3QEVA

Rb69 dna polymerase (l561a/s565g/y567a) ternary complex with dctp opposite dt
Total Genus 326
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
326
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Hydrogen-Bonding Capability of Difluorotoluene Nucleoside in Replication Complexes
rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
total genus 326
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-01-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3qevA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3qevA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3qevA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3qevA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3qevA03
3OYKA 3ULDA 1LWFA 3AO2A 3V9ZA 3ZSRA 1UA0A 4FXDA 1CZ9A 4BDZA 3SQ4A 3EY1A 3SPZA 2HNZA 1JLQA 2HHQA 3HPOA 4E7KA 1BIUA 1FXXA 3PX0A 4CJ5A 3NF6A 3G0ZA 1ASWA 4OLAA 3EYZA 2P5GA 4N47A 4ELVA 1Y97A 2KTQA 1C6VA 1B9FA 1XHZA 1QQCA 1IKXA 1YTAA 3QESA 3SQ0A 4RW7A 3SPYA 1VK0A 4EZ9A 4CHNA 1LAVA 2D0CA 4DG1A 3F73A 3NCIA 3ITHA 4HCCA 1RBVA 4KREA 3NHGA 2X6NA 1QS4A 2B6AA 1JLEA 2RKIA 1BCMA 1KVCA 4B9UA 2ZE2A 1IKWA 3WNHA 4FLXA 1HQEA 2KQ2A 5CYQA 3V1QA 3OYIA 4CHQA 4BDYA 3HP9A 2BGGA 4OKKA 3QEVA 4C8NA 2FBVA 3CQ8A 1NKBA 2F8TA 4CJFA 3SUQA 3LP3A 5C24A 4O5BA 1EXQA 1JL2A 3U3GA 3ZSXA 1WSHA 2FBXA 1G15A 1ITGA 1JLFA 4KHYA 1KFDA 4DTMA 1RT6A 2ZD1A 4ICLA 3D0PA 1L3SA 2G8WA 4DU1A 1S1VA 4YFUA 3K5LA 1RNHA 2VWKA 3NFAA 4CIGA 3ALYA 3RMCA 3AO4A 4EP5A 1RT1A 4HHTA 3RR7A 1BCOA 1N6QA 2KZMA 5HRNA 5J2MA 1JXBA 4CFAA 3HJFA 3AVHA 4NYNA 1C0MA 3ASMA 2YNHA 2HHUA 2P5OA 3ZSYA 4CJEA 5EU7A 3LP2A 4HUEA 4Z4EA 3C6UA 3V9SA 3VQEA 1U47A 3LANA 3DLGA 3ZT2A 3KLHA 1VRUA 3A2FA 1J9AA 1T03A 1QSYA 3P83D 4W5NA 3UIQA 1KVAA 4CGDA 4M3ZA 5HRPA 1QSSA 3V1OA 4KHNA 4B9SA 2XO7A 3RWUA 3DI6A 3JSMA 3SUOA 3HO1A 4DWIA 3WNFA 2OZMA 1KSPA 4MQ3A 4CHZA 2YNGA 1U04A 1JLBA 3AO1A 4B9MA 1S9EA 3LP1A 2DFEA 2XY6A 4CEAA 3V4IA 4DS5A 4JS4A 4FJMA 4HVJA 3T3FA 4PUOA 2F96A 3DOKA 1U48A 4CEDA 3HVRA 4M41A 3JYTA 1RILA 5HRRA 2ZQBA 4FW1A 3TAFA 3IAYA 2HNYA 2D0BA 3H08A 4BWJA 4B8AB 3KK2A 3LWMA 2D5RA 2OPRA 3ZT0A 4Z4CA 5C42A 4DU3A 3PX4A 4DTUA 3I0SA 4GMJB 3TAMA 4AILC 4QCLA 1TAQA 3SJJA 4LD0A 4K8ZA 1RBUA 4ELTA 2OPPA 