3QEVA

Rb69 dna polymerase (l561a/s565g/y567a) ternary complex with dctp opposite dt
Total Genus 326
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
326
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
publication title Hydrogen-Bonding Capability of Difluorotoluene Nucleoside in Replication Complexes
rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 326
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-01-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3qevA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3qevA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3qevA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3qevA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3qevA03
4CF1A 4CJKA 4CIFA 1WAFA 3VQPA 1N5YA 2G8HA 2P5OA 2P1JA 4ID5A 4I2QA 4FZZA 1RILA 2Z1IA 1NK0A 3DRRA 2A1RA 3CM5A 3IG1A 4CFCA 3KLGA 4O4GA 4BACA 5CZ2A 4FCYA 4RW6A 3V1RA 2HW3A 3MXMA 2HNDA 2OPQA 4FLVA 1S1UA 1JLGA 1YVUA 3ZSQA 3DLEA 4CHOA 4EP5A 4QOZB 4PWDA 4FM1A 3LAKA 4OLAA 3LP1A 4CEBA 3V1OA 4LH4A 3LAMA 3C6TA 1BI4B 1YT3A 4KO0A 4Z4HA 3V9XA 1WLJA 3VQ8A 4M3TA 4DLGA 3RMAA 3G10A 4KB1A 4DQSA 2D0BA 3AVNA 1KCFA 4FJIA 1XHXA 1RTIA 4KB0A 1RTHA 1XWLA 1UA0A 4ELUA 4W5NA 2PYJA 3M8SA 4DF8A 2X6NA 4GW6A 3RR8A 3NFAA 3OYDA 2G8VA 1VSLA 3M8PA 3VQ6A 4OKKA 4E7KA 3QO9A 3ZSXA 4PY5A 4CGIA 4FJXA 4BWMA 3OYGA 4DTOA 2OYQA 4JRPA 1BQNA 3ZCMA 2ZE2A 3ZT1A 4E7JA 3AO4A 4ZTJA 3AVBA 3U3GA 4CHYA 3OYHA 2QK9A 1QTMA 1D9DA 1TVRA 1RDDA 3QINA 5HBMA 3SUNA 2GUIA 4KHSA 2O4GA 1RBSA 3S3OA 4BWJA 4B3OA 5HROA 4CGGA 4CEOA 2KW4A 3NF6A 1T7PA 3LWMA 3QNNA 1JLEA 4BE2A 3HYFA 1X9SA 4H8KA 3RMCA 4DU1A 4AILC 1JLFA 3K5OA 3QLHA 3OS1A 1TKXA 3HP9A 3ISNC 5I3UA 2F8TA 4F3TA 1HPZA 1KRPA 2RPIA 2WONA 1LW0A 5CYMA 3AVHA 5KGWA 4AHCA 1UOCA 4LSLA 5KTQA 3QEPA 3C94A 5C24A 4OPJA 4DLEA 4KKOA 4CHZA 5D3GA 1U45A 3QNOA 1ZBLA 1RT2A 3CFPA 4I2PA 4CFDA 2RF2A 3DLKA 3SI6A 3MEEA 1J9AA 1S1VA 1WSEA 1G15A 4AHVA 4CF0A 3D0PA 4L8RB 3CFOA 4BDZA 3MAQA 2Y1IA 2HHSA 3QEWA 