3NCIA

Rb69 dna polymerase ternary complex with dctp opposite dg at 1.8 angstrom resolution
Total Genus 326
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
326
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title Insights into base selectivity from the 1.8 A resolution structure of an RB69 DNA polymerase ternary complex.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 326
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3nciA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3nciA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3nciA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3nciA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3nciA03
3KLHA 1RDAA 1F21A 1TK5A 4CGDA 2F96A 4E0DA 1S1TA 2KFZA 2DFHA 2D5RA 3NCIA 1DLOA 3PX6A 3TR8A 1C0MA 4KHQA 2YHAA 1RT5A 3MECA 3E01A 2IGIA 1U04A 4ELVA 4B8AB 3KLIA 4ELUA 3VQCA 4JLHA 2X78A 2OYQA 4KHSA 3SNNA 3OYDA 1U45A 4KHYA 1T05A 3BDPA 3SUQA 1LWEA 4H8KA 3NFAA 3NF6A 3LAMA 3TAGA 2XO7A 3DLBA 1ASWA 3THVA 4E1MA 1WAJA 4KHWA 2Z1JA 2FBVA 3NGYA 4CJ5A 4CCHA 4OLBA 1TAQA 4FLZA 1IG9A 1JXBA 3PUFA 4CHPA 2YV0X 4F3OA 5CZ1A 2YNHA 1HQEA 3K59A 3OS1A 3QIPA 3L2WA 3HXMA 1ZBUA 1Z25A 2ETJA 3AVCA 1RBUA 2ZE2A 3C6TA 3KIOA 5C25A 4CJKA 3KK3A 3HL8A 5E41A 1FKPA 3I0SA 2OZSA 3PX4A 4FZYA 4CGGA 3OYJA 5HROA 1LV5A 3LP0A 5KRSA 1ASVA 3AVHA 3WNEA 3DLHA 4BDPA 4C8LA 1L3SA 3VQ9A 4PQUA 3TARA 2YHBA 2HNDA 4FJXA 4CGIA 4CEFA 4Z4CA 3L3VA 3RMAA 4CJVA 2X6SA 4C8KA 3NGIA 2KW4A 4C8MA 4CEDA 3TAPA 1TKXA 2GUIA 4ICLA 1RBVA 1HRHA 2IAJA 3RMDA 2YKNA 4LSNA 1RT7A 1TL3A 4AH9A 3L8BA 2P5GA 1FK9A 2OPSA 2HHQA 2HNZA 4FLVA 3LZJA 4KI6A 3KD5E 4FJ7A 3AA4A 3OYEA 3U6FA 3T19A 4HVJA 3QESA 4DTXA 4Z0UA 4L8RB 3RWUA 4M3XA 1RNHA 3D45A 3VQ7A 1S5JA 5JS1A 4AHUA 4F2SA 1A5WA 3LPUA 1SV5A 3OYBA 5I42A 4CK1A 4OPKA 1HNVA 3O4NA 1KFDA 3LANA 4KFBA 4F4KA 1YTUA 4Z4IA 2HW3A 2Z1IA 5CY4A 4CJPA 4BWMA 4FYDA 3AVKA 4GW6A 3SQ1A 4CJEA 5J2NA 2R7YA 1XHZA 4AHRA 2JLEA 3HVRA 1X9SA 1QSLA 1JLEA 4QAGA 3MEDA 1VSHA 3RTVA 1HYVA 3ZSVA 3DI6A 3QERA 4O0JA 3VQPA 5DMRA 3MXMA 3PO4A 4B9LA 4I9QA 3NH1A 1BIZA 3AVNA 4K8ZA 1KCFA 3RRGA 3WNGA 4CGJA 4AILC 3L3UA 3V9UA 3ISNC 2P1JA 3HP9A 1NK6A 1QQCA 1B92A 4PY5A 3C95A 3MXIA 4ZHRA 4DTNA 3TAFA 3VQBA 2FBXA 