3NCIA

Rb69 dna polymerase ternary complex with dctp opposite dg at 1.8 angstrom resolution
Total Genus 326
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
326
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
b'MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title Insights into base selectivity from the 1.8 A resolution structure of an RB69 DNA polymerase ternary complex.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 326
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3nciA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3nciA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3nciA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3nciA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3nciA03
1BGXT 3ZT0A 1C1AA 5HRNA 3T1AA 2HHTA 3KLGA 4CJRA 3C6TA 2OYQA 1BI4B 1RT4A 1UAXA 4CJSA 1S6QA 3WNEA 1NJZA 3KD5E 3V9ZA 3SV4A 3OYBA 4KB1A 4L8RB 3KKRA 5SZTA 4DF4A 3BGRA 5J1EA 1DLOA 3KLIA 4CGDA 4FW2A 2VG6A 3L2WA 1G15A 1W9HA 5KRSA 1BQMA 1Q9XA 2ZD1A 2E6LA 3DRPA 3LP3A 4CIGA 4W5NA 3NF7A 3DLRA 3OJUA 4IG3A 3LP1A 3ZSRA 1RBUA 4CFDA 4UQGA 3NH2A 1TV6A 1C0UA 1WSFA 4DLGA 2HVIA 2KFZA 1SV5A 3TR8A 3KD1E 1GOAA 1GOBA 3OYGA 4O0JA 1TVRA 3PX6A 1U47A 4DTUA 1RDBA 1BQNA 1ASWA 4CF8A 4PA1A 3K5MA 4E7JA 3RMCA 3LAMA 2VG7A 1F21A 2G8FA 4BE0A 3UIQA 4CHZA 2JLEA 3OYFA 4BDZA 4M3WA 4B9VA 1KSPA 4M3ZA 1CZBA 4C8OA 4ID5A 2VG5A 1Y97A 3CFRA 4FLZA 4DTPA 4QOZB 3DYAA 3CYMA 2KQ2A 3ZT4A 1BISA 3OYLA 4JRQA 1JXBA 4BACA 4B9SA 3VA3A 1QQCA 4F3OA 4MFBA 2HMIA 5SWMA 1BCOA 2XRIA 4FJLA 2FBXA 4B9TA 4Z0UA 3OYDA 1RCHA 1CLQA 4C8NA 4DQIA 4LSNA 1WAJA 4CJQA 1RTDA 2ITGA 3TAMA 3DLHA 4E1NA 3DLBA 3PY8A 4M3TA 4DTSA 4FXDA 2ZQBA 1HJRA 4HTUA 3K2PA 1CXUA 4CGGA 5KRTA 5KGWA 4CGHA 2E4LA 1K6YA 3HPHA 1RTJA 3G0ZA 4E7HA 4CERA 2R7YA 3V1RA 3ZSYA 