1I3AA 4FJ5A 1SUQA 3SQ0A 3P83D 5J2PA 1IG9A 1SV5A 2VWJA 3QEVA 2HHUA 3SUPA 4C8OA 1DTTA 3LP0A 2XHBA 4PA1A 4CJWA 1HNIA 3HPOA 1D9FA 2YHBA 3OYEA 4M42A 1KTQA 2EHGA 4FLYA 2BANA 4CF8A 4IKFA 1VSEA 2ZD1A 3AVAA 4KHYA 5J2NA 3RMDA 1RBVA 3OYFA 2DFHA 4DS5A 3TR8A 1C1CA 3KLIA 1NJWA 1NOZA 5DK5A 2ITGA 1KSPA 4K8ZA 2YNHA 4DTXA 3NGYA 4TSXA 1RT4A 4MFBA 4RW4A 4E7IA 4CEZA 2JLEA 1LAVA 4J2AA 3AO5A 1DLOA 2KFZA 4K8XA 2PYLA 1RDAA 1L5UA 3DLGA 3E01A 1IKXA 3TAFA 2X6SA 5KGXA 4HUGA 2XY6A 4OLBA 3O3HA 4YNQA 4KTWA 3DLBA 1SL2A 1S6QA 2YKMA 3QERA 3DI6A 3AVMA 4CJUA 5J2MA 3ZT4A 3O4QA 2BGGA 4FJJA 4Q5VA 4DTSA 4OKJA 1TGOA 4AHRA 1BHLA 4N76A 4E7HA 3V6DA 1Y97A 2GV9A 4CGDA 1HNVA 2ZQBA 1WAJA 4FJ8A 4HUFA 5FRNA 4NYFA 3PO4A 1U47A 3DM2A 1RDCA 3SV3A 2D5RA 2YV0X 4HHTA 4AHTA 4CJTA 3EY1A 3SUOA 4FK4A 5DMRA 3I0RA 3SPZA 1N6QA 2QKBA 2PZSA 4DQRA 4DSLA 3L8BA 4CEDA 3QEIA 1B92A 3VQAA 4YFUA 4N47A 4W5OA 1TKTA 3DRPA 3TAPA 4KFBA 3NHGA 4DWIA 4HUEA 3MXIA 3MECA 4FM2A 4DSEA 1KVAA 3SQ2A 3LANA 4FK2A 4I9LA 3KD5E 4DTMA 1Z25A 3S3NA 1J54A 2HHVA 2HHQA 2FBXA 1RT1A 4C8NA 1A5VA 3VQ9A 4C8MA 4CFBA 4N5SA 4KRFA 4FLXA 5T7BA 3VQ4A 1ZBFA 4FLTA 3UIQA 1YTUA 1Q9YA 3SUQA 1LWFA 3AA2A 4CJVA 3VQDA 3O3GA 3NAEA 1KLNA 1S9GA 3SQ4A 2BDPA 3F9KA 2FC0A 1IKYA 5CY4A 3TAGA 1NKCA 2IGIA 1U4BA 4KI4A 1HJRA 1WSHA 2OPRA 3H08A 3K5MA 4AHUA 4BE1A 3A2FA 1L3VA 1CLQA 5JS2A 4E3SA 4R5PA 3K58A 4CEQA 1XHZA 1QS4A 3HPGA 2XO7A 4DS4A 4F3OA 4KHQA 2HMIA 3KD1E 1IKVA 4QAGA 1Z26A 4M3YA 3CM6A 4OJRA 1NK7A 1FKPA 2HNZA 4KTQA 1BCMA 3KKSA 3AVFA 4O5BA 2GBZA 3OS2A 3DOKA 2Q3SA 2IAJA 1QQCA 4HCBA 2ATQA 1FXXA 1MU2A 2I5JA 3L2QA 1KLMA 1TK8A 3RR7A 3SNNA 1TV6A 3KIOA 4J2EA 4HCCA 3VQEA 4CK3A 3SYZA 1CXUA 4J2DA 1I39A 4GVMA 4NCGA 3DYAA 1RBTA 2NUBA 3DLHA 5FRMA 3L2VA 5HLFA 4WE1A 1J5OA 4FLWA 5SWMA 1ZYQA 3U6FA 2QXFA 4DTRA 3G0ZA 3OYCA 2XY7A 2Z1JA 3IAYA 4OGEA 1EXQA 3V1QA 3V81A 1S1WA 3BDPA 2OPSA 3V4IA 1QSYA 3LP2A 1TAQA 3QIOA 3NBPA 3SZ2A 3VQBA 3OYKA 1ZBHA 4CHPA 4PUOA 3SJJA 4KTZA 4FM0A 4DMNA 3RRHA 3SQ1A 1HMVA 1T8EA 5HRPA 3T3FA 3AVKA 