3RMAA 4FLUA 3MEEA 4I9LA 1KRPA 3QNOA 1NKCA 1T8EA 2KFZA 1NJZA 1KLMA 3QERA 2X78A 3LDSA 4KB0A 2G8KA 1BI4B 3AV9A 3ZCMA 3SUNA 4FM1A 1BHLA 3NH1A 2D0AA 3AA2A 1CXQA 3QIPA 2R7YA 3V81A 2IC3A 1GOAA 1LWCA 1A5XA 3HVTA 4B9NA 1IKYA 1S5JA 3ZSOA 1VRTA 3I0RA 2HVHA 1A5VA 4CJQA 1HRHA 4LH5A 4DTJA 4FJ5A 4DTPA 2NUBA 1RBRA 3TAGA 2JLEA 1YVUA 1XC9A 2G8IA 2Y1IA 3OYAA 3M8RA 4AHUA 1I3AA 4E89A 5KRSA 4DMNA 4KTWA 4DQPA 2EX3A 3AA3A 3BDPA 4F2SA 3CG7A 1VSEA 1C0TA 1J5OA 1A5WA 2VG5A 3C94A 1Z26A 2E4LA 2FC0A 3V6DA 1D5AA 1ZYQA 1TK0A 4IBNA 1NK4A 1SKWA 3QIOA 4N41A 2DTUA 4OGEA 1RDBA 4JRPA 4LH4A 5SZTA 3KLIA 2KW4A 3L3UA 4CGHA 1GOCA 4H8KA 3NF9A 5JS2A 4NCBA 4CJVA 4E7JA 1HMVA 3L2WA 1J53A 3NGYA 4CGIA 4CJ4A 1JLGA 4ID1A 1T05A 3ZSWA 4CJSA 3K5MA 4F3OA 3AVLA 4CJ3A 3M8PA 1RDDA 4CEBA 3DOLA 4L8RB 4CERA 4BACA 2X6SA 4F3TA 4FK4A 2Z1IA 2QKBA 1BIZA 4M3WA 1S1XA 3DLBA 4B9VA 3LPUA 4QOZB 2O4IA 4KI6A 1SUQA 3RMBA 2HNDA 2OPSA 4CEEA 3ZSVA 4OJRA 3V9WA 1KLNA 4FZZA 1TK5A 2PYJA 1VSLA 3MEGA 4UQGA 4I9QA 1Q9XA 3AVCA 4KV8A 5K14A 3NH0A 2G8HA 1RCHA 3P1GA 2X74A 2VWJA 1RTHA 3BGRA 3OYBA 4CF9A 3OJUA 1RT2A 3QETA 5J2NA 4AHTA 3WNEA 1WSEA 5I42A 3QNNA 1KTQA 1WSIA 2P51A 4DSJA 1B92A 1DLOA 3AO3A 3DRPA 4Z0UA 4AHCA 3NAEA 4CHOA 2E6MA 3KJVA 3OYJA 1CXUA 3T1AA 1SL1A 4JLHA 4DSKA 4NCAA 1RT3A 2XY5A 4AHRA 4CECA 3ZT3A 1S6PA 1VSJA 3KD1E 3OVNA 1SL2A 3HK2A 2B4JA 1IG9A 4W5QA 3ZSZA 3AVAA 1TKZA 1BQNA 3AVJA 4CEQA 1LV5A 1HJRA 4DTSA 1UAXA 1Z25A 2FBTA 3E01A 2QXFA 5J2PA 4Y1CA 4QAGA 4KB1A 1FKPA 3SV3A 3HYFA 3NH2A 3CYMA 1GOBA 1JXEA 3FFIA 3VQPA 4B9LA 1RTIA 3AVKA 4CIFA 2Y1JA 4CFDA 4IG3A 5FDLA 1DTQA 1ZBHA 1SKSA 3KK3A 4E0DA 3TAEA 4CHYA 4DSEA 3SQ2A 3VQ4A 3L2UA 3LZJA 2Q3SA 5T7BA 3I8DA 5I3UA 1X9WA 4DQRA 4Q5VA 1VSMA 4BE1A 3KTQA 1NKEA 1D9DA 3TAQA 4O4GA 2DFFA 4E19A 4DFJA 3VA0A 2YNFA 5KI6A 1XWLA 2WONA 3OJSA 4Z4FA 2BANA 3OY9A 1IO2A 3F9KA 1ZBFA 3IG1A 2O4GA 3C95A 4LSLA 2IAJA 2W42A 2HW3A 3OYMA 3K5NA 4HCBA 4Y1DA 3DRSA 4DQSA 1UWBA 4M3RA 4E1MA 4ZHRA 3S3OA 1ZBLA 4PY5A 1TK8A 4ELUA 4E3SA 4CGGA 3K57A 1RDCA 1KFSA 4IFVA 3OYNA 1VSIA 3DLEA 4CJRA 3SV4A 3OYEA 1J54A 3DLKA 3NDKA 2JGUA 2HHSA 2IS3A 1XI1A 4OVLA 3WNGA 4FLWA 2IGIA 5DMRA 4BWMA 5E41A 5HLFA 1X9MA 2HHTA 2HHVA 1IH7A 1TAUA 1B9DA 1HNIA 4RW6A 3OYFA 2HHXA 4FJ8A 3HSTB 3S3MA 3L8BA 