1ZBUA 3U3YA 3LPTA 1RNHA 3RMBA 1WN7A 2D0CA 3P83D 3D45A 1NJWA 3NF6A 2YHBA 4EZ6A 2YNFA 1DTQA 2XY5A 2NUBA 4I7FA 1J5OA 1Q9YA 2GV9A 1ZBFA 3SV3A 3SZ2A 2RKIA 2YKMA 1C0MA 3AVMA 1S9GA 5C24A 4GW6A 4KHYA 1DTTA 3ZSOA 1NK6A 1VSJA 3M8QA 4IBNA 3AVJA 2AJQA 2A1SA 1RILA 1XWLA 4CESA 1QTMA 1MU2A 1IH7A 3LWLA 3THVA 1I3AA 4DTNA 2OPQA 4DTOA 3CQ8A 1X1PA 3VQBA 2F8SA 2G8IA 3ZSVA 3EZ5A 2GBZA 4DSEA 4FJXA 1Z26A 4IG0A 4DTXA 2HB5A 1HNVA 1J54A 5JS2A 3K5LA 1D9FA 2G8VA 1JKHA 3M8RA 3L8BA 2G8WA 4H8KA 4FZXC 1RBTA 3QIOA 5CYQA 4CHNA 2XY7A 2KTQA 3QLHA 2HHWA 3C95A 4E3SA 1LAWA 4FM2A 3HPOA 1KLNA 2Z1GA 2ATQA 1BI4A 1RTIA 4IDKA 3OYAA 3V6DA 2BANA 4CFAA 3OYJA 4KFBA 1WNSA 1B9DA 3CFPA 3SQ1A 5HRSA 3TWHA 3MECA 4ID1A 1QSSA 4CEDA 2QK9A 1BIZA 4FJ5A 1EP4A 2P51A 3OS0A 1TK8A 1SKWA 2JGUA 1JL1A 1S9EA 4FJ9A 1VSFA 3SJJA 3SNNA 4AILC 1KFDA 2XHBA 2RPIA 4BWMA 4DMNA 4E1MA 4Q5VA 4HUGA 1U49A 1SL2A 3K58A 1KLMA 4CJKA 1IKYA 1JLEA 1HYSA 1JLAA 2FBYA 3VQCA 1ZBLA 2PZSA 1D9DA 3D0PA 4LD0A 3VQ5A 4DFKA 2DFHA 4JLHA 3LDSA 4OJRA 1S1WA 4B08A 3LALA 3OY9A 3VQAA 4BDYA 5DK5A 1JL2A 1ASVA 1B92A 1XI1A 4KO0A 2F96A 1SUQA 3TABA 1FK9A 3AVKA 3CM6A 3HXMA 4HHTA 4FM0A 3AA3A 4ZTJA 1T8EA 4N47A 4CF9A 3PO5A 1GOCA 4ELTA 4F2RA 4IFYA 2PYJA 1RT7A 3OYHA 1ZBHA 2Z1IA 4OPJA 4KPYA 3HK2A 4J2EA 3WNGA 3MEGA 1YTAA 3HP9A 4KTQA 4CIFA 3L2QA 3NGZA 1XHXA 4CJ3A 3EYZA 3SUNA 4FJMA 1JLCA 2OPPA 3S3NA 3S3MA 4Z4CA 3ZT3A 1J53A 4CF2A 3E01A 4CJLA 3AVCA 3AVNA 4HVJA 1L5UA 2FBVA 4KKOA 4BWJA 2QXFA 1NOYA 3HJFA 3PO4A 4B9UA 4FJGA 3DM2A 4E7IA 3M8SA 4LSLA 5HRPA 1RT5A 1S6PA 1W0HA 3QINA 3KLEA 2IS3A 4DLEA 1XC9A 2Q3SA 1N5YA 3ZSQA 1CXQA 1LW0A 2OA8A 4J2AA 4GVMA 2X78A 3MEEA 4PQUA 3DRRA 3LP0A 3KLHA 3V81A 3RMDA 2VWKA 1UA1A 4FK0A 3I0SA 4W5TA 4K8ZA 1FXXA 3KK3A 4Z4IA 2D0AA 2YHAA 1JLQA 3NHGA 4B9LA 4FK4A 3HVTA 2Y1IA 4CJPA 3IRXA 3M8PA 1KVAA 