2XY8A 1Q9YA 1NK7A 4W5NA 3DRPA 4FW1A 2G8KA 3OVNA 3C94A 1HPZA 3V1RA 3PV8A 1SKRA 4KTZA 1IKYA 1RTHA 1NKBA 1GOCA 3DLRA 3ZSRA 2IOCA 3T1AA 1DTTA 3K5OA 2KZMA 3OY9A 1QSSA 4KKOA 4BE1A 4FM2A 2NUBA 2HHVA 3ALYA 4J2EA 1B9DA 4CECA 2AJQA 4LSLA 4CJTA 1RTDA 2HHXA 4JRPA 2WONA 1D5AA 4KAZA 1I39A 1RT3A 3OYLA 4HUFA 3AVLA 4DFMA 4M3YA 2QXFA 3B6PA 3JSMA 2YNGA 3ZT4A 3OYAA 3LWMA 4QOZB 3QETA 1WN7A 4MQ3A 4CHYA 5J2QA 4KHUA 1T8EA 1TV6A 1N5YA 3SUPA 4DTOA 4W5QA 4Y1DA 1NK4A 4B9TA 2VG6A 2QK9A 4I2PA 4CJWA 1QS4A 4E7IA 4E19A 2OPPA 5CZ2A 4E7HA 4CIEA 4OPJA 2B4JA 2P5OA 3UIQA 4LH4A 2HHSA 3CG7A 3DOLA 4ID1A 4FM0A 3F73A 3EYZA 1D8YA 3CQ8A 3TABA 3RMCA 3MAQA 5CYMA 2Z1GA 3P1GA 4CEBA 4CJRA 4M45A 3KKSA 4DQIA 2A1RA 5KTQA 3V6DA 1SL2A 3AA2A 1CXQA 4O0IA 4DLEA 1NKCA 1SKSA 4B08A 4BACA 3WNHA 1JXEA 2BGGA 3K5LA 3RRHA 3B6OA 1QHTA 2XY5A 2BDPA 2HHUA 1UWBA 3NHGA 1IKVA 3M8QA 4CE9A 3HP6A 3AO3A 4CHNA 4FJ9A 4CESA 1X1PA 3DYAA 4OJRA 1UA0A 4KHNA 1EP4A 4FJ5A 4J2AA 1TK8A 4EP5A 2VG7A 4ZTFA 4HHTA 4CJUA 3VA0A 1GOBA 5KGWA 2E6MA 4EZ9A 1C1BA 1TKZA 4GMJB 3I8DA 5HRNA 1VSFA 4KB0A 4HCBA 2O4IA 1WLJA 4JS5A 3OYCA 4DTRA 1QTMA 3OYHA 4BWJA 4DTMA 3PO5A 4I7FA 3PY8A 4AHSA 1BI4A 1RBRA 5JS2A 1TKTA 4I2QA 3O4QA 1KVBA 2F8TA 1WSIA 4NCAA 1EXQA 1ZBHA 4KV8A 1YVUA 1IH7A 4KI4A 1WSEA 2RKIA 4OKEA 2PYJA 4DF8A 2PYLA 3CM5A 3VQAA 4DSKA 1WAFA 2BANA 3LP3A 3NBPA 4ID5A 1NK5A 1LAWA 5FRMA 4B9VA 1FKOA 2ZD1A 3DRSA 5J1EA 3AA5X 4W5OA 3KK1A 4FZXC 1W0HA 3QLHA 1LWFA 1Z26A 3HO1A 4G1QA 3OYGA 4ELTA 1RDDA 3QNOA 1SL0A 3RR8A 2FC0A 3AVBA 1CXUA 3ZSWA 4CJQA 3QIOA 2E6LA 3QEWA 2DY4A 4FJJA 1ZBIA 3MEEA 3AO1A 1KLNA 4FLUA 3RMBA 2FBYA 3G0ZA 1RDBA 2B5JA 4B8CA 4Z4HA 4RG8A 3M8SA 1J5OA 1VRUA 3KJVA 3QNNA 3HK2A 1W9HA 4KB1A 3AO2A 2GBZA 3M8RA 4N76A 2KTQA 2G8UA 1J53A 1L3TA 3SPZA 3K58A 1A5VA 1KLMA 4E7JA 2DFFA 3SZ2A 1JLFA 3SJJA 3VQ4A 3TANA 4ZTJA 1BCOA 1ASUA 5J2PA 2GV9A 3SI6A 2Q3SA 1NJYA 3HVTA 3EZ5A 1KVCA 3OS0A 4DQSA 1JLBA 1L3UA 4Q5VA 3ZCMA 1R0AA 4F8RA 2DFEA 4CJ4A 3QINA 4FZZA 4CFAA 1BHLA 1CZBA 3L2QA 4RW7A 1RDCA 3TI0A 1VSEA 2DTUA 1S1WA 4YFUA 1HYSA 3L2RA 3DLKA 4CIFA 4FJNA 1N6QA 3TAQA 1J54A 2Z1HA 3OYIA 2VG5A 3JYTA 3O3GA 1S1XA 3LP2A 4O44A 3ZT1A 4AHVA 2O4GA 4CEQA 4Z4EA 4FK0A 4FXDA 2HNYA 1NJZA 4DU1A 4C8NA 4RW8A 4DFPA 4FJHA 1BCMA 1J9AA 