA 3ZT0A 3FFIA 4E7IA 2DY4A 1HQEA 1R0AA 1KRPA 4ELVA 1BGXT 3AVBA 4DTPA 2ITGA 3L2QA 4KREA 3ZSOA 3DRSA 1L3SA 3G10A 3NF7A 2VG6A 1VSLA 3ZSXA 4LSNA 3PV8A 4J2AA 1RDAA 3LDSA 2QXFA 2OPRA 5CZ2A 1U49A 3CYMA 3K59A 3PX0A 3CQ8A 3AVHA 2E4LA 1L3VA 2HVHA 1I3AA 1HNVA 3SUPA 4DFMA 3M8RA 3D0PA 4M3RA 1VSJA 2A1SA 1KCFA 4N47A 3SUQA 4OVLA 2HHSA 2DFFA 4CEEA 1RNHA 4FCYA 4CJFA 3TR8A 3OYBA 4FJ9A 1IG9A 4K8ZA 1VRUA 1KVAA 1TL1A 3L2RA 3AVGA 4FM1A 5CY4A 1YTUA 1RDCA 1S1XA 4W5OA 3NCIA 3OYEA 3VQ7A 1KFSA 3HVRA 1ZYQA 3CM6A 3QESA 4FZXC 4DQQA 2EX3A 4AHVA 1EKEA 1XHZA 3ITHA 1SL1A 3B6PA 2XHBA 4FW1A 4L8RB 1MU2A 3AA2A 4IFVA 3TAEA 4KHSA 1ITGA 3K2PA 1C1BA 2E6LA 2YNGA 3AA4A 1N5YA 1WLJA 1TAUA 1SKWA 3U3YA 4CIEA 2HHUA 2YHAA 1B92A 1XHXA 4KTWA 4FJ5A 3DRRA 3V4IA 4FLYA 2BANA 2P51A 5CZ1A 2HB5A 3RWUA 1TKTA 4KB0A 1U4BA 4KV8A 3TI0A 1X9MA 3T1AA 3ZSYA 3I8DA 4CEQA 4ID1A 4CJTA 3SUNA 2WOMA 3HYFA 3S3OA 4FLTA 2ZE2A 2OZSA 1FK9A 5HRPA 3NH1A 3MAQA 4E3SA 1S1VA 3AVIA 3LALA 4DLGA 1C0MA 4CK2A 3KK3A 1RTJA 3EYZA 3BDPA 1IKXA 4OGEA 4CHOA 4Z0UA 4ELTA 4DQPA 4PA1A 4CJEA 4OKJA 1ASVA 4DTRA 1VSDA 2BE2A 1BI4A 3C6UA 3MXJA 3QERA 4PQUA 1TVRA 2QKKA 4BE2A 4DG1A 3CG7A 5E41A 4CIGA 3EZ5A 3V9XA 4HVJA 1C0TA 4C8KA 4E7KA 3SUOA 1JL2A 3MXMA 2PYLA 2VG7A 3VQEA 1RILA 4KKOA 3VQAA 1ZBUA 3E01A 1QS4A 1ASWA 4BDZA 2Y1IA 1UA0A 4C8OA 2IC3A 4DU4A 3AO3A 4OLBA 3BGRA 3LWMA 3TAPA 3VQ9A 3ZSRA 1G15A 3WNEA 3NF8A 1N6QA 3EY1A 4DU1A 4CFDA 1UA1A 4M3UA 1JLEA 1WAFA 5JS2A 4Q5VA 5CYMA 2YHBA 4AHTA 4CJ3A 4FJHA 1RBRA 4CGDA 3QIPA 1VSIA 3OYGA 1BQNA 3ISNC 3LZIA 1K6YA 4QOZB 1BI4B 4CJLA 3S3MA 3KK2A 2G8WA 4ID5A 3QNOA 4W5RA 4OLAA 3CFRA 4CJRA 5KRTA 3NAEA 3S3NA 4BDPA 3M8SA 1C1AA 2RF2A 4DQIA 4NCBA 3VQPA 2QK9A 1RBUA 4CFBA 2AJQA 4FJXA 1YTAA 4HUFA 4O4GA 4DTJA 3SZ2A 1KVBA 1QSLA 4IKFA 3ZCMA 2G8KA 3L2VA 1LAWA 2X74A 3DYAA 3SNNA 4EP5A 1Q8IA 1FKPA 4YFUA 5HLFA 3OYFA 3KKSA 4PY5A 3DLHA 1X9WA 4FM2A 1NKCA 3U3GA 1XWLA 2HHQA 2YNHA 4M3WA 3HSTB 4F3OA 3DI6A 4O44A 4Z4GA 3KD5E 3L2UA 3KD1E 3DLRA 3TAFA 3QIOA 4AHSA 1CZ9A 3OYAA 4J2DA 5J2NA 1U47A 5J2MA 1BQMA 4KHYA 2Z1IA 3QEWA 3OYCA 4BE0A 4FLXA 4LH4A 4E7HA 2OZMA 2YNIA 3HO1A 3NDKA 2B5JA 1J54A 4CEOA 3JYTA 3VQCA 2QKBA 4AILC 4IBNA 1WSHA 3QNNA 3NBPA 2XRIA 4IG0A 1U48A 3M8QA 4H4OA 3L8BA 1S6PA 3SV3A 1BIUA 4F3TA 4KI4A 4GVMA 1JXEA 4CGHA 5KRSA 3AVMA 3VQ5A 1FKOA 3AO5A 3LP0A 4GMJB 4BDYA 1NKBA 1JLFA 1Z26A 2EHGA 4B3OA 3QO9A 4FZYA 4CFCA 4M3ZA 4FZZA 4FJKA 4CJQA 4KO0A 3QEVA 1SL0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4MDAA 2GX9A 5EVZA 4BR5A 2P9KB 2A1RA 5BPLA 2RKIA 2MW2A 2IDOA 2V7ZA 1GLLO 4NCGA 1W0HA 2WONA 4JKEA 1D9DA 3HP9A 1L5UA 4YOUA 2NZTA 4HHTA 1IG8A 4FWRA 5GAEP 5H1SQ 4EHTA 5AQHA 4H0TB 1E3MA 2RCUA 2ASPA 4LFCK 1M1KO 2VJ4A 1VSHA 4FVUA 4QNCA 1C1CA 3L2WA 1HLUA 4FPAA 1J5OA 2HF3A 3CCEN 4HCBA 1BU6O 3UIQA 1NK0A 5M1NA 4R5PA 4H8KA 4BR2A 4K8XA 4FJJA 3O4NA 3ULDA 4J2BA 3FZLA 3ASMA 3LAMA 4CJKA 5C25A 1RBSA 3IFRA 3P39A 3ZX3A 3IDHA 2HOEA 4EP4A 1SUQA 1YJNN 4CZKA 2NRZA 1Q7YO 4JS4A 2QWLA 4QS7A 3TU5A 4CZLA 1OH8A 4IJAA 1HNXK 4NCAA 4WFAL 3L6QA 5KPTA 3U8XA 4OPJA 2E31A 1M90O 3AA3A 4YHHK 3NH2A 2G8HA 1L3TA 3V6DA 2G8UA 2Q97A 3T1YK 4GKJK 2HBLA 3G71N 1FZIE 2FC0A 1WNSA 4CFAA 3DLGA 2P1PB 1IKYA 1XVGE 3GG4A 2VYPA 4DV1K 4CHQA 1C0UA 3SK3A 3V9WA 4HTLA 3BF3A 1NK8A 1HYSA 4JK7A 2KZZA 3K57A 3O8MA 3PO4A 1T6CA 1IBMK 4OKEA 3N1BA 3SAFA 4PUOA 1NMNA 4NO7A 3V9ZA 1MA9B 3AVAA 4BRMA 1JW2A 2O8DB 4JKAA 1V4TA 3RMAA 1HX1A 4O8KA 5AQGA 2Q0UA 4N5SA 2H3GX 2OPQA 2F96A 4DTNA 3DLKA 3TL8B 4G1QA 4BVOA 4DR3K 4B1YB 3VEWA 1VSKA 1HYZA 3R8EA 3AAPA 4H5NA 3QFUA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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