4CHOA 1RBSA 4AH9A 1X9SA 4B9MA 4YFUA 3OYKA 2W42A 1HMVA 4LY7A 2Y1JA 3VQDA 4BE1A 3G10A 4DFMA 3TANA 3VA0A 4Q0BA 2HHSA 3DRSA 2D0BA 4I2PA 1WLJA 4W5QA 3KIOA 4JS5A 4HUEA 1BL3A 4CEQA 1NKEA 4FJJA 4C8LA 1J9AA 3VQ8A 4O4GA 4RW9A 3VQ6A 2P5GA 4E89A 1WSHA 4RW4A 2PYLA 3LPUA 4CEOA 1ASUA 3HSTB 4B8AB 4DU1A 4B9NA 3TAGA 3SUPA 1TK0A 4FZYA 2HNDA 3WNFA 4O55A 1NKBA 4YNQA 3ULDA 3L3UA 4BDPA 4KHQA 4DS4A 1U4BA 1UOCA 1RT3A 4EP5A 3QEXA 3HM9A 5CZ2A 3QEVA 4R5PA 1TL1A 4OLAA 1S5JA 1IKVA 4LH4A 4EP4A 4DQRA 4FJIA 5FDLA 4JRPA 1NK8A 1NK9A 4HUFA 4KHSA 3KK1A 3I8DA 4IFVA 1HRHA 4OKJA 4DS5A 3U6FA 1ZBIA 4AHTA 1A5VA 4CJ5A 4KHNA 3V9XA 3AA5X 1L3TA 3IS9A 4TSXA 3TI0A 4FK2A 4HCBA 3AVLA 3BDPA 1D8YA 1X9WA 1RDDA 2XY6A 3RR8A 2IOCA 4BE2A 4M45A 4HCCA 4FLXA 3OJSA 3P1GA 4F2SA 1SL1A 3TAFA 4FJHA 3V9WA 1LWEA 2BE2A 3K5NA 4JS4A 4FZZA 1JXEA 4FLVA 5I3UA 4CJ4A 3EY1A 3HT3A 4C8MA 3PX4A 3DLGA 2KFNA 3QEWA 3TAEA 3SCXA 1JLBA 2FC0A 3MEDA 3HO1A 4RW6A 3VQ7A 3ZT2A 4I9LA 4FLWA 3VQEA 3AVIA 3SPYA 3AO5A 1KFSA 3C94A 4Z4EA 1S1TA 4DF8A 5DMRA 5KGXA 4Y1DA 3NFAA 3ZSZA 5HLFA 4FVMA 4K8XA 1VSLA 1EETA 2X74A 3SQ0A 1IG9A 3B6OA 4CJTA 4CEZA 5C42A 3NDKA 2G8HA 1KRPA 2DFFA 1QHTA 1YVUA 1T05A 2OZMA 1UWBA 2G8KA 1TKXA 4PY5A 4QCLA 2DY4A 4AHUA 4M41A 3NAEA 3T3FA 4Z4HA 3JYTA 1JLFA 4CFBA 1KVCA 1XHZA 4E0DA 4KB0A 4FJ8A 1RBVA 1WAFA 3U3GA 1S1VA 2A1RA 3T19A 5FRMA 4XIUA 1KTQA 1WSJA 1NK4A 1VSDA 4B8CA 2OZSA 1VSKA 4CEFA 3ALYA 3RMAA 3OS2A 4KRFA 3SPZA 1FKPA 1NOZA 3NE6A 4I9QA 4DG1A 2PY5A 2X6SA 2X6NA 4CJWA 3S3OA 4OKKA 1NKCA 4DQQA 3ZCMA 4AHSA 4CEEA 4CE9A 4KI6A 5HROA 4J2DA 1B9FA 1T03A 4CJVA 4FLUA 3VQQA 2HHUA 1TAUA 3ZSXA 3SQ2A 4CEAA 1RDCA 1L3VA 2XY8A 3OS1A 5J2QA 3B6PA 1T7PA 3QEPA 3V1OA 4ICLA 2WONA 4AHVA 3QNOA 4I2QA 1BCMA 4DU4A 3SI6A 1RT2A 4AHRA 2HVHA 1BHLA 3AA4A 4CEBA 1NJYA 3AVGA 5K14A 1C0TA 3LAKA 5E41A 3O3GA 