2VWKA 2OA8A 3LPTA 1L3SA 1BI4A 1CZBA 4FJHA 3LZJA 1T05A 3ZSWA 3ITHA 4ZHRA 4LH5A 2B4JA 2P5GA 5C42A 3NE6A 3K5LA 3AO1A 3OYLA 3RTVA 4NYNA 3HO1A 2D0AA 3ZSZA 3PUFA 4JRQA 3LZIA 4LSNA 5HRRA 4AHSA 4DSKA 1SL0A 3AO3A 2XY5A 4Z4GA 2F96A 2G8UA 1JXBA 3PX6A 4KAZA 4M3WA 1WNSA 4IG0A 1NJXA 3TABA 4RG8A 4CEAA 2RN2A 3PX4A 3KTQA 4O0JA 4CJ5A 1J53A 3ZSVA 4CFAA 3M8RA 1RBUA 1IO2A 2ETJA 3DRSA 3AA3A 1NK5A 1L3UA 1BIUA 4CCHA 3HP6A 1FK9A 3S9HA 2EX3A 2YKNA 3AVCA 3NGIA 3VA3A 2E4LA 1HQEA 3MEGA 1NKBA 4E7LA 4CEFA 4CJFA 3T19A 4CHQA 3V9ZA 1SKSA 1TL1A 4M3XA 2RKIA 1RNHA 1VK0A 5EU7A 4DFKA 1UWBA 4ID1A 1NK9A 3ZSRA 1QHTA 3AVLA 4OGCA 4O0IA 3KJVA 2HVIA 4E89A 1VSIA 1B9DA 2LSNA 1REVA 3C6UA 2WOMA 5J1EA 1L3TA 1HYVA 3RMBA 2YNIA 1A5WA 4DSIA 4DTUA 1S6PA 3WNHA 3CFRA 1S1XA 4CIEA 4OKEA 3K5NA 1VRUA 1NKEA 4DU4A 3V9WA 1ASWA 2IDOA 2KQ2A 2A1SA 2O4IA 1UAXA 1HRHA 3DOLA 3NF8A 4B9MA 4W5TA 3AVGA 5HRSA 3F73A 3AA4A 5HP1A 1T03A 3ZSOA 3ZT2A 2E6LA 4CGFA 4IFYA 2R7YA 3CYMA 4Z4CA 3NH0A 4E1MA 3KLHA 2Z1GA 1D8YA 1U48A 4M3UA 4CESA 3QESA 1S5JA 3OS0A 3NDKA 4GMJB 4IFVA 4CERA 3PY8A 3MEDA 2HHXA 4M3ZA 1WSIA 3QIPA 2KZZA 3ASMA 1JL2A 5SZTA 2OZMA 1RT5A 3HVTA 1FKOA 4CJQA 1JLCA 4KHNA 1O1WA 3KLEA 3AA5X 3AV9A 3K57A 4LD0A 4CGHA 3SV4A 1JL1A 1WSGA 2KZMA 4UQGA 1BCOA 3HL8A 4M45A 4KV8A 3EYZA 2QKKA 3SCXA 2G8FA 5KRSA 1NK4A 3L3VA 1BIZA 1EX4A 2BE2A 1VSKA 2FBTA 1VSDA 5FROA 3OJUA 1CZ9A 3V9UA 4W5RA 4ZTFA 3VQQA 4F4KA 3M8QA 4HVJA 3DMJA 4FZYA 4QCLA 3OYBA 2D0CA 4CIGA 1KFDA 2IS3A 3C95A 3KK2A 2VG6A 3KK1A 1S9EA 4FXDA 2HHWA 1LW2A 1U49A 2HHTA 1VSHA 4KI6A 4ICLA 2HNYA 4CK2A 4CK1A 3DLRA 4Z4IA 3ZSYA 3QETA 4OPKA 1C6VA 3VN5A 4FJKA 4CJPA 1RBRA 1LAWA 3D45A 3OYIA 5I42A 4Z4FA 3VQ7A 3B6OA 1RT6A 1ZBUA 3K2PA 4I9QA 3OJSA 1X9WA 4ELVA 4PQUA 2E6MA 4CJ4A 3PV8A 4Q0BA 1QE1A 3CG7A 3TAQA 4CGJA 1NJYA 2F8SA 4CF9A 4DTPA 1WN7A 4IBNA 1NOYA 3NF7A 3L2WA 3EZ5A 3TI0A 1GOBA 4B9LA 4ELTA 3NCIA 1IKWA 4JLHA 2G8IA 3OYNA 1VSJA 3WNEA 4N56A 4JS5A 4LY7A 3NH1A 4G1QA 3KK3A 1QSLA 2DY4A 4FJLA 4FVMA 4H4MA 5KRTA 1JLBA 1KVCA 4E19A 