3PO5A 3NGZA 3CM5A 4PQUA 3M8SA 5SWMA 2KZZA 4AHSA 1L3VA 4F4KA 4C8OA 2VG6A 4J2DA 4M42A 4FJ7A 1S6QA 2Z1HA 4DFPA 3LALA 1Q9YA 2B5JA 2YHBA 5KGXA 4E7LA 2Z1JA 1REVA 2BE2A 3KD5E 3AA4A 3DRRA 3VQ7A 4Z4GA 3RMDA 2DY4A 3AVMA 3VQCA 3AA5X 1BQMA 4FJ9A 1RT5A 3HM9A 4M3UA 1S1TA 4RW9A 4FJXA 1WSJA 3LAMA 5D3GA 4GW6A 3L2VA 2F8SA 4JRQA 2XY8A 3KIOA 3LPTA 3OYGA 4FLYA 3VQAA 1F21A 1JLCA 1O1WA 5FRNA 4KHSA 3OYCA 4FJGA 4DLEA 4FVMA 1MU2A 3DYAA 4FJLA 3AVIA 4CK1A 1KVBA 4BE2A 2XRIA 2YHAA 3PV8A 1SKRA 4I2QA 3LAKA 1BGXT 3OS0A 3QINA 4DSLA 3DM2A 1EX4A 3HP6A 3K5OA 1TGOA 4CJLA 1NJYA 4E7HA 1RTJA 2QKKA 1YTUA 4FK2A 4KHQA 1TVRA 4KFBA 4WE1A 4O0IA 4BDPA 4NCGA 4N76A 3SCXA 4OKJA 1HYZA 1WAFA 4J2EA 4CJUA 3QEIA 2RF2A 5HRSA 4N56A 3MXMA 2BDPA 4PWDA 1NJWA 3MEDA 1EKEA 3CFOA 4CJKA 1X9SA 1ZBIA 1NOYA 3TWHA 1ZBUA 4CF1A 2RN2A 3DMJA 2GV9A 1WAJA 1TL3A 5HROA 4O44A 3AVNA 5KRTA 3TI0A 4FCYA 4KTQA 3SNNA 5KGWA 3PO4A 4XIUA 4F8RA 2OA8A 3O4QA 3AO5A 2AJQA 2XHBA 3DLHA 1FKOA 3SYZA 4E7IA 3KLEA 1TL1A 2GBZA 2YKNA 3HPHA 4I2PA 1VSDA 4KO0A 4CK2A 1RT4A 3L3VA 1ASUA 3C6TA 3TARA 2HHWA 3O3GA 1BI4A 4DF4A 4M3TA 4ZTFA 5C25A 3G10A 1WSGA 2VG7A 3RR8A 2OZSA 5HP1A 1HNVA 3V9XA 1C1BA 5CZ1A 4JS5A 1L3TA 5FRMA 4FJHA 4KPYA 4KHWA 5KTQA 3PY8A 3KKSA 3NF7A 4IG0A 3IS9A 4CJPA 3OYHA 4DF8A 2A1RA 1RTDA 4DQIA 4CEZA 3VQ5A 4FJJA 1W9HA 3PUFA 4DS4A 3KK1A 4IFYA 4HTUA 4O0JA 3CM6A 4RW4A 3VQBA 3KKRA 4KHUA 2OPQA 4H4MA 1TKDA 3HPGA 3RRGA 3OS2A 4HUGA 2G8UA 4FZXC 1UA1A 1QTMA 1JL1A 3M8QA 3CFRA 1JLAA 4GVMA 1NOZA 1VSFA 3NE6A 3NBPA 4TSXA 4CF8A 3RTVA 1NK8A 1EP4A 1SL0A 1NJXA 4CF2A 2EHGA 4DTRA 3P5JA 3MAQA 4CF0A 4DTOA 4OPJA 1N5YA 3VQ8A 4DQQA 5J2QA 4C8MA 4EP4A 3RRHA 3TANA 1LAWA 4FM2A 4DTNA 1WSFA 4RW8A 4M3XA 1XHXA 2P1JA 4KTZA 1S1UA 1YT3A 4W5TA 3HT3A 4B9TA 3OYDA 2YV0X 4ZTJA 1VSKA 4FLVA 1L3UA 2A1SA 4Z4HA 2HVIA 3B6PA 1NK7A 3LZIA 4W5OA 4CCHA 2YNIA 4DFKA 1I39A 4AH9A 1LWEA 4AHVA 4FYDA 5CY4A 3K2PA 1Q8IA 4B08A 3O3HA 3VN5A 1UOCA 1WLJA 4CIEA 2FBYA 4O55A 4FJNA 3K59A 3THVA 1NK5A 3VQ9A 4CGFA 4J2BA 1C1CA 3QEPA 1RBTA 5CZ2A 1S9GA 3LWLA 2RPIA 3T19A 3SUPA 3HL8A 1U45A 1CLQA 5JS1A 3V9UA 1L5UA 1HYSA 3SZ2A 4FJIA 1U49A 4FZYA 4CK3A 2ETJA 3ZT1A 3QEXA 1LW0A 3QLHA 4N5SA 4HUFA 3OYLA 4CFCA 2Z1GA 1IKVA 1W0HA 4KAZA 2ATQA 3OS1A 4IDKA 4E1NA 4R5PA 2G8VA 