4CFCA 3TAPA 3K5OA 2QKBA 3OYNA 3DMJA 1I39A 1S1XA 4MQ3A 4GMJB 4DSIA 4M42A 3AO1A 4AHCA 1TAQA 1WSGA 1R0AA 5FRNA 4CGFA 1C6VA 4FJKA 4E19A 1SL0A 3AVFA 4RW7A 3OYIA 2HHVA 2EHGA 3VQ4A 5KI6A 4CJFA 1TKZA 1WSIA 3ITHA 3LANA 4OGEA 3QIPA 4OPKA 2EX3A 4N76A 3L2VA 4LH5A 2P5OA 3ISNC 4KAZA 3AVBA 3HPGA 1HNIA 3QEIA 3AVHA 4FW1A 1CZ9A 1KCFA 2QKKA 3OYCA 4FLYA 4FJ7A 2KW4A 4FYDA 1LWCA 3NGYA 4O0IA 3K59A 4O44A 4C8KA 3AV9A 1WSEA 3HYFA 4F3TA 1VSHA 4F8RA 3AO2A 1FKOA 3O3HA 4DSKA 3FFIA 4E7LA 4NCGA 5HP1A 2BGGA 4OVLA 4KI4A 1YT3A 3QERA 3RWUA 1VSMA 3KKSA 3SUQA 3AVAA 3I0RA 5CYMA 2IDOA 2WOMA 4OLBA 1LWFA 1HYZA 3TAQA 4PUOA 1S1UA 3KK2A 4N41A 3OYEA 4OGCA 1JLGA 4NYNA 2FBTA 4DFJA 2I5JA 2HHQA 5FROA 2XO7A 1EKEA 3DOLA 4OKEA 4N5SA 1L3UA 2ZE2A 1NK7A 4NCAA 4IKFA 4M3RA 1VRUA 2YKNA 2B5JA 3AO3A 1Z25A 1IKXA 3QNNA 3O4QA 1LAVA 4CK2A 4DTMA 3V9SA 2YV0X 1RBRA 2F8TA 1VSEA 4CK3A 2Z1JA 1NK5A 4DQPA 4W5RA 2G8UA 2BDPA 5D3GA 3LWMA 3KJVA 4DFPA 4FM1A 2VWJA 4Y1CA 4Z4FA 3MAQA 4FLTA 4Z4GA 1EXQA 2KZMA 3HL8A 3PV8A 3IAYA 4E7KA 1C1BA 3P5JA 4G1QA 1L3SA 3RRHA 4PWDA 1SKSA 3AA2A 2HW3A 1QS4A 1VK0A 2ETJA 3F9KA 1UA0A 1HQEA 3MXJA 2P1JA 4DSJA 4DTRA 2HHXA 3CM5A 4DSFA 4CECA 3NF8A 3LZIA 1TKTA 1VSIA 3RTVA 4F4KA 3IG1A 5C25A 3JSMA 4CJUA 1D5AA 3OVNA 4EZ9A 4ZTFA 2LSNA 3K57A 5T7BA 4CHPA 3SYZA 3HP6A 5CY4A 3CFOA 2HNYA 2Z1HA 2YNGA 3KTQA 4DWIA 1A5XA 3F73A 4M3UA 1TK5A 2GUIA 3NF9A 1QSLA 2IGIA 4NCBA 2E6MA 2KZZA 3ZSWA 3MXIA 1Q8IA 3O4NA 1TGOA 2IAJA 4CF1A 4QAGA 3NH1A 4W5OA 4H4OA 5I42A 3LP2A 4KREA 3TARA 4DSLA 3NCIA 4M3XA 3QESA 4RW8A 2RN2A 1REVA 1KVBA 1U04A 4CK1A 4DU3A 1TKDA 3KLFA 5J2PA 2DTUA 1SKRA 3NGIA 1O1WA 4ELUA 3SQ4A 1VRTA 2B4JA 1U48A 2O4IA 3OYMA 1ITGA 4ZHRA 3C6UA 3PUFA 4WE1A 4KTWA 1QSYA 3WNHA 5HRRA 1IKWA 3S9HA 1EX4A 5EU7A 1U45A 1X9MA 2RF2A 3QO9A 3A2FA 4B3OA 4CGIA 1C1CA 1LV5A 4DTJA 