1RT3A 4DFMA 1LWCA 1LV5A 4FW1A 4CJSA 4RW7A 4DTJA 1C0MA 4E1NA 3HJFA 4OVLA 1BGXT 1A5XA 3TAEA 2VG7A 4KPYA 4N41A 3AO2A 1U04A 4KREA 4FLUA 3MXJA 1W0HA 1NJZA 2XRIA 3RRGA 3HK2A 4HTUA 4B8CA 3LDSA 3RWUA 3K59A 1EETA 1CXQA 2FBVA 4RW8A 3TWHA 1NK8A 2IC3A 3OVNA 4Y1CA 5K14A 2AJQA 4B9NA 4FJ9A 2IOCA 4B08A 4M41A 1RCHA 4FJ7A 4Z4EA 2Z1HA 1TKZA 4BDYA 1TK0A 4J2BA 4FJNA 3LPUA 1JLAA 3P5JA 1X1PA 2YNGA 4NCBA 3PX0A 1BL3A 1TKDA 1Q8IA 4IG3A 4FW2A 2B5JA 4H4OA 5C25A 4F2SA 3L2RA 3HM9A 1YTAA 3O3FA 2P51A 4CEEA 3TAMA 1C0UA 3P1GA 3OYAA 3KLFA 1D5AA 1WSJA 1QSSA 1TK5A 2FBYA 3OY9A 5KI6A 4CHNA 3JYTA 5FDLA 4BE0A 3L3UA 4FJGA 1RTDA 2Y1JA 4B9SA 4DG1A 2G8WA 4C8LA 3NH2A 4EZ6A 4DF4A 3KKRA 1BQMA 1BISA 4B9UA 1JXEA 1KVBA 1VSMA 1ITGA 4E0DA 4CECA 1XC9A 4CF2A 3L2UA 2W42A 2DFFA 1W9HA 3I0SA 3ZT0A 1IH7A 4RW9A 1HYZA 4CE9A 4XIUA 4F2RA 1HQUA 3HSTB 4EZ9A 4DFJA 1JKHA 4C8KA 1GOAA 2PY5A 4DQPA 1SL1A 4B8AB 2B6AA 3ALYA 4CJRA 2XY8A 5JS1A 1RT7A 4DSFA 1SKWA 4MQ3A 1NK6A 4DQIA 3WNGA 3ULDA 1B9FA 2OZSA 3BGRA 4I7FA 4CJ3A 1LWEA 2YHAA 4Y1DA 3IRXA 1DTQA 4DFPA 3V9SA 1X9MA 4FZXC 2JGUA 4CJLA 3NF9A 3HVRA 2KTQA 3O4NA 1F21A 2OPPA 5J2QA 3TARA 1EP4A 4DSJA 3T1AA 4FLZA 1SKRA 4O55A 1EKEA 4FYDA 4EP4A 3VQCA 1Q9XA 4DU3A 1GOCA 2G8KA 5CYQA 3LWLA 1K6YA 1R0AA 3CQ8A 3VA0A 1C0TA 2KFNA 3U3YA 4M3RA 1ASUA 3HPHA 1S1TA 3TANA 1TL3A 4O44A 4FK0A 3VQ5A 4AH9A 3HT3A 4NCAA 1C1BA 4KHWA 4B9TA 2YNFA 1RTJA 3JSMA 2DFEA 4CJEA 3NGZA 3HXMA 4JS4A 1UA1A 3LALA 3SPYA 1WSFA 3OYMA 3LP3A 3AVIA 5E41A 1ZBIA 3OYJA 1TAUA 3I8DA 3S3MA 1C1AA 1KFSA 3QEXA 4BDPA 1VRTA 1JLQA 1VSFA 1HYSA 2X74A 4KHUA 4DTNA 3ZT3A 1XI1A 2HB5A 3FFIA 2X78A 4B9VA 3AVJA 3IS9A 3WNFA 4DQQA 3PO5A 5HRNA 3B6PA 4Z0UA 3THVA 1ASVA 4IDKA 5CZ1A 2DTUA 4FJMA 4W5QA 4F8RA 2HVHA 2VG5A 1RDBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CF1A 1NGIA 1N5YA 2G8HA 2P5OA 1HR0K 2JH8A 2WC9A 3DRRA 2A1RA 4BACA 5AZIB 4CFCA 3KLGA 1DEJA 4BR5A 3V1RA 1JLGA 1YVUA 3CCLN 1K8AO 4QOZB 3UO3A 1P90A 4LF4K 4LH4A 5H1SQ 1BI4B 4GVEA 4M3TA 4IDHA 4KB1A 2D0BA 5LMNK 