1WN7A 1RDAA 2PY5A 4J2AA 2IDOA 1U4BA 3HXMA 4CESA 3KLFA 4FW2A 3SI6A 3TABA 2QK9A 3V1RA 4CEFA 4DSFA 2HMIA 5CYMA 3ZSQA 2WOMA 2YKMA 4LSNA 1NK6A 3O4NA 1D9FA 3MXIA 4G1QA 4OPKA 3VQQA 4FK0A 4FLTA 1C0UA 1TV6A 4OLBA 3CFPA 3PX6A 4KKOA 4LY7A 4I7FA 4MFBA 4CFBA 1QSLA 4IKFA 4CGJA 1BISA 2HB5A 4DFMA 3NF8A 3VQDA 1T7PA 4H4OA 4B3OA 1QHTA 4DU4A 1RBSA 4CJWA 1RT7A 2PZSA 4K8XA 3AVBA 3QEWA 4NYFA 1X1PA 4C8KA 3NGIA 4KI4A 3L2RA 1VSHA 5HBMA 2I5JA 1ASVA 4FJKA 3MECA 4FLZA 5FROA 3L2QA 4BE0A 4EZ6A 4KRFA 2OYQA 3AVFA 1CZBA 3ISNC 1HQUA 1LW2A 4OGCA 1R0AA 2G8FA 1KCFA 4B8CA 4M3YA 4FM0A 3AVGA 1FK9A 1S1WA 3MXJA 1D8YA 3KLGA 4DTXA 1DTTA 1EETA 4CEOA 4RG8A 5J1EA 1HYVA 1K6YA 3IRXA 2XY7A 1QE1A 4ID5A 1HPZA 5DK5A 3DLRA 4CHPA 4M45A 3B6OA 3QO9A 1TKTA 3TAPA 2PYLA 3EZ5A 2LSNA 4YNQA 3D45A 3SQ1A 1C1AA 2IOCA 4C8LA 4DSIA 2ITGA 4Q0BA 3O3FA 4OKEA 3K58A 4DLGA 1SV5A 1BL3A 2GUIA 4Z4IA 3VA3A 1TKXA 3S9HA 1NK0A 4CJTA 4CE9A 3U6FA 3LP0A 4PA1A 2KFNA 3U3YA 1WNSA 3ZT4A 2DFHA 4F2RA 3TR8A 3VQ6A 4W5RA 1JKHA 3S3NA 1NK9A 2E6LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2OAN A;  3OYK A;  1N1C A;  1LWF A;  2F9W A;  3AO2 A;  4GNI A;  3ZSR A;  1CZ9 A;  4BDZ A;  2QXL A;  1RGI A;  4CBU A;  4JD2 A;  1JLQ A;  2FSK A;  1OH6 A;  2HHQ A;  3HPO A;  1BG3 A;  5BRE A;  4E7K A;  3PX0 A;  3G0Z A;  1ASW A;  4BRM A;  3EYZ A;  2CH6 A;  2DPN A;  4JHD B;  4NO7 A;  3O1B A;  1NGC A;  2D0C A;  2CGJ A;  1RBV A;  1FW6 A;  3NHG A;  2X6N A;  4IXC A;  3U4L A;  2Q0R A;  4A59 A;  1XMQ K;  4MDB A;  3ZX2 A;  5BN8 A;  2JWL A;  4JKH A;  3I55 N;  4CZH A;  1IBK K;  2KQ2 A;  3V1Q A;  5CYQ A;  5JVG L;  4OKK A;  3HI0 A;  4X64 K;  4DV2 K;  5IWA K;  3CQ8 A;  3MX5 A;  4GVE A;  3SUQ A;  5C24 A;  1WSH A;  1ITG A;  1W2B M;  5AQM A;  2G8W A;  4DU1 A;  1S1V A;  1Q7Y O;  3NFA A;  4NXM K;  1RT1 A;  4B1U B;  1YIT N;  1N6Q A;  5J2M A;  1JXB A;  1C0M A;  3ASM A;  1J5E K;  2P5O A;  3ULE A;  5EU7 A;  4HUE A;  3LAN A;  3DLG A;  1XVB E;  3KLH A;  3HRG A;  4BVO A;  1BOT O;  1NMN A;  3P83 D;  4W5N A;  3UIQ A;  3C6A A;  4M3Z A;  2HBL A;  5HRP A;  4B9S A;  1TYQ A;  3DI6 A;  4WQ5 A;  3HO1 A;  3ZYY X;  5AZJ A;  4FO0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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