4N56A 5KTQA 3V9UA 1BIUA 4KHWA 3RR7A 4KHUA 4RG8A 5J2NA 1IO2A 3V1QA 1N6QA 5JS1A 3VQ9A 3HVRA 1TL3A 3DI6A 3RRGA 3DLKA 4CJEA 4KTZA 2B6AA 4O5BA 1RT6A 4CIEA 3CG7A 1NJXA 1LW2A 2OPRA 3L2RA 3L3VA 3O3FA 3DLEA 4H4MA 4FCYA 1YTUA 4ELVA 1HQUA 3L2UA 3H08A 3SUOA 4CF0A 1NK0A 3DOKA 1RTHA 4KV8A 5J2MA 4CGJA 1A5WA 1ZYQA 4M3YA 3QETA 1QE1A 4FJNA 2O4GA 3NBPA 3VQPA 4CHYA 5HBMA 4DQSA 3MXMA 2YNIA 3PX0A 1RDAA 3ASMA 3AO4A 2D5RA 1RT1A 4CHQA 2OPSA 1HYVA 3NH0A 4CCHA 2IC3A 2HNZA 1HPZA 5CZ1A 3LZJA 2DFEA 2YNHA 3ZT1A 4NYFA 4J2BA 3VN5A 3V4IA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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4FOIA 4JV5K 1P8ZA 4KFBA 4ADOA 3SQ1A 4RCHA 4JKHA 3CJ1A 2QK9A 1EP4A 2P51A 3K9JA 1TK8A 1S9EA 4IWVA 3SJJA 3SNNA 1TK0A 1KFDA 4DMNA 4Q5VA 2YI1A 3EEQA 1FZ8E 3VQCA 3D6RA 4BRFA 3VQ5A 5JVGL 1FZ3E 3AGRA 3PIPL 4H5TA 3SMPA 3ID6A 2FSJA 3FZMA 1Q82O 3DLHA 4FWNA 1P90A 2PFVA 5GIOA 4BRCA 4ZTJA 3GDQA 1GOCA 1QQOA 3MCPA 2VWBA 5DM6L 1ZBHA 1LOTB 3HK2A 3L2QA 1YXQA 4YOWA 5FPDA 1GLFO 1W97L 4YORA 4BWJA 5F0XA 2QXFA 1N32K 3EZWA 3WEEA 4FJGA 3DM2A 3CERA 4LSLA 3KLEA 1S6PA 3QINA 2IS3A 4DLEA 1N5YA 2Q3SA 2GWKA 4EYWA 3TSUA 4RTFD 2IVPA 4RL5A 1BDGA 4W5TA 2D0AA 3FZKA 4NB4A 3NHGA 3VGMA 1I94K 2UUCK 2Y1IA 1RBSA 4AH9A 1GLEG 3O9TA 1FZ1E 4LY7A 1HKGA 4BE1A 2E2PA 3VEWA 3DRSA 2D0BA 2YJFA 3L1NA 4DR5K 1S72N 3LDOA 4JD2B 2IIRA 2OCEA 3FLCO 2HF4A 2RHKA 4RW4A 4GV3A 5EY4A 4CEOA 1ASUA 3SUPA 4DR6K 1NKBA 1XUPO 1EWQA 5H37A 1UOCA 1RT3A 4EFHA 2UXCK 1TL1A 3E4YA 5FPEA 1XVDE 4DQRA 4FJIA 4MO4A 3NVKA 3I8DA 4DS5A 2QA4N 3J2PA 4MO5A 4KHNA 3A8YA 4FWLA 3L4QA 4H0OA 1X9WA 4BE2A 4HCCA 4FLXA 3E66A 2YJEA 1HJOA 3TU5A 3TAFA 3Q7BA 1SL1A 1LWEA 1KC8O 5IBKB 1JXEA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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