1VQ9N 1VQNN 1RTIA 4KB0A 1FZ6E 3TU5A 4BC2A 1BOTO 2UUAK 3OYDA 5KPRA 4OO1J 3M8PA 4DR3K 3KHYA 3ZSXA 5AQYA 3VF4A 1BQNA 3ZT1A 2CH5A 3P31A 1T6CA 4F9OA 5AQSA 2QK9A 3SBTA 3AAQA 2QW9A 5HBMA 4DUYK 2K5SA 3S3OA 4BWJA 4BE2A 3HYFA 1P22A 4JI4K 3A0IX 4ADNA 1TKXA 3HP9A 3ISNC 1NGDA 1MMOG 1HPZA 3L4QA 3L0MA 2RPIA 5AQHA 3CJBA 3DXKB 3LDLA 4AF1A 1KAXA 4LSLA 2WTUA 4DLEA 4JAXA 3S41A 1ZBLA 1HNWK 4I2PA 2RF2A 4HWIA 4A2AA 2P1PB 4BGBA 4CBWA 2P9SB 4CZIA 3ATVA 4BDZA 5GINA 3THWA 3QEWA 1LDKE 2HHUA 3LP0A 4PA1A 5C2FA 3HPOA 1HNIA 1D9FA 4BRMA 4CF8A 2EHGA 2BANA 2ZD1A 5ADXH 4KHYA 5J2NA 1RBVA 1QVFM 1GLAG 2DFHA 1C1CA 3O9TA 5DK5A 4YOWA 1N32K 3NGYA 4RW4A 4KHPK 5JMVA 3JS6A 4J2AA 4JN4A 4K8XA 2PYLA 3D2EB 3MMVA 5KGXA 2X6SA 3NVKA 3O3HA 3G4SN 4YNQA 1SL2A 1S6QA 2YHXA 4QNCA 2QWRA 4OKJA 1YAGA 4B1WB 1HNZK 4E7HA 2GV9A 1W97L 2O8DA 4FJ8A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4CF1 A;  1NGI A;  1N5Y A;  2G8H A;  2P5O A;  1HR0 K;  2JH8 A;  2WC9 A;  3DRR A;  2A1R A;  4BAC A;  5AZI B;  4CFC A;  3KLG A;  1DEJ A;  4BR5 A;  3V1R A;  1JLG A;  1YVU A;  3CCL N;  1K8A O;  4QOZ B;  3UO3 A;  1P90 A;  4LF4 K;  4LH4 A;  5H1S Q;  1BI4 B;  4GVE A;  4M3T A;  4IDH A;  4KB1 A;  2D0B A;  5LMN K;  1VQ9 N;  1VQN N;  1RTI A;  4KB0 A;  1FZ6 E;  3TU5 A;  4BC2 A;  1BOT O;  2UUA K;  3OYD A;  5KPR A;  4OO1 J;  3M8P A;  4DR3 K;  3KHY A;  3ZSX A;  5AQY A;  3VF4 A;  1BQN A;  3ZT1 A;  2CH5 A;  3P31 A;  1T6C A;  4F9O A;  5AQS A;  2QK9 A;  3SBT A;  3AAQ A;  2QW9 A;  5HBM A;  4DUY K;  2K5S A;  3S3O A;  4BWJ A;  4BE2 A;  3HYF A;  1P22 A;  4JI4 K;  3A0I X;  4ADN A;  1TKX A;  3HP9 A;  3ISN C;  1NGD A;  1MMO G;  1HPZ A;  3L4Q A;  3L0M A;  2RPI A;  5AQH A;  3CJB A;  3DXK B;  3LDL A;  4AF1 A;  1KAX A;  4LSL A;  2WTU A;  4DLE A;  4JAX A;  3S41 A;  1ZBL A;  1HNW K;  4I2P A;  2RF2 A;  4HWI A;  4A2A A;  2P1P B;  4BGB A;  4CBW A;  2P9S B;  4CZI A;  3ATV A;  4BDZ A;  5GIN A;  3THW A;  3QEW A;  1LDK E;  2HHU A; 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