1T03A 2RF2A 5HLFA 2D0BA 1RT6A 4OLAA 1WSJA 1CZ9A 5C24A 3DM2A 3VQQA 1Y97A 3CM6A 3DLEA 3ZSXA 4CJ3A 3KLGA 4LY7A 1XHXA 3ZT2A 4KO0A 1O1WA 1BQMA 4FJ8A 4FLWA 2OPRA 4CEEA 2G8IA 4IKFA 1JLGA 4CK3A 2XY6A 1LW0A 3K5MA 1HQUA 4HTUA 3RR7A 1KTQA 3DMJA 4HUEA 2Y1IA 1UA1A 1WSGA 3AO4A 2OPQA 3QEVA 4J2DA 3IS9A 1RBSA 4DQRA 2ZQBA 3P5JA 1JL1A 2A1SA 1NJWA 2PZSA 2X6NA 4FK2A 1RT1A 3IRXA 3O3HA 1IKWA 2PY5A 4DTUA 3P83D 1SUQA 4DSIA 1JLCA 1G15A 3WNFA 5KGXA 1S1UA 2LSNA 3ITHA 3SV4A 5HP1A 4O4GA 4FJLA 5D3GA 1A5XA 3MXJA 1IO2A 4CFCA 3AVGA 3FFIA 3HPGA 5C42A 1WNSA 4KTWA 5FROA 4FLYA 3NF7A 4DG1A 3VN5A 2VWJA 3IG1A 1JL2A 4CJSA 3AVJA 3SUOA 3CFOA 3TWHA 2FBTA 1I3AA 1SKWA 4NCBA 3OYMA 2HVIA 2IS3A 5KRTA 4CERA 5SWMA 3SQ4A 1RBTA 4HCCA 1KSPA 2D0AA 1NK9A 5FDLA 1Q8IA 3NGZA 3QEPA 4PA1A 3ULDA 4Z4GA 2G8VA 3DRRA 2HMIA 4FM1A 2E4LA 1REVA 1NJXA 4IBNA 2WOMA 4DU4A 3U3GA 3V4IA 3LP1A 2RN2A 1ZYQA 4RW6A 4Q0BA 1BL3A 3H08A 3I0RA 2ITGA 3MEGA 4B3OA 4AHCA 1C6VA 1ZBFA 4DSFA 4CGHA 1L3VA 3ZSZA 1U49A 3NE6A 3QEIA 3CFRA 3C6UA 3VQDA 1VK0A 4DSLA 3SCXA 1FXXA 4F3TA 4DWIA 5J2MA 4IFVA 1TL1A 4Z4FA 4KPYA 3NF9A 4M42A 1BGXT 3V9ZA 2HB5A 2BE2A 4CF1A 4JRQA 1NK8A 4FVMA 1LAVA 1HNIA 1SL1A 1NK0A 4W5RA 1WSFA 3HSTB 5K14A 5EU7A 3QO9A 4N47A 4E7LA 1XWLA 1JLQA 4OGCA 5HRPA 5SZTA 1VSMA 2Y1JA 1U47A 2G8HA 1S6QA 4DF4A 1TK0A 3TAEA 4FJGA 3HJFA 1BISA 4FJKA 1NOZA 2EX3A 3AA3A 3OS2A 3OYFA 1UOCA 4H4OA 4OGEA 3KTQA 1T7PA 3VQ8A 1JLAA 4CIGA 2QKKA 2RPIA 1VSIA 1VSKA 3AVAA 3ZSQA 5CYQA 4K8XA 2OZMA 3OYKA 4N5SA 4M3ZA 4C8OA 3KKRA 4J2BA 1RTJA 4M3RA 4NCGA 1RTIA 2YNIA 3SYZA 1BI4B 2HVHA 1BIUA 4DU3A 1BQNA 2X74A 4XIUA 4BE0A 4CF0A 1JKHA 4CFDA 3A2FA 3EY1A 2OA8A 4F2RA 3M8PA 1RT4A 4H4MA 4CEZA 3L2UA 3KK2A 3V9XA 4PUOA 2KFNA 1QE1A 1S1VA 4JS4A 3ZT0A 3V9WA 1C1CA 4DSJA 2F8SA 1U48A 1X9WA 4DSEA 3K57A 4DS5A 3V9SA 4DQPA 1GOAA 4IG3A 4CJFA 4DTJA 4B9NA 4M41A 1C0TA 1S6PA 2I5JA 2KQ2A 3OJSA 2JGUA 4FLTA 2XRIA 4YNQA 4RW4A 3S3OA 1RCHA 3VQ5A 4N56A 1XI1A 4HUGA 4E3SA 3U3YA 1KVAA 2EHGA 1XC9A 4FW2A 4Y1CA 3CYMA 4CHOA 3AVFA 3TAMA 1HYZA 4E89A 2HHTA 3NH0A 3SV3A 4DFJA 4PWDA 4N41A 4DMNA 5FRNA 5KI6A 1U4BA 1Q9XA 2B6AA 4DTSA 4EZ6A 2QKBA 1S9EA 3KLEA 1TGOA 3VQEA 4CGFA 3ZT3A 4MFBA 2IDOA 2P51A 3DLGA 3ASMA 3HYFA 4GVMA 4NYNA 5I3UA 4B9MA 4E1NA 2YNFA 5HRRA 4BE2A 5HBMA 2XY7A 1B9FA 4BDZA 2G8FA 5HRSA 3OJUA 3K2PA 3T3FA 1S9GA 4CFBA 2YKMA 3PX0A 3LPTA 4CK2A 4IG0A 3K5NA 2XHBA 3O3FA 1EX4A 4RW9A 4DLGA 1VRTA 3VA3A 1CLQA 3AVIA 4OVLA 3KLFA 4DS4A 2W42A 4KRFA 3LZIA 4LD0A 3QEXA 4QCLA 4EP4A 1DTQA 4DTPA 4KTQA 4CHQA 2KZZA 2ATQA 4FK4A 3NH2A 1UAXA 1EETA 4DFKA 3V81A 4FLXA 2D0CA 4CEOA 3SPYA 2IC3A 4FCYA 1KRPA 1IKXA 4OKJA 1MU2A 2G8WA 1L5UA 4IDKA 3CFPA 4W5TA 4E7KA 4TSXA 3NAEA 1LWCA 4O5BA 1VSLA 4FJIA 3LAKA 4O55A 1HJRA 4BDYA 2HHWA 3KD1E 4M3TA 1YT3A 1TKDA 4OKKA 1TVRA 1ZBLA 4M3UA 1ITGA 1C1AA 3SUNA 1WSHA 1QSYA 4KREA 3LDSA 5DK5A 3VQ6A 4UQGA 3HPOA 3L2VA 4B9SA 4M3WA 3DOKA 1D9DA 1HMVA 4DQQA 1NOYA 4NYFA 1C0UA 3AVMA 4CJLA 3D0PA 3S3NA 3NF8A 1X9MA 4B9UA 4LH5A 2VWKA 3ZSYA 3SQ2A 3HT3A 1VSDA 5T7BA 3ZSOA 1EKEA 1RT2A 3NDKA 1YTAA 3BGRA 1VSJA 4I9LA 3LALA 4FJMA 4CF8A 1RILA 4CHZA 3LWLA 4WE1A 4CF9A 3HM9A 4IFYA 4CEAA 3OYNA 3IAYA 1D9FA 3HPHA 3AO5A 3G10A 3V1QA 3AV9A 4CF2A 4AHTA 3V1OA 1LW2A 3S3MA 1KFSA 4R5PA 1TAUA 3S9HA 1K6YA 3SQ0A 1NKEA 3F9KA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1YUW A;  4HWI A;  3KLH A;  2A6A A;  5GAH P;  1F21 A;  4CGD A;  1T44 A;  2F96 A;  3HI0 A;  1S1T A;  2O8B A;  3PX6 A;  1BOT O;  3TR8 A;  4QS8 A;  4JD2 B;  3MEC A;  3O9R A;  5AZI A;  5HOO A;  3OW2 M;  2IGI A;  4AM7 A;  1U04 A;  2O8C A;  4JI7 K;  1HR0 K;  3KLI A;  1T05 A;  4DV2 K;  5GAE P;  1XNR K;  1LWE A;  3NF6 A;  3TAG A;  2UXD K;  3DLB A;  2ZJR L;  3THV A;  3O9T A;  4CCH A;  2FBV A;  3WT0 A;  1TAQ A;  3PUF A;  1JXB A;  4CHP A;  1NMD A;  3F5T A;  1HQE A;  5AQW A;  4H5R A;  3V9Z A;  3AVC A;  3KK3 A;  1K8A O;  5JLF A;  4BRD A;  5E41 A;  4C1N K;  2VQF K;  4BDP A;  3AVH A;  4C8L A;  4CZK A;  3TAR A;  3SLC A;  2P9S A;  4CEF A;  3L3V A;  3RMA A;  4CJV A;  2X6S A;  1U2V A;  2WTU A;  4C8M A;  3R3L A;  3QBX A;  3D2F B;  1RBV A;  2YKN A;  3RMD A;  4HTL A;  5C0Y A;  5AQZ A;  4GNI A;  1EWQ A;  3C6A A;  3QB0 A;  2HNZ A;  3A8Y A;  3WUH A;  3U6F A;  1VQ8 N;  3T19 A;  4HVJ A;  4Z0U A;  3RWU A;  4BC2 A;  2ZF5 O;  4U7B A;  5JS1 A;  4AHU A;  3LPU A;  2GEM A;  3TTC A;  1YTU A;  2NRW A;  4CJP A;  4